单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 359 篇文献，本页显示第 201 - 220 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 201 | 2024-08-05 |
Spatial transcriptomics reveal markers of histopathological changes in Duchenne muscular dystrophy mouse models
2023-08-15, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-023-40555-9
PMID:37582915
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研究论文 | 本文采用空间转录组技术识别杜氏肌营养不良症小鼠模型中与组织病理变化相关的基因表达特征 | 首次在不同病程严重程度的杜氏肌营养不良症小鼠模型中利用空间转录组技术直接关联基因表达与肌肉组织学 | 未明确提及研究的具体局限性 | 识别驱动组织重塑的基因和细胞类型，以开发有效的疗法 | 使用了两种不同病程严重程度的杜氏肌营养不良症小鼠模型 | 数字病理学 | 杜氏肌营养不良症 | 空间转录组 | NA | 基因表达数据 | 使用了两种杜氏肌营养不良症小鼠模型 |
| 202 | 2024-08-05 |
COMPASS: joint copy number and mutation phylogeny reconstruction from amplicon single-cell sequencing data
2023-08-15, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-023-40378-8
PMID:37582954
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研究论文 | 提出了一种新的计算方法COMPASS，用于从靶向单细胞DNA测序数据中推断SNV和CNA的联合系统发育 | 开发了一个能够同时处理SNV和CNA的联合系统发育重建的方法 | 目前方法的适用性可能受限于特定类型的测序数据 | 理解肿瘤演变历史并预测其对治疗的抵抗力 | 使用COMPASS方法分析急性髓性白血病患者的数据集 | 数字病理学 | 急性髓性白血病 | 单细胞DNA测序 | NA | 基因组数据 | 123名急性髓性白血病患者 |
| 203 | 2024-08-07 |
Astrocyte senescence-like response related to peripheral nerve injury-induced neuropathic pain
2023-Aug-15, Cellular & molecular biology letters
IF:9.2Q1
DOI:10.1186/s11658-023-00474-5
PMID:37582709
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研究论文 | 本研究探讨了星形胶质细胞衰老与慢性坐骨神经损伤后神经病理性疼痛之间的关系 | 首次揭示了星形胶质细胞衰老在神经炎症中的潜在作用，并提出了针对CLU激活的新治疗策略 | NA | 探索星形胶质细胞衰老与神经病理性疼痛之间的可能联系 | 成年大鼠的坐骨神经损伤模型 | NA | 神经病理性疼痛 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 成年大鼠 |
| 204 | 2024-08-07 |
Bioengineered human tissue regeneration and repair using endogenous stem cells
2023-08-15, Cell reports. Medicine
DOI:10.1016/j.xcrm.2023.101156
PMID:37586324
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研究论文 | 本文描述了一种利用肋间隙的自愈能力生成骨和软骨结构的方法，用于治疗变形的手指关节和小耳畸形 | 利用内源性干细胞和3D模具精确再生和修复人体组织 | NA | 开发一种仅使用内源性因素修复和再生骨及组织结构缺陷的治疗策略 | 骨和软骨结构的再生与修复 | 生物工程 | 小耳畸形 | 单细胞RNA测序 | NA | 细胞 | 5名单侧小耳畸形患者 |
| 205 | 2024-08-07 |
METTL3 drives NAFLD-related hepatocellular carcinoma and is a therapeutic target for boosting immunotherapy
2023-08-15, Cell reports. Medicine
DOI:10.1016/j.xcrm.2023.101144
PMID:37586322
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研究论文 | 本文研究了METTL3在非酒精性脂肪肝病（NAFLD）相关肝细胞癌（HCC）中的作用及其作为治疗靶点的潜力 | 首次揭示了METTL3通过调节胆固醇生物合成和免疫细胞功能，促进NAFLD-HCC的发展，并提出METTL3作为免疫检查点阻断疗法的联合治疗靶点 | NA | 探讨METTL3在NAFLD-HCC中的作用机制及其作为治疗靶点的可能性 | METTL3在NAFLD-HCC中的作用及其对免疫疗法的影响 | 数字病理学 | 肝细胞癌 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 小鼠模型 |
