单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 359 篇文献，本页显示第 221 - 240 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 221 | 2024-08-07 |
CDDO-Methyl Ester Inhibits BRAF Inhibitor Resistance and Remodels the Myeloid Compartment in BRAF-mutant Melanoma
2023-Aug-03, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.08.01.551524
PMID:37577680
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研究论文 | 研究探讨了CDDO-甲酯在抑制BRAF抑制剂耐药性和重塑BRAF突变黑色素瘤髓系细胞中的作用 | 首次使用scRNA-seq技术分析BRAF抑制剂耐药肿瘤中的髓系细胞群体，并证明CDDO-甲酯能恢复治疗反应 | 研究主要基于小鼠模型，需要进一步的人体临床试验验证 | 研究CDDO-甲酯在抑制BRAF抑制剂耐药性中的作用及其机制 | BRAF突变的黑色素瘤及其耐药性 | NA | 黑色素瘤 | scRNA-seq | NA | RNA | 使用Braf/Pten移植小鼠模型 |
| 222 | 2024-08-05 |
ClusterDE: a post-clustering differential expression (DE) method robust to false-positive inflation caused by double dipping
2023-Aug-02, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-3211191/v1
PMID:37577698
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研究论文 | 本文提出了ClusterDE，一种能够控制假阳性率的聚类后差异表达（DE）方法 | ClusterDE通过生成基于真实数据的合成零数据，克服了传统方法中的双重引用问题 | 对一些聚类算法和差异表达测试的适应性可能存在局限性 | 研究聚类后差异表达分析中假阳性控制的方法 | 单细胞RNA-seq (scRNA-seq) 数据及其他单细胞多组学数据 | 数字病理 | NA | scRNA-seq | NA | 真实数据分析与模拟数据 | 多种真实数据及模拟数据 |
| 223 | 2024-08-07 |
Excitatory Neurons Derived from Human-Induced Pluripotent Stem Cells Show Transcriptomic Differences in Alzheimer's Patients from Controls
2023-08-02, Cells
IF:5.1Q2
DOI:10.3390/cells12151990
PMID:37566069
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研究论文 | 本文通过将人类诱导多能干细胞（iPSCs）分化为兴奋性神经元，并进行RNA测序，比较了阿尔茨海默病（AD）患者与对照组的转录组差异 | 发现了621个基因在AD患者与对照组的神经元中表达水平有显著差异，并与单细胞转录组研究中的AD相关基因有显著重叠和方向一致性 | NA | 旨在通过转录组分析精确识别阿尔茨海默病患者的不同生物学亚型，以促进精准医疗策略的实施 | 阿尔茨海默病患者与对照组的诱导多能干细胞分化出的兴奋性神经元 | 干细胞研究 | 阿尔茨海默病 | RNA测序 | NA | 转录组数据 | 8名阿尔茨海默病患者和6名对照组的iPSCs分化出的神经元 |
| 224 | 2024-08-07 |
Deciphering the Biology of Circulating Tumor Cells through Single-Cell RNA Sequencing: Implications for Precision Medicine in Cancer
2023-Aug-02, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms241512337
PMID:37569711
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综述 | 本文综述了通过单细胞RNA测序技术研究循环肿瘤细胞的生物学特性及其在精准医学中的应用 | 利用单细胞RNA测序技术深入解析循环肿瘤细胞的转录组特征，为探索新的治疗靶点提供新视角 | 循环肿瘤细胞极为稀有且异质性强，缺乏特定标记物来识别启动转移的循环肿瘤细胞 | 全面描述当前通过单细胞RNA测序技术对循环肿瘤细胞转录组分析的研究 | 循环肿瘤细胞及其与血液中其他细胞类型的相互作用，特别是免疫系统细胞 | 数字病理学 | 癌症 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 单个循环肿瘤细胞 |
| 225 | 2024-08-05 |
The Bladder Tumor Microenvironment Components That Modulate the Tumor and Impact Therapy
2023-Aug-01, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms241512311
