单细胞与空转测序相关文章
本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得，供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ，每日自动更新，已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理，可能存在错误或遗漏，请使用时务必注意核实！
如有建议或合作意向，欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布，欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错，还请不吝 给我打赏，你的支持是我继续创新的重要动力！
添加微信请说明来意
微信赞赏
除通过在线浏览外，为方便用户离线查阅，本站也提供 付费下载（定价10元）。之所以考虑收费，是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的，还请理解并多多支持。本站数据会持续更新，而仅需一次付费，未来就可以随时重新下载到最新版本数据。
当前共找到 409 篇文献，本页显示第 161 - 180 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 161 | 2024-08-05 |
Elevated levels of MMP12 sourced from macrophages are associated with poor prognosis in urothelial bladder cancer
2023-Jun-30, BMC cancer
IF:3.4Q2
DOI:10.1186/s12885-023-11100-0
PMID:37391708
|
研究论文 | 本研究评估了来自巨噬细胞的MMP12水平与尿路上皮膀胱癌预后之间的关系 | 提出MMP12作为一种重要的生物标志物，提供了对周围微环境影响的新的见解 | 该研究的结果在转录组微阵列数据中未得到证实 | 评估MMP12在尿路上皮膀胱癌患者中作为预后生物标志物的潜力 | 研究对象包括90名新确诊且未接受过治疗的膀胱癌患者 | 数字病理学 | 膀胱癌 | 免疫肿瘤学多重接近扩展测定 | 随机森林生存分析和多变量回归分析 | 血浆和尿液样本 | 90名膀胱癌患者的血浆样本和40个尿液样本 |
| 162 | 2024-08-07 |
Cell type matching across species using protein embeddings and transfer learning
2023-06-30, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btad248
PMID:37387141
|
研究论文 | 本文介绍了一种名为TACTiCS的模型，用于跨物种分析中的细胞类型转移和匹配 | TACTiCS模型利用自然语言处理模型匹配基因的蛋白质序列，并通过神经网络和迁移学习在不同物种间传播细胞类型标签，从而在跨物种细胞类型匹配中表现优异 | NA | 旨在解决跨物种细胞类型匹配的问题，以便更好地将实验结果从啮齿类动物翻译到人类 | 人类、小鼠和狨猴的初级运动皮层scRNA-seq数据 | 自然语言处理 | NA | scRNA-seq | 神经网络 | 序列 | 涉及人类、小鼠和狨猴的初级运动皮层数据 |
| 163 | 2024-08-07 |
CellBRF: a feature selection method for single-cell clustering using cell balance and random forest
2023-06-30, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btad216
PMID:37387178
|
研究论文 | 本文介绍了一种名为CellBRF的特征选择方法，该方法利用细胞平衡和随机森林来提高单细胞聚类的准确性和可解释性 | CellBRF通过考虑基因对细胞类型的相关性，并采用类平衡策略来减轻不平衡细胞类型分布对特征重要性评估的影响，从而提高了单细胞聚类的性能 | NA | 提高单细胞RNA测序数据聚类的准确性和细胞邻域一致性 | 单细胞RNA测序数据中的细胞亚群识别 | 生物信息学 | NA | scRNA-seq | 随机森林 | 基因表达数据 | 33个scRNA-seq数据集 |
| 164 | 2024-08-07 |
Atoh1 drives the heterogeneity of the pontine nuclei neurons and promotes their differentiation
2023-06-30, Science advances
IF:11.7Q1
DOI:10.1126/sciadv.adg1671
PMID:37390208
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序探讨了Atoh1在脑桥核神经元发育中的细胞状态特异性功能 | 发现了六种先前未知的脑桥核神经元亚型，这些亚型在分子和空间上具有独特性 | NA | 阐明Atoh1在脑桥核神经元发育中的作用及其对神经元亚型多样性的影响 | 脑桥核神经元及其亚型 | 神经科学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 小鼠模型 |
| 165 | 2024-08-05 |
Comprehensive analysis of angiogenesis pattern and related immune landscape for individual treatment in osteosarcoma
