单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 354 篇文献，本页显示第 241 - 260 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 241 | 2024-08-07 |
Single-cell transcriptome analysis identifies novel biomarkers involved in major liver cancer subtypes
2023-Jul-13, Functional & integrative genomics
IF:3.9Q1
DOI:10.1007/s10142-023-01156-3
PMID:37438675
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术分析了肝细胞癌和肝内胆管癌的转录组，以识别新的生物标志物 | 首次系统性地利用单细胞RNA测序数据集来表征肝癌亚型的肿瘤异质性，并通过细胞间通信分析揭示了不同细胞类型间的相互作用 | NA | 旨在通过单细胞RNA测序技术系统地表征肝癌亚型的肿瘤异质性，并识别与肝细胞癌和肝内胆管癌相关的独特分子驱动因素 | 肝细胞癌（HCC）和肝内胆管癌（ICC）的单细胞RNA测序数据集 | 数字病理学 | 肝癌 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 转录组数据 | 51,927个单细胞 |
| 242 | 2024-08-05 |
Multi-batch single-cell comparative atlas construction by deep learning disentanglement
2023-07-12, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-023-39494-2
PMID:37433791
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研究论文 | 通过深度学习解开技术与生物效应的因素，构建多批次单细胞比较图谱。 | 提出了一种基于变分自编码器的统计模型CODAL，能够清晰解开技术和生物效应相关的因素。 | 未提及具体的局限性 | 探讨如何在多批次单细胞实验中进行有效的比较分析。 | 应用于模拟数据集和基因敲除的胚胎发育图谱。 | 数字病理学 | NA | RNA-seq和ATAC-seq | 变分自编码器 | 单细胞数据 | 未提供具体样本数量 |
| 243 | 2024-08-07 |
Correction: Single-cell sequencing resolves the landscape of immune cells and regulatory mechanisms in HIV-infected immune non-responders
2023-Jul-12, Cell death & disease
IF:8.1Q1
DOI:10.1038/s41419-023-05940-8
PMID:37438335
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NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 244 | 2024-08-07 |
A global database for modeling tumor-immune cell communication
2023-07-12, Scientific data
IF:5.8Q1
DOI:10.1038/s41597-023-02342-5
PMID:37438390
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research paper | 本文开发了一个名为TICCom的综合数据库，用于模拟肿瘤细胞与免疫细胞之间的通信 | TICCom数据库整合了739个实验验证或人工筛选的交互作用，以及通过六种计算算法预测的4,537,709个交互作用，为系统性研究肿瘤免疫细胞通信提供了宝贵资源 | NA | 旨在建立一个全面的数据库，以系统性地表征和研究肿瘤免疫细胞通信 | 肿瘤细胞与14种免疫细胞之间的通信及其配体-受体交互作用 | digital pathology | NA | scRNA-seq, bulk RNA-seq | computational algorithms | database | 32个scRNA-seq数据集和大量RNA-seq数据，涵盖25种癌症类型 |
| 245 | 2024-08-05 |
Spatial Transcriptomics-correlated Electron Microscopy maps transcriptional and ultrastructural responses to brain injury
2023-07-11, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-023-39447-9
PMID:37433806
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研究论文 | 本研究开发了一种方法，将单细胞的空间基因表达与超微结构相结合，以研究脑损伤后的细胞反应 | 创新点在于将多重误差鲁棒的原位杂交技术与大面积体积电子显微镜整合，从而链接细胞的转录和超微结构特征 | 限于只在小鼠模型中进行，更大样本规模和不同物种的验证尚待进行 | 研究细胞在去髓鞘脑损伤后的转录及超微结构反应 | 对小鼠的神经胶质细胞和浸润的T细胞进行研究 | 数字病理学 | 脑损伤 | MERFISH和电子显微镜 | NA | 基因表达数据和超微结构数据 | 男鼠的胶质细胞和T细胞 |
| 246 | 2024-08-05 |
