单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 354 篇文献，本页显示第 281 - 300 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 281 | 2024-08-07 |
Correlated Protein Modules Revealing Functional Coordination of Interacting Proteins Are Detected by Single-Cell Proteomics
2023-07-13, The journal of physical chemistry. B
DOI:10.1021/acs.jpcb.3c00014
PMID:37368753
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研究论文 | 本文利用单细胞蛋白质组学技术，在单个哺乳动物细胞中测量了一对蛋白质翻译水平的相互关系，并发现了多个相关蛋白质模块（CPMs），这些模块包含一组高度正相关的功能相互作用的蛋白质，共同参与特定的生物功能 | 本文首次利用单细胞蛋白质组学技术在稳态条件下测量蛋白质之间的相关性，揭示了蛋白质功能的内在协调性，相比于单细胞转录组学，提供了更直接的功能相关性 | NA | 探索单细胞蛋白质组学在揭示蛋白质功能协调性方面的应用 | 单个哺乳动物细胞中的蛋白质相关性 | 蛋白质组学 | NA | 单细胞蛋白质组学 | NA | 蛋白质数据 | 约1000种蛋白质在均质的K562细胞群体中 |
| 282 | 2024-08-05 |
Organoid models of breathing disorders reveal patterning defect of hindbrain neurons caused by PHOX2B-PARMs
2023-07-11, Stem cell reports
IF:5.9Q2
DOI:10.1016/j.stemcr.2023.05.020
PMID:37352849
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研究论文 | 本研究利用人类脑干类器官模型揭示了PHOX2B-PARMs导致的后脑神经元模式缺陷 | 通过使用人类脑干类器官模型，首次定义了多丙氨酸重复长度与RTN呼吸中心畸形之间的关联 | 尚未完全阐明PHOX2B-PARMs如何干扰RTN神经元的功能 | 探讨PHOX2B-PARMs对脑干呼吸神经元形成的影响 | 利用人类多能干细胞生成的脑干类器官中的RTN样神经元 | 数字病理学 | 呼吸障碍 | 单细胞转录组学 | 脑干类器官 | 基因表达数据 | 使用了一个患者和两条携带不同多丙氨酸重复的诱导性多能干细胞系 |
| 283 | 2024-08-07 |
Extracellular vesicle-packaged ILK from mesothelial cells promotes fibroblast activation in peritoneal fibrosis
2023-07, Journal of extracellular vesicles
IF:15.5Q1
DOI:10.1002/jev2.12334
PMID:37357686
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研究论文 | 本研究通过综合分析外泌体蛋白质组学和单细胞RNA测序，揭示了腹膜透析患者透出液中的外泌体主要来源于间皮细胞，并探讨了外泌体在腹膜纤维化中的作用及机制 | 首次揭示了间皮细胞通过外泌体传递整合素连接激酶（ILK）促进成纤维细胞活化和腹膜纤维化的机制 | NA | 探讨外泌体在腹膜纤维化中的作用及机制 | 腹膜透析患者的透出液中的外泌体及其在腹膜纤维化中的作用 | NA | 腹膜纤维化 | 外泌体蛋白质组学，单细胞RNA测序 | NA | 蛋白质，RNA | 长期腹膜透析患者的腹膜组织和透出液 |
| 284 | 2024-08-05 |
Single-Cell Transcriptomics of Epstein-Barr Virus and Human Herpesvirus 6 Coinfection
2023-Jul-18, Microbiology resource announcements
IF:0.7Q4
DOI:10.1128/mra.00342-23
PMID:37338391
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研究论文 | 本文描述了同时感染埃博病毒和人类疱疹病毒6型的单细胞转录组学研究 | 首次在单细胞水平上探讨EBV和HHV-6的共感染及其相互作用 | 未涉及感染过程中其他细胞类型的作用 | 研究EBV和HHV-6共感染在单细胞层面的转录组特征 | 两种携带EBV和HHV-6的淋巴母细胞系 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA数据 | 两个淋巴母细胞系 |
| 285 | 2024-08-07 |
Spatial Reconstruction of Oligo and Single Cells by De Novo Coalescent Embedding of Transcriptomic Networks
2023-07, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202206307
PMID:37323105
