单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 352 篇文献，本页显示第 81 - 100 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 81 | 2024-08-05 |
Tumor gene signatures that correlate with release of extracellular vesicles shape the immune landscape in head and neck squamous cell carcinoma
2023-07-05, Clinical and experimental immunology
IF:3.4Q3
DOI:10.1093/cei/uxad019
PMID:36752300
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研究论文 | 这项研究评估了与肿瘤释放的细胞外小泡相关的基因特征对抗肿瘤免疫反应的临床相关性和影响 | 研究揭示了肿瘤基因特征与细胞外小泡产生之间的关系，及其如何影响免疫细胞浸润和抗肿瘤免疫 | 样本来源限制于单一的癌症基因组图谱和几个小型数据集，可能影响结果的广泛适用性 | 探讨头颈鳞状细胞癌中基因特征与细胞外小泡释放的相关性及其对免疫反应的影响 | 头颈鳞状细胞癌患者的基因表达和免疫细胞浸润 | 数字病理学 | 头颈癌 | RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 522名患者（癌症基因组图谱），250名患者（GSE65858数据集），18名患者（单细胞RNA测序数据集） |
| 82 | 2024-08-04 |
Identification of ulcerative colitis-specific immune cell signatures from public single-cell RNA-seq data
2023-07, Genes & genomics
IF:1.6Q3
DOI:10.1007/s13258-023-01390-w
PMID:37133723
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研究论文 | 本研究利用公共单细胞RNA-seq数据研究溃疡性结肠炎的组织微环境 | 研究揭示了溃疡性结肠炎特异性的免疫细胞标志，并探讨了不同免疫细胞间的相互作用 | 未提及所有数据集的细胞类型注释，可能影响细胞群体的选择 | 研究溃疡性结肠炎的组织微环境及其免疫细胞机制 | 溃疡性结肠炎患者的免疫细胞亚群 | 数字病理 | 肠道炎症 | 单细胞RNA-seq | NA | 基因表达数据 | 涉及的样本量未具体说明 |
| 83 | 2024-08-05 |
Reanalysis of single-cell RNA sequencing data does not support herpes simplex virus 1 latency in non-neuronal ganglionic cells in mice
2023-Jul-18, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.07.17.549345
PMID:37503290
|
研究论文 | 本文重新分析了单细胞RNA测序数据，未能支持小鼠非神经节细胞中存在单纯疱疹病毒1型的潜伏感染。 | 研究证明了在小鼠模型中，数据分析的不准确性导致了对潜伏病毒存在的错误结论。 | 该研究依赖于现有数据，未能提供新的实验数据。 | 重新分析与单纯疱疹病毒潜伏感染相关的RNA测序数据。 | 小鼠模型中的非神经节细胞。 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 (scRNA-Seq) | NA | RNA测序数据 | NA |
| 84 | 2024-08-05 |
Single-cell analysis of the nervous system at small and large scales with instant partitions
2023-Jul-18, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.07.14.549051
PMID:37503160
|
研究论文 | 这篇文章探讨了PIPseq在神经科学中进行单细胞RNA测序的应用。 | 引入PIPseq方法，能够在不同规模和神经科学实验中收集和序列化单细胞基因表达变化。 | 样本输入大小和初始资本投入的限制可能会排除一些研究者的应用。 | 研究PIPseq在单细胞RNA测序中的有效性和应用。 | 涉及多种样本和实验，包括小鼠模型和非传统模型物种的基因表达分析。 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 数十个样本（每个样本1,000-100,000个细胞） |
| 85 | 2024-08-05 |
Emergence of highly profibrotic and proinflammatory Lrat+Fbln2+ HSC subpopulation in alcoholic hepatitis
2023-07-01, Hepatology (Baltimore, Md.)
