单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 359 篇文献，本页显示第 261 - 280 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 261 | 2024-08-05 |
Multiomics analyses reveal pathological mechanisms of HBV infection and integration in liver cancer
2023-08, Journal of medical virology
IF:6.8Q1
DOI:10.1002/jmv.28980
PMID:37522289
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研究论文 | 本研究揭示了HBV感染与整合在肝癌中的病理机制 | 该研究首次结合多组学分析，识别了HBV感染相关的风险位点及其在肝癌中的作用 | 研究主要集中在HBV关联的HCC，未涵盖其他类型肝病的机制 | 探讨HBV感染与肝细胞癌发展的机制 | 研究对象为HBV感染的肝细胞癌患者及其肝细胞 | 数字病理学 | 肝癌 | 单细胞测序技术与大规模测序技术 | NA | 基因组数据 | 多个独立患者队列 |
| 262 | 2024-08-07 |
regeneration factors expressed on myeloid expression in macrophage-like cells is required for tail regeneration in Xenopus laevis tadpoles
2023-08-01, Development (Cambridge, England)
DOI:10.1242/dev.200467
PMID:37522363
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研究论文 | 本研究探讨了非洲爪蟾蝌蚪尾部再生的分子机制，特别是涉及白细胞介素11（il11）和两个新鉴定的基因rfem.L与rfem.S的作用 | 首次鉴定并描述了rfem.L和rfem.S这两个基因在非洲爪蟾蝌蚪尾部再生中的作用 | 研究主要集中在基因敲降实验和单细胞RNA测序分析，可能需要进一步的功能验证和机制探索 | 探究非洲爪蟾蝌蚪尾部再生的分子基础 | 非洲爪蟾蝌蚪的尾部再生过程及相关基因 | NA | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 基因表达数据 | 特定细胞类型的子集 |
| 263 | 2024-08-07 |
Cross-species single-cell transcriptomic analysis of animal gastric antrum reveals intense porcine mucosal immunity
2023-Aug-01, Cell regeneration (London, England)
DOI:10.1186/s13619-023-00171-w
PMID:37525021
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研究论文 | 本研究通过跨物种的单细胞转录组分析，比较了人、猪、鼠和大鼠胃窦上皮组织的细胞类型和基因表达，发现猪胃窦上皮具有更强的免疫功能 | 首次在单细胞水平上比较了不同物种胃窦上皮的细胞组成和基因表达，并发现猪胃窦上皮中存在一个新的细胞簇，其高表达AQP5、F3、CLCA1和RRAD | NA | 探究不同物种胃窦上皮的细胞组成和基因表达差异 | 人、猪、鼠和大鼠的胃窦上皮组织 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 人、猪、鼠和大鼠的胃窦上皮组织样本 |
| 264 | 2024-08-07 |
Single-cell transcriptome sequencing of B-cell heterogeneity and tertiary lymphoid structure predicts breast cancer prognosis and neoadjuvant therapy efficacy
2023-08, Clinical and translational medicine
IF:7.9Q1
DOI:10.1002/ctm2.1346
PMID:37525587
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组测序分析了乳腺癌中的B细胞异质性和三级淋巴结构，探讨了其在肿瘤免疫治疗中的作用及临床意义 | 首次在单细胞水平上详细研究了肿瘤浸润B细胞和肿瘤相关中性粒细胞的异质性，并发现了与免疫治疗效果相关的特殊细胞类型 | 研究样本量较小，仅涉及14名乳腺癌患者 | 探讨B细胞异质性和三级淋巴结构在乳腺癌中的作用及其对肿瘤免疫治疗的临床意义 | 乳腺癌患者的原发性肿瘤病变及周围正常组织中的B细胞 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 单细胞转录组测序 | NA | 转录组数据 | 14名乳腺癌患者，共计124,587个细胞 |
| 265 | 2024-08-07 |
The impact of the Hedgehog signal pathway on the tumor immune microenvironment of gastric adenocarcinoma by integrated analysis of scRNA-seq and RNA-seq datasets
2023-Aug-01, Functional & integrative genomics
IF:3.9Q1
DOI:10.1007/s10142-023-01187-w
PMID:37526746
