单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1	2025-09-05	Single-cell analysis of Rohon-Beard neurons implicates Fgf signaling in axon maintenance and cell survival 2023-Aug-31, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.08.26.554953 PMID:37693470	研究论文	通过单细胞RNA测序分析斑马鱼Rohon-Beard神经元，揭示其分为三个亚类并证实Fgf信号通路在轴突维持和细胞存活中的关键作用	首次在单细胞水平定义Rohon-Beard神经元的三个分子亚类，并发现Fgf通路抑制可导致轴突缺陷和细胞死亡，同时验证Sarm1缺失可缓解药物神经毒性	研究聚焦斑马鱼幼虫阶段，哺乳动物系统的直接适用性需进一步验证	探究外周感觉神经元的分子分类机制及Fgf信号通路的功能	斑马鱼幼虫期的Rohon-Beard神经元	神经科学	周围神经病变	scRNA-seq（单细胞RNA测序）、药理学抑制、遗传学操作	NA	单细胞转录组数据	斑马鱼幼虫Rohon-Beard神经元单细胞样本
2	2025-08-04	Mitochondrial integrated stress response controls lung epithelial cell fate 2023-Aug, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-023-06423-8 PMID:37558881	研究论文	本研究探讨了线粒体综合应激反应在肺上皮细胞命运调控中的作用	揭示了线粒体复合物I通过NAD再生调控细胞命运的新机制，并发现酵母NADH脱氢酶可挽救发育缺陷	研究主要基于小鼠模型，人类细胞中的适用性尚需验证	探究肺上皮细胞命运决定的代谢调控机制	小鼠肺上皮细胞（AT1和AT2细胞）	细胞生物学	肺发育异常	条件性基因敲除、单细胞RNA测序	基因敲除小鼠模型	基因表达数据	未明确说明具体样本数量（使用转基因小鼠）
3	2025-07-23	Vaccine adjuvant-elicited CD8+ T cell immunity is co-dependent on T-bet and FOXO1 2023-08-29, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2023.112911 PMID:37516968	research paper	研究探讨了转录因子T-bet和FOXO1在疫苗佐剂引发的CD8+ T细胞免疫反应中的协同作用	揭示了在佐剂疫苗接种中，T-bet和FOXO1转录程序的协调调控对CD8 T细胞反应的必要性，与感染引发的反应不同	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类中验证	探究疫苗佐剂引发的CD8+ T细胞免疫反应的分子机制	CD8+ T细胞	免疫学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	小鼠模型
4	2025-07-22	Disease-associated astrocytes and microglia markers are upregulated in mice fed high fat diet 2023-08-09, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-023-39890-0 PMID:37558676	研究论文	探讨高脂饮食（HFD）如何通过上调疾病相关星形胶质细胞（DAA）和小胶质细胞标记物，增加阿尔茨海默病（AD）和2型糖尿病的风险	首次发现C4b作为星形胶质细胞特异性标记物，在高脂饮食和AD中均上调，并揭示了DAA与GABA能神经元之间的潜在相互作用	研究主要基于小鼠模型和有限的人类AD数据，可能不完全反映人类疾病的全貌	探索高脂饮食、糖尿病和阿尔茨海默病之间的分子联系	高脂饮食喂养的小鼠和人类AD患者的大脑组织	神经科学	阿尔茨海默病	RNA-seq, scRNA-seq, 空间转录组学（ST）	NA	基因表达数据	未明确说明具体样本数量，涉及高脂饮食小鼠和人类AD患者的大脑样本
5	2025-07-22	An Atlas of the Developing Drosophila Visual System Glia and Subcellular mRNA Localization of Transcripts in Single Cells 2023-Aug-07, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.08.06.552169 PMID:37609218	研究论文	本研究通过单细胞mRNA测序图谱全面注释了果蝇视觉系统中胶质细胞，并研究了它们从幼虫到成虫阶段的发育轨迹	发现了胶质细胞体与断裂过程的转录组差异，并鉴定了特定mRNA在细胞体或细胞过程中的定位	研究仅针对果蝇视觉系统，可能不适用于其他生物或神经系统	理解胶质细胞的发育和功能	果蝇视觉系统中的胶质细胞	神经科学	NA	scRNA-seq	NA	mRNA测序数据	发育中的果蝇视觉系统胶质细胞（幼虫到成虫阶段）
