单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
101	2024-08-07	Plakoglobin is a mechanoresponsive regulator of naive pluripotency 2023-07-07, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-023-39515-0 PMID:37419903	研究论文	本文研究了机械力对小鼠胚胎干细胞原始多能性的调控作用，特别是通过微流控技术调控细胞微环境，发现Plakoglobin在维持原始多能性中的关键作用	首次揭示了Plakoglobin作为机械敏感调节因子在原始多能性中的作用，并提供了一种研究体积限制对细胞命运转变影响的新范式	NA	探讨机械刺激如何转化为转录程序，以深入了解哺乳动物植入前发育的机制	小鼠胚胎干细胞	NA	NA	微流控技术	NA	单细胞转录组	NA
102	2024-08-05	New technologies to study helminth development and host-parasite interactions 2023-07, International journal for parasitology IF:3.7Q1 DOI:10.1016/j.ijpara.2022.11.012 PMID:36931423	综述	本文回顾了单细胞RNA测序在研究多细胞蠕虫和探讨宿主免疫细胞类型中的应用	引入了单细胞RNA测序技术，以更细致的方式分析寄生虫生物学和宿主免疫	在体内研究宿主与寄生虫的相互作用具挑战性	理解寄生虫的发展及其与宿主免疫反应的相互作用	多细胞蠕虫及其与宿主细胞之间的相互作用	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
103	2024-08-04	CTLA4 protects against maladaptive cytotoxicity during the differentiation of effector and follicular CD4+ T cells 2023-07, Cellular & molecular immunology IF:21.8Q1 DOI:10.1038/s41423-023-01027-8 PMID:37161048	研究论文	本文分析了CTLA4在效应和滤泡CD4+ T细胞分化中的保护作用，特别是在主要抗体缺乏症患者中的表现	揭示了CTLA4在CD4 T细胞细胞毒性形成中的关键调节作用，以及其在不同环境暴露情况下的影响	未能阐明不同环境暴露对CD4 T细胞亚群体间相互作用的详细机制	探讨CTLA4如何影响CD4 T细胞的分化和功能，尤其是在主要抗体缺乏症中的作用	主要抗体缺乏症患者中的CD4+ T细胞	免疫学	主要抗体缺乏症	单细胞RNA测序	NA	血液和扁桃体样本的基因表达数据	NA
104	2024-08-04	FaStaNMF: a Fast and Stable Non-negative Matrix Factorization for Gene Expression 2023-Jul-19, IEEE/ACM transactions on computational biology and bioinformatics DOI:10.1109/TCBB.2023.3296979 PMID:37467096	研究论文	本文提出了一种新的非负矩阵分解方法FaStaNMF，用于基因表达分析	FaStaNMF平衡了NMF结果的全局稳定性、准确性和速度，提高了可重复性	NMF本身无法保证提供全局唯一解	开发一种快速稳定的基因表达数据去卷积方法	利用包含已知真实值的数据集评估FaStaNMF的表现	数字病理学	肿瘤/免疫及其他疾病微环境	非负矩阵分解（NMF）	NA	基因表达数据	四个数据集，具体样本大小未提供
105	2024-08-07	Cell-type specific molecular signatures of aging revealed in a brain-wide transcriptomic cell-type atlas 2023-Jul-27, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.07.26.550355 PMID:38168182	研究论文	本文通过高分辨率单细胞RNA测序技术，分析了年轻成年和老年小鼠大脑中约120万个高质量单细胞转录组数据，揭示了与年龄相关的细胞类型特异性分子特征。	本文首次在大脑全转录组细胞类型图谱中揭示了与年龄相关的基因表达特征，特别是在下丘脑第三脑室周围的细胞类型中发现了显著的基因表达变化。	NA	揭示大脑中与正常衰老相关的细胞类型特异性转录组变化，为研究衰老过程的功能变化及其与疾病的关系提供基础。	年轻成年和老年小鼠的大脑细胞。	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	约120万个高质量单细胞转录组数据，来自年轻成年和老年小鼠的大脑细胞。
