单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 351 篇文献，本页显示第 81 - 100 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 81 | 2024-08-05 |
CONSTRUCTION OF SEPSIS DIAGNOSTIC MODELS AND IDENTIFICATION OF MACROPHAGE SUBPOPULATIONS BASED ON PYROPTOSIS-RELATED GENES
2023-07-01, Shock (Augusta, Ga.)
DOI:10.1097/SHK.0000000000002137
PMID:37179249
|
研究论文 | 本文构建了基于炎性细胞死亡相关基因的败血症诊断模型，并识别了巨噬细胞亚群 | 创新点在于基于10种关键炎性细胞死亡相关基因构建败血症风险评分，并确定了一种与预后相关的巨噬细胞亚群 | 研究局限性在于样本来源仅依赖公共数据库，可能忽略了临床样本的多样性 | 研究炎性细胞死亡在败血症患者中的预后和诊断价值 | 研究对象包括败血症患者的单细胞和总体RNA序列数据 | 数字病理 | 败血症 | RNA-seq | 逻辑回归模型 | 基因表达数据 | 根据公共数据库进行分析，样本数量未明确 |
| 82 | 2024-08-07 |
Identifying leukocyte phenotypes by scRNA-seq to predict cardiovascular risk
2023-07, Nature reviews. Cardiology
DOI:10.1038/s41569-023-00891-1
PMID:37217590
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 83 | 2024-08-04 |
Single-cell and spatial transcriptomics identify a macrophage population associated with skeletal muscle fibrosis
2023-07-07, Science advances
IF:11.7Q1
DOI:10.1126/sciadv.add9984
PMID:37418531
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研究论文 | 该文章研究了与骨骼肌纤维化相关的巨噬细胞群体 | 通过单细胞转录组分析，揭示了骨骼肌巨噬细胞的新型转录程序和其在肌肉病中的作用 | 未详细讨论巨噬细胞在不同类型肌病中的具体功能 | 探讨巨噬细胞在肌肉疾病发展中作用机制 | 骨骼肌中的健康和病变的巨噬细胞 | 数字病理学 | 肌肉萎缩症 | 单细胞转录组学 | NA | 转录组数据 | 发现六个巨噬细胞群体，涉及不同的肌肉病变样本 |
| 84 | 2024-08-04 |
Nextflow Pipeline for Visium and H&E Data from Patient-Derived Xenograft Samples
2023-Jul-30, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.07.27.550727
PMID:37546876
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研究论文 | 我们开发了一个自动化数据处理流程，以量化来自患者衍生异种移植样本的鼠和人数据 | 该文章的创新点在于设计了一个基于Nextflow DSL2的流程，首次组合了空间转录组学数据和对应的H&E染色全序列图像的数据处理 | 文章未提及具体的局限性 | 本研究旨在优化对患者衍生异种移植癌症标本的空间转录组学数据和H&E图像的同时处理 | 研究对象为来自四个黑色素瘤患者衍生异种移植样本的数据集 | 数字病理学 | 黑色素瘤 | 空间转录组学和H&E染色成像 | NA | 图像和基因表达数据 | 四个黑色素瘤患者衍生异种移植样本 |
| 85 | 2024-08-05 |
Transcriptomic landscape reveals germline potential of porcine skin-derived multipotent dermal fibroblast progenitors
2023-Jul-22, Cellular and molecular life sciences : CMLS
IF:6.2Q1
DOI:10.1007/s00018-023-04869-7
PMID:37480481
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研究论文 | 本研究揭示了猪皮肤来源的多能成纤维母细胞前体的转录组特征及其潜在生殖功能 | 本研究发现猪皮肤来源干细胞（SDSCs）主要源于多能成纤维母细胞前体（MDFPs），并展示了其分化为原始生殖细胞样细胞（PGCLCs）的多能性和转录调控机制 | 尚未讨论SDSCs的细胞起源及其在体外分化成PGCLCs过程中的动态转录特征 | 探讨猪皮肤来源干细胞在不育治疗中的潜在应用 | 研究对象为猪皮肤来源干细胞及其分化过程 | 再生医学 | 不育症 | 单细胞RNA测序 | NA | NA | NA |
| 86 | 2024-08-04 |
Pancreatic lipase-related protein 2 is selectively expressed by peritubular myoid cells in the murine testis and sustains long-term spermatogenesis
2023-Jul-19, Cellular and molecular life sciences : CMLS
IF:6.2Q1
