单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1	2025-07-11	T cell-Mediated Development of Stromal Fibroblasts with an Immune-Enhancing Chemokine Profile 2023-08-01, Cancer immunology research IF:8.1Q1 DOI:10.1158/2326-6066.CIR-22-0593 PMID:37216570	研究论文	本研究探讨了癌症相关成纤维细胞(CAFs)在炎症组织中的适应性及其对免疫微环境的影响	首次发现CAFs具有表型可塑性，能够从免疫抑制表型转变为免疫激活表型	研究主要基于小鼠模型，人类CAFs的类似机制需要进一步验证	探究CAFs如何适应不同的免疫微环境并调节免疫反应	小鼠胰腺腺癌中的癌症相关成纤维细胞(CAFs)和CD8+ T细胞	肿瘤免疫学	胰腺癌	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	基因表达数据	小鼠胰腺腺癌模型中的CAFs
2	2025-05-03	Circadian regulation of lung repair and regeneration 2023-08-22, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.164720 PMID:37463053	研究论文	探讨生物钟对肺修复和再生的调控作用及其机制	首次揭示了生物钟通过不同途径调控肺再生，并提出将生物钟维度纳入肺修复治疗的新思路	未明确生物钟调控肺再生的具体分子机制	研究生物钟在肺修复和再生中的作用	肺器官样体、气管细胞、肺泡上皮细胞	生物医学	呼吸道感染	单细胞RNA测序、器官样体培养	生物钟紊乱模型	基因表达数据、临床数据	UK Biobank数据库样本及实验模型
3	2025-05-02	Alignment of spatial transcriptomics data using diffeomorphic metric mapping 2023-Aug-19, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.04.11.534630 PMID:37090640	research paper	开发了一种名为STalign的方法，用于对齐空间转录组学数据，考虑了部分匹配的组织切片和其他局部非线性畸变	使用微分同胚度量映射（diffeomorphic metric mapping）技术对齐空间转录组学数据，显著提高了基因表达和细胞类型在匹配空间位置上的对应性	未明确提及具体局限性	解决空间转录组学数据在不同切片、样本和技术之间比较的挑战	空间转录组学数据	生物信息学	NA	空间转录组学（ST）技术	diffeomorphic metric mapping	基因表达数据	未明确提及具体样本数量，但涉及小鼠脑部数据集
4	2025-04-25	Macrophage-mediated PDGF Activation Correlates With Regenerative Outcomes Following Musculoskeletal Trauma 2023-08-01, Annals of surgery IF:7.5Q1 DOI:10.1097/SLA.0000000000005704 PMID:36111847	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，识别了与肌肉骨骼损伤后再生或纤维化愈合相关的巨噬细胞亚群和基因特征	发现了两种纤维化样和三种再生样巨噬细胞亚群，并揭示了这些亚群在转录水平上的差异，以及它们在损伤后微环境调控中的作用	研究仅基于小鼠模型，尚未在人类样本中验证	识别与肌肉骨骼损伤后不同愈合结果相关的巨噬细胞亚群和分子机制	小鼠肌肉骨骼损伤模型中的巨噬细胞亚群	生物医学	肌肉骨骼损伤	单细胞RNA测序(scRNA-seq), Harmony, MacSpectrum, Seurat	NA	基因表达数据	多种肌肉骨骼损伤小鼠模型(包括再生性和纤维化模型)
5	2025-03-26	Dissection of Cellular Communication between Human Primary Osteoblasts and Bone Marrow Mesenchymal Stem Cells in Osteoarthritis at Single-Cell Resolution 2023-Aug-30, International journal of stem cells IF:2.5Q3 DOI:10.15283/ijsc22101 PMID:37105556	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，解析了人类原发性成骨细胞与骨髓间充质干细胞在骨关节炎中的细胞间通讯	发现了一种新的前成骨细胞亚型，并揭示了成熟成骨细胞可能通过WIF1和sFRP4抑制骨髓间充质干细胞的成骨分化	研究仅基于单细胞RNA测序数据，缺乏实验验证	探究人类原发性成骨细胞与骨髓间充质干细胞之间的细胞通讯机制	人类原发性成骨细胞和骨髓间充质干细胞	单细胞生物学	骨关节炎	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	转录组数据	NA
