单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 359 篇文献，本页显示第 1 - 20 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 2024-12-18 |
Single-cell RNA sequencing reveals the cellular and molecular heterogeneity of treatment-naïve primary osteosarcoma in dogs
2023-Aug-09, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-3232360/v1
PMID:37609233
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研究论文 | 本研究使用单细胞RNA测序技术描述了未治疗的原发性犬骨肉瘤的肿瘤微环境中的细胞和分子组成 | 首次通过单细胞RNA测序技术揭示了犬骨肉瘤的细胞和分子异质性，并发现犬和人类骨肉瘤的细胞组成具有高度保守性 | 研究仅限于6只未治疗的犬骨肉瘤样本，样本量较小 | 更好地定义骨肉瘤的肿瘤微环境复杂性，并为转化免疫肿瘤学研究提供细胞和分子路线图 | 未治疗的原发性犬骨肉瘤的肿瘤微环境 | 数字病理学 | 骨肉瘤 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 基因表达数据 | 6只未治疗的犬骨肉瘤样本，共分析了35,310个细胞 |
| 2 | 2024-12-13 |
Single-cell transcriptomics identifies prothymosin α restriction of HIV-1 in vivo
2023-08-02, Science translational medicine
IF:15.8Q1
DOI:10.1126/scitranslmed.adg0873
PMID:37531416
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研究论文 | 本研究利用单细胞转录组分析，鉴定了在体内限制HIV-1感染的宿主因子prothymosin α | 首次通过单细胞转录组分析鉴定了prothymosin α作为体内限制HIV-1感染的宿主因子，并在体外实验中验证了其抑制HIV-1转录和病毒产生的作用 | 研究样本量相对较小，且仅限于特定HIV-1亚型和地区的参与者 | 鉴定在体内限制HIV-1感染的宿主因子，并探讨其对病毒传播和治愈策略的影响 | HIV-1感染的宿主因子prothymosin α及其在体内外的抗病毒作用 | 基因组学 | HIV感染 | 单细胞转录组分析 | NA | 基因表达数据 | 30名参与者（包括1名高病毒载量的参与者和28名来自泰国和美洲的HIV-1 CRF01_AE和亚型B感染者） |
| 3 | 2024-11-23 |
Mammary duct luminal epithelium controls adipocyte thermogenic programme
2023-Aug, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-023-06361-5
PMID:37495690
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研究论文 | 研究报告了乳腺导管上皮细胞在脂肪微环境中调节冷暴露诱导的小鼠皮下白色脂肪组织中脂肪细胞UCP1表达的作用 | 首次揭示了乳腺导管上皮细胞通过分泌因子'mammokines'调控脂肪细胞UCP1表达，并发现这些因子在性别特异性脂肪生成中的作用 | 研究主要集中在小鼠模型上，结果的普遍性和在人类中的适用性需要进一步验证 | 探讨乳腺导管上皮细胞在脂肪细胞UCP1表达调控中的作用及其在性别特异性脂肪生成中的意义 | 小鼠皮下白色脂肪组织中的乳腺导管上皮细胞和脂肪细胞 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 小鼠皮下白色脂肪组织样本 |
| 4 | 2024-10-30 |
A hybrid machine learning and regression method for cell type deconvolution of spatial barcoding-based transcriptomic data
2023-Aug-26, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.08.24.554722
PMID:37662370
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研究论文 | 本文介绍了一种混合机器学习和回归方法SDePER，用于空间条形码转录组数据的细胞类型反卷积 | SDePER方法通过机器学习去除ST和scRNA-seq数据之间的系统差异（平台效应），并考虑了细胞类型的稀疏性和空间相关性 | NA | 开发一种新的方法来提高空间条形码转录组数据的细胞类型反卷积的准确性和鲁棒性 | 空间条形码转录组数据和单细胞RNA测序数据 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 混合机器学习和回归模型 | 转录组数据 | 四个真实数据集和模拟数据 |
| 5 | 2024-10-27 |
Neural stem cell metabolism revisited: a critical role for mitochondria
2023-08, Trends in endocrinology and metabolism: TEM
DOI:10.1016/j.tem.2023.05.008
PMID:37380501
