单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
341	2024-08-08	SCMcluster: a high-precision cell clustering algorithm integrating marker gene set with single-cell RNA sequencing data 2023-07-17, Briefings in functional genomics IF:2.5Q3 DOI:10.1093/bfgp/elad004 PMID:36848584	研究论文	本文提出了一种名为SCMcluster的高精度单细胞聚类算法，该算法结合标记基因集与单细胞RNA测序数据进行特征提取和构建集成聚类模型	SCMcluster算法通过整合两个细胞标记数据库与scRNA-seq数据进行特征提取，并构建基于共识矩阵的集成聚类模型，提高了聚类精度	NA	开发一种高精度的单细胞聚类算法，以解决单细胞RNA测序数据中的噪声和稀疏性问题	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	集成聚类模型	基因表达数据	两个scRNA-seq数据集，分别来自人和小鼠组织
342	2024-08-05	Phylogenetic placement of the protosteloid amoeba Microglomus paxillus identifies another case of sporocarpic fruiting in Discosea (Amoebozoa) 2023 Jul-Aug, The Journal of eukaryotic microbiology IF:2.1Q3 DOI:10.1111/jeu.12971 PMID:36825799	研究论文	该文章探讨了原昔体阿米巴Microglomus paxillus的系统发育定位，揭示了Discosea中 sporocarpic fruiting的另一个案例	通过单细胞转录组学分析，首次为Microglomus paxillus提供了系统发育信息，阐明了其与Discosea的亲缘关系	SSU rRNA序列的高度变异性限制了我们在丰富的分类数据集中进一步阐明M. paxillus的系统发育位置	澄清sporocarpic fruiting的进化背景	原昔体阿米巴Microglomus paxillus的个体样本	NA	NA	单细胞转录组学	NA	蛋白编码标记数据	229个蛋白编码标记
343	2024-08-05	Increased fatty acid metabolism and decreased glycolysis are hallmarks of metabolic reprogramming within microglia in degenerating white matter during recovery from experimental stroke 2023-07, Journal of cerebral blood flow and metabolism : official journal of the International Society of Cerebral Blood Flow and Metabolism IF:4.9Q1 DOI:10.1177/0271678X231157298 PMID:36772984	研究论文	本研究评估了实验性中风后12周内小鼠白质退行性变化中小胶质细胞的代谢重编程.	首次揭示了中风后小胶质细胞中脂肪酸代谢增加和糖酵解减少的代谢改变.	研究主要集中在小鼠模型，可能无法完全反映人类的情况.	评估中风后恢复期间代谢稳态的变化.	使用实验性中风模型的小鼠作为实验对象.	数字病理学	脑中风	液相色谱-质谱联用技术（LC-MS）	NA	生物化学样本	每个样本检测707种生化物质，涉及大小鼠对照组和中风组的比较
344	2024-08-05	Complement receptor C5aR1 blockade reprograms tumor-associated macrophages and synergizes with anti-PD-1 therapy in gastric cancer 2023-07-01, International journal of cancer IF:5.7Q1 DOI:10.1002/ijc.34474 PMID:36799619	研究论文	该论文探讨了C5aR1阻断在改善胃癌抗肿瘤免疫中的作用	发现C5aR1在巨噬细胞上主要表达，并且其阻断可以改善CD8 T细胞的效能	尚未明确不同癌症类型中C5aR1的作用及其潜在影响	评估C5aR1在胃癌中的作用及其与抗PD-1治疗的联合效果	胃癌相关的肿瘤相关巨噬细胞TAMs	数字病理学	胃癌	流式细胞术（FCM）和单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	组织样本	新鲜的胃癌手术样本
