单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
301	2024-08-07	Peripheral immune mapping and multi-omics analysis in Pd-1 inhibitor-induced myocarditis 2023-07-27, Journal of leukocyte biology IF:3.6Q2 DOI:10.1093/jleuko/qiad056 PMID:37202883	研究论文	研究PD-1抑制剂诱导的心肌炎的临床特征和多组学特征	通过单细胞RNA测序、流式细胞术、蛋白质组学和脂质组学分析，揭示了PD-1抑制剂诱导的心肌炎患者外周血T细胞的组成变化和炎症反应	NA	深入理解PD-1抑制剂诱导的心肌炎的病理生理机制	46名肿瘤患者和16名PD-1抑制剂诱导的心肌炎患者	数字病理学	心血管疾病	单细胞RNA测序、流式细胞术、蛋白质组学、脂质组学	NA	细胞、蛋白质、脂质	46名肿瘤患者和16名PD-1抑制剂诱导的心肌炎患者
302	2024-08-05	CIForm as a Transformer-based model for cell-type annotation of large-scale single-cell RNA-seq data 2023-07-20, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbad195 PMID:37200157	研究论文	本研究开发了一种基于Transformer的CIForm方法，用于对大规模单细胞RNA-seq数据进行细胞类型注释	提出了一种新颖的监督学习方法CIForm，旨在处理大规模数据集中的细胞类型注释问题	研究中未提及具体的数据集规模和多样性限制	本研究旨在提高单细胞RNA-seq分析中对细胞类型的准确注释	研究对象为多种单细胞RNA-seq数据集中的细胞类型	数字病理学	NA	RNA-seq	Transformer	单细胞RNA-seq数据	NA
303	2024-08-08	An interpretable single-cell RNA sequencing data clustering method based on latent Dirichlet allocation 2023-07-20, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbad199 PMID:37225419	研究论文	本文提出了一种基于潜在狄利克雷分配（LDA）模型的单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据聚类方法	引入'细胞-功能-基因'三层框架，通过内置模型方法发现潜在和复杂的基因表达模式，并通过数据驱动的功能解释过程获得生物学上有意义的结果	NA	开发一种新的scRNA-seq数据分析方法，以提高细胞聚类的准确性和纯度，并能够精确重建细胞发育轨迹	scRNA-seq数据集中的细胞聚类和功能解释	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	潜在狄利克雷分配（LDA）模型	基因表达数据	七个基准scRNA-seq数据集和三个复杂公共数据集
304	2024-08-08	In the mouse cortex, oligodendrocytes regain a plastic capacity, transforming into astrocytes after acute injury 2023-07-10, Developmental cell IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.devcel.2023.04.016 PMID:37220747	研究论文	本文报道了在小鼠大脑皮质中，急性损伤后少突胶质细胞重新获得可塑性，转化为星形胶质细胞的现象	首次揭示了急性脑损伤后少突胶质细胞通过激活星形胶质基因，转化为星形胶质细胞的过程	NA	研究急性脑损伤后少突胶质细胞的转化机制	小鼠大脑皮质中的少突胶质细胞	神经科学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	使用了PLP-DsRed1/GFAP-EGFP和PLP-EGFP/GFAP-mRFP1转基因小鼠进行研究
305	2024-08-05	STellaris: a web server for accurate spatial mapping of single cells based on spatial transcriptomics data 2023-07-05, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkad419 PMID:37224539	研究论文	介绍了一个名为STellaris的网络服务器，可以基于空间转录组学数据进行单细胞的空间映射	STellaris能够根据公共空间转录组学数据的转录组相似性快速为单细胞RNA测序数据分配空间信息	未提及具体的限制	旨在解密空间相关特征，如细胞间交互作用	基于单细胞RNA测序数据与空间转录组学数据进行空间信息的映射	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	101个手动编纂的空间转录组数据集，涵盖823个来自不同器官、发育阶段和病理状态的切片