6	2025-07-20	Generative modeling of single-cell gene expression for dose-dependent chemical perturbations 2023-Aug-11, Patterns (New York, N.Y.) DOI:10.1016/j.patter.2023.100817 PMID:37602218	研究论文	本文介绍了一种基于变分自编码器（VAE）的深度生成学习模型scVIDR，用于预测单细胞基因表达在化学扰动下的剂量依赖性反应	提出了scVIDR模型，能够比现有模型更好地预测单剂量和多剂量下的细胞反应，并能够为单个细胞分配“伪剂量”值以评估其对化学扰动的敏感性	未明确提及模型在更广泛细胞类型或化学物质中的泛化能力	开发一种能够预测单细胞基因表达在化学扰动下剂量依赖性反应的模型	小鼠肝细胞、人类血细胞和癌细胞系	机器学习	NA	单细胞测序	VAE（变分自编码器）	基因表达数据	涉及小鼠肝细胞、人类血细胞和癌细胞系，但未明确样本数量
7	2025-07-20	Tff2 defines transit-amplifying pancreatic acinar progenitors that lack regenerative potential and are protective against Kras-driven carcinogenesis 2023-08-03, Cell stem cell IF:19.8Q1 DOI:10.1016/j.stem.2023.07.002 PMID:37541213	研究论文	本研究通过长期谱系追踪和单细胞RNA测序分析，定义了胰腺中由三叶因子2（Tff2）标记的过渡扩增祖细胞（TAP）群体，并探讨其在正常稳态和致癌过程中的作用	首次定义了一个新的胰腺过渡扩增祖细胞（TAP）群体，并揭示了其在抵抗Kras驱动的致癌过程中的保护作用	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类胰腺中得到验证	探讨胰腺中Tff2标记的祖细胞群体在稳态维持和肿瘤发生中的作用	胰腺腺泡细胞中的Tff2表达群体	分子生物学	胰腺癌	长期谱系追踪、单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	NA
8	2025-07-20	Integrative analysis of transcriptome dynamics during human craniofacial development identifies candidate disease genes 2023-08-02, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-023-40363-1 PMID:37532691	研究论文	通过整合分析人类颅面发育过程中的转录组动态，识别潜在的疾病相关基因	结合bulk和单细胞RNA-seq数据，首次系统性地鉴定了239个在颅面发育过程中高表达的基因，并发现了539个可能与颅面疾病相关的基因	研究样本仅涵盖受孕后4-8周的颅面组织，未能覆盖整个发育过程	解析颅面疾病的分子机制并识别相关候选基因	人类颅面组织（受孕后4-8周）	基因组学	颅面畸形	bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq	NA	转录组数据	多个受孕后4-8周的人类颅面组织样本（具体数量未明确说明）
9	2025-07-20	Sub-Cluster Identification through Semi-Supervised Optimization of Rare-Cell Silhouettes (SCISSORS) in single-cell RNA-sequencing 2023-08-01, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btad449 PMID:37498558	research paper	提出了一种名为SCISSORS的半监督优化框架，用于在单细胞RNA测序数据中识别稀有细胞类型的子簇	SCISSORS通过轮廓评分和多步骤半监督重新聚类过程，准确分析广泛簇中的子簇，特别针对稀有细胞类型的识别	未明确提及具体局限性，但稀有细胞识别可能受数据质量和初始聚类结果的影响	提高单细胞RNA测序数据中稀有细胞类型的识别准确性	单细胞RNA测序数据中的细胞簇	生物信息学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	半监督学习框架	单细胞RNA测序数据	未明确提及具体样本量
10	2025-07-20	Immunosuppressive role of SPP1-CD44 in the tumor microenvironment of intrahepatic cholangiocarcinoma assessed by single-cell RNA sequencing 2023-Aug, Journal of cancer research and clinical oncology IF:2.7Q3 DOI:10.1007/s00432-022-04498-w PMID:36469154	研究论文	通过单细胞RNA测序评估SPP1-CD44在肝内胆管癌肿瘤微环境中的免疫抑制作用	揭示了SPP1-CD44在肝内胆管癌中的免疫抑制功能及其与T细胞增殖的负相关性	样本量较小（仅9名患者），且未进行实验验证	探究SPP1在肝内胆管癌中的生物学功能及其免疫抑制作用	肝内胆管癌患者的肿瘤组织和邻近肝组织	肿瘤免疫学	肝内胆管癌	单细胞RNA测序	CellChat, CytoSig	转录组数据	9名患者的62,770个细胞
