单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 410 篇文献，本页显示第 61 - 80 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 61 | 2024-09-20 |
A village in a dish model system for population-scale hiPSC studies
2023-06-09, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-023-38704-1
PMID:37296104
|
研究论文 | 本文介绍了一种名为“village in a dish”的模型系统，用于大规模hiPSC研究 | 提出了village cultures方法，将多个hiPSC细胞系在同一培养皿中培养和分化，以实现大规模样本量的研究 | NA | 研究DNA等位基因如何影响疾病风险、药物反应和其他人类表型的机制 | hiPSC细胞系及其在不同条件下的基因表达变化 | 细胞生物学 | NA | 单细胞测序 | NA | 基因表达数据 | 数百或数千个hiPSC细胞系 |
| 62 | 2024-09-20 |
Inhibition of YAP1 activity ameliorates acute lung injury through promotion of M2 macrophage polarization
2023-Jun, MedComm
IF:10.7Q1
DOI:10.1002/mco2.293
PMID:37287755
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研究论文 | 研究探讨了YAP1蛋白在急性肺损伤（ALI）中的作用及其通过促进M2巨噬细胞极化来减轻肺损伤的机制 | 揭示了YAP1通过调节M2巨噬细胞极化来减轻急性肺损伤的新机制 | NA | 研究YAP1在急性肺损伤中的作用及其对M1/M2巨噬细胞极化的调控 | YAP1蛋白、M1/M2巨噬细胞极化、急性肺损伤 | NA | 急性肺损伤 | RNA干扰、单细胞RNA测序 | NA | RNA | ALI小鼠、LPS处理的骨髓来源巨噬细胞（BMMs） |
| 63 | 2024-09-19 |
ADEPT: Autoencoder with differentially expressed genes and imputation for robust spatial transcriptomics clustering
2023-Jun-16, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2023.106792
PMID:37235055
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研究论文 | 本文介绍了一种基于图自编码器和差异表达基因矩阵的迭代聚类方法ADEPT，用于提高空间转录组数据的聚类鲁棒性 | ADEPT通过图自编码器和差异表达基因矩阵的迭代聚类方法，显著提高了空间转录组数据在不同平台上的聚类性能 | NA | 开发一种鲁棒的聚类方法，以提高空间转录组数据在不同平台上的分析效果 | 空间转录组数据 | 生物信息学 | NA | 空间转录组测序 | 图自编码器 | 基因表达数据 | NA |
| 64 | 2024-09-19 |
APOL1 promotes endothelial cell activation beyond the glomerulus
2023-Jun-16, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2023.106830
PMID:37250770
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研究论文 | 研究探讨了APOL1高风险基因型通过内皮细胞内在激活和功能障碍促进慢性肾病的可能性 | 首次揭示了APOL1在多个肾血管床中作为内皮细胞激活诱导剂的作用，并可能影响肾小球血管以外的区域 | 研究主要基于单细胞RNA测序和转录组数据，缺乏直接的体内实验验证 | 探讨APOL1高风险基因型在慢性肾病中的作用机制 | 内皮细胞和APOL1表达 | NA | 慢性肾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 包括来自Kidney Precision Medicine Project的数据集、非洲裔美国人的肾组织数据集以及APOL1表达的转基因小鼠数据集 |
| 65 | 2024-09-19 |
Single-cell and spatial transcriptomics: deciphering brain complexity in health and disease
2023-06, Nature reviews. Neurology
DOI:10.1038/s41582-023-00809-y
PMID:37198436
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研究论文 | 本文讨论了单细胞和空间转录组学技术在解析健康和疾病状态下大脑复杂性中的应用 | 本文介绍了单细胞和空间转录组学技术在解析大脑疾病病理机制中的创新应用，特别是在选择性神经元脆弱性、神经免疫功能障碍和细胞类型特异性治疗反应方面的见解 | 单细胞RNA测序需要组织样本的解离，导致细胞间相互关系的信息丢失；空间转录组学技术虽然保留了空间信息，但仍存在局限性，并讨论了未来的发展方向 | 探讨单细胞和空间转录组学技术在解析大脑疾病病理机制中的应用 | 大脑在健康和疾病状态下的复杂性 | 单细胞技术 | NA | 单细胞RNA测序，空间转录组学 | NA | 基因表达数据 | 数千个细胞 |