DOI:10.1002/hep.32793
PMID:36181700
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研究论文 | 本研究识别了在酒精性肝炎中HSC的高纤维化和促炎性亚群 | 发现了Lrat+Fbln2+细胞亚群在酒精性肝炎中的显著扩展及其功能 | 实验主要集中在小鼠模型，可能与人类疾病表现有差异 | 研究酒精性肝炎中HSC和门静脉成纤维细胞的相对作用 | 小鼠模型中的胶原蛋白1α1表达细胞亚群 | 数字病理学 | 肝病 | 单细胞RNA测序 | NA | NA | 涉及Col1a1-GFP小鼠的多种处理，包括酒精性肝炎、CCl4和胆管结扎 |
| 86 | 2024-08-04 |
The Use of Single-Cell RNA-Sequencing and Spatial Transcriptomics in Understanding the Pathogenesis and Treatment of Skin Diseases
2023-Jul, JID innovations : skin science from molecules to population health
DOI:10.1016/j.xjidi.2023.100198
PMID:37205302
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review | 本论文回顾了单细胞RNA测序和空间转录组学在皮肤疾病研究中的应用 | 结合单细胞RNA测序和空间转录组学来剖析皮肤疾病的关键细胞成分及其空间排列 | NA | 提升皮肤疾病治疗的精准医学水平 | 皮肤疾病，包括异常伤口愈合、炎症性皮肤疾病和癌症 | 数字病理学 | 皮肤疾病 | 单细胞RNA测序和空间转录组学 | NA | NA | NA |
| 87 | 2024-08-05 |
Single-Cell Profiling of Tumor Immune Microenvironment Reveals Immune Irresponsiveness in Gastric Signet-Ring Cell Carcinoma
2023-07, Gastroenterology
IF:25.7Q1
DOI:10.1053/j.gastro.2023.03.008
PMID:36921674
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研究论文 | 本研究揭示了胃信号环细胞癌（GSRCC）肿瘤免疫微环境的特征及其临床意义 | 提供了GSRCC肿瘤免疫微环境特征的全面分子图谱，并指出CXCL13在适应性免疫无反应中的中介作用 | 样本量有限，仅包含32名晚期GC患者，可能影响结果的广泛适用性 | 探讨胃信号环细胞癌的肿瘤免疫微环境特征及其对临床结果的影响 | 纳入32名不同亚型的晚期胃癌患者 | 数字病理学 | 胃癌 | 单细胞RNA测序, 针对抗体面板的质量细胞计数 | NA | RNA, 蛋白质 | 32名晚期胃癌患者 |
| 88 | 2024-08-07 |
Identifying leukocyte phenotypes by scRNA-seq to predict cardiovascular risk
2023-07, Nature reviews. Cardiology
DOI:10.1038/s41569-023-00891-1
PMID:37217590
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 89 | 2024-08-04 |
Single-cell and spatial transcriptomics identify a macrophage population associated with skeletal muscle fibrosis
2023-07-07, Science advances
IF:11.7Q1
DOI:10.1126/sciadv.add9984
PMID:37418531
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研究论文 | 该文章研究了与骨骼肌纤维化相关的巨噬细胞群体 | 通过单细胞转录组分析，揭示了骨骼肌巨噬细胞的新型转录程序和其在肌肉病中的作用 | 未详细讨论巨噬细胞在不同类型肌病中的具体功能 | 探讨巨噬细胞在肌肉疾病发展中作用机制 | 骨骼肌中的健康和病变的巨噬细胞 | 数字病理学 | 肌肉萎缩症 | 单细胞转录组学 | NA | 转录组数据 | 发现六个巨噬细胞群体，涉及不同的肌肉病变样本 |
| 90 | 2024-08-04 |
Nextflow Pipeline for Visium and H&E Data from Patient-Derived Xenograft Samples
2023-Jul-30, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.07.27.550727
PMID:37546876
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研究论文 | 我们开发了一个自动化数据处理流程，以量化来自患者衍生异种移植样本的鼠和人数据 | 该文章的创新点在于设计了一个基于Nextflow DSL2的流程，首次组合了空间转录组学数据和对应的H&E染色全序列图像的数据处理 | 文章未提及具体的局限性 | 本研究旨在优化对患者衍生异种移植癌症标本的空间转录组学数据和H&E图像的同时处理 | 研究对象为来自四个黑色素瘤患者衍生异种移植样本的数据集 | 数字病理学 | 黑色素瘤 | 空间转录组学和H&E染色成像 | NA | 图像和基因表达数据 | 四个黑色素瘤患者衍生异种移植样本 |
| 91 | 2024-08-05 |
