单细胞与空转测序相关文章
本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得，供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ，每日自动更新（使用关键词“['single-cell sequencing', 'single-cell RNA sequencing', 'single-cell transcriptomics', 'single-cell RNA-seq', 'single-cell transcriptome', 'scRNA-seq', 'spatial transcriptomics']”过滤），已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理，可能存在错误或遗漏，请使用时务必注意核实！
如有建议或合作意向，欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布，欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错，还请不吝 给我打赏，你的支持是我继续创新的重要动力！
添加微信请说明来意
微信赞赏
除通过在线浏览外，为方便用户离线查阅，本站也提供 付费下载（定价19.9元）。之所以考虑收费，是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的，还请理解并多多支持。本站数据会持续更新，而仅需一次付费，未来就可以随时重新下载到最新版本数据。
当前共找到 352 篇文献，本页显示第 1 - 20 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 2025-12-12 |
Single-cell transcriptomics reveal a hyperacute cytokine and immune checkpoint axis after cardiac arrest in patients with poor neurological outcome
2023-07-14, Med (New York, N.Y.)
DOI:10.1016/j.medj.2023.05.003
PMID:37257452
|
研究论文 | 本研究通过单细胞转录组学揭示了心脏骤停后神经系统预后不良患者中存在的超急性细胞因子和免疫检查点轴 | 首次在单细胞分辨率下定义了临床心脏骤停诱导的先天免疫网络，并识别了与不良预后相关的Nectin-2+单核细胞和Tim-3+自然杀伤细胞亚群 | 研究样本量未明确说明，且结论主要基于观察性数据，需要进一步实验验证 | 探究心脏骤停后系统性炎症反应与神经系统损伤之间的关联 | 心脏骤停住院患者 | 单细胞组学 | 心血管疾病 | 单细胞转录组测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 2 | 2025-11-24 |
Potential to Enhance Large Scale Molecular Assessments of Skin Photoaging through Virtual Inference of Spatial Transcriptomics from Routine Staining
2023-Jul-31, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.07.30.551188
PMID:37577612
|
研究论文 | 本研究开发了从常规H&E染色组织切片推断空间转录组信息的机器学习方法 | 首次探索从常规H&E染色切片虚拟推断空间转录组信息，以克服现有技术成本高和样本间变异大的限制 | 研究样本量相对较小（仅4名患者），可能限制结果的普适性 | 通过虚拟推断空间转录组信息来增强皮肤光老化的大规模分子评估能力 | 皮肤光老化组织，特别是基底细胞和鳞状细胞角质瘤手术切除部位邻近的皮肤标本 | 数字病理学 | 皮肤癌 | 空间转录组学，全玻片成像，机器学习 | 机器学习模型 | 图像，转录组数据 | 来自261个皮肤标本队列中的4名患者样本 | 10x Genomics | 空间转录组学 | Visium CytAssist | Visium CytAssist空间转录组分析，50微米分辨率，分析超过18,000个基因 |
| 3 | 2025-11-24 |
Spatial Omics Driven Crossmodal Pretraining Applied to Graph-based Deep Learning for Cancer Pathology Analysis
2023-Jul-31, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.07.30.551187
PMID:37577686
|
研究论文 | 本研究探索利用空间转录组学数据通过对比跨模态预训练机制生成深度学习模型，以提取分子和组织学信息用于基于图的学习任务 | 首次将空间组学数据与组织学成像配对，通过对比跨模态预训练机制增强基于图的深度学习模型在癌症病理分析中的性能 | NA | 开发能够更好理解癌变形态学和分子基础的算法，提升基于图的深度学习在癌症病理分析中的性能 | 癌症组织病理学全切片图像和空间转录组学数据 | 数字病理学 | 癌症 | 对比跨模态预训练，基于图的深度学习 | 图神经网络 | 图像，空间转录组学数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | 50微米分辨率定位的组织学成像 |
