单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 417 篇文献，本页显示第 141 - 160 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 141 | 2024-08-05 |
Single-cell RNA sequencing identifies response of renal lymphatic endothelial cells to acute kidney injury
2023-Jun-14, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.06.09.544380
PMID:37333313
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研究论文 | 该文章通过单细胞RNA测序鉴定了肾脏淋巴内皮细胞对急性肾损伤的反应 | 首次对小鼠肾脏淋巴内皮细胞亚群进行了特征描述，并揭示了它们在急性肾损伤中的基因变化 | 研究主要集中在小鼠模型上，可能无法完全代表人类情况 | 研究肾脏淋巴内皮细胞在急性肾损伤中的响应 | 小鼠肾脏淋巴内皮细胞亚群 | 数字病理学 | 肾脏疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 涉及小鼠模型的不同急性肾损伤类型的淋巴内皮细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 142 | 2024-08-05 |
Single-cell transcriptional landscapes of bovine peri-implantation development
2023-Jun-14, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.06.13.544813
PMID:37398069
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研究论文 | 该文章展示了牛的胚胎植入前发育过程中单细胞转录组的全景视图 | 发现了一种之前未被认识的原始滋养层细胞谱系，负责牛的妊娠维持 | 没有提供具体的样本量信息 | 全面理解牛的植入前发育中的细胞层次及其分子机制 | 牛的植入前胚胎在不同发育阶段的细胞组成和基因表达 | 数字病理学 | NA | 单细胞转录组测序 | NA | 转录组数据 | 不同发育阶段（第12、14、16和18天）的单细胞样本 | NA | NA | NA | NA |
| 143 | 2024-08-05 |
Lactate from glycolysis regulates inflammatory macrophage polarization in breast cancer
2023-Jun, Cancer immunology, immunotherapy : CII
DOI:10.1007/s00262-023-03382-x
PMID:36729212
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研究论文 | 乳腺癌中，来自糖酵解的乳酸调节炎症性巨噬细胞的极化 | 本文揭示了糖酵解产生的乳酸如何影响乳腺癌中巨噬细胞的极化模式 | 该研究主要基于细胞水平的数据，临床验证仍需进一步研究 | 探讨乳腺癌中乳酸的来源及其对炎症巨噬细胞极化的影响 | 主要研究乳腺癌细胞及其与免疫细胞的相互作用 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 多组学数据分析、单细胞转录组分析、临床数据分析、体外实验 | NA | RNA、细胞 | 22种免疫细胞与临床数据分析 | NA | NA | NA | NA |
| 144 | 2024-08-05 |
CXCL9 influences the tumor immune microenvironment by stimulating JAK/STAT pathway in triple-negative breast cancer
2023-Jun, Cancer immunology, immunotherapy : CII
DOI:10.1007/s00262-022-03343-w
PMID:36472587
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研究论文 | 这项研究探讨了CXCL9在三阴性乳腺癌中的作用及其对肿瘤免疫微环境的影响 | 发现CXCL9通过刺激JAK/STAT信号通路在三阴性乳腺癌中影响肿瘤免疫微环境，并可能作为临床预后和免疫治疗疗效的生物标志物 | 研究未提及样本规模和临床数据的全面性 | 探讨CXCL9在三阴性乳腺癌中对肿瘤免疫微环境的影响 | 研究对象为三阴性乳腺癌中的M1和M2巨噬细胞 | 数字病理学 | 三阴性乳腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA序列数据 | 在研究中包含了三阴性乳腺癌样本，但具体样本数量未提及 | NA | NA | NA | NA |
| 145 | 2024-08-07 |
Single-Cell RNA Sequencing of Sox17-Expressing Lineages Reveals Distinct Gene Regulatory Networks and Dynamic Developmental Trajectories
2023-06-15, Stem cells (Dayton, Ohio)
DOI:10.1093/stmcls/sxad030
PMID:37085274
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研究论文 | 本研究通过结合双色时间线追踪策略和单细胞RNA测序，分析了Sox17表达谱系中的6934个细胞，揭示了不同的基因调控网络和动态发育轨迹。 | 开发了一种双色时间线追踪策略，结合单细胞RNA测序技术，深入分析了Sox17在发育中的内胚层和内皮细胞中的功能。 | NA | 旨在更好地理解Sox17在发育中的内胚层和内皮细胞中的功能。 | Sox17表达谱系中的细胞，特别是内胚层和内皮细胞。 | 基因调控 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 6934个细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 146 | 2024-08-04 |
