单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 410 篇文献，本页显示第 41 - 60 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 41 | 2024-11-07 |
SOX9 Modulates the Transformation of Gastric Stem Cells Through Biased Symmetric Cell Division
2023-06, Gastroenterology
IF:25.7Q1
DOI:10.1053/j.gastro.2023.01.037
PMID:36740200
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研究论文 | 研究探讨了SOX9基因在胃干细胞通过偏向性对称细胞分裂进行恶性转化中的作用 | 提出了SOX9+SOX2+细胞在胃癌发生中的重要作用，并开发了一种新的鼠模型来研究这一过程 | 研究主要基于鼠模型和胃癌患者样本，可能无法完全反映人类胃癌的复杂性 | 研究胃干细胞在胃癌发生初期的行为，并探讨SOX9基因在这一过程中的作用 | 胃干细胞和胃癌 | NA | 胃癌 | 单细胞RNA测序、免疫染色、CRISPR/Cas9基因编辑 | NA | 组织样本 | 鼠模型和胃癌患者样本 |
| 42 | 2024-10-05 |
Spatiotemporal single-cell transcriptomic profiling reveals inflammatory cell states in a mouse model of diffuse alveolar damage
2023-Jun, Exploration (Beijing, China)
DOI:10.1002/EXP.20220171
PMID:37933384
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研究论文 | 本文通过结合单细胞和空间转录组学技术，系统分析了在小鼠弥漫性肺泡损伤模型中，由蓖麻毒素气溶胶吸入引起的嗜中性粒细胞炎症的细胞状态 | 本文揭示了稳态下的成纤维细胞向超炎症状态的转变，并发现激活的成纤维细胞与嗜中性粒细胞之间的CXCL1-CXCR2趋化因子轴在进一步招募嗜中性粒细胞中的作用 | NA | 研究弥漫性肺泡损伤过程中炎症细胞状态的变化 | 小鼠弥漫性肺泡损伤模型中的炎症细胞状态 | 数字病理学 | 肺部疾病 | 单细胞和空间转录组学 | NA | 转录组数据 | 小鼠模型 |
| 43 | 2024-10-01 |
Effects of 3-HAA on HCC by Regulating the Heterogeneous Macrophages-A scRNA-Seq Analysis
2023-06, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202207074
PMID:37013458
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研究论文 | 研究3-HAA对肝细胞癌（HCC）的免疫调节作用及其对异质性巨噬细胞的影响 | 首次通过scRNA-Seq分析揭示了3-HAA在HCC中的免疫调节作用及其对巨噬细胞亚群的影响 | 研究仅限于实验模型，尚未在临床环境中验证 | 探讨3-HAA在肝细胞癌中的免疫调节作用 | 3-HAA对HCC模型中巨噬细胞亚群的影响 | 数字病理学 | 肝癌 | scRNA-Seq | NA | 单细胞RNA测序数据 | 涉及HCC模型的多个细胞亚群 |
| 44 | 2024-09-30 |
Spatial Transcriptomics: Technical Aspects of Recent Developments and Their Applications in Neuroscience and Cancer Research
2023-06, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202206939
PMID:37026425
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综述 | 本文综述了空间转录组学的最新进展及其在神经科学和癌症研究中的应用 | 空间转录组学从传统生物学研究转向“原位”生物学，提供了转录组规模的空间信息 | NA | 探讨空间转录组学的技术进展及其在生物医学领域的应用 | 空间转录组学技术及其在神经科学和癌症研究中的应用 | 生物信息学 | 癌症 | 空间转录组学 | NA | 转录组数据 | NA |
| 45 | 2024-09-28 |
Transcriptomics for Clinical and Experimental Biology Research: Hang on a Seq
2023-Jun, Advanced genetics (Hoboken, N.J.)