DOI:10.1007/s00018-023-04872-y
PMID:37468762
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研究论文 | 研究表明胰脂肪酶相关蛋白2在小鼠睾丸中的周管平滑肌细胞中特异性表达，支持长期的精子发生 | 首次揭示了Pnliprp2在小鼠睾丸中的周管平滑肌细胞中特异性表达及其在精子发生中的新角色 | 研究仅限于小鼠模型，可能无法完全推广到其他物种 | 探讨Pnliprp2在小鼠睾丸周管平滑肌细胞中的功能及其对精子发生的影响 | 小鼠睾丸中的周管平滑肌细胞和精子发生过程 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序和代谢组学 | NA | 生物样本及代谢物数据 | Pnliprp2基因敲除小鼠的多个样本 |
| 87 | 2024-08-04 |
Autologous humanized PDX modeling for immuno-oncology recapitulates features of the human tumor microenvironment
2023-07, Journal for immunotherapy of cancer
IF:10.3Q1
DOI:10.1136/jitc-2023-006921
PMID:37487666
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研究论文 | 本研究开发了一种自体人源化PDX模型，旨在模拟个体固体肿瘤的肿瘤微环境 | 创建了一种从患者的骨髓中获取HSPC的自体系统，为肿瘤-免疫相互作用的研究提供了完全基因匹配的模型 | 研究可能受到样本数量和个体差异的限制 | 研究免疫细胞与肿瘤细胞的相互作用及其对癌症进展和治疗反应的影响 | 使用人源化的MISTRG6小鼠和患者来源的肿瘤组织进行研究 | 数字病理学 | NA | HSPC移植 | 人源化PDX模型 | 单细胞转录组数据 | NA |
| 88 | 2024-08-05 |
Excess pancreatic elastase alters acinar-β cell communication by impairing the mechano-signaling and the PAR2 pathways
2023-07-11, Cell metabolism
IF:27.7Q1
DOI:10.1016/j.cmet.2023.05.007
PMID:37339634
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研究论文 | 该研究探讨了胰腺弹性蛋白酶对腺泡-β细胞相互作用的影响 | 发现胰腺弹性蛋白酶（PE）在2型糖尿病患者中的上调并对β细胞活力产生负面影响，同时鉴定了telaprevir作为有效的PE抑制剂 | 该研究主要集中在实验室环境中的细胞模型上，实际临床适用性可能需要进一步验证 | 识别影响胰腺β细胞活力的因素，以便开发针对糖尿病的治疗策略 | 研究对象为人类和啮齿动物的β细胞 | 数字病理学 | 2型糖尿病 | 高通量筛选 assays, 单细胞RNA测序 | NA | 细胞, 活体 | 人类和啮齿动物的β细胞 |
| 89 | 2024-08-05 |
Mapping disease regulatory circuits at cell-type resolution from single-cell multiomics data
2023-Jul, Nature computational science
IF:12.0Q1
DOI:10.1038/s43588-023-00476-5
PMID:37974651
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研究论文 | 本文介绍了一种新方法MAGICAL，用于从单细胞多组学数据中映射疾病相关的调控电路 | MAGICAL是一种分层贝叶斯方法，可以同时建模不同条件下的细胞信号变异，实现高准确度的电路推断 | 尽管差异表达分析未能显示预测价值，但MAGICAL仍需验证在不同疾病状态下的普适性 | 研究细胞类型分辨率下与疾病状态相关的基因表达变化 | 通过分析外周血单核细胞数据来研究脓毒症 | 数字病理 | 脓毒症 | 单细胞RNA测序和单细胞转座酶可及染色质测序 | 层次贝叶斯模型 | 单细胞数据 | 生成的样本包括感染和未感染对照的外周血单核细胞数据 |
| 90 | 2024-08-05 |
Lactate-dependent transcriptional regulation controls mammalian eye morphogenesis
2023-07-14, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-023-39672-2
PMID:37452018
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研究论文 | 这篇文章研究了乳酸在哺乳动物眼形态发生中的转录调控作用 | 揭示了乳酸作为信号分子在哺乳动物眼形态发生中扮演的重要角色 | 未详细探讨其他代谢途径对 retinal morphogenesis 的潜在影响 | 探讨乳酸在视网膜发育早期阶段的重要性和机制 | 研究了小鼠胚胎中的视网膜祖细胞及其代谢活动 | 数字病理学 | NA | 单细胞 RNA 测序 | NA | NA | NA |
| 91 | 2024-08-05 |
Improved Protocol for Reproducible Human Cortical Organoids Reveals Early Alterations in Metabolism with MAPT Mutations
2023-Jul-11, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.07.11.548571