| 206 | 2024-08-07 |
Prolonged cytopenia following CD19 CAR T cell therapy is linked with bone marrow infiltration of clonally expanded IFNγ-expressing CD8 T cells
2023-08-15, Cell reports. Medicine
DOI:10.1016/j.xcrm.2023.101158
PMID:37586321
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研究论文 | 研究探讨了自体抗CD19嵌合抗原受体T细胞（CAR T）疗法后长期细胞减少与骨髓中克隆扩增的IFNγ表达CD8 T细胞浸润之间的关系 | 通过单细胞RNA测序发现，长期细胞减少与骨髓中高表达IFN-γ和细胞因子信号基因集的克隆扩增CX3CR1细胞毒性T细胞频率增加有关 | 对于长期细胞减少的病理生理机制理解不足 | 研究CAR T细胞疗法后长期细胞减少的生物学机制 | 骨髓样本中的T细胞和造血干细胞 | 免疫学 | 淋巴瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 健康捐赠者和复发/难治性大B细胞淋巴瘤（rrLBCL）患者的骨髓样本 |
| 207 | 2024-08-07 |
C5aR+ dendritic cells fine-tune the Peyer's patch microenvironment to induce antigen-specific CD8+ T cells
2023-Aug-14, NPJ vaccines
IF:6.9Q1
DOI:10.1038/s41541-023-00720-z
PMID:37580335
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研究论文 | 研究探讨了Peyer's patch（PP）树突状细胞（DCs）在口服疫苗策略中的特征和免疫潜能 | 发现C5aR信号在黏膜DCs中通过调节组织微环境来调控佐剂活性 | NA | 开发针对黏膜树突状细胞的免疫策略 | Peyer's patch树突状细胞及其在免疫反应中的作用 | 免疫学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 小鼠模型 |
| 208 | 2024-08-07 |
Investigating the biology of yeast aging by single-cell RNA-seq
2023-08-14, Aging
DOI:10.18632/aging.204991
PMID:37580796
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 209 | 2024-08-07 |
Sample Collection Methods in Upper Gastrointestinal Research
2023-Aug-14, Journal of Korean medical science
IF:3.0Q1
DOI:10.3346/jkms.2023.38.e255
PMID:37582502
|
综述 | 本文综述了上消化道研究中样本收集方法的协议，包括微生物组、DNA、RNA、蛋白质、单细胞RNA测序和类器官培养。 | 提出了针对不同研究目的的样本收集方法，并详细说明了每种分析所需的样本数量和类型。 | 目前关于内镜活检样本收集方法的报告较少。 | 探讨上消化道研究中样本收集的最佳方法。 | 上消化道组织样本，包括微生物组、DNA、RNA、蛋白质、单细胞RNA和类器官。 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 组织样本 | 微生物组分析需要1-2块活检材料，DNA或RNA分析需要至少1块胃活检组织，蛋白质组学分析需要至少2-3块活检组织，单细胞RNA测序需要至少3-5块组织，类器官培养需要多次采样。 |
| 210 | 2024-08-05 |
An information-theoretic approach to single cell sequencing analysis
2023-Aug-12, BMC bioinformatics
IF:2.9Q1
DOI:10.1186/s12859-023-05424-8
PMID:37573291
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研究论文 | 本文正式量化了单细胞测序实验获得的信息，并展示了其与基因表达异质性之间的直观关系 | 提出了一种基于信息论的定义，能够有效区分细胞类型间的异质性，并发展出自动无监督聚类的高效方法 | 未提及具体限制 | 旨在深入理解单细胞测序数据中的基因表达异质性及其与细胞类型的关系 | 单细胞测序实验数据 | 数字病理学 | NA | 单细胞测序 | 聚类算法 | 基因表达数据 | NA |
| 211 | 2024-08-07 |
Co-inhibition of glutaminolysis and one-carbon metabolism promotes ROS accumulation leading to enhancement of chemotherapeutic efficacy in anaplastic thyroid cancer
2023-08-12, Cell death & disease
IF:8.1Q1
DOI:10.1038/s41419-023-06041-2