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综述 | 本文综述了线粒体代谢在鼠和人类神经干细胞（NSCs）胚胎和成年大脑中的作用 | 本文重新审视了线粒体在神经干细胞代谢中的关键作用，并探讨了单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据在成年NSCs代谢特征中的应用 | NA | 探讨线粒体代谢在神经干细胞维持和命运决定中的作用 | 鼠和人类神经干细胞（NSCs） | 细胞生物学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | RNA | NA |
| 6 | 2024-10-19 |
Amphiregulin couples IL1RL1+ regulatory T cells and cancer-associated fibroblasts to impede antitumor immunity
2023-08-25, Science advances
IF:11.7Q1
DOI:10.1126/sciadv.add7399
PMID:37611111
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研究论文 | 研究揭示了IL1RL1+调节性T细胞和癌症相关成纤维细胞通过AREG/EGFR轴相互作用，阻碍抗肿瘤免疫 | 首次揭示了AREG/EGFR轴在调节性T细胞和癌症相关成纤维细胞之间的相互作用，控制成纤维细胞功能状态的分叉 | NA | 探讨调节性T细胞和癌症相关成纤维细胞在肿瘤微环境中的相互作用及其分子机制 | 调节性T细胞、癌症相关成纤维细胞、肿瘤微环境 | 肿瘤学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | NA |
| 7 | 2024-10-19 |
Synergism Between IL21 and Anti-PD-1 Combination Therapy is Underpinned by the Coordinated Reprogramming of the Immune Cellular Network in the Tumor Microenvironment
2023-08, Cancer research communications
IF:2.0Q3
DOI:10.1158/2767-9764.CRC-23-0012
PMID:37546701
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研究论文 | 通过综合分析多个单细胞RNA测序数据集，研究了IL21与抗PD-1联合治疗在肿瘤微环境中通过协调重编程免疫细胞网络的协同机制 | 揭示了IL21在肿瘤微环境中通过增强CD4 T细胞的辅助功能，促进CD8 T细胞介导的免疫反应，并与抗PD-1阻断剂协同驱动肿瘤抗原特异性CD8 T细胞的克隆扩增和功能状态分化 | NA | 探讨IL21与抗PD-1联合治疗在肿瘤微环境中的协同机制 | 肿瘤微环境中的免疫细胞网络 | 免疫学 | 癌症 | 单细胞RNA测序 (scRNA-seq) | NA | RNA | 多个单细胞RNA测序数据集 |
| 8 | 2024-10-16 |
Transcript accumulation rates in the early Caenorhabditis elegans embryo
2023-08-25, Science advances
IF:11.7Q1
DOI:10.1126/sciadv.adi1270
PMID:37611097
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研究论文 | 本文研究了早期秀丽隐杆线虫胚胎中转录积累速率 | 首次在全基因组范围内测量了早期胚胎中单细胞分辨率的转录积累速率，并识别了与高转录速率相关的核心启动子元件 | 研究仅限于早期胚胎阶段，且未涵盖所有发育基因 | 估计早期胚胎中合子mRNA的积累速率，并理解转录动力学如何驱动发育决策 | 早期秀丽隐杆线虫胚胎中的转录积累速率 | 基因组学 | NA | 单细胞RNA测序和单分子转录成像 | NA | RNA序列数据 | 早期秀丽隐杆线虫胚胎的单细胞样本 |
| 9 | 2024-10-13 |
Spatial transcriptomics: recent developments and insights in respiratory research
2023-08-17, Military Medical Research
IF:16.7Q1
DOI:10.1186/s40779-023-00471-x
PMID:37592342
|
综述 | 本文综述了空间转录组学在呼吸系统研究中的最新进展及其应用 | 空间转录组学填补了传统RNA测序方法在空间定位和细胞相互作用方面的空白 | 当前挑战包括高通量全长转录组、多组学整合、时空组学和生物信息学分析等 | 探讨空间转录组学在呼吸系统生理和病理过程中的应用 | 呼吸系统的细胞异质性和空间定位 | 空间转录组学 | 呼吸系统疾病 | 空间转录组学 (ST) | NA | 转录组数据 | NA |
| 10 | 2024-10-13 |
Cell-type-specific co-expression inference from single cell RNA-sequencing data
2023-08-10, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-023-40503-7
PMID:37563115
|
研究论文 | 本文提出了一种名为CS-CORE的统计方法，用于从单细胞RNA测序数据中推断特定细胞类型的共表达关系 | CS-CORE方法明确地建模了单细胞RNA测序数据中的测序深度变化和测量误差，解决了现有方法在这方面的不足 | NA | 旨在改进从单细胞RNA测序数据中推断特定细胞类型共表达关系的方法 | 单细胞RNA测序数据中的特定细胞类型共表达关系 | 生物信息学 | 阿尔茨海默病, COVID-19 | 单细胞RNA测序 | 统计模型 | RNA测序数据 | 包括阿尔茨海默病和COVID-19患者的脑组织和血液样本 |
| 11 | 2024-10-13 |