PMID:37569686
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综述 | 本综述探讨了膀胱肿瘤微环境中不同细胞类型的作用及其对免疫激活和微环境的影响 | 文章结合单细胞测序技术和临床数据，强调了肿瘤微环境中细胞互作对癌症发展的重要性 | 缺乏对具体机制的深入探讨 | 旨在更好地理解膀胱肿瘤微环境中的细胞如何共同作用 | 研究膀胱肿瘤微环境中的多种细胞类型 | 数字病理学 | 膀胱癌 | 单细胞测序 | NA | 临床数据 | NA |
| 226 | 2024-08-07 |
Spatial transcriptomics of the human heart
2023-08, Nature biotechnology
IF:33.1Q1
DOI:10.1038/s41587-023-01918-1
PMID:37568021
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 227 | 2024-08-07 |
Targeted Single-cell Isolation of Spontaneously Escaping Live Melanoma Cells for Comparative Transcriptomics
2023-08, Cancer research communications
IF:2.0Q3
DOI:10.1158/2767-9764.CRC-22-0305
PMID:37575281
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研究论文 | 本文介绍了一种新的单细胞分离技术，用于详细分析黑色素瘤生长和侵袭的三维数据，并能够分离具有不同形态和侵袭参数的自发侵袭性癌细胞 | 该技术通过表达光转换荧光蛋白，标记并分离了处于不同迁移状态的癌细胞，进行了单细胞RNA测序，为研究癌细胞在不同状态下的转录组提供了新方法 | 主要由于缺乏直接比较不同迁移状态下自发侵袭性癌细胞转录组的方法，导致调控上皮、间质和阿米巴状态之间转换的基因转录仍不完全清楚 | 研究癌细胞从上皮样状态向侵袭性迁移状态转变过程中的基因转录变化 | 黑色素瘤细胞及其在不同迁移状态下的转录组 | 数字病理学 | 黑色素瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 462个差异表达基因 |
| 228 | 2024-08-07 |
scNCL: transferring labels from scRNA-seq to scATAC-seq data with neighborhood contrastive regularization
2023-08-01, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btad505
PMID:37584660
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研究论文 | 本文提出了一种新的迁移学习方法scNCL，利用先验知识和对比学习解决scRNA-seq到scATAC-seq数据的信息传递问题 | scNCL通过引入邻域对比学习来保留scATAC-seq细胞在原始特征空间中的邻域结构，并使用特征投影损失和对齐损失来协调scRNA-seq和scATAC-seq之间的嵌入 | NA | 开发一种新的迁移学习方法，以克服scATAC-seq数据的高维度、极端稀疏性和大规模带来的细胞类型识别挑战 | scRNA-seq和scATAC-seq数据 | 机器学习 | NA | 对比学习 | NA | 基因活性矩阵 | 百万级数据集 |
| 229 | 2024-08-05 |
PTEN regulates hematopoietic lineage plasticity via PU.1-dependent chromatin accessibility
2023-08-29, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2023.112967
PMID:37561626
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研究论文 | 本研究探讨了PTEN通过PU.1调节造血谱系选择的机制 | 发现PU.1是PTEN失活后关键的转录因子，能够重编程前B细胞的染色质可及性和谱系潜力 | NA | 探讨PTEN影响造血谱系选择的机制 | 使用小鼠前白血病HSCs和前体细胞进行的实验证明 | 数字病理学 | T细胞急性淋巴细胞白血病 | ATAC-seq, 单细胞RNA-seq | NA | NA | 使用小鼠的前白血病HSCs和前体细胞进行分析 |
| 230 | 2024-08-05 |
Homeostatic PD-1 signaling restrains EOMES-dependent oligoclonal expansion of liver-resident CD8 T cells
2023-08-29, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2023.112876
PMID:37543948
|
研究论文 | 这篇文章展示了PD-1信号在肝脏记忆T细胞稳态中的作用 | 揭示了PD-1信号缺失下，肝脏CD8 T细胞的偏向性扩展与EOMES转录因子的作用 | 对PD-1/PDL-1轴在T细胞稳态中的生理角色仍然理解不足 | 探讨PD-1信号通路在肝脏CD8 T细胞稳态中的生理作用 | 肝脏驻留的CD8 T细胞 | NA | NA | 单细胞转录组学和TCR（T细胞受体）谱分析 | NA | NA | NA |
