单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 352 篇文献，本页显示第 161 - 180 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 161 | 2024-08-07 |
Cux1+ proliferative basal cells promote epidermal hyperplasia in chronic dry skin disease identified by single-cell RNA transcriptomics
2023-Jul, Journal of pharmaceutical analysis
IF:6.1Q1
DOI:10.1016/j.jpha.2023.04.004
PMID:37577389
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序和原位杂交技术，在慢性干燥皮肤疾病模型中识别出一种新型增殖性基底细胞（PBC），该细胞特异性表达转录因子Cux1，并探讨了其在皮肤表皮增生中的作用。 | 首次在干燥皮肤疾病模型中通过单细胞RNA测序技术识别出表达Cux1的增殖性基底细胞，并揭示了Cux1在角质形成细胞增殖中的关键作用。 | 研究主要基于小鼠模型和体外实验，临床应用的直接证据尚需进一步验证。 | 探讨慢性干燥皮肤疾病中表皮增生的分子机制，并寻找潜在的治疗靶点。 | 慢性干燥皮肤疾病模型中的增殖性基底细胞及其在表皮增生中的作用。 | 数字病理学 | 皮肤病 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | RNA | 小鼠模型及部分皮肤病患者样本 | NA | NA | NA | NA |
| 162 | 2024-08-05 |
Bioinformatics analysis and single-cell RNA sequencing: elucidating the ubiquitination pathways and key enzymes in lung adenocarcinoma
2023-Jul-31, Journal of thoracic disease
IF:2.1Q3
DOI:10.21037/jtd-23-795
PMID:37559628
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序分析肺腺癌中的泛素化通路及关键酶的作用 | 文章揭示了PSMD14在肺腺癌恶性调控中的关键作用，具有潜在的预后和治疗生物标志物价值 | 研究主要基于数据分析，缺乏大规模临床验证 | 鉴定与肺腺癌发展相关的关键分子及其泛素化修饰 | 重点研究了与肺腺癌相关的单细胞及 bulk 转录组数据 | 数字病理学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 转录组数据 | 分析了来自GEO和TCGA数据库的单细胞和bulk转录组数据 | NA | NA | NA | NA |
| 163 | 2024-08-07 |
Predicting key gene related to immune infiltration and myofibroblast-like valve interstitial cells in patients with calcified aortic valve disease based on bioinformatics analysis
2023-Jul-31, Journal of thoracic disease
IF:2.1Q3
DOI:10.21037/jtd-23-72
PMID:37559614
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研究论文 | 本研究通过生物信息学分析，预测与钙化性主动脉瓣疾病相关的关键基因CTHRC1，并探讨其在免疫细胞浸润和心肌成纤维细胞样瓣膜间质细胞中的作用 | 首次识别CTHRC1为钙化性主动脉瓣疾病的关键基因，并揭示其与免疫细胞浸润和心肌成纤维细胞样瓣膜间质细胞的关系 | NA | 探索钙化性主动脉瓣疾病的潜在生物标志物及其在疾病进展中免疫细胞浸润的作用 | 钙化性主动脉瓣疾病、关键基因CTHRC1、免疫细胞浸润、心肌成纤维细胞样瓣膜间质细胞 | 生物信息学 | 心血管疾病 | 微阵列数据分析、基因本体论（GO）和京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路富集分析、机器学习算法、CIBERSORT | 机器学习算法 | 基因表达数据、单细胞RNA测序数据 | 基于三个微阵列数据集：GSE12644、GSE51472和GSE83453 | NA | NA | NA | NA |
| 164 | 2024-08-07 |
Propionyl-CoA carboxylase subunit B modulates PIK3CA-regulated immune-surveillance in a pancreatic cancer mouse model
2023-Jul-26, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.07.24.550301
PMID:37546948
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研究论文 | 研究通过基因删除筛选发现丙酰辅酶A羧化酶亚基B（PCCB）调节PIK3CA介导的免疫逃逸，影响胰腺癌的免疫治疗效果 | 首次发现PCCB在调节PIK3CA介导的胰腺癌免疫监视中的作用，并通过单细胞RNA测序揭示了T细胞的耗竭状态 | 研究主要在鼠模型中进行，需要进一步验证在人类胰腺癌中的效果 | 探索PI3K抑制剂抵抗胰腺癌的潜在因素 | 胰腺导管腺癌（PDAC）及其免疫治疗 | 数字病理学 | 胰腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因组数据 | 使用KPC细胞系植入小鼠胰腺进行实验 | NA | NA | NA | NA |
| 165 | 2024-08-05 |
ScopeViewer: A Browser-Based Solution for Visualizing Spatial Transcriptomics Data
2023-Jul-25, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.07.24.549256
