单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 352 篇文献，本页显示第 1 - 20 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 2025-06-06 |
SCING: Inference of robust, interpretable gene regulatory networks from single cell and spatial transcriptomics
2023-Jul-21, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2023.107124
PMID:37434694
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研究论文 | 本文提出了一种名为SCING的新方法，用于从单细胞和空间转录组数据中推断稳健且可解释的基因调控网络 | SCING结合了梯度提升和互信息方法，提高了基因调控网络推断的准确性和生物可解释性，并能校正批次效应 | NA | 改进单细胞和空间转录组数据中的基因调控网络推断方法 | 小鼠单细胞图谱、人类阿尔茨海默病和小鼠阿尔茨海默病空间转录组数据 | 生物信息学 | 阿尔茨海默病 | scRNA-seq, snRNA-seq, 空间转录组学 | 梯度提升和互信息方法 | 单细胞和空间转录组数据 | 整个小鼠单细胞图谱数据 |
| 2 | 2025-06-03 |
Cross-site reproducibility of human cortical organoids reveals consistent cell type composition and architecture
2023-Jul-29, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.07.28.550873
PMID:37546772
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research paper | 该研究通过跨站点实验评估了人类皮质类器官（hCO）在细胞类型组成和结构上的可重复性 | 首次评估了使用统一协议在不同研究站点生成的hCO在细胞类型比例和组织结构上的一致性 | 研究中仍存在非目标分化、坏死核心和细胞应激等hCO模型的已知局限性 | 评估人类皮质类器官模型在神经发育障碍研究中的可重复性 | 人类诱导多能干细胞（iPSC）来源的皮质类器官 | 神经科学 | 神经发育障碍 | scRNA-seq, 3D荧光成像, 相差成像, qPCR, 流式细胞术 | NA | 基因表达数据, 图像数据 | 多个研究站点使用同一iPSC细胞系生成的hCO样本 |
| 3 | 2025-05-28 |
Expression of Key Steroidogenic Enzymes in Human Placenta and Associated Adverse Pregnancy Outcomes
2023-Jul, Maternal-fetal medicine (Wolters Kluwer Health, Inc.)
DOI:10.1097/FM9.0000000000000167
PMID:40416852
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综述 | 本文综述了人类胎盘中关键类固醇生成酶的表达及其与不良妊娠结局的关系 | 总结了胎盘类固醇生成酶在生理和病理状态下的上游调控机制，并探讨了单细胞测序技术在评估类固醇生成酶功能和细胞来源中的应用潜力 | 关于胎盘类固醇生成酶失调与不良妊娠结局之间关联的现有证据仍存在争议 | 探讨胎盘类固醇生成酶的表达与不良妊娠结局之间的关系 | 人类胎盘 | 生殖医学 | 不良妊娠结局 | 单细胞测序 | NA | NA | NA |
| 4 | 2025-04-17 |
Graft dysfunction in compassionate use of genetically engineered pig-to-human cardiac xenotransplantation: a case report
2023-07-29, Lancet (London, England)
DOI:10.1016/S0140-6736(23)00775-4
PMID:37393920
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病例报告 | 报告了一例基因工程猪心脏异种移植的病例，详细分析了移植后功能障碍的原因 | 首次详细分析了基因工程猪心脏异种移植后的功能障碍原因，包括免疫学和组织病理学研究 | 仅基于单一病例，结果可能不具有普遍性 | 探讨异种心脏移植后功能障碍的原因及可能的改进措施 | 57岁男性终末期心力衰竭患者 | 异种移植 | 心力衰竭 | DNA PCR、RNA转录、电子显微镜、单细胞RNA测序 | NA | 临床监测数据、免疫学和组织病理学数据 | 1例患者 |