Spatial cellular architecture predicts prognosis in glioblastoma
2023-07-11, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-023-39933-0
PMID:37433817
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研究论文 | 本文研究了空间细胞结构与神经胶质瘤预后的关系 | 提出了一种新的深度学习模型，通过组织学图像预测神经胶质瘤细胞的转录亚型 | 没有提到具体的研究局限性 | 探讨空间细胞组织如何影响神经胶质瘤的预后 | 410名神经胶质瘤患者的组织样本 | 数字病理学 | 神经胶质瘤 | 单细胞RNA-seq与空间转录组数据 | 深度学习模型 | 组织学图像 | 410名患者的4000万个组织点 |
| 247 | 2024-08-05 |
CMOT: Cross-Modality Optimal Transport for multimodal inference
2023-07-11, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-023-02989-8
PMID:37434182
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研究论文 | 该文章开发了一种称为交叉模态最优传输（CMOT）的计算方法，用于单细胞多模态数据整合 | CMOT通过将多模态数据中的细胞对齐到一个共同的潜在空间，并推断缺失的模态，解决了单细胞多模态数据整合中的挑战 | 缺乏对某些模态的详细分析，可能影响结果的普适性 | 研究旨在通过整合不同模态的单细胞测序数据，实现更全面的细胞和分子机制理解 | 研究对象为不同来源的单细胞多模态数据 | 计算机视觉 | 癌症 | NA | NA | 多模态数据 | NA |
| 248 | 2024-08-07 |
Expression and possible functions of a horizontally transferred glycosyl hydrolase gene, GH6-1, in Ciona embryogenesis
2023-Jul-11, EvoDevo
IF:4.1Q1
DOI:10.1186/s13227-023-00215-x
PMID:37434168
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研究论文 | 研究了在Ciona胚胎发育过程中，通过水平基因转移获得的糖基水解酶基因GH6-1的表达及其可能的功能 | 首次揭示了通过水平基因转移获得的GH6-1基因在Ciona胚胎表皮细胞中的表达和功能，以及其在tunicate纤维素代谢中的作用 | 需要进一步研究以完全理解GH6-1在tunicate纤维素代谢中的具体作用和机制 | 探究GH6-1基因在Ciona胚胎发育中的表达和功能，以及其在tunicate纤维素代谢中的作用 | Ciona胚胎中的GH6-1基因及其在纤维素代谢中的作用 | NA | NA | 定量逆转录PCR，原位杂交，单细胞RNA测序分析，TALEN介导的基因组编辑 | NA | RNA | 涉及Ciona胚胎和幼虫的多个发育阶段 |
| 249 | 2024-08-07 |
Prognostic analysis of lung adenocarcinoma based on cancer-associated fibroblasts genes using scRNA-sequencing
2023-07-11, Aging
DOI:10.18632/aging.204838
PMID:37437244
|
研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序和批量RNA数据，开发了一个基于癌症相关成纤维细胞基因的肺腺癌预后预测模型 | 首次建立了基于癌症相关成纤维细胞基因的肺腺癌预测模型，并验证了其在不同队列中的预后性能 | NA | 开发和验证肺腺癌的预后预测模型 | 肺腺癌患者的预后和免疫治疗效果 | 数字病理学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序 | 预测模型 | RNA数据 | 四个独立的验证队列 |
| 250 | 2024-08-07 |
Construction and experimental validation of a macrophage cell senescence-related gene signature to evaluate the prognosis, immunotherapeutic sensitivity, and chemotherapy response in bladder cancer
2023-Jul-10, Functional & integrative genomics
IF:3.9Q1
DOI:10.1007/s10142-023-01163-4
PMID:37423913
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研究论文 | 本文构建了一个与巨噬细胞衰老相关的基因签名，用于评估膀胱癌的预后、免疫治疗敏感性和化疗反应 | 首次构建了与巨噬细胞衰老相关的基因签名，用于预测膀胱癌的预后、免疫治疗反应和化疗敏感性 | NA | 研究巨噬细胞衰老在膀胱癌中的生物学机制及其预后价值 | 膀胱癌中的巨噬细胞衰老相关基因 | 数字病理学 | 膀胱癌 | 单细胞RNA测序 | LASSO和Cox回归 | 基因表达数据 | 训练集406例，三个独立验证集分别为90例、221例和165例，以及27例临床样本和体外细胞实验 |
| 251 | 2024-08-07 |
