单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 410 篇文献，本页显示第 61 - 80 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 61 | 2024-08-05 |
VarID2 quantifies gene expression noise dynamics and unveils functional heterogeneity of ageing hematopoietic stem cells
2023-06-23, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-023-02974-1
PMID:37353813
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研究论文 | VarID2量化了基因表达噪声动态，并揭示了衰老造血干细胞的功能异质性 | 开发了VarID2工具以单细胞分辨率量化生物噪声，揭示了传统分析方法无法识别的噪声动态 | 未在摘要中提及具体限制 | 研究基因表达噪声如何影响造血干细胞的衰老与功能 | 衰老小鼠的造血干细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞数据 | 衰老小鼠中的造血干细胞 |
| 62 | 2024-08-05 |
Synergising single-cell resolution and 4sU labelling boosts inference of transcriptional bursting
2023-06-16, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-023-02977-y
PMID:37328900
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研究论文 | 本研究提出了一种数学模型和贝叶斯推断方法，旨在提高转录突发的分析能力 | 提出了一种结合单细胞分辨率和4sU标记的新方法，能够同时估计基因组范围内的参数 | 缺乏足够的实验数据支持该方法的全面验证 | 探索利用单细胞分辨率和4sU标记分析转录突发的有效方法 | 应用于已发布的4sU scRNA-seq数据及其与ChIP-seq数据的关联分析 | 数字病理学 | NA | 4sU标记 | 贝叶斯推断模型 | 基因组数据 | 利用已发布的4sU scRNA-seq数据 |
| 63 | 2024-08-04 |
Polymorphic KIR3DL3 expression modulates tissue-resident and innate-like T cells
2023-06-30, Science immunology
IF:17.6Q1
DOI:10.1126/sciimmunol.ade5343
PMID:37390222
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研究论文 | 本研究探讨了多态性KIR3DL3的表达对组织驻留和类固有T细胞的调节作用 | 首次揭示了KIR3DL3在γδ和CD8 T细胞中的高表达及其抑制T细胞受体刺激的功能 | 未能检测到KIR3DL3多态性对配体结合的影响 | 研究KIR3DL3的表达特征及其生物学功能 | 主要对象是KIR3DL3表达的γδ和CD8 T细胞 | 免疫学 | NA | 高分辨率流式细胞术和单细胞转录组测序 | NA | 细胞 | 涉及少量的KIR3DL3表达细胞 |
| 64 | 2024-08-05 |
Basement membrane proteins in extracellular matrix characterize NF1 neurofibroma development and response to MEK inhibitor
2023-06-15, The Journal of clinical investigation
IF:13.3Q1
DOI:10.1172/JCI168227
PMID:37140985
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研究论文 | 本研究系统调查了在神经纤维瘤发展过程中的细胞外基质(ECM)的富集情况 | 发现基底膜(BM)蛋白是上调的ECM成分，而非主要胶原亚型，并且确定了TGF-β1信号在ECM动态中的作用 | 关于神经纤维瘤发展和治疗反应过程中ECM沉积机制的了解仍然有限 | 研究NF1神经纤维瘤中ECM的变化及其对MEK抑制剂治疗的反应 | 以神经纤维瘤的发育和MEK抑制剂的响应为研究对象 | 数字病理学 | 神经纤维瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 蛋白质组学数据 | NA |
| 65 | 2024-08-05 |
Regionally distinct progenitor cells in the lower airway give rise to neuroendocrine and multiciliated cells in the developing human lung
2023-06-13, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2210113120
PMID:37279279