DOI:10.1002/ggn2.202200024
PMID:37288167
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研究论文 | 本文比较了RNA测序和微阵列技术在转录组研究中的优缺点 | 提出重新评估和广泛使用现代高密度微阵列数据，以修订现有的解剖RNA参考图谱并更准确地研究长非编码RNA | RNA测序技术在常表达基因的异质性覆盖方面存在局限，影响通路分析的有效性和可重复性 | 探讨RNA测序和微阵列技术在转录组研究中的应用和局限性 | RNA测序和微阵列技术在转录组研究中的性能和适用性 | 基因组学 | NA | RNA测序 | NA | 转录组数据 | NA |
| 46 | 2024-09-23 |
Inferring Cell-Cell Communications from Spatially Resolved Transcriptomics Data Using a Bayesian Tweedie Model
2023-06-28, Genes
IF:2.8Q2
DOI:10.3390/genes14071368
PMID:37510272
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研究论文 | 提出了一种基于贝叶斯Tweedie模型的方法，用于从空间分辨转录组数据中推断细胞间通信 | 提出了BATCOM方法，通过广义线性回归模型估计细胞类型间的通信分数，并考虑了它们之间的距离，提供了通信方向和配体受体相互作用的信息 | NA | 推断细胞间通信并理解生物机制 | 细胞间通信 | 生物信息学 | NA | 空间分辨转录组学 | 贝叶斯Tweedie模型 | 转录组数据 | NA |
| 47 | 2024-09-23 |
Self-formation of concentric zones of telencephalic and ocular tissues and directional retinal ganglion cell axons
2023-Jun-20, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.03.22.533827
PMID:36993285
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研究论文 | 研究报告了人类端脑-眼类器官的自发形成，这些类器官包含沿着中心-周边轴排列的端脑、视神经、视盘和神经视网膜组织 | 首次展示了人类端脑-眼类器官的自发形成，并揭示了视网膜神经节细胞轴突定向生长的机制 | NA | 探讨端脑和眼组织在人类中的协调发育，以及视网膜神经节细胞轴突的定向生长 | 人类端脑、视神经、视盘和神经视网膜组织 | NA | 青光眼 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | NA |
| 48 | 2024-09-23 |
Reciprocal interactions between alveolar progenitor dysfunction and aging promote lung fibrosis
2023-06-14, eLife
IF:6.4Q1
DOI:10.7554/eLife.85415
PMID:37314162
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研究论文 | 研究探讨了衰老和肺泡祖细胞功能障碍之间的相互作用如何促进肺纤维化 | 通过单细胞RNA测序分析，揭示了衰老和肺损伤对肺泡上皮细胞基因表达程序的协同影响，并发现了与肺纤维化相关的基因表达特征 | 研究主要基于小鼠模型和IPF患者样本，可能无法完全反映人类肺纤维化的复杂性 | 探讨衰老和肺泡祖细胞功能障碍在肺纤维化中的作用机制 | 肺泡上皮细胞（AEC2s）及其在衰老和肺损伤中的基因表达变化 | NA | 肺纤维化 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 年轻和老年小鼠的肺组织样本，IPF患者和健康捐赠者的肺组织样本 |
| 49 | 2024-09-23 |
RETROFIT: Reference-free deconvolution of cell-type mixtures in spatial transcriptomics
2023-Jun-09, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.06.07.544126
PMID:37333291
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研究论文 | 提出了一种名为RETROFIT的无参考贝叶斯方法，用于空间转录组学数据中细胞类型的去卷积 | RETROFIT无需单细胞转录组参考数据，能够生成稀疏且可解释的解决方案，独立于单细胞转录组参考数据进行细胞类型去卷积 | NA | 开发一种无需参考数据的空间转录组学数据细胞类型去卷积方法 | 空间转录组学数据中的细胞类型 | 空间转录组学 | NA | 贝叶斯方法 | NA | 转录组数据 | 合成数据和真实数据，包括Slide-seq和Visium平台的数据 |
| 50 | 2024-09-23 |
Interleukin-21 Drives a Hypermetabolic State and CD4+ T Cell-associated Pathogenicity in Chronic Intestinal Inflammation
2023-Jun-06, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.06.02.543518
PMID:37333332
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研究论文 | 研究IL-21在慢性肠道炎症中驱动CD4+ T细胞相关病原性和高代谢状态的作用 | 首次揭示了IL-21通过影响线粒体-内质网接触位点，导致Treg细胞代谢功能障碍，从而加剧炎症反应 | 研究主要基于体外实验和小鼠模型，尚未在人体内验证 | 探讨细胞代谢在Treg细胞相关肠道稳态中的作用 | Treg细胞在慢性肠道炎症中的代谢功能 | NA | 肠道炎症 | 电子显微镜、共聚焦成像、近端连接分析、免疫印迹、质谱流式细胞术、流式细胞术、代谢组学、基因表达分析、实时代谢分析 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 使用了克罗恩病患者的单细胞RNA测序数据和基因修饰的Treg细胞在小鼠结肠炎模型中的应用 |