2023-Jun-29, NPJ precision oncology
IF:6.8Q1
DOI:10.1038/s41698-023-00415-7
PMID:37386055
|
研究论文 | 本研究深入探讨了骨肉瘤的血管生成模式及相关免疫微环境，以构建预后模型ANGscore | 通过综合分析血管生成基因的表达模式，建立了新的ANGscore系统，能够准确区分骨肉瘤人群的预后和免疫特征 | 本研究未详细讨论ANGscore在不同癌症类型中的适用性 | 探索骨肉瘤的血管生成模式和免疫微环境，以预测预后与免疫治疗反应 | 骨肉瘤患者及其免疫微环境中的细胞 | 数字病理学 | 骨肉瘤 | RNA-seq | NA | 生物数据 | 多个数据集，包括bulk RNA-seq和单细胞RNA-seq数据集 |
| 166 | 2024-08-05 |
Multiomics data analyses to identify SLC25A17 as a novel biomarker to predict the prognosis and immune microenvironment in head and neck squamous cell carcinoma
2023-Jun-29, BMC bioinformatics
IF:2.9Q1
DOI:10.1186/s12859-023-05399-6
PMID:37386359
|
研究论文 | 本研究旨在探索SLC25A17在头颈鳞状细胞癌(HNSCC)预后和肿瘤微环境中的预测价值 | 首次提出SLC25A17作为HNSCC患者预后和免疫微环境的新生物标志物 | 未提及具体的样本量和添加的外部验证结果的局限性 | 研究SLC25A17对HNSCC患者预后和肿瘤微环境的预测能力 | HNSCC患者的SLC25A17表达及其与预后的关系 | 数字病理学 | 头颈癌 | 单细胞RNA测序，基因集富集分析 | Cox比例风险模型 | 生物标志物表达数据，临床信息 | 未具体提及，但包含TCGA数据和GSE65858队列的患者 |
| 167 | 2024-08-05 |
Single-cell transcriptomics uncovers EGFR signaling-mediated gastric progenitor cell differentiation in stomach homeostasis
2023-06-29, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-023-39113-0
PMID:37386010
|
研究论文 | 该研究利用单细胞转录组学揭示了EGFR信号介导的胃祖细胞分化在胃稳态中的作用 | 本研究首次发现EGFR信号在正常胃稳态中具有促分化功能，而不是促增殖功能 | 尚未深入探讨EGFR信号在不同胃病中的作用 | 研究胃祖细胞在健康状态下的多谱系分化机制 | 健康成年小鼠的胃组织中的祖细胞分化 | 数字病理学 | 胃癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 健康成年小鼠的胃组织样本 |
| 168 | 2024-08-05 |
A novel approach for the analysis of single-cell RNA sequencing identifies TMEM14B as a novel poor prognostic marker in hepatocellular carcinoma
2023-06-28, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-023-36650-y
PMID:37380717
|
研究论文 | 提出了一种新方法分析单细胞RNA测序，确定TMEM14B作为肝细胞癌的新预后标志物 | 开发了一种物理链接和共表达组合网络构建方法（PLACE），用于快速分析基因组测序数据集 | 研究中的某些数据可能仅限于特定的样本集，缺乏更广泛的验证 | 识别肝细胞癌患者的关键基因以改进预后评估 | 选取了来自肝细胞癌患者的单细胞测序数据 | 数字病理学 | 肝癌 | 单细胞RNA测序 | PLACE方法 | 基因组数据 | 使用了GSE149614数据集的样本 |
| 169 | 2024-08-07 |
Chronic social defeat alters brain vascular-associated cell gene expression patterns leading to vascular dysfunction and immune system activation
2023-Jun-28, Journal of neuroinflammation
IF:9.3Q1
DOI:10.1186/s12974-023-02827-5
PMID:37380974
|
研究论文 | 研究探讨了慢性社会挫败（CSD）对大脑血管相关细胞基因表达模式的影响，导致血管功能障碍和免疫系统激活 | 开发了一种新技术来分离大脑屏障相关细胞，并进行了单细胞RNA测序，以研究大脑血管相关细胞（BVACs）在健康和疾病中的作用 | NA | 研究大脑血管完整性在脑健康中的作用，以及其在心理疾病中的影响 | 大脑血管相关细胞（BVACs）及其在慢性社会挫败（CSD）下的基因表达模式 | 神经科学 | 精神疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 使用CSD和非应激对照的小鼠模型 |
| 170 | 2024-08-07 |
Intrahepatic macrophage reprogramming associated with lipid metabolism in hepatitis B virus-related acute-on-chronic liver failure