PMID:37503195
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研究论文 | 本研究报告了一种96孔方法，用于高效、可扩展和可重复的人类皮层类器官的生产 | 采用可控释放的FGF2和适当浓度的SB431542显著提高了类器官的皮层模式化和重复性 | 不同hPSC供体线和实验重复之间的高变异性仍然存在 | 研究人类皮层类器官的建立及分析与前额叶痴呆相关的突变对代谢的早期影响 | 来源于人类多能干细胞（hPSCs）的皮层类器官 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 细胞 | NA |
| 92 | 2024-08-05 |
Phylogenomics of novel ploeotid taxa contribute to the backbone of the euglenid tree
2023 Jul-Aug, The Journal of eukaryotic microbiology
IF:2.1Q3
DOI:10.1111/jeu.12973
PMID:36912454
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研究论文 | 这篇文章描述了新的ploeotid类群在euglenid谱系中的重要性和演化关系。 | 该研究通过光学显微镜和单细胞转录组学特征分析新的ploeotid类群，并在多基因系统发育框架中定位它们。 | 尚有一些taxa未被纳入多基因系统发育的分析，可能影响对谱系的全面理解。 | 研究ploeotid类群在euglenid演化中的角色和关系。 | 重点研究了五个新的ploeotid euglena，并将其放入多基因系统发育框架。 | 生物信息学 | NA | 光学显微镜和单细胞转录组学 | 多基因系统发育模型 | NA | 五个ploeotid euglena |
| 93 | 2024-08-07 |
Inverse agonists of retinoic acid receptor/retinoid X receptor signaling as lineage-specific antitumor agents against human adenoid cystic carcinoma
2023-07-06, Journal of the National Cancer Institute
DOI:10.1093/jnci/djad062
PMID:37040084
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和异种移植实验，探讨了人腺样囊性癌中两种不同细胞类型的肿瘤起始能力和分化关系，并测试了视黄酸受体/视黄酸X受体信号通路作为特定治疗靶点的潜力。 | 首次揭示了腺样囊性癌中肌上皮样细胞作为导管样细胞的前体，并发现抑制视黄酸受体/视黄酸X受体信号通路对导管样细胞具有选择性毒性，为治疗提供了新策略。 | NA | 探索人腺样囊性癌中不同细胞类型的肿瘤起始能力和分化关系，并寻找特定治疗靶点。 | 人腺样囊性癌中的肌上皮样细胞和导管样细胞。 | 数字病理学 | 腺样囊性癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 来自人腺样囊性癌的患者源性异种移植模型。 |
| 94 | 2024-08-04 |
Robust enhancer-gene regulation identified by single-cell transcriptomes and epigenomes
2023-Jul-12, Cell genomics
IF:11.1Q1
DOI:10.1016/j.xgen.2023.100342
PMID:37492103
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组和表观基因组数据识别增强子与基因之间的调控关系 | 提出了一种基于非参数置换的程序，以控制增强子-基因关联研究中的假阳性风险 | 未提及具体的样本大小和多样性限制 | 研究如何通过单细胞测序数据实现增强子与基因的稳健链接 | 包括小鼠和人脑的多种组织的大规模转录组和表观基因组数据 | 数字病理学 | NA | 单细胞测序 | NA | 转录组和表观基因组数据 | 未具体说明样本数量 |
| 95 | 2024-08-05 |
Intercellular communication atlas reveals Oprm1 as a neuroprotective factor for retinal ganglion cells
2023-Jul-17, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.07.14.549118
PMID:37502873
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研究论文 | 本研究探讨了细胞间通信如何促进视网膜神经节细胞的生存 | 发现Oprm1作为一种神经保护因子并通过细胞间相互作用促进高生存率视网膜神经节细胞的存活 | 研究的局限性在于可能未能完全揭示所有相关的细胞间相互作用 | 研究细胞间通信在神经元存活中的作用 | 研究对象为视网膜神经节细胞和其他视网膜细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 使用了多种视网膜细胞亚群体的样本，通过细胞间交互分析来归纳 |
| 96 | 2024-08-04 |
Human and murine fibroblast single-cell transcriptomics reveals fibroblast clusters are differentially affected by ageing and serum cholesterol