Combined multidimensional single-cell protein and RNA profiling dissects the cellular and functional heterogeneity of thymic epithelial cells
2023-07-10, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-023-39722-9
PMID:37429879
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研究论文 | 本研究利用大规模并行流式细胞术和机器学习，结合单细胞蛋白质和RNA分析，揭示了胸腺上皮细胞的细胞和功能异质性 | 本研究通过CITEseq技术，将已知的胸腺上皮细胞表型与细胞的RNA特征相关联，实现了对胸腺上皮细胞亚型的表型识别和物理定位 | NA | 揭示胸腺上皮细胞的细胞和功能异质性 | 胸腺上皮细胞 | 数字病理学 | NA | CITEseq | 机器学习 | 蛋白质和RNA | NA |
| 252 | 2024-08-07 |
Identification of key genes and the pathophysiology associated with allergen-specific immunotherapy for allergic rhinitis
2023-07-10, BMC immunology
IF:2.9Q3
DOI:10.1186/s12865-023-00556-1
PMID:37430199
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研究论文 | 本研究通过分析Gene Expression Omnibus (GEO)数据库中的微阵列表达谱数据集GSE37157和GSE29521，探讨了过敏原特异性免疫疗法（AIT）在过敏性鼻炎（AR）中的关键基因和机制。 | 研究识别了新的基因标志物，有助于更全面地理解AIT在治疗AR中的分子机制。 | NA | 揭示过敏原特异性免疫疗法在过敏性鼻炎中的机制和关键基因。 | 过敏性鼻炎患者在接受过敏原特异性免疫疗法前后的基因表达变化。 | NA | 过敏性鼻炎 | 微阵列表达谱分析 | NA | 基因表达数据 | GSE37157包含28个样本，GSE29521包含13个样本。 |
| 253 | 2024-08-07 |
Single-cell RNA sequencing reveals enhanced antitumor immunity after combined application of PD-1 inhibitor and Shenmai injection in non-small cell lung cancer
2023-07-10, Cell communication and signaling : CCS
IF:8.2Q1
DOI:10.1186/s12964-023-01184-3
PMID:37430270
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研究论文 | 本研究探讨了PD-1抑制剂与参麦注射液联合应用于非小细胞肺癌的治疗效果及其机制 | 首次通过单细胞RNA测序揭示了PD-1抑制剂与参麦注射液联合应用在非小细胞肺癌中增强抗肿瘤免疫的具体机制 | 研究主要基于小鼠模型和体外实验，需要进一步的人体临床试验验证 | 探索PD-1抑制剂与参麦注射液联合治疗非小细胞肺癌的效果及机制 | 非小细胞肺癌及其免疫治疗 | 数字病理学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 使用了Lewis肺癌小鼠模型和肺鳞状细胞癌人源化小鼠模型 |
| 254 | 2024-08-05 |
CD8 + T-cell marker genes reveal different immune subtypes of oral lichen planus by integrating single-cell RNA-seq and bulk RNA-sequencing
2023-07-08, BMC oral health
IF:2.6Q1
DOI:10.1186/s12903-023-03138-0
PMID:37422617
|
研究论文 | 本研究通过整合单细胞RNA测序和大规模RNA测序，揭示了口腔白斑的不同免疫亚型 | 创新性地结合单细胞和大规模RNA测序技术，识别与CD8+T细胞病理机制相关的口腔白斑亚型 | 研究可能受到样本数量和临床特征多样性的限制 | 旨在识别与CD8+T细胞病理机制相关的口腔白斑亚型 | 研究对象为口腔白斑患者 | 数字病理学 | NA | RNA测序 | 无监督聚类分析 | 基因表达数据 | GSE211630队列中的单细胞数据 |
| 255 | 2024-08-05 |
Integrating the characteristic genes of macrophage pseudotime analysis in single-cell RNA-seq to construct a prediction model of atherosclerosis
2023-07-08, Aging
DOI:10.18632/aging.204856
PMID:37421595
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研究论文 | 本研究分析了巨噬细胞的特征基因变化，并构建了一种预测动脉粥样硬化的模型 | 首次将巨噬细胞假时间分析的特征基因整合进单细胞RNA测序中，以构建动脉粥样硬化预测模型 | 目前研究主要基于单细胞RNA测序数据，可能存在样本量限制以及数据的广泛适用性问题 | 探讨巨噬细胞在动脉粥样硬化中的作用，并构建其预测模型 | 动脉粥样硬化中的巨噬细胞及其特征基因 | 数字病理学 | 动脉粥样硬化 | 单细胞RNA测序 | 支持向量机(SVM)，随机森林(RF) | 基因表达数据 | 数据来源于基因表达综合(GEO)，具体样本数量未提供 |
