单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 351 篇文献，本页显示第 41 - 60 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 41 | 2024-09-23 |
Efficient Generation of Paired Single-Cell Multiomics Profiles by Deep Learning
2023-07, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202301169
PMID:37114830
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研究论文 | 本文开发了一种基于深度学习的框架scMOG，用于从实验可用的单细胞RNA-seq数据中生成单细胞转座酶可及染色质（ATAC）数据，反之亦然 | scMOG能够准确地在RNA和ATAC之间进行跨组学生成，并在一种组学实验不可用且超出训练数据集时生成具有生物学意义的配对多组学数据 | NA | 开发一种高效生成配对单细胞多组学数据的方法 | 单细胞RNA和ATAC数据 | 机器学习 | NA | 深度学习 | NA | 单细胞RNA和ATAC数据 | NA |
| 42 | 2024-09-19 |
Integrated Multi-omics Analysis of Early Lung Adenocarcinoma Links Tumor Biological Features with Predicted Indolence or Aggressiveness
2023-07, Cancer research communications
IF:2.0Q3
DOI:10.1158/2767-9764.CRC-22-0373
PMID:37501683
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研究论文 | 本文研究了早期肺腺癌的生物学特征与预测的惰性或侵袭性之间的关系 | 通过整合多组学数据，揭示了放射组学与肿瘤生物学之间的关联，为区分惰性和侵袭性肺腺癌提供了新的见解 | 样本量相对较小，可能影响结果的普适性 | 探讨早期肺腺癌惰性或侵袭性的生物学决定因素 | 早期肺腺癌患者及其肿瘤特征 | 数字病理学 | 肺癌 | CyTOF, RNA-seq | NA | 图像, 基因表达数据 | 92名肺腺癌患者 |
| 43 | 2024-09-13 |
Cross-site reproducibility of human cortical organoids reveals consistent cell type composition and architecture
2023-Jul-29, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.07.28.550873
PMID:37546772
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研究论文 | 本文研究了人类皮质类器官（hCO）在不同研究站点之间的可重复性，揭示了细胞类型组成和结构的稳定性 | 首次评估了使用统一协议在多个站点生成的人类皮质类器官的可重复性 | 研究中发现了类器官大小和形态的跨站点差异，以及代谢和细胞应激的差异 | 评估人类皮质类器官在不同研究站点之间的可重复性，为神经发育障碍的建模提供基础 | 人类皮质类器官的细胞类型组成和结构 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）、三维荧光成像、相位对比成像、qPCR和流式细胞术 | NA | 细胞 | 三个独立研究组使用一个诱导多能干细胞（iPSC）系生成的类器官 |
| 44 | 2024-08-27 |
Graft dysfunction in compassionate use of genetically engineered pig-to-human cardiac xenotransplantation: a case report
2023-07-29, Lancet (London, England)
DOI:10.1016/S0140-6736(23)00775-4
PMID:37393920
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病例报告 | 本文报告了一例基因工程猪心脏异种移植到人类心脏的同情使用案例，详细描述了移植后的功能障碍及其原因 | 成功避免了超急性排斥反应，并识别了潜在的血管内皮损伤介质 | 文章主要关注单一病例，可能缺乏更广泛的临床数据支持 | 探讨基因工程猪心脏异种移植后的功能障碍及其潜在原因 | 基因工程猪心脏异种移植的功能和排斥反应 | NA | 心脏衰竭 | 电子显微镜、DNA PCR、RNA转录、单细胞RNA测序 | NA | 组织、细胞 | 单一病例 |
| 45 | 2024-08-07 |
An integrated single-cell analysis of human adrenal cortex development
2023-07-24, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.168177
PMID:37440461
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研究论文 | 本文通过结合单细胞和批量RNA测序、空间转录组学、免疫组化及微焦点计算机断层扫描技术，研究了人类肾上腺皮质在前20周妊娠期的发展关键方面 | 首次展示了肾上腺快速生长和血管化，以及外层确定区（DZ）中细胞分裂的增加，同时揭示了皮质醇和醛固酮合成能力随时间发展的机制 | NA | 探究人类肾上腺皮质在妊娠早期的发育过程 | 人类肾上腺皮质发育 | NA | 肾上腺疾病 | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序, 空间转录组学, 免疫组化, 微焦点计算机断层扫描 | NA | RNA序列 | 前20周妊娠期的人类肾上腺样本 |
| 46 | 2024-08-04 |
COVID-19 of differing severity: from bulk to single-cell expression data analysis
