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序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
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141 | 2024-08-05 |
Dissecting the brain with spatially resolved multi-omics
2023-Jul, Journal of pharmaceutical analysis
IF:6.1Q1
DOI:10.1016/j.jpha.2023.04.003
PMID:37577383
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研究论文 | 本论文探讨了空间分辨的多组学技术在解析大脑空间异质性方面的应用 | 介绍了空间转录组学和质谱成像技术在神经科学中的应用 | 需要在活细胞中的实时空间多组学分析以及功能验证的整合应用方面做更多努力 | 研究空间分辨的多组学技术在神经科学中的应用 | 空间基因组学、转录组学、蛋白质组学和代谢组学技术 | 数字病理学 | 中枢神经系统疾病 | NGS、质谱成像 | NA | 空间组学数据 | NA |
142 | 2024-08-05 |
The role of signaling crosstalk of microglia in hippocampus on progression of ageing and Alzheimer's disease
2023-Jul, Journal of pharmaceutical analysis
IF:6.1Q1
DOI:10.1016/j.jpha.2023.05.008
PMID:37577391
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研究论文 | 本文研究了小胶质细胞在海马区在衰老和阿尔茨海默病进展中的信号交叉作用 | 研究首次揭示了小胶质细胞在衰老和阿尔茨海默病进程中的免疫调节作用及其信号交叉的复杂性 | 研究仅基于小鼠模型,可能无法完全反映人类疾病的生物学机制 | 揭示小胶质细胞在衰老和阿尔茨海默病中的作用机制 | 使用5×FAD小鼠和野生型小鼠进行单细胞测序,分析小胶质细胞的功能和信号通路 | 数字病理学 | 阿尔茨海默病 | 单细胞测序 | NA | 基因表达数据 | 5×FAD小鼠和野生型小鼠,年龄为2、12和24个月 |
143 | 2024-08-07 |
Single-cell analyses reveal cannabidiol rewires tumor microenvironment via inhibiting alternative activation of macrophage and synergizes with anti-PD-1 in colon cancer
2023-Jul, Journal of pharmaceutical analysis
IF:6.1Q1
DOI:10.1016/j.jpha.2023.04.013
PMID:37577382
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和单细胞ATAC测序技术,揭示了大麻二酚(CBD)通过抑制巨噬细胞的替代激活并增强M1样巨噬细胞,从而调节结直肠肿瘤微环境并增强抗PD-1免疫疗法的效果 | 本研究首次通过单细胞测序技术揭示了CBD如何通过调节巨噬细胞的代谢模式和信号通路,影响肿瘤微环境,并增强抗PD-1免疫疗法的效果 | NA | 阐明大麻二酚(CBD)在结直肠癌中的具体抗癌机制 | 结直肠肿瘤微环境及巨噬细胞的激活状态 | 数字病理学 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq)和单细胞ATAC测序(scATAC-seq) | NA | 单细胞转录组和ATAC序列数据 | NA |
144 | 2024-08-07 |
Single-cell transcriptome analysis reveals the regulatory effects of artesunate on splenic immune cells in polymicrobial sepsis
2023-Jul, Journal of pharmaceutical analysis
IF:6.1Q1
DOI:10.1016/j.jpha.2023.02.006
PMID:37577384
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术探讨了青蒿琥酯对脓毒症模型小鼠脾脏免疫细胞微环境的保护作用及其机制 | 首次通过单细胞RNA测序技术详细揭示了青蒿琥酯对脓毒症中脾脏免疫细胞的调节作用 | NA | 探究青蒿琥酯对脓毒症诱导的免疫细胞过度炎症或免疫抑制状态的保护作用及其机制 | 脓毒症模型小鼠的脾脏免疫细胞 | 数字病理学 | 脓毒症 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | NA |
145 | 2024-08-07 |
New discoveries in the field of metabolism by applying single-cell and spatial omics
2023-Jul, Journal of pharmaceutical analysis
IF:6.1Q1
DOI:10.1016/j.jpha.2023.06.002
PMID:37577385
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综述 | 本文综述了单细胞多组学(SCM-Omics)和空间多组学(SM-Omics)技术在代谢疾病研究中的应用进展 | 结合SCM-Omics和SM-Omics技术,探索细胞的分子和空间分析,为揭示代谢过程的异质性提供了有前景的工具 | NA | 探讨SCM-Omics和SM-Omics技术在代谢相关疾病中的应用,揭示代谢疾病的分子机制 | 代谢相关疾病,包括肥胖、糖尿病、非酒精性脂肪肝病(NAFLD)和心血管疾病(CVD) | 代谢学 | 代谢疾病 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq),空间多组学(SM-Omics) | NA | 细胞 | NA |