106	2024-08-04	Multi-transcriptomics reveals brain cellular responses to peripheral infection in Alzheimer's disease model mice 2023-07-25, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2023.112785 PMID:37436901	研究论文	本研究揭示了外周感染对阿尔茨海默病模型小鼠大脑细胞反应的影响	通过多转录组技术，识别了与脑屏障功能和神经炎症相关的细胞类型和空间特异性转录变化	研究主要集中于特定的感染模型，可能限制了结果的广泛适用性	探讨外周轻度感染如何影响阿尔茨海默病相关的脑转录组和病理变化	APP/PS1小鼠模型，及其在遭受金黄色葡萄球菌感染后的反应	数字病理学	阿尔茨海默病	转录组测序	NA	转录组数据	NA
107	2024-08-04	A cellular and molecular spatial atlas of dystrophic muscle 2023-Jul-18, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2221249120 PMID:37410813	研究论文	本文生成了严重肌营养不良小鼠模型的高分辨率细胞和分子空间图谱	通过整合空间转录组学和单细胞RNA测序数据，提供了一个无偏聚类的独特细胞群体分布和表型数据，以揭示延续的肌肉再生机制	研究主要集中在小鼠模型上，可能无法完全代表人类DMD的病理情况	研究肌营养不良症的生物机制及治疗靶点	使用D2-mdx小鼠模型	数字病理学	肌营养不良症	空间转录组学和单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
108	2024-08-07	Functional interrogation of lymphocyte subsets in alopecia areata using single-cell RNA sequencing 2023-07-18, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2305764120 PMID:37428932	研究论文	本研究使用单细胞RNA测序技术分析了斑秃（Alopecia areata, AA）中皮肤浸润免疫细胞的异质性，并探讨了特定细胞类型在AA中的功能作用	首次系统地揭示了AA中CD8+ T细胞的异质性及其在疾病发展中的关键作用，为AA的治疗策略提供了新的框架	研究主要基于C3H/HeJ小鼠模型，未来研究需要进一步验证在人类AA中的发现	深入理解斑秃的免疫学基础，为开发新的治疗策略提供依据	斑秃中的淋巴细胞亚群及其功能	数字病理学	自身免疫疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA	涉及C3H/HeJ小鼠模型及人类AA皮肤样本
109	2024-08-04	Disentangling brain vasculature in neurogenesis and neurodegeneration using single-cell transcriptomics 2023-07, Trends in neurosciences IF:14.6Q1 DOI:10.1016/j.tins.2023.04.007 PMID:37210315	评论	这篇文章主要探讨了利用单细胞转录组学研究脑血管在神经发生和神经退行性疾病中的作用	创新点在于利用单细胞转录组学揭示了血管细胞的亚型及其在胚胎和成年大脑中的组织和分区	该文章没有提供具体实验证据来支持所讨论的观点	研究神经血管相互作用在健康和疾病中的影响	主要研究胚胎和成年大脑中的血管细胞及其功能	数字病理学	神经退行性疾病	单细胞转录组学	NA	NA	NA
110	2024-08-05	Macrophage and neutrophil heterogeneity at single-cell spatial resolution in human inflammatory bowel disease 2023-07-26, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-023-40156-6 PMID:37495570	研究论文	该文章研究了在人类炎症性肠病中单细胞水平的巨噬细胞和中性粒细胞异质性	本研究首次应用单细胞RNA测序结合空间转录组技术揭示了慢性肠病中巨噬细胞和中性粒细胞的亚群及其在组织中的空间定位	尚未探讨异质性在治疗反应中的具体影响	研究人类炎症性肠病中免疫细胞的异质性	聚焦于人类患有溃疡性结肠炎和克罗恩病的患者的免疫细胞	数字病理学	炎症性肠病	单细胞RNA测序，空间转录组学	NA	组织样本	NA
111	2024-08-07	Single-Cell Analysis of ADSC Interactions with Fibroblasts and Endothelial Cells in Scleroderma Skin 2023-07-05, Cells IF:5.1Q2 DOI:10.3390/cells12131784 PMID:37443817	研究论文	本文通过模拟ADSCs与硬皮病皮肤中的成纤维细胞和内皮细胞的相互作用，旨在揭示其抗纤维化和抗炎作用的机制。	本文利用单细胞RNA测序数据和生物信息学工具，探索了ADSCs与成纤维细胞和内皮细胞的配体-受体相互作用，并发现了与炎症和细胞外基质相互作用相关的差异表达基因。	本文主要基于模拟和数据分析，尚未进行实验验证，因此其发现的机制需要进一步的实验支持。	揭示ADSCs在硬皮病皮肤中的抗纤维化和抗炎作用机制。	ADSCs与硬皮病皮肤中的成纤维细胞和内皮细胞的相互作用。	数字病理学	硬皮病	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	3名瘦患者和10名对照组及12名硬皮病患者
