单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 352 篇文献，本页显示第 61 - 80 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 61 | 2024-09-27 |
Single-cell profiling of Arabidopsis leaves to Pseudomonas syringae infection
2023-07-25, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2023.112676
PMID:37342910
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研究论文 | 研究通过单细胞RNA测序分析拟南芥叶片对丁香假单胞菌感染的响应 | 首次通过单细胞RNA测序揭示了拟南芥叶片在感染丁香假单胞菌后的细胞异质性 | 研究仅限于拟南芥叶片对丁香假单胞菌的响应，未涉及其他植物或病原体 | 探讨植物叶片在病原体感染下的细胞异质性及其响应机制 | 拟南芥叶片在丁香假单胞菌感染下的单细胞响应 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 超过11,000个单细胞样本 | NA | NA | NA | NA |
| 62 | 2024-09-25 |
High-Dimensional Single-Cell Multimodal Landscape of Human Carotid Atherosclerosis
2023-Jul-16, medRxiv : the preprint server for health sciences
DOI:10.1101/2023.07.13.23292633
PMID:37502836
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研究论文 | 本文通过结合CITE-seq和scRNA-seq技术，详细描述了人类颈动脉粥样硬化的单细胞多模态景观 | 首次全面揭示了颈动脉粥样硬化病变中细胞的转录组和表型景观，并开发了首个用于分离病变中SMC衍生细胞的流式细胞术面板 | NA | 深入了解颈动脉粥样硬化病变中细胞的全面转录组和表型景观 | 颈动脉粥样硬化病变中的细胞类型及其与临床病理生理学的关联 | 数字病理学 | 心血管疾病 | CITE-seq, scRNA-seq | NA | 单细胞RNA测序数据 | 21个病变样本，其中13个为有症状的 | NA | NA | NA | NA |
| 63 | 2024-09-23 |
Yet uninfected? Resolving cell states of plants under pathogen attack
2023-07-24, Cell reports methods
IF:4.3Q2
DOI:10.1016/j.crmeth.2023.100538
PMID:37533641
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研究论文 | 本文通过单细胞转录组分析揭示了植物细胞在面对细菌病原体攻击时的异质性反应 | 首次采用单细胞转录组分析方法，深入研究了植物细胞在病原体攻击下的个体细胞反应 | NA | 旨在填补对植物细胞在病原体攻击下个体细胞反应理解的空白 | 植物细胞在细菌病原体攻击下的反应 | NA | NA | 单细胞转录组分析 | NA | 转录组数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 64 | 2024-09-23 |
A contamination focused approach for optimizing the single-cell RNA-seq experiment
2023-Jul-21, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2023.107242
PMID:37496679
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研究论文 | 本文提出了一种基于污染控制的方法来优化单细胞RNA测序实验 | 引入了一套基于污染的定量指标来更有效地评估数据质量，并通过一系列控制实验展示了减少环境污染的方法 | 文中提到的许多参数在商业平台上难以实现 | 优化单细胞RNA测序实验以减少环境污染 | 单细胞RNA测序数据中的环境污染问题 | 基因组学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 未明确提及具体样本数量 | NA | NA | NA | NA |
| 65 | 2024-09-23 |
p53 Regulates the Extent of Fibroblast Proliferation and Fibrosis in Left Ventricle Pressure Overload
2023-07-21, Circulation research
IF:16.5Q1
DOI:10.1161/CIRCRESAHA.121.320324
PMID:37409456
|
研究论文 | 研究p53在左心室压力超负荷下调节成纤维细胞增殖和纤维化的机制 | 揭示了p53通过调控细胞周期控制成纤维细胞积累和ECM分泌的机制 | NA | 探讨p53在心脏成纤维细胞增殖和纤维化中的作用 | 心脏成纤维细胞和ECM | NA | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 使用Tcf21MerCreMer小鼠模型进行研究 | NA | NA | NA | NA |
| 66 | 2024-09-23 |