2023 Jul-Aug, Cell cycle (Georgetown, Tex.)
DOI:10.1080/15384101.2023.2239620
PMID:37486005
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研究论文 | 本研究分析了COVID-19不同严重程度的关键模块和基因。 | 确定了轻型和重型COVID-19的关键基因和免疫细胞浸润的差异。 | 研究样本数量相对较小，可能限制了对结果的推广性。 | 研究COVID-19不同严重程度的生物标志物和潜在靶向药物。 | 轻型COVID-19（mCOVID-19）与重型COVID-19（sCOVID-19）患者的基因表达。 | 数字病理学 | COVID-19 | 单细胞RNA测序 | WGCNA | 基因表达数据 | 16个关键基因来自轻型COVID-19，10个关键基因来自重型COVID-19，另外分析了8个健康对照和8个轻型COVID-19患者的外周血单核细胞 |
| 47 | 2024-08-04 |
Spatial single cell analysis of tumor microenvironment remodeling pattern in primary central nervous system lymphoma
2023-07, Leukemia
IF:12.8Q1
DOI:10.1038/s41375-023-01908-x
PMID:37120690
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研究论文 | 本研究探讨了原发性中枢神经系统淋巴瘤的肿瘤微环境重塑模式及其机制 | 提出了一种免疫压力感知模型，揭示了肿瘤细胞如何根据免疫压力重塑肿瘤微环境 | NA | 确定原发性中枢神经系统淋巴瘤的肿瘤微环境特性及转变机制 | 原发性中枢神经系统淋巴瘤患者的肿瘤细胞和微环境 | 数字病理学 | 中枢神经系统淋巴瘤 | 空间转录组学，单细胞测序 | NA | NA | PCNSL患者的匹配单细胞测序数据 |
| 48 | 2024-08-04 |
BayesTME: An end-to-end method for multiscale spatial transcriptional profiling of the tissue microenvironment
2023-07-19, Cell systems
IF:9.0Q1
DOI:10.1016/j.cels.2023.06.003
PMID:37473731
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研究论文 | BayesTME是一种用于分析空间转录组数据的端到端贝叶斯方法 | BayesTME将多个以前独立的分析目标统一在一个整体的生成模型下，避免了对配对的单细胞RNA-seq的需求 | NA | 本研究的目的是分析肿瘤微环境中的空间转录组数据 | 人类和斑马鱼黑色素瘤组织 | 数字病理学 | 癌症 | 空间转录组学 | 贝叶斯生成模型 | 组织样本 | 人类和斑马鱼的黑色素瘤组织 |
| 49 | 2024-08-05 |
SiftCell: A robust framework to detect and isolate cell-containing droplets from single-cell RNA sequence reads
2023-07-19, Cell systems
IF:9.0Q1
DOI:10.1016/j.cels.2023.06.002
PMID:37473732
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研究论文 | 本研究提出了SiftCell，一个用于检测和隔离含细胞液滴的鲁棒框架 | SiftCell通过随机化和分类方法提供了一种全面且准确的细胞液滴质量控制新方式 | 文章未提及具体的限制 | 旨在提高单细胞RNA测序数据中细胞液滴的质量控制 | 研究对象为各类单细胞平台获得的数据集 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 数据集 | 多个单细胞平台获得的数据集 |
| 50 | 2024-08-05 |
Transcriptomic profiling of retinal cells reveals a subpopulation of microglia/macrophages expressing Rbpms marker of retinal ganglion cells (RGCs) that confound identification of RGCs
2023-07-15, Brain research
IF:2.7Q3
DOI:10.1016/j.brainres.2023.148377
PMID:37121423
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研究论文 | 本研究通过转录组分析揭示了一种表达Rbpms标记的视网膜小胶质细胞/巨噬细胞亚群，并指出其可能会干扰视网膜神经节细胞（RGCs）的识别 | 首次发现Rbpms+视网膜小胶质细胞/巨噬细胞亚群可能导致对RGC的错误识别，并提供了避免此问题的解决方案 | 研究集中在特定条件下，可能无法完全代表所有视网膜细胞类型的复杂性 | 探讨RGCs的生物学和亚型，以及神经保护和轴突再生的机制 | 视网膜小胶质细胞和巨噬细胞 | 数字病理学 | NA | scRNA-seq | NA | 基因表达数据 | NA |
| 51 | 2024-08-04 |
Single-cell transcriptomics reveal a hyperacute cytokine and immune checkpoint axis after cardiac arrest in patients with poor neurological outcome
2023-Jul-14, Med (New York, N.Y.)