146 | 2024-08-07 |
Single-cell analysis of cellular heterogeneity and interactions in the ischemia-reperfusion injured mouse intestine
2023-Jul, Journal of pharmaceutical analysis
IF:6.1Q1
DOI:10.1016/j.jpha.2023.02.002
PMID:37577387
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序技术分析了小鼠肠道缺血再灌注损伤中的细胞异质性和细胞间相互作用 | 发现了新的细胞亚群,如EC1、EC3和EC8,并揭示了它们在消化吸收和细胞连接中的作用 | NA | 研究小鼠肠道缺血再灌注损伤中的细胞异质性和细胞间相互作用 | 小鼠肠道中的九种主要细胞群体 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 细胞数据 | 46,716个细胞 |
147 | 2024-08-07 |
Single-cell RNA-sequencing and subcellular spatial transcriptomics facilitate the translation of liver microphysiological systems for regulatory application
2023-Jul, Journal of pharmaceutical analysis
IF:6.1Q1
DOI:10.1016/j.jpha.2023.06.013
PMID:37577388
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NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
148 | 2024-08-07 |
Cux1+ proliferative basal cells promote epidermal hyperplasia in chronic dry skin disease identified by single-cell RNA transcriptomics
2023-Jul, Journal of pharmaceutical analysis
IF:6.1Q1
DOI:10.1016/j.jpha.2023.04.004
PMID:37577389
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序和原位杂交技术,在慢性干燥皮肤疾病模型中识别出一种新型增殖性基底细胞(PBC),该细胞特异性表达转录因子Cux1,并探讨了其在皮肤表皮增生中的作用。 | 首次在干燥皮肤疾病模型中通过单细胞RNA测序技术识别出表达Cux1的增殖性基底细胞,并揭示了Cux1在角质形成细胞增殖中的关键作用。 | 研究主要基于小鼠模型和体外实验,临床应用的直接证据尚需进一步验证。 | 探讨慢性干燥皮肤疾病中表皮增生的分子机制,并寻找潜在的治疗靶点。 | 慢性干燥皮肤疾病模型中的增殖性基底细胞及其在表皮增生中的作用。 | 数字病理学 | 皮肤病 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | RNA | 小鼠模型及部分皮肤病患者样本 |
149 | 2024-08-05 |
Bioinformatics analysis and single-cell RNA sequencing: elucidating the ubiquitination pathways and key enzymes in lung adenocarcinoma
2023-Jul-31, Journal of thoracic disease
IF:2.1Q3
DOI:10.21037/jtd-23-795
PMID:37559628
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序分析肺腺癌中的泛素化通路及关键酶的作用 | 文章揭示了PSMD14在肺腺癌恶性调控中的关键作用,具有潜在的预后和治疗生物标志物价值 | 研究主要基于数据分析,缺乏大规模临床验证 | 鉴定与肺腺癌发展相关的关键分子及其泛素化修饰 | 重点研究了与肺腺癌相关的单细胞及 bulk 转录组数据 | 数字病理学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | 转录组数据 | 分析了来自GEO和TCGA数据库的单细胞和bulk转录组数据 |
150 | 2024-08-07 |
Predicting key gene related to immune infiltration and myofibroblast-like valve interstitial cells in patients with calcified aortic valve disease based on bioinformatics analysis
2023-Jul-31, Journal of thoracic disease
IF:2.1Q3
DOI:10.21037/jtd-23-72
PMID:37559614