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研究论文 | 本文描述了在发育中的人类肺部下气道中富集的一种细胞 | 通过单细胞条形码谱系追踪方法，揭示了该细胞与基底细胞的不同分化潜能 | 研究未明确指出具体的局限性 | 研究下气道中细胞的分化潜力及其在上皮多样性中的作用 | 发育中的人类肺部下气道细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）和显微镜 | NA | 细胞 | NA |
| 66 | 2024-08-04 |
Integrated multi-omics analyses reveal homology-directed repair pathway as a unique dependency in near-haploid leukemia
2023-06-08, Blood cancer journal
IF:12.9Q1
DOI:10.1038/s41408-023-00863-1
PMID:37286545
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研究论文 | 本文揭示了近单倍体白血病依赖同源重组修复通路的独特性 | 首次系统性地揭示了近单倍体白血病中RAD51B作为关键基因的重要性 | 研究主要集中在细胞周期特定的基因表达，而对其他潜在机制的探讨有限 | 揭示近单倍体急性淋巴细胞白血病的独特生理特征及潜在易感性 | 近单倍体急性淋巴细胞白血病细胞及相关基因 | 数字病理学 | 急性淋巴细胞白血病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 大量近单倍体急性淋巴细胞白血病患者样本 |
| 67 | 2024-08-04 |
Spatial Single-Cell Technologies for Exploring Gastrointestinal Tissue Transcriptome
2023-06-26, Comprehensive Physiology
IF:4.2Q1
DOI:10.1002/cphy.c210053
PMID:37358516
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评论 | 本文总结了空间单细胞技术在探索胃肠组织转录组方面的最新进展 | 提出了利用空间转录组技术提供基因表达的基因组范围全景，以揭示胃肠组织的分子组成 | 未在摘要中明确指出具体的局限性 | 推广对胃肠生理的理解 | 胃肠道组织及其单细胞层次的功能和表达 | 数字病理学 | NA | 空间转录组技术 | NA | NA | NA |
| 68 | 2024-08-04 |
HSV-2 triggers upregulation of MALAT1 in CD4+ T cells and promotes HIV latency reversal
2023-06-01, The Journal of clinical investigation
IF:13.3Q1
DOI:10.1172/JCI164317
PMID:37079384
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研究论文 | 本研究探讨了单纯疱疹病毒2型（HSV-2）如何促进CD4+ T细胞中MALAT1的上调以及HIV的潜伏期逆转 | 研究首次揭示了HSV-2通过上调MALAT1和其他机制促进HIV-1的再激活 | 本研究没有提及样本的多样性和长期观察的结果 | 探究HSV-2感染如何影响HIV-1的潜伏期和再激活机制 | 研究的对象是人类CD4+ T细胞和2D10细胞模型 | 数字病理学 | HIV/AIDS | 单细胞RNA测序 | 2D10细胞模型 | RNA序列数据 | 使用了人类CD4+ T细胞和若干2D10细胞样本 |
| 69 | 2024-08-04 |
scKINETICS: inference of regulatory velocity with single-cell transcriptomics data
2023-06-30, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btad267
PMID:37387147
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研究论文 | 本研究提出了scKINETICS，一个用于推断细胞速度的基因表达动态模型 | 引入了同时学习每个细胞转录速度和基因调控网络的期望最大化方法，揭示了新的调控因子 | 没有提及具体的限制因素 | 研究转录动态与基因表达变异之间的关系 | 急性胰腺炎数据集中的细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞转录组学 | 动态模型 | 基因表达数据 | NA |
| 70 | 2024-08-04 |
Late-Stage Metastatic Melanoma Emerges through a Diversity of Evolutionary Pathways
2023-06-02, Cancer discovery
IF:29.7Q1
DOI:10.1158/2159-8290.CD-22-1427
PMID:36977461
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研究论文 | 本研究揭示了晚期转移性黑色素瘤的多样性进化路径 | 提供了迄今为止最全面的黑色素瘤转移数据集，并揭示了不同克隆来源和基因组变化在转移中的作用 | 样本来源仅限于14名接受免疫检查点抑制剂治疗的患者，可能影响结果的普遍适用性 | 研究转移路径及免疫检查点抑制剂的抵抗机制，以改善黑色素瘤的预后 | 来自14名接受ICI治疗患者的222个外显子组测序，493个面板测序，161个RNA测序，以及22个单细胞全基因组测序样本 | 数字病理 | 黑色素瘤 | 外显子组测序、面板测序、RNA测序、单细胞全基因组测序 | NA | 基因组数据 | 共涉及14名患者的数据，包括222个外显子组样本，493个面板样本，161个RNA样本，和22个单细胞样本 |