306	2024-08-05	SMDB: a Spatial Multimodal Data Browser 2023-07-05, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkad413 PMID:37216588	研究论文	本文介绍了一种名为空间多模态数据浏览器（SMDB）的工具，旨在有效结合空间位置、形态信息和空间转录组学数据。	SMDB集成了多模态数据，提供了一种新的交互式可视化服务来探索空间转录组学数据。	NA	本研究旨在开发一种强大的工具，以帮助研究人员理解细微尺度空间组织与生物功能之间的关系。	研究重点为空间转录组学数据及其与组织组成和形态的关系。	数字病理学	NA	空间转录组学 (ST)	NA	图像	NA
307	2024-08-05	Single-Cell RNA Sequencing and Spatial Transcriptomics Reveal Pathogenesis of Meningeal Lymphatic Dysfunction after Experimental Subarachnoid Hemorrhage 2023-07, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202301428 PMID:37211686	研究论文	该研究探讨了实验性蛛网膜下腔出血后脑膜淋巴功能障碍的发病机制	首次描绘了蛛网膜下腔出血后受损脑膜淋巴管的全景，并提出了通过破坏THBS1和CD47相互作用来保护脑膜淋巴管的新治疗策略	该研究未明确说明临床研究的数据和结果是否能直接转化	揭示蛛网膜下腔出血后脑膜淋巴管的损伤及其潜在机制	脑膜淋巴管及其在蛛网膜下腔出血后的变化	数字病理学	脑血管疾病	单细胞RNA测序，空间转录组学	NA	NA	NA
308	2024-08-05	Coral-algal endosymbiosis characterized using RNAi and single-cell RNA-seq 2023-07, Nature microbiology IF:20.5Q1 DOI:10.1038/s41564-023-01397-9 PMID:37217718	研究论文	本研究采用RNA干扰技术和单细胞RNA测序来分析珊瑚与藻类的内共生关系	提出了一种RNA干扰方法，揭示了软珊瑚Xenia sp.早期内共生的基因机制，并发现了新的内共生细胞标记LePin	研究主要集中于特定的软珊瑚物种，可能不适用于所有珊瑚或藻类的内共生关系	深入了解海洋气候变化背景下的珊瑚与藻类的内共生机制	研究对象为软珊瑚Xenia sp.及其与内共生藻类的关系	数字病理学	NA	RNA干扰, 单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
309	2024-08-05	Single-cell RNA sequencing to reveal non-parenchymal cell heterogeneity and immune network of acetaminophen-induced liver injury in mice 2023-07, Archives of toxicology IF:4.8Q1 DOI:10.1007/s00204-023-03513-4 PMID:37202523	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序探索了小鼠在对乙酰氨基酚诱导的肝损伤中非实质细胞的异质性和免疫网络	首次揭示了对乙酰氨基酚诱导的肝损伤早期阶段非实质细胞的异质性及其在免疫网络中的作用	样本量较小，仅包含9只小鼠，可能不足以全面反映NPCs的异质性	探索对乙酰氨基酚诱导的肝损伤中非实质细胞的作用及其免疫网络	小鼠模型中的非实质细胞	数字病理学	肝损伤	单细胞RNA测序	NA	细胞	9只小鼠（每组3只，使用生理盐水、300mg/kg及750mg/kg的APAP处理）
310	2024-08-07	Single-cell RNA sequencing and kidney organoid differentiation 2023-Jul, Clinical and experimental nephrology IF:2.2Q2 DOI:10.1007/s10157-023-02359-5 PMID:37209321	研究论文	本文利用单细胞RNA测序技术对肾脏类器官进行综合分析，以理解肾脏发育和病理	首次结合单细胞RNA测序技术对肾脏类器官进行全面细胞类型分类	仅限于使用单细胞RNA测序技术，其他技术如免疫组化等未被采用	探讨肾脏类器官在理解肾脏发育和病理中的应用	人类多能干细胞衍生的肾脏类器官	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	包含多种成熟度的多种细胞类型