Smooth muscle-derived adventitial progenitor cells promote key cell type transitions controlling plaque stability in atherosclerosis in a Klf4-dependent manner
2023-Jul-19, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.07.18.549539
PMID:37503181
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研究论文 | 研究了血管平滑肌来源的间质前体细胞在动脉粥样硬化中的作用及其对斑块稳定性的影响 | 首次探讨了血管平滑肌来源的间质前体细胞在慢性动脉粥样硬化中的作用，并揭示了Klf4依赖性调控机制 | 研究主要基于小鼠模型，尚未在人类中验证 | 探讨血管平滑肌来源的间质前体细胞在动脉粥样硬化中的作用及其对斑块稳定性的影响 | 血管平滑肌来源的间质前体细胞及其在动脉粥样硬化中的分化和功能 | 心血管疾病 | 动脉粥样硬化 | scRNA-Seq, 流式细胞术, 组织学方法 | NA | 细胞 | 小鼠模型 | NA | NA | NA | NA |
| 67 | 2024-09-23 |
TimiGP: Inferring cell-cell interactions and prognostic associations in the tumor immune microenvironment through gene pairs
2023-07-18, Cell reports. Medicine
DOI:10.1016/j.xcrm.2023.101121
PMID:37467716
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研究论文 | 开发了一种名为TimiGP的计算方法，用于推断肿瘤免疫微环境中细胞间相互作用及其与预后的关联 | 提出了TimiGP方法，通过基因对推断细胞间相互作用，揭示免疫细胞相对丰度与预后的关联 | NA | 理解肿瘤微环境中不同免疫细胞类型的预后关联，并开发新的治疗策略 | 肿瘤免疫微环境中的细胞间相互作用及其与预后的关联 | 生物信息学 | 黑色素瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 七个独立的黑色素瘤数据集 | NA | NA | NA | NA |
| 68 | 2024-09-23 |
HATCHet2: clone- and haplotype-specific copy number inference from bulk tumor sequencing data
2023-Jul-15, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.07.13.548855
PMID:37502835
|
研究论文 | 介绍了一种名为HATCHet2的新方法，用于从多个肿瘤样本中同时推断单倍型和克隆特异性的拷贝数变异 | 引入了新的统计量mirrored haplotype B-allele frequency (mhBAF)，用于识别不同肿瘤克隆中具有不同亲本单倍型拷贝数的镜像亚克隆拷贝数变异 | NA | 开发一种新方法，从多个肿瘤样本中同时推断单倍型和克隆特异性的拷贝数变异 | 前列腺癌样本中的拷贝数变异 | 数字病理学 | 前列腺癌 | DNA测序 | NA | DNA序列数据 | 50个前列腺癌样本，来自10名患者 | NA | NA | NA | NA |
| 69 | 2024-09-23 |
A novel cuproptosis-related diagnostic gene signature and differential expression validation in atherosclerosis
2023-Jul-14, Molecular biomedicine
IF:6.3Q1
DOI:10.1186/s43556-023-00131-5
PMID:37442861
|
研究论文 | 研究探讨了铜死亡相关基因在动脉粥样硬化中的诊断价值和差异表达验证 | 首次报道了铜死亡相关基因FDX1、SLC31A1和GLS在动脉粥样硬化中的作用 | NA | 揭示铜死亡相关基因在动脉粥样硬化中的分子机制和诊断价值 | 动脉粥样硬化中的铜死亡相关基因 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单细胞测序 | 随机森林 | 基因表达数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 70 | 2024-09-23 |
Multiplex enzymatic synthesis of DNA with single-base resolution
2023-07-07, Science advances
IF:11.7Q1
DOI:10.1126/sciadv.adi0263
PMID:37418522
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研究论文 | 本文介绍了一种基于酶的多重DNA合成方法，通过单碱基分辨率实现了高度并行的DNA合成 | 本文创新性地使用微机电系统喷墨分配终端脱氧核苷酸转移酶和3'阻断核苷酸，并通过批量滑动洗涤去除3'阻断基团，实现了微尺度空间控制核酸序列和长度 | NA | 开发一种适用于蛋白质工程和空间转录组学等需要高序列多样性的寡核苷酸池或阵列的酶促DNA合成方法 | 酶促DNA合成方法及其在微尺度空间控制核酸序列和长度中的应用 | NA | NA | 酶促DNA合成 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 71 | 2024-09-23 |