PMID:37546786
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研究论文 | 本研究介绍了ScopeViewer，一种基于浏览器的视觉化空间转录组学数据解决方案。 | ScopeViewer提供了多种功能，以解决空间转录组学数据可视化中的挑战，如多级缩放、双重交互查看和优化带宽显示等。 | 未提及特定的局限性 | 旨在改善空间转录组学数据的可视化和用户体验。 | 主要研究对象为空间转录组学数据和相关的大型图像数据集。 | 数字病理学 | NA | NA | NA | 图像 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 166 | 2024-08-05 |
Characterization of cell-fate decision landscapes by estimating transcription factor dynamics
2023-07-24, Cell reports methods
IF:4.3Q2
DOI:10.1016/j.crmeth.2023.100512
PMID:37533652
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研究论文 | 本文提出了一种方法FateCompass，通过特定的转录因子动力学来表征细胞命运决策景观 | FateCompass结合了单细胞转录组学数据与RNA速度，估计了转录因子的动态活动，并识别了特定谱系的调节因子 | 在单细胞水平上估计调控活动仍然具有挑战性 | 研究在分化过程中转录因子的动态调控活动 | 针对特定谱系的转录因子进行研究 | 数字病理学 | NA | 单细胞转录组学 | 线性模型 | RNA数据 | 涉及胰腺内分泌细胞分化的数据集 | NA | NA | NA | NA |
| 167 | 2024-08-07 |
Inhibition of NETosis via PAD4 alleviated inflammation in giant cell myocarditis
2023-Jul-21, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2023.107162
PMID:37534129
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析了来自巨细胞心肌炎（GCM）大鼠和正常大鼠心脏的15,714个细胞，发现NETosis在GCM过程中起作用，并使用GSK484抑制剂减轻了GCM的炎症反应。 | 本研究首次详细阐述了NETosis在巨细胞心肌炎发病机制中的作用，并发现GSK484抑制剂可作为潜在的治疗靶点。 | NA | 探讨NETosis在巨细胞心肌炎中的作用及其作为治疗靶点的可能性。 | 巨细胞心肌炎大鼠和正常大鼠的心脏细胞。 | NA | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 15,714个细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 168 | 2024-08-07 |
Single-cell immune profiling reveals broad anti-inflammation response in bipolar disorder patients with quetiapine and valproate treatment
2023-Jul-21, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2023.107057
PMID:37534158
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术，探讨了喹硫平和丙戊酸联合治疗双相障碍患者对免疫动态的影响 | 首次揭示了喹硫平和丙戊酸联合治疗双相障碍患者后，B细胞和促炎性肥大细胞及嗜酸性粒细胞的炎症相关基因下调，以及核糖体肽生产基因的减少 | NA | 探讨喹硫平和丙戊酸联合治疗双相障碍患者对免疫动态的影响 | 双相障碍患者的免疫动态 | NA | 双相障碍 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 具体样本数量未在摘要中提及 | NA | NA | NA | NA |
| 169 | 2024-08-05 |
Integrated analysis of single-cell and bulk RNA-seq establishes a novel signature for prediction in gastric cancer
2023-Jul-15, World journal of gastrointestinal oncology
IF:2.5Q3
DOI:10.4251/wjgo.v15.i7.1215
PMID:37546563
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研究论文 | 通过整合单细胞和整体RNA测序数据，建立了一个预测胃癌的新模型 | 首次结合单细胞RNA-seq和整体RNA-seq数据，深入分析胃癌细胞类型及其差异表达基因，建立了胃癌预测模型 | 对其他非上皮细胞类型和更大样本规模的验证不足 | 创造一个基于RNA测序数据的胃癌预测模型 | 整合多个单细胞和整体RNA测序数据，分析胃癌及正常胃组织中的细胞类型及基因表达 | 数字病理学 | 胃癌 | RNA测序 | LASSO分类器和随机森林模型 | 基因组数据 | 涉及70707个细胞和10个整体RNA-seq数据集 | NA | NA | NA | NA |
| 170 | 2024-08-07 |
Single-cell transcriptome analysis reveals T population heterogeneity and functions in tumor microenvironment of colorectal cancer metastases
2023-Jul, Heliyon
IF:3.4Q1
DOI:10.1016/j.heliyon.2023.e17119
PMID:37539320