Single-cell analysis reveals the multiple patterns of immune escape in the nasopharyngeal carcinoma microenvironment
2023-06, Clinical and translational medicine
IF:7.9Q1
DOI:10.1002/ctm2.1315
PMID:37349991
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研究论文 | 该研究揭示了鼻咽癌微环境中免疫逃逸的多种模式。 | 首次识别了特定于鼻咽癌微环境的CD8+自然杀伤细胞集群，并展示了肿瘤细胞中主要组织相容性复合体分子的丧失等免疫逃逸机制。 | 该技术未能捕捉到上皮/肿瘤细胞，限制了对肿瘤异质性和免疫逃逸的进一步研究。 | 分析鼻咽癌肿瘤细胞的转录组和空间特性。 | 鼻咽癌肿瘤细胞。 | 数字病理学 | 鼻咽癌 | scRNA/snRNA-seq和成像质谱细胞术 | NA | 转录组数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 147 | 2024-08-07 |
NMFClustering: Accessible NMF-based clustering utilizing GPU acceleration
2023-Jun-27, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.06.16.545370
PMID:37398372
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研究论文 | 本文介绍了一种基于非负矩阵分解（NMF）的聚类方法，通过GPU加速提高了计算效率 | 实现了基于NMF的聚类方法在GPU计算节点上的运行，使用Cupy库和消息传递接口（MPI），显著减少了计算时间 | NA | 旨在解决非负矩阵分解在处理大规模基因表达数据时的计算密集问题 | 基因表达数据，特别是单细胞RNA测序（scRNA-seq）计数矩阵 | 生物信息学 | NA | 非负矩阵分解（NMF） | NA | 基因表达数据 | 涉及数万个基因的高维数据集 | NA | NA | NA | NA |
| 148 | 2024-08-07 |
The Poisson distribution model fits UMI-based single-cell RNA-sequencing data
2023-Jun-17, BMC bioinformatics
IF:2.9Q1
DOI:10.1186/s12859-023-05349-2
PMID:37330471
|
研究论文 | 本文提出了一种基于独立泊松分布（IPD）的单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据建模方法，通过引入一种新的数据表示方法——从简单均匀IPD的偏离（DIPD）来捕捉细胞簇生成的每个基因每个细胞的内在异质性 | 本文的创新点在于提出了一种新的数据表示方法DIPD，用于捕捉细胞簇生成的每个基因每个细胞的内在异质性，并展示了该方法在发现新的细胞亚型方面的优势 | NA | 改进单细胞RNA测序数据的建模方法，以更好地支持下游数据分析 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 泊松分布模型 | 基因表达数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 149 | 2024-08-04 |
Wnt signaling preserves progenitor cell multipotency during adipose tissue development
2023-06, Nature metabolism
IF:18.9Q1
DOI:10.1038/s42255-023-00813-y
PMID:37337125
|
研究论文 | 该文章研究了Wnt信号在脂肪组织发育过程中如何维持祖细胞的多能性 | 本研究揭示了Wnt信号激活在祖细胞维持中的重要作用，并识别了一种新的细胞类型，即结构性Wnt调节的脂肪组织细胞 | 该研究主要基于人类祖细胞的单细胞转录组学数据，可能在其它类型细胞中的普遍性尚待验证 | 探讨在慢性分化压力下，间充质干细胞/祖细胞的维持机制 | 人类祖细胞及其在脂肪组织发育过程中的变化 | 数字病理学 | NA | 单细胞转录组学 | NA | 转录组数据 | 人类祖细胞的单细胞数据 | NA | NA | NA | NA |
| 150 | 2024-08-04 |
CD168+ macrophages promote hepatocellular carcinoma tumor stemness and progression through TOP2A/β-catenin/YAP1 axis
2023-Jun-16, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2023.106862
PMID:37275516
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研究论文 | 本研究探讨了肝癌干样细胞的起源及TOP2A/β-catenin/YAP1轴在肝细胞癌干性和进展中的作用 | 首次揭示了M2样巨噬细胞对肝癌干样细胞的调控及TOP2A/β-catenin/YAP1轴在肝细胞癌干性中的关键作用 | 研究未全面评估其他免疫细胞在肝细胞癌干样细胞中的作用 | 探究肝癌干样细胞的起源及其在肝细胞癌进展中的机制 | 肝细胞癌干样细胞及其微环境中的M2样巨噬细胞 | 数字病理学 | 肝癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 空间转录组数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 151 | 2024-08-07 |