Single-Cell RNA Sequencing: Opportunities and Challenges for Studies on Corneal Biology in Health and Disease
2023-07-07, Cells
IF:5.1Q2
DOI:10.3390/cells12131808
PMID:37443842
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综述 | 本文综述了单细胞RNA测序在人类角膜生物学研究中的应用，重点讨论了其在健康和疾病中的机遇与挑战 | 单细胞RNA测序作为一种革命性工具，能够识别角膜组织中的细胞状态 | 目前对角膜中特定细胞类型的各种细胞状态和关键基因的理解尚不充分 | 探讨单细胞RNA测序在角膜生物学研究中的应用及其在健康和疾病中的机遇与挑战 | 人类角膜的细胞状态和关键基因 | 基因组学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 72 | 2024-09-23 |
Age-related alterations in meningeal immunity drive impaired CNS lymphatic drainage
2023-07-03, The Journal of experimental medicine
IF:12.6Q1
DOI:10.1084/jem.20221929
PMID:37027179
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研究论文 | 研究揭示了年龄相关的小胶质淋巴管免疫变化如何导致中枢神经系统淋巴引流受损 | 首次证明了年龄相关的小胶质淋巴管免疫变化是导致淋巴引流功能下降的关键因素 | 研究仅在老年小鼠模型中进行，尚未在人类中验证 | 探讨年龄相关的小胶质淋巴管功能下降的机制及其潜在治疗策略 | 小胶质淋巴管内皮细胞和免疫细胞 | NA | 阿尔茨海默病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 老年小鼠的小胶质淋巴管内皮细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 73 | 2024-09-23 |
Drivers of heterogeneity in synovial fibroblasts in rheumatoid arthritis
2023-07, Nature immunology
IF:27.7Q1
DOI:10.1038/s41590-023-01527-9
PMID:37277655
|
研究论文 | 研究类风湿性关节炎中滑膜成纤维细胞异质性的驱动因素 | 首次使用配对的单细胞RNA和ATAC测序、多重成像和空间转录组学以及体外细胞外因子信号建模，探讨了类风湿性关节炎患者发炎关节中滑膜成纤维细胞异质性的驱动因素 | 对人类炎症性疾病中移民细胞和常驻细胞类型之间的局部交流理解仍不充分 | 探讨类风湿性关节炎中滑膜成纤维细胞异质性的驱动因素 | 类风湿性关节炎患者发炎关节中的滑膜成纤维细胞 | NA | 类风湿性关节炎 | 单细胞RNA测序、ATAC测序、多重成像、空间转录组学 | NA | RNA、ATAC、图像 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 74 | 2024-09-23 |
Efficient Generation of Paired Single-Cell Multiomics Profiles by Deep Learning
2023-07, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202301169
PMID:37114830
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研究论文 | 本文开发了一种基于深度学习的框架scMOG，用于从实验可用的单细胞RNA-seq数据中生成单细胞转座酶可及染色质（ATAC）数据，反之亦然 | scMOG能够准确地在RNA和ATAC之间进行跨组学生成，并在一种组学实验不可用且超出训练数据集时生成具有生物学意义的配对多组学数据 | NA | 开发一种高效生成配对单细胞多组学数据的方法 | 单细胞RNA和ATAC数据 | 机器学习 | NA | 深度学习 | NA | 单细胞RNA和ATAC数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 75 | 2024-09-19 |
Integrated Multi-omics Analysis of Early Lung Adenocarcinoma Links Tumor Biological Features with Predicted Indolence or Aggressiveness
2023-07, Cancer research communications
IF:2.0Q3
DOI:10.1158/2767-9764.CRC-22-0373
PMID:37501683
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研究论文 | 本文研究了早期肺腺癌的生物学特征与预测的惰性或侵袭性之间的关系 | 通过整合多组学数据，揭示了放射组学与肿瘤生物学之间的关联，为区分惰性和侵袭性肺腺癌提供了新的见解 | 样本量相对较小，可能影响结果的普适性 | 探讨早期肺腺癌惰性或侵袭性的生物学决定因素 | 早期肺腺癌患者及其肿瘤特征 | 数字病理学 | 肺癌 | CyTOF, RNA-seq | NA | 图像, 基因表达数据 | 92名肺腺癌患者 | NA | NA | NA | NA |
| 76 | 2024-08-04 |
COVID-19 of differing severity: from bulk to single-cell expression data analysis