11	2025-07-11	T cell-Mediated Development of Stromal Fibroblasts with an Immune-Enhancing Chemokine Profile 2023-08-01, Cancer immunology research IF:8.1Q1 DOI:10.1158/2326-6066.CIR-22-0593 PMID:37216570	研究论文	本研究探讨了癌症相关成纤维细胞(CAFs)在炎症组织中的适应性及其对免疫微环境的影响	首次发现CAFs具有表型可塑性，能够从免疫抑制表型转变为免疫激活表型	研究主要基于小鼠模型，人类CAFs的类似机制需要进一步验证	探究CAFs如何适应不同的免疫微环境并调节免疫反应	小鼠胰腺腺癌中的癌症相关成纤维细胞(CAFs)和CD8+ T细胞	肿瘤免疫学	胰腺癌	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	基因表达数据	小鼠胰腺腺癌模型中的CAFs
12	2025-05-03	Circadian regulation of lung repair and regeneration 2023-08-22, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.164720 PMID:37463053	研究论文	探讨生物钟对肺修复和再生的调控作用及其机制	首次揭示了生物钟通过不同途径调控肺再生，并提出将生物钟维度纳入肺修复治疗的新思路	未明确生物钟调控肺再生的具体分子机制	研究生物钟在肺修复和再生中的作用	肺器官样体、气管细胞、肺泡上皮细胞	生物医学	呼吸道感染	单细胞RNA测序、器官样体培养	生物钟紊乱模型	基因表达数据、临床数据	UK Biobank数据库样本及实验模型
13	2025-05-02	Alignment of spatial transcriptomics data using diffeomorphic metric mapping 2023-Aug-19, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.04.11.534630 PMID:37090640	research paper	开发了一种名为STalign的方法，用于对齐空间转录组学数据，考虑了部分匹配的组织切片和其他局部非线性畸变	使用微分同胚度量映射（diffeomorphic metric mapping）技术对齐空间转录组学数据，显著提高了基因表达和细胞类型在匹配空间位置上的对应性	未明确提及具体局限性	解决空间转录组学数据在不同切片、样本和技术之间比较的挑战	空间转录组学数据	生物信息学	NA	空间转录组学（ST）技术	diffeomorphic metric mapping	基因表达数据	未明确提及具体样本数量，但涉及小鼠脑部数据集
14	2025-04-25	Macrophage-mediated PDGF Activation Correlates With Regenerative Outcomes Following Musculoskeletal Trauma 2023-08-01, Annals of surgery IF:7.5Q1 DOI:10.1097/SLA.0000000000005704 PMID:36111847	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，识别了与肌肉骨骼损伤后再生或纤维化愈合相关的巨噬细胞亚群和基因特征	发现了两种纤维化样和三种再生样巨噬细胞亚群，并揭示了这些亚群在转录水平上的差异，以及它们在损伤后微环境调控中的作用	研究仅基于小鼠模型，尚未在人类样本中验证	识别与肌肉骨骼损伤后不同愈合结果相关的巨噬细胞亚群和分子机制	小鼠肌肉骨骼损伤模型中的巨噬细胞亚群	生物医学	肌肉骨骼损伤	单细胞RNA测序(scRNA-seq), Harmony, MacSpectrum, Seurat	NA	基因表达数据	多种肌肉骨骼损伤小鼠模型(包括再生性和纤维化模型)
15	2025-03-26	Dissection of Cellular Communication between Human Primary Osteoblasts and Bone Marrow Mesenchymal Stem Cells in Osteoarthritis at Single-Cell Resolution 2023-Aug-30, International journal of stem cells IF:2.5Q3 DOI:10.15283/ijsc22101 PMID:37105556	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，解析了人类原发性成骨细胞与骨髓间充质干细胞在骨关节炎中的细胞间通讯	发现了一种新的前成骨细胞亚型，并揭示了成熟成骨细胞可能通过WIF1和sFRP4抑制骨髓间充质干细胞的成骨分化	研究仅基于单细胞RNA测序数据，缺乏实验验证	探究人类原发性成骨细胞与骨髓间充质干细胞之间的细胞通讯机制	人类原发性成骨细胞和骨髓间充质干细胞	单细胞生物学	骨关节炎	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	转录组数据	NA