DOI:10.1016/j.medj.2023.05.003
PMID:37257452
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研究论文 | 本文探讨了心脏骤停后患者的单细胞转录组特征及其与神经预后不良的联系 | 首次在单细胞水平上揭示心脏骤停后超急性细胞因子和免疫检查点轴 | 样本量可能有限，可能影响研究结果的广泛适用性 | 研究心脏骤停后系统性炎症反应与神经损伤之间的关系 | 心脏骤停患者的单细胞免疫网络 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单细胞转录组学 | NA | 血液样本 | 心脏骤停患者的外周血细胞 |
| 52 | 2024-08-05 |
Tppp3+ synovial/tendon sheath progenitor cells contribute to heterotopic bone after trauma
2023-Jul-21, Bone research
IF:14.3Q1
DOI:10.1038/s41413-023-00272-x
PMID:37479686
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研究论文 | 这篇文章研究了滑膜/腱鞘祖细胞在创伤后异位骨形成中的作用 | 首次揭示了Tppp3+祖细胞在创伤后异位骨形成中的异常成骨分化 | 目前尚未完全理解特定细胞表型和驱动机制的复杂性 | 探讨滑膜/腱鞘祖细胞对异位骨形成的贡献及其机制 | 使用Tppp3诱导报告小鼠等模型研究滑膜/腱鞘祖细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 细胞样本 | 使用了Tppp3报告小鼠及其他相关小鼠模型 |
| 53 | 2024-08-05 |
A structured evaluation of cryopreservation in generating single-cell transcriptomes from cerebrospinal fluid
2023-07-24, Cell reports methods
IF:4.3Q2
DOI:10.1016/j.crmeth.2023.100533
PMID:37533636
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研究论文 | 该文章报告了一种适用于单细胞RNA测序的脑脊液细胞冷冻保存协议 | 创新点在于提供了一种稳健的冷冻保存方案，使得脆弱的脑脊液细胞在中到大规模研究中得以有效表征 | 限制在于未提及其他潜在的影响因素，如冷冻时间对细胞质量的长远影响 | 研究脑脊液细胞特征化的冷冻保存方法 | 脑脊液细胞来自21名参与者的样本 | 数字病理学 | NA | RNA-seq | NA | 细胞类型数据 | 21个脑脊液样本 |
| 54 | 2024-08-05 |
Macrophage-mediated extracellular matrix remodeling controls host Staphylococcus aureus susceptibility in the skin
2023-07-11, Immunity
IF:25.5Q1
DOI:10.1016/j.immuni.2023.06.006
PMID:37402364
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研究论文 | 本研究探讨了巨噬细胞在皮肤中如何影响金黄色葡萄球菌的感染易感性 | 发现了巨噬细胞在调节透明质酸方面的新功能，从而影响感染结果 | 未提及具体的临床试验阶段或人类数据 | 研究巨噬细胞如何影响宿主对金黄色葡萄球菌感染的易感性 | 研究皮下巨噬细胞及其在感染中的作用 | 数字病理学 | 皮肤感染 | 单细胞转录组学 | NA | 转录组数据 | NA |
| 55 | 2024-08-04 |
Patient-Derived iPSCs Faithfully Represent the Genetic Diversity and Cellular Architecture of Human Acute Myeloid Leukemia
2023-07-05, Blood cancer discovery
IF:11.5Q1
DOI:10.1158/2643-3230.BCD-22-0167
PMID:37067914
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研究论文 | 该论文探讨了从人类急性髓性白血病（AML）细胞重编程获得的诱导多能干细胞（iPSC）模型 | 提出了一种专门针对癌细胞的重编程方法，并成功从15名患者生成AML-iPSC，保持遗传一致性 | 重编程成功率较低，且关于iPSC衍生细胞是否与原始细胞相似仍有不确定性 | 研究人类急性髓性白血病的基因模型 | 15名急性髓性白血病患者的细胞 | 数字病理学 | 急性髓性白血病 | 诱导多能干细胞重编程 | NA | 单细胞转录组数据 | 15个急性髓性白血病患者的细胞 |
| 56 | 2024-08-04 |
Human endogenous retrovirus K contributes to a stem cell niche in glioblastoma