Transcriptomic landscape reveals germline potential of porcine skin-derived multipotent dermal fibroblast progenitors
2023-Jul-22, Cellular and molecular life sciences : CMLS
IF:6.2Q1
DOI:10.1007/s00018-023-04869-7
PMID:37480481
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研究论文 | 本研究揭示了猪皮肤来源的多能成纤维母细胞前体的转录组特征及其潜在生殖功能 | 本研究发现猪皮肤来源干细胞（SDSCs）主要源于多能成纤维母细胞前体（MDFPs），并展示了其分化为原始生殖细胞样细胞（PGCLCs）的多能性和转录调控机制 | 尚未讨论SDSCs的细胞起源及其在体外分化成PGCLCs过程中的动态转录特征 | 探讨猪皮肤来源干细胞在不育治疗中的潜在应用 | 研究对象为猪皮肤来源干细胞及其分化过程 | 再生医学 | 不育症 | 单细胞RNA测序 | NA | NA | NA |
| 92 | 2024-08-04 |
Pancreatic lipase-related protein 2 is selectively expressed by peritubular myoid cells in the murine testis and sustains long-term spermatogenesis
2023-Jul-19, Cellular and molecular life sciences : CMLS
IF:6.2Q1
DOI:10.1007/s00018-023-04872-y
PMID:37468762
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研究论文 | 研究表明胰脂肪酶相关蛋白2在小鼠睾丸中的周管平滑肌细胞中特异性表达，支持长期的精子发生 | 首次揭示了Pnliprp2在小鼠睾丸中的周管平滑肌细胞中特异性表达及其在精子发生中的新角色 | 研究仅限于小鼠模型，可能无法完全推广到其他物种 | 探讨Pnliprp2在小鼠睾丸周管平滑肌细胞中的功能及其对精子发生的影响 | 小鼠睾丸中的周管平滑肌细胞和精子发生过程 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序和代谢组学 | NA | 生物样本及代谢物数据 | Pnliprp2基因敲除小鼠的多个样本 |
| 93 | 2024-08-04 |
Autologous humanized PDX modeling for immuno-oncology recapitulates features of the human tumor microenvironment
2023-07, Journal for immunotherapy of cancer
IF:10.3Q1
DOI:10.1136/jitc-2023-006921
PMID:37487666
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研究论文 | 本研究开发了一种自体人源化PDX模型，旨在模拟个体固体肿瘤的肿瘤微环境 | 创建了一种从患者的骨髓中获取HSPC的自体系统，为肿瘤-免疫相互作用的研究提供了完全基因匹配的模型 | 研究可能受到样本数量和个体差异的限制 | 研究免疫细胞与肿瘤细胞的相互作用及其对癌症进展和治疗反应的影响 | 使用人源化的MISTRG6小鼠和患者来源的肿瘤组织进行研究 | 数字病理学 | NA | HSPC移植 | 人源化PDX模型 | 单细胞转录组数据 | NA |
| 94 | 2024-08-05 |
Lactate-dependent transcriptional regulation controls mammalian eye morphogenesis
2023-07-14, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-023-39672-2
PMID:37452018
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研究论文 | 这篇文章研究了乳酸在哺乳动物眼形态发生中的转录调控作用 | 揭示了乳酸作为信号分子在哺乳动物眼形态发生中扮演的重要角色 | 未详细探讨其他代谢途径对 retinal morphogenesis 的潜在影响 | 探讨乳酸在视网膜发育早期阶段的重要性和机制 | 研究了小鼠胚胎中的视网膜祖细胞及其代谢活动 | 数字病理学 | NA | 单细胞 RNA 测序 | NA | NA | NA |
| 95 | 2024-08-05 |
Improved Protocol for Reproducible Human Cortical Organoids Reveals Early Alterations in Metabolism with MAPT Mutations
2023-Jul-11, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.07.11.548571
PMID:37503195
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研究论文 | 本研究报告了一种96孔方法，用于高效、可扩展和可重复的人类皮层类器官的生产 | 采用可控释放的FGF2和适当浓度的SB431542显著提高了类器官的皮层模式化和重复性 | 不同hPSC供体线和实验重复之间的高变异性仍然存在 | 研究人类皮层类器官的建立及分析与前额叶痴呆相关的突变对代谢的早期影响 | 来源于人类多能干细胞（hPSCs）的皮层类器官 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 细胞 | NA |
| 96 | 2024-08-05 |