| 4 | 2025-11-20 |
Revisiting the critical roles of reactive astrocytes in neurodegeneration
2023-07, Molecular psychiatry
IF:9.6Q1
DOI:10.1038/s41380-023-02061-8
PMID:37037874
|
综述 | 重新探讨反应性星形胶质细胞在神经退行性疾病中的多维作用 | 基于单细胞测序分析提出星形胶质细胞亚群与其功能的精确关联 | NA | 重新评估反应性星形胶质细胞在神经退行性疾病中的关键作用 | 反应性星形胶质细胞 | 神经科学 | 神经退行性疾病 | 单细胞测序分析 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 5 | 2025-11-19 |
Old and newly synthesized histones are asymmetrically distributed in Drosophila intestinal stem cell divisions
2023-07-05, EMBO reports
IF:6.5Q1
DOI:10.15252/embr.202256404
PMID:37255015
|
研究论文 | 本研究报道了果蝇肠道干细胞分裂过程中新旧组蛋白H3和H4的不对称分配现象及其与细胞命运决定的关系 | 首次在体细胞干细胞谱系中发现组蛋白不对称继承现象，并证明其通过影响Delta基因表达参与细胞命运决定 | 研究仅针对果蝇肠道干细胞，在其他物种或组织中的普适性尚未验证 | 探究组蛋白继承模式在干细胞分裂和细胞命运决定中的作用机制 | 果蝇肠道干细胞及其分裂后的细胞对 | 发育生物学 | NA | 单细胞RNA测序，突变体表达 | NA | 基因表达数据，蛋白质分布数据 | 果蝇肠道干细胞及其衍生细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 6 | 2025-11-19 |
Monocytes differentiate along two alternative pathways during sterile inflammation
2023-07-05, EMBO reports
IF:6.5Q1
DOI:10.15252/embr.202256308
PMID:37191947
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示了单细胞在无菌炎症中沿两种不同途径分化为巨噬细胞或树突状细胞的命运决定机制 | 首次通过时间序列单细胞RNA测序在体外模型中同时追踪人类单细胞向巨噬细胞和树突状细胞的分化路径，并鉴定出关键的命运决定转录因子 | 研究主要基于体外模型和小鼠体内验证，人类体内直接证据有限 | 阐明单细胞在炎症过程中分化为巨噬细胞或树突状细胞的命运决定机制 | 人类单细胞和小鼠无菌性腹膜炎模型 | 单细胞生物学 | 炎症性疾病 | 单细胞RNA测序，计算生物学方法 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 7 | 2025-11-16 |
Mouse gingival single-cell transcriptomic atlas: An activated fibroblast subpopulation guides oral barrier immunity in periodontitis
2023-Jul-24, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.04.13.536751
PMID:37546811
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序构建小鼠牙龈细胞图谱，发现一种激活的成纤维细胞亚群在牙周炎中引导口腔屏障免疫反应 | 首次识别出AG成纤维细胞亚群，并揭示其通过AG成纤维细胞-中性粒细胞-ILC3轴启动牙龈炎症的新机制 | 研究基于小鼠模型，人类中的适用性需要进一步验证 | 阐明牙周炎中异常口腔屏障免疫的启动机制 | 小鼠牙龈组织细胞 | 单细胞转录组学 | 牙周炎 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 小鼠牙周炎模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 8 | 2025-10-05 |
A cellular and molecular spatial atlas of dystrophic muscle
2023-07-18, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2221249120
PMID:37410813
|