Prolonged response after TPO-RA discontinuation in primary ITP: results of a prospective multicenter study
2023-06-08, Blood
IF:21.0Q1
DOI:10.1182/blood.2022018665
PMID:36893453
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研究论文 | 本研究探讨了在停止使用血小板生成素受体激动剂（TPO-RA）后，原发性免疫性血小板减少症（ITP）患者持续无治疗的反应情况 | 发现单细胞RNA测序揭示了在TPO-RA停药后无持续反应的患者中，CD8+ T细胞中肿瘤坏死因子α信号通过NF-κB途径的富集，以及CD69在基线时在这些患者中的过度表达 | 未发现显著的临床预测因子来预测第24周的无治疗持续反应 | 评估原发性ITP患者在TPO-RA停药后的持续无治疗反应 | 持续或慢性原发性ITP成年患者，且在TPO-RAs治疗下完全反应 | NA | 免疫性血小板减少症 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | 48名患者 | NA | NA | NA | NA |
| 152 | 2024-08-07 |
A single-cell atlas identifies pretreatment features of primary imatinib resistance in chronic myeloid leukemia
2023-06-01, Blood
IF:21.0Q1
DOI:10.1182/blood.2022017295
PMID:36857629
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术，识别了慢性髓性白血病中伊马替尼原发性耐药的前治疗特征 | 首次通过单细胞RNA测序技术揭示了慢性髓性白血病中伊马替尼耐药的关键细胞特征和基因表达模式 | 研究主要集中在伊马替尼耐药的预后特征，未涉及其他治疗方案的耐药机制 | 探讨慢性髓性白血病中伊马替尼原发性耐药的分子机制 | 慢性髓性白血病患者的骨髓样本，特别是白血病干细胞和自然杀伤细胞 | 数字病理学 | 白血病 | 单细胞RNA测序 | 机器学习 | 基因表达数据 | 多个慢性髓性白血病患者的骨髓样本 | NA | NA | NA | NA |
| 153 | 2024-08-07 |
Single-cell expression profile of Drosophila ovarian follicle stem cells illuminates spatial differentiation in the germarium
2023-06-20, BMC biology
IF:4.4Q1
DOI:10.1186/s12915-023-01636-9
PMID:37340484
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研究论文 | 本文利用单细胞RNA测序技术分析了果蝇卵巢滤泡干细胞及其邻近细胞类型的基因表达模式，以研究干细胞群体内的异质性和与分化相关的变化 | 首次使用单细胞RNA测序技术对果蝇卵巢滤泡干细胞及其邻近细胞类型进行基因表达分析，揭示了干细胞群体的空间分化模式 | NA | 研究干细胞群体在成年组织中的组织和调控机制，以及这些机制如何影响癌症起源和细胞替代策略的开发 | 果蝇卵巢滤泡干细胞及其邻近细胞类型 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 包括滤泡干细胞及其邻近细胞类型（护送细胞和滤泡细胞）的预分类细胞群体 | NA | NA | NA | NA |
| 154 | 2024-08-04 |
Debiased personalized gene coexpression networks for population-scale scRNA-seq data
2023-06, Genome research
IF:6.2Q1
DOI:10.1101/gr.277363.122
PMID:37295843
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研究论文 | 本文提出了一种名为Dozer的方法，用于修正来自scRNA-seq数据集的基因-基因相关性估计。 | Dozer能够消除来自低稀疏表达基因的相关性估计偏差，并能准确量化个体间的网络级变异。 | 尽管Dozer在多种情况下表现出鲁棒性，但仍可能受到技术限制和数据噪声的影响。 | 本研究旨在估计个性化的基因共表达网络，以便在单细胞RNA-seq数据中量化表达变异。 | 研究对象包括来自不同个体的人诱导多能干细胞和阿尔茨海默病后人类组织提取的少突胶质细胞。 | 数字病理学 | 阿尔茨海默病 | 单细胞RNA测序 | 普瓦松测量模型 | 基因表达数据 | 涉及不同个体的多条人诱导多能干细胞系和人类组织样本 | NA | NA | NA | NA |
| 155 | 2024-08-07 |
Single-cell transcriptome analysis reveals endometrial immune microenvironment in minimal/mild endometriosis
2023-06-05, Clinical and experimental immunology
IF:3.4Q3
DOI:10.1093/cei/uxad029
PMID:36869723