2023-07-03, The Journal of clinical investigation
IF:13.3Q1
DOI:10.1172/JCI167929
PMID:37395282
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研究论文 | 本研究报告了HML-2在人类恶性胶质瘤中的病理性表达及其与癌症干细胞表型和不良预后的相关性 | 该研究首次揭示了HML-2在胶质母细胞瘤中的重要作用，并且展示了其在维护肿瘤干性和促进肿瘤生成中的关键性 | 未提及具体的临床试验数据或长期跟踪观察结果 | 探究HERV-K（HML-2）在胶质母细胞瘤干细胞小环境中的作用 | 恶性胶质瘤细胞，特定的神经前体样细胞群体 | 数字病理学 | 胶质瘤 | 单细胞RNA测序，CRISPR干扰 | 小鼠肿瘤模型 | 组织样本，细胞样本 | 涉及的样本数量和类型在摘要中未明确说明 |
| 57 | 2024-08-05 |
Cross-species scRNA-seq reveals the cellular landscape of retina and early alterations in type 2 diabetes mice
2023-07, Genomics
IF:3.4Q2
DOI:10.1016/j.ygeno.2023.110644
PMID:37279838
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研究论文 | 本研究揭示了2型糖尿病小鼠视网膜的细胞景观和早期病理变化 | 首次通过跨物种的单细胞RNA测序详细描述了视网膜细胞图谱，并发现了新的视网膜双极细胞亚型 | 该研究仅基于小鼠和人类的数据，未涵盖其他物种的视网膜变化 | 探索2型糖尿病对视网膜的早期影响 | 人类和小鼠的视网膜细胞 | 数字病理学 | 糖尿病视网膜病变 | 单细胞RNA测序 | NA | 细胞数据 | 276,402个细胞 |
| 58 | 2024-08-04 |
Single-cell RNA-seq uncovers novel metabolic functions of Schwann cells beyond myelination
2023-07, Journal of neurochemistry
IF:4.2Q2
DOI:10.1111/jnc.15877
PMID:37328915
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序揭示了施万细胞在髓鞘形成之外的新型代谢功能 | 首次展示施万细胞在代谢压力下的独特转录组特征及其对神经微环境的影响 | 仅使用了高脂饮食小鼠模型，可能无法完全代表人类的病理生理状态 | 探讨施万细胞在神经病理生理学中的功能、通信和信号传导 | 髓鞘形成和非髓鞘形成的施万细胞及其在糖尿病前期神经病变中的作用 | 数字病理学 | 周围神经病 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 高脂饮食小鼠模型中的多个施万细胞群体 |
| 59 | 2024-08-04 |
Emerging synovial cell states in rheumatoid arthritis as potential therapeutic targets
2023-07-01, Current opinion in rheumatology
IF:5.2Q1
DOI:10.1097/BOR.0000000000000940
PMID:37040654
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评论 | 总结近年来在类风湿关节炎滑膜中发现的新型细胞状态，这些细胞状态可能对疾病治疗具有重要意义 | 通过多组学技术发现了多个新型细胞状态，为类风湿关节炎的治疗提供新的靶点 | 尚需进一步探讨每种细胞状态在受影响关节的病理生理网络中的作用及其对药物的反应 | 研究类风湿关节炎滑膜中新发现的细胞状态及其治疗潜力 | 类风湿关节炎患者的血液、滑膜液或滑膜组织中的多种免疫细胞亚群和间质细胞类型 | 数字病理学 | 类风湿关节炎 | 多组学技术，包括单细胞和空间转录组学及质量细胞计数 | NA | 细胞 | NA |
| 60 | 2024-08-05 |
Primary Aldosteronism: Spatial Multiomics Mapping of Genotype-Dependent Heterogeneity and Tumor Expansion of Aldosterone-Producing Adenomas
2023-07, Hypertension (Dallas, Tex. : 1979)
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研究论文 | 本研究探讨了原发性腺皮质醛固酮增多症患者中醛固酮产生腺瘤的基因型依赖性异质性和肿瘤扩展的空间多组学映射 | 揭示了不同基因型腺瘤在转录组和代谢组重编程中的差异，提供了对肿瘤病理机制的新见解 | 样本量有限，仅研究了7个腺瘤和相应的肾上腺皮质组织 | 探究原发性腺皮质醛固酮增多症中的转录组和代谢组重编程在肿瘤发生中的作用 | 腺皮质醛固酮增多症相关的醛固酮产生腺瘤的组织样本 | 数字病理学 | NA | 空间转录组学和代谢组学 | NA | 组织样本 | 7个腺瘤和7个配对的邻近肾上腺皮质 |