单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 354 篇文献，本页显示第 221 - 240 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 221 | 2024-08-07 |
Bifidobacterium adolescentis induces Decorin+ macrophages via TLR2 to suppress colorectal carcinogenesis
2023-Jul-18, Journal of experimental & clinical cancer research : CR
IF:11.4Q1
DOI:10.1186/s13046-023-02746-6
PMID:37464382
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研究论文 | 本文探讨了双歧杆菌 adolescentis 通过 TLR2 诱导 Decorin+ 巨噬细胞来抑制结直肠癌的发生 | 首次揭示了双歧杆菌 adolescentis 在结直肠癌中的功能及其通过 TLR2/YAP 轴调控 Decorin+ 巨噬细胞的机制 | NA | 阐明肠道微生物与肿瘤微环境在结直肠癌发病机制中的相互作用 | 双歧杆菌 adolescentis 及其在结直肠癌中的作用机制 | NA | 结直肠癌 | 单细胞 RNA 测序 (scRNA-seq) | NA | 组织样本 | 结直肠癌患者肿瘤及癌旁组织样本，以及结直肠癌动物模型 |
| 222 | 2024-08-07 |
Multimodal immune cell phenotyping in GI biopsies reveals microbiome-related T cell modulations in human GvHD
2023-07-18, Cell reports. Medicine
DOI:10.1016/j.xcrm.2023.101125
PMID:37467715
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研究论文 | 本研究通过结合多重组织成像和单细胞RNA测序技术，分析了异基因造血干细胞移植后患者的胃肠活检样本和粪便微生物组，揭示了微生物组多样性与短链脂肪酸产生菌对抑制性调节T细胞（Tregs）维持的影响，以及急性移植物抗宿主病（aGvHD）严重程度与CD8 T细胞克隆扩增的关系 | 首次将多模态免疫细胞表型分析与微生物组分析相结合，揭示了微生物组与T细胞调节在aGvHD中的作用 | NA | 探讨急性移植物抗宿主病的严重程度与免疫细胞及微生物组的关系 | 异基因造血干细胞移植后的胃肠活检样本和粪便微生物组 | 数字病理学 | 移植物抗宿主病 | 多重组织成像、单细胞RNA测序 | NA | 组织样本、微生物组数据 | NA |
| 223 | 2024-08-07 |
New insights about immune populations in gastrointestinal GvHD
2023-07-18, Cell reports. Medicine
DOI:10.1016/j.xcrm.2023.101126
PMID:37467719
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研究论文 | Jarosch等人使用单细胞RNA测序和ChipCytometry技术深入研究了胃肠（GI）活检中免疫细胞浸润的情况，特别是在患有胃肠移植物抗宿主病（GI-GvHD）的个体中。 | 该研究首次详细描述了严重GI-GvHD患者GI活检中克隆扩增的细胞毒性CD8 T细胞的增加。 | NA | 探索胃肠移植物抗宿主病中免疫细胞的特征。 | 胃肠移植物抗宿主病患者的免疫细胞。 | 数字病理学 | 移植物抗宿主病 | 单细胞RNA测序，ChipCytometry | NA | 生物样本 | 多个GI活检样本 |
| 224 | 2024-08-07 |
Single-cell transcriptomic profiles in the pathophysiology within the microenvironment of early diabetic kidney disease
2023-07-17, Cell death & disease
IF:8.1Q1
DOI:10.1038/s41419-023-05947-1
PMID:37460555
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术探讨早期糖尿病肾病微环境中的细胞相互作用和分子变化 | 首次揭示了早期糖尿病肾病中近端小管细胞的增殖减少和AQP4表达降低，以及铁死亡在疾病进展中的作用 | 研究仅限于db/m和db/db小鼠模型，可能无法完全代表人类糖尿病肾病的病理生理过程 | 探讨早期糖尿病肾病微环境中的细胞相互作用和分子变化 | db/m和db/db小鼠的肾脏组织 | 数字病理学 | 糖尿病肾病 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | 转录组数据 | db/m和db/db小鼠在第14周的肾脏组织 |
| 225 | 2024-08-07 |
Atlas-scale single-cell multi-sample multi-condition data integration using scMerge2
2023-07-17, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-023-39923-2
PMID:37460600
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研究论文 | 本文介绍了scMerge2算法，用于大规模多样本多条件单细胞研究的数据整合 | scMerge2算法能够整合来自不同单细胞技术的数百万细胞数据，并能应用于多种单细胞分析技术 | NA | 开发一种可扩展的算法，用于整合大规模多样本多条件单细胞研究数据 | 单细胞研究中的多样本多条件数据整合 | 生物信息学 | COVID-19 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq), 流式细胞仪(CyTOF), 成像质谱流式细胞术, CITE-seq | scMerge2 | 单细胞数据 | 超过五百万个细胞，来自1000多名个体 |