研究论文 | 通过整合空间转录组学和单细胞RNA测序数据，构建了营养不良肌肉的高分辨率细胞和分子空间图谱 | 首次将空间转录组学与单细胞RNA测序相结合，揭示了DMD肌肉中细胞群体的非均匀分布和异步再生特征 | 研究基于D2-mdx小鼠模型，结果向人类DMD的转化需要进一步验证 | 研究杜氏肌营养不良症中异步肌肉再生对疾病进展的生物学机制 | 严重营养不良的D2-mdx小鼠模型的肌肉组织 | 空间生物学 | 杜氏肌营养不良症 | 空间转录组学, 单细胞RNA测序 | NA | 空间基因表达数据, 单细胞基因表达数据 | NA | NA | 空间转录组学, 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 9 | 2025-10-05 |
p53 governs an AT1 differentiation programme in lung cancer suppression
2023-07, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-023-06253-8
PMID:37468633
|
研究论文 | 本研究揭示了p53通过调控肺泡1型细胞分化程序抑制肺腺癌发展的新机制 | 首次发现p53通过促进AT1细胞分化程序来抑制肺癌，揭示了p53在肺泡损伤修复和肿瘤抑制中的双重作用 | 研究主要基于小鼠模型，人类临床相关性需要进一步验证 | 探究p53抑制肺腺癌发展的分子机制 | 肺腺癌细胞、肺泡2型细胞、肺泡1型细胞 | 癌症生物学 | 肺癌 | RNA测序, ATAC测序, 单细胞转录组学 | NA | 基因表达数据, 染色质可及性数据, 单细胞转录组数据 | 表达致癌Kras和不同Trp53等位基因的转基因小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序, bulk RNA-seq, bulk ATAC-seq | NA | NA |
| 10 | 2025-10-05 |
An atlas of healthy and injured cell states and niches in the human kidney
2023-07, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-023-05769-3
PMID:37468583
|
研究论文 | 构建了人类肾脏健康和损伤状态下的高分辨率细胞图谱 | 首次通过多组学方法系统描绘了人类肾脏51种主要细胞类型，包括罕见和未描述细胞群体，并定义了28种肾脏损伤相关的细胞状态 | 样本数量相对有限（45名健康供体和48名患者），且为观察性研究 | 理解肾脏疾病的细胞类型复杂性、分子特征和组织微环境相互作用 | 人类肾脏组织 | 数字病理学 | 肾脏疾病 | 单细胞测序,单核测序,空间成像技术,空间转录组学,3D成像分析 | NA | 单细胞数据,空间转录组数据,成像数据 | 45名健康肾脏供体和48名肾脏疾病患者，超过400,000个细胞/细胞核 | NA | 单细胞RNA测序,单核RNA测序,空间转录组学 | NA | NA |
| 11 | 2025-10-05 |
Spatially resolved multiomics of human cardiac niches
2023-07, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-023-06311-1
PMID:37438528
|
研究论文 | 本研究结合单细胞和空间转录组学数据，揭示了人类心脏八个区域的细胞生态位特征 | 首次在人类心脏中整合单细胞和空间转录组学数据，开发了drug2cell药物靶点预测工具，并发现了心脏传导系统的独特特征 | 研究仅针对人类心脏的八个特定区域，可能未涵盖所有心脏结构 | 探索人类心脏不同区域的细胞生态位和微环境特征 | 人类心脏八个区域的细胞和组织 | 空间转录组学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | 单细胞转录组数据, 空间转录组数据 | 人类心脏八个区域 | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
| 12 | 2025-10-05 |
Heritable transcriptional defects from aberrations of nuclear architecture
2023-07, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-023-06157-7
PMID:37286600
|
研究论文 | 本研究揭示了核结构异常（如微核和染色体桥）会导致可遗传的转录抑制 | 首次发现微核和染色体桥等核结构异常可引起可遗传的转录缺陷，并建立了核结构异常与表观遗传变化之间的直接联系 | 表观遗传变化的异质性渗透机制尚未完全阐明 | 探究癌症中表观遗传变异的机制及其与核结构异常的关系 | 癌细胞中的微核和染色体桥 | 表观遗传学 | 癌症 | 长期活细胞成像，单细胞RNA测序（Look-Seq2） | NA | 基因表达数据，染色质可及性数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 13 | 2025-10-05 |