Macrophage-organoid co-culture model for identifying treatment strategies against macrophage-related gemcitabine resistance
2023-Aug-09, Journal of experimental & clinical cancer research : CR
IF:11.4Q1
DOI:10.1186/s13046-023-02756-4
PMID:37553567
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研究论文 | 研究通过巨噬细胞与肿瘤类器官共培养模型，揭示了巨噬细胞介导的吉西他滨耐药机制，并提出了新的治疗策略 | 首次揭示了巨噬细胞-CCL5-Sp1-AREG反馈环在吉西他滨耐药中的作用，并验证了靶向该反馈环的药物组合在胰腺癌治疗中的潜力 | 研究主要基于体外模型和动物模型，临床应用的有效性和安全性仍需进一步验证 | 揭示巨噬细胞在胰腺癌吉西他滨耐药中的作用机制，并开发新的治疗策略 | 胰腺癌患者来源的类器官、巨噬细胞、胰腺癌细胞 | 数字病理学 | 胰腺癌 | 单细胞测序 | NA | 基因表达数据 | 48名胰腺癌患者，3年内的肿瘤组织样本 |
| 12 | 2024-10-13 |
Identification of hepatocellular carcinoma-related subtypes and development of a prognostic model: a study based on ferritinophagy-related genes
2023-Aug-09, Discover oncology
IF:2.8Q2
DOI:10.1007/s12672-023-00756-6
PMID:37555866
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研究论文 | 本研究基于铁蛋白自噬相关基因，识别肝细胞癌相关亚型并开发预测模型 | 首次探讨了铁蛋白自噬相关基因在肝细胞癌中的潜在作用，并构建了基于这些基因的风险模型 | 研究主要基于TCGA数据库的数据，可能存在样本偏倚和数据异质性 | 深入研究肝细胞癌的发生和发展机制，识别新的治疗靶点 | 肝细胞癌患者及其铁蛋白自噬相关基因的表达 | 数字病理学 | 肝细胞癌 | 单细胞RNA测序 (scRNA-seq) | LASSO和COX回归分析 | 基因表达数据 | TCGA数据库中的肝细胞癌患者数据 |
| 13 | 2024-10-12 |
Spatial tumour gene signature discriminates neoplastic from non-neoplastic compartments in colon cancer: unravelling predictive biomarkers for relapse
2023-08-05, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-023-04384-0
PMID:37543577
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研究论文 | 本文通过空间转录组技术研究结肠癌II期患者的组织成分，以识别复发相关的预测性生物标志物 | 开发了一种名为Genes-To-Count（GTC）的计算工具，用于自动化定量原位信号，并准确识别肿瘤和非肿瘤组织区域 | 样本量较小，仅包括10名患者（5名复发和5名未复发） | 探索结肠癌II期患者复发与未复发组织的空间基因表达差异，以发现新的预测性生物标志物 | 结肠癌II期患者的组织样本 | 数字病理学 | 结肠癌 | 原位测序 | NA | 基因表达数据 | 10名结肠癌II期患者（5名复发和5名未复发） |
| 14 | 2024-10-08 |
Diverse clonal fates emerge upon drug treatment of homogeneous cancer cells
2023-Aug, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-023-06342-8
PMID:37468627
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研究论文 | 本文开发并应用了FateMap框架，结合DNA条形码和单细胞RNA测序，揭示了数以十万计的克隆在接受抗癌治疗后的命运 | 本文首次展示了单细胞来源的癌症细胞在接受治疗后产生的分子、形态和功能上不同的抗性类型，并发现这些抗性类型主要由药物添加前的细胞分子差异决定，而非外在因素 | 本文主要集中在实验室环境下的研究，尚未充分探讨这些抗性类型在临床环境中的实际应用和影响 | 揭示抗癌治疗后癌症细胞的抗性多样性及其分子机制 | 单细胞来源的癌症细胞及其在接受不同抗癌药物治疗后的抗性类型 | NA | NA | DNA条形码和单细胞RNA测序 | NA | RNA | 数以十万计的克隆 |
| 15 | 2024-10-04 |
Tumor-associated macrophages trigger MAIT cell dysfunction at the HCC invasive margin
2023-08-17, Cell
IF:45.5Q1
DOI:10.1016/j.cell.2023.07.026
PMID:37595566
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序、流式细胞术和CODEX成像技术，研究了肝细胞癌（HCC）中黏膜相关不变T细胞（MAIT细胞）的功能障碍及其与肿瘤相关巨噬细胞（TAMs）的相互作用 | 首次揭示了肿瘤相关巨噬细胞通过CSF1RPD-L1信号通路诱导MAIT细胞功能障碍，并提出了通过aPD-1/aPD-L1疗法靶向治疗HCC患者中MAIT细胞的可能性 | NA | 探讨MAIT细胞在肝细胞癌中的功能及其与肿瘤微环境的关系 | 肝细胞癌（HCC）患者样本中的MAIT细胞及其与肿瘤相关巨噬细胞的相互作用 | 数字病理学 | 肝癌 | 单细胞RNA测序、流式细胞术、CODEX成像 | 机器学习 | 单细胞RNA测序数据、流式细胞术数据、图像数据 | 配对的HCC患者样本及小鼠模型 |