| 51 | 2024-09-23 |
CAR T-cell design dependent remodeling of the brain tumor immune microenvironment identify macrophages as key players that inhibit or promote anti-tumor activity
2023-Jun-06, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-2972427/v1
PMID:37333156
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研究论文 | 研究了CAR T细胞设计对脑肿瘤免疫微环境的影响，并识别出巨噬细胞在抑制或促进抗肿瘤活性中的关键作用 | 首次探讨了CAR T细胞设计对脑肿瘤免疫微环境的影响，并揭示了巨噬细胞在抗肿瘤反应中的双重作用 | 研究仅限于特定的B7-H3 CAR T细胞和免疫功能正常的胶质瘤模型 | 探讨CAR T细胞设计对脑肿瘤免疫微环境的影响，以开发更有效的T细胞免疫疗法 | B7-H3特异性CAR T细胞及其在胶质瘤模型中的抗肿瘤活性 | 免疫学 | 脑肿瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 六个不同设计的B7-H3 CAR T细胞 |
| 52 | 2024-09-23 |
ENPP1 is an innate immune checkpoint of the anticancer cGAMP-STING pathway
2023-Jun-05, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.06.01.543353
PMID:37333273
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研究论文 | 本文探讨了ENPP1作为抗癌cGAMP-STING通路的固有免疫检查点的机制 | 发现ENPP1通过抑制cGAMP-STING介导的抗肿瘤免疫和激活免疫抑制性eADO信号来促进乳腺癌的生长和转移 | NA | 研究ENPP1在乳腺癌中的作用及其作为免疫检查点的机制 | ENPP1在乳腺癌中的表达及其对cGAMP-STING通路的影响 | 癌症研究 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | RNA | 乳腺癌患者样本 |
| 53 | 2024-09-23 |
Efficient and accurate KIR and HLA genotyping with massively parallel sequencing data
2023-06, Genome research
IF:6.2Q1
DOI:10.1101/gr.277585.122
PMID:37169596
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研究论文 | 本文介绍了一种名为T1K的新型计算方法，用于从RNA-seq、全基因组测序或全外显子测序数据中高效准确地推断KIR和HLA等位基因 | T1K方法能够联合考虑所有基因型的等位基因，可靠地识别存在的基因并区分同源基因，包括具有挑战性的基因。此外，T1K还能调用新的单核苷酸变异并处理单细胞数据 | NA | 开发一种高效准确的计算方法，用于从大规模并行测序数据中进行KIR和HLA基因分型 | KIR基因和HLA基因 | 基因组学 | NA | 大规模并行测序 | T1K | RNA-seq、全基因组测序、全外显子测序 | NA |
| 54 | 2024-09-23 |
The expanding vistas of spatial transcriptomics
2023-06, Nature biotechnology
IF:33.1Q1
DOI:10.1038/s41587-022-01448-2
PMID:36192637
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研究论文 | 本文探讨了空间转录组学技术的发展及其在组织细胞类型结构、细胞间相互作用和组织成分间分子相互作用研究中的应用 | 介绍了空间转录组学技术的新进展，包括其在敏感性、多重性和通量方面的快速提升 | NA | 探讨空间转录组学技术的发展及其在生物学研究中的应用 | 组织中的基因表达及其在细胞类型结构、细胞间相互作用和分子相互作用中的作用 | 基因组学 | NA | 空间转录组学技术 | NA | 基因表达数据 | NA |
| 55 | 2024-09-23 |
Neuraminidase is a host-directed approach to regulate neutrophil responses in sepsis and COVID-19
2023-06, British journal of pharmacology
IF:6.8Q1
DOI:10.1111/bph.16013
PMID:36526272
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研究论文 | 研究探讨了神经氨酸酶作为宿主导向方法在调节脓毒症和COVID-19中中性粒细胞反应的作用 | 首次提出神经氨酸酶1（NEU1）与基质金属蛋白酶9（MMP-9）的相互作用在脓毒症和COVID-19中引发中性粒细胞过度激活 | 研究主要基于体外实验和动物模型，尚未在人体中进行验证 | 研究神经氨酸酶在严重感染中调节中性粒细胞反应的作用 | 健康捐赠者和COVID-19患者的中性粒细胞，以及感染了MHV-3的小鼠 | NA | COVID-19 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 健康捐赠者和COVID-19患者的呼吸道样本，以及感染了MHV-3的小鼠 |
