单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 409 篇文献，本页显示第 121 - 140 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 121 | 2024-08-07 |
Multi-dimensional single-cell characterization revealed suppressive immune microenvironment in AFP-positive hepatocellular carcinoma
2023-Jun-19, Cell discovery
IF:13.0Q1
DOI:10.1038/s41421-023-00563-x
PMID:37336873
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术分析了AFP阴性和阳性肝细胞癌及其邻近正常组织的特征，揭示了AFP阳性肝细胞癌中抑制性免疫微环境的机制 | 本研究首次揭示了AFP阳性肝细胞癌中TAM-SPP1的富集及其在调节免疫微环境中的作用，并提出SPP1-CD44轴作为治疗靶点 | NA | 旨在识别AFP阴性和阳性肝细胞癌的特征及其潜在治疗靶点 | AFP阴性肝细胞癌（ANHC）、AFP阳性肝细胞癌（APHC）及其邻近正常组织 | 数字病理学 | 肝细胞癌 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 6个ANHC样本、6个APHC样本和4个邻近正常组织样本，以及30个HCC样本和59个HCC样本用于进一步验证 |
| 122 | 2024-08-05 |
The origin and structural evolution of de novo genes in Drosophila
2023-Jun-27, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.03.13.532420
PMID:37425675
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研究论文 | 这篇文章研究了果蝇中新基因的起源和结构演化 | 该研究结合高质量全基因组比对、生物信息学分析和计算结构建模，提供了对特定谱系基因的系统性概述 | 对基因结构和功能起源的理解仍然有限，缺乏系统的研究 | 研究果蝇中新基因的起源、演化和蛋白质结构 | 研究特定谱系基因的蛋白质候选者 | 数字病理学 | NA | RNA-seq, Alphafold2, ESMFold, 分子动力学 | NA | 基因组数据 | 分析了555个基因候选者 |
| 123 | 2024-08-05 |
Single-cell analysis reveals the stromal dynamics and tumor-specific characteristics in the microenvironment of ovarian cancer
2023-Jun-09, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.06.07.544095
PMID:37333262
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研究论文 | 该文章揭示了高等级浆液性卵巢癌微环境中的基质动态和肿瘤特征 | 通过单细胞转录组学揭示了高基质与低基质肿瘤中免疫和非免疫细胞的独特转录组景观 | 仅基于公共和内部数据集的分析，可能缺乏多样性和广泛的适用性 | 研究高等级浆液性卵巢癌微环境中基质的作用和特征 | 高等级浆液性卵巢癌中的基质细胞及其与免疫细胞的相互作用 | 数字病理学 | 卵巢癌 | 单细胞转录组学 | NA | 转录组数据 | NA |
| 124 | 2024-08-05 |
hdWGCNA identifies co-expression networks in high-dimensional transcriptomics data
2023-06-26, Cell reports methods
IF:4.3Q2
DOI:10.1016/j.crmeth.2023.100498
PMID:37426759
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研究论文 | 本文介绍了hdWGCNA，这是一种高维转录组数据中共表达网络分析的综合框架 | hdWGCNA能够进行异构体水平的网络分析，并与Seurat兼容 | 未提及具体的局限性 | 构建一个用于高维转录组数据分析的系统级方法 | 使用自闭症谱系障碍和阿尔茨海默病脑样本的数据进行分析 | 数字病理学 | 阿尔茨海默病 | RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 分析近100万个细胞的数据集 |
| 125 | 2024-08-05 |
SEC-seq: association of molecular signatures with antibody secretion in thousands of single human plasma cells
2023-06-15, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-023-39367-8
PMID:37322036
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研究论文 | 本研究展示了一种将细胞分泌功能与表面标记物及转录组联系起来的方法 | 提出了一种新型的SEC-seq方法，能够通过在含腔体的水凝胶纳米瓶中收集分泌物，分析单个人类B细胞的IgG分泌量，并与同一细胞的转录组数据关联 | 该研究可能受限于样本类型和数量，未明确说明涉及的样本是否具有广泛的代表性 | 旨在探索单细胞分泌物的功能特性与基因组之间的关联 | 研究对象为单个人类B细胞及其分泌的IgG抗体 | 数字病理学 | NA | 流式细胞术和成像流式细胞术 | NA | 单细胞转录组数据 | 成千上万的单个人类浆细胞样本 |
| 126 | 2024-08-05 |
Single-Cell RNA-Seq Reveals LRRC75A-Expressing Cell Population Involved in VEGF Secretion of Multipotent Mesenchymal Stromal/Stem Cells Under Ischemia
2023-06-15, Stem cells translational medicine
IF:5.4Q1
DOI:10.1093/stcltm/szad029
PMID:37263619
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研究论文 | 本研究揭示了在缺血条件下与VEGF分泌相关的LRRC75A表达细胞群。 | 通过单细胞RNA测序分析，识别出功能性细胞亚群体，并确定LRRC75A在VEGF分泌中的调控作用。 | 研究集中于特定的骨髓源性间充质干细胞，结果可能不适用于其他类型的间充质干细胞。 | 识别功能性细胞亚群体以预测骨髓源性间充质干细胞的血管生成治疗效能。 | 研究对象为从11名供体来源的骨髓源性间充质干细胞（BM-MSC）系。 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 细胞 | 11个供体来源的BM-MSC细胞系 |
| 127 | 2024-08-05 |
Single-cell transcriptomics uncovers cellular architecture and developmental trajectories in hepatoblastoma
2023-06-01, Hepatology (Baltimore, Md.)