6	2025-03-26	A comparative study of in vitro air-liquid interface culture models of the human airway epithelium evaluating cellular heterogeneity and gene expression at single cell resolution 2023-Aug-28, Respiratory research IF:4.7Q1 DOI:10.1186/s12931-023-02514-2 PMID:37635251	研究论文	比较研究体外气液界面培养模型在人类气道上皮细胞异质性和单细胞分辨率基因表达方面的表现	首次在单细胞水平上全面比较了BCi-NS1.1来源和原代来源的气道上皮培养模型在基因表达和先天免疫功能方面的差异	研究仅使用了3个独立分化的BCi-NS1.1样本和3个不同供体的原代样本，样本量相对有限	评估工程化基底细胞系BCi-NS1.1作为气道上皮研究模型的适用性	BCi-NS1.1来源和原代来源的人类气道上皮培养物	细胞生物学	呼吸道感染	免疫荧光染色、单细胞RNA测序(scRNA-Seq)	体外气液界面培养模型	基因表达数据、图像数据	3个独立分化的BCi-NS1.1样本和3个不同供体的原代样本
7	2025-03-23	APOE deficiency impacts neural differentiation and cholesterol biosynthesis in human iPSC-derived cerebral organoids 2023-08-21, Stem cell research & therapy IF:7.1Q1 DOI:10.1186/s13287-023-03444-y PMID:37605285	研究论文	本研究探讨了APOE基因缺失对人类iPSC来源的脑类器官中神经分化和胆固醇生物合成的影响	首次在人类iPSC来源的脑类器官中揭示了APOE缺失对脑脂质稳态的影响，并发现了APOE4与APOE3在神经发生和胆固醇代谢上的差异	研究仅限于体外模型，未涉及体内环境的影响	探讨APOE基因在脑稳态中的作用及其与阿尔茨海默病的关系	人类iPSC来源的脑类器官	神经科学	阿尔茨海默病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	人类iPSC来源的脑类器官，包括APOE缺失和未缺失的样本
8	2025-03-02	Single-cell analysis of lizard blastema fibroblasts reveals phagocyte-dependent activation of Hedgehog-responsive chondrogenesis 2023-08-10, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-023-40206-z PMID:37563130	研究论文	本文通过单细胞RNA测序分析蜥蜴尾巴再生过程中的成纤维细胞和吞噬细胞群体，揭示了吞噬细胞依赖的Hedgehog信号通路调控的软骨形成机制	首次在蜥蜴尾巴再生过程中识别出与软骨形成相关的成纤维细胞和吞噬细胞群体，并揭示了吞噬细胞诱导的成纤维细胞基因激活层级	研究仅限于蜥蜴尾巴再生模型，未涉及其他物种或组织类型的再生机制	探索蜥蜴尾巴再生过程中成纤维细胞和吞噬细胞在软骨形成中的作用机制	蜥蜴尾巴再生过程中的成纤维细胞和吞噬细胞	单细胞分析	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	蜥蜴尾巴再生过程中的细胞群体
9	2025-02-28	Transfer learning in a biomaterial fibrosis model identifies in vivo senescence heterogeneity and contributions to vascularization and matrix production across species and diverse pathologies 2023-08, GeroScience IF:5.3Q1 DOI:10.1007/s11357-023-00785-7 PMID:37079217	研究论文	本文通过开发一种体内来源的衰老特征（SenSig），利用p16-CreER;Ai14报告小鼠的外来体反应驱动的纤维化模型，识别了周细胞和“软骨样”成纤维细胞为衰老细胞，并定义了细胞类型特异性的衰老相关分泌表型（SASPs）	开发了一种新的体内衰老特征（SenSig），并应用转移学习和衰老评分技术，在不同病理的鼠类和人类单细胞RNA测序数据集中识别了衰老细胞群体	研究中使用的模型和数据集可能限制了结果的普遍适用性	研究细胞衰老在伤口愈合、组织纤维化和肿瘤抑制中的作用，并识别衰老细胞的表型	p16-CreER;Ai14报告小鼠的周细胞和“软骨样”成纤维细胞	生物医学	纤维化	单细胞RNA测序（scRNAseq）	转移学习	RNA测序数据	NA
10	2025-02-27	Mitochondrial integrated stress response controls lung epithelial cell fate 2023-Aug, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-023-06423-8 PMID:37558881	研究论文	本文研究了线粒体复合物I在肺上皮细胞命运调控中的作用，特别是在出生后肺泡发育中的重要性	揭示了线粒体复合物I依赖的NAD再生在细胞命运决定中的新机制，通过防止病理性的综合应激反应（ISR）诱导	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类中进行验证	探讨线粒体复合物I在肺上皮细胞命运调控中的作用	小鼠肺上皮细胞	细胞生物学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	小鼠模型