| 66 | 2024-09-19 |
Comprehensive landscape of TGFβ-related signature in osteosarcoma for predicting prognosis, immune characteristics, and therapeutic response
2023-Jun, Journal of bone oncology
IF:3.1Q2
DOI:10.1016/j.jbo.2023.100484
PMID:37234254
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研究论文 | 本研究通过RNA-seq数据识别出与TGFβ相关的82个差异表达基因，并开发了一种新的TGFβ相关预后标志物，用于预测骨肉瘤患者的预后、免疫特征和治疗反应 | 首次系统地研究了TGFβ相关基因在骨肉瘤中的作用，并开发了一种新的预后标志物，结合临床特征和风险评分构建了预测模型 | 研究主要基于数据库中的RNA-seq数据，缺乏临床样本的直接验证 | 研究TGFβ相关基因在骨肉瘤中的作用，开发新的预后标志物以提高骨肉瘤患者的个性化治疗效果 | 骨肉瘤患者及其TGFβ相关基因的表达情况 | 数字病理学 | 骨肉瘤 | RNA-seq | LASSO和多因素Cox分析 | RNA-seq数据 | 基于TARGET和GETx数据库的RNA-seq数据，具体样本数量未明确提及 |
| 67 | 2024-09-16 |
Mechanical stimuli-induced CCL2 restores adult mouse cells to regenerate hair follicles
2023-Jun-13, Molecular therapy. Nucleic acids
DOI:10.1016/j.omtn.2023.03.002
PMID:37020681
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研究论文 | 研究机械刺激如何通过CCL2介导的微环境调控机制促进成年小鼠毛囊再生 | 首次揭示了机械刺激通过CCL2介导的化学信号通路促进毛囊再生的机制 | NA | 探讨机械刺激诱导毛囊再生的机制 | 成年小鼠的皮肤细胞和毛囊 | NA | NA | RNA测序（RNA-seq）和单细胞RNA测序 | NA | RNA序列数据 | 涉及多个时间点的皮肤细胞样本和毛囊移植实验 |
| 68 | 2024-08-14 |
Spatial Transcriptomic Cell-type Deconvolution Using Graph Neural Networks
2023-Jun-09, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.03.10.532112
PMID:37333198
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研究论文 | 本文介绍了一种基于图神经网络的细胞类型反卷积模型STdGCN，用于空间转录组数据的细胞类型解析 | STdGCN是首个结合单细胞RNA测序数据表达谱和空间转录组数据空间定位信息进行细胞类型反卷积的模型 | NA | 开发一种新的方法来解析空间转录组数据中的细胞类型 | 空间转录组数据中的细胞类型 | 机器学习 | NA | 空间转录组学, 单细胞RNA测序 | 图神经网络 | 转录组数据 | 多个空间转录组数据集，包括人类乳腺癌Visium数据集和人类心脏空间转录组数据集 |
| 69 | 2024-08-05 |
Automated time-lapse data segmentation reveals in vivo cell state dynamics
2023-06-02, Science advances
IF:11.7Q1
DOI:10.1126/sciadv.adf1814
PMID:37267354
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研究论文 | 本文探讨了胚胎发育中的细胞状态动态和群体细胞行为。 | 创新点在于结合单细胞RNA测序数据和活体时间推移细胞追踪数据，定量映射细胞状态到胚胎上，并分析了细胞运动状态的时间平均模式。 | 限制在于个体胚胎的瞬时偏差可能影响整体细胞运动的对称性，未深入探讨这些偏差的具体影响。 | 研究胚胎发育过程中的细胞状态转变及其叠加效应。 | 以斑马鱼尾芽为研究对象，通过分析细胞基因表达和运动状态。 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 时间推移数据 | 多个斑马鱼胚胎 |
| 70 | 2024-08-04 |
stAPAminer: Mining Spatial Patterns of Alternative Polyadenylation for Spatially Resolved Transcriptomic Studies
2023-06, Genomics, proteomics & bioinformatics
DOI:10.1016/j.gpb.2023.01.003
PMID:36669641
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研究论文 | 本文开发了一种工具stAPAminer，用于从空间条形码ST数据中挖掘替代聚腺苷酸化的空间模式 | 提出了一种基于k-最近邻算法的插补模型，以恢复APA信号并识别具有空间APA使用变化模式的基因 | 虽然本研究提供了空间APA模式的详细视图，但尚未探索所有细胞类型的APA信号 | 研究替代聚腺苷酸化在空间转录组学中的角色和模式 | 主要分析小鼠嗅球的空间转录组数据来识别和量化APA位点 | 数字病理学 | NA | 空间转录组学 | k最近邻算法 | 转录组数据 | 分析了小鼠嗅球的空间转录组数据及其两个附加副本 |