| 5 | 2025-03-27 |
CTLA4 protects against maladaptive cytotoxicity during the differentiation of effector and follicular CD4+ T cells
2023-07, Cellular & molecular immunology
IF:21.8Q1
DOI:10.1038/s41423-023-01027-8
PMID:37161048
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研究论文 | 本文研究了CTLA4在效应性和滤泡性CD4+ T细胞分化过程中对细胞毒性的保护作用 | 揭示了CTLA4在调节CD4+ T细胞细胞毒性中的关键作用，并发现CD57标记的CD4 T细胞在不同组织中的表型差异 | 研究主要基于原发性抗体缺陷患者，结果在其他疾病中的普适性需要进一步验证 | 探讨CTLA4在CD4+ T细胞分化过程中的调控机制及其对细胞毒性的影响 | CD57标记的CD4+ T细胞 | 免疫学 | 原发性抗体缺陷 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 来自血液和扁桃体样本的匹配CD57 CD4 T细胞 |
| 6 | 2025-03-24 |
Spatially resolved multiomics of human cardiac niches
2023-Jul, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-023-06311-1
PMID:37438528
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研究论文 | 本文结合单细胞和空间转录组学数据，揭示了人类心脏八个区域内的细胞微环境，并绘制了细胞到微观解剖位置的图谱 | 结合单细胞和空间转录组学数据，揭示了心脏传导系统细胞的独特离子通道、G蛋白偶联受体和调控网络，并引入了新的药物靶点预测工具drug2cell | 研究仅限于人类心脏的八个区域，可能无法全面反映整个心脏的复杂性 | 揭示人类心脏不同区域的细胞微环境及其功能 | 人类心脏的八个区域及其细胞微环境 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单细胞转录组学、空间转录组学 | NA | 单细胞数据、空间转录组数据 | 人类心脏的八个区域 |
| 7 | 2025-03-22 |
p53 governs an AT1 differentiation programme in lung cancer suppression
2023-Jul, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-023-06253-8
PMID:37468633
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研究论文 | 本文探讨了p53在肺腺癌（LUAD）抑制中的作用，特别是通过调控肺泡1型（AT1）细胞分化来抑制LUAD的发展 | 揭示了p53通过调控细胞状态，特别是促进AT1细胞分化来抑制LUAD的新机制 | 研究主要基于小鼠模型，人类LUAD中的具体机制仍需进一步验证 | 研究p53在肺腺癌（LUAD）抑制中的具体机制 | 肺腺癌（LUAD）细胞和小鼠模型 | 癌症研究 | 肺癌 | RNA测序、ATAC测序、单细胞转录组分析 | 小鼠模型 | 基因表达数据、染色质重塑数据 | 使用表达致癌Kras和不同Trp53等位基因的小鼠模型 |
| 8 | 2025-03-17 |
Brief literature review and comprehensive bioinformatics analytics unravel the potential mechanism of curcumin in the treatment of periodontitis
2023-07-08, BMC oral health
IF:2.6Q1
DOI:10.1186/s12903-023-03181-x
PMID:37422651
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研究论文 | 本研究通过计算模拟揭示了姜黄素治疗牙周炎的潜在作用机制 | 通过单细胞分析和批量RNA测序数据的整合，结合分子对接和分子动力学模拟，揭示了姜黄素与CXCL1、FOS和CXCL8的结合模式 | 研究主要依赖于计算模拟，缺乏实验验证 | 揭示姜黄素治疗牙周炎的潜在机制 | 牙周炎 | 生物信息学 | 牙周炎 | 单细胞分析, 批量RNA测序, 分子对接, 分子动力学模拟 | NA | 基因表达数据 | 数据集GSE164241、GSE10334和GSE16134 |
| 9 | 2025-02-23 |
Spatial and single-nucleus transcriptomic analysis of genetic and sporadic forms of Alzheimer's Disease