Phylogenomics of novel ploeotid taxa contribute to the backbone of the euglenid tree
2023 Jul-Aug, The Journal of eukaryotic microbiology
IF:2.1Q3
DOI:10.1111/jeu.12973
PMID:36912454
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研究论文 | 这篇文章描述了新的ploeotid类群在euglenid谱系中的重要性和演化关系。 | 该研究通过光学显微镜和单细胞转录组学特征分析新的ploeotid类群，并在多基因系统发育框架中定位它们。 | 尚有一些taxa未被纳入多基因系统发育的分析，可能影响对谱系的全面理解。 | 研究ploeotid类群在euglenid演化中的角色和关系。 | 重点研究了五个新的ploeotid euglena，并将其放入多基因系统发育框架。 | 生物信息学 | NA | 光学显微镜和单细胞转录组学 | 多基因系统发育模型 | NA | 五个ploeotid euglena |
| 97 | 2024-08-07 |
Inverse agonists of retinoic acid receptor/retinoid X receptor signaling as lineage-specific antitumor agents against human adenoid cystic carcinoma
2023-07-06, Journal of the National Cancer Institute
DOI:10.1093/jnci/djad062
PMID:37040084
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和异种移植实验，探讨了人腺样囊性癌中两种不同细胞类型的肿瘤起始能力和分化关系，并测试了视黄酸受体/视黄酸X受体信号通路作为特定治疗靶点的潜力。 | 首次揭示了腺样囊性癌中肌上皮样细胞作为导管样细胞的前体，并发现抑制视黄酸受体/视黄酸X受体信号通路对导管样细胞具有选择性毒性，为治疗提供了新策略。 | NA | 探索人腺样囊性癌中不同细胞类型的肿瘤起始能力和分化关系，并寻找特定治疗靶点。 | 人腺样囊性癌中的肌上皮样细胞和导管样细胞。 | 数字病理学 | 腺样囊性癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 来自人腺样囊性癌的患者源性异种移植模型。 |
| 98 | 2024-08-04 |
Robust enhancer-gene regulation identified by single-cell transcriptomes and epigenomes
2023-Jul-12, Cell genomics
IF:11.1Q1
DOI:10.1016/j.xgen.2023.100342
PMID:37492103
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组和表观基因组数据识别增强子与基因之间的调控关系 | 提出了一种基于非参数置换的程序，以控制增强子-基因关联研究中的假阳性风险 | 未提及具体的样本大小和多样性限制 | 研究如何通过单细胞测序数据实现增强子与基因的稳健链接 | 包括小鼠和人脑的多种组织的大规模转录组和表观基因组数据 | 数字病理学 | NA | 单细胞测序 | NA | 转录组和表观基因组数据 | 未具体说明样本数量 |
| 99 | 2024-08-05 |
Intercellular communication atlas reveals Oprm1 as a neuroprotective factor for retinal ganglion cells
2023-Jul-17, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.07.14.549118
PMID:37502873
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研究论文 | 本研究探讨了细胞间通信如何促进视网膜神经节细胞的生存 | 发现Oprm1作为一种神经保护因子并通过细胞间相互作用促进高生存率视网膜神经节细胞的存活 | 研究的局限性在于可能未能完全揭示所有相关的细胞间相互作用 | 研究细胞间通信在神经元存活中的作用 | 研究对象为视网膜神经节细胞和其他视网膜细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 使用了多种视网膜细胞亚群体的样本，通过细胞间交互分析来归纳 |
| 100 | 2024-08-04 |
Human and murine fibroblast single-cell transcriptomics reveals fibroblast clusters are differentially affected by ageing and serum cholesterol
2023-07-04, Cardiovascular research
IF:10.2Q1
DOI:10.1093/cvr/cvad016
PMID:36718802
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研究论文 | 本文探讨了人类和小鼠动脉中的成纤维细胞异质性及其在心血管疾病中的作用 | 文章提出了PDGFRA和DPEP1两种特异性成纤维细胞标记，并展示了成纤维细胞在健康和心血管疾病中的异质性 | 研究主要集中在小鼠模型上，尚需进一步确认在人类中的具体应用 | 阐明成纤维细胞在心血管疾病及相关风险因素中的作用 | 人类和小鼠动脉中的成纤维细胞及其对心血管疾病的反应 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA序列数据 | 包括多个小鼠和人类样本，具体数量未说明 |