单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 359 篇文献，本页显示第 181 - 200 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 181 | 2024-08-05 |
Informing virtual clinical trials of hepatocellular carcinoma with spatial multi-omics analysis of a human neoadjuvant immunotherapy clinical trial
2023-Aug-15, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.08.11.553000
PMID:37645761
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研究论文 | 提出了一种新的计算模型以促进肝细胞癌的虚拟临床试验 | 首次基于人类临床试验的高通量空间多组学数据构建了空间肿瘤模型 | 模型依赖于真实世界数据，可能受限于数据的可用性和质量 | 旨在推进肝细胞癌的新疗法并优化治疗效果 | 针对接受新型免疫联合治疗的肝细胞癌患者进行分析 | 数字病理学 | 肝癌 | 空间定量系统药理学（spQSP）平台 | NA | 空间多组学数据 | 来自原始临床试验的样本（具体样本量未提及） | NA | NA | NA | NA |
| 182 | 2024-08-05 |
Integrated spatial transcriptomics and lipidomics of precursor lesions of pancreatic cancer identifies enrichment of long chain sulfatide biosynthesis as an early metabolic alteration
2023-Aug-15, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.08.14.553002
PMID:37645752
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研究论文 | 本研究整合了空间转录组学和脂质组学，以识别胰腺癌前体病变的早期代谢改变 | 首次进行跨物种评估，结合空间转录组学和空间代谢组学，发现长链硫脂质生物合成的富集是胰腺癌前病变的早期代谢改变 | 样本涉及的数量相对较少，可能会影响结果的广泛适用性 | 探究胰腺癌前体病变的分子机制，尤其是代谢变化 | 人类切除的胰腺内管乳头状黏液瘤（IPMN）组织及相关小鼠模型 | 数字病理学 | 胰腺癌 | MALDI-Mass Spectrometry（MALDI-MS）和Visium空间转录组学 | NA | 组织样本，脂质组数据 | 涉及23个人类IPMN组织样本和89名患者的囊性液体样本 | NA | NA | NA | NA |
| 183 | 2024-08-07 |
Epithelial Galectin-3 Induced the Mitochondrial Complex Inhibition and Cell Cycle Arrest of CD8+ T Cells in Severe/Critical COVID-19
2023-Aug-14, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms241612780
PMID:37628961
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和单细胞T细胞受体测序分析，揭示了严重/危重COVID-19患者中CD8 T细胞的增殖耗竭表型，并探讨了上皮细胞中的半乳糖凝集素-3通过抑制NRF1的核转位，影响CD8 T细胞线粒体呼吸链复合体III/IV基因的转录，从而导致细胞周期阻滞和线粒体生物发生抑制的机制。 | 本研究首次揭示了上皮细胞中的半乳糖凝集素-3通过特定的信号通路影响CD8 T细胞的功能，为COVID-19的免疫发病机制提供了新的见解。 | NA | 探讨严重/危重COVID-19患者中CD8 T细胞功能障碍的机制，并寻找潜在的治疗靶点。 | 严重/危重COVID-19患者中的CD8 T细胞和感染的肺上皮细胞。 | 免疫学 | COVID-19 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）和单细胞T细胞受体测序（scTCR-seq） | NA | 单细胞数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 184 | 2024-08-07 |
Identification of HPV oncogene and host cell differentiation associated cellular heterogeneity in cervical cancer via single-cell transcriptomic analysis
2023-Aug-14, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.08.10.552878
PMID:37645794
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研究论文 | 本研究利用单细胞转录组分析技术，探讨了人乳头瘤病毒（HPV）阳性宫颈癌组织中病毒基因与宿主细胞分化相关的细胞异质性 | 首次从单细胞层面分析了HPV16基因在不同上皮细胞群中的表达差异，并揭示了HPV阳性细胞与正常上皮细胞在基因表达上的显著差异 | NA | 探究HPV在宫颈癌中的作用机制及其与宿主细胞分化之间的关系 | HPV阳性宫颈癌组织中的病毒基因与宿主细胞分化 | 数字病理学 | 宫颈癌 | 单细胞转录组分析 | NA | 转录组数据 | 九个上皮细胞群 | NA | NA | NA | NA |
| 185 | 2024-08-05 |
Spatial Transcriptomic Technologies
2023-08-10, Cells
IF:5.1Q2
DOI:10.3390/cells12162042
PMID:37626852