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研究论文 | 本文提出了一种新的算法D-CE，用于从头合并非单细胞转录组网络，以重建单细胞的三维空间组织 | D-CE算法通过保留中尺度网络组织，能够捕捉空间域，识别空间表达基因，并重建细胞样本的三维空间分布 | NA | 解决从头重建单细胞三维空间组织的问题 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | D-CE算法 | 转录组数据 | 14个数据集和497个重建 |
| 286 | 2024-08-07 |
Lactation-associated macrophages exist in murine mammary tissue and human milk
2023-07, Nature immunology
IF:27.7Q1
DOI:10.1038/s41590-023-01530-0
PMID:37337103
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研究论文 | 本文描述了在小鼠乳腺组织和人乳中存在的哺乳期相关巨噬细胞 | 首次鉴定出哺乳期诱导的CD11cCX3CR1Dectin-1巨噬细胞群体（liMac），并发现其在哺乳期通过增殖在原地扩张，且部分依赖于微生物群 | NA | 研究哺乳期乳腺腺体巨噬细胞的动态变化 | 小鼠乳腺组织和人乳中的巨噬细胞 | NA | NA | 多参数流式细胞术和单细胞RNA测序 | NA | 细胞 | NA |
| 287 | 2024-08-07 |
Progenitor hierarchy among parietal epithelial cells depicted at the single-cell level
2023-07, Kidney international
IF:14.8Q1
DOI:10.1016/j.kint.2023.04.019
PMID:37349059
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序技术进一步描述了壁上皮细胞（PECs）在肾脏功能和疾病中的作用，并确认了其在小鼠肾脏生物学中的关键病理生理作用。 | 利用单细胞RNA测序技术详细描绘了壁上皮细胞的祖细胞层次结构。 | NA | 探讨壁上皮细胞在肾脏功能和疾病中的作用。 | 壁上皮细胞（PECs）及其在肾脏中的祖细胞类型。 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | NA |
| 288 | 2024-08-07 |
Modelling viral encephalitis caused by herpes simplex virus 1 infection in cerebral organoids
2023-07, Nature microbiology
IF:20.5Q1
DOI:10.1038/s41564-023-01405-y
PMID:37349587
|
研究论文 | 本文通过结合单细胞RNA测序、电生理学和免疫染色技术，研究了人脑类器官中由单纯疱疹病毒1型（HSV-1）引起的病毒性脑炎 | 本文首次在人脑类器官中模拟了HSV-1感染，并探讨了抗炎药物与抗病毒治疗结合的可能性 | NA | 研究HSV-1感染对脑类器官的影响及潜在的治疗策略 | 人脑类器官中的HSV-1感染 | 数字病理学 | 神经系统疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | NA |
| 289 | 2024-08-07 |
Deep enhanced constraint clustering based on contrastive learning for scRNA-seq data
2023-07-20, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbad222
PMID:37313714
|
研究论文 | 提出了一种基于对比学习和成对约束的深度增强约束聚类算法scDECL，用于单细胞RNA测序数据分析 | 引入插值对比学习和增强成对约束，以提高数据多样性和模型鲁棒性，并利用先验信息指导聚类 | NA | 旨在解决现有方法在处理噪声大、高维且稀疏的单细胞RNA测序数据时，难以捕捉细胞内在模式和结构的问题 | 单细胞RNA测序数据 | 机器学习 | NA | 对比学习 | 深度学习模型 | 基因表达数据 | 六个真实单细胞RNA测序数据集 |
| 290 | 2024-08-05 |
Spatial transcriptomics reveals a cnidarian segment polarity program in Nematostella vectensis
2023-07-10, Current biology : CB
IF:8.1Q1
DOI:10.1016/j.cub.2023.05.044
PMID:37315559
|
研究论文 | 该论文揭示了海葵Nematostella vectensis中分段极性的分子基础 | 首次通过空间转录组学展示了非双侧动物中分段极性的分子机制 | 研究主要集中于Nematostella vectensis，结果可能不适用于其他物种 | 探讨海葵中如何及何时出现分段极性途径 | Nematostella vectensis的发育幼虫阶段 | 数字病理学 | NA | 空间转录组学 | NA | 基因表达数据 | NA |
| 291 | 2024-08-05 |
Construction of a prognostic model for triple-negative breast cancer based on immune-related genes, and associations between the tumor immune microenvironment and immunological therapy
2023-07, Cancer medicine
IF:2.9Q2
DOI:10.1002/cam4.6176