| 71 | 2024-08-05 |
Peripheral Ischemia Imprints Epigenetic Changes in Hematopoietic Stem Cells to Propagate Inflammation and Atherosclerosis
2023-06, Arteriosclerosis, thrombosis, and vascular biology
DOI:10.1161/ATVBAHA.123.318956
PMID:36891902
|
研究论文 | 本研究探讨了外周缺血对造血干细胞的表观遗传变化及其在炎症和动脉粥样硬化中的作用 | 揭示了外周缺血后HSPC的迁移和增殖增加，并确认了IL-3Rb和IL-1R1在炎症和动脉粥样硬化加剧中的关键作用 | 未详细阐明外周动脉疾病患者炎症加剧的具体机制 | 研究外周缺血如何影响造血干细胞及其在慢性炎症和动脉粥样硬化中的潜在作用 | 使用外周动脉疾病患者的外周血和不同饮食条件下的啮齿类动物 | 数字病理学 | 动脉粥样硬化 | RNA测序，流式细胞术 | Apoe-/-小鼠，C57BL/6J小鼠 | 血液样本，骨髓样本 | 外周动脉疾病患者的样本和数个小鼠模型 |
| 72 | 2024-08-04 |
Mapping visual functions onto molecular cell types in the mouse superior colliculus
2023-06-21, Neuron
IF:14.7Q1
DOI:10.1016/j.neuron.2023.03.036
PMID:37086721
|
研究论文 | 本研究揭示了小鼠上丘的不同神经元亚型及其在视觉功能中的角色 | 研究首次通过单细胞转录组学识别了28种神经元亚型，并提出小鼠上丘内抑制性神经元分子亚型的功能组织逻辑 | 研究主要集中在小鼠模型上，结果可能不适用于其他物种 | 探讨小鼠上丘神经元在视觉处理中的分子功能 | 成年小鼠的上丘神经元亚型及其对应的标记基因 | 数字病理学 | NA | 单细胞转录组学 | NA | 基因转录数据 | 数万个成年小鼠上丘神经元 |
| 73 | 2024-08-04 |
Immune mechanisms shape the clonal landscape during early progression of prostate cancer
2023-06-19, Developmental cell
IF:10.7Q1
DOI:10.1016/j.devcel.2023.04.010
PMID:37148881
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研究论文 | 本文探讨了免疫微环境在前列腺癌早期进展中调节肿瘤克隆景观的作用 | 研究展示了肿瘤中的多克隆景观与微环境的关系，并揭示了免疫编辑在克隆生存中的重要性 | 研究主要基于小鼠模型，可能无法完全反映人类前列腺癌的复杂性 | 探讨免疫微环境如何影响肿瘤内异质性和克隆景观 | 主要研究了前列腺癌小鼠模型中的肿瘤微环境和克隆动态 | 数字病理学 | 前列腺癌 | 单细胞转录组学，基因工程小鼠模型 | NA | NA | 使用了基因工程小鼠模型进行研究 |
| 74 | 2024-08-04 |
Characterization of Chemotaxis-Associated Gene Dysregulation in Myeloid Cell Populations in the Lungs during Lipopolysaccharide-Mediated Acute Lung Injury
2023-06-15, Journal of immunology (Baltimore, Md. : 1950)
DOI:10.4049/jimmunol.2200822
PMID:37163318
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研究论文 | 本研究探讨了在脂多糖介导的急性肺损伤中的化学趋向因子及其受体对骨髓细胞群体的调节作用 | 揭示了化学趋向因子配体与受体相互作用导致骨髓细胞异质性及细胞招募至肺部的机制 | 研究主要基于小鼠模型，可能无法完全代表人类情况 | 研究脂多糖介导的急性肺损伤中化学趋向因子的作用 | C57BL/6J小鼠中的骨髓细胞群体 | 数字病理学 | 急性肺损伤 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA-seq | C57BL/6J小鼠，未具体说明样本数量 |
| 75 | 2024-08-07 |
Chemoenzymatic Measurement of LacNAc in Single-Cell Multiomics Reveals It as a Cell-Surface Indicator of Glycolytic Activity of CD8+ T Cells
2023-06-14, Journal of the American Chemical Society
IF:14.4Q1
DOI:10.1021/jacs.3c02602
PMID:37276352