112	2024-08-07	Proteomic and transcriptomic screening demonstrates increased mast cell-derived CCL23 in systemic mastocytosis 2023-07, The Journal of allergy and clinical immunology IF:11.4Q1 DOI:10.1016/j.jaci.2023.01.033 PMID:36813186	研究论文	本研究通过血浆蛋白质组学筛选和单细胞转录组分析，鉴定了系统性肥大细胞增多症（SM）中由肥大细胞衍生的CCL23蛋白，可能作为血液生物标志物。	首次发现CCL23在SM中的表达与疾病严重程度正相关，并可能作为SM的特异性生物标志物。	NA	旨在识别肥大细胞衍生的蛋白质，作为SM的血液生物标志物。	系统性肥大细胞增多症（SM）患者和健康个体的血浆蛋白质和单细胞转录组。	NA	系统性肥大细胞增多症	血浆蛋白质组学筛选，单细胞转录组分析	NA	蛋白质，RNA	SM患者和健康个体的血浆样本
113	2024-08-07	Type 2 inflammation reduces SARS-CoV-2 replication in the airway epithelium in allergic asthma through functional alteration of ciliated epithelial cells 2023-07, The Journal of allergy and clinical immunology IF:11.4Q1 DOI:10.1016/j.jaci.2023.03.021 PMID:37001649	研究论文	本文研究了过敏性哮喘患者气道中2型炎症如何通过改变纤毛上皮细胞的功能来减少SARS-CoV-2的复制	发现了过敏性哮喘患者对SARS-CoV-2的固有保护机制，这种机制与纤毛上皮细胞的功能下调有关	NA	旨在识别2型炎症在气道中保护免受严重急性呼吸综合征冠状病毒2（SARS-CoV-2）的机制	从过敏原敏感的哮喘儿童和健康非敏感儿童中获取的支气管气道上皮细胞（AECs）	数字病理学	过敏性哮喘	RNA测序	NA	细胞样本	来自过敏性哮喘儿童和健康非敏感儿童的支气管气道上皮细胞样本
114	2024-08-05	Acquisition of drug resistance in basal cell nevus syndrome tumors through basal to squamous cell carcinoma transition 2023-Jul-27, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.07.26.550719 PMID:37546976	研究论文	本文报道了在戈尔林综合症患者中，基底细胞癌如何通过基底到鳞状细胞癌的转变获得药物抗性。	本研究首次系统性地研究了戈尔林综合症患者肿瘤中抗SMO的遗传机制，并提出了新的遗传抑制因子。	相对少见病例的研究可能限制了结论的广泛适用性，且抗性机制的普遍性还有待进一步验证。	探讨基底细胞癌在戈尔林综合症患者中获得药物抗性的机制。	研究了戈尔林综合症患者的SMO抗性肿瘤克隆。	数字病理学	基底细胞癌	多组学和空间转录组学	NA	细胞和组织层面的肿瘤群体数据	一例戈尔林综合症患者的肿瘤样本
115	2024-08-07	Development and validation of a ligand-receptor pairs signature to predict outcome and provide a therapeutic strategy in gastric cancer 2023 Jul-Dec, Expert review of molecular diagnostics IF:3.9Q1 DOI:10.1080/14737159.2023.2219843 PMID:37248704	研究论文	本文开发并验证了一种基于配体-受体对（LR-pairs）的特征，用于预测胃癌（GC）的预后并提供治疗策略	本文首次基于LR-pairs构建了细胞通信网络，并提出了一个新的分子亚型模型，用于区分胃癌的不同亚型及其预后和免疫治疗反应	NA	开发和验证一种新的预测模型，用于胃癌的分子亚型分类、靶点和通路筛选、预后判断及免疫治疗反应预测	胃癌患者的肿瘤微环境（TME）和LR-pairs的表达模式	数字病理学	胃癌	scRNA-seq, bulk RNA-seq	LR.Score模型	细胞数据, 基因表达数据	44,953个细胞来自9名胃癌患者，1159名胃癌患者的bulk RNA-seq数据