16	2025-03-26	A comparative study of in vitro air-liquid interface culture models of the human airway epithelium evaluating cellular heterogeneity and gene expression at single cell resolution 2023-Aug-28, Respiratory research IF:4.7Q1 DOI:10.1186/s12931-023-02514-2 PMID:37635251	研究论文	比较研究体外气液界面培养模型在人类气道上皮细胞异质性和单细胞分辨率基因表达方面的表现	首次在单细胞水平上全面比较了BCi-NS1.1来源和原代来源的气道上皮培养模型在基因表达和先天免疫功能方面的差异	研究仅使用了3个独立分化的BCi-NS1.1样本和3个不同供体的原代样本，样本量相对有限	评估工程化基底细胞系BCi-NS1.1作为气道上皮研究模型的适用性	BCi-NS1.1来源和原代来源的人类气道上皮培养物	细胞生物学	呼吸道感染	免疫荧光染色、单细胞RNA测序(scRNA-Seq)	体外气液界面培养模型	基因表达数据、图像数据	3个独立分化的BCi-NS1.1样本和3个不同供体的原代样本
17	2025-03-23	APOE deficiency impacts neural differentiation and cholesterol biosynthesis in human iPSC-derived cerebral organoids 2023-08-21, Stem cell research & therapy IF:7.1Q1 DOI:10.1186/s13287-023-03444-y PMID:37605285	研究论文	本研究探讨了APOE基因缺失对人类iPSC来源的脑类器官中神经分化和胆固醇生物合成的影响	首次在人类iPSC来源的脑类器官中揭示了APOE缺失对脑脂质稳态的影响，并发现了APOE4与APOE3在神经发生和胆固醇代谢上的差异	研究仅限于体外模型，未涉及体内环境的影响	探讨APOE基因在脑稳态中的作用及其与阿尔茨海默病的关系	人类iPSC来源的脑类器官	神经科学	阿尔茨海默病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	人类iPSC来源的脑类器官，包括APOE缺失和未缺失的样本
18	2025-03-02	Single-cell analysis of lizard blastema fibroblasts reveals phagocyte-dependent activation of Hedgehog-responsive chondrogenesis 2023-08-10, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-023-40206-z PMID:37563130	研究论文	本文通过单细胞RNA测序分析蜥蜴尾巴再生过程中的成纤维细胞和吞噬细胞群体，揭示了吞噬细胞依赖的Hedgehog信号通路调控的软骨形成机制	首次在蜥蜴尾巴再生过程中识别出与软骨形成相关的成纤维细胞和吞噬细胞群体，并揭示了吞噬细胞诱导的成纤维细胞基因激活层级	研究仅限于蜥蜴尾巴再生模型，未涉及其他物种或组织类型的再生机制	探索蜥蜴尾巴再生过程中成纤维细胞和吞噬细胞在软骨形成中的作用机制	蜥蜴尾巴再生过程中的成纤维细胞和吞噬细胞	单细胞分析	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	蜥蜴尾巴再生过程中的细胞群体
19	2025-02-28	Transfer learning in a biomaterial fibrosis model identifies in vivo senescence heterogeneity and contributions to vascularization and matrix production across species and diverse pathologies 2023-08, GeroScience IF:5.3Q1 DOI:10.1007/s11357-023-00785-7 PMID:37079217	研究论文	本文通过开发一种体内来源的衰老特征（SenSig），利用p16-CreER;Ai14报告小鼠的外来体反应驱动的纤维化模型，识别了周细胞和“软骨样”成纤维细胞为衰老细胞，并定义了细胞类型特异性的衰老相关分泌表型（SASPs）	开发了一种新的体内衰老特征（SenSig），并应用转移学习和衰老评分技术，在不同病理的鼠类和人类单细胞RNA测序数据集中识别了衰老细胞群体	研究中使用的模型和数据集可能限制了结果的普遍适用性	研究细胞衰老在伤口愈合、组织纤维化和肿瘤抑制中的作用，并识别衰老细胞的表型	p16-CreER;Ai14报告小鼠的周细胞和“软骨样”成纤维细胞	生物医学	纤维化	单细胞RNA测序（scRNAseq）	转移学习	RNA测序数据	NA
20	2025-02-16	Dynamic Intestinal Stem Cell Plasticity and Lineage Remodeling by a Nutritional Environment Relevant to Human Risk for Tumorigenesis 2023-08-01, Molecular cancer research : MCR IF:4.1Q2 DOI:10.1158/1541-7786.MCR-22-1000 PMID:37097719	研究论文	本文研究了新西方饮食1（NWD1）对小鼠肠道干细胞和谱系重编程的影响，揭示了其与人类肠道癌症风险的关联	通过单细胞RNA测序和功能基因组学等方法，揭示了NWD1对Lgr5hi干细胞的快速、可逆重编程及其对线粒体结构和功能的影响	研究主要基于小鼠模型，人类数据的直接证据有限	探讨营养环境对肠道干细胞和谱系重编程的影响及其与肿瘤发生的关系	小鼠肠道干细胞及其后代细胞	分子生物学	肠道癌症	单细胞RNA测序、单细胞转座酶可及染色质测序（ATAC-seq）、功能基因组学、成像技术	NA	RNA测序数据、染色质可及性数据、成像数据	未明确提及具体样本数量，但涉及小鼠模型