311	2024-08-08	Validating a Macrophage Marker Gene Signature (MMGS) in Lung Adenocarcinoma Prognosis and Response to Immunotherapy 2023 Jul-Aug 01, Journal of immunotherapy (Hagerstown, Md. : 1997) DOI:10.1097/CJI.0000000000000477 PMID:37220007	研究论文	本文通过单细胞RNA测序数据识别肺腺癌中的巨噬细胞标记基因，并构建了一个8基因签名（MMGS），用于预测肺腺癌的预后和免疫治疗反应	首次使用单细胞RNA测序数据构建了一个新的8基因签名（MMGS），用于预测肺腺癌的预后和免疫治疗效果	NA	验证巨噬细胞标记基因签名（MMGS）在肺腺癌预后和免疫治疗反应中的有效性	肺腺癌患者的预后和免疫治疗反应	数字病理学	肺腺癌	单细胞RNA测序	Cox回归分析	基因数据	465个巨噬细胞标记基因，并在4个独立的GEO队列中验证
312	2024-08-08	Metformin Reprograms Tryptophan Metabolism to Stimulate CD8+ T-cell Function in Colorectal Cancer 2023-07-14, Cancer research IF:12.5Q1 DOI:10.1158/0008-5472.CAN-22-3042 PMID:37195082	研究论文	本文通过单细胞RNA测序研究了二甲双胍如何通过重编程色氨酸代谢来刺激结直肠癌中的CD8+ T细胞功能	首次展示了二甲双胍通过调节色氨酸代谢，增强CD8+ T细胞的抗癌免疫功能	NA	探讨二甲双胍在结直肠癌中通过重编程色氨酸代谢来刺激CD8+ T细胞功能的机制	结直肠癌中的免疫细胞和色氨酸代谢	数字病理学	结直肠癌	单细胞RNA测序	NA	RNA	单细胞分辨率的结直肠癌肿瘤微环境中的细胞
313	2024-08-08	Monocytes differentiate along two alternative pathways during sterile inflammation 2023-Jul-05, EMBO reports IF:6.5Q1 DOI:10.15252/embr.202256308 PMID:37191947	研究论文	本研究使用时间单细胞RNA测序技术，在体外模型中同时分化人类单核细胞为巨噬细胞和树突状细胞，探讨这两种细胞是否源自不同的分化途径	首次揭示单核细胞在炎症过程中沿两条不同路径分化，并确定了影响这些分化的关键转录因子	NA	探讨单核细胞在炎症中的分化路径及其调控机制	单核细胞、巨噬细胞和树突状细胞的分化过程	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	人类和鼠类的单核细胞样本
314	2024-08-05	Seven-colour multiplex immunochemistry/immunofluorescence and whole slide imaging of frozen sections 2023-07, Journal of immunological methods IF:1.6Q4 DOI:10.1016/j.jim.2023.113490 PMID:37172777	研究论文	本研究提出了一种新的七色多重免疫化学/免疫荧光成像工作流程，以在冷冻组织切片中同时检测七个生物标志物	该方法允许在冷冻切片中同时标记和检测多个标志物，克服了传统荧光显微镜所面临的处理限制	该方法的适用性可能受到样本类型和组织切片质量的限制	研究旨在开发一种新的影像工作流程，以便在肿瘤免疫微环境研究中实现多标志物的同时检测	研究对象为转移性黑色素瘤中的肿瘤免疫微环境	数字病理学	肿瘤	多重免疫化学/免疫荧光 (mIHC/IF)	NA	图像	NA
315	2024-08-05	Receptor for hyaluronan-mediated motility (RHAMM) defines an invasive niche associated with tumor progression and predicts poor outcomes in breast cancer patients 2023-07, The Journal of pathology IF:5.6Q1 DOI:10.1002/path.6082 PMID:37186300	研究论文	本研究探讨了RHAMM在乳腺癌进展中的作用，并提出了新的预后标志。	开发了27基因RHAMM相关标志（RRS），并证明其在乳腺癌患者中的预后价值。	尚未完全建立RHAMM表达与肿瘤进展之间的因果关系。	研究RHAMM如何影响乳腺癌的侵袭性及其与预后之间的关系。	研究乳腺癌患者中RHAMM的表达及其与肿瘤微环境的相互作用。	数字病理学	乳腺癌	CRISPR/Cas9	细胞转化模型	基因表达数据	内部乳腺癌患者队列以及独立队列
