单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 359 篇文献，本页显示第 181 - 200 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 181 | 2024-08-05 |
α-parvin controls chondrocyte column formation and regulates long bone development
2023-08-22, Bone research
IF:14.3Q1
DOI:10.1038/s41413-023-00284-7
PMID:37607905
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研究论文 | 该文章研究了α-parvin在软骨细胞柱状结构形成及长骨发育中的作用 | 首次揭示了α-parvin在软骨细胞旋转和长骨发育中的关键作用 | 研究仅在小鼠肢体中进行，可能不完全适用于其他物种 | 探讨α-parvin在内源性骨化和长骨发育中的功能 | 主要研究对象是小鼠的软骨细胞 | 数字病理学 | 侏儒症 | 单细胞RNA测序 | NA | 组织样本 | 小鼠肢体样本的定量分析 |
| 182 | 2024-08-05 |
Breast cancer histopathology image-based gene expression prediction using spatial transcriptomics data and deep learning
2023-08-21, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-023-40219-0
PMID:37604916
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研究论文 | 本研究提出了一种通过组织病理图像预测乳腺癌基因表达的新方法 | 引入了BrST-Net深度学习框架，结合空间转录组学数据，显著提高了基因表达预测的准确性 | 空间转录组技术费用高，限制了其在大规模临床肿瘤学研究中的应用 | 探讨如何通过组织病理图像预测乳腺癌患者的基因表达 | 研究对象为250个与乳腺癌相关的基因 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 空间转录组学 | 深度学习架构（ResNet101, Inception-v3, EfficientNet, 视觉变换器） | 图像 | NA |
| 183 | 2024-08-07 |
Single-cell RNA sequencing and multiple bioinformatics methods to identify the immunity and ferroptosis-related biomarkers of SARS-CoV-2 infections to ischemic stroke
2023-08-21, Aging
DOI:10.18632/aging.204966
PMID:37606960
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序和多种生物信息学方法，研究了COVID-19与缺血性中风之间的关系及其相关机制，并鉴定了与免疫反应和铁死亡相关的生物标志物。 | 本文首次通过单细胞RNA测序技术，结合生物信息学分析，鉴定了COVID-19相关缺血性中风的免疫和铁死亡相关基因。 | NA | 研究COVID-19与缺血性中风之间的潜在关联及其相关机制。 | COVID-19感染与缺血性中风之间的关系及其生物标志物。 | 数字病理学 | 缺血性中风 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 涉及73个与COVID-19相关的缺血性中风基因，并在单细胞RNA测序中发现了5个基因在单核细胞中高度表达。 |
| 184 | 2024-08-05 |
Decoding pancreatic endocrine cell differentiation and β cell regeneration in zebrafish
2023-08-18, Science advances
IF:11.7Q1
DOI:10.1126/sciadv.adf5142
PMID:37595046
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研究论文 | 本文阐述了斑马鱼的胰腺内分泌细胞分化及β细胞再生的机制。 | 揭示了斑马鱼在成人阶段β细胞再生机制的独特模型和新的内分泌前体细胞。 | 研究主要集中在斑马鱼上，可能无法直接应用于人类。 | 探究斑马鱼中β细胞再生的机制，并将其结果外推至人类。 | 研究对象是斑马鱼的胰腺内分泌细胞和β细胞。 | 数字病理学 | NA | 单细胞转录组学 | NA | NA | NA |
| 185 | 2024-08-05 |
Spatial transcriptomics reveals distinct and conserved tumor core and edge architectures that predict survival and targeted therapy response
2023-08-18, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-023-40271-4
PMID:37596273
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研究论文 | 该文章综合描述了HPV阴性口腔鳞状细胞癌中肿瘤核心和前缘的转录组特点 | 文章揭示了肿瘤核心和前缘在转录组特征上的独特性，并展示了前缘基因表达与临床结果的相关性 | 文章未提及样本的多样性或样本数量的具体限制 | 研究肿瘤微环境的空间组织与生物学及治疗反应的关系 | 研究对象为HPV阴性口腔鳞状细胞癌中的恶性细胞 | 数字病理学 | 口腔癌 | 单细胞和空间转录组分析 | NA | 转录组数据 | NA |
| 186 | 2024-08-05 |
Relationship between chronic obstructive pulmonary disease and adiponectin concentrations: An updated meta-analysis and single-cell RNA sequencing
2023-Aug-18, Medicine
IF:1.3Q2
DOI:10.1097/MD.0000000000034825
PMID:37603523