DOI:10.1002/hep.32775
PMID:36059151
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研究论文 | 本研究揭示了肝母细胞瘤的细胞结构和发育轨迹 | 利用单细胞转录组分析，建立了肝母细胞瘤的细胞层级和亚型分类方法 | 基于仅五名患者的样本，样本量较小 | 探讨肝母细胞瘤的肿瘤发生机制及其异质性 | 肝母细胞瘤患者的肿瘤及配对远端肝组织样本 | 数字病理学 | 肝母细胞瘤 | 单细胞转录组测序 | NA | 转录组数据 | 五名肝母细胞瘤患者的样本 |
| 128 | 2024-08-07 |
A new insight of immunosuppressive microenvironment in osteosarcoma lung metastasis
2023-06, Experimental biology and medicine (Maywood, N.J.)
DOI:10.1177/15353702231171900
PMID:37439349
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研究论文 | 本研究通过生物信息学分析单细胞RNA测序数据，揭示了骨肉瘤肺转移的免疫抑制微环境的复杂性 | 首次详细分类了骨肉瘤肺转移中的17个细胞集群，并发现CD63在决定T细胞和恶性细胞浸润中的关键作用 | 研究基于已发表的单细胞RNA测序数据，可能存在样本选择偏倚 | 探讨骨肉瘤肺转移的免疫抑制微环境，为精准治疗提供依据 | 骨肉瘤肺转移的细胞集群及其免疫特性 | 数字病理学 | 骨肉瘤 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | RNA序列 | 75,317个细胞，来自两个骨肉瘤肺转移和五个正常肺组织 |
| 129 | 2024-08-07 |
Single-cell meta-analysis of inflammatory bowel disease with scIBD
2023-Jun, Nature computational science
IF:12.0Q1
DOI:10.1038/s43588-023-00464-9
PMID:38177426
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研究论文 | 本文介绍了scIBD平台，用于炎症性肠病（IBD）的单细胞元分析，结合高质量的单细胞数据集，识别罕见或较少表征的细胞类型，并分析溃疡性结肠炎和克罗恩病的共性和差异 | scIBD平台整合了多功能的生物信息，包括调节子活性、GWAS相关风险基因和治疗靶向基因，以推断临床相关的细胞类型特异性 | NA | 深入理解炎症性肠病的发病机制 | 炎症性肠病的肠道微环境 | 数字病理学 | 炎症性肠病 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 单细胞转录组数据 | NA |
| 130 | 2024-08-05 |
Dicoumarol is an effective post-exposure prophylactic for SARS-CoV-2 Omicron infection in human airway epithelium
2023-06-10, Signal transduction and targeted therapy
IF:40.8Q1
DOI:10.1038/s41392-023-01511-7
PMID:37301869
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研究论文 | 本研究表明，双香豆素（DCM）对多种Omicron变种的SARS-CoV-2感染具有显著的抗病毒活性 | 研究揭示了DCM作为一种自然抗凝血剂在抑制SARS-CoV-2的潜在机制，以及其在COVID-19后暴露预防中的有效性 | 研究未明确DCM对病毒吸收、外排和传播的影响，也未直接消除病毒 | 探索现有药物在抑制SARS-CoV-2感染中的应用 | 主要人类气道上皮细胞（AECs） | 数字病理学 | COVID-19 | 单细胞测序分析和免疫荧光染色 | NA | 细胞 | 77,969个来自10名健康志愿者的细胞 |
| 131 | 2024-08-07 |
Regulating the cell shift of endothelial cell-like myofibroblasts in pulmonary fibrosis
2023-06, The European respiratory journal
DOI:10.1183/13993003.01799-2022
PMID:36758986
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研究论文 | 本研究通过创建新的肺纤维化小鼠模型，发现并证实了正常肺组织中存在一种未知的内皮细胞样肌成纤维细胞，并探讨了其在肺纤维化中的作用及机制 | 首次发现并证实了正常肺组织中的内皮细胞样肌成纤维细胞，并揭示了其在肺纤维化中的作用机制 | NA | 揭示内皮细胞样肌成纤维细胞在肺纤维化中的分化机制，并探索新的治疗策略 | 内皮细胞样肌成纤维细胞及其在肺纤维化中的作用 | NA | 肺纤维化 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组 | 小鼠模型及人类肺纤维化样本 |