2023-Jul-26, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.07.24.550282
PMID:37546983
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研究论文 | 本文通过空间转录组学和单核RNA测序技术，对早期和晚期阿尔茨海默病（AD）以及唐氏综合症相关AD（AD in DS）的皮质样本进行了转录组调查，旨在揭示AD的分子机制 | 结合空间转录组学和单核RNA测序技术，首次在AD和AD in DS中揭示了空间和细胞类型特异性的转录组变化，并通过跨物种比较和病理成像直接关联基因表达变化与病理积累 | 样本来源有限，主要集中在皮质区域，可能无法全面反映AD的分子机制 | 研究阿尔茨海默病的分子机制，特别是遗传性和散发性AD之间的差异 | 早期和晚期阿尔茨海默病、唐氏综合症相关AD的皮质样本，以及5xFAD和野生型小鼠的疾病时间进程样本 | 数字病理学 | 老年病 | 空间转录组学（ST）、单核RNA测序（RNA-seq） | NA | 转录组数据、图像数据 | 早期和晚期AD、AD in DS的皮质样本，以及5xFAD和野生型小鼠的样本 |
| 10 | 2025-02-13 |
Combined multidimensional single-cell protein and RNA profiling dissects the cellular and functional heterogeneity of thymic epithelial cells
2023-07-10, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-023-39722-9
PMID:37429879
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研究论文 | 本文通过结合多维单细胞蛋白质和RNA分析，解析了胸腺上皮细胞（TEC）的细胞和功能异质性 | 利用大规模并行流式细胞术和机器学习，将已知的TEC表型分解为新的亚群，并通过CITEseq将这些表型与细胞RNA谱定义的TEC亚型相关联 | 目前仅有极少数细胞标记物可用于TEC的表型识别 | 解析胸腺基质细胞的复杂性和TEC亚型的功能 | 胸腺上皮细胞（TEC） | 单细胞分析 | NA | 大规模并行流式细胞术、CITEseq、机器学习 | NA | 蛋白质和RNA数据 | NA |
| 11 | 2025-02-07 |
T-BET and EOMES sustain mature human NK cell identity and antitumor function
2023-07-03, The Journal of clinical investigation
IF:13.3Q1
DOI:10.1172/JCI162530
PMID:37279078
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研究论文 | 本文研究了T-BET和EOMES在成熟人类NK细胞身份和抗肿瘤功能中的持续作用 | 揭示了T-BET和EOMES在维持成熟NK细胞表型和抑制替代ILC谱系中的意外作用 | 研究仅限于人类NK细胞，未涉及其他物种或细胞类型 | 探讨T-BET和EOMES在成熟NK细胞稳态、功能和分子编程中的持续需求 | 未扩增的原代人类NK细胞 | 免疫学 | NA | CRISPR/Cas9, 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 未扩增的原代人类NK细胞 |
| 12 | 2025-01-12 |
Loss of metabolic fitness drives tumor resistance after CAR-NK cell therapy and can be overcome by cytokine engineering
2023-07-28, Science advances
IF:11.7Q1
DOI:10.1126/sciadv.add6997
PMID:37494448
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研究论文 | 本文研究了CAR-NK细胞疗法后肿瘤抵抗的机制，并探讨了通过细胞因子工程克服这一问题的可能性 | 通过单细胞RNA测序和质谱流式细胞术研究了CAR-NK细胞的异质性及其在体内的演化过程，揭示了代谢适应性丧失是肿瘤抵抗的关键因素，并提出通过IL-15工程化CAR结构部分克服这一问题 | 研究主要基于临床前模型和少量患者样本，结果需要更大规模的临床试验验证 | 探究CAR-NK细胞疗法后肿瘤抵抗的机制，并寻找克服方法 | CAR-NK细胞及其在体内的演化过程 | 细胞治疗 | 淋巴瘤 | 单细胞RNA测序，质谱流式细胞术 | NA | RNA测序数据，质谱流式细胞数据 | 临床前模型和两名患者样本 |
| 13 | 2025-01-01 |