345	2024-08-08	Analysis of Single-Cell Transcriptome and Surface Protein Expression in Ankylosing Spondylitis Identifies OX40-Positive and Glucocorticoid-Induced Tumor Necrosis Factor Receptor-Positive Pathogenic Th17 Cells 2023-07, Arthritis & rheumatology (Hoboken, N.J.) DOI:10.1002/art.42476 PMID:36787119	研究论文	本研究通过分析单细胞转录组和表面蛋白表达，揭示了强直性脊柱炎（AS）中血液和滑膜细胞的免疫景观，并阐明了致病性Th17细胞的分子特征	本研究首次在单细胞水平上同时分析了强直性脊柱炎患者的转录组和表面蛋白表达，并发现了OX40和GITR阳性表达的致病性Th17细胞	研究样本量有限，且仅包括了活动期和稳定期的AS患者，可能无法全面代表所有AS患者的免疫状态	揭示强直性脊柱炎中血液和滑膜细胞的免疫景观，并阐明致病性Th17细胞的分子特征	活动期和稳定期的强直性脊柱炎患者、类风湿关节炎患者及健康对照者的血液和滑膜细胞	免疫学	强直性脊柱炎	流式细胞术	NA	单细胞转录组	共120名参与者，包括40名活动期AS患者、20名稳定期AS患者、40名活动期类风湿关节炎患者和20名健康对照者
346	2024-08-08	Colony-stimulating factor 1 positive (CSF1+ ) secretory epithelial cells induce excessive trophoblast invasion in tubal pregnancy rupture 2023-Jul, Cell proliferation IF:5.9Q2 DOI:10.1111/cpr.13408 PMID:36721079	研究论文	本研究通过单细胞转录组测序分析输卵管-滋养层界面，探讨了输卵管异位妊娠破裂的机制	首次揭示了CSF1+分泌上皮细胞在输卵管异位妊娠破裂中的作用，以及CSF1与CSF1R配对刺激EVT侵袭和巨噬细胞积累的机制	研究仅限于单细胞转录组测序分析，未涉及其他可能的细胞间通讯机制	探讨输卵管异位妊娠破裂的机制，为早期妊娠中REP的治疗提供新的研究方向和治疗策略	输卵管异位妊娠破裂中的细胞谱和细胞间通讯	NA	输卵管异位妊娠	单细胞转录组测序	NA	转录组	包括输卵管异位妊娠破裂、流产性输卵管异位妊娠和宫内妊娠患者
347	2024-08-08	Growth Hormone Promotes Oocyte Maturation In Vitro by Protecting Mitochondrial Function and Reducing Apoptosis 2023-07, Reproductive sciences (Thousand Oaks, Calif.) DOI:10.1007/s43032-022-01147-y PMID:36694082	研究论文	本研究探讨了生长激素（GH）在体外成熟（IVM）中对卵母细胞成熟的影响及其机制	首次详细阐述了GH通过保护线粒体功能和减少细胞凋亡来促进卵母细胞体外成熟的具体机制	NA	研究GH对卵母细胞体外成熟的影响及其机制	卵母细胞	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	GH组和对照组的卵母细胞
348	2024-08-08	Regulatory mucosa-associated invariant T cells controlled by β1 adrenergic receptor signaling contribute to hepatocellular carcinoma progression 2023-07-01, Hepatology (Baltimore, Md.) DOI:10.1097/HEP.0000000000000014 PMID:36626624	research paper	本研究通过单细胞RNA测序和流式细胞术分析，探讨了黏膜相关恒定T细胞（MAIT细胞）在肝细胞癌（HCC）进展中的作用。	发现了FOXP3 + CXCR3 + MAIT细胞作为具有高度免疫抑制潜力的调节性MAIT细胞（MAITregs），并揭示了β1肾上腺素能受体信号在MAITregs诱导和功能中的作用。	由于MAIT细胞的异质性，其对HCC进展的贡献存在争议，新的MAIT细胞亚群仍有待探索。	研究MAIT细胞在肝细胞癌进展中的作用及其调控机制。	黏膜相关恒定T细胞（MAIT细胞）及其在肝细胞癌（HCC）中的亚群和功能。	免疫学	肝细胞癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq），流式细胞术	NA	细胞	HCC患者的MAIT细胞
349	2024-08-05	Loss of CDKN2A Cooperates with WWTR1(TAZ)-CAMTA1 Gene Fusion to Promote Tumor Progression in Epithelioid Hemangioendothelioma 2023-07-05, Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research IF:10.0Q1 DOI:10.1158/1078-0432.CCR-22-2497 PMID:36598859	研究论文	本研究评估了CDKN2A缺失在上皮样血管内皮瘤肿瘤发生中的影响	首次生成了上皮样血管内皮瘤的细胞系，并展示其对TC癌蛋白的依赖性	仅在小鼠模型中进行研究，可能不完全代表人类疾病	探讨CDKN2A缺失如何促进上皮样血管内皮瘤的肿瘤发生	上皮样血管内皮瘤及其相关细胞系	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	肿瘤细胞系	使用小鼠模型建立的上皮样血管内皮瘤肿瘤细胞系