| 56 | 2024-09-21 |
The effect of background noise and its removal on the analysis of single-cell expression data
2023-06-19, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-023-02978-x
PMID:37337297
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研究论文 | 研究背景噪音及其去除对单细胞表达数据分析的影响 | 通过基因型估计评估了三种去除背景噪音方法的性能，发现CellBender在背景噪音水平估计和标记基因检测方面表现最佳 | 背景噪音去除可能对细胞聚类和分类的精细结构产生影响 | 探讨背景噪音在单细胞实验中的程度、来源及其影响，并提供处理背景噪音的指导 | 背景噪音在单细胞和单核RNA-seq实验中的影响 | 单细胞测序 | NA | RNA-seq | NA | 表达数据 | 三个scRNA-seq和两个snRNA-seq的小鼠肾脏重复实验，涉及两种小鼠亚种的细胞混合 |
| 57 | 2024-09-21 |
eSPRESSO: topological clustering of single-cell transcriptomics data to reveal informative genes for spatio-temporal architectures of cells
2023-Jun-15, BMC bioinformatics
IF:2.9Q1
DOI:10.1186/s12859-023-05355-4
PMID:37322439
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研究论文 | 本文介绍了一种名为eSPRESSO的新方法，用于通过单细胞转录组数据进行拓扑聚类，以揭示细胞时空结构中的信息基因 | eSPRESSO方法通过随机自组织映射聚类和马尔可夫链蒙特卡罗计算，能够有效地从转录组数据中重建细胞的时空拓扑结构，并揭示拓扑信息基因 | NA | 研究动物发育过程中基因表达的时空动态，并开发新的计算方法来重建组织结构 | 人类胚胎心脏、小鼠胚胎、大脑、胚胎心脏和肝小叶的细胞时空结构 | 生物信息学 | NA | 随机自组织映射聚类、马尔可夫链蒙特卡罗计算 | NA | 转录组数据 | 人类胚胎心脏、小鼠胚胎、大脑、胚胎心脏和肝小叶的细胞 |
| 58 | 2024-09-21 |
Integration single-cell and bulk RNA-sequencing data to reveal senescence gene expression profiles in heart failure
2023-Jun, Heliyon
IF:3.4Q1
DOI:10.1016/j.heliyon.2023.e16214
PMID:37332931
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研究论文 | 本研究通过整合单细胞和批量RNA测序数据，揭示了心力衰竭中的衰老基因表达谱 | 首次整合单细胞和批量RNA测序数据来研究心力衰竭中的衰老基因表达谱 | 需要进一步研究衰老基因在心力衰竭中的表达模式和分子调控机制 | 揭示衰老在心力衰竭中的作用 | 心力衰竭心脏样本和衰老基因数据 | 数字病理学 | 心血管疾病 | RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 心力衰竭心脏样本数据来自Gene Expression Omnibus数据库，衰老基因数据来自CellAge |
| 59 | 2024-09-20 |
A comprehensive mouse kidney atlas enables rare cell population characterization and robust marker discovery
2023-Jun-16, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2023.106877
PMID:37275529
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研究论文 | 本文创建了一个全面的成年小鼠肾脏图谱，整合了来自八个独立研究的140,000个细胞和细胞核的单细胞和单核RNA测序数据，以识别和表征罕见的细胞群体及其标记物 | 本文构建了一个层次模型来协调不同数据集的注释，并利用该模型预测了先前缺失的细胞注释，同时识别了难以理解的细胞类型和过渡状态的可重复标记物 | NA | 创建一个全面的成年小鼠肾脏图谱，以识别和表征罕见的细胞群体及其标记物 | 成年小鼠肾脏的细胞群体及其标记物 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | 层次模型 | RNA测序数据 | 140,000个细胞和细胞核，来自59个公开的单细胞和单核RNA测序数据集，涉及八个独立研究 |
| 60 | 2024-09-20 |
microRNA-132 regulates gene expression programs involved in microglial homeostasis
2023-Jun-16, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2023.106829
PMID:37250784
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研究论文 | 研究了microRNA-132在调节小胶质细胞稳态中的基因表达程序 | 首次深入分析了miR-132在调节小胶质细胞稳态中的分子途径 | 需要进一步研究miR-132补充对阿尔茨海默病治疗的潜在影响 | 探讨miR-132在阿尔茨海默病中的作用及其对小胶质细胞稳态的影响 | miR-132及其在小胶质细胞稳态中的作用 | NA | 阿尔茨海默病 | 单细胞转录组学、蛋白质组学和AGO-CLIP数据集 | NA | 基因表达数据 | 小鼠海马体和人类诱导多能干细胞来源的小胶质细胞 |