Integrative analyses of bulk and single-cell RNA-seq identified cancer-associated fibroblasts-related signature as a prognostic factor for immunotherapy in NSCLC
2023-Jul, Cancer immunology, immunotherapy : CII
DOI:10.1007/s00262-023-03428-0
PMID:37010552
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研究论文 | 本文通过整合批量RNA测序和单细胞RNA测序数据，识别了与非小细胞肺癌（NSCLC）相关的癌症相关成纤维细胞（CAF）特征，并构建了一个基于CAF的风险模型，用于预测NSCLC患者的预后和免疫治疗反应 | 首次通过整合批量RNA测序和单细胞RNA测序数据，构建了一个基于CAF的风险模型，并验证了其在NSCLC患者预后和免疫治疗反应中的预测价值 | 研究结果主要基于回顾性数据，需要进一步的前瞻性研究来验证其临床应用的可靠性 | 探索CAF在NSCLC中的临床意义和生物学功能，并构建一个基于CAF的风险模型用于预测患者的预后和免疫治疗反应 | 非小细胞肺癌（NSCLC）患者 | 数字病理学 | 肺癌 | RNA测序，单细胞RNA测序 | 加权基因共表达网络分析（WGCNA） | RNA测序数据，单细胞RNA测序数据 | 四个独立的NSCLC队列 |
| 14 | 2025-01-01 |
CiTSA: a comprehensive platform provides experimentally supported signatures of cancer immunotherapy and analysis tools based on bulk and scRNA-seq data
2023-Jul, Cancer immunology, immunotherapy : CII
DOI:10.1007/s00262-023-03414-6
PMID:36912931
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研究论文 | 本文介绍了一个名为CiTSA的综合平台，该平台提供了基于实验支持的癌症免疫治疗签名和分析工具，支持批量RNA测序和单细胞RNA测序数据 | 首次提供了一个实验支持的癌症免疫治疗签名基准数据集，并开发了CiTSA平台，集成了878个条目，涵盖412个签名和30种癌症类型 | 未提及具体的研究局限性 | 为研究人员提供一个全面的资源，以发现和分析癌症免疫治疗的签名，并进一步探索其机制 | 癌症免疫治疗的签名，包括基因、细胞和免疫治疗之间的关联 | 数字病理学 | 癌症 | RNA-seq, scRNA-seq | NA | RNA测序数据 | 878个条目，涵盖30种癌症类型 |
| 15 | 2024-12-18 |
Spatially resolved cell atlas of the teleost telencephalon and deep homology of the vertebrate forebrain
2023-Jul-22, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.07.20.549873
PMID:37503039
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研究论文 | 本文通过空间转录组学和单核RNA测序技术，生成了慈鲷鱼端脑的空间解析转录图谱，并比较了慈鲷鱼端脑与其他脊椎动物的细胞类型和解剖区域 | 本文揭示了鱼类端脑与四足动物的纹状体、海马和皮层细胞群之间的显著转录相似性，为脊椎动物前脑的组织和进化提供了新的见解 | NA | 研究脊椎动物前脑的组织和进化 | 慈鲷鱼端脑与其他脊椎动物的细胞类型和解剖区域 | NA | NA | 空间转录组学，单核RNA测序 | NA | 转录组数据 | NA |
| 16 | 2024-11-15 |
ISG15 and ISGylation modulates cancer stem cell-like characteristics in promoting tumor growth of anaplastic thyroid carcinoma
2023-Jul-27, Journal of experimental & clinical cancer research : CR
IF:11.4Q1
DOI:10.1186/s13046-023-02751-9
PMID:37501099
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研究论文 | 研究揭示了ISG15和ISGylation在调节甲状腺未分化癌（ATC）干细胞样特性中的新作用 | 首次揭示了ISG15在调节ATC干细胞样特性中的作用及其机制 | NA | 探讨ISG15和ISGylation在ATC干细胞样特性中的作用及其机制 | 甲状腺未分化癌（ATC）的干细胞样特性 | 数字病理学 | 甲状腺癌 | 单细胞RNA测序、流式细胞术、免疫荧光、免疫沉淀、质谱分析 | NA | 基因表达数据、蛋白质表达数据 | NA |