2023-06-28, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-023-04294-1
PMID:37380987
|
研究论文 | 本研究探讨了慢性乙型肝炎相关急性慢性肝衰竭（ACLF）中肝脏内巨噬细胞的重编程与脂质代谢的关系 | 首次揭示了ACLF中肝脏内巨噬细胞的免疫抑制功能及其与脂质代谢的关联 | NA | 描绘ACLF期间肝脏的免疫微环境，并探索脂质代谢紊乱对免疫的作用 | 肝脏非实质细胞（NPCs）和外周血单个核细胞（PBMCs） | NA | 肝脏疾病 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 基因表达数据 | 健康对照组、肝硬化患者和ACLF患者的肝脏非实质细胞及外周血单个核细胞 |
| 171 | 2024-08-07 |
Integrative analysis of single-cell and bulk RNA sequencing unveils the senescence landscape in ischemic stroke
2023-06-28, Aging
DOI:10.18632/aging.204804
PMID:37382646
|
研究论文 | 本研究通过综合分析单细胞和批量RNA测序数据，揭示了缺血性中风中的衰老景观 | 本研究首次通过综合分析多个数据集的转录组数据，识别了与衰老相关的关键基因，并验证了其在缺血性中风病理过程中的作用 | NA | 探索细胞衰老在缺血性中风病理过程中的潜在作用 | 缺血性中风中的细胞衰老及相关基因 | 数字病理学 | 中风 | RNA测序 | NA | RNA测序数据 | 多个数据集（GSE163654, GSE16561, GSE119121, GSE174574） |
| 172 | 2024-08-07 |
Identification of potential biomarkers for idiopathic pulmonary fibrosis and validation of TDO2 as a potential therapeutic target
2023-Jun-26, World journal of cardiology
IF:1.9Q3
DOI:10.4330/wjc.v15.i6.293
PMID:37397828
|
研究论文 | 本研究通过公共数据集识别特发性肺纤维化（IPF）患者与健康捐赠者之间的差异表达基因，并验证TDO2作为潜在治疗靶点的有效性 | 发现TDO2在IPF患者中上调并预测不良预后，且在单细胞RNA测序数据中在肺泡成纤维细胞中显著富集，表明TDO2可能参与增殖和生存的调控 | NA | 探索IPF治疗的新枢纽基因 | 特发性肺纤维化（IPF）患者 | 数字病理学 | 肺纤维化 | 定量实时聚合酶链反应 | NA | RNA测序数据 | 实验中使用了IPF患者和健康捐赠者的样本，以及TGF-β诱导的肺纤维化小鼠模型 |
| 173 | 2024-08-05 |
GENE EXPRESSION WITHIN A HUMAN CHOROIDAL NEOVASCULAR MEMBRANE USING SPATIAL TRANSCRIPTOMICS
2023-Jun-17, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.06.16.544770
PMID:37398429
|
研究论文 | 本研究通过空间转录组学分析了人类眼睛中与年龄相关的黄斑变性相关的黄斑新生血管膜内的基因表达 | 首次使用空间RNA测序技术揭示了黄斑新生血管化区域内不同细胞类型的基因表达变化 | 该研究仅基于有限的样本量，主要为单一供体的眼睛 | 探究年龄相关性黄斑变性中的黄斑新生血管化过程中的基因表达变化 | 对比分析黄斑新生血管化患者与健康供体眼睛的基因表达 | 数字病理学 | 年龄相关性黄斑变性 | 空间RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 1个黄斑新生血管化供体和1个健康供体 |
| 174 | 2024-08-05 |
SCS: cell segmentation for high-resolution spatial transcriptomics
2023-Jun-16, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.01.11.523658
PMID:37398213
|
研究论文 | 本文提出了SCS，一种结合成像数据和测序数据以提高细胞分割准确性的技术 | SCS使用变换器神经网络自适应地学习每个点相对于其细胞中心的位置，从而提高细胞分割精度 | 传统的基于图像的分割方法存在限制，未充分利用空间转录组学提供的信息 | 提高高分辨率空间转录组学中的细胞分割精度 | 测试SCS在两种新型亚细胞空间转录组学技术中的表现 | 数字病理学 | NA | 空间转录组学 | 变换器神经网络 | 成像数据和测序数据 | NA |
| 175 | 2024-08-05 |
Combined near infrared photoacoustic imaging and ultrasound detects vulnerable atherosclerotic plaque
2023-Jun-12, medRxiv : the preprint server for health sciences
DOI:10.1101/2023.06.11.23291099
PMID:37398016
|