| 231 | 2024-08-07 |
Temporal transcriptome features identify early skeletal commitment during human epiphysis development at single-cell resolution
2023-Aug-18, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2023.107200
PMID:37554462
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术，探讨了人类远端股骨骨骺细胞在受孕后15-25周的动态转录组变化 | 首次在单细胞分辨率下揭示了人类骨骺发育早期骨骼承诺的转录组特征 | NA | 深入理解胎儿骨骺发育过程中的单细胞遗传变化 | 人类远端股骨骨骺细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 受孕后15-25周的人类远端股骨骨骺细胞 |
| 232 | 2024-08-05 |
CD8+ tissue-resident memory T cells induce oral lichen planus erosion via cytokine network
2023-08-09, eLife
IF:6.4Q1
DOI:10.7554/eLife.83981
PMID:37555396
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研究论文 | 本研究探讨了CD8 T细胞在口腔扁平苔藓侵蚀过程中的作用 | 揭示了CD8 Trm细胞通过分泌多种细胞因子诱导口腔扁平苔藓侵蚀的新分子机制 | 研究中对口腔扁平苔藓的特征和机制尚需进一步验证 | 研究CD8 Trm细胞在口腔扁平苔藓中的功能 | 主要研究在口腔扁平苔藓患者中CD8 Trm细胞的分布和细胞因子生产 | 数字病理学 | 口腔扁平苔藓 | 单细胞RNA测序和空间转录组学 | NA | RNA和蛋白质数据 | 临床队列为1年的随访研究 |
| 233 | 2024-08-05 |
Cross-species transcriptomics reveals bifurcation point during the arterial-to-hemogenic transition
2023-08-09, Communications biology
IF:5.2Q1
DOI:10.1038/s42003-023-05190-6
PMID:37558796
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研究论文 | 本文介绍了一种跨物种的方法HomologySeeker，以研究人类的内皮到造血转变现象 | 提出了HomologySeeker方法，利用小鼠信息研究人类EHT的变化，并发现物种间的平行发育关系 | 对人类内皮到造血转变的现象的具体机制尚不清楚，且可能缺乏临床验证 | 探讨人类内皮到造血转变的过程及其物种间的保守性 | 专注于动脉内皮细胞及其向造血内皮细胞转变的阶段 | 数字病理学 | NA | 单细胞转录组分析 | NA | 转录组数据 | 使用小鼠和人类细胞的单细胞转录组数据进行比较 |
| 234 | 2024-08-05 |
Disease-associated astrocytes and microglia markers are upregulated in mice fed high fat diet
2023-08-09, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-023-39890-0
PMID:37558676
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研究论文 | 这篇文章探讨了高脂饮食如何影响与阿尔茨海默病相关的星形胶质细胞和小胶质细胞的标志物 | 文章提出C4b作为肥胖或糖尿病人群中阿尔茨海默病的潜在早期标志物，揭示了肥胖、糖尿病与阿尔茨海默病发病机制之间的新联系 | 研究主要基于小鼠实验和人类数据，尚未在临床上验证所发现的标志物 | 研究与阿尔茨海默病及2型糖尿病风险相关的基因表达变化 | 研究对象为在高脂饮食下的小鼠及患有阿尔茨海默病的人类 | 数字病理学 | 阿尔茨海默病 | RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 小鼠和人类的脑组织样本 |
| 235 | 2024-08-05 |
Single-cell analysis reveals region-heterogeneous responses in rhesus monkey spinal cord with complete injury
2023-08-09, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-023-40513-5
PMID:37558705
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研究论文 | 该研究揭示了完全脊髓损伤猴子脊髓中区域异质性的细胞动态响应 | 使用单细胞转录组学研究不同脊髓区域的细胞响应，发现远端腰椎组织受到严重影响，并提出了基于支架的治疗方法 | 研究样本仅限于雌性猕猴，可能影响结果的广泛性 | 探讨脊髓损伤后不同区域的细胞反应及其异质性 | 雌性猕猴脊髓损伤的细胞动态反应 | 数字病理学 | 脊髓损伤 | 单细胞转录组学 | NA | 组织样本 | 雌性猕猴脊髓损伤样本 |