| 71 | 2024-08-05 |
Activation of Angiopoietin-Tie2 Signaling Protects the Kidney from Ischemic Injury by Modulation of Endothelial-Specific Pathways
2023-06-01, Journal of the American Society of Nephrology : JASN
IF:10.3Q1
DOI:10.1681/ASN.0000000000000098
PMID:36787763
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研究论文 | 本研究探讨了激活Angiopoietin-Tie2信号通路如何通过调节内皮特异性途径来保护肾脏免受缺血损伤。 | 引入了Hepta-ANG1作为一种新的治疗生物药物，并提供了Tie2激活保护肾脏的分子机制依据。 | 本研究的局限性未在摘要中提到 | 研究缺血再灌注急性肾损伤（IR-AKI）中Tie2信号的激活及其保护作用。 | 使用VE-PTP小鼠和C57BL/6J小鼠进行实验，研究其在肾脏缺血再灌注损伤中的作用。 | 数字病理学 | 急性肾损伤 | 单细胞RNA测序 | NA | 组织活检, RNA测序 | 使用VE-PTP野生型和敲除小鼠及C57BL/6J小鼠的样本 |
| 72 | 2024-08-05 |
Border-associated macrophages mediate the neuroinflammatory response in an alpha-synuclein model of Parkinson disease
2023-06-26, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-023-39060-w
PMID:37365181
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研究论文 | 这篇文章探讨了边界相关巨噬细胞在帕金森病α-突触核蛋白模型中的神经炎症反应中的作用 | 揭示了边界相关巨噬细胞在神经炎症反应中的关键作用，尤其是在抗原呈递和CD4 T细胞反应中的独特地位 | 尚不清楚边界相关巨噬细胞在其他神经退行性疾病中的作用 | 研究边界相关巨噬细胞在帕金森病神经炎症中的作用 | 边界相关巨噬细胞以及它们在α-突触核蛋白引发的神经炎症中的角色 | 数字病理 | 帕金森病 | 单细胞RNA测序 | NA | 细胞 | 从后期死亡的帕金森病大脑中关于巨噬细胞和T细胞的位置特征进行的研究 |
| 73 | 2024-08-04 |
An information theoretic approach to detecting spatially varying genes
2023-06-26, Cell reports methods
IF:4.3Q2
DOI:10.1016/j.crmeth.2023.100507
PMID:37426750
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研究论文 | 本文采用信息论方法检测空间变异基因的表达模式 | 提出了一种新的算法Maxspin，以提高空间转录组技术的准确性和可扩展性 | 未提及具体的局限性 | 识别具有空间变异表达模式的基因 | 肾细胞癌样本中的空间转录组数据 | 数字病理学 | 肾细胞癌 | 空间转录组技术 | Maxspin | 空间转录组数据 | 肾细胞癌样本的空间转录组数据 |
| 74 | 2024-08-05 |
Intracellular pH dynamics regulates intestinal stem cell lineage specification
2023-06-23, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-023-39312-9
PMID:37353491
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研究论文 | 本文报告了细胞内pH动态对成人干细胞谱系特征的调节作用 | 发现细胞内pH梯度在小鼠小肠隐窝中存在，并与干细胞谱系特征关联 | 实验主要基于小鼠模型，可能对人类的适用性存在局限性 | 探讨细胞内pH动态在成人干细胞谱系特征中的作用 | 小鼠小肠中的隐窝干细胞及其谱系特征 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA | NA |
| 75 | 2024-08-05 |
ITGA3 acts as a purity-independent biomarker of both immunotherapy and chemotherapy resistance in pancreatic cancer: bioinformatics and experimental analysis
2023-Jun-04, Functional & integrative genomics
IF:3.9Q1
DOI:10.1007/s10142-023-01122-z
PMID:37270717
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研究论文 | 该文章研究了ITGA3在胰腺癌中作为化疗和免疫治疗抗药性的生物标志物的作用 | 提出ITGA3作为与胰腺癌化疗和免疫治疗抗药性相关的独立生物标志物 | 不同癌症类型之间的异质性可能影响结果的普遍适用性 | 探讨整合素超家族基因在胰腺癌治疗抗药性中的作用 | 胰腺癌患者的整合素超家族基因及其与治疗抗药性的关联 | 数字病理学 | 胰腺癌 | RNA测序、机器学习 | Cox回归模型 | 多组学数据 | 30个整合素超家族基因的组分析数据 |