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研究论文 | 本研究通过整合单细胞RNA测序（scRNA-seq）和RNA测序（RNA-seq）数据集，探讨了Hedgehog信号通路对胃腺癌肿瘤免疫微环境的影响 | 首次整合scRNA-seq和RNA-seq数据集，更精确地研究Hedgehog信号通路的表达谱、遗传改变及其活性 | 研究主要基于数据分析，缺乏体内实验验证 | 探讨Hedgehog信号通路对胃腺癌患者生存结果、肿瘤免疫微环境和药物敏感性的影响 | 胃腺癌患者的Hedgehog信号通路及其相关基因 | 数字病理学 | 胃癌 | scRNA-seq, RNA-seq | NA | 基因表达数据 | 具体样本数量未在摘要中提及 |
| 266 | 2024-08-07 |
demuxmix: demultiplexing oligonucleotide-barcoded single-cell RNA sequencing data with regression mixture models
2023-08-01, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btad481
PMID:37527018
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研究论文 | 本文介绍了一种基于负二项回归混合模型的单细胞RNA测序数据解复用方法demuxmix | demuxmix通过概率分类框架提供液滴分配的错误概率，并利用RNA文库中检测到的基因与HTO计数之间的正相关性来解释HTO数据中的部分变异，从而提高液滴分配的准确性 | NA | 开发一种新的单细胞RNA测序数据解复用方法，以提高解复用的准确性 | 单细胞RNA测序数据中的液滴分配问题 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 负二项回归混合模型 | RNA测序数据 | NA |
| 267 | 2024-08-07 |
Effective methods for bulk RNA-seq deconvolution using scnRNA-seq transcriptomes
2023-08-01, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-023-03016-6
PMID:37528411
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研究论文 | 本文系统评估了使用scnRNA-seq转录组进行bulk RNA-seq去卷积的方法，并提出了新的方法SQUID。 | 提出了新的去卷积方法SQUID，该方法结合了RNA-seq转换和抑制加权最小二乘去卷积方法，在预测细胞混合物和组织样本组成方面表现优于其他方法。 | NA | 评估和改进使用scnRNA-seq转录组进行bulk RNA-seq去卷积的方法。 | bulk RNA-seq样本的细胞类型组成。 | 生物信息学 | 白血病，神经母细胞瘤 | RNA-seq，scnRNA-seq | SQUID | RNA序列数据 | NA |
| 268 | 2024-08-07 |
Identification of the relationship between single-cell N6-methyladenosine regulators and the infiltrating immune cells in esophageal carcinoma
2023-Aug, Heliyon
IF:3.4Q1
DOI:10.1016/j.heliyon.2023.e18132
PMID:37529341
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研究论文 | 本研究探讨了单细胞N6-甲基腺苷（m6A）调节因子与食管鳞状细胞癌（ESCC）中浸润性免疫细胞之间的关系 | 首次揭示了m6A甲基化介导的细胞间通讯在食管鳞状细胞癌肿瘤微环境中调控肿瘤发展和抗肿瘤免疫的作用 | NA | 研究m6A RNA甲基化在食管鳞状细胞癌肿瘤微环境中与浸润性免疫细胞的关系及其功能 | 食管鳞状细胞癌中的单细胞转录组数据和肿瘤微环境中的免疫细胞 | 数字病理学 | 食管癌 | 单细胞转录组分析，qPCR | NA | 转录组数据 | 五个ESCC患者 |
| 269 | 2024-08-05 |
A combined microscopy and single-cell sequencing approach reveals the ecology, morphology, and phylogeny of uncultured lineages of zoosporic fungi
2023-08-31, mBio
IF:5.1Q1
DOI:10.1128/mbio.01313-23
PMID:37486265
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研究论文 | 该研究结合显微镜和单细胞测序方法，揭示了未经培养的水生真菌谱系的生态、形态和系统发育。 | 本研究为未描述的水生早期分支真菌线系提供了新的单细胞DNA序列，显示出其潜在的丰富多样性。 | 由于样本主要来自水生环境，研究结果未必适用于其他生态环境的真菌。 | 旨在通过单细胞测序深入了解未描述的水生真菌的生态功能和形态。 | 研究对象为127个主机关联真菌的单细胞样本。 | 数字病理学 | NA | 单细胞测序 | NA | DNA序列 | 127个真菌细胞样本 |
| 270 | 2024-08-07 |
Sox10 escalates vascular inflammation by mediating vascular smooth muscle cell transdifferentiation and pyroptosis in neointimal hyperplasia
2023-08-29, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2023.112869
PMID:37481722
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术，发现Sox10在血管平滑肌细胞向巨噬细胞样细胞转化及焦亡过程中的作用，揭示了其在血管炎症和新生内膜增生中的调控机制 | 首次揭示Sox10通过PI3K/AKT信号通路诱导血管平滑肌细胞转化和焦亡，从而加剧血管炎症 | NA | 探讨Sox10在血管炎症和新生内膜增生中的作用及机制 | 血管平滑肌细胞、巨噬细胞样细胞、Sox10、新生内膜增生 | 心血管疾病 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 小鼠 |