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组分析揭示了结直肠癌转移瘤微环境中T细胞群体的异质性和功能 | 发现了结直肠癌转移中T细胞群体的特定基因表达模式和免疫微环境的组成成分 | NA | 展示结直肠癌转移免疫微环境中T细胞群体的特征 | 结直肠癌转移中的T细胞群体 | 数字病理学 | 结直肠癌 | 单细胞转录组分析 | NA | 转录组数据 | 3,003个外周血细胞和4,656个组织细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 171 | 2024-08-05 |
scRNA-seq revealed the special TCR β & α V(D)J allelic inclusion rearrangement and the high proportion dual (or more) TCR-expressing cells
2023-07-31, Cell death & disease
IF:8.1Q1
DOI:10.1038/s41419-023-06004-7
PMID:37524693
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研究论文 | 这篇文章揭示了单个T细胞表达多个TCR链的现象及其高比例 | 首次在转录组水平上公开了T细胞中多个TCR的高比例，并提出了在单个染色体上二次（或更多）TCR重排的新机制 | 在不同生理状态和发育阶段多TCR比例的变化尚未完全解释 | 研究T细胞中多TCR的比例和潜在机制 | 人类胸腺、外周血及小鼠淋巴器官中的T细胞 | 数字病理学 | NA | scRNA-seq | NA | 单细胞转录组数据 | 在所有样本中，T细胞比例为15%、10%和20% | NA | NA | NA | NA |
| 172 | 2024-08-05 |
Decoding key cell sub-populations and molecular alterations in glioblastoma at recurrence by single-cell analysis
2023-07-31, Acta neuropathologica communications
IF:6.2Q1
DOI:10.1186/s40478-023-01613-x
PMID:37525259
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研究论文 | 这篇文章探讨了在复发性胶质母细胞瘤中关键细胞亚群和分子变化。 | 文章揭示了一种在初发胶质母细胞瘤中检测较少但在复发性胶质母细胞瘤中高度表达的独特细胞亚群，暗示其可能在复发过程中起到关键作用。 | 文章没有提供关于如何应用发现的新靶点进行临床治疗的具体建议。 | 旨在理解驱动胶质母细胞瘤复发的关键机制以及识别新的干预靶点。 | 研究对象为36名患者的初发和复发胶质母细胞瘤样本以及6个纵向的胶质母细胞瘤空间转录组数据。 | 数字病理学 | 胶质母细胞瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因组数据 | 36个患者的初发和复发胶质母细胞瘤样本 | NA | NA | NA | NA |
| 173 | 2024-08-07 |
Exploring the cellular and molecular differences between ovarian clear cell carcinoma and high-grade serous carcinoma using single-cell RNA sequencing and GEO gene expression signatures
2023-Jul-31, Cell & bioscience
DOI:10.1186/s13578-023-01087-3
PMID:37525249
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序和GEO基因表达签名数据，探索卵巢透明细胞癌和高度浆液性卵巢癌之间的细胞和分子差异 | 首次全面揭示了卵巢透明细胞癌和高度浆液性卵巢癌在细胞和分子层面的区别，并发现了新的生物标志物和治疗靶点 | NA | 旨在发现卵巢透明细胞癌的新治疗靶点，以改善患者的预后 | 卵巢透明细胞癌和高度浆液性卵巢癌 | 数字病理学 | 卵巢癌 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA-seq数据 | 使用了GSE189553数据集中的批量RNA-seq数据和单细胞RNA测序数据 | NA | NA | NA | NA |
| 174 | 2024-08-07 |
A meta-analysis of immune-cell fractions at high resolution reveals novel associations with common phenotypes and health outcomes
2023-07-31, Genome medicine
IF:10.4Q1
DOI:10.1186/s13073-023-01211-5
PMID:37525279
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meta-analysis | 本研究通过高分辨率DNA甲基化参考矩阵，对12种免疫细胞类型在血液中的比例进行meta分析，揭示了这些细胞比例与多种常见表型和健康结果的关联 | 本研究首次在高分辨率下使用DNA甲基化数据进行meta分析，提供了广泛验证的血液DNA甲基化参考矩阵，并揭示了免疫细胞比例与多种健康结果的关联 | 研究主要集中在血液样本，且使用的DNA甲基化数据分辨率相对较低 | 探索免疫细胞类型比例与常见表型及健康结果的关联 | 12种免疫细胞类型在血液中的比例 | machine learning | NA | DNA methylation sequencing | NA | DNA methylation data | 23,053个血液样本 | NA | NA | NA | NA |
| 175 | 2024-08-05 |
Follicular development and ovary aging: single-cell studies
2023-Jul-28, Biology of reproduction
IF:3.1Q2
DOI:10.1093/biolre/ioad080
PMID:37504504
