单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1	2025-09-12	Global decoupling of cell differentiation from cell division in early embryo development 2023-Jul-30, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.07.29.551123 PMID:37546736	研究论文	本研究通过阻断斑马鱼胚胎细胞周期，证明细胞分裂在早期胚胎发育中并非细胞分化的必要条件	首次在胚胎尺度证明所有组织类型的初始分化可不依赖细胞分裂完成	细胞分裂缺失导致部分细胞类型分化速度减缓并引发应激反应	探究细胞分裂在胚胎细胞分化过程中的作用机制	斑马鱼早期胚胎（原肠胚期至分节期结束）	发育生物学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	单细胞转录组数据	斑马鱼胚胎（具体数量未明确说明）
2	2025-08-29	Excess pancreatic elastase alters acinar-β cell communication by impairing the mechano-signaling and the PAR2 pathways 2023-07-11, Cell metabolism IF:27.7Q1 DOI:10.1016/j.cmet.2023.05.007 PMID:37339634	研究论文	本研究探讨胰腺弹性蛋白酶（PE）通过影响机械信号和PAR2通路调控β细胞存活及其在2型糖尿病中的作用	首次发现PE在T2D患者中上调并通过抑制机械信号和PAR2通路负调控β细胞存活，并鉴定出telaprevir作为有效PE抑制剂	NA	识别β细胞营养因子并开发对抗糖尿病的治疗策略	人类和啮齿类动物的β细胞及T2D患者的胰岛	糖尿病研究	2型糖尿病	高通量筛选、磷酸抗体微阵列、单细胞RNA测序	NA	分子和细胞生物学数据	人类T2D患者胰岛及啮齿类动物模型
3	2025-07-22	CONSTRUCTION OF SEPSIS DIAGNOSTIC MODELS AND IDENTIFICATION OF MACROPHAGE SUBPOPULATIONS BASED ON PYROPTOSIS-RELATED GENES 2023-07-01, Shock (Augusta, Ga.) DOI:10.1097/SHK.0000000000002137 PMID:37179249	研究论文	本研究基于焦亡相关基因构建了脓毒症诊断模型，并鉴定了与预后相关的巨噬细胞亚群	首次基于焦亡相关基因构建脓毒症诊断风险评分模型，并发现与预后相关的巨噬细胞亚群	研究依赖于公共数据库数据，缺乏独立队列验证	探索焦亡在脓毒症中的潜在预后和诊断价值	脓毒症患者	生物信息学	脓毒症	bulk RNA测序, scRNA-seq	逻辑回归分析, LASSO回归分析	RNA测序数据	来自Gene Expression Omnibus数据库的测序数据
4	2025-07-21	Leveraging spatial transcriptomics data to recover cell locations in single-cell RNA-seq with CeLEry 2023-07-08, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-023-39895-3 PMID:37422469	研究论文	提出了一种名为CeLEry的监督深度学习算法，利用空间转录组学数据恢复单细胞RNA测序中细胞的空间位置	CeLEry算法通过变分自编码器进行数据增强，提高了方法的鲁棒性，能够克服scRNA-seq数据中的噪声，并能够推断细胞在多个层次上的空间起源	NA	解决单细胞RNA测序中细胞物理关系缺失的问题，恢复细胞的空间位置信息	单细胞RNA测序数据中的细胞	生物信息学	癌症	scRNA-seq, 空间转录组学	监督深度学习算法, 变分自编码器	基因表达数据, 空间位置数据	多个数据集，包括脑组织和癌症组织
5	2025-07-21	Mapping disease regulatory circuits at cell-type resolution from single-cell multiomics data 2023-Jul, Nature computational science IF:12.0Q1 DOI:10.1038/s43588-023-00476-5 PMID:37974651	研究论文	本文提出了一种名为MAGICAL的层次贝叶斯方法，用于从单细胞多组学数据中解析疾病相关的转录因子、染色质位点和基因调控回路	MAGICAL方法通过同时建模跨细胞和条件的信号变异，实现了高精度的调控回路推断，并能够区分宿主对不同感染的调控回路响应	NA	理解疾病状态下染色质重塑相关的基因表达变化	外周血单核细胞单细胞数据，来自血流感染患者和未感染对照	生物信息学	败血症	单细胞RNA测序，单细胞转座酶可及染色质测序	层次贝叶斯模型	单细胞多组学数据	NA