| 271 | 2024-08-07 |
Single-cell transcriptomic characterization of sheep conceptus elongation and implantation
2023-Aug-29, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2023.112860
PMID:37494181
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术，分析了绵羊胚胎在植入前和植入期的转录组动态变化 | 首次详细描述了绵羊胚胎在植入前和植入期的细胞类型分化和基因表达特征，揭示了胚胎与子宫内膜之间的分子对话机制 | NA | 探究绵羊胚胎在植入前和植入期的转录组动态变化及其与子宫内膜的相互作用 | 绵羊胚胎和子宫内膜在植入前和植入期的细胞类型和基因表达 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 多个绵羊胚胎和子宫内膜样本 |
| 272 | 2024-08-07 |
Transcriptomic differences between human 8-cell-like cells reprogrammed with different methods
2023-08-08, Stem cell reports
IF:5.9Q2
DOI:10.1016/j.stemcr.2023.06.009
PMID:37478859
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research paper | 本文总结了产生人类8细胞样细胞（8CLCs）的方法，并通过整合单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据集与人类胚胎数据，比较了它们的转录组特征。 | 首次系统总结了产生人类8CLCs的方法，并通过scRNA-seq数据集的整合，比较了不同方法产生的8CLCs的转录组差异。 | 人类胚胎激活（EGA）的研究仍因缺乏体外细胞模型而未完全阐明。 | 旨在比较和验证不同方法产生的8CLCs模型，并促进对人类胚胎激活和植入前发育相关基因的深入研究。 | 人类8细胞样细胞（8CLCs）及其转录组特征。 | NA | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 转录组数据 | 具体样本数量未在摘要中提及 |
| 273 | 2024-08-05 |
Convergent alteration of the mesenchymal stem cell heterogeneity in adipose tissue during aging
2023-08, FASEB journal : official publication of the Federation of American Societies for Experimental Biology
IF:4.4Q2
DOI:10.1096/fj.202300807R
PMID:37498236
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研究论文 | 本研究分析了年龄对脂肪来源干细胞（ASCs）异质性的影响，发现ASCs在衰老过程中的异质性丧失 | 该研究揭示了不同年龄组ASCs的五种亚型及其随着年龄增长的异质性丧失，并识别出ASC-4特异性转录因子 | 仅分析了来自C57BL/6小鼠的单细胞RNA测序数据，可能存在物种或模型特异性 | 探讨年龄对脂肪来源干细胞异质性影响及其生物学过程 | 来自不同年龄组C57BL/6小鼠的脂肪来源干细胞 | 数字病理 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因组数据 | 来自不同年龄（2周、8周、18个月）的小鼠的脂肪组织 |
| 274 | 2024-08-05 |
Analysis of intercellular communication in the osteosarcoma microenvironment based on single cell sequencing data
2023-Aug, Journal of bone oncology
IF:3.1Q2
DOI:10.1016/j.jbo.2023.100493
PMID:37501717
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研究论文 | 本研究分析了骨肉瘤微环境中的细胞间通讯 | 首次通过单细胞测序数据深入探讨了骨肉瘤微环境中不同细胞类型的相互关系 | 本研究的样本量较小，仅涉及六位未治疗的骨肉瘤患者 | 理解骨肉瘤微环境中不同细胞之间的通讯机制 | 针对六名未治疗的骨肉瘤患者进行的单细胞测序数据分析 | 数字病理学 | 骨肉瘤 | 单细胞测序 | NA | 基因表达数据 | 六名患者的46046个细胞 |
| 275 | 2024-08-05 |
Spatial transcriptomics of human placentas reveal distinct RNA patterns associated with morphology and preeclampsia
2023-08, Placenta
IF:3.0Q2
DOI:10.1016/j.placenta.2023.07.004
PMID:37481829
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研究论文 | 该文章展示了空间转录组学在研究人类胎盘中的应用 | 首次将空间转录组学应用于人类胎盘组织，揭示不同形态结构对应的RNA模式 | 未提到具体的样本数量和购买的样本特征 | 研究人类胎盘组织中RNA水平的模式与形态的关联 | 全程健康妊娠与妊娠高血压疾病的胎盘样本 | 数字病理学 | 妊娠高血压 | 空间转录组学 | NA | RNA水平数据 | NA |
| 276 | 2024-08-07 |