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meta-analysis | 这项研究分析了慢性阻塞性肺疾病(COPD)与脂联素浓度之间的关系 | 这篇文章提供了最新文献的荟萃分析，并结合单细胞RNA测序数据，强调COPD患者中脂联素的升高 | 研究可能受到文献质量和选择偏倚的限制 | 分析COPD与脂联素浓度的关系 | 研究涉及COPD患者的脂联素相关的最新文献和单细胞测序数据 | 数字病理 | 慢性阻塞性肺疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 文献数据和基因表达数据 | 18篇文献，24项研究 |
| 187 | 2024-08-05 |
GTM-decon: guided-topic modeling of single-cell transcriptomes enables sub-cell-type and disease-subtype deconvolution of bulk transcriptomes
2023-08-18, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-023-03034-4
PMID:37596691
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研究论文 | 本文提出了一种GTM-decon方法，用于从单细胞RNA-seq数据中推断细胞类型特异性的基因主题分布，以解卷总转录组 | GTM-decon能够推断每种细胞类型的多个细胞类型特异性基因主题分布，捕捉亚细胞类型的变化 | NA | 研究如何自动推断细胞类型特异的基因主题分布以解卷总转录组 | 单细胞转录组数据和肿瘤转录组数据 | 数字病理学 | 乳腺癌 | RNA-seq | GTM | 转录组数据 | NA |
| 188 | 2024-08-07 |
Heterogeneity of lipid metabolism and its clinical and immune correlation in lung adenocarcinoma
2023-Aug-18, Current medicinal chemistry
IF:3.5Q2
|
研究论文 | 研究肺腺癌中脂质代谢的异质性及其与临床和免疫的相关性 | 首次详细探讨了脂质代谢在肺腺癌中的作用及其与肿瘤微环境的关系 | 研究依赖于公开数据库的数据，可能存在样本选择偏差 | 探讨脂质代谢在肺腺癌中的作用及其与临床和免疫的关系 | 肺腺癌患者的脂质代谢特征及其与肿瘤微环境和免疫细胞的相互作用 | 数字病理学 | 肺癌 | scRNA-seq | NA | 转录组数据 | 包括4001个免疫细胞，其中483个恶性细胞和3518个正常细胞 |
| 189 | 2024-08-07 |
Increased NMDARs in neurons and glutamine synthetase in astrocytes underlying autistic-like behaviors of Gabrb1-/- mice
2023-Aug-18, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2023.107476
PMID:37599823
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研究论文 | 研究探讨了Gabrb1基因突变导致自闭症样行为的机制，通过RNA测序和单细胞RNA测序等技术，发现神经元中NMDARs和星形胶质细胞中谷氨酰胺合成酶的上调可能与自闭症样行为有关。 | 首次揭示了Gabrb1基因突变导致自闭症样行为的机制，特别是在神经元和星形胶质细胞中特定蛋白质的上调。 | 研究仅限于Gabrb1基因突变的特定小鼠模型，可能不完全适用于所有自闭症患者。 | 探究Gabrb1基因突变如何导致自闭症样行为。 | Gabrb1基因突变的小鼠模型及其神经和代谢变化。 | 神经科学 | 自闭症 | RNA测序，单细胞RNA测序，免疫荧光，电生理学，代谢物检测 | NA | RNA序列数据 | 特定细胞类型的小鼠脑组织 |
| 190 | 2024-08-07 |
Single-cell transcriptomic analysis of the identity and function of fibro/adipogenic progenitors in healthy and dystrophic muscle
2023-Aug-18, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2023.107479
PMID:37599828
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术分析了健康和肌营养不良肌肉中成纤维/脂肪生成前体细胞（FAPs）的特性和功能 | 首次揭示了FAPs与间充质干细胞（MeSCs）之间的转录相似性，并确认了PDGFRα作为FAPs的报告基因，同时发现细胞外蛋白水解是FAPs的新功能 | NA | 探究FAPs在健康和肌营养不良肌肉中的特性和功能 | 成纤维/脂肪生成前体细胞（FAPs） | 数字病理学 | 肌营养不良 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 转录组数据 | 来自多个小鼠组织的单细胞RNA测序数据 |
| 191 | 2024-08-07 |
Construction of stemness gene score by bulk and single-cell transcriptome to characterize the prognosis of breast cancer
2023-08-18, Aging
DOI:10.18632/aging.204963
PMID:37602872
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研究论文 | 本研究构建了一个基于单细胞转录组数据的干细胞风险基因评分（SGS）模型，用于预测乳腺癌患者的预后 | 首次利用单细胞转录组数据构建干细胞风险基因评分模型，考虑了肿瘤异质性 | NA | 开发一种新的工具，用于预测乳腺癌患者的预后和治疗反应 | 乳腺癌患者 | 数字病理学 | 乳腺癌 | RNA测序 | ssGSEA | 转录组数据 | NA |
| 192 | 2024-08-07 |
Interactive analysis of single-cell data using flexible workflows with SCTK2
2023-Aug-11, Patterns (New York, N.Y.)