| 256 | 2024-08-05 |
Leveraging spatial transcriptomics data to recover cell locations in single-cell RNA-seq with CeLEry
2023-07-08, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-023-39895-3
PMID:37422469
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研究论文 | 本文提出了一种名为CeLEry的深度学习算法，以利用空间转录组学数据恢复单细胞RNA测序中的细胞位置 | CeLEry结合基因表达和空间位置信息，通过监督学习恢复细胞的空间起源，能够提供不确定性估计 | 缺乏具体应用场景的实验证据，可能在某些条件下的可靠性尚需进一步验证 | 旨在解决单细胞RNA测序中细胞缺乏物理关系的问题 | 研究对象为使用空间转录组学的细胞及其在单细胞RNA测序中的位置 | 数字病理学 | NA | 深度学习 | 变分自编码器 | 基因表达数据 | 多个数据集来自脑组织和癌症组织的细胞 |
| 257 | 2024-08-07 |
Brief literature review and comprehensive bioinformatics analytics unravel the potential mechanism of curcumin in the treatment of periodontitis
2023-07-08, BMC oral health
IF:2.6Q1
DOI:10.1186/s12903-023-03181-x
PMID:37422651
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综述 | 本研究通过计算模拟揭示姜黄素治疗牙周炎的潜在机制 | 本研究通过单细胞分析和分子动力学模拟揭示了姜黄素与CXCL1、FOS和CXCL8的结合模式，特别是CXCL8的稳定性 | NA | 揭示姜黄素治疗牙周炎的潜在机制 | 姜黄素在牙周炎治疗中的作用机制 | 生物信息学 | 牙周病 | 单细胞分析，分子动力学模拟 | NA | RNA序列数据 | 使用了来自Gene Expression Omnibus数据库的GSE164241、GSE10334和GSE16134数据集 |
| 258 | 2024-08-07 |
Harnessing the potential of CAR-T cell therapy: progress, challenges, and future directions in hematological and solid tumor treatments
2023-07-07, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-023-04292-3
PMID:37420216
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综述 | 本文综述了嵌合抗原受体T细胞（CAR-T）疗法在血液和实体肿瘤治疗中的进展、挑战及未来方向 | 介绍了双特异性嵌合抗原受体以缓解肿瘤抗原逃逸的潜力，并探讨了利用单细胞RNA测序和人工智能优化临床级CAR-T细胞的策略 | CAR-T技术在实体肿瘤中面临挑战，如缺乏可靠的肿瘤相关抗原、缺氧核心、免疫抑制性肿瘤环境等 | 旨在克服CAR-T疗法在实体肿瘤中的挑战，并优化其临床应用 | CAR-T细胞疗法在血液和实体肿瘤治疗中的应用 | NA | 血液肿瘤和实体肿瘤 | 嵌合抗原受体T细胞（CAR-T）疗法 | NA | NA | NA |
| 259 | 2024-08-05 |
Identification of key biomarkers in ischemic stroke: single-cell sequencing and weighted co-expression network analysis
2023-07-06, Aging
DOI:10.18632/aging.204855
PMID:37418282
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研究论文 | 本文通过单细胞测序和加权共表达网络分析鉴定缺血性中风的关键生物标志物 | 本文首次将WGCNA和单细胞测序结合，识别了与缺血性中风相关的新关键基因 | 研究主要依赖于单一数据集，样本量较小，可能限制结果的普遍适用性 | 旨在识别缺血性中风的早期诊断标志物 | 研究对象为缺血性中风患者的单细胞样本 | 数字病理学 | 缺血性中风 | 单细胞测序 | NA | 基因表达数据 | 使用了缺血性中风患者的单细胞样本 |
| 260 | 2024-08-05 |
SpatialDM for rapid identification of spatially co-expressed ligand-receptor and revealing cell-cell communication patterns
2023-07-06, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-023-39608-w
PMID:37414760
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研究论文 | 提出了一种名为SpatialDM的统计模型和工具，以检测空间上共同表达的配体和受体对及其细胞间通信模式 | SpatialDM利用双变量莫兰统计量，能够在单点分辨率下检测交互点并识别交互特征的优先级 | 缺乏对交互特征优先级的深入讨论和空间背景上交互点的全面分析 | 揭示细胞间通信模式以及空间表达的配体和受体的识别 | 涉及黑色素瘤、脑室-亚脑室区和肠道的多个数据集 | 数字病理学 | NA | 统计模型 | NA | NA | 多个数据集 |