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综述 | 空间转录组技术能系统地测量组织空间中基因的表达水平 | 本文回顾了关键的空间转录组技术及其应用，并展望了应对当前空间方法局限的新兴技术 | 目前的空间技术在空间分辨率、灵敏度和通量等方面存在差异 | 加深对细胞组织及其在组织内的相互作用的理解 | 空间转录组技术及其在生物医学中的应用 | 数字病理学 | 癌症 | 空间转录组技术 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 186 | 2024-08-07 |
A Comparison of Cell-Cell Interaction Prediction Tools Based on scRNA-seq Data
2023-08-02, Biomolecules
IF:4.8Q1
DOI:10.3390/biom13081211
PMID:37627276
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研究论文 | 本文通过比较基于单细胞RNA测序数据的细胞间相互作用预测工具，评估了它们在特发性肺纤维化中的预测性能和处理时间 | 提出了一个包含多种细胞间相互作用预测工具的基准研究，并推荐了根据不同研究项目选择特定工具的建议 | NA | 评估和比较基于单细胞RNA测序数据的细胞间相互作用预测工具的性能 | 细胞间相互作用预测工具在特发性肺纤维化中的应用 | 生物信息学 | 特发性肺纤维化 | scRNA-seq | NA | 基因表达数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 187 | 2024-08-07 |
Identification of HPV oncogene and host cell differentiation associated cellular heterogeneity in cervical cancer via single-cell transcriptomic analysis
2023-08, Journal of medical virology
IF:6.8Q1
DOI:10.1002/jmv.29060
PMID:37638381
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研究论文 | 本研究利用单细胞转录组分析技术，探讨了人乳头瘤病毒（HPV）阳性宫颈癌组织中病毒基因与宿主细胞分化相关的细胞异质性 | 首次从单细胞层面分析了HPV16基因在宫颈癌细胞中的表达模式，并揭示了HPV阳性细胞与正常上皮细胞在基因表达上的显著差异 | 研究仅限于HPV16基因的分析，未涵盖其他HPV亚型 | 探究HPV在宫颈癌中的作用机制及其与宿主细胞分化之间的关系 | HPV阳性宫颈癌组织中的病毒基因与宿主细胞分化 | 数字病理学 | 宫颈癌 | 单细胞转录组分析 | NA | 转录组数据 | 九个上皮细胞集群 | NA | NA | NA | NA |
| 188 | 2024-08-05 |
Peripheral immune landscape for hypercytokinemia in myasthenic crisis utilizing single-cell transcriptomics
2023-08-24, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-023-04421-y
PMID:37620910
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研究论文 | 本研究揭示了重症肌无力危机期间外周免疫环境的特征，采用单细胞转录组学技术分析了PBMCs的多样性 | 首次通过单细胞转录组学技术识别出一种独特的FCGR3B+单核细胞亚群，并揭示其在危机期间的促炎信号通路的显著表达 | 研究主要依赖于小样本数量，且未来的功能研究仍需探索因果关系 | 旨在探讨重症肌无力危机中的外周免疫反应及其潜在机制 | 分析来自两名AChR+MG患者在危机和危机后三个月的外围血单核细胞 | 数字病理学 | 重症肌无力 | 单细胞转录组学 | NA | 单细胞数据 | 33577个外围血单核细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 189 | 2024-08-07 |
Advances in single-cell RNA sequencing and its applications in cancer research
2023-08-24, Journal of hematology & oncology
IF:29.5Q1
DOI:10.1186/s13045-023-01494-6
PMID:37612741
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综述 | 本文综述了单细胞RNA测序（scRNA-seq）技术的发展及其在癌症研究中的应用 | scRNA-seq技术能够识别不同的细胞亚群，解析肿瘤微环境，并描述细胞基因组突变，从而更深入地理解肿瘤生物学的细微变化 | 传统的批量RNA测序技术只能反映样本中的平均基因表达，难以理解肿瘤异质性和肿瘤微环境 | 探讨肿瘤异质性和肿瘤微环境，增进对肿瘤发生和演化的理解 | 癌症研究中的肿瘤异质性和肿瘤微环境 | 数字病理学 | 癌症 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | RNA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 190 | 2024-08-07 |
Expression of Cyclin E1 in hepatic stellate cells is critical for the induction and progression of liver fibrosis and hepatocellular carcinoma in mice
2023-08-24, Cell death & disease
IF:8.1Q1
DOI:10.1038/s41419-023-06077-4
PMID:37620309
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研究论文 | 本研究探讨了Cyclin E1（Ccne1）和Cdk2基因在小鼠肝星状细胞（HSCs）中对肝纤维化和肝细胞癌发生的作用 | 首次证明Ccne1在少数HSCs中的表达足以触发广泛的肝纤维化和肝细胞癌发生，且这一过程依赖于Cdk2 | NA | 研究Ccne1和Cdk2基因在HSCs中对肝纤维化和肝细胞癌发生的影响 | 小鼠肝星状细胞（HSCs）中的Ccne1和Cdk2基因 | NA | 肝细胞癌 | 条件性基因敲除 | NA | 单细胞RNA测序 | Ccne1或Cdk2条件性敲除小鼠及野生型对照小鼠 | NA | NA | NA | NA |