316	2024-08-05	Target enrichment of uncultured human oral bacteria with phage-derived molecules found by single-cell genomics 2023-Jul, Journal of bioscience and bioengineering IF:2.3Q3 DOI:10.1016/j.jbiosc.2023.04.005 PMID:37188549	研究论文	该研究探讨了利用噬菌体衍生分子检测和分离未培养的人类口腔细菌。	创新点在于使用多重单细胞测序获取大量未培养的口腔细菌基因组，并基于未培养细菌的SAG设计了能选择性捕捉特定细菌的分子。	该研究未能全面了解这些未培养细菌的功能和存在模式。	研究的目的是探索噬菌体衍生分子在检测和分离未培养细菌中的应用。	研究对象为人类口腔中的未培养细菌。	微生物组学	NA	单细胞基因组学	NA	基因组数据	450个单放大基因组(SAGs)
317	2024-08-08	Navigating the immunometabolic heterogeneity of B cells in murine hepatocellular carcinoma at single cell resolution 2023-Jul, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2023.110257 PMID:37182447	研究论文	研究使用单细胞RNA测序技术分析了小鼠肝细胞癌模型中B细胞的组成、分布、表型、功能和代谢特征	首次详细描述了肝细胞癌微环境中B细胞的代谢异质性及其对功能的影响	研究仅限于小鼠模型，尚未在人类样本中验证	深入理解肝细胞癌中B细胞的免疫学特性，为免疫治疗提供新靶点	肝细胞癌中的B细胞及其代谢状态	数字病理学	肝癌	单细胞RNA测序	NA	RNA	来自同种异体肝细胞癌小鼠模型的肝细胞癌和邻近肝组织
318	2024-08-08	Cystathionine-γ-lyase attenuates inflammatory response and pain of osteoarthritis 2023-Jul, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2023.110289 PMID:37182456	研究论文	研究探讨了胱硫醚-γ-裂解酶（CSE）在减轻骨关节炎（OA）炎症反应和疼痛中的作用	首次发现CSE通过抑制NF-κB信号通路减轻OA中的炎症和退行性变化	NA	探索CSE作为治疗骨关节炎潜在疗法的效果	骨关节炎患者的炎症反应和疼痛	NA	骨关节炎	单细胞RNA测序（scRNA-seq）和免疫组织化学	NA	RNA	涉及人类软骨和前交叉韧带切断（ACLT）大鼠模型
319	2024-08-05	Spatial resolution of cellular senescence dynamics in human colorectal liver metastasis 2023-07, Aging cell IF:8.0Q1 DOI:10.1111/acel.13853 PMID:37157887	研究论文	本文研究了细胞衰老在人体结直肠肝转移中的作用，揭示了两种不同的衰老转移癌细胞亚型	首次发现衰老转移癌细胞亚型与化疗敏感性、免疫调节等的重要生物学特征不同	目前研究主要集中在2D临床模型，可能无法完全反映真实的生理状态	探讨细胞衰老在结直肠肝转移中的具体作用	研究不同类型的衰老转移癌细胞及其对结直肠癌转移的影响	数字病理学	结直肠癌	空间转录组学，3D显微镜，多细胞转录组学	2D预临床模型	基因表达数据	NA
320	2024-08-08	Fusion with type 2 macrophages induces melanoma cell heterogeneity that potentiates immunological escape from cytotoxic T lymphocytes 2023-07, The Journal of pathology IF:5.6Q1 DOI:10.1002/path.6083 PMID:37138382	研究论文	研究探讨了肿瘤-巨噬细胞融合体在免疫逃避中的作用	首次揭示了肿瘤-巨噬细胞融合体在免疫逃避中的具体机制	研究主要基于体外模型，需要进一步的临床验证	探究肿瘤-巨噬细胞融合体如何促进肿瘤异质性和免疫逃避	黑色素瘤细胞与2型巨噬细胞的融合体	数字病理学	黑色素瘤	单细胞RNA测序	NA	RNA	涉及四个融合体克隆和患者来源的黑色素瘤样本