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综述 | 本文总结了卵泡发育与卵巢衰老的单细胞研究进展 | 强调单细胞测序技术在揭示个体细胞独特分子机制方面的创新 | 总结了传统方法在卵泡发育研究中的局限性 | 探讨卵泡发育的生理与病理机制 | 聚焦卵巢内的卵母细胞、颗粒细胞、冠层细胞和卵泡膜细胞等各种细胞 | 数字病理学 | 不育症 | 单细胞测序 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 176 | 2024-08-05 |
Evaluating imputation methods for single-cell RNA-seq data
2023-Jul-28, BMC bioinformatics
IF:2.9Q1
DOI:10.1186/s12859-023-05417-7
PMID:37507764
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研究论文 | 本研究对11种最新的单细胞RNA测序数据插补方法进行了评估 | 评估了多种插补算法在不同真实和模拟数据集上的表现，并揭示了它们的优缺点 | 一些方法在真实数据集上的表现差，且未能成功插补所有标记基因 | 系统评估不同的单细胞RNA测序数据插补算法 | 12个真实的生物数据集和4个模拟数据集 | 数字病理 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 生物数据集 | 12个真实数据集和4个模拟数据集 | NA | NA | NA | NA |
| 177 | 2024-08-07 |
Small Leucine-Rich Proteoglycan PODNL1 Identified as a Potential Tumor Matrix-Mediated Biomarker for Prognosis and Immunotherapy in a Pan-Cancer Setting
2023-Jul-22, Current issues in molecular biology
IF:2.8Q3
DOI:10.3390/cimb45070386
PMID:37504302
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研究论文 | 本文研究了小亮氨酸丰富蛋白聚糖家族成员PODNL1在泛癌环境中的预后价值和免疫治疗作用 | 首次系统评估了PODNL1在泛癌环境中的预后价值及其在肿瘤微环境中的作用 | NA | 探讨PODNL1作为泛癌环境下肿瘤基质介导的生物标志物在预后和免疫治疗中的潜力 | PODNL1在不同癌症中的表达及其与预后和免疫治疗反应的关系 | 数字病理学 | 泛癌 | 多重免疫荧光染色 | NA | 转录组数据 | 涉及33种癌症类型的样本 | NA | NA | NA | NA |
| 178 | 2024-08-07 |
Tissue Inhibitor of Metalloproteinases-1 Interacts with CD74 to Promote AKT Signaling, Monocyte Recruitment Responses, and Vascular Smooth Muscle Cell Proliferation
2023-07-20, Cells
IF:5.1Q2
DOI:10.3390/cells12141899
PMID:37508563
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研究论文 | 研究探讨了组织金属蛋白酶抑制剂-1（TIMP-1）与CD74相互作用对AKT信号传导、单核细胞招募反应和血管平滑肌细胞增殖的影响 | 首次详细研究了TIMP-1通过CD74介导的生物学效应，包括对单核细胞和血管平滑肌细胞的影响 | NA | 评估TIMP-1-CD74轴在血管炎症和动脉粥样硬化中的作用 | TIMP-1与CD74的相互作用及其对单核细胞和血管平滑肌细胞的影响 | NA | 心血管疾病 | 序列比对、蛋白质-蛋白质对接分析、磷酸化激酶阵列、Transwell迁移、3D-基于趋化性、流粘附试验、活细胞成像 | NA | scRNA-seq数据 | THP-1前单核细胞、初级人类单核细胞、血管平滑肌细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 179 | 2024-08-07 |
Smooth Muscle Heterogeneity and Plasticity in Health and Aortic Aneurysmal Disease
2023-Jul-20, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms241411701
PMID:37511460
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综述 | 本文综述了血管平滑肌细胞（VSMCs）在健康和主动脉瘤疾病中的异质性和可塑性 | 通过高分辨率研究方法，如谱系追踪和单细胞RNA测序，揭示了VSMCs前所未有的异质性和多样性及其与主动脉瘤的复杂关系 | NA | 旨在增进对健康和动脉瘤疾病中VSMC多样性的理解 | 血管平滑肌细胞（VSMCs）及其在主动脉瘤中的作用 | NA | 主动脉瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 180 | 2024-08-07 |
Cuproptosis and Immune-Related Gene Signature Predicts Immunotherapy Response and Prognosis in Lung Adenocarcinoma
2023-Jul-19, Life (Basel, Switzerland)
DOI:10.3390/life13071583
PMID:37511958
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研究论文 | 研究探讨了铜死亡及其相关免疫基因在肺腺癌中的作用，以及它们对免疫治疗反应和预后的影响 | 首次揭示了铜死亡相关免疫基因在肺腺癌中的作用，并建立了一个风险模型和诺模图来预测免疫治疗反应和预后 | 研究主要基于生物信息学方法和体外实验，需要进一步的临床验证 | 评估铜死亡相关免疫基因在肺腺癌中的作用，并预测免疫治疗反应和预后 | 肺腺癌患者及其免疫治疗反应和预后 | 数字病理学 | 肺腺癌 | 实时定量PCR (RT-qPCR), 单细胞RNA测序 (scRNA-seq) | 风险模型和诺模图 | 基因表达数据 | 具体的样本数量未在摘要中明确提及 | NA | NA | NA | NA |