2023-07-04, Cardiovascular research
IF:10.2Q1
DOI:10.1093/cvr/cvad016
PMID:36718802
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研究论文 | 本文探讨了人类和小鼠动脉中的成纤维细胞异质性及其在心血管疾病中的作用 | 文章提出了PDGFRA和DPEP1两种特异性成纤维细胞标记，并展示了成纤维细胞在健康和心血管疾病中的异质性 | 研究主要集中在小鼠模型上，尚需进一步确认在人类中的具体应用 | 阐明成纤维细胞在心血管疾病及相关风险因素中的作用 | 人类和小鼠动脉中的成纤维细胞及其对心血管疾病的反应 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA序列数据 | 包括多个小鼠和人类样本，具体数量未说明 |
| 97 | 2024-08-07 |
Modelling capture efficiency of single-cell RNA-sequencing data improves inference of transcriptome-wide burst kinetics
2023-07-01, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btad395
PMID:37354494
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研究论文 | 本文提出了一种新的数学理论来解释单细胞RNA测序数据中的变异性，并开发了基于似然和模拟的方法来推断转录组范围内的爆发动力学 | 本文引入了新的数学模型来捕捉细胞大小和捕获效率的爆发动力学和变异性 | NA | 研究基因表达的随机爆发动力学，并改进单细胞RNA测序数据中转录组范围爆发动力学的推断 | 单细胞RNA测序数据中的基因表达爆发动力学 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 (scRNA-seq) | 神经网络 (Neural Network) | RNA测序数据 | NA |
| 98 | 2024-08-04 |
Unravelling spatial gene associations with SEAGAL: a Python package for spatial transcriptomics data analysis and visualization
2023-07-01, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btad431
PMID:37436699
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研究论文 | 本文介绍了一个名为SEAGAL的Python包，用于分析和可视化空间转录组数据。 | SEAGAL包能够在单基因和基因集水平上检测和可视化空间基因相关性，突破了传统共表达分析的局限。 | 尚未提及具体局限性。 | 旨在通过空间转录组分析揭示基因的空间相关性。 | 对空间转录组数据集中的基因表达和空间坐标进行分析。 | 数字病理学 | NA | 空间转录组学 | NA | 转录组数据 | NA |
| 99 | 2024-08-05 |
Constructing a full, multiple-layer interactome for SARS-CoV-2 in the context of lung disease: Linking the virus with human genes and microbes
2023-Jul, PLoS computational biology
IF:3.8Q1
DOI:10.1371/journal.pcbi.1011222
PMID:37410793
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研究论文 | 该研究构建了SARS-CoV-2在肺病背景下的完整多层互动组，连接病毒与人类基因和微生物 | 创新性地使用MLCrosstalk模型整合多个来源的数据，以构建SARS-CoV-2感染的全互动组 | 此研究的局限性在于尚未完全验证所有的基因与微生物之间的互动关系 | 研究SARS-CoV-2如何通过人类基因和微生物影响肺部疾病 | 研究对象包括SARS-CoV-2病毒、人类蛋白编码基因、微小RNA以及外源微生物 | 数字病理学 | 肺癌 | 统计建模 | MLCrosstalk | 数据整合 | 涉及多个患者样本的多种数据来源 |
| 100 | 2024-08-07 |
Single cell RNA-sequencing of human precision-cut lung slices: A novel approach to study the effect of vaping and viral infection on lung health
2023-07, Innate immunity
IF:2.8Q3
DOI:10.1177/17534259231181029
PMID:37306239
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序技术研究了人精确切割肺切片中电子烟和流感病毒感染对肺健康的影响 | 首次使用单细胞RNA测序技术在人精确切割肺切片模型中研究电子烟和流感病毒感染的影响 | 研究仅限于特定的电子烟提取物和流感病毒A感染，可能无法完全代表所有电子烟产品和病毒感染的影响 | 探讨电子烟和流感病毒感染对肺部抗病毒和促炎反应的影响 | 人精确切割肺切片中的结构细胞和免疫细胞 | 数字病理学 | 肺部疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 健康捐赠者的肺切片 |