6	2025-07-20	Heterogeneity and Functional Analysis of Cardiac Fibroblasts in Heart Development 2023-Jul-31, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.07.30.551164 PMID:37577541	研究论文	本研究通过单细胞mRNA测序和生物信息学方法分析了心脏成纤维细胞的异质性及其在心脏发育中的功能	首次系统比较了心脏成纤维细胞的转录谱，揭示了其异质性，并通过条件性DTA系统消融技术明确了成纤维细胞在不同发育阶段的功能差异	研究主要基于小鼠模型，结果在人类中的适用性需要进一步验证	探究心脏成纤维细胞的异质性及其在心脏发育过程中的功能	小鼠心脏成纤维细胞	发育生物学	心血管疾病	scRNA-seq, 单分子原位杂交, DTA系统	NA	基因表达数据	两个小鼠品系在18个发育阶段的成纤维细胞
7	2025-07-20	Loss of metabolic fitness drives tumor resistance after CAR-NK cell therapy and can be overcome by cytokine engineering 2023-07-28, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.add6997 PMID:37494448	研究论文	研究CAR-NK细胞疗法后肿瘤抵抗的代谢适应性丧失机制及通过细胞因子工程克服的方法	揭示了CAR-NK细胞在体内演化过程中的代谢适应性丧失是肿瘤抵抗的关键因素，并提出了通过IL-15工程化改造部分恢复代谢适应性的创新策略	研究主要基于临床前淋巴瘤模型和少量患者样本，需要更大规模的临床验证	探究CAR-NK细胞疗法后肿瘤抵抗的机制及改进策略	CAR-NK细胞及其与肿瘤的相互作用	细胞治疗	淋巴瘤	单细胞RNA测序、质谱流式细胞术	临床前淋巴瘤模型	单细胞转录组数据、蛋白质表达数据	临床前模型样本+2例患者样本(1例响应者+1例非响应者)
8	2025-06-06	SCING: Inference of robust, interpretable gene regulatory networks from single cell and spatial transcriptomics 2023-Jul-21, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2023.107124 PMID:37434694	研究论文	本文提出了一种名为SCING的新方法，用于从单细胞和空间转录组数据中推断稳健且可解释的基因调控网络	SCING结合了梯度提升和互信息方法，提高了基因调控网络推断的准确性和生物可解释性，并能校正批次效应	NA	改进单细胞和空间转录组数据中的基因调控网络推断方法	小鼠单细胞图谱、人类阿尔茨海默病和小鼠阿尔茨海默病空间转录组数据	生物信息学	阿尔茨海默病	scRNA-seq, snRNA-seq, 空间转录组学	梯度提升和互信息方法	单细胞和空间转录组数据	整个小鼠单细胞图谱数据
9	2025-06-03	Cross-site reproducibility of human cortical organoids reveals consistent cell type composition and architecture 2023-Jul-29, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.07.28.550873 PMID:37546772	research paper	该研究通过跨站点实验评估了人类皮质类器官（hCO）在细胞类型组成和结构上的可重复性	首次评估了使用统一协议在不同研究站点生成的hCO在细胞类型比例和组织结构上的一致性	研究中仍存在非目标分化、坏死核心和细胞应激等hCO模型的已知局限性	评估人类皮质类器官模型在神经发育障碍研究中的可重复性	人类诱导多能干细胞（iPSC）来源的皮质类器官	神经科学	神经发育障碍	scRNA-seq, 3D荧光成像, 相差成像, qPCR, 流式细胞术	NA	基因表达数据, 图像数据	多个研究站点使用同一iPSC细胞系生成的hCO样本
10	2025-05-28	Expression of Key Steroidogenic Enzymes in Human Placenta and Associated Adverse Pregnancy Outcomes 2023-Jul, Maternal-fetal medicine (Wolters Kluwer Health, Inc.) DOI:10.1097/FM9.0000000000000167 PMID:40416852	综述	本文综述了人类胎盘中关键类固醇生成酶的表达及其与不良妊娠结局的关系	总结了胎盘类固醇生成酶在生理和病理状态下的上游调控机制，并探讨了单细胞测序技术在评估类固醇生成酶功能和细胞来源中的应用潜力	关于胎盘类固醇生成酶失调与不良妊娠结局之间关联的现有证据仍存在争议	探讨胎盘类固醇生成酶的表达与不良妊娠结局之间的关系	人类胎盘	生殖医学	不良妊娠结局	单细胞测序	NA	NA	NA