| 226 | 2024-08-07 |
Single-cell analysis of white adipose tissue reveals the tumor-promoting adipocyte subtypes
2023-07-15, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-023-04256-7
PMID:37454080
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序分析了小鼠和人类白色脂肪组织中的脂肪细胞，揭示了肿瘤促进的脂肪细胞亚型及其与癌症预后的关系 | 首次在单细胞水平上全面描述了肿瘤-脂肪微环境中的脂肪细胞特征、起源、发育、功能及其与免疫细胞的相互作用 | NA | 研究肿瘤-脂肪微环境中脂肪细胞的异质性和多样性，以及它们对癌症预后的影响 | 小鼠和人类的白色脂肪组织中的脂肪细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 小鼠和人类的白色脂肪组织样本 |
| 227 | 2024-08-07 |
Traditional Chinese Medicine Shi-Bi-Man regulates lactic acid metabolism and drives hair follicle stem cell activation to promote hair regeneration
2023-Jul-15, Chinese medicine
IF:5.3Q1
DOI:10.1186/s13020-023-00791-z
PMID:37454125
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研究论文 | 本研究探讨了中药处方十补丸（SBM）促进猕猴毛发再生的效果及其分子机制 | 首次揭示了SBM通过上调LDHA介导的乳酸代谢和驱动毛囊干细胞（HFSC）激活，从而促进HFSC的增殖和分化 | NA | 评估SBM在促进猕猴毛发再生中的效果并揭示其分子机制 | SBM对猕猴毛发再生的影响及其分子机制 | NA | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）、定量聚合酶链反应（qPCR）、免疫荧光染色 | NA | RNA、蛋白质 | 6只猕猴 |
| 228 | 2024-08-07 |
Tumor-derived small extracellular vesicles promote breast cancer progression by upregulating PD-L1 expression in macrophages
2023-Jul-14, Cancer cell international
IF:5.3Q1
DOI:10.1186/s12935-023-02980-0
PMID:37452413
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研究论文 | 本文研究了肿瘤来源的小细胞外囊泡（sEVs）通过上调巨噬细胞中PD-L1表达促进乳腺癌进展的机制 | 首次揭示了乳腺癌细胞来源的sEVs通过miR-106b-5p/PTEN/AKT/PD-L1和miR-18a-5p/PIAS3/STAT3/PD-L1通路在肿瘤相关巨噬细胞（TAMs）中诱导乳腺癌转移的机制 | NA | 探讨乳腺癌细胞来源的小细胞外囊泡（sEVs）在乳腺癌转移发展中的作用及其机制 | 乳腺癌细胞、肿瘤相关巨噬细胞（TAMs）、小细胞外囊泡（sEVs） | 数字病理学 | 乳腺癌 | 透射电子显微镜（TEM）、BCA和NTA分析、单细胞RNA测序（scRNA-seq）、免疫组化（IHC）、免疫荧光（IF）、实时定量PCR（RT-qPCR）、蛋白质印迹（WB）、流式细胞术、下一代测序 | NA | 单细胞RNA测序数据、免疫组化数据、免疫荧光数据 | 使用了GEO数据库中的单细胞RNA测序数据，具体样本数量未详细说明 |
| 229 | 2024-08-05 |
Identification of peripheral blood immune infiltration signatures and construction of monocyte-associated signatures in ovarian cancer and Alzheimer's disease using single-cell sequencing
2023-Jul, Heliyon
IF:3.4Q1
DOI:10.1016/j.heliyon.2023.e17454
PMID:37449151
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研究论文 | 该研究揭示了卵巢癌和阿尔茨海默病中外周血免疫浸润特征和单核细胞相关特征 | 文章开发了基于七个基因的风险模型，用于预测卵巢癌患者的预后，并确认了ZFP36L1和AP1S2作为新的生物标志物及治疗靶点 | NA | 探讨单核细胞在卵巢癌和阿尔茨海默病中的角色并识别其相关标志基因 | 卵巢癌和阿尔茨海默病患者的外周血单核细胞及其基因表达 | 数字病理学 | 卵巢癌和阿尔茨海默病 | 单细胞RNA测序 | Cox回归模型 | 基因组数据 | 134个单核细胞相关基因的样本和相应的肿瘤组织RNA-seq数据 |
| 230 | 2024-08-05 |
CNAsim: improved simulation of single-cell copy number profiles and DNA-seq data from tumors
2023-07-01, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btad434
PMID:37449891