LRT: Integrative analysis of scRNA-seq and scTCR-seq data to investigate clonal differentiation heterogeneity
2023-07, PLoS computational biology
IF:3.8Q1
DOI:10.1371/journal.pcbi.1011300
PMID:37428794
|
研究论文 | 开发了LRT计算框架，整合分析scRNA-seq和scTCR-seq数据以研究T细胞克隆分化异质性 | 首次提出整合scRNA-seq和scTCR-seq数据的计算方法，能够识别具有不同分化偏倚的克隆型簇 | NA | 探索T细胞克隆分化轨迹异质性 | CD8+ T细胞和CD4+ T细胞 | 生物信息学 | 病毒感染 | 单细胞RNA测序, 单细胞T细胞受体测序 | NA | 单细胞转录组数据, T细胞受体序列数据 | NA | NA | single-cell RNA-seq, single-cell TCR-seq | NA | NA |
| 14 | 2025-10-05 |
Global decoupling of cell differentiation from cell division in early embryo development
2023-Jul-30, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.07.29.551123
PMID:37546736
|
研究论文 | 本研究通过阻断斑马鱼胚胎细胞周期并采用单细胞RNA测序分析，揭示了细胞分化与细胞分裂在早期胚胎发育中的解耦现象 | 首次在胚胎尺度上证明细胞分裂对所有胚胎组织初始细胞类型分化是非必需的，并展示了结合胚胎水平扰动与单细胞RNA测序的新方法 | 研究仅关注早期原肠胚形成至分节结束阶段，未涉及后期发育过程；细胞分裂缺失导致部分细胞类型分化速度减慢和应激反应 | 探究细胞分裂在细胞分化过程中的作用机制 | 斑马鱼早期胚胎 | 发育生物学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 15 | 2025-10-06 |
Excess pancreatic elastase alters acinar-β cell communication by impairing the mechano-signaling and the PAR2 pathways
2023-07-11, Cell metabolism
IF:27.7Q1
DOI:10.1016/j.cmet.2023.05.007
PMID:37339634
|
研究论文 | 本研究探讨胰腺弹性蛋白酶通过损害机械信号传导和PAR2通路调控胰岛β细胞存活的新机制 | 首次发现胰腺弹性蛋白酶在2型糖尿病患者中上调并通过PAR2和机械信号通路负调控β细胞存活 | 研究主要基于体外和动物模型，需要进一步验证在人体中的治疗效果 | 探索胰腺弹性蛋白酶在糖尿病发病机制中的作用及潜在治疗策略 | 人类和啮齿类动物的胰岛β细胞及胰腺腺泡细胞 | 分子生物学 | 糖尿病 | 高通量筛选、磷酸化抗体微阵列、单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据、蛋白质组数据 | 2型糖尿病患者和胰岛素抵抗小鼠的胰腺组织 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 16 | 2025-10-06 |
Emergence of highly profibrotic and proinflammatory Lrat+Fbln2+ HSC subpopulation in alcoholic hepatitis
2023-07-01, Hepatology (Baltimore, Md.)
DOI:10.1002/hep.32793
PMID:36181700
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序在酒精性肝炎小鼠模型中鉴定出一个高纤维化和促炎的Lrat+Fbln2+肝星状细胞亚群 | 首次发现并描述了在酒精性肝炎中出现的Lrat+Fbln2+肝星状细胞亚群，该亚群具有高度纤维化、促炎和免疫调节特性 | 研究主要基于小鼠模型，人类样本验证相对有限 | 识别酒精性肝炎中胶原蛋白1α1表达细胞的亚群，特别是肝星状细胞和门静脉成纤维细胞的作用 | 小鼠酒精性肝炎模型和人类酒精性肝炎患者样本 | 单细胞生物学 | 酒精性肝炎 | 单细胞RNA测序, 免疫组织化学, 原位杂交, 流式细胞分选 | NA | 单细胞RNA测序数据, 免疫组织化学图像, 原位杂交数据 | Col1a1-GFP转基因小鼠，接受酒精性肝炎、CCl4和胆管结扎处理 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 17 | 2025-10-06 |
CONSTRUCTION OF SEPSIS DIAGNOSTIC MODELS AND IDENTIFICATION OF MACROPHAGE SUBPOPULATIONS BASED ON PYROPTOSIS-RELATED GENES
2023-07-01, Shock (Augusta, Ga.)