| 132 | 2024-08-07 |
Intratumoral PPT1-positive macrophages determine immunosuppressive contexture and immunotherapy response in hepatocellular carcinoma
2023-06, Journal for immunotherapy of cancer
IF:10.3Q1
DOI:10.1136/jitc-2022-006655
PMID:37385725
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研究论文 | 本研究探讨了肝细胞癌（HCC）中PPT1阳性巨噬细胞对免疫抑制微环境和免疫治疗反应的影响 | 首次揭示了PPT1阳性巨噬细胞在HCC中的作用，及其对免疫微环境和治疗反应的影响 | 研究样本仅来自中山医院的169名患者，可能限制了结果的普遍性 | 识别在HCC发展中起关键作用的巨噬细胞亚群 | 肝细胞癌（HCC）中的巨噬细胞 | 数字病理学 | 肝癌 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 169名HCC患者 |
| 133 | 2024-08-05 |
Single-cell transcriptomics reveals cellular heterogeneity and macrophage-to-mesenchymal transition in bicuspid calcific aortic valve disease
2023-06-30, Biology direct
IF:5.7Q1
DOI:10.1186/s13062-023-00390-w
PMID:37391760
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研究论文 | 该文章研究了二尖瓣钙化主动脉瓣病中的细胞异质性和巨噬细胞转化为间充质细胞的过程。 | 首次在单细胞水平上揭示了二尖瓣病中细胞的异质性以及巨噬细胞向间充质细胞转化的机制 | 样本量较小，仅涉及四个BAV标本，需要更多样本进行进一步验证 | 探讨二尖瓣疾病中的细胞组成及其在钙化过程中的作用 | 四个存在主动脉瓣狭窄的二尖瓣患者的BAV标本 | 数字病理学 | 主动脉瓣钙化疾病 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 细胞数据 | 4个BAV标本 |
| 134 | 2024-08-05 |
Comprehensive analysis of KLF2 as a prognostic biomarker associated with fibrosis and immune infiltration in advanced hepatocellular carcinoma
2023-Jun-29, BMC bioinformatics
IF:2.9Q1
DOI:10.1186/s12859-023-05391-0
PMID:37386390
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研究论文 | 本文分析了KLF2在晚期肝细胞癌中的预后生物标志物的作用，特别关注其与纤维化和免疫浸润的关系 | 首次系统性研究了KLF2在肝细胞癌（HCC）中的调节机制及其作为预后生物标志物的潜力 | 研究主要依赖于现有数据库，未进行独立的临床验证 | 探索KLF2作为晚期HCC的潜在诊断和预后生物标志物 | 晚期肝细胞癌（HCC）患者的样本数据和单细胞测序结果 | 数字病理学 | 肝癌 | 单细胞测序 | NA | 基因表达数据 | 基于公共数据库，具体样本量不详 |
| 135 | 2024-08-05 |
TFAP2 paralogs regulate midfacial development in part through a conserved ALX genetic pathway
2023-Jun-16, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.06.16.545376
PMID:37398373
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研究论文 | 本文探讨了TFAP2家族在哺乳动物中脸部发育中的作用及其与ALX基因途径的关系 | 研究表明TFAP2对面部发育的调控作用通过ALX转录因子实现，并展示了这一调控轴在脊椎动物中的保守性 | 缺乏在人类或其他物种中的直接验证，主要基于小鼠和斑马鱼的模型研究 | 研究TFAP2家族在中面部发育中的调控机制 | 小鼠和斑马鱼的神经嵴细胞 | NA | NA | RNA-seq, ChIP-seq | NA | 基因表达数据 | 涉及小鼠和斑马鱼的神经嵴细胞 |
| 136 | 2024-08-05 |
Genetic and immune determinants of E. coli liver abscess formation
2023-Jun-12, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.06.11.543319
PMID:37398354