2023 Jul-Aug, Cell cycle (Georgetown, Tex.)
DOI:10.1080/15384101.2023.2239620
PMID:37486005
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研究论文 | 本研究分析了COVID-19不同严重程度的关键模块和基因。 | 确定了轻型和重型COVID-19的关键基因和免疫细胞浸润的差异。 | 研究样本数量相对较小，可能限制了对结果的推广性。 | 研究COVID-19不同严重程度的生物标志物和潜在靶向药物。 | 轻型COVID-19（mCOVID-19）与重型COVID-19（sCOVID-19）患者的基因表达。 | 数字病理学 | COVID-19 | 单细胞RNA测序 | WGCNA | 基因表达数据 | 16个关键基因来自轻型COVID-19，10个关键基因来自重型COVID-19，另外分析了8个健康对照和8个轻型COVID-19患者的外周血单核细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 77 | 2024-08-04 |
Spatial single cell analysis of tumor microenvironment remodeling pattern in primary central nervous system lymphoma
2023-07, Leukemia
IF:12.8Q1
DOI:10.1038/s41375-023-01908-x
PMID:37120690
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研究论文 | 本研究探讨了原发性中枢神经系统淋巴瘤的肿瘤微环境重塑模式及其机制 | 提出了一种免疫压力感知模型，揭示了肿瘤细胞如何根据免疫压力重塑肿瘤微环境 | NA | 确定原发性中枢神经系统淋巴瘤的肿瘤微环境特性及转变机制 | 原发性中枢神经系统淋巴瘤患者的肿瘤细胞和微环境 | 数字病理学 | 中枢神经系统淋巴瘤 | 空间转录组学，单细胞测序 | NA | NA | PCNSL患者的匹配单细胞测序数据 | NA | NA | NA | NA |
| 78 | 2024-08-04 |
BayesTME: An end-to-end method for multiscale spatial transcriptional profiling of the tissue microenvironment
2023-07-19, Cell systems
IF:9.0Q1
DOI:10.1016/j.cels.2023.06.003
PMID:37473731
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研究论文 | BayesTME是一种用于分析空间转录组数据的端到端贝叶斯方法 | BayesTME将多个以前独立的分析目标统一在一个整体的生成模型下，避免了对配对的单细胞RNA-seq的需求 | NA | 本研究的目的是分析肿瘤微环境中的空间转录组数据 | 人类和斑马鱼黑色素瘤组织 | 数字病理学 | 癌症 | 空间转录组学 | 贝叶斯生成模型 | 组织样本 | 人类和斑马鱼的黑色素瘤组织 | NA | NA | NA | NA |
| 79 | 2024-08-05 |
SiftCell: A robust framework to detect and isolate cell-containing droplets from single-cell RNA sequence reads
2023-07-19, Cell systems
IF:9.0Q1
DOI:10.1016/j.cels.2023.06.002
PMID:37473732
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研究论文 | 本研究提出了SiftCell，一个用于检测和隔离含细胞液滴的鲁棒框架 | SiftCell通过随机化和分类方法提供了一种全面且准确的细胞液滴质量控制新方式 | 文章未提及具体的限制 | 旨在提高单细胞RNA测序数据中细胞液滴的质量控制 | 研究对象为各类单细胞平台获得的数据集 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 数据集 | 多个单细胞平台获得的数据集 | NA | NA | NA | NA |
| 80 | 2024-08-05 |
Transcriptomic profiling of retinal cells reveals a subpopulation of microglia/macrophages expressing Rbpms marker of retinal ganglion cells (RGCs) that confound identification of RGCs
2023-07-15, Brain research
IF:2.7Q3
DOI:10.1016/j.brainres.2023.148377
PMID:37121423
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研究论文 | 本研究通过转录组分析揭示了一种表达Rbpms标记的视网膜小胶质细胞/巨噬细胞亚群，并指出其可能会干扰视网膜神经节细胞（RGCs）的识别 | 首次发现Rbpms+视网膜小胶质细胞/巨噬细胞亚群可能导致对RGC的错误识别，并提供了避免此问题的解决方案 | 研究集中在特定条件下，可能无法完全代表所有视网膜细胞类型的复杂性 | 探讨RGCs的生物学和亚型，以及神经保护和轴突再生的机制 | 视网膜小胶质细胞和巨噬细胞 | 数字病理学 | NA | scRNA-seq | NA | 基因表达数据 | NA | NA | NA | NA | NA |