| 191 | 2024-08-07 |
Downregulation of chemokine receptor 9 facilitates CD4+CD8αα+ intraepithelial lymphocyte development
2023-08-24, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-023-40950-2
PMID:37620389
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研究论文 | 研究探讨了化学因子受体9（CCR9）下调对CD4+CD8αα+上皮内淋巴细胞发育的影响 | 首次揭示了CCR9表达水平与CD4CD8αα上皮内淋巴细胞分化之间的关系，并通过单细胞RNA测序和基因组占据修饰分析，阐明了CCR9下调通过上调Cbfβ2剪接促进CD4CD8αα IEL分化的机制 | NA | 探究CCR9在CD4CD8αα上皮内淋巴细胞发育中的作用及其分子机制 | 肠道上皮内淋巴细胞（IELs）及其分化过程 | 免疫学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | Ccr9小鼠的肠道上皮内CD4 T细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 192 | 2024-08-05 |
A complement atlas identifies interleukin-6-dependent alternative pathway dysregulation as a key druggable feature of COVID-19
2023-08-23, Science translational medicine
IF:15.8Q1
DOI:10.1126/scitranslmed.adi0252
PMID:37611083
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研究论文 | 该文章揭示了IL-6依赖的替代途径失调作为COVID-19的一个关键可药物靶点 | 提供了补体系统在COVID-19中的作用的全面图谱，识别了IL-6和STAT1/3信号通路作为补体反应的上游驱动因子 | 尽管识别了补体失调与COVID-19治疗的关联，但具体机制仍需进一步研究 | 深入了解推动COVID-19疾病病理机制的补体系统 | 主要关注COVID-19相关的补体激活及其在肺损伤中的作用 | 数字病理学 | COVID-19 | 蛋白质组学和单细胞测序 | NA | 蛋白质相关数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 193 | 2024-08-07 |
Targeting sulfation-dependent mechanoreciprocity between matrix and osteoblasts to mitigate bone loss
2023-08-23, Science translational medicine
IF:15.8Q1
DOI:10.1126/scitranslmed.adg3983
PMID:37611084
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研究论文 | 本研究通过跨表型元分析和多突变小鼠模型的表型特征，揭示了硫酸盐转运蛋白缺陷在骨质疏松中的致病作用，并探讨了通过调节硫酸化依赖的机械互作来减轻骨丢失的潜在机制。 | 首次揭示了硫酸化在骨基质与成骨细胞间机械互作中的作用，并提出了通过药物干预和运动促进YAP/TAZ活性来改善骨质疏松的新策略。 | 研究主要基于小鼠模型和人类基因型数据，尚需进一步的临床试验验证其治疗效果。 | 探讨硫酸化依赖的机械互作在骨质疏松中的作用，并寻找减轻骨丢失的新方法。 | 人类和小鼠的骨矿物质密度，以及硫酸盐转运蛋白缺陷对成骨细胞和骨基质的影响。 | NA | 骨质疏松 | RNA测序 | NA | RNA测序数据 | 426,824名基因型人类参与者及多突变小鼠模型 | NA | NA | NA | NA |
| 194 | 2024-08-05 |
Dose-related immunomodulatory effects of recombinant TRAIL in the tumor immune microenvironment
2023-Aug-22, Journal of experimental & clinical cancer research : CR
IF:11.4Q1
DOI:10.1186/s13046-023-02795-x
PMID:37605148
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研究论文 | 本研究探讨了重组TRAIL在肿瘤免疫微环境中的免疫调节作用及其机制 | 研究揭示了不同剂量的重组TRAIL对免疫细胞的激活及肿瘤微环境的影响 | 尚不清楚肿瘤微环境对不同剂量TRAIL反应的具体机制 | 研究重组TRAIL在肿瘤微环境中的免疫调节作用 | 使用不同肿瘤的免疫功能正常小鼠 | 数字病理学 | NA | 流式细胞术和单细胞测序 | HU-HSC-NPG.GM3人源化免疫系统小鼠模型 | 免疫学检测数据 | 使用免疫功能正常小鼠，具体样本数量未披露 | NA | NA | NA | NA |
| 195 | 2024-08-05 |
α-parvin controls chondrocyte column formation and regulates long bone development
2023-08-22, Bone research
IF:14.3Q1
DOI:10.1038/s41413-023-00284-7
PMID:37607905
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研究论文 | 该文章研究了α-parvin在软骨细胞柱状结构形成及长骨发育中的作用 | 首次揭示了α-parvin在软骨细胞旋转和长骨发育中的关键作用 | 研究仅在小鼠肢体中进行，可能不完全适用于其他物种 | 探讨α-parvin在内源性骨化和长骨发育中的功能 | 主要研究对象是小鼠的软骨细胞 | 数字病理学 | 侏儒症 | 单细胞RNA测序 | NA | 组织样本 | 小鼠肢体样本的定量分析 | NA | NA | NA | NA |
