单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
121	2024-08-07	Cell-type annotation with accurate unseen cell-type identification using multiple references 2023-06, PLoS computational biology IF:3.8Q1 DOI:10.1371/journal.pcbi.1011261 PMID:37379341	研究论文	本文提出了一种基于多参考的单细胞RNA测序数据自动注释方法mtANN，用于准确识别未见细胞类型	mtANN方法整合了深度学习和集成学习以提高预测准确性，并引入了一种新的度量标准，考虑三个互补方面来区分未见细胞类型和共享细胞类型	NA	提高细胞类型注释的准确性并发现新的生物学现象	单细胞RNA测序数据中的细胞类型	生物信息学	NA	单细胞RNA测序 (scRNA-seq)	深度学习和集成学习	基因表达数据	涉及两个基准数据集集合和一个COVID-19数据集集合
122	2024-08-04	Positional influence on cellular transcriptional identity revealed through spatially segmented single-cell transcriptomics 2023-06-21, Cell systems IF:9.0Q1 DOI:10.1016/j.cels.2023.05.003 PMID:37348462	研究论文	本文描述了一种通过空间分割的单细胞转录组技术揭示细胞转录身份的位置信息	提出了一种新的快速整合方法SEEP，将表面接近性和环境可达性与三维疾病模型中的转录身份关联起来	现有方法需要特定的技术和专业知识，本研究的适用范围可能受限于特定类型的肿瘤模型	研究细胞状态在肿瘤组织中的空间分布及其对转录身份的影响	高等级浆液性卵巢癌的球体、类器官以及体内肿瘤模型	数字病理	卵巢癌	单细胞RNA测序	三维疾病模型	转录组数据	NA
123	2024-08-07	Age-associated B cells predict impaired humoral immunity after COVID-19 vaccination in patients receiving immune checkpoint blockade 2023-06-27, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-023-38810-0 PMID:37369658	研究论文	研究探讨了年龄相关B细胞（ABC）在不同条件下的一致性及其对COVID-19疫苗反应的长期影响	通过单细胞RNA测序发现，不同病因的ABC具有共同的转录特征，并可根据免疫基因表达进行分类	NA	研究ABC在不同条件下的相似性及其对COVID-19疫苗反应的影响	年龄相关B细胞（ABC）及其在免疫检查点阻断治疗患者中的作用	免疫学	癌症	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
124	2024-08-04	Spatial determination and prognostic impact of the fibroblast transcriptome in pancreatic ductal adenocarcinoma 2023-06-23, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.86125 PMID:37350578	研究论文	本研究结合空间转录组学和单细胞RNA测序，定义了胰腺导管腺癌中与肿瘤相关的成纤维细胞的转录组。	展示了与肿瘤相近和远端成纤维细胞的转录异质性，以及其与临床结果的关联	NA	阐明肿瘤微环境中成纤维细胞的转录组和其与临床结果的关系	胰腺导管腺癌中的与肿瘤相关的成纤维细胞	数字病理学	胰腺癌	空间转录组学和单细胞RNA测序	NA	NA	NA
125	2024-08-07	Single-cell expression profile of Drosophila ovarian follicle stem cells illuminates spatial differentiation in the germarium 2023-06-20, BMC biology IF:4.4Q1 DOI:10.1186/s12915-023-01636-9 PMID:37340484	研究论文	本文利用单细胞RNA测序技术分析了果蝇卵巢滤泡干细胞及其邻近细胞类型的基因表达模式，以研究干细胞群体内的异质性和与分化相关的变化	首次使用单细胞RNA测序技术对果蝇卵巢滤泡干细胞及其邻近细胞类型进行基因表达分析，揭示了干细胞群体的空间分化模式	NA	研究干细胞群体在成年组织中的组织和调控机制，以及这些机制如何影响癌症起源和细胞替代策略的开发	果蝇卵巢滤泡干细胞及其邻近细胞类型	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	包括滤泡干细胞及其邻近细胞类型（护送细胞和滤泡细胞）的预分类细胞群体