| 17 | 2024-11-12 |
Genome-wide mapping of cancer dependency genes and genetic modifiers of chemotherapy in high-risk hepatoblastoma
2023-07-06, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-023-39717-6
PMID:37414763
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研究论文 | 研究报告了一种改进的MYC驱动的肝母细胞瘤样小鼠模型，并利用CRISPR-Cas9筛选技术识别了癌症依赖基因和化疗的遗传修饰因子 | 开发了一种新的肝母细胞瘤小鼠模型，并通过单细胞RNA测序和空间转录组学识别了不同的肝母细胞瘤细胞亚群，发现了与人类肝母细胞瘤共享的可药物靶点 | 研究主要基于小鼠模型，需要进一步验证在人类患者中的有效性 | 研究肝母细胞瘤的发病机制，并开发新的治疗策略 | 肝母细胞瘤及其治疗中的化疗反应 | 数字病理学 | 肝母细胞瘤 | CRISPR-Cas9筛选 | NA | RNA测序数据 | 小鼠模型中的细胞系 |
| 18 | 2024-11-08 |
Single-nucleus chromatin accessibility identifies a critical role for TWIST1 in idiopathic pulmonary fibrosis myofibroblast activity
2023-07, The European respiratory journal
DOI:10.1183/13993003.00474-2022
PMID:37142338
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研究论文 | 研究通过单核染色质可及性分析，揭示了TWIST1在特发性肺纤维化肌成纤维细胞活性中的关键作用 | 首次通过单核染色质可及性分析结合单细胞RNA测序数据，精确识别了TWIST1在特发性肺纤维化肌成纤维细胞中的关键转录因子活性 | 研究样本量较小，仅包括3例特发性肺纤维化患者和2例供体对照 | 探讨TWIST1在特发性肺纤维化肌成纤维细胞活性中的调控作用 | 特发性肺纤维化患者的肺组织和肌成纤维细胞 | 数字病理学 | 特发性肺纤维化 | 单细胞RNA测序、单核染色质可及性测序 | NA | 基因表达数据、染色质可及性数据 | 3例特发性肺纤维化患者和2例供体对照的肺组织，以及10例特发性肺纤维化和8例对照的单细胞RNA测序数据 |
| 19 | 2024-10-20 |
A distal lung organoid model to study interstitial lung disease, viral infection and human lung development
2023-07, Nature protocols
IF:13.1Q1
DOI:10.1038/s41596-023-00827-6
PMID:37165073
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研究论文 | 本文描述了一种将人类多能干细胞定向分化为远端肺类器官的策略 | 该方法能够重现肺发育过程，并生成具有分支形态、几乎无非肺内胚层谱系、含有间质且能重现间质性肺疾病的类器官 | NA | 研究间质性肺疾病、病毒感染和人类肺发育 | 人类多能干细胞定向分化为远端肺类器官 | 干细胞研究 | 间质性肺疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 类器官生成时间约40天，可维持超过180天 |
| 20 | 2024-10-17 |
Genetic Insights of Schizophrenia via Single Cell RNA-Sequencing Analyses
2023-07-04, Schizophrenia bulletin
IF:5.3Q1
DOI:10.1093/schbul/sbad002
PMID:36805283
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序分析，揭示了精神分裂症的遗传机制 | 本文首次使用单细胞RNA测序数据识别出54个精神分裂症风险基因，其中三分之二未在传统组织测序数据中被发现 | 本文的研究结果依赖于单细胞RNA测序数据，未来需要更多研究来进一步验证这些发现 | 揭示精神分裂症的遗传机制 | 精神分裂症风险基因及其在特定脑细胞类型中的表达 | 基因组学 | 精神分裂症 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 54个精神分裂症风险基因 |