| 76 | 2024-08-05 |
VarID2 quantifies gene expression noise dynamics and unveils functional heterogeneity of ageing hematopoietic stem cells
2023-06-23, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-023-02974-1
PMID:37353813
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研究论文 | VarID2量化了基因表达噪声动态，并揭示了衰老造血干细胞的功能异质性 | 开发了VarID2工具以单细胞分辨率量化生物噪声，揭示了传统分析方法无法识别的噪声动态 | 未在摘要中提及具体限制 | 研究基因表达噪声如何影响造血干细胞的衰老与功能 | 衰老小鼠的造血干细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞数据 | 衰老小鼠中的造血干细胞 |
| 77 | 2024-08-05 |
Synergising single-cell resolution and 4sU labelling boosts inference of transcriptional bursting
2023-06-16, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-023-02977-y
PMID:37328900
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研究论文 | 本研究提出了一种数学模型和贝叶斯推断方法，旨在提高转录突发的分析能力 | 提出了一种结合单细胞分辨率和4sU标记的新方法，能够同时估计基因组范围内的参数 | 缺乏足够的实验数据支持该方法的全面验证 | 探索利用单细胞分辨率和4sU标记分析转录突发的有效方法 | 应用于已发布的4sU scRNA-seq数据及其与ChIP-seq数据的关联分析 | 数字病理学 | NA | 4sU标记 | 贝叶斯推断模型 | 基因组数据 | 利用已发布的4sU scRNA-seq数据 |
| 78 | 2024-08-04 |
Polymorphic KIR3DL3 expression modulates tissue-resident and innate-like T cells
2023-06-30, Science immunology
IF:17.6Q1
DOI:10.1126/sciimmunol.ade5343
PMID:37390222
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研究论文 | 本研究探讨了多态性KIR3DL3的表达对组织驻留和类固有T细胞的调节作用 | 首次揭示了KIR3DL3在γδ和CD8 T细胞中的高表达及其抑制T细胞受体刺激的功能 | 未能检测到KIR3DL3多态性对配体结合的影响 | 研究KIR3DL3的表达特征及其生物学功能 | 主要对象是KIR3DL3表达的γδ和CD8 T细胞 | 免疫学 | NA | 高分辨率流式细胞术和单细胞转录组测序 | NA | 细胞 | 涉及少量的KIR3DL3表达细胞 |
| 79 | 2024-08-05 |
Basement membrane proteins in extracellular matrix characterize NF1 neurofibroma development and response to MEK inhibitor
2023-06-15, The Journal of clinical investigation
IF:13.3Q1
DOI:10.1172/JCI168227
PMID:37140985
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研究论文 | 本研究系统调查了在神经纤维瘤发展过程中的细胞外基质(ECM)的富集情况 | 发现基底膜(BM)蛋白是上调的ECM成分，而非主要胶原亚型，并且确定了TGF-β1信号在ECM动态中的作用 | 关于神经纤维瘤发展和治疗反应过程中ECM沉积机制的了解仍然有限 | 研究NF1神经纤维瘤中ECM的变化及其对MEK抑制剂治疗的反应 | 以神经纤维瘤的发育和MEK抑制剂的响应为研究对象 | 数字病理学 | 神经纤维瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 蛋白质组学数据 | NA |
| 80 | 2024-08-05 |
Regionally distinct progenitor cells in the lower airway give rise to neuroendocrine and multiciliated cells in the developing human lung
2023-06-13, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2210113120
PMID:37279279
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研究论文 | 本文描述了在发育中的人类肺部下气道中富集的一种细胞 | 通过单细胞条形码谱系追踪方法，揭示了该细胞与基底细胞的不同分化潜能 | 研究未明确指出具体的局限性 | 研究下气道中细胞的分化潜力及其在上皮多样性中的作用 | 发育中的人类肺部下气道细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）和显微镜 | NA | 细胞 | NA |