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组分析，揭示了极轻度/轻度子宫内膜异位症患者的子宫内膜免疫微环境特征 | 首次在单细胞分辨率下系统地分析了子宫内膜异位症患者的子宫内膜白细胞类型、炎症环境和受损的容受性 | 样本量相对较小，可能影响结果的普遍性 | 旨在系统地理解子宫内膜异位症患者的子宫内膜白细胞类型、炎症环境和受损的容受性 | 子宫内膜异位症患者和对照组的子宫内膜细胞 | 数字病理学 | 妇科疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 138,057个子宫内膜细胞，来自6名子宫内膜异位症患者和7名对照组 | NA | NA | NA | NA |
| 156 | 2024-08-05 |
Approaches for single-cell RNA sequencing across tissues and cell types
2023 Jun-Oct, Transcription
DOI:10.1080/21541264.2023.2200721
PMID:37062951
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综述 | 本文回顾了单细胞RNA测序(scRNA-seq)技术及其方法。 | 提供了关于单细胞RNA测序技术的全面评述和实验室最佳实践的指导。 | 未详细描述特定技术的应用案例和实验数据。 | 旨在为单细胞RNA测序技术建立稳健的工作流程和最新的协议。 | 涵盖各类组织和细胞类型的单细胞RNA测序方法。 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | RNA数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 157 | 2024-08-05 |
Understanding spatiotemporal coupling of gene expression using single molecule RNA imaging technologies
2023 Jun-Oct, Transcription
DOI:10.1080/21541264.2023.2199669
PMID:37050882
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研究论文 | 本文概述了使用单分子RNA成像技术定量理解基因表达的最新进展 | 提出了先进成像技术如何揭示从转录到降解的mRNA生命过程之间的协调关系 | 对未来挑战的讨论尚不够深入 | 提高对基因表达中转录和后转录事件的时空耦合的理解 | 主要关注mRNA在单细胞中的表达监测 | 数字病理学 | NA | 单分子RNA成像技术 | NA | 图像 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 158 | 2024-08-04 |
Spatial transcriptomics stratifies psoriatic disease severity by emergent cellular ecosystems
2023-06-08, Science immunology
IF:17.6Q1
DOI:10.1126/sciimmunol.abq7991
PMID:37267384
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研究论文 | 本研究通过空间转录组学分析剖析了银屑病的严重程度与细胞生态系统的关系 | 首次通过空间转录组学揭示了健康皮肤和炎症皮肤之间免疫微环境的显著差异 | 尚未深入探讨银屑病对其他系统性疾病的影响 | 研究银屑病的细胞组学及其在不同严重程度下的差异 | 25个健康、活跃病变和临床未涉及的皮肤活检样本 | 数字病理学 | 银屑病 | 空间转录组学 | NA | 组织样本 | 25个皮肤活检样本 | NA | NA | NA | NA |
| 159 | 2024-08-07 |
IL-11 induces NLRP3 inflammasome activation in monocytes and inflammatory cell migration to the central nervous system
2023-06-27, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2221007120
PMID:37339207
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研究论文 | 本研究探讨了IL-11诱导的炎症细胞向中枢神经系统迁移的机制 | 首次报道IL-11在复发缓解型多发性硬化症患者中增加，并通过αIL-11 mAb治疗减少炎症和脱髓鞘 | NA | 研究IL-11诱导的炎症细胞向中枢神经系统迁移的机制 | IL-11在复发缓解型多发性硬化症患者中的作用及其治疗潜力 | NA | 多发性硬化症 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 包括复发缓解型多发性硬化症患者和健康对照者的外周血单个核细胞及脑脊液细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 160 | 2024-08-07 |
EZH2 inhibition promotes tumor immunogenicity in lung squamous cell carcinomas
2023-Jun-08, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.06.06.543919
PMID:37333199
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研究论文 | 本研究探讨了EZH2甲基转移酶抑制剂在肺鳞状细胞癌（LSCC）中增强免疫检查点抑制剂（ICI）反应的可能性 | 首次证明EZH2抑制剂能增加主要组织相容性复合体I和II（MHCI/II）的表达，并改变肿瘤微环境，使其更具免疫原性 | NA | 研究EZH2抑制剂在肺鳞状细胞癌中增强免疫检查点抑制剂反应的效果 | 肺鳞状细胞癌（LSCC）及其免疫微环境 | 数字病理学 | 肺鳞状细胞癌 | ChIP-seq, 单细胞RNA测序 | NA | mRNA, 蛋白质 | 使用2D人类癌细胞系以及3D鼠源和患者来源的类器官进行实验 | NA | NA | NA | NA |