11	2025-02-16	Dynamic Intestinal Stem Cell Plasticity and Lineage Remodeling by a Nutritional Environment Relevant to Human Risk for Tumorigenesis 2023-08-01, Molecular cancer research : MCR IF:4.1Q2 DOI:10.1158/1541-7786.MCR-22-1000 PMID:37097719	研究论文	本文研究了新西方饮食1（NWD1）对小鼠肠道干细胞和谱系重编程的影响，揭示了其与人类肠道癌症风险的关联	通过单细胞RNA测序和功能基因组学等方法，揭示了NWD1对Lgr5hi干细胞的快速、可逆重编程及其对线粒体结构和功能的影响	研究主要基于小鼠模型，人类数据的直接证据有限	探讨营养环境对肠道干细胞和谱系重编程的影响及其与肿瘤发生的关系	小鼠肠道干细胞及其后代细胞	分子生物学	肠道癌症	单细胞RNA测序、单细胞转座酶可及染色质测序（ATAC-seq）、功能基因组学、成像技术	NA	RNA测序数据、染色质可及性数据、成像数据	未明确提及具体样本数量，但涉及小鼠模型
12	2025-02-07	Disruption of cortical cell type composition and function underlies diabetes-associated cognitive decline 2023-08, Diabetologia IF:8.4Q1 DOI:10.1007/s00125-023-05935-2 PMID:37351595	研究论文	本研究通过单细胞转录组测序技术揭示了2型糖尿病引起的大脑皮层细胞类型组成和功能的破坏，从而解释了糖尿病相关的认知衰退的病理基础	首次使用单细胞转录组测序技术系统地分析了2型糖尿病小鼠模型大脑皮层的细胞类型组成和功能变化，并在人类样本中进行了验证	研究主要基于小鼠模型，尽管在人类样本中进行了验证，但样本量相对较小，且未涉及长期干预效果的评估	揭示2型糖尿病引起认知衰退的分子机制，并探索潜在的治疗靶点	2型糖尿病小鼠模型（db/db小鼠）和人类2型糖尿病患者的脑组织样本	数字病理学	2型糖尿病	单细胞转录组测序（scRNA-seq）、免疫组化、代谢评估	NA	单细胞RNA测序数据、免疫组化图像、代谢数据	小鼠模型和人类样本（年龄分别为74.3 ± 5.5岁和87.0 ± 8.5岁）
13	2025-01-25	Endothelial CCRL2 induced by disturbed flow promotes atherosclerosis via chemerin-dependent β2 integrin activation in monocytes 2023-08-07, Cardiovascular research IF:10.2Q1 DOI:10.1093/cvr/cvad085 PMID:37279540	研究论文	本文研究了内皮CCRL2在动脉粥样硬化中的作用及其通过chemerin依赖的β2整合素激活机制	揭示了CCRL2-chemerin-β2整合素轴在动脉粥样硬化中的新机制	研究主要基于小鼠模型，临床相关性需进一步验证	探讨CCRL2及其配体chemerin在动脉粥样硬化中的作用及其机制	内皮细胞、单核细胞、ApoE-/-小鼠	生物医学	心血管疾病	scRNA-seq、Di-E-GSSG测定、邻近连接测定	小鼠模型	基因表达数据、血清数据	ApoE-/-小鼠、急性动脉粥样硬化性卒中患者和健康个体的血清样本
14	2025-01-24	Using single-cell RNA sequencing to generate predictive cell-type-specific split-GAL4 reagents throughout development 2023-08-08, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2307451120 PMID:37523539	研究论文	本文介绍了一种利用单细胞RNA测序（scRNAseq）数据集生成预测性细胞类型特异性split-GAL4试剂的高效管道（scMarco），用于发育过程中的细胞类型特异性标记	利用现有的发育单细胞RNA测序数据集选择split-GAL4的基因对，提供了一种高效且预测性的管道（scMarco），基于原生基因调控元件在发育的任何时间生成细胞类型特异性的split-GAL4系	需要大量时间和资源筛选增强子表达模式的组合	生成细胞类型特异性工具，用于发育过程中不同细胞类型的靶向操作	发育中的视觉系统	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNAseq）	NA	RNA测序数据	NA
15	2025-01-23	Machine Learning Reveals Synovial Fibroblast Genes Associated with Pain Affect Sensory Nerve Growth in Rheumatoid Arthritis 2023-Aug-23, medRxiv : the preprint server for health sciences DOI:10.1101/2023.08.17.23294232 PMID:37662384	研究论文	本文通过机器学习方法揭示了与类风湿性关节炎疼痛相关的滑膜成纤维细胞基因，这些基因影响感觉神经的生长	使用了一种新的机器学习方法——基于图的基因表达模块识别（GbGMI），来识别与疼痛相关的基因模块，并验证了这些基因在早期未治疗的类风湿性关节炎患者中的表达	研究样本主要来自长期类风湿性关节炎患者和早期未治疗患者，可能不适用于其他类型的关节炎或疾病阶段	研究类风湿性关节炎疼痛的分子机制，特别是滑膜成纤维细胞基因与感觉神经生长的关系	类风湿性关节炎患者的滑膜组织和感觉神经元	机器学习	类风湿性关节炎	单细胞RNA测序	GbGMI	基因表达数据	长期类风湿性关节炎患者和早期未治疗患者的滑膜活检样本