11	2025-04-17	Graft dysfunction in compassionate use of genetically engineered pig-to-human cardiac xenotransplantation: a case report 2023-07-29, Lancet (London, England) DOI:10.1016/S0140-6736(23)00775-4 PMID:37393920	病例报告	报告了一例基因工程猪心脏异种移植的病例，详细分析了移植后功能障碍的原因	首次详细分析了基因工程猪心脏异种移植后的功能障碍原因，包括免疫学和组织病理学研究	仅基于单一病例，结果可能不具有普遍性	探讨异种心脏移植后功能障碍的原因及可能的改进措施	57岁男性终末期心力衰竭患者	异种移植	心力衰竭	DNA PCR、RNA转录、电子显微镜、单细胞RNA测序	NA	临床监测数据、免疫学和组织病理学数据	1例患者
12	2025-03-27	CTLA4 protects against maladaptive cytotoxicity during the differentiation of effector and follicular CD4+ T cells 2023-07, Cellular & molecular immunology IF:21.8Q1 DOI:10.1038/s41423-023-01027-8 PMID:37161048	研究论文	本文研究了CTLA4在效应性和滤泡性CD4+ T细胞分化过程中对细胞毒性的保护作用	揭示了CTLA4在调节CD4+ T细胞细胞毒性中的关键作用，并发现CD57标记的CD4 T细胞在不同组织中的表型差异	研究主要基于原发性抗体缺陷患者，结果在其他疾病中的普适性需要进一步验证	探讨CTLA4在CD4+ T细胞分化过程中的调控机制及其对细胞毒性的影响	CD57标记的CD4+ T细胞	免疫学	原发性抗体缺陷	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	来自血液和扁桃体样本的匹配CD57 CD4 T细胞
13	2025-03-24	Spatially resolved multiomics of human cardiac niches 2023-Jul, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-023-06311-1 PMID:37438528	研究论文	本文结合单细胞和空间转录组学数据，揭示了人类心脏八个区域内的细胞微环境，并绘制了细胞到微观解剖位置的图谱	结合单细胞和空间转录组学数据，揭示了心脏传导系统细胞的独特离子通道、G蛋白偶联受体和调控网络，并引入了新的药物靶点预测工具drug2cell	研究仅限于人类心脏的八个区域，可能无法全面反映整个心脏的复杂性	揭示人类心脏不同区域的细胞微环境及其功能	人类心脏的八个区域及其细胞微环境	数字病理学	心血管疾病	单细胞转录组学、空间转录组学	NA	单细胞数据、空间转录组数据	人类心脏的八个区域
14	2025-03-22	p53 governs an AT1 differentiation programme in lung cancer suppression 2023-Jul, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-023-06253-8 PMID:37468633	研究论文	本文探讨了p53在肺腺癌（LUAD）抑制中的作用，特别是通过调控肺泡1型（AT1）细胞分化来抑制LUAD的发展	揭示了p53通过调控细胞状态，特别是促进AT1细胞分化来抑制LUAD的新机制	研究主要基于小鼠模型，人类LUAD中的具体机制仍需进一步验证	研究p53在肺腺癌（LUAD）抑制中的具体机制	肺腺癌（LUAD）细胞和小鼠模型	癌症研究	肺癌	RNA测序、ATAC测序、单细胞转录组分析	小鼠模型	基因表达数据、染色质重塑数据	使用表达致癌Kras和不同Trp53等位基因的小鼠模型
15	2025-03-17	Brief literature review and comprehensive bioinformatics analytics unravel the potential mechanism of curcumin in the treatment of periodontitis 2023-07-08, BMC oral health IF:2.6Q1 DOI:10.1186/s12903-023-03181-x PMID:37422651	研究论文	本研究通过计算模拟揭示了姜黄素治疗牙周炎的潜在作用机制	通过单细胞分析和批量RNA测序数据的整合，结合分子对接和分子动力学模拟，揭示了姜黄素与CXCL1、FOS和CXCL8的结合模式	研究主要依赖于计算模拟，缺乏实验验证	揭示姜黄素治疗牙周炎的潜在机制	牙周炎	生物信息学	牙周炎	单细胞分析, 批量RNA测序, 分子对接, 分子动力学模拟	NA	基因表达数据	数据集GSE164241、GSE10334和GSE16134
16	2025-02-23	Spatial and single-nucleus transcriptomic analysis of genetic and sporadic forms of Alzheimer's Disease 2023-Jul-26, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.07.24.550282 PMID:37546983	研究论文	本文通过空间转录组学和单核RNA测序技术，对早期和晚期阿尔茨海默病（AD）以及唐氏综合症相关AD（AD in DS）的皮质样本进行了转录组调查，旨在揭示AD的分子机制	结合空间转录组学和单核RNA测序技术，首次在AD和AD in DS中揭示了空间和细胞类型特异性的转录组变化，并通过跨物种比较和病理成像直接关联基因表达变化与病理积累	样本来源有限，主要集中在皮质区域，可能无法全面反映AD的分子机制	研究阿尔茨海默病的分子机制，特别是遗传性和散发性AD之间的差异	早期和晚期阿尔茨海默病、唐氏综合症相关AD的皮质样本，以及5xFAD和野生型小鼠的疾病时间进程样本	数字病理学	老年病	空间转录组学（ST）、单核RNA测序（RNA-seq）	NA	转录组数据、图像数据	早期和晚期AD、AD in DS的皮质样本，以及5xFAD和野生型小鼠的样本