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研究论文 | 本研究表征了小鼠肝脓肿的形成及其宿主决定因素 | 首次揭示了肝脓肿形成的免疫细胞集群和宿主遗传易感性 | 研究主要集中于小鼠模型，可能无法完全反映人类的情况 | 探讨肝脓肿形成的遗传和免疫决定因素 | 小鼠模型及其与肝脓肿形成相关的免疫反应 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA | C57BL/6及其系谱小鼠 |
| 137 | 2024-08-05 |
Integration of whole transcriptome spatial profiling with protein markers
2023-06, Nature biotechnology
IF:33.1Q1
DOI:10.1038/s41587-022-01536-3
PMID:36593397
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研究论文 | 本文提出了一种高通量同时进行空间转录组学和蛋白质分析的方法 | 本文创新性地开发了空间蛋白质和转录组测序技术（SPOTS），实现了转录组学和蛋白质组学的实验整合 | 本文未提及具体的实验限制 | 研究空间转录组学与蛋白质组学的整合方法 | 主要研究空间转录组和蛋白质的表达 | 数字病理学 | NA | 空间转录组学和蛋白质组学 | NA | NA | NA |
| 138 | 2024-08-07 |
Elevated Galectin-3 Is Associated with Aging, Multiple Sclerosis, and Oxidized Phosphatidylcholine-Induced Neurodegeneration
2023-06-21, The Journal of neuroscience : the official journal of the Society for Neuroscience
DOI:10.1523/JNEUROSCI.2312-22.2023
PMID:37208177
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序研究了衰老与多发性硬化症（MS）中Galectin-3（Gal3）的表达及其对神经退行性病变的影响。 | 首次揭示了Gal3在衰老相关微胶质细胞功能障碍中的作用，并探讨了其在MS病变中的潜在危害。 | 研究主要基于小鼠模型，需要进一步在人类样本中验证Gal3的作用。 | 探讨Gal3在衰老和多发性硬化症中的作用及其对中枢神经系统（CNS）损伤的影响。 | Galectin-3（Gal3）在衰老和多发性硬化症中的表达及其对神经退行性病变的影响。 | 神经科学 | 多发性硬化症 | 单细胞RNA测序（scRNAseq） | NA | 基因表达数据 | 包括年轻和中年小鼠的脊髓白质病变样本，以及来自两名男性和一名女性的MS脑病变样本。 |
| 139 | 2024-08-05 |
Ubiquitin Ligases Siah1a/2 Control Alveolar Macrophage Functions to Limit Carcinogen-Induced Lung Adenocarcinoma
2023-06-15, Cancer research
IF:12.5Q1
DOI:10.1158/0008-5472.CAN-23-0258
PMID:37078793
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研究论文 | 本文主要探讨了泛素连接酶Siah1a/2在调节肺腺癌中的肺泡巨噬细胞功能方面的作用 | 本研究首次揭示了Siah1a/2作为肺泡巨噬细胞的调节因子在致癌物诱导的肺腺癌中的关键角色 | 研究中仅针对巨噬细胞特异性Siah1a/2的作用进行了观察，未探讨其他细胞类型的影响 | 研究Siah1a/2在肺腺癌进展中调节肺泡巨噬细胞功能的机制 | 主要观察肺泡巨噬细胞及其在肺腺癌发展中的作用 | 数字病理学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序 | 基因剔除模型 | 细胞、基因表达数据 | 研究涉及野生型小鼠及肺腺癌患者的样本 |
| 140 | 2024-08-07 |
Variant STAT4 and Response to Ruxolitinib in an Autoinflammatory Syndrome
2023-Jun-15, The New England journal of medicine
DOI:10.1056/NEJMoa2202318
PMID:37256972
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研究论文 | 本文研究了STAT4基因变异与自炎症综合征中鲁索利替尼反应的关系 | 发现了STAT4基因中的三个新的杂合错义获得功能变异，并证明了鲁索利替尼在体外和患者中对超炎症成纤维细胞表型的改善作用 | 样本量较小，仅涉及四个患者 | 探讨STAT4基因变异在自炎症综合征中的作用及鲁索利替尼的治疗效果 | 四个来自三个不相关家庭的自炎症综合征患者 | NA | 自炎症综合征 | 基因组测序，单细胞RNA测序 | NA | 基因组数据，单细胞RNA数据 | 四个患者 |