126	2024-08-07	Chi3l1 Is a Modulator of Glioma Stem Cell States and a Therapeutic Target in Glioblastoma 2023-06-15, Cancer research IF:12.5Q1 DOI:10.1158/0008-5472.CAN-21-3629 PMID:37101376	研究论文	研究揭示了Chi3l1蛋白在胶质母细胞瘤中的作用，表明Chi3l1通过改变胶质瘤干细胞（GSC）的状态促进肿瘤生长，并提出了Chi3l1作为治疗靶点的可能性。	首次展示了Chi3l1与CD44的结合及其对GSC状态的调控作用，以及Chi3l1在体内外抑制肿瘤生长的潜力。	NA	探讨Chi3l1在胶质母细胞瘤中的作用及其作为治疗靶点的可能性。	胶质母细胞瘤、胶质瘤干细胞（GSC）、Chi3l1蛋白。	数字病理学	脑肿瘤	单细胞RNA测序、RNA速度分析、ATAC-seq	NA	RNA	患者来源的胶质瘤干细胞（GSC）
127	2024-08-04	Debiased personalized gene coexpression networks for population-scale scRNA-seq data 2023-06, Genome research IF:6.2Q1 DOI:10.1101/gr.277363.122 PMID:37295843	研究论文	本文提出了一种名为Dozer的方法，用于修正来自scRNA-seq数据集的基因-基因相关性估计。	Dozer能够消除来自低稀疏表达基因的相关性估计偏差，并能准确量化个体间的网络级变异。	尽管Dozer在多种情况下表现出鲁棒性，但仍可能受到技术限制和数据噪声的影响。	本研究旨在估计个性化的基因共表达网络，以便在单细胞RNA-seq数据中量化表达变异。	研究对象包括来自不同个体的人诱导多能干细胞和阿尔茨海默病后人类组织提取的少突胶质细胞。	数字病理学	阿尔茨海默病	单细胞RNA测序	普瓦松测量模型	基因表达数据	涉及不同个体的多条人诱导多能干细胞系和人类组织样本
128	2024-08-07	Analysis of immunogenic cell death in atherosclerosis based on scRNA-seq and bulk RNA-seq data 2023-Jun, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2023.110130 PMID:37075670	研究论文	本文通过scRNA-seq和bulk RNA-seq数据分析了动脉粥样硬化中免疫原性细胞死亡的作用	首次系统研究了动脉粥样硬化中的免疫原性细胞死亡，并探讨了其相关基因作为治疗靶点的可能性	NA	探讨免疫原性细胞死亡在动脉粥样硬化中的作用及其相关基因的治疗潜力	动脉粥样硬化中的免疫原性细胞死亡及相关基因	数字病理学	心血管疾病	scRNA-seq, bulk RNA-seq	随机森林	RNA序列数据	动脉粥样硬化斑块单细胞RNA序列数据及大量RNA序列数据
129	2024-08-04	Lineage skewing and genome instability underlie marrow failure in a zebrafish model of GATA2 deficiency 2023-06-27, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2023.112571 PMID:37256751	研究论文	本研究探讨了GATA2缺乏的斑马鱼模型中的骨髓衰竭机制。	揭示了gata2a缺失导致的细胞谱系偏倚及基因组不稳定性对骨髓衰竭的影响	研究仅在斑马鱼模型中进行，未验证在人类中的结果	研究GATA2缺乏所致骨髓衰竭的机制	斑马鱼模型中的HSPC细胞	数字病理学	NA	单细胞转录组学和染色质可及性分析	NA	细胞	NA
130	2024-08-07	Single-cell transcriptome analysis reveals endometrial immune microenvironment in minimal/mild endometriosis 2023-06-05, Clinical and experimental immunology IF:3.4Q3 DOI:10.1093/cei/uxad029 PMID:36869723	研究论文	本研究通过单细胞转录组分析，揭示了极轻度/轻度子宫内膜异位症患者的子宫内膜免疫微环境特征	首次在单细胞分辨率下系统地分析了子宫内膜异位症患者的子宫内膜白细胞类型、炎症环境和受损的容受性	样本量相对较小，可能影响结果的普遍性	旨在系统地理解子宫内膜异位症患者的子宫内膜白细胞类型、炎症环境和受损的容受性	子宫内膜异位症患者和对照组的子宫内膜细胞	数字病理学	妇科疾病	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	138,057个子宫内膜细胞，来自6名子宫内膜异位症患者和7名对照组