| 196 | 2024-08-05 |
Breast cancer histopathology image-based gene expression prediction using spatial transcriptomics data and deep learning
2023-08-21, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-023-40219-0
PMID:37604916
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研究论文 | 本研究提出了一种通过组织病理图像预测乳腺癌基因表达的新方法 | 引入了BrST-Net深度学习框架，结合空间转录组学数据，显著提高了基因表达预测的准确性 | 空间转录组技术费用高，限制了其在大规模临床肿瘤学研究中的应用 | 探讨如何通过组织病理图像预测乳腺癌患者的基因表达 | 研究对象为250个与乳腺癌相关的基因 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 空间转录组学 | 深度学习架构（ResNet101, Inception-v3, EfficientNet, 视觉变换器） | 图像 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 197 | 2024-08-07 |
Single-cell RNA sequencing and multiple bioinformatics methods to identify the immunity and ferroptosis-related biomarkers of SARS-CoV-2 infections to ischemic stroke
2023-08-21, Aging
DOI:10.18632/aging.204966
PMID:37606960
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序和多种生物信息学方法，研究了COVID-19与缺血性中风之间的关系及其相关机制，并鉴定了与免疫反应和铁死亡相关的生物标志物。 | 本文首次通过单细胞RNA测序技术，结合生物信息学分析，鉴定了COVID-19相关缺血性中风的免疫和铁死亡相关基因。 | NA | 研究COVID-19与缺血性中风之间的潜在关联及其相关机制。 | COVID-19感染与缺血性中风之间的关系及其生物标志物。 | 数字病理学 | 缺血性中风 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 涉及73个与COVID-19相关的缺血性中风基因，并在单细胞RNA测序中发现了5个基因在单核细胞中高度表达。 | NA | NA | NA | NA |
| 198 | 2024-08-05 |
Decoding pancreatic endocrine cell differentiation and β cell regeneration in zebrafish
2023-08-18, Science advances
IF:11.7Q1
DOI:10.1126/sciadv.adf5142
PMID:37595046
|
研究论文 | 本文阐述了斑马鱼的胰腺内分泌细胞分化及β细胞再生的机制。 | 揭示了斑马鱼在成人阶段β细胞再生机制的独特模型和新的内分泌前体细胞。 | 研究主要集中在斑马鱼上，可能无法直接应用于人类。 | 探究斑马鱼中β细胞再生的机制，并将其结果外推至人类。 | 研究对象是斑马鱼的胰腺内分泌细胞和β细胞。 | 数字病理学 | NA | 单细胞转录组学 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 199 | 2024-08-05 |
Spatial transcriptomics reveals distinct and conserved tumor core and edge architectures that predict survival and targeted therapy response
2023-08-18, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-023-40271-4
PMID:37596273
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研究论文 | 该文章综合描述了HPV阴性口腔鳞状细胞癌中肿瘤核心和前缘的转录组特点 | 文章揭示了肿瘤核心和前缘在转录组特征上的独特性，并展示了前缘基因表达与临床结果的相关性 | 文章未提及样本的多样性或样本数量的具体限制 | 研究肿瘤微环境的空间组织与生物学及治疗反应的关系 | 研究对象为HPV阴性口腔鳞状细胞癌中的恶性细胞 | 数字病理学 | 口腔癌 | 单细胞和空间转录组分析 | NA | 转录组数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 200 | 2024-08-05 |
GTM-decon: guided-topic modeling of single-cell transcriptomes enables sub-cell-type and disease-subtype deconvolution of bulk transcriptomes
2023-08-18, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-023-03034-4
PMID:37596691
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研究论文 | 本文提出了一种GTM-decon方法，用于从单细胞RNA-seq数据中推断细胞类型特异性的基因主题分布，以解卷总转录组 | GTM-decon能够推断每种细胞类型的多个细胞类型特异性基因主题分布，捕捉亚细胞类型的变化 | NA | 研究如何自动推断细胞类型特异的基因主题分布以解卷总转录组 | 单细胞转录组数据和肿瘤转录组数据 | 数字病理学 | 乳腺癌 | RNA-seq | GTM | 转录组数据 | NA | NA | NA | NA | NA |