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研究论文 | CNAsim是一款改善的单细胞拷贝数变化（CNA）数据模拟软件，用于肿瘤研究 | CNAsim相较于现有模拟器，可以在更现实的错误模型和更广泛的CNA机制范围下生成单细胞拷贝数分析数据 | NA | 改善单细胞肿瘤细胞的拷贝数特征模拟 | 模拟的肿瘤细胞群体及其DNA-seq数据 | 数字病理学 | NA | DNA-seq | NA | DNA-seq数据 | 成千上万个模拟的肿瘤细胞 |
| 231 | 2024-08-05 |
Cytocipher determines significantly different populations of cells in single-cell RNA-seq data
2023-07-01, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btad435
PMID:37449901
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研究论文 | Cytocipher是一种生物信息学方法，能够统计性地确定单细胞RNA-seq数据中的显著细胞群体 | 该文章提出的Cytocipher方法可以在多个上下文中提供生物学见解，并识别出在分析数据集中未曾描述的细胞类型 | 研究可能在特定情况下的适用性和准确性存在限制 | 开发一种新的方法以提高单细胞RNA-seq分析的自动化和可靠性 | 使用Cytocipher分析正常组织、发育、疾病和大规模图谱数据 | 数字病理学 | 前列腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 数据集 | 超过480,000个细胞 |
| 232 | 2024-08-07 |
Peripheral immune cell death in sepsis based on bulk RNA and single-cell RNA sequencing
2023-Jul, Heliyon
IF:3.4Q1
DOI:10.1016/j.heliyon.2023.e17764
PMID:37455967
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研究论文 | 研究脓毒症患者外周血单核细胞中免疫细胞存活状态与预后的关系 | 首次通过批量RNA测序和单细胞RNA测序技术，揭示了脓毒症早期阶段单核细胞和嗜中性粒细胞中的细胞死亡模式 | 研究仅限于早期脓毒症患者，且样本量相对较小 | 探讨脓毒症患者免疫细胞存活状态与预后的关系，为早期脓毒症的免疫治疗提供新视角 | 脓毒症患者的外周血单核细胞中的免疫细胞 | 数字病理学 | 脓毒症 | RNA测序 | NA | RNA | 68名脓毒症患者 |
| 233 | 2024-08-07 |
Analysis of Fatty Acid Metabolism in Fetal and Failing Hearts by Single-Cell RNA Sequencing Revealed SLC27A6 as a Critical Gene in Heart Maturation
2023-Jul, Acta Cardiologica Sinica
IF:1.8Q3
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术分析了胎儿和衰竭心脏中脂肪酸代谢的细胞类型特异性基因表达特征，并揭示了SLC27A6在心脏成熟中的关键作用 | 首次通过单细胞RNA测序技术揭示了脂肪酸代谢在心脏成熟和衰竭过程中的细胞类型特异性变化，并发现了SLC27A6在心脏成熟中的重要作用 | NA | 探索胎儿和衰竭心脏中脂肪酸代谢的细胞机制 | 胎儿和衰竭心脏中的脂肪酸代谢 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 胎儿心脏的单细胞RNA测序数据 |
| 234 | 2024-08-07 |
Assessing the Effects of Nicotinamide Mononucleotide Supplementation on Pulmonary Inflammation in Male Mice Subchronically Exposed to Ambient Particulate Matter
2023-07, Environmental health perspectives
IF:10.1Q1
DOI:10.1289/EHP12259
PMID:37458712
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研究论文 | 本研究评估了尼克酰胺单核苷酸（NMN）补充对亚慢性暴露于环境颗粒物的雄性小鼠肺损伤的保护作用及其机制 | 首次发现NMN补充通过调节免疫功能和改善脂质代谢减轻颗粒物引起的肺损伤 | NA | 评估NMN补充对肺损伤的保护作用并阐明其改善免疫功能的机制 | 六周龄雄性C57BL/6J小鼠 | NA | 肺部炎症 | 单细胞转录组测序（scRNA-seq） | NA | 转录组数据 | 每组20只小鼠 |
| 235 | 2024-08-07 |
cellCounts: an R function for quantifying 10x Chromium single-cell RNA sequencing data
2023-07-01, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btad439
PMID:37462540
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研究论文 | 本文介绍了一种名为cellCounts的R函数，用于高效准确地量化10x Genomics Chromium单细胞RNA测序数据 | cellCounts采用种子投票策略对读取进行参考基因组比对，并将读取折叠为独特的分子标识符（UMIs），然后根据featureCounts程序将UMIs分配给基因 | NA | 开发一种新的工具，用于高效准确地量化10x Genomics Chromium单细胞RNA测序数据 | 10x Genomics Chromium单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 数百万读取 |