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研究论文 | 本文报道了一种化学酶法用于单细胞水平检测N-乙酰乳糖胺（LacNAc），并通过特定DNA条形码标记LacNAc，揭示了其在CD8+ T细胞中的糖酵解活性指示作用。 | 开发了一种新的化学酶法用于单细胞水平的LacNAc检测，该方法与多种单细胞RNA测序平台兼容，并能与TCR序列和细胞表面表位信息（如scTCR和CITE-seq）结合进行多组学分析。 | NA | 研究单细胞水平上LacNAc作为CD8+ T细胞糖酵解活性指示的生物学作用。 | CD8+ T细胞的糖酵解活性和LacNAc水平。 | 生物化学 | NA | 化学酶法 | NA | 单细胞RNA测序 | 未具体说明样本数量 |
| 76 | 2024-08-05 |
The mitochondrial unfolded protein response regulates hippocampal neural stem cell aging
2023-06-06, Cell metabolism
IF:27.7Q1
DOI:10.1016/j.cmet.2023.04.012
PMID:37146607
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研究论文 | 这篇文章探讨了线粒体未折叠蛋白反应如何影响海马神经干细胞的衰老 | 创新点在于首次将线粒体蛋白折叠压力与神经干细胞衰老的关系建立起来 | 该研究可能仅限于小鼠模型，缺乏对人类的直接验证 | 研究线粒体蛋白折叠压力在神经干细胞衰老中的作用 | 年轻和老年小鼠的海马神经干细胞 | 数字病理学 | 神经退行性疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA序列数据 | 年轻和老年小鼠的单细胞样本 |
| 77 | 2024-08-05 |
CO-CLUSTERING OF SPATIALLY RESOLVED TRANSCRIPTOMIC DATA
2023-Jun, The annals of applied statistics
DOI:10.1214/22-aoas1677
PMID:37811520
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研究论文 | 本文介绍了一种新统计模型SpaRTaCo，用于对空间基因表达数据进行共聚类 | 提出了一种利用空间信息进行细胞和基因聚类的新方法 | 尚欠缺广泛的实证验证，尤其在不同类型组织样本中的适用性 | 旨在更好地理解组织中基因功能和相互作用的空间变化 | 研究细胞类型和基因在组织中空间表达模式的聚类 | 数字病理学 | NA | 10X-Visium | 聚类模型 | 转录组数据 | 应用于一个人脑组织样本 |
| 78 | 2024-08-05 |
Endoplasmic reticulum in oocytes: spatiotemporal distribution and function
2023-Jun, Journal of assisted reproduction and genetics
IF:3.2Q2
DOI:10.1007/s10815-023-02782-3
PMID:37171741
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综述 | 本文系统地回顾了内质网在哺乳动物卵母细胞中的功能、结构以及与其他细胞器的相互作用 | 文章结合了内质网在体外成熟中引发的临床问题，并通过单细胞RNA测序识别了内质网的机制 | NA | 探讨内质网在哺乳动物卵母细胞中的时空分布及其功能 | 哺乳动物卵母细胞及其内质网 | 数字病理 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA | NA |
| 79 | 2024-08-05 |
Exploring the heterogeneity of white adipose tissue in mouse and man
2023-06, Current opinion in genetics & development
IF:3.7Q2
DOI:10.1016/j.gde.2023.102045
PMID:37094486
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研究论文 | 本文讨论了人类和小鼠白色脂肪组织的异质性，特别是成熟脂肪细胞的异质性 | 该研究通过单核RNA测序和空间转录组学拓展了对脂肪细胞亚群体的理解 | 该研究未说明具体实验数据或样本规模 | 探讨脂肪组织的异质性及其在代谢病生理中的潜在贡献 | 人类和小鼠的白色脂肪组织及其细胞成分 | 数字病理学 | NA | 单核RNA测序，空间转录组学 | NA | 细胞类型相关的数据 | NA |
| 80 | 2024-08-05 |
CX3CR1+ Macrophage Facilitates the Resolution of Allergic Lung Inflammation via Interacting CCL26
2023-06-01, American journal of respiratory and critical care medicine
IF:19.3Q1
DOI:10.1164/rccm.202209-1670OC
PMID:36790376
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研究论文 | 这篇文章探讨了CX3CR1+ 巨噬细胞在通过相互作用CCL26促使过敏性肺炎症消退中的作用 | 文章首次揭示了CCL26-CXCR途径在过敏性肺炎症消退中的重要性 | 研究主要集中于特定的细胞机制，可能未覆盖所有相关因素 | 研究组织驻留巨噬细胞在嗜酸性肺炎症消退过程中的机制 | 人类和小鼠模型中的气道巨噬细胞亚群 | 数字病理学 | 过敏性肺炎 | 质谱细胞分析、单细胞RNA测序、物理和免疫学分析 | 转基因小鼠 | 生物样本 | 使用了人类亚段支气管激发和小鼠过敏性肺炎模型的样本 |