单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
101	2024-08-07	The Poisson distribution model fits UMI-based single-cell RNA-sequencing data 2023-Jun-17, BMC bioinformatics IF:2.9Q1 DOI:10.1186/s12859-023-05349-2 PMID:37330471	研究论文	本文提出了一种基于独立泊松分布（IPD）的单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据建模方法，通过引入一种新的数据表示方法——从简单均匀IPD的偏离（DIPD）来捕捉细胞簇生成的每个基因每个细胞的内在异质性	本文的创新点在于提出了一种新的数据表示方法DIPD，用于捕捉细胞簇生成的每个基因每个细胞的内在异质性，并展示了该方法在发现新的细胞亚型方面的优势	NA	改进单细胞RNA测序数据的建模方法，以更好地支持下游数据分析	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	泊松分布模型	基因表达数据	NA
102	2024-08-04	Glutamine antagonist DRP-104 suppresses tumor growth and enhances response to checkpoint blockade in KEAP1 mutant lung cancer 2023-Jun-28, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.06.27.546750 PMID:37425844	研究论文	研究表明谷氨酰胺拮抗剂DRP-104可以抑制KEAP1突变肺癌的肿瘤生长并增强对检查点抑制的反应	这是首次将谷氨酰胺拮抗剂与检查点抑制结合的研究，展示了其改善T细胞功能和抑制肿瘤生长的潜力	该研究主要基于临床前模型，尚需进行更多临床试验以验证其疗效	开发针对KEAP1突变肺癌的靶向治疗方案	使用患者来源的异种移植模型和抗原性原位肺癌模型进行研究	数字病理学	肺癌	单细胞测序	NA	生物样本数据	NA
103	2024-08-04	It is better to light a candle than to curse the darkness: single-cell transcriptomics sheds new light on pancreas biology and disease 2023-06, Gut IF:23.0Q1 DOI:10.1136/gutjnl-2022-329313 PMID:36997301	综述	本文回顾了单细胞转录组学如何改变我们对胰腺生物学和疾病进展的理解	引入了单细胞转录组学，揭示了胰腺的细胞组成和分子机制	本文没有具体提及研究的样本量和实验限制	探讨单细胞转录组学在胰腺生物学和疾病中的应用	胰腺及相关细胞类型和状态	数字病理学	胰腺癌	单细胞RNA测序	NA	细胞类型和状态	NA
104	2024-08-04	Wnt signaling preserves progenitor cell multipotency during adipose tissue development 2023-06, Nature metabolism IF:18.9Q1 DOI:10.1038/s42255-023-00813-y PMID:37337125	研究论文	该文章研究了Wnt信号在脂肪组织发育过程中如何维持祖细胞的多能性	本研究揭示了Wnt信号激活在祖细胞维持中的重要作用，并识别了一种新的细胞类型，即结构性Wnt调节的脂肪组织细胞	该研究主要基于人类祖细胞的单细胞转录组学数据，可能在其它类型细胞中的普遍性尚待验证	探讨在慢性分化压力下，间充质干细胞/祖细胞的维持机制	人类祖细胞及其在脂肪组织发育过程中的变化	数字病理学	NA	单细胞转录组学	NA	转录组数据	人类祖细胞的单细胞数据
105	2024-08-04	CD168+ macrophages promote hepatocellular carcinoma tumor stemness and progression through TOP2A/β-catenin/YAP1 axis 2023-Jun-16, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2023.106862 PMID:37275516	研究论文	本研究探讨了肝癌干样细胞的起源及TOP2A/β-catenin/YAP1轴在肝细胞癌干性和进展中的作用	首次揭示了M2样巨噬细胞对肝癌干样细胞的调控及TOP2A/β-catenin/YAP1轴在肝细胞癌干性中的关键作用	研究未全面评估其他免疫细胞在肝细胞癌干样细胞中的作用	探究肝癌干样细胞的起源及其在肝细胞癌进展中的机制	肝细胞癌干样细胞及其微环境中的M2样巨噬细胞	数字病理学	肝癌	单细胞RNA测序	NA	空间转录组数据	NA
106	2024-08-07	Prolonged response after TPO-RA discontinuation in primary ITP: results of a prospective multicenter study 2023-06-08, Blood IF:21.0Q1 DOI:10.1182/blood.2022018665 PMID:36893453	研究论文	本研究探讨了在停止使用血小板生成素受体激动剂（TPO-RA）后，原发性免疫性血小板减少症（ITP）患者持续无治疗的反应情况	发现单细胞RNA测序揭示了在TPO-RA停药后无持续反应的患者中，CD8+ T细胞中肿瘤坏死因子α信号通过NF-κB途径的富集，以及CD69在基线时在这些患者中的过度表达	未发现显著的临床预测因子来预测第24周的无治疗持续反应	评估原发性ITP患者在TPO-RA停药后的持续无治疗反应	持续或慢性原发性ITP成年患者，且在TPO-RAs治疗下完全反应	NA	免疫性血小板减少症	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	48名患者
107	2024-08-07	A single-cell atlas identifies pretreatment features of primary imatinib resistance in chronic myeloid leukemia 2023-06-01, Blood IF:21.0Q1 DOI:10.1182/blood.2022017295 PMID:36857629	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术，识别了慢性髓性白血病中伊马替尼原发性耐药的前治疗特征	首次通过单细胞RNA测序技术揭示了慢性髓性白血病中伊马替尼耐药的关键细胞特征和基因表达模式	研究主要集中在伊马替尼耐药的预后特征，未涉及其他治疗方案的耐药机制	探讨慢性髓性白血病中伊马替尼原发性耐药的分子机制	慢性髓性白血病患者的骨髓样本，特别是白血病干细胞和自然杀伤细胞	数字病理学	白血病	单细胞RNA测序	机器学习	基因表达数据	多个慢性髓性白血病患者的骨髓样本
108	2024-08-07	Cell-type annotation with accurate unseen cell-type identification using multiple references 2023-06, PLoS computational biology IF:3.8Q1 DOI:10.1371/journal.pcbi.1011261 PMID:37379341	研究论文	本文提出了一种基于多参考的单细胞RNA测序数据自动注释方法mtANN，用于准确识别未见细胞类型	mtANN方法整合了深度学习和集成学习以提高预测准确性，并引入了一种新的度量标准，考虑三个互补方面来区分未见细胞类型和共享细胞类型	NA	提高细胞类型注释的准确性并发现新的生物学现象	单细胞RNA测序数据中的细胞类型	生物信息学	NA	单细胞RNA测序 (scRNA-seq)	深度学习和集成学习	基因表达数据	涉及两个基准数据集集合和一个COVID-19数据集集合
109	2024-08-04	Positional influence on cellular transcriptional identity revealed through spatially segmented single-cell transcriptomics 2023-06-21, Cell systems IF:9.0Q1 DOI:10.1016/j.cels.2023.05.003 PMID:37348462	研究论文	本文描述了一种通过空间分割的单细胞转录组技术揭示细胞转录身份的位置信息	提出了一种新的快速整合方法SEEP，将表面接近性和环境可达性与三维疾病模型中的转录身份关联起来	现有方法需要特定的技术和专业知识，本研究的适用范围可能受限于特定类型的肿瘤模型	研究细胞状态在肿瘤组织中的空间分布及其对转录身份的影响	高等级浆液性卵巢癌的球体、类器官以及体内肿瘤模型	数字病理	卵巢癌	单细胞RNA测序	三维疾病模型	转录组数据	NA
110	2024-08-04	Vascular mechanisms of post-COVID-19 conditions: Rho-kinase is a novel target for therapy 2023-06-02, European heart journal. Cardiovascular pharmacotherapy DOI:10.1093/ehjcvp/pvad025 PMID:37019821	研究论文	本研究探讨了后新冠肺炎（后COVID-19）患者的血管机制，尤其是Rho-激酶作为治疗的新靶点。	本研究首次提出Rho-激酶的激活可能是治疗后COVID-19状态的新靶点，显示疫情后患者血管纤维化的加重和肌球蛋白轻链磷酸化增加。	本研究样本量相对较小，仅包含37名患者和10名对照，限制了结果的普遍适用性。	探讨后COVID-19条件下的血管功能障碍机制，并评估Rho-激酶作为潜在治疗靶点的可行性。	27名出院后新冠患者和10名匹配的对照者。	数字病理学	后COVID-19状态	血液生物标志物，心肾和肺部影像学，臀部皮下活检	NA	生物标志物数据，影像数据	37名患者（27名COVID-19患者和10名对照者）
111	2024-08-04	CIARA: a cluster-independent algorithm for identifying markers of rare cell types from single-cell sequencing data 2023-Jun-01, Development (Cambridge, England) DOI:10.1242/dev.201264 PMID:37294170	研究论文	该论文提出了一种名为CIARA的计算工具，用于从单细胞测序数据中识别稀有细胞类型的标记基因	CIARA是一个独立于聚类的方法，能够选择可能成为稀有细胞类型标记的基因，超越了现有的稀有细胞类型检测方法	该研究未提及具体的限制	开发一种工具以识别单细胞基因组中的稀有细胞类型及其标记基因	识别来自人类胚胎和处理过视黄酸的小鼠胚胎干细胞的未表征稀有细胞群	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因组数据	来自人类胚胎和小鼠胚胎干细胞的多样本数据
112	2024-08-07	Age-associated B cells predict impaired humoral immunity after COVID-19 vaccination in patients receiving immune checkpoint blockade 2023-06-27, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-023-38810-0 PMID:37369658	研究论文	研究探讨了年龄相关B细胞（ABC）在不同条件下的一致性及其对COVID-19疫苗反应的长期影响	通过单细胞RNA测序发现，不同病因的ABC具有共同的转录特征，并可根据免疫基因表达进行分类	NA	研究ABC在不同条件下的相似性及其对COVID-19疫苗反应的影响	年龄相关B细胞（ABC）及其在免疫检查点阻断治疗患者中的作用	免疫学	癌症	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
113	2024-08-04	Spatial determination and prognostic impact of the fibroblast transcriptome in pancreatic ductal adenocarcinoma 2023-06-23, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.86125 PMID:37350578	研究论文	本研究结合空间转录组学和单细胞RNA测序，定义了胰腺导管腺癌中与肿瘤相关的成纤维细胞的转录组。	展示了与肿瘤相近和远端成纤维细胞的转录异质性，以及其与临床结果的关联	NA	阐明肿瘤微环境中成纤维细胞的转录组和其与临床结果的关系	胰腺导管腺癌中的与肿瘤相关的成纤维细胞	数字病理学	胰腺癌	空间转录组学和单细胞RNA测序	NA	NA	NA
114	2024-08-07	Single-cell expression profile of Drosophila ovarian follicle stem cells illuminates spatial differentiation in the germarium 2023-06-20, BMC biology IF:4.4Q1 DOI:10.1186/s12915-023-01636-9 PMID:37340484	研究论文	本文利用单细胞RNA测序技术分析了果蝇卵巢滤泡干细胞及其邻近细胞类型的基因表达模式，以研究干细胞群体内的异质性和与分化相关的变化	首次使用单细胞RNA测序技术对果蝇卵巢滤泡干细胞及其邻近细胞类型进行基因表达分析，揭示了干细胞群体的空间分化模式	NA	研究干细胞群体在成年组织中的组织和调控机制，以及这些机制如何影响癌症起源和细胞替代策略的开发	果蝇卵巢滤泡干细胞及其邻近细胞类型	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	包括滤泡干细胞及其邻近细胞类型（护送细胞和滤泡细胞）的预分类细胞群体
115	2024-08-07	Chi3l1 Is a Modulator of Glioma Stem Cell States and a Therapeutic Target in Glioblastoma 2023-06-15, Cancer research IF:12.5Q1 DOI:10.1158/0008-5472.CAN-21-3629 PMID:37101376	研究论文	研究揭示了Chi3l1蛋白在胶质母细胞瘤中的作用，表明Chi3l1通过改变胶质瘤干细胞（GSC）的状态促进肿瘤生长，并提出了Chi3l1作为治疗靶点的可能性。	首次展示了Chi3l1与CD44的结合及其对GSC状态的调控作用，以及Chi3l1在体内外抑制肿瘤生长的潜力。	NA	探讨Chi3l1在胶质母细胞瘤中的作用及其作为治疗靶点的可能性。	胶质母细胞瘤、胶质瘤干细胞（GSC）、Chi3l1蛋白。	数字病理学	脑肿瘤	单细胞RNA测序、RNA速度分析、ATAC-seq	NA	RNA	患者来源的胶质瘤干细胞（GSC）
116	2024-08-04	Debiased personalized gene coexpression networks for population-scale scRNA-seq data 2023-06, Genome research IF:6.2Q1 DOI:10.1101/gr.277363.122 PMID:37295843	研究论文	本文提出了一种名为Dozer的方法，用于修正来自scRNA-seq数据集的基因-基因相关性估计。	Dozer能够消除来自低稀疏表达基因的相关性估计偏差，并能准确量化个体间的网络级变异。	尽管Dozer在多种情况下表现出鲁棒性，但仍可能受到技术限制和数据噪声的影响。	本研究旨在估计个性化的基因共表达网络，以便在单细胞RNA-seq数据中量化表达变异。	研究对象包括来自不同个体的人诱导多能干细胞和阿尔茨海默病后人类组织提取的少突胶质细胞。	数字病理学	阿尔茨海默病	单细胞RNA测序	普瓦松测量模型	基因表达数据	涉及不同个体的多条人诱导多能干细胞系和人类组织样本
117	2024-08-07	Analysis of immunogenic cell death in atherosclerosis based on scRNA-seq and bulk RNA-seq data 2023-Jun, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2023.110130 PMID:37075670	研究论文	本文通过scRNA-seq和bulk RNA-seq数据分析了动脉粥样硬化中免疫原性细胞死亡的作用	首次系统研究了动脉粥样硬化中的免疫原性细胞死亡，并探讨了其相关基因作为治疗靶点的可能性	NA	探讨免疫原性细胞死亡在动脉粥样硬化中的作用及其相关基因的治疗潜力	动脉粥样硬化中的免疫原性细胞死亡及相关基因	数字病理学	心血管疾病	scRNA-seq, bulk RNA-seq	随机森林	RNA序列数据	动脉粥样硬化斑块单细胞RNA序列数据及大量RNA序列数据
118	2024-08-04	Lineage skewing and genome instability underlie marrow failure in a zebrafish model of GATA2 deficiency 2023-06-27, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2023.112571 PMID:37256751	研究论文	本研究探讨了GATA2缺乏的斑马鱼模型中的骨髓衰竭机制。	揭示了gata2a缺失导致的细胞谱系偏倚及基因组不稳定性对骨髓衰竭的影响	研究仅在斑马鱼模型中进行，未验证在人类中的结果	研究GATA2缺乏所致骨髓衰竭的机制	斑马鱼模型中的HSPC细胞	数字病理学	NA	单细胞转录组学和染色质可及性分析	NA	细胞	NA
119	2024-08-07	Single-cell transcriptome analysis reveals endometrial immune microenvironment in minimal/mild endometriosis 2023-06-05, Clinical and experimental immunology IF:3.4Q3 DOI:10.1093/cei/uxad029 PMID:36869723	研究论文	本研究通过单细胞转录组分析，揭示了极轻度/轻度子宫内膜异位症患者的子宫内膜免疫微环境特征	首次在单细胞分辨率下系统地分析了子宫内膜异位症患者的子宫内膜白细胞类型、炎症环境和受损的容受性	样本量相对较小，可能影响结果的普遍性	旨在系统地理解子宫内膜异位症患者的子宫内膜白细胞类型、炎症环境和受损的容受性	子宫内膜异位症患者和对照组的子宫内膜细胞	数字病理学	妇科疾病	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	138,057个子宫内膜细胞，来自6名子宫内膜异位症患者和7名对照组
120	2024-08-04	Analysis of Donor Pancreata Defines the Transcriptomic Signature and Microenvironment of Early Neoplastic Lesions 2023-06-02, Cancer discovery IF:29.7Q1 DOI:10.1158/2159-8290.CD-23-0013 PMID:37021392	研究论文	该文章分析了来自脑死亡供体的胰腺组织，以定义早期肿瘤病变的转录组特征和微环境。	首次对健康成人胰腺和散发性PanIN病变的独特微环境进行了特征描述	供体胰腺组织样本的获取受到限制，仅来自脑死亡供体	旨在揭示成人健康胰腺及早期肿瘤病变的转录组特征	研究对象为脑死亡供体的胰腺组织样本	数字病理学	胰腺癌	单细胞RNA测序、空间转录组学、复合免疫组化	NA	组织样本	30个胰腺组织样本