ARGLRR: A Sparse Low-Rank Representation Single-Cell RNA-Sequencing Data Clustering Method Combined with a New Graph Regularization
2023-08, Journal of computational biology : a journal of computational molecular cell biology
IF:1.4Q2
DOI:10.1089/cmb.2023.0077
PMID:37471220
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研究论文 | 本文提出了一种名为ARGLRR的新型单细胞RNA测序数据聚类方法，该方法结合了稀疏低秩表示和新的图正则化技术 | ARGLRR方法通过引入调整后的随机游走图正则化，能够同时捕捉单细胞RNA测序数据的局部和全局结构，并通过相似性约束进一步提高细胞间相似性和全局结构关系的估计能力 | NA | 开发一种新的单细胞RNA测序数据聚类方法，以提高细胞类型识别的准确性 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 稀疏低秩表示模型 | 基因表达数据 | 九个已知的单细胞RNA测序数据集 |
| 277 | 2024-08-07 |
Liver macrophages show an immunotolerance phenotype in nonalcoholic fatty liver combined with Porphyromonas gingivalis-lipopolysaccharide infection
2023-Aug-01, Hua xi kou qiang yi xue za zhi = Huaxi kouqiang yixue zazhi = West China journal of stomatology
DOI:10.7518/hxkq.2023.2023111
PMID:37474470
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研究论文 | 本研究旨在探讨非酒精性脂肪肝合并牙龈卟啉单胞菌感染中局部巨噬细胞的功能及其潜在调控靶点 | 研究揭示了牙龈卟啉单胞菌脂多糖诱导非酒精性脂肪肝中局部巨噬细胞的免疫耐受表型，这一发现可能为临床治疗提供潜在的治疗靶点 | NA | 探索非酒精性脂肪肝合并牙龈卟啉单胞菌感染中局部巨噬细胞的功能及其潜在调控靶点 | 非酒精性脂肪肝合并牙龈卟啉单胞菌感染中的局部巨噬细胞 | NA | 非酒精性脂肪肝 | 单细胞RNA测序, 实时聚合酶链反应, 酶联免疫吸附测定, 免疫荧光染色 | NA | RNA | NASH小鼠的肝脏组织及小鼠腹膜巨噬细胞 |
| 278 | 2024-08-07 |
Liquid extramedullary disease in multiple myeloma strongly predicts a poor prognosis and is associated with bortezomib resistance gene upregulation
2023-Aug-01, Clinica chimica acta; international journal of clinical chemistry
DOI:10.1016/j.cca.2023.117497
PMID:37479009
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研究论文 | 本研究回顾性分析了多发性骨髓瘤（MM）患者中伴有髓外疾病（EMD）复发的基线特征和治疗情况，特别是髓外疾病中的浆液性渗出（ME）亚型 | 发现髓外恶性浆细胞中存在高表达的硼替佐米耐药基因 | 研究为回顾性分析，样本量相对较小 | 探讨多发性骨髓瘤患者髓外疾病复发的预后因素及硼替佐米耐药基因的表达情况 | 多发性骨髓瘤伴有髓外疾病复发的患者 | NA | 多发性骨髓瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 14例伴有ME复发的EMD患者和21例不伴有ME复发的EMD患者 |
| 279 | 2024-08-07 |
Impaired BCAA catabolism in adipose tissues promotes age-associated metabolic derangement
2023-08, Nature aging
IF:17.0Q1
DOI:10.1038/s43587-023-00460-8
PMID:37488415
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研究论文 | 本文探讨了脂肪组织中支链氨基酸（BCAA）分解代谢在年龄相关代谢紊乱中的作用 | 发现脂肪细胞特异性Crtc2敲除可以保护小鼠免受年龄相关的代谢衰退，并通过多组学分析揭示了BCAA分解代谢受损与mTORC1信号激活和细胞衰老之间的关系 | NA | 研究脂肪组织中BCAA分解代谢在年龄相关代谢紊乱中的作用 | 脂肪组织中的支链氨基酸分解代谢 | 代谢研究 | 代谢紊乱 | 多组学分析，单细胞RNA测序 | NA | RNA | 小鼠模型 |
| 280 | 2024-08-07 |
A novel transcription factor SIPA1: identification and verification in triple-negative breast cancer
2023-08, Oncogene
IF:6.9Q1
DOI:10.1038/s41388-023-02787-3
PMID:37500797
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研究论文 | 本研究揭示了信号诱导增殖相关蛋白1（SIPA1）作为转录因子在三阴性乳腺癌（TNBC）中的作用 | 首次证实SIPA1作为转录因子，通过结合DNA并调节多个基因的转录，促进TNBC细胞的迁移和侵袭 | NA | 探讨SIPA1在三阴性乳腺癌中的转录调控作用及其对细胞迁移和侵袭的影响 | SIPA1蛋白及其在三阴性乳腺癌细胞中的功能 | NA | 乳腺癌 | 单细胞转录组测序 | NA | 转录组数据 | 来自转移性TNBC患者的样本 |