16	2025-01-19	Expansion spatial transcriptomics 2023-08, Nature methods IF:36.1Q1 DOI:10.1038/s41592-023-01911-1 PMID:37349575	研究论文	本文介绍了一种扩展空间转录组学方法，通过组织清除和扩展来提高空间分辨率，并在小鼠脑样本中展示了其效果	通过组织清除和扩展技术克服了传统捕获阵列空间分辨率受限的问题，实现了更高的空间分辨率	目前仅在小鼠脑样本中进行了验证，尚未在其他组织或物种中广泛应用	提高空间转录组学的空间分辨率，以更精确地解析组织中的基因表达	小鼠脑组织	空间转录组学	NA	扩展空间转录组学	NA	转录组数据	小鼠脑样本
17	2025-01-16	Ancestry-based differences in the immune phenotype are associated with lupus activity 2023-08-22, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.169584 PMID:37606045	研究论文	本研究通过多组学方法揭示了系统性红斑狼疮（SLE）患者中与种族相关的免疫改变，这些改变可能与疾病差异有关	使用多组学方法（包括细胞组成、信号传导、表观遗传学和蛋白质组学）全面评估了SLE患者和健康对照者的免疫表型，揭示了种族相关的免疫差异	研究主要关注黑人和白人患者之间的差异，未涉及其他种族或更广泛的人群	揭示系统性红斑狼疮（SLE）患者中与种族相关的免疫表型差异，以解释疾病严重性和病程的不同	系统性红斑狼疮（SLE）患者和健康对照者	免疫学	系统性红斑狼疮	质谱流式细胞术、单细胞转录组学、蛋白质组学、多重可溶性介质水平检测	NA	细胞组成、信号传导、表观遗传学、蛋白质组学数据	黑人和白人SLE患者及健康对照者
18	2025-01-16	Integrative analysis of transcriptome dynamics during human craniofacial development identifies candidate disease genes 2023-08-02, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-023-40363-1 PMID:37532691	研究论文	本文通过整合转录组和表观基因组数据，研究了人类颅面发育过程中的基因表达动态，以识别与颅面疾病相关的候选基因	首次结合bulk和单细胞RNA-seq技术，系统分析了人类颅面发育过程中的基因表达模式，并识别出539个可能与颅面疾病相关的基因	研究样本仅涵盖4-8周孕期的颅面组织，未覆盖更广泛的发育阶段	研究人类颅面发育过程中的基因表达动态，识别与颅面疾病相关的候选基因	人类颅面组织	基因组学	颅面疾病	bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq	NA	RNA-seq数据, 表观基因组数据	4-8周孕期的颅面组织样本
19	2024-12-18	Single-cell RNA sequencing reveals the cellular and molecular heterogeneity of treatment-naïve primary osteosarcoma in dogs 2023-Aug-09, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-3232360/v1 PMID:37609233	研究论文	本研究使用单细胞RNA测序技术描述了未治疗的原发性犬骨肉瘤的肿瘤微环境中的细胞和分子组成	首次通过单细胞RNA测序技术揭示了犬骨肉瘤的细胞和分子异质性，并发现犬和人类骨肉瘤的细胞组成具有高度保守性	研究仅限于6只未治疗的犬骨肉瘤样本，样本量较小	更好地定义骨肉瘤的肿瘤微环境复杂性，并为转化免疫肿瘤学研究提供细胞和分子路线图	未治疗的原发性犬骨肉瘤的肿瘤微环境	数字病理学	骨肉瘤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	6只未治疗的犬骨肉瘤样本，共分析了35,310个细胞
20	2024-12-13	Single-cell transcriptomics identifies prothymosin α restriction of HIV-1 in vivo 2023-08-02, Science translational medicine IF:15.8Q1 DOI:10.1126/scitranslmed.adg0873 PMID:37531416	研究论文	本研究利用单细胞转录组分析，鉴定了在体内限制HIV-1感染的宿主因子prothymosin α	首次通过单细胞转录组分析鉴定了prothymosin α作为体内限制HIV-1感染的宿主因子，并在体外实验中验证了其抑制HIV-1转录和病毒产生的作用	研究样本量相对较小，且仅限于特定HIV-1亚型和地区的参与者	鉴定在体内限制HIV-1感染的宿主因子，并探讨其对病毒传播和治愈策略的影响	HIV-1感染的宿主因子prothymosin α及其在体内外的抗病毒作用	基因组学	HIV感染	单细胞转录组分析	NA	基因表达数据	30名参与者（包括1名高病毒载量的参与者和28名来自泰国和美洲的HIV-1 CRF01_AE和亚型B感染者）