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研究论文 | 本研究通过生物信息学分析,预测与钙化性主动脉瓣疾病相关的关键基因CTHRC1,并探讨其在免疫细胞浸润和心肌成纤维细胞样瓣膜间质细胞中的作用 | 首次识别CTHRC1为钙化性主动脉瓣疾病的关键基因,并揭示其与免疫细胞浸润和心肌成纤维细胞样瓣膜间质细胞的关系 | NA | 探索钙化性主动脉瓣疾病的潜在生物标志物及其在疾病进展中免疫细胞浸润的作用 | 钙化性主动脉瓣疾病、关键基因CTHRC1、免疫细胞浸润、心肌成纤维细胞样瓣膜间质细胞 | 生物信息学 | 心血管疾病 | 微阵列数据分析、基因本体论(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析、机器学习算法、CIBERSORT | 机器学习算法 | 基因表达数据、单细胞RNA测序数据 | 基于三个微阵列数据集:GSE12644、GSE51472和GSE83453 |
151 | 2024-08-07 |
Propionyl-CoA carboxylase subunit B modulates PIK3CA-regulated immune-surveillance in a pancreatic cancer mouse model
2023-Jul-26, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.07.24.550301
PMID:37546948
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研究论文 | 研究通过基因删除筛选发现丙酰辅酶A羧化酶亚基B(PCCB)调节PIK3CA介导的免疫逃逸,影响胰腺癌的免疫治疗效果 | 首次发现PCCB在调节PIK3CA介导的胰腺癌免疫监视中的作用,并通过单细胞RNA测序揭示了T细胞的耗竭状态 | 研究主要在鼠模型中进行,需要进一步验证在人类胰腺癌中的效果 | 探索PI3K抑制剂抵抗胰腺癌的潜在因素 | 胰腺导管腺癌(PDAC)及其免疫治疗 | 数字病理学 | 胰腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因组数据 | 使用KPC细胞系植入小鼠胰腺进行实验 |
152 | 2024-08-05 |
ScopeViewer: A Browser-Based Solution for Visualizing Spatial Transcriptomics Data
2023-Jul-25, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.07.24.549256
PMID:37546786
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研究论文 | 本研究介绍了ScopeViewer,一种基于浏览器的视觉化空间转录组学数据解决方案。 | ScopeViewer提供了多种功能,以解决空间转录组学数据可视化中的挑战,如多级缩放、双重交互查看和优化带宽显示等。 | 未提及特定的局限性 | 旨在改善空间转录组学数据的可视化和用户体验。 | 主要研究对象为空间转录组学数据和相关的大型图像数据集。 | 数字病理学 | NA | NA | NA | 图像 | NA |
153 | 2024-08-05 |
ClusterDE: a post-clustering differential expression (DE) method robust to false-positive inflation caused by double dipping
2023-Jul-25, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.07.21.550107
PMID:37546812
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研究论文 | 本文提出了ClusterDE,一种针对双重验证引起的假阳性膨胀的后聚类差异表达分析方法 | 创新点在于引入了基于真实数据的合成零数据,用于评估聚类和差异表达测试的整个过程,控制假发现率 | 未提及具体的局限性 | 研究目的在于解决传统聚类方法中的假阳性问题,并提高差异表达基因的识别准确性 | 研究对象为单细胞RNA测序数据及其差异表达分析 | 数字病理学 | NA | RNA-seq | NA | 数据分析 | 综合模拟与真实数据分析的样本量未具体说明 |
154 | 2024-08-05 |
Characterization of cell-fate decision landscapes by estimating transcription factor dynamics
2023-07-24, Cell reports methods
IF:4.3Q2
DOI:10.1016/j.crmeth.2023.100512
PMID:37533652
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研究论文 | 本文提出了一种方法FateCompass,通过特定的转录因子动力学来表征细胞命运决策景观 | FateCompass结合了单细胞转录组学数据与RNA速度,估计了转录因子的动态活动,并识别了特定谱系的调节因子 | 在单细胞水平上估计调控活动仍然具有挑战性 | 研究在分化过程中转录因子的动态调控活动 | 针对特定谱系的转录因子进行研究 | 数字病理学 | NA | 单细胞转录组学 | 线性模型 | RNA数据 | 涉及胰腺内分泌细胞分化的数据集 |
155 | 2024-08-07 |
Mouse gingival single-cell transcriptomic atlas: An activated fibroblast subpopulation guides oral barrier immunity in periodontitis
2023-Jul-24, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.04.13.536751
PMID:37546811
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序构建了小鼠牙周炎模型中的牙龈细胞图谱,并识别出一种激活的成纤维细胞亚群,该亚群在牙周炎中引导口腔屏障免疫。 | 首次识别出一种激活的成纤维细胞亚群(AG成纤维细胞),该亚群在牙周炎中引导口腔炎症,并通过AG成纤维细胞-中性粒细胞-ILC3轴引发牙龈炎症。 | NA | 揭示牙周炎中异常口腔屏障免疫的启动机制。 | 小鼠牙周炎模型中的牙龈细胞。 | 数字病理学 | 牙周病 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | NA |