350	2024-08-05	The Utility of Spatial Transcriptomics for Solid Organ Transplantation 2023-07-01, Transplantation IF:5.3Q1 DOI:10.1097/TP.0000000000004466 PMID:36584371	综述	本文概述了空间转录组技术在器官移植中的应用和技术进步	强调了基于原位测序的空间转录组技术的最新进展及其在移植领域的应用	讨论了解释由该方法生成的大量数据时的重要注意事项和限制	探讨空间转录组在器官移植中的潜在作用	使用空间转录组技术的实验和分析流程	数字病理学	NA	空间转录组技术	NA	基因转录数据	NA
351	2024-08-08	Integrated single-cell analysis-based classification of vascular mononuclear phagocytes in mouse and human atherosclerosis 2023-Jul-06, Cardiovascular research IF:10.2Q1 DOI:10.1093/cvr/cvac161 PMID:36190844	研究论文	本研究利用集成单细胞分析技术，对小鼠和人类动脉粥样硬化中的血管单核吞噬细胞进行分类，并比较其转录组特征	本研究通过集成单细胞RNA测序数据，细化了动脉粥样硬化血管中单核吞噬细胞的命名，并揭示了小鼠和人类中保守的转录组特征	NA	旨在细化动脉粥样硬化血管中单核吞噬细胞的命名，并比较小鼠和人类疾病中的转录组特征	小鼠和人类动脉粥样硬化中的血管单核吞噬细胞	数字病理学	心血管疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组数据	小鼠数据来自12个单细胞RNA测序数据集，人类数据来自11名患者的4个冠状动脉和7个颈动脉内膜切除术标本
352	2024-08-08	The impact of antidepressants on human neurodevelopment: Brain organoids as experimental tools 2023-07-30, Seminars in cell & developmental biology IF:6.2Q1 DOI:10.1016/j.semcdb.2022.09.007 PMID:36115764	研究论文	本文探讨了抗抑郁药对人类神经发育的影响，特别是使用脑类器官作为实验工具的研究	利用人诱导多能干细胞（hiPSC）生成脑类器官，克服了2D细胞培养和动物模型的局限性，通过单细胞RNA测序和电生理测量评估抗抑郁药对发育中神经元的影响	依赖于维度降低方法分析大规模转录组数据，电生理记录依赖于时间数据序列	研究抗抑郁药对人类神经发育的影响	抗抑郁药对神经发育的影响及脑类器官的应用	神经科学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、电生理测量	脑类器官	转录组数据、电生理数据	未具体说明
353	2024-08-08	Single-cell transcriptome landscape and antigen receptor dynamic during SARS-CoV-2 vaccination 2023-Jul, Genes & diseases IF:6.9Q1 DOI:10.1016/j.gendis.2022.08.020 PMID:36097543	研究论文	本研究系统地描绘了接种前后单细胞转录组、TCR和BCR表达谱，并分析了COVID-19患者的TCR序列	首次详细描述了接种SARS-CoV-2疫苗后的单细胞分子免疫反应，并发现了特定的克隆CD8 T细胞群	NA	揭示SARS-CoV-2疫苗接种和感染期间的详细免疫反应	接种疫苗的候选者的单细胞转录组、TCR和BCR表达谱，以及COVID-19患者的TCR序列	免疫学	COVID-19	单细胞转录组测序	NA	转录组数据	具体样本数量未在摘要中提及
354	2024-08-05	Gene regulatory network study of rheumatoid arthritis in single-cell chromatin landscapes of peripheral blood mononuclear cells 2023-Jul-04, Modern rheumatology IF:1.8Q3 DOI:10.1093/mr/roac072 PMID:35796437	研究论文	本文旨在通过单细胞色谱技术研究类风湿关节炎的转录因子	首次在单细胞分辨率下揭示了与类风湿关节炎发病机制相关的转录因子	样本数量较少，仅包含七名类风湿关节炎患者和七名对照者	探索与类风湿关节炎相关的转录因子及其作用机制	七名类风湿关节炎患者和七名健康对照者的外周血单核细胞	数字病理学	类风湿关节炎	单细胞转座酶可接近的染色质测序（scATAC-seq）	NA	基因表达数据	14个样本，其中7个类风湿关节炎患者和7个健康对照者