DOI:10.1016/j.patter.2023.100814
PMID:37602214
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research paper | 本文介绍了Single-Cell Toolkit 2 (SCTK2)，一个集成多种流行工具和流程的单细胞RNA测序(scRNA-seq)数据分析平台 | SCTK2通过整合多种工具和流程，提供了一个直观的图形用户界面，使得非计算用户也能无缝进行scRNA-seq数据分析 | NA | 开发一个集成化的工具包，以简化单细胞RNA测序数据的分析过程 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | scRNA-seq | NA | 基因表达数据 | NA |
| 193 | 2024-08-05 |
A standard for sharing spatial transcriptomics data
2023-Aug-09, Cell genomics
IF:11.1Q1
DOI:10.1016/j.xgen.2023.100374
PMID:37601972
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研究论文 | 该文章提供了一种共享空间转录组数据的标准模型 | 提出了一套必要的主要数据和元数据，以重现分析和促进计算方法的发展 | NA | 建立一种共享空间转录组数据的标准 | 空间转录组数据及其相关分析 | 数字病理学 | NA | 空间转录组技术 | NA | 数据和元数据 | NA |
| 194 | 2024-08-05 |
A collaboration between immune cells and the choroid plexus epithelium in brain inflammation
2023-Aug-08, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.08.07.552298
PMID:37609192
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研究论文 | 该研究揭示了脉络丛在脑炎症中的免疫调节作用 | 提出了脉络丛作为复杂免疫器官的概念，并识别了在炎症过程中特殊化的上皮细胞 | 在小鼠模型中进行的研究可能不完全能够代表人类的情况 | 研究脉络丛在脑炎症中的作用及其与免疫细胞的相互作用 | 小鼠模型中的免疫细胞与脉络丛上皮细胞的相互作用 | 数字病理学 | NA | 慢性双光子成像和单细胞转录组学 | NA | NA | 使用小鼠模型进行实验，样本规模为小鼠 |
| 195 | 2024-08-07 |
An Atlas of the Developing Drosophila Visual System Glia and Subcellular mRNA Localization of Transcripts in Single Cells
2023-Aug-07, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.08.06.552169
PMID:37609218
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研究论文 | 本研究通过单细胞mRNA测序技术，全面注释了果蝇视觉系统发育过程中的胶质细胞，并研究了其发育轨迹和功能 | 首次通过单细胞mRNA测序技术详细描述了果蝇视觉系统胶质细胞的发育过程，并发现细胞体和断裂过程的转录组存在差异 | NA | 理解胶质细胞在神经系统发育和功能中的作用 | 果蝇视觉系统的胶质细胞及其发育过程 | NA | NA | 单细胞mRNA测序 | NA | mRNA序列 | 多个发育阶段的果蝇视觉系统胶质细胞 |
| 196 | 2024-08-05 |
Regulatory roles of Osteopontin in lung epithelial inflammation and epithelial-telocyte interaction
2023-08, Clinical and translational medicine
IF:7.9Q1
DOI:10.1002/ctm2.1381
PMID:37605313
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研究论文 | 研究表明骨桥蛋白在肺上皮炎症和上皮细胞与间质细胞之间的相互作用中发挥调节作用 | 首次探讨了骨桥蛋白在急性和慢性肺损伤中对肺上皮炎症的调节机制 | 未能明确骨桥蛋白在不同肺炎症情况下的具体机制 | 探讨骨桥蛋白在肺上皮来源的肺炎症及上皮细胞与间质细胞相互作用中的调节作用 | 肺上皮细胞和间质细胞的相互作用以及骨桥蛋白的调节作用 | 数字病理学 | 肺癌 | 空间转录组学 | 基因敲除小鼠模型 | 生物信息学数据，转录组数据 | 包括吸烟者、慢性阻塞性肺病（COPD）患者及健康非吸烟者的样本 |