156 | 2024-08-07 |
Inhibition of NETosis via PAD4 alleviated inflammation in giant cell myocarditis
2023-Jul-21, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2023.107162
PMID:37534129
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析了来自巨细胞心肌炎(GCM)大鼠和正常大鼠心脏的15,714个细胞,发现NETosis在GCM过程中起作用,并使用GSK484抑制剂减轻了GCM的炎症反应。 | 本研究首次详细阐述了NETosis在巨细胞心肌炎发病机制中的作用,并发现GSK484抑制剂可作为潜在的治疗靶点。 | NA | 探讨NETosis在巨细胞心肌炎中的作用及其作为治疗靶点的可能性。 | 巨细胞心肌炎大鼠和正常大鼠的心脏细胞。 | NA | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 15,714个细胞 |
157 | 2024-08-07 |
Single-cell immune profiling reveals broad anti-inflammation response in bipolar disorder patients with quetiapine and valproate treatment
2023-Jul-21, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2023.107057
PMID:37534158
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术,探讨了喹硫平和丙戊酸联合治疗双相障碍患者对免疫动态的影响 | 首次揭示了喹硫平和丙戊酸联合治疗双相障碍患者后,B细胞和促炎性肥大细胞及嗜酸性粒细胞的炎症相关基因下调,以及核糖体肽生产基因的减少 | NA | 探讨喹硫平和丙戊酸联合治疗双相障碍患者对免疫动态的影响 | 双相障碍患者的免疫动态 | NA | 双相障碍 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 具体样本数量未在摘要中提及 |
158 | 2024-08-05 |
Integrated analysis of single-cell and bulk RNA-seq establishes a novel signature for prediction in gastric cancer
2023-Jul-15, World journal of gastrointestinal oncology
IF:2.5Q3
DOI:10.4251/wjgo.v15.i7.1215
PMID:37546563
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研究论文 | 通过整合单细胞和整体RNA测序数据,建立了一个预测胃癌的新模型 | 首次结合单细胞RNA-seq和整体RNA-seq数据,深入分析胃癌细胞类型及其差异表达基因,建立了胃癌预测模型 | 对其他非上皮细胞类型和更大样本规模的验证不足 | 创造一个基于RNA测序数据的胃癌预测模型 | 整合多个单细胞和整体RNA测序数据,分析胃癌及正常胃组织中的细胞类型及基因表达 | 数字病理学 | 胃癌 | RNA测序 | LASSO分类器和随机森林模型 | 基因组数据 | 涉及70707个细胞和10个整体RNA-seq数据集 |
159 | 2024-08-07 |
Single-cell transcriptome analysis reveals T population heterogeneity and functions in tumor microenvironment of colorectal cancer metastases
2023-Jul, Heliyon
IF:3.4Q1
DOI:10.1016/j.heliyon.2023.e17119
PMID:37539320
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组分析揭示了结直肠癌转移瘤微环境中T细胞群体的异质性和功能 | 发现了结直肠癌转移中T细胞群体的特定基因表达模式和免疫微环境的组成成分 | NA | 展示结直肠癌转移免疫微环境中T细胞群体的特征 | 结直肠癌转移中的T细胞群体 | 数字病理学 | 结直肠癌 | 单细胞转录组分析 | NA | 转录组数据 | 3,003个外周血细胞和4,656个组织细胞 |
160 | 2024-08-05 |
scRNA-seq revealed the special TCR β & α V(D)J allelic inclusion rearrangement and the high proportion dual (or more) TCR-expressing cells
2023-07-31, Cell death & disease
IF:8.1Q1
DOI:10.1038/s41419-023-06004-7
PMID:37524693
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研究论文 | 这篇文章揭示了单个T细胞表达多个TCR链的现象及其高比例 | 首次在转录组水平上公开了T细胞中多个TCR的高比例,并提出了在单个染色体上二次(或更多)TCR重排的新机制 | 在不同生理状态和发育阶段多TCR比例的变化尚未完全解释 | 研究T细胞中多TCR的比例和潜在机制 | 人类胸腺、外周血及小鼠淋巴器官中的T细胞 | 数字病理学 | NA | scRNA-seq | NA | 单细胞转录组数据 | 在所有样本中,T细胞比例为15%、10%和20% |