17	2025-02-13	Combined multidimensional single-cell protein and RNA profiling dissects the cellular and functional heterogeneity of thymic epithelial cells 2023-07-10, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-023-39722-9 PMID:37429879	研究论文	本文通过结合多维单细胞蛋白质和RNA分析，解析了胸腺上皮细胞（TEC）的细胞和功能异质性	利用大规模并行流式细胞术和机器学习，将已知的TEC表型分解为新的亚群，并通过CITEseq将这些表型与细胞RNA谱定义的TEC亚型相关联	目前仅有极少数细胞标记物可用于TEC的表型识别	解析胸腺基质细胞的复杂性和TEC亚型的功能	胸腺上皮细胞（TEC）	单细胞分析	NA	大规模并行流式细胞术、CITEseq、机器学习	NA	蛋白质和RNA数据	NA
18	2025-02-07	T-BET and EOMES sustain mature human NK cell identity and antitumor function 2023-07-03, The Journal of clinical investigation IF:13.3Q1 DOI:10.1172/JCI162530 PMID:37279078	研究论文	本文研究了T-BET和EOMES在成熟人类NK细胞身份和抗肿瘤功能中的持续作用	揭示了T-BET和EOMES在维持成熟NK细胞表型和抑制替代ILC谱系中的意外作用	研究仅限于人类NK细胞，未涉及其他物种或细胞类型	探讨T-BET和EOMES在成熟NK细胞稳态、功能和分子编程中的持续需求	未扩增的原代人类NK细胞	免疫学	NA	CRISPR/Cas9, 单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	未扩增的原代人类NK细胞
19	2025-01-01	Integrative analyses of bulk and single-cell RNA-seq identified cancer-associated fibroblasts-related signature as a prognostic factor for immunotherapy in NSCLC 2023-Jul, Cancer immunology, immunotherapy : CII DOI:10.1007/s00262-023-03428-0 PMID:37010552	研究论文	本文通过整合批量RNA测序和单细胞RNA测序数据，识别了与非小细胞肺癌（NSCLC）相关的癌症相关成纤维细胞（CAF）特征，并构建了一个基于CAF的风险模型，用于预测NSCLC患者的预后和免疫治疗反应	首次通过整合批量RNA测序和单细胞RNA测序数据，构建了一个基于CAF的风险模型，并验证了其在NSCLC患者预后和免疫治疗反应中的预测价值	研究结果主要基于回顾性数据，需要进一步的前瞻性研究来验证其临床应用的可靠性	探索CAF在NSCLC中的临床意义和生物学功能，并构建一个基于CAF的风险模型用于预测患者的预后和免疫治疗反应	非小细胞肺癌（NSCLC）患者	数字病理学	肺癌	RNA测序，单细胞RNA测序	加权基因共表达网络分析（WGCNA）	RNA测序数据，单细胞RNA测序数据	四个独立的NSCLC队列
20	2025-01-01	CiTSA: a comprehensive platform provides experimentally supported signatures of cancer immunotherapy and analysis tools based on bulk and scRNA-seq data 2023-Jul, Cancer immunology, immunotherapy : CII DOI:10.1007/s00262-023-03414-6 PMID:36912931	研究论文	本文介绍了一个名为CiTSA的综合平台，该平台提供了基于实验支持的癌症免疫治疗签名和分析工具，支持批量RNA测序和单细胞RNA测序数据	首次提供了一个实验支持的癌症免疫治疗签名基准数据集，并开发了CiTSA平台，集成了878个条目，涵盖412个签名和30种癌症类型	未提及具体的研究局限性	为研究人员提供一个全面的资源，以发现和分析癌症免疫治疗的签名，并进一步探索其机制	癌症免疫治疗的签名，包括基因、细胞和免疫治疗之间的关联	数字病理学	癌症	RNA-seq, scRNA-seq	NA	RNA测序数据	878个条目，涵盖30种癌症类型