| 16 | 2024-10-04 |
A spatially resolved single-cell genomic atlas of the adult human breast
2023-Aug, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-023-06252-9
PMID:37380767
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研究论文 | 构建了成人人类乳腺的单细胞和空间分辨率的全面细胞图谱 | 首次构建了成人人类乳腺的单细胞和空间分辨率的全面细胞图谱，揭示了丰富的血管周围、内皮和免疫细胞群以及高度多样的腔上皮细胞状态 | NA | 研究成人正常乳腺组织的细胞组成和空间分布，为乳腺生物学和疾病研究提供参考 | 成人人类乳腺的单细胞和空间分辨率细胞图谱 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 单细胞转录组学 | NA | 单细胞转录组数据 | 714,331个细胞来自126名女性，117,346个细胞核来自20名女性 |
| 17 | 2024-09-30 |
Reliable Identification and Interpretation of Single-Cell Molecular Heterogeneity and Transcriptional Regulation using Dynamic Ensemble Pruning
2023-08, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202205442
PMID:37290050
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研究论文 | 提出了一种动态集成剪枝框架（DEPF）用于识别和解释单细胞分子异质性和转录调控 | 开发了基于轮廓系数的指示器来确定双目标函数的优化方向，并设计了双目标果蝇优化算法来动态剪枝低质量的基本聚类 | NA | 解决无监督聚类模型中目标函数优化方向与最终聚类标签不一致的问题 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据中的细胞类型 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | 自编码器 | 基因表达数据 | 28个真实scRNA-seq数据集和一个大型真实scRNA-seq数据集 |
| 18 | 2024-09-28 |
Best practices for single-cell analysis across modalities
2023-08, Nature reviews. Genetics
DOI:10.1038/s41576-023-00586-w
PMID:37002403
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review | 本文总结了单细胞分析在多模态数据中的最佳实践流程 | 本文通过独立基准测试研究，总结了单细胞分析在多模态数据中的最佳实践流程，并为新手和高级用户提供了指导 | NA | 总结单细胞分析在多模态数据中的最佳实践流程 | 单细胞转录组学、染色质可及性、表面蛋白表达、适应性免疫受体谱分析和空间信息等多模态数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞技术 | NA | 多模态数据 | NA |
| 19 | 2024-09-27 |
Epstein-Barr virus evades restrictive host chromatin closure by subverting B cell activation and germinal center regulatory loci
2023-08-29, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2023.112958
PMID:37561629
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研究论文 | 研究EB病毒如何通过改变B细胞激活和生发中心调控位点的染色质可及性来逃避宿主的限制 | 首次捕捉到EB病毒感染期间单个B细胞的动态染色质景观，并整合了scATAC-seq、scRNA-seq和ChIP-seq数据进行基因组范围的cis-调控预测 | NA | 研究EB病毒如何通过改变染色质可及性来逃避宿主的限制 | EB病毒感染的B细胞及其染色质可及性 | 数字病理学 | NA | scATAC-seq, scRNA-seq, ChIP-seq | NA | 基因组数据 | 单个B细胞 |
| 20 | 2024-09-27 |
The brain's dark transcriptome: Sequencing RNA in distal compartments of neurons and glia
2023-08, Current opinion in neurobiology
IF:4.8Q1
DOI:10.1016/j.conb.2023.102725
PMID:37196598
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综述 | 本文综述了单细胞数据和亚转录组数据在哺乳动物大脑中的应用，探讨了细胞和亚细胞多样性的发展 | 本文介绍了大脑中'暗转录组'的概念，即位于细胞体之外的亚转录组，这些转录组在脑发育和功能中起重要作用 | 本文主要讨论了单细胞RNA测序在捕捉远离细胞体的转录本方面的局限性 | 探讨大脑中细胞和亚细胞多样性的发展，并介绍新兴技术在亚转录组发现中的应用 | 哺乳动物大脑中的神经元和胶质细胞的亚转录组 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | NA |