| 236 | 2024-08-07 |
Immune suppressive microenvironment in liver metastases contributes to organ-specific response of immunotherapy in advanced non-small cell lung cancer
2023-07, Journal for immunotherapy of cancer
IF:10.3Q1
DOI:10.1136/jitc-2023-007218
PMID:37463790
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研究论文 | 本研究分析了非小细胞肺癌（NSCLC）中肺部病变（PL）和肝转移（LM）对免疫治疗的器官特异性反应，并通过多组学分析探索潜在机制 | 研究发现肝转移肿瘤微环境显示出比肺部病变更低的免疫激活和浸润水平，这可能有助于为NSCLC患者开发精确的免疫治疗策略 | NA | 分析NSCLC中肺部病变和肝转移对免疫治疗的器官特异性反应，并探索潜在机制 | NSCLC患者的肺部病变和肝转移肿瘤样本 | 数字病理学 | 肺癌 | 全外显子测序、RNA测序和多重免疫组织化学 | NA | 基因组数据、转录组数据和免疫组化数据 | 52名NSCLC伴有肝转移的患者，27对匹配的肺部病变和肝转移肿瘤样本 |
| 237 | 2024-08-07 |
Rebalancing liver-infiltrating CCR3+ and CD206+ monocytes improves diet-induced NAFLD
2023-07-25, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2023.112753
PMID:37421620
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研究论文 | 研究探讨了褪黑素通过调节肝脏浸润的CCR3+和CD206+单核细胞改善非酒精性脂肪肝病（NAFLD）的机制 | 首次揭示了褪黑素通过抑制促炎的CCR3单核细胞衍生巨噬细胞（MoMFs）和上调抗炎的CD206 MoMFs来改善NAFLD | 研究主要基于小鼠模型和体外实验，需要进一步的人体临床试验验证 | 探索褪黑素改善非酒精性脂肪肝病的潜在机制，为NAFLD的治疗提供新策略 | 非酒精性脂肪肝病（NAFLD）及其相关单核细胞衍生巨噬细胞 | 数字病理学 | 非酒精性脂肪肝病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 使用褪黑素干预的胆碱缺乏高脂饮食（CDHFD）和蛋氨酸/胆碱缺乏饮食（MCD）喂养的小鼠，以及体外培养的人类CCR3 MoMF和CD206 MoMF |
| 238 | 2024-08-07 |
Single-cell transcriptome atlas of Drosophila gastrula 2.0
2023-07-25, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2023.112707
PMID:37433294
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研究论文 | 本文报道了果蝇原肠胚的单细胞转录组图谱，分为77个转录组学上不同的集群 | 首次提供了包含准确空间和谱系信息的早期发育胚胎的单细胞转录组数据，并重建了所有基因在单细胞条纹水平上的空间表达模式 | NA | 旨在深入理解基因如何协同调控果蝇原肠胚形成机制 | 果蝇原肠胚的单细胞转录组 | 基因组学 | NA | 单细胞转录组测序 | NA | 转录组数据 | 77个转录组学上不同的集群 |
| 239 | 2024-08-05 |
SCING: Inference of robust, interpretable gene regulatory networks from single cell and spatial transcriptomics
2023-Jul-21, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2023.107124
PMID:37434694
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研究论文 | 该文章介绍了一种新方法SCING，用于从单细胞和空间转录组数据中推断基因调控网络。 | SCING是一种基于梯度提升和互信息的方法，提高了基因调控网络的准确性和生物学解释性。 | 目前未提及具体的局限性。 | 研究基因调控网络推断在生理和疾病理解中的重要性。 | 使用小鼠和人类阿尔茨海默病的单细胞和空间转录组数据进行研究。 | 数字病理学 | 阿尔茨海默病 | scRNA-seq, snRNA-seq, 空间转录组技术 | 梯度提升 | 转录组数据 | 小鼠单细胞图谱和阿尔茨海默病样本 |
| 240 | 2024-08-05 |
Population dynamics of EMT elucidates the timing and distribution of phenotypic intra-tumoral heterogeneity
2023-Jul-21, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2023.106964
PMID:37426354
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研究论文 | 该文章研究了上皮到间质转化（EMT）过程中肿瘤内表型异质性的时间和分布 | 提出了一种新的计算框架，可从单细胞RNA测序数据中可靠推断和预测EMT相关轨迹 | 当前的方法主要局限于大规模微阵列数据，单细胞解析仍面临挑战 | 深入理解EMT进程及其对癌症转移的影响 | 利用单细胞RNA测序数据分析EMT状态 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA数据 | NA |