131	2024-08-04	Analysis of Donor Pancreata Defines the Transcriptomic Signature and Microenvironment of Early Neoplastic Lesions 2023-06-02, Cancer discovery IF:29.7Q1 DOI:10.1158/2159-8290.CD-23-0013 PMID:37021392	研究论文	该文章分析了来自脑死亡供体的胰腺组织，以定义早期肿瘤病变的转录组特征和微环境。	首次对健康成人胰腺和散发性PanIN病变的独特微环境进行了特征描述	供体胰腺组织样本的获取受到限制，仅来自脑死亡供体	旨在揭示成人健康胰腺及早期肿瘤病变的转录组特征	研究对象为脑死亡供体的胰腺组织样本	数字病理学	胰腺癌	单细胞RNA测序、空间转录组学、复合免疫组化	NA	组织样本	30个胰腺组织样本
132	2024-08-05	Approaches for single-cell RNA sequencing across tissues and cell types 2023 Jun-Oct, Transcription DOI:10.1080/21541264.2023.2200721 PMID:37062951	综述	本文回顾了单细胞RNA测序(scRNA-seq)技术及其方法。	提供了关于单细胞RNA测序技术的全面评述和实验室最佳实践的指导。	未详细描述特定技术的应用案例和实验数据。	旨在为单细胞RNA测序技术建立稳健的工作流程和最新的协议。	涵盖各类组织和细胞类型的单细胞RNA测序方法。	数字病理学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	RNA数据	NA
133	2024-08-05	Understanding spatiotemporal coupling of gene expression using single molecule RNA imaging technologies 2023 Jun-Oct, Transcription DOI:10.1080/21541264.2023.2199669 PMID:37050882	研究论文	本文概述了使用单分子RNA成像技术定量理解基因表达的最新进展	提出了先进成像技术如何揭示从转录到降解的mRNA生命过程之间的协调关系	对未来挑战的讨论尚不够深入	提高对基因表达中转录和后转录事件的时空耦合的理解	主要关注mRNA在单细胞中的表达监测	数字病理学	NA	单分子RNA成像技术	NA	图像	NA
134	2024-08-04	Spatial transcriptomics stratifies psoriatic disease severity by emergent cellular ecosystems 2023-06-08, Science immunology IF:17.6Q1 DOI:10.1126/sciimmunol.abq7991 PMID:37267384	研究论文	本研究通过空间转录组学分析剖析了银屑病的严重程度与细胞生态系统的关系	首次通过空间转录组学揭示了健康皮肤和炎症皮肤之间免疫微环境的显著差异	尚未深入探讨银屑病对其他系统性疾病的影响	研究银屑病的细胞组学及其在不同严重程度下的差异	25个健康、活跃病变和临床未涉及的皮肤活检样本	数字病理学	银屑病	空间转录组学	NA	组织样本	25个皮肤活检样本
135	2024-08-07	IL-11 induces NLRP3 inflammasome activation in monocytes and inflammatory cell migration to the central nervous system 2023-06-27, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2221007120 PMID:37339207	研究论文	本研究探讨了IL-11诱导的炎症细胞向中枢神经系统迁移的机制	首次报道IL-11在复发缓解型多发性硬化症患者中增加，并通过αIL-11 mAb治疗减少炎症和脱髓鞘	NA	研究IL-11诱导的炎症细胞向中枢神经系统迁移的机制	IL-11在复发缓解型多发性硬化症患者中的作用及其治疗潜力	NA	多发性硬化症	单细胞RNA测序	NA	RNA	包括复发缓解型多发性硬化症患者和健康对照者的外周血单个核细胞及脑脊液细胞