| 236 | 2024-08-07 |
TPL2 kinase activity regulates microglial inflammatory responses and promotes neurodegeneration in tauopathy mice
2023-08-09, eLife
IF:6.4Q1
DOI:10.7554/eLife.83451
PMID:37555828
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研究论文 | 本文研究了TPL2激酶活性在微胶质细胞炎症反应中的作用及其在tauopathy小鼠模型中促进神经退行性变的影响 | 发现TPL2激酶活性调节微胶质细胞的细胞因子释放，并在tauopathy模型中减少神经炎症和恢复神经功能 | NA | 探讨TPL2激酶活性在神经退行性疾病中的作用及潜在治疗策略 | TPL2激酶活性、微胶质细胞、神经退行性疾病 | 神经科学 | 神经退行性疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | tauopathy小鼠模型 |
| 237 | 2024-08-07 |
LAST-seq: single-cell RNA sequencing by direct amplification of single-stranded RNA without prior reverse transcription and second-strand synthesis
2023-08-09, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-023-03025-5
PMID:37559123
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研究论文 | 本文开发了一种新的单细胞RNA测序方法LAST-seq，该方法直接扩增原始的单链RNA分子，无需先前的逆转录和第二链合成 | LAST-seq方法直接扩增单链RNA，提高了单分子捕获效率并降低了技术噪声 | NA | 开发新的单细胞RNA测序技术并研究人类细胞中的转录爆发动力学 | 单细胞RNA测序技术和人类细胞的转录调控 | 基因组学 | NA | LAST-seq | NA | RNA | 单细胞 |
| 238 | 2024-08-05 |
Spatial transcriptomics analysis of esophageal squamous precancerous lesions and their progression to esophageal cancer
2023-08-08, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-023-40343-5
PMID:37553345
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研究论文 | 本研究分析了食管鳞状上皮癌前病变及其向食管癌的进展情况 | 该研究利用空间全转录组图谱分析，识别出TAGLN2和CRNN作为食管癌前病变阶段预测食管癌风险的候选指标 | NA | 本研究旨在寻找能够预测食管鳞状细胞癌风险的生物标志物 | 研究对象为食管鳞状上皮癌前病变及其进展到食管鳞状细胞癌的过程 | 数字病理学 | 食管癌 | 空间全转录组分析 | NA | 组织样本 | 配对样本数量未提供 |
| 239 | 2024-08-05 |
Phylogenetic inference from single-cell RNA-seq data
2023-08-08, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-023-39995-6
PMID:37553438
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研究论文 | 该文章提出了一种从单细胞RNA测序数据重建肿瘤细胞的系统发育关系的方法PhylinSic | PhylinSic方法能够结合基因表达谱重建个体癌细胞的进化关系，解决了传统方法难以达成的挑战 | NA | 探讨肿瘤细胞在演化过程中的恶性特性获取及其对治疗的影响 | 单细胞RNA测序数据中的癌细胞及其遗传谱系 | 数字病理学 | 乳腺癌 | scRNA-Seq | 贝叶斯建模算法 | 基因表达数据 | NA |
| 240 | 2024-08-07 |
Transgene-free direct conversion of murine fibroblasts into functional muscle stem cells
2023-Aug-08, NPJ Regenerative medicine
IF:6.4Q1
DOI:10.1038/s41536-023-00317-z
PMID:37553383
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研究论文 | 本研究报道了一种高效的无转基因方法，通过过表达合成MyoD-mRNA与增强的小分子混合物，直接将小鼠成纤维细胞转化为诱导的肌源性前体细胞（iMPCs） | 本研究开发了一种无转基因的方法，避免了病毒载体带来的不利基因组整合和潜在的分子后果 | NA | 探索一种更安全的方法，用于再生医学中将成纤维细胞转化为肌源性干细胞 | 小鼠成纤维细胞转化为肌源性干细胞 | 再生医学 | 杜氏肌营养不良 | 过表达合成MyoD-mRNA，小分子混合物 | NA | 转录组数据 | NA |