PMID:37573361
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研究论文 | 研究探讨了抑制谷氨酰胺代谢和一碳代谢在增加细胞内活性氧（ROS）积累以及增强化疗效果中的作用，特别是在未分化甲状腺癌中的应用。 | 首次发现同时抑制谷氨酰胺代谢和一碳代谢可以增强未分化甲状腺癌的化疗效果，并通过单细胞RNA测序分析揭示了一碳代谢在甲状腺癌进化过程中的作用。 | 研究主要基于细胞和分子层面的实验，尚未进行临床试验验证其在患者中的实际效果。 | 探索通过抑制谷氨酰胺代谢和一碳代谢来增强未分化甲状腺癌化疗效果的机制。 | 未分化甲状腺癌细胞及其代谢途径。 | 数字病理学 | 甲状腺癌 | RNA测序, ATAC-Sequencing | NA | mRNA, 单细胞RNA | 具体样本数量未在摘要中明确 |
| 212 | 2024-08-07 |
Potential immunosuppressive clonal hematopoietic mutations in tumor infiltrating immune cells in breast invasive carcinoma
2023-08-12, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-023-40256-9
PMID:37573441
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研究论文 | 本文研究了乳腺癌中肿瘤浸润免疫细胞中的克隆性造血突变，这些突变可能抑制免疫反应 | 首次研究了肿瘤浸润免疫细胞中的体细胞突变，这些突变可能通过抑制有效的抗肿瘤免疫反应来促进肿瘤生长 | 需要进一步的实验验证来确认这些突变对实体瘤进展的影响 | 识别肿瘤浸润免疫细胞中潜在的免疫抑制性克隆性造血突变 | 乳腺癌患者的肿瘤和正常血液样本中的肿瘤浸润免疫细胞 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 外显子测序、RNA测序、单细胞RNA测序 | NA | 基因组数据、转录组数据 | 乳腺癌患者的肿瘤和正常血液样本 |
| 213 | 2024-08-05 |
Identification of immunotherapy biomarkers for improving the clinical outcome of homologous recombination deficiency patients with lung adenocarcinoma
2023-08-11, Aging
DOI:10.18632/aging.204957
PMID:37578930
|
研究论文 | 该文章研究了HRD在肺腺癌中的转录组学角色，并识别了与之相关的免疫治疗生物标志物 | 首次探讨了HRD分数与肺腺癌患者生存结果之间的相关性，并确认了MS4A6A作为潜在生物标志物的作用 | 研究缺乏广泛的临床验证和多中心数据支持 | 旨在识别与HRD相关的生物标志物，以改善肺腺癌患者的临床治疗效果 | 肺腺癌患者，特别关注HRD相关转录组变化 | 数字病理 | 肺癌 | SNP阵列数据分析、单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 912名肺腺癌患者的转录组数据和9名肺腺癌患者的单细胞RNA-seq数据 |
| 214 | 2024-08-05 |
CCIDB: a manually curated cell-cell interaction database with cell context information
2023-08-11, Database : the journal of biological databases and curation
DOI:10.1093/database/baad057
PMID:37566630
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研究论文 | 构建了一个包含细胞间互动和上下文信息的数据库（CCIDB） | 首次提供了细胞-细胞互动（CCI）的生物和临床上下文信息 | 数据库中的信息可能随着新的研究进展而过时 | 旨在为研究人员提供分析单细胞测序数据或通过分子实验研究细胞-细胞互作的资源 | 手动收集和整理来自272项研究的520个细胞间互动及其相关上下文特征 | 数字病理学 | NA | NA | NA | 数据库 | 520个细胞间互动 |
| 215 | 2024-08-07 |
Comprehensive landscape of resistance mechanisms for neoadjuvant therapy in esophageal squamous cell carcinoma by single-cell transcriptomics
2023-08-11, Signal transduction and targeted therapy
IF:40.8Q1
DOI:10.1038/s41392-023-01518-0
PMID:37563120
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 216 | 2024-08-07 |
Single-cell and bulk RNA sequencing reveal cancer-associated fibroblast heterogeneity and a prognostic signature in prostate cancer
2023-Aug-11, Medicine
IF:1.3Q2
DOI:10.1097/MD.0000000000034611
PMID:37565899
|