136	2024-08-07	EZH2 inhibition promotes tumor immunogenicity in lung squamous cell carcinomas 2023-Jun-08, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.06.06.543919 PMID:37333199	研究论文	本研究探讨了EZH2甲基转移酶抑制剂在肺鳞状细胞癌（LSCC）中增强免疫检查点抑制剂（ICI）反应的可能性	首次证明EZH2抑制剂能增加主要组织相容性复合体I和II（MHCI/II）的表达，并改变肿瘤微环境，使其更具免疫原性	NA	研究EZH2抑制剂在肺鳞状细胞癌中增强免疫检查点抑制剂反应的效果	肺鳞状细胞癌（LSCC）及其免疫微环境	数字病理学	肺鳞状细胞癌	ChIP-seq, 单细胞RNA测序	NA	mRNA, 蛋白质	使用2D人类癌细胞系以及3D鼠源和患者来源的类器官进行实验
137	2024-08-04	Spatial single-cell sequencing of meiosis I arrested oocytes indicates acquisition of maternal transcripts from the soma 2023-06-27, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2023.112544 PMID:37227820	研究论文	本研究探讨了在减数分裂I期被抑制的卵母细胞中母源转录本的获得	揭示了邻近体细胞转录本的获取作为减数分裂I期抑制期间转录本增加的机制	未确定环境或激素信号对处于减数分裂I期抑制的卵母细胞是否可以启动新转录	研究减数分裂I期被抑制的卵母细胞的转录本获取机制	C. elegans 减数分裂I期抑制的卵母细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
138	2024-08-07	Transcriptional dynamics of delaminating neuroblasts in the mouse otic vesicle 2023-06-27, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2023.112545 PMID:37227818	研究论文	本文通过高深度单细胞RNA测序分析了E10.5小鼠耳泡及其周围组织，揭示了耳泡标记物和基因表达变化，从神经母细胞脱离到CVG发育的过程。	提供了关于CVG发育机制的新数据集，有助于进一步识别与CVG发育相关的机制。	NA	深入理解参与CVG发育的转录级联反应，为治疗内耳功能障碍提供见解。	小鼠耳泡中的CVG前体神经母细胞和新兴的CVG神经元。	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	E10.5小鼠耳泡及其周围组织的细胞样本
139	2024-08-07	Dynamic interplay between IL-1 and WNT pathways in regulating dermal adipocyte lineage cells during skin development and wound regeneration 2023-06-27, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2023.112647 PMID:37330908	research paper	本研究利用单细胞RNA测序技术分析了发育中或受伤的小鼠皮肤中的真皮成纤维细胞（dFBs），并探讨了IL-1和WNT信号通路在调控真皮脂肪细胞谱系细胞中的作用	首次详细描述了IL-1和WNT信号通路在真皮脂肪细胞谱系细胞的可塑性中的分子机制	NA	揭示真皮脂肪细胞谱系细胞的可塑性背后的分子机制，并为缺陷性伤口愈合和瘢痕形成定义潜在的治疗靶点	真皮成纤维细胞（dFBs）及其在皮肤发育和伤口再生中的分化和去分化过程	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA序列	小鼠皮肤样本
140	2024-08-07	Multi-dimensional single-cell characterization revealed suppressive immune microenvironment in AFP-positive hepatocellular carcinoma 2023-Jun-19, Cell discovery IF:13.0Q1 DOI:10.1038/s41421-023-00563-x PMID:37336873	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术分析了AFP阴性和阳性肝细胞癌及其邻近正常组织的特征，揭示了AFP阳性肝细胞癌中抑制性免疫微环境的机制	本研究首次揭示了AFP阳性肝细胞癌中TAM-SPP1的富集及其在调节免疫微环境中的作用，并提出SPP1-CD44轴作为治疗靶点	NA	旨在识别AFP阴性和阳性肝细胞癌的特征及其潜在治疗靶点	AFP阴性肝细胞癌（ANHC）、AFP阳性肝细胞癌（APHC）及其邻近正常组织	数字病理学	肝细胞癌	单细胞RNA测序	NA	RNA	6个ANHC样本、6个APHC样本和4个邻近正常组织样本，以及30个HCC样本和59个HCC样本用于进一步验证