| 197 | 2024-08-07 |
C1q+ tumor-associated macrophages contribute to immunosuppression through fatty acid metabolic reprogramming in malignant pleural effusion
2023-08, Journal for immunotherapy of cancer
IF:10.3Q1
DOI:10.1136/jitc-2023-007441
PMID:37604643
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研究论文 | 本文研究了C1q+肿瘤相关巨噬细胞通过脂肪酸代谢重编程促进恶性胸腔积液免疫抑制的机制 | 首次揭示了C1q+肿瘤相关巨噬细胞通过增强脂肪酸结合蛋白5介导的脂肪酸代谢，激活转录因子PPAR-gamma，从而增加抑制分子表达的机制 | NA | 探讨C1q+肿瘤相关巨噬细胞在恶性胸腔积液中的免疫抑制作用及其机制 | C1q+肿瘤相关巨噬细胞及其在恶性胸腔积液中的作用 | NA | 恶性胸腔积液 | 单细胞RNA测序分析 | NA | RNA | 人类和小鼠的恶性胸腔积液样本 |
| 198 | 2024-08-07 |
Treponema pallidum promoted microglia apoptosis and prevented itself from clearing by human microglia via blocking autophagic flux
2023-08, PLoS pathogens
IF:5.5Q1
DOI:10.1371/journal.ppat.1011594
PMID:37611054
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研究论文 | 本研究探讨了梅毒螺旋体（Tp）与小胶质细胞的相互作用及其潜在机制 | 发现Tp通过抑制TFEB介导的溶酶体生物合成阻断自噬流，从而促进小胶质细胞凋亡并防止自身被清除 | NA | 研究Tp与小胶质细胞的相互作用及其潜在机制 | 梅毒螺旋体（Tp）和小胶质细胞 | NA | 神经梅毒 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 使用Tg (mpeg1: EGFP)转基因斑马鱼胚胎和人类HMC3小胶质细胞 |
| 199 | 2024-08-05 |
FoxM1 coordinates cell division, protein synthesis, and mitochondrial activity in a subset of β cells during acute metabolic stress
2023-08-29, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2023.112986
PMID:37590136
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研究论文 | 本文探讨了在急性代谢压力下，FoxM1如何协调细胞分裂、蛋白质合成和线粒体活性 | 揭示了FoxM1在代谢压力下对β细胞增殖和功能的调控作用 | 对β细胞异质性的整体作用机制尚未完全理解 | 研究急性代谢压力下β细胞的功能与转录异质性 | 特定亚群的β细胞在代谢压力下的反应 | 数字病理学 | NA | RNA测序、ATAC-seq、单细胞RNA-seq、ChIP-seq、实时成像 | NA | 基因表达数据 | NA |
| 200 | 2024-08-07 |
Metformin escape in prostate cancer by activating the PTGR1 transcriptional program through a novel super-enhancer
2023-08-16, Signal transduction and targeted therapy
IF:40.8Q1
DOI:10.1038/s41392-023-01516-2
PMID:37582751
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研究论文 | 本研究探讨了二甲双胍在前列腺癌中治疗失败的可能机制，发现超增强子与前列腺素还原酶1（PTGR1）表达的关联，以及PTGR1过表达如何促进细胞周期进展并降低对二甲双胍的敏感性 | 揭示了二甲双胍耐药性的细胞机制，并提出了通过调控SE-TFs-PTGR1轴来增强二甲双胍治疗效果的新途径 | NA | 探讨二甲双胍在前列腺癌治疗中的耐药机制 | 前列腺癌细胞 | 数字病理学 | 前列腺癌 | 单细胞转录组测序 | NA | 转录组 | NA |