研究论文 | 本研究利用单细胞和批量RNA测序技术揭示了前列腺癌中癌症相关成纤维细胞（CAFs）的异质性，并构建了一个预测前列腺癌预后的CAF相关特征。 | 首次构建了一个CAF相关的预后模型，并揭示了前列腺癌中三种具有不同功能的CAF亚群。 | NA | 旨在检查前列腺癌中CAF的特性，并构建一个CAF衍生的特征来预测前列腺癌的预后。 | 前列腺癌中的癌症相关成纤维细胞（CAFs）及其在肿瘤微环境中的作用。 | 数字病理学 | 前列腺癌 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | RNA测序数据 | 单细胞RNA测序分析确定了783个CAF细胞，并在4个独立的批量RNA测序队列中验证了预后模型。 |
| 217 | 2024-08-07 |
Single-cell analysis of lizard blastema fibroblasts reveals phagocyte-dependent activation of Hedgehog-responsive chondrogenesis
2023-08-10, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-023-40206-z
PMID:37563130
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析了再生蜥蜴尾巴中的成纤维细胞和吞噬细胞群体，揭示了吞噬细胞依赖的Hedgehog信号响应软骨生成机制。 | 首次揭示了蜥蜴再生尾巴中吞噬细胞在成纤维细胞基因激活中的作用，以及Hedgehog信号在软骨生成中的独特响应。 | 研究主要集中在蜥蜴尾巴的再生，未涉及其他物种或组织的再生机制。 | 探究蜥蜴尾巴再生过程中成纤维细胞和吞噬细胞的作用机制。 | 蜥蜴尾巴再生过程中的成纤维细胞和吞噬细胞。 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 涉及再生蜥蜴尾巴的多个细胞群体 |
| 218 | 2024-08-07 |
Plasma Exosome Proteins ILK1 and CD14 Correlated with Organ-Specific Metastasis in Advanced Gastric Cancer Patients
2023-Aug-05, Cancers
IF:4.5Q1
DOI:10.3390/cancers15153986
PMID:37568802
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研究论文 | 研究探讨了胃癌患者血浆外泌体蛋白ILK1和CD14与特定器官转移的关系 | 首次详细研究了外泌体蛋白在胃癌特定器官转移中的作用 | 研究样本量较小，需要进一步的大规模研究验证 | 探究外泌体蛋白在胃癌特定器官转移中的作用及其机制 | 胃癌患者的血浆外泌体蛋白及胃癌细胞系 | 数字病理学 | 胃癌 | Nano-HPLC-MS/MS, 单细胞RNA测序 | NA | 蛋白质, RNA | 12名胃癌伴有特定器官转移的患者 |
| 219 | 2024-08-07 |
Crosstalk between Cancer Cells and Cancer-Associated Fibroblasts Mediated by TGF-β1-IGFBP7 Signaling Promotes the Progression of Infiltrative Gastric Cancer
2023-Aug-04, Cancers
IF:4.5Q1
DOI:10.3390/cancers15153965
PMID:37568781
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研究论文 | 本研究探讨了转化生长因子β1（TGF-β1）与胰岛素样生长因子结合蛋白7（IGFBP7）信号通路在癌相关成纤维细胞（CAFs）与癌细胞间对话中的作用，及其对浸润性胃癌进展的影响 | 首次揭示了TGF-β1通过上调IGFBP7表达，促进CAFs的活化和肿瘤进展的机制 | 研究主要基于体外实验和数据库分析，未来需进一步通过体内实验验证 | 阐明TGF-β1-IGFBP7信号通路在浸润性胃癌中的作用及其机制 | 浸润性胃癌、癌相关成纤维细胞、TGF-β1和IGFBP7信号通路 | 数字病理学 | 胃癌 | 蛋白质组学、单细胞转录组学、免疫荧光染色 | NA | 蛋白质表达数据、转录组数据 | 涉及XGC-1和MGC-803细胞系及多种组织样本 |
| 220 | 2024-08-05 |
Continuous lifelong learning for modeling of gene regulation from single cell multiome data by leveraging atlas-scale external data
2023-Aug-03, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.08.01.551575
PMID:37577525
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研究论文 | 该文章介绍了一种新型的深度学习方法LINGER，用于从单细胞多组学数据中推断基因调控网络。 | LINGER结合了来自不同细胞环境的大规模外部数据和转录因子基序匹配知识，以应对数据有限和参数空间广泛的挑战。 | 尽管提出了新方法，文章中并未提及LINGER的具体应用限制。 | 旨在提高基因调控网络的推断准确性。 | 以单细胞多组学数据为基础，研究基因表达和染色质可及性的数据。 | 计算生物学 | NA | 深度学习 | NA | 基因组数据 | NA |