DOI:10.1097/SHK.0000000000002137
PMID:37179249
|
研究论文 | 基于焦亡相关基因构建脓毒症诊断模型并鉴定巨噬细胞亚群 | 首次结合bulk RNA-seq和单细胞RNA-seq数据系统分析焦亡相关基因在脓毒症中的作用，并鉴定出与不良预后相关的gasdermin D巨噬细胞亚群 | 基于公共数据库的回顾性分析，需要进一步实验验证 | 研究焦亡在脓毒症中的潜在预后和诊断价值 | 脓毒症患者基因表达数据 | 生物信息学 | 脓毒症 | bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq | 逻辑回归, LASSO回归, 共识聚类分析 | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 18 | 2025-10-06 |
High EVI1 and PARP1 expression as favourable prognostic markers in high-grade serous ovarian carcinoma
2023-Jul-31, Journal of ovarian research
IF:3.8Q1
DOI:10.1186/s13048-023-01239-6
PMID:37525239
|
研究论文 | 本研究探讨EVI1和PARP1蛋白表达作为高级别浆液性卵巢癌预后标志物的价值 | 首次发现EVI1和PARP1共同高表达可识别预后特别良好的患者群体 | 研究基于回顾性队列，需要进一步验证其临床适用性 | 评估EVI1和PARP1在高级别浆液性卵巢癌中的预后意义 | 562名高级别浆液性卵巢癌患者 | 数字病理学 | 卵巢癌 | 免疫组织化学染色,单细胞测序,拷贝数变异分析 | NA | 组织微阵列图像,基因表达数据,蛋白质表达数据 | 562例高级别浆液性卵巢癌患者组织样本 | NA | 免疫组织化学,单细胞测序 | QuPath | QuPath数字半自动阳性细胞检测 |
| 19 | 2025-10-06 |
The expression profiles of signature genes from CD103+LAG3+ tumour-infiltrating lymphocyte subsets predict breast cancer survival
2023-07-24, BMC medicine
IF:7.0Q1
DOI:10.1186/s12916-023-02960-1
PMID:37488535
|
研究论文 | 本研究通过单细胞转录组分析鉴定了CD103+LAG3+肿瘤浸润淋巴细胞亚群，并开发了基于CXCL13和BIRC3基因的预后模型来预测乳腺癌患者生存 | 首次识别了CD103+LAG3+ TIL亚群并建立了基于这两个基因的预后模型，能够预测乳腺癌患者的免疫治疗反应和化疗敏感性 | 研究主要基于回顾性数据分析，需要进一步的前瞻性研究验证模型的临床适用性 | 开发乳腺癌预后预测模型并探索肿瘤浸润淋巴细胞亚群在乳腺癌中的作用 | 乳腺癌患者和肿瘤浸润淋巴细胞亚群 | 生物信息学 | 乳腺癌 | 单细胞转录组测序，多重免疫组织化学，LASSO回归，Cox分析 | 预后预测模型 | 转录组数据，单细胞数据 | 训练队列1089例乳腺癌患者，验证队列3619例乳腺癌患者 | NA | 单细胞RNA-seq，转录组测序 | NA | NA |
| 20 | 2025-10-06 |
Distinct Requirements for Adaptor Proteins NCK1 and NCK2 in Mammary Gland Development
2023-07-21, Journal of mammary gland biology and neoplasia
IF:3.0Q2
DOI:10.1007/s10911-023-09541-1
PMID:37479911
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和基因敲除小鼠模型揭示了衔接蛋白NCK1和NCK2在乳腺发育中的不同表达模式和功能需求 | 首次系统比较NCK1和NCK2在乳腺发育中的差异表达和功能，发现两者在细胞类型特异性表达和发育表型上存在显著差异 | 研究仅使用全局基因敲除模型，可能受到代偿机制影响；未深入探讨NCK蛋白在乳腺癌中的具体作用机制 | 探究NCK1和NCK2在乳腺发育过程中的表达分布和功能差异 | 小鼠乳腺组织 | 发育生物学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序，基因敲除 | 基因敲除小鼠模型 | 基因表达数据，组织形态数据 | 不同发育阶段（5、8、12周龄）的基因敲除小鼠 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |