本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得,供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ,每日自动更新(使用关键词“['single-cell sequencing', 'single-cell RNA sequencing', 'single-cell transcriptomics', 'single-cell RNA-seq', 'single-cell transcriptome', 'scRNA-seq', 'spatial transcriptomics']”过滤),已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理,可能存在错误或遗漏,请使用时务必注意核实!
如有建议或合作意向,欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布,欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错,还请不吝 给我打赏,你的支持是我继续创新的重要动力!


除通过在线浏览外,为方便用户离线查阅,本站也提供 付费下载(定价19.9元)。之所以考虑收费,是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的,还请理解并多多支持。本站数据会持续更新,而仅需一次付费,未来就可以随时重新下载到最新版本数据。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 61 | 2025-10-06 |
Single-cell profiling reveals a potent role of quercetin in promoting hair regeneration
2023-06-07, Protein & cell
IF:13.6Q1
DOI:10.1093/procel/pwac062
PMID:37285263
|
研究论文 | 本研究通过单细胞转录组分析揭示了槲皮素通过激活HIF-1α促进毛囊再生和血管新生的分子机制 | 首次构建毛发再生过程中的动态单细胞转录组图谱,发现槲皮素通过激活内皮细胞HIF-1α促进毛囊分化和血管新生 | 研究仅在小鼠模型中进行,尚未在人类临床试验中验证 | 探究槲皮素促进毛发再生的分子机制和治疗潜力 | 小鼠毛囊、毛囊角质形成细胞、真皮内皮细胞 | 单细胞生物学 | 脱发症 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 小鼠模型 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 62 | 2025-10-06 |
Single-cell RNA-sequencing of stria vascularis cells in the adult Slc26a4-/- mouse
2023-06-15, BMC medical genomics
IF:2.1Q3
DOI:10.1186/s12920-023-01549-0
PMID:37322474
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析了成年Slc26a4-/-小鼠耳蜗血管纹细胞,揭示了pendrin表达细胞中pH调节因子的变化 | 首次在单细胞水平鉴定pendrin表达细胞和Kcnj10表达细胞,发现纺锤细胞中细胞外外泌体相关基因下调及膜联蛋白A1表达增加 | 研究仅限于小鼠模型,人类临床应用需进一步验证 | 鉴定pendrin表达细胞中的pH调节因子,阐明耳蜗内淋巴pH失调的细胞致病机制 | 野生型和Slc26a4-/-小鼠的耳蜗血管纹细胞 | 单细胞转录组学 | 听力损失 | 单细胞RNA测序,免疫荧光 | NA | 单细胞转录组数据,蛋白质表达数据 | 野生型和Slc26a4-/-小鼠的血管纹细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 63 | 2025-10-06 |
Epigenomic landscape exhibits interferon signaling suppression in the patient of myocarditis after BNT162b2 vaccination
2023-06-01, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-023-36070-y
PMID:37264110
|
研究论文 | 通过表观基因组分析揭示BNT162b2疫苗接种后心肌炎患者外周血单核细胞中干扰素信号通路抑制现象 | 首次追踪BNT162b2疫苗接种后心肌炎患者外周血单核细胞的染色质动态变化 | 研究样本量有限,仅为单例患者分析 | 探究BNT162b2疫苗接种后心肌炎副作用的免疫学机制 | BNT162b2疫苗接种后发生心肌炎患者的外周血单核细胞 | 表观基因组学 | 心肌炎 | 单细胞ATAC-seq, 单细胞RNA测序 | 纵向研究 | 单细胞表观基因组数据, 单细胞转录组数据 | 1例心肌炎患者 | 10x Genomics | 单细胞ATAC-seq, 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 单细胞染色质可及性测序与单细胞RNA测序并行分析 |
| 64 | 2025-10-07 |
Preventing recurrence in Sonic Hedgehog Subgroup Medulloblastoma using the OLIG2 inhibitor CT-179
2023-Jun-09, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-2949436/v1
PMID:37333134
|
研究论文 | 本研究探讨了OLIG2抑制剂CT-179在预防Sonic Hedgehog亚型髓母细胞瘤复发中的作用 | 首次证明OLIG2抑制剂CT-179可通过破坏OLIG2二聚化、DNA结合和磷酸化过程,靶向治疗耐药性肿瘤干细胞群 | 研究主要基于临床前模型,尚未进行人体临床试验 | 开发预防髓母细胞瘤复发的新治疗策略 | Sonic Hedgehog亚型髓母细胞瘤 | 癌症研究 | 髓母细胞瘤 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | 基因表达数据 | 患者来源类器官、患者来源异种移植肿瘤和基因工程小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 65 | 2025-10-07 |
Epigenetics of Early Cardiometabolic Disease: Mechanisms and Precision Medicine
2023-06-09, Circulation research
IF:16.5Q1
DOI:10.1161/CIRCRESAHA.123.322135
PMID:37289899
|
综述 | 本综述全面探讨了表观遗传学在心血管代谢疾病中的作用机制及其在精准医学中的应用前景 | 系统整合DNA甲基化作为精准医学生物标志物的潜力,并探讨社会健康决定因素、肠道细菌表观基因组学等新兴因素对疾病发展的影响 | NA | 阐述表观遗传学在心血管代谢疾病中的分子机制及其在精准医学中的应用 | 心血管和代谢疾病相关的表观遗传过程 | 表观遗传学 | 心血管代谢疾病 | 单细胞测序, 表观遗传编辑 | NA | 表观遗传数据 | NA | NA | 单细胞测序 | NA | NA |
| 66 | 2025-10-07 |
Progesterone attenuates Th17-cell pathogenicity in autoimmune uveitis via Id2/Pim1 axis
2023-Jun-21, Journal of neuroinflammation
IF:9.3Q1
DOI:10.1186/s12974-023-02829-3
PMID:37344856
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示了孕酮通过Id2/Pim1轴减轻Th17细胞致病性来治疗自身免疫性葡萄膜炎的机制 | 首次构建了孕酮治疗实验性自身免疫性葡萄膜炎的高维免疫图谱,揭示了孕酮通过调节Id2/Pim1轴和IL-23/Th17/GM-CSF信号通路改善Th17/Treg失衡的新机制 | 研究仅限于动物模型,尚未在人类临床试验中验证 | 探究孕酮治疗自身免疫性葡萄膜炎的作用机制 | 实验性自身免疫性葡萄膜炎小鼠模型 | 单细胞组学 | 自身免疫性葡萄膜炎 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 实验性自身免疫性葡萄膜炎小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 67 | 2025-10-07 |
Single-cell transcriptome reveals cell division-regulated hub genes in the unicellular eukaryote Paramecium
2023-Jun, European journal of protistology
IF:1.9Q4
DOI:10.1016/j.ejop.2023.125978
PMID:37080141
|
研究论文 | 本研究通过单细胞转录组分析揭示了草履虫细胞分裂过程中关键调控基因的表达模式 | 首次在单细胞真核生物草履虫中利用单细胞转录组技术系统揭示细胞分裂相关枢纽基因 | 研究仅限于Paramecium cf. multimicronucleatum物种,未验证枢纽基因的具体功能机制 | 探索纤毛虫细胞分裂过程中的分子调控机制 | Paramecium cf. multimicronucleatum(多小核草履虫)细胞 | 单细胞组学 | NA | 单细胞RNA测序 | 加权基因共表达网络分析(WGCNA) | 单细胞基因表达数据 | 未明确样本数量 | NA | single-cell RNA-seq | NA | NA |
| 68 | 2025-10-07 |
hdWGCNA identifies co-expression networks in high-dimensional transcriptomics data
2023-06-26, Cell reports methods
IF:4.3Q2
DOI:10.1016/j.crmeth.2023.100498
PMID:37426759
|
研究论文 | 开发了hdWGCNA框架用于高维转录组数据的共表达网络分析 | 支持单细胞和空间RNA测序数据的系统级共表达网络分析,能够进行异构体水平网络分析 | 未明确说明具体的技术限制或数据要求 | 开发高维转录组数据的共表达网络分析工具 | 自闭症谱系障碍和阿尔茨海默病脑样本数据 | 生物信息学 | 自闭症谱系障碍,阿尔茨海默病 | 单细胞RNA测序,空间RNA测序,长读长单细胞测序 | 共表达网络分析 | 转录组数据 | 包含近100万个细胞的数据集 | NA | 单细胞RNA-seq,空间转录组学 | NA | NA |
| 69 | 2025-10-07 |
SEC-seq: association of molecular signatures with antibody secretion in thousands of single human plasma cells
2023-06-15, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-023-39367-8
PMID:37322036
|
研究论文 | 开发了一种名为SEC-seq的新方法,能够在单细胞水平上将抗体分泌量与表面标志物和转录组信息关联 | 利用含腔水凝胶纳米小瓶捕获细胞分泌物,首次实现了在数千个单个人类浆细胞中同时分析IgG分泌量、表面标志物和转录组 | NA | 建立分泌功能与分子特征关联的分析方法 | 人类B细胞和浆细胞 | 单细胞分析 | NA | 单细胞RNA测序,流式细胞术,成像流式细胞术 | NA | 单细胞转录组数据,蛋白质分泌数据,表面标志物数据 | 数千个单个人类浆细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | SEC-seq(分泌组关联单细胞测序) |
| 70 | 2025-10-07 |
Integrative analysis of bulk and single-cell RNA sequencing data reveals distinct subtypes of MAFLD based on N1-methyladenosine regulator expression
2023-Jun, Liver research
IF:2.0Q3
DOI:10.1016/j.livres.2023.06.001
PMID:39958950
|
研究论文 | 通过整合分析bulk和单细胞RNA测序数据,基于m1A调控因子表达将MAFLD分为不同分子亚型 | 首次揭示m1A甲基化修饰在MAFLD异质性中的作用,并识别出关键的m1A调控基因 | 样本量相对有限,需要进一步实验验证 | 探究m1A甲基化修饰在MAFLD发病机制和异质性中的作用 | MAFLD患者肝脏组织 | 生物信息学 | 代谢相关脂肪性肝病 | RNA测序, 单细胞RNA测序, 生物信息学分析 | WGCNA, 细胞通讯网络分析 | 基因表达数据, 单细胞数据 | 6个肝脏样本的33,168个细胞 | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 71 | 2025-10-07 |
Genetic control of the dynamic transcriptional response to immune stimuli and glucocorticoids at single-cell resolution
2023-06, Genome research
IF:6.2Q1
DOI:10.1101/gr.276765.122
PMID:37442575
|
研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术探索糖皮质激素对免疫刺激后外周血单个核细胞转录反应的遗传调控机制 | 开发了新的统计方法量化基因表达变异性和响应伪时间,首次在单细胞水平揭示糖皮质激素逆转免疫刺激效应的动态转录调控 | 研究样本仅来自非裔美国儿童,可能限制结果在其他人群的普适性 | 阐明糖皮质激素对免疫刺激转录反应的动态调控机制及遗传基础 | 96名非裔美国儿童的外周血单个核细胞 | 单细胞基因组学 | 免疫相关疾病 | 单细胞RNA测序 | 对角线线性判别分析 | 单细胞转录组数据 | 96名非裔美国儿童 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 72 | 2024-08-07 |
RNA visualization and single-cell transcriptomics: methods and applications
2023 Jun-Oct, Transcription
DOI:10.1080/21541264.2023.2286761
PMID:38047544
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 73 | 2025-10-07 |
Therapy-associated remodeling of pancreatic cancer revealed by single-cell spatial transcriptomics and optimal transport analysis
2023-Jun-29, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.06.28.546848
PMID:37425692
|
研究论文 | 本研究利用单细胞空间转录组学结合最优输运分析揭示了胰腺癌治疗相关的肿瘤微环境重塑 | 开发了空间约束最优输运相互作用分析(SCOTIA)模型,整合空间距离和配体-受体基因表达来解析细胞间相互作用 | NA | 解析胰腺癌治疗过程中肿瘤微环境的多细胞区域和细胞间相互作用的重塑机制 | 人类胰腺癌组织 | 空间生物学 | 胰腺癌 | 单细胞空间转录组学,最优输运分析,肿瘤类器官共培养系统 | 最优输运模型 | 空间转录组数据 | NA | NA | 单细胞空间转录组学 | NA | NA |
| 74 | 2025-10-07 |
Generation and Functional Analysis of Defective Viral Genomes during SARS-CoV-2 Infection
2023-06-27, mBio
IF:5.1Q1
DOI:10.1128/mbio.00250-23
PMID:37074178
|
研究论文 | 本研究阐明了SARS-CoV-2感染过程中缺陷病毒基因组的生成机制及其与宿主抗病毒免疫反应的关系 | 首次发现SARS-CoV-2缺陷病毒基因组与持续性病毒感染相关,并识别了四个基因组重组热点区域 | 缺陷病毒基因组生成的具体分子机制仍需进一步研究 | 探究SARS-CoV-2缺陷病毒基因组的生成机制和免疫功能 | SARS-CoV-2病毒和COVID-19患者样本 | 病毒学 | COVID-19 | RNA-seq, 单细胞RNA-seq, 二代测序 | NA | 转录组测序数据 | COVID-19患者感染样本和尸检肺组织 | NA | 转录组测序, 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 75 | 2025-10-07 |
Sex specific molecular networks and key drivers of Alzheimer's disease
2023-06-20, Molecular neurodegeneration
IF:14.9Q1
DOI:10.1186/s13024-023-00624-5
PMID:37340466
|
研究论文 | 通过系统生物学方法研究阿尔茨海默病中性别特异性分子网络和关键驱动因子 | 首次通过多组学网络分析识别LRP10作为AD性别差异的关键网络调节因子,并验证其在性别和APOE基因型特异性中的作用机制 | 研究主要基于死后脑组织样本,可能无法完全反映疾病发展过程中的动态变化 | 阐明阿尔茨海默病性别差异的分子机制 | 人类死后脑组织样本和AD小鼠模型 | 生物信息学 | 阿尔茨海默病 | 转录组学、单细胞RNA测序、酵母双杂交系统、基因扰动实验 | 网络分析、共表达网络 | 转录组数据、单细胞RNA测序数据 | 两个队列(MSBB和ROSMAP)的大规模人类死后脑样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 76 | 2024-12-11 |
Pharmacologic targeting of Nedd8-activating enzyme reinvigorates T-cell responses in lymphoid neoplasia
2023-06, Leukemia
IF:12.8Q1
DOI:10.1038/s41375-023-01889-x
PMID:37031300
|
研究论文 | 本文研究了Nedd8激活酶(NAE)抑制剂pevonedistat在淋巴瘤中的治疗作用,特别是其对CD8 T细胞反应的重新激活 | 首次展示了NAE抑制剂pevonedistat能够直接作用于CD8 T细胞,增强其细胞毒性和细胞因子表达,并在淋巴瘤模型中延缓肿瘤进展 | 研究主要集中在体外实验和小鼠模型,尚未在临床试验中验证其效果 | 探讨NAE抑制剂在淋巴瘤治疗中的潜在作用及其对T细胞反应的影响 | CD8 T细胞、淋巴瘤模型、淋巴瘤患者 | NA | 淋巴瘤 | NA | NA | 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 77 | 2024-12-09 |
T cell-Mediated Development of Stromal Fibroblasts with an Immune-Enhancing Chemokine Profile
2023-Jun-07, Cancer immunology research
IF:8.1Q1
DOI:10.1158/2326-6066.CIR-22-0593
PMID:37285176
|
研究论文 | 研究探讨了癌症相关成纤维细胞(CAF)在不同免疫微环境中的适应性变化及其对T细胞浸润的影响 | 首次揭示了CAF在T细胞介导下可以转变为促进免疫的表型,通过调节CXCL12和CXCL9的表达来影响T细胞的浸润 | 研究主要在体外和小鼠模型中进行,需要进一步的临床验证 | 探讨CAF在不同免疫微环境中的适应性及其对免疫反应的影响 | 癌症相关成纤维细胞(CAF)和T细胞 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 小鼠胰腺腺癌中的CAF样本 | NA | NA | NA | NA |
| 78 | 2024-11-25 |
Temporal regulation of neural diversity in Drosophila and vertebrates
2023-06, Seminars in cell & developmental biology
IF:6.2Q1
DOI:10.1016/j.semcdb.2022.05.011
PMID:35623984
|
综述 | 本文综述了果蝇和脊椎动物神经多样性的时间调控机制 | 本文通过比较果蝇和脊椎动物的脑发育程序,揭示了神经多样性生成中的时间模式机制的共性 | NA | 探讨果蝇和脊椎动物神经多样性的时间调控机制 | 果蝇和脊椎动物的神经多样性生成 | 发育生物学 | NA | 单细胞测序 | NA | 转录组和表观基因组数据 | 大量单细胞样本 | NA | NA | NA | NA |
| 79 | 2024-11-17 |
Recording morphogen signals reveals origins of gastruloid symmetry breaking
2023-Jun-05, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.06.02.543474
PMID:37333235
|
研究论文 | 研究使用合成基因电路追踪早期细胞内信号如何预测干细胞类胚体中细胞的未来前后位置 | 首次揭示了Wnt信号从均匀状态演变为极化状态的关键6小时时间窗口,并发现早期TGF信号的异质性预测了前后位置并调节Wnt信号 | NA | 探究干细胞类胚体如何打破对称性以可重复地定义单一前后轴 | 干细胞类胚体中的前后轴形成机制 | 发育生物学 | NA | 合成基因电路、单细胞RNA测序、活体成像 | NA | 信号数据、细胞位置数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 80 | 2024-11-09 |
Characterization of cell-type specific circular RNAs associated with colorectal cancer metastasis
2023-Jun, NAR cancer
IF:3.4Q2
DOI:10.1093/narcan/zcad021
PMID:37213253
|
研究论文 | 研究了与结直肠癌转移相关的细胞类型特异性环状RNA | 首次系统地研究了结直肠癌转移过程中细胞类型特异性环状RNA的表达和功能 | 研究样本量有限,且仅限于结直肠癌患者 | 探讨环状RNA在结直肠癌转移中的作用及其细胞类型特异性 | 结直肠癌患者的正常、原发和转移样本以及结直肠癌细胞系 | 数字病理学 | 结直肠癌 | RNA测序 | 非负最小二乘统计模型 | RNA | 30个匹配的正常、原发和转移样本,14名结直肠癌转移患者,5个结直肠癌细胞系 | NA | NA | NA | NA |