116	2024-08-07	Challenges facing minimal residual disease testing for acute myeloid leukemia and promising strategies to overcome them 2023 Jul-Dec, Expert review of hematology IF:2.3Q2 DOI:10.1080/17474086.2023.2285985 PMID:37978882	研究论文	本文总结了急性髓系白血病（AML）微小残留病（MRD）检测技术面临的挑战及其临床应用，并讨论了克服这些挑战的策略	提出了基于白血病干细胞的多参数流式细胞术（MFC）MRD方法，单细胞DNA测序或单细胞RNA测序用于研究残留白血病细胞的生物学特性，以及omics技术在MRD检测中的潜力	需要前瞻性临床试验来回答与AML患者MRD相关的临床问题	探讨提高AML患者MRD检测技术的特异性和敏感性	急性髓系白血病患者及其MRD检测	NA	急性髓系白血病	多参数流式细胞术（MFC），实时定量聚合酶链反应，下一代测序	NA	NA	NA
117	2024-08-07	Stromal-induced epithelial-mesenchymal transition induces targetable drug resistance in acute lymphoblastic leukemia 2023-07-25, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2023.112804 PMID:37453060	研究论文	本文研究了骨髓微环境通过与骨髓龛相互作用在急性淋巴细胞白血病中驱动药物抗性的机制	发现急性淋巴细胞白血病细胞与间充质干细胞通过整合素β1相互作用，诱导类似上皮-间质转化的程序，导致药物抗性和增强生存	NA	探讨骨髓微环境在急性淋巴细胞白血病中诱导药物抗性的机制，并寻找潜在的治疗方法	急性淋巴细胞白血病细胞与间充质干细胞的相互作用	NA	急性淋巴细胞白血病	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
118	2024-08-07	Network-based analysis identifies key regulatory transcription factors involved in skin aging 2023-07, Experimental gerontology IF:3.3Q2 DOI:10.1016/j.exger.2023.112202 PMID:37178875	研究论文	本研究通过加权基因共表达网络分析（WGCNA）和单细胞RNA测序（scRNA-seq）技术，探讨了犬类皮肤老化的转录调控机制，并验证了人类皮肤老化中的相关基因表达变化。	本研究首次在犬类皮肤老化中应用WGCNA和scRNA-seq技术，揭示了皮肤老化过程中的关键转录因子及其调控网络。	研究主要集中在犬类和人类皮肤老化，未来研究可扩展到其他物种以验证结果的普遍性。	探讨皮肤老化的转录调控机制，并寻找潜在的干预靶点。	犬类和人类皮肤老化过程中的基因表达变化及转录因子调控。	生物信息学	皮肤老化	加权基因共表达网络分析（WGCNA），单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	具体样本数量未在摘要中提及
119	2024-08-07	Muscle denervation promotes functional interactions between glial and mesenchymal cells through NGFR and NGF 2023-Jul-21, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2023.107114 PMID:37416457	研究论文	研究通过scRNA-seq/snATAC-seq技术分析了坐骨神经切断后骨骼肌在不同时间点的细胞类型特异性基因表达和染色质可及性模式	揭示了神经切断后神经胶质细胞和表达CD90的间充质细胞之间的功能性相互作用，并阐明了NGF/NGFR介导的细胞间通讯机制	NA	探讨神经切断后骨骼肌中细胞类型特异性基因表达和染色质可及性的变化	骨骼肌在坐骨神经切断后的细胞反应	NA	NA	scRNA-seq, snATAC-seq	NA	基因表达数据, 染色质可及性数据	具体样本数量未在摘要中提及
120	2024-08-05	Spatial Omics Driven Crossmodal Pretraining Applied to Graph-based Deep Learning for Cancer Pathology Analysis 2023-Jul-31, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.07.30.551187 PMID:37577686	研究论文	本文探讨了空间组学数据与图基深度学习在癌症病理分析中的结合	提出了一种对比性交叉模态预训练机制，利用空间转录组学数据来生成深度学习模型	未提及具体的样本数量和数据来源限制	旨在改善图基深度学习模型在病理切片分析中的表现	利用空间转录组学数据与组织学成像数据进行癌症分期和预后预测	数字病理学	癌症	空间转录组学	图基深度学习	图像	NA