PMID:37306188
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研究论文 | 基于免疫相关基因构建了三阴性乳腺癌的预后模型，并探讨了肿瘤免疫微环境与免疫治疗的关系 | 首次识别出五个与三阴性乳腺癌预后相关的免疫相关基因，并构建了相应的预后评估模型 | 尚未充分阐明肿瘤免疫微环境对三阴性乳腺癌患者预后和免疫治疗反应的全部影响 | 研究三阴性乳腺癌的预后因素与免疫微环境的关系 | 三阴性乳腺癌患者 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 单细胞测序，组织微阵列分析 | 预后评估模型 | 基因表达数据 | 使用了数据集和多种分析方法，具体样本量未提供 |
| 292 | 2024-08-07 |
Purification and functional characterization of novel human skeletal stem cell lineages
2023-07, Nature protocols
IF:13.1Q1
DOI:10.1038/s41596-023-00836-5
PMID:37316563
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研究论文 | 本文描述了一种先进的流式细胞术方法，利用八个细胞表面标记物来定义人骨骼干细胞（hSSCs）及其下游前体细胞，并提供了详细的分离和功能测试方法。 | 本文通过识别和定义真正的hSSCs及其下游前体细胞，提高了细胞纯度和功能测试的准确性。 | 目前的技术依赖于流式细胞术和特定的细胞表面标记物，可能需要特定的设备和技术支持。 | 开发新的临床策略，以有效对抗先天性和年龄相关的肌肉骨骼疾病。 | 人骨骼干细胞（hSSCs）及其前体细胞。 | 细胞生物学 | 肌肉骨骼疾病 | 流式细胞术（FACS），单细胞RNA测序 | NA | 细胞 | 多种组织来源的hSSCs样本 |
| 293 | 2024-08-05 |
Multimodal single-cell analysis of nonrandom heteroplasmy distribution in human retinal mitochondrial disease
2023-07-24, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.165937
PMID:37289546
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研究论文 | 本文研究了人类视网膜线粒体疾病中非随机的线粒体异质性分布现象 | 首次揭示了病态m.3243A>G等位基因在多种细胞类型中的分布模式及其对表型表现的影响 | 研究仅限于特定疾病（MELAS）和样本，可能无法普遍适用于所有线粒体疾病 | 探讨线粒体异质性在不同细胞类型中的分布及其与表型表达的关系 | 研究对象为视网膜细胞，包括来自MELAS患者和健康对照供体的细胞 | 数字病理学 | 线粒体疾病 | 单细胞RNA测序、线粒体单细胞ATAC测序及多模式单细胞测序 | NA | 细胞转录组、染色质可及性状态和异质性数据 | 涉及MELAS患者和健康对照供体的视网膜细胞 |
| 294 | 2024-08-05 |
scDFC: A deep fusion clustering method for single-cell RNA-seq data
2023-07-20, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbad216
PMID:37280190
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研究论文 | 提出了一种新的单细胞深度融合聚类模型用于分析单细胞RNA-seq数据 | 通过引入属性特征聚类模块和结构注意力特征聚类模块，综合利用细胞属性和结构信息 | 未提及具体的局限性 | 旨在通过深度聚类方法研究肿瘤异质性 | 单细胞RNA-seq数据的细胞亚群体和肿瘤微环境 | 数字病理学 | 肿瘤 | RNA-seq | 深度学习聚类 | 基因表达数据 | NA |
| 295 | 2024-08-05 |
Integrated analysis of single-cell RNA-seq and bulk RNA-seq unravels T cell-related prognostic risk model and tumor immune microenvironment modulation in triple-negative breast cancer
2023-07, Computers in biology and medicine
IF:7.0Q1
DOI:10.1016/j.compbiomed.2023.107066
PMID:37263064
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研究论文 | 这项研究揭示了三阴性乳腺癌中与T细胞相关的预后风险模型及肿瘤免疫微环境调节 | 首次整合分析单细胞RNA测序和大规模RNA测序，以建立和验证T细胞标记基因的预后风险模型 | 研究主要依赖公开数据库，可能存在数据偏差 | 加深对三阴性乳腺癌中T细胞异质性及其预后风险模型的理解 | 三阴性乳腺癌患者的T细胞及其与免疫微环境的关系 | 数字病理学 | 三阴性乳腺癌 | scRNA-seq | NA | 细胞数据 | 25,932个细胞 |
| 296 | 2024-08-05 |
Cerebellar axonopathy in Shivers horses identified by spatial transcriptomic and proteomic analyses
2023 Jul-Aug, Journal of veterinary internal medicine
IF:2.1Q1
DOI:10.1111/jvim.16784
PMID:37288990
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研究论文 | 本研究通过空间转录组学和蛋白质组学分析识别出Shivers马的 cerebellar神经轴突病变 | 本研究揭示了Shivers马在侧小脑半球基因表达和蛋白质表达的区域特异性差异，强调了神经炎症与轴突退化的关系 | 研究样本量较小，仅包含5个Shivers马和4个对照马 | 分析Shivers马与对照马在基因和蛋白质表达上的差异 | Shivers马（5匹）与对照马（4匹） | 数字病理 | NA | 空间转录组学，串联质谱标记蛋白质组学 | NA | 基因表达数据，蛋白质表达数据 | 9匹马（5匹Shivers马，4匹对照马） |
| 297 | 2024-08-07 |
Heritable transcriptional defects from aberrations of nuclear architecture
2023-Jul, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-023-06157-7
PMID:37286600
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研究论文 | 本文探讨了核内微核和染色体桥等异常结构对遗传转录抑制的影响 | 首次识别微核和染色体桥作为遗传转录抑制的来源，并使用长时程活细胞成像和单细胞RNA测序技术进行验证 | 文中提到的转录抑制改变的穿透性异质性可能导致研究结果的解释存在一定的不确定性 | 揭示导致表观遗传变异的机制，特别是在癌症中的作用 | 癌细胞中的微核和染色体桥 | NA | 癌症 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 未明确提及具体样本数量 |
| 298 | 2024-08-07 |
Single-cell RNA sequencing reveals that HSD17B2 in cancer-associated fibroblasts promotes the development and progression of castration-resistant prostate cancer
2023-07-10, Cancer letters
IF:9.1Q1
DOI:10.1016/j.canlet.2023.216244
PMID:37244445
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析，揭示了癌症相关成纤维细胞中的HSD17B2在去势抵抗性前列腺癌发展中的作用 | 首次发现HSD17B2在癌症相关成纤维细胞中的表达与去势抵抗性前列腺癌的迁移、侵袭和去势抵抗性有关 | 研究主要在体外进行，需要进一步的体内实验验证HSD17B2作为治疗靶点的有效性 | 探讨癌症相关成纤维细胞在去势抵抗性前列腺癌发展中的作用及HSD17B2的潜在治疗价值 | 去势抵抗性前列腺癌和激素敏感性前列腺癌样本中的单细胞转录组 | 数字病理学 | 前列腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 两个去势抵抗性前列腺癌样本和两个激素敏感性前列腺癌样本 |
| 299 | 2024-08-05 |
Old and newly synthesized histones are asymmetrically distributed in Drosophila intestinal stem cell divisions
2023-Jul-05, EMBO reports
IF:6.5Q1
DOI:10.15252/embr.202256404
PMID:37255015
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研究论文 | 本文报道了Drosophila肠道干细胞分裂过程中旧的和新合成的组蛋白H3和H4的不对称分配 | 研究揭示了组蛋白的非对称遗传对细胞命运基因Delta表达模式的影响 | 尚未探讨其他潜在的影响因素或机制 | 探讨组蛋白的不对称遗传在细胞身份确定中的生物学意义 | Drosophila肠道干细胞及其细胞分裂过程 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | 基因表达数据 | NA |
| 300 | 2024-08-05 |
Novel synergistic mechanism of 11-keto-β-boswellic acid and Z-Guggulsterone on ischemic stroke revealed by single-cell transcriptomics
2023-07, Pharmacological research
IF:9.1Q1
DOI:10.1016/j.phrs.2023.106803
PMID:37230158
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研究论文 | 本研究揭示了11-keto-β-boswellic酸和Z-Guggulsterone对缺血性脑卒中的协同机制 | 建立了一种创新的药物-基因协同调控模式，并且找到了Spp1作为KBA-Z-GS的枢纽靶点 | 未在临床中验证研究结果 | 探索11-keto-β-boswellic酸和Z-Guggulsterone在缺血性脑卒中中的协同作用及其机制 | 缺血性脑卒中相关的细胞类型，尤其是小胶质细胞和星形胶质细胞 | 数字病理学 | 缺血性脑卒中 | 单细胞转录组学 | NA | 细胞 | KBA-Z-GS处理的缺血半影中的十四种细胞类型 |