研究论文 | 本文展示了近红外光声成像与超声结合用于检测易损斑块 | 文章创新性地将近红外光声成像与超声成像结合，以区分稳定与易损斑块 | 目前的研究仅限于25名患者的切除斑块 | 研究目的在于有效识别和表征动脉粥样硬化斑块的形态和脆弱性 | 研究对象为25名患者的动脉粥样硬化斑块样本 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 近红外光声成像 | NA | 斑块样本 | 25个切除的斑块样本 |
| 176 | 2024-08-05 |
Spatially resolved expression landscape and gene-regulatory network of human gastric corpus epithelium
2023-06-07, Protein & cell
IF:13.6Q1
DOI:10.1093/procel/pwac059
PMID:37402315
|
研究论文 | 文章揭示了人类胃体上皮的空间表达景观和基因调控网络 | 首次系统性地分析了人类胃体上皮的细胞多样性和稳态 | 研究可能缺乏对胃体其他区域的广泛性分析 | 揭示人类胃体上皮的分子特征和基因调控机制 | 研究了人类胃体上皮细胞及其干/前体细胞群体 | 数字病理学 | 胃癌 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq)、空间转录组学、单细胞可接触染色质测序(scATAC-seq) | NA | NA | NA |
| 177 | 2024-08-05 |
Single-cell sequencing of individual retinal organoids reveals determinants of cell fate heterogeneity
2023-Jun-03, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.05.31.543087
PMID:37398481
|
研究论文 | 本文探讨了利用单细胞测序分析视网膜类器官中细胞命运异质性的决定因素 | 创新地应用了sci-Plex方法来扩展对视网膜类器官细胞组成的分析 | 当前技术对处理条件的限制阻碍了类器官异质性的研究 | 研究类器官的异质性及其对人类发展和疾病模型的贡献 | 视网膜类器官及其细胞类别的组成 | 数字病理学 | NA | RNA-seq | NA | 细胞组成数据 | 410个类器官 |
| 178 | 2024-08-07 |
Single-cell lineage tracing reveals hierarchy and mechanism of adipocyte precursor maturation
2023-Jun-03, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.06.01.543318
PMID:37398135
|
研究论文 | 研究通过单细胞RNA测序技术揭示了皮肤中脂肪细胞前体细胞的特征及其成熟机制 | 发现了新的未成熟前脂肪细胞群体，揭示了前体细胞的分化潜能偏向性，并首次识别出Sox9作为驱动前体细胞向脂肪细胞分化的关键因子 | NA | 探究脂肪细胞前体细胞的成熟过程及其分子机制 | 皮肤中的脂肪细胞前体细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 具体样本数量未提及 |
| 179 | 2024-08-07 |
Boosting Single-Cell RNA Sequencing Analysis with Simple Neural Attention
2023-Jun-01, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.05.29.542760
PMID:37398136
|
研究论文 | 本文介绍了一种名为scANNA的新型可解释深度学习模型，用于单细胞RNA测序研究，利用神经注意力学习基因关联 | scANNA模型通过神经注意力机制提高了单细胞RNA测序分析的可解释性，并能在不重新训练的情况下进行下游分析 | 当前深度学习方法在单细胞RNA测序分析中缺乏可解释性，且现有流程是为特定任务设计的，不适用于分析的不同阶段 | 开发一种可解释的深度学习模型，以提高单细胞RNA测序分析的效率和可解释性 | 单细胞RNA测序数据分析 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 神经注意力模型 | 基因表达数据 | NA |
| 180 | 2024-08-07 |
Human PBMC scRNA-seq-based aging clocks reveal ribosome to inflammation balance as a single-cell aging hallmark and super longevity
2023-06-28, Science advances
IF:11.7Q1
DOI:10.1126/sciadv.abq7599
PMID:37379396
|
研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序数据构建了一个基于人类外周血单个核细胞（PBMC）的衰老时钟模型，揭示了超级长寿者中由高核糖体水平和低炎症状态构成的单细胞衰老标志 | 首次在单细胞水平上构建了衰老时钟模型，并发现了超级长寿者中高核糖体水平与低炎症状态的关联 | 研究样本量较小，仅包括28个样本和7个超级长寿者 | 量化衰老速率，评估与年龄相关的衰退和死亡率 | 超级长寿者的外周血单个核细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | 衰老时钟模型 | 单细胞RNA测序数据 | 28个样本和7个超级长寿者 |