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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 41 | 2025-10-06 |
Concerted epithelial and stromal changes during progression of Barrett's Esophagus to invasive adenocarcinoma exposed by multi-scale, multi-omics analysis
2023-Jun-11, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.06.08.544265
PMID:37333362
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研究论文 | 通过多尺度多组学分析揭示巴雷特食管向浸润性腺癌进展过程中上皮和基质的协同变化 | 整合单细胞转录组学、细胞外基质蛋白质组学、组织力学和空间蛋白质组学,首次系统揭示巴雷特食管进展为腺癌过程中上皮和基质的协同变化 | 样本量相对有限(64个样本来自12名患者) | 研究巴雷特食管向食管腺癌进展的分子和细胞机制 | 巴雷特食管患者从鳞状上皮经化生、不典型增生到腺癌的进展过程 | 数字病理学 | 食管癌 | 单细胞转录组学, 细胞外基质蛋白质组学, 组织力学分析, 空间蛋白质组学 | NA | 转录组数据, 蛋白质组数据, 力学数据, 空间数据 | 64个样本来自12名患者 | NA | 单细胞RNA-seq, 空间蛋白质组学 | NA | NA |
| 42 | 2025-10-06 |
Late-Stage Metastatic Melanoma Emerges through a Diversity of Evolutionary Pathways
2023-06-02, Cancer discovery
IF:29.7Q1
DOI:10.1158/2159-8290.CD-22-1427
PMID:36977461
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研究论文 | 本研究通过多组学分析揭示了晚期转移性黑色素瘤的多样化进化途径 | 提供了迄今最全面的黑色素瘤患者内转移数据集,揭示了全基因组倍增、杂合性缺失、KIT染色体外DNA和MYC扩增等新机制 | 样本量相对有限(14名患者),主要基于ICI治疗患者 | 探索黑色素瘤转移和对免疫检查点抑制剂耐药的进化途径 | 晚期转移性黑色素瘤患者 | 癌症基因组学 | 黑色素瘤 | 外显子组测序, 靶向测序, RNA测序, 单细胞全基因组测序 | NA | 基因组测序数据, 转录组数据 | 14名ICI治疗患者,共898个样本(222外显子组、493靶向测序、161RNA测序、22单细胞全基因组) | NA | 单细胞全基因组测序, 外显子组测序, RNA测序 | NA | NA |
| 43 | 2025-10-06 |
Vascular mechanisms of post-COVID-19 conditions: Rho-kinase is a novel target for therapy
2023-06-02, European heart journal. Cardiovascular pharmacotherapy
DOI:10.1093/ehjcvp/pvad025
PMID:37019821
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研究论文 | 本研究探讨了新冠后遗症中血管功能障碍的机制,发现Rho激酶是潜在治疗靶点 | 首次揭示新冠后遗症患者血管中Rho激酶激活导致血管纤维化和肌球蛋白轻链磷酸化增强 | 样本量较小(37例),主要为住院康复患者,缺乏长期随访数据 | 探究新冠后遗症血管功能障碍的分子机制并寻找治疗靶点 | 新冠住院康复患者和风险因素匹配的对照组 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 空间转录组学,免疫组织化学,组织病理学,血管肌动描记法 | NA | 生物组织样本,影像数据,生物标志物 | 37例(27例新冠康复患者,10例对照组) | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 44 | 2025-10-06 |
Single-Cell RNA Sequencing Unifies Developmental Programs of Esophageal and Gastric Intestinal Metaplasia
2023-06-02, Cancer discovery
IF:29.7Q1
DOI:10.1158/2159-8290.CD-22-0824
PMID:36929873
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序揭示食管和胃肠化生的共同发育轨迹 | 首次构建涵盖整个胃肠道的单细胞转录组图谱,发现食管和胃肠化生具有分子相似性及表型嵌合特征 | 未明确说明样本量大小及具体测序平台细节 | 探究食管和胃肠化生的发育轨迹与分子特征 | 胃肠道组织样本(包括正常生理状态和病理状态) | 单细胞组学 | 食管腺癌、胃腺癌 | 单细胞RNA测序、蛋白表达研究 | NA | 单细胞转录组数据、蛋白表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 45 | 2025-10-06 |
Transcriptomics for Clinical and Experimental Biology Research: Hang on a Seq
2023-Jun, Advanced genetics (Hoboken, N.J.)
DOI:10.1002/ggn2.202200024
PMID:37288167
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评论 | 比较现代微阵列与RNA测序技术在转录组研究中的优劣 | 提出需要重新评估批量转录组方法,强调现代高密度微阵列在准确量化基因表达方面的优势 | 主要关注批量转录组技术,对单细胞测序和长读长测序仅作简要讨论 | 比较不同转录组技术的性能并推动现有RNA参考图谱的修订 | 蛋白质编码基因和长链非编码RNA(lncRNA) | 转录组学 | NA | 微阵列, RNA测序(RNA-seq) | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 批量RNA-seq, 微阵列 | NA | NA |
| 46 | 2025-10-06 |
Late-onset enteric virus infection associated with hepatitis (EVAH) in transplanted SCID patients
2023-06, The Journal of allergy and clinical immunology
IF:11.4Q1
DOI:10.1016/j.jaci.2022.12.822
PMID:36638922
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研究论文 | 本研究探讨移植后严重联合免疫缺陷患者中与肠道病毒感染相关的迟发性肝炎的发病机制和风险因素 | 首次将移植后SCID患者的持续性肝炎与肠道病毒慢性感染联系起来,并命名为EVAH综合征 | 样本量较小(11例患者),为单中心研究 | 表征移植SCID患者中持续性肝炎的患病率和病理生理学,评估风险因素和治疗方法 | 接受造血干细胞移植或基因治疗的严重联合免疫缺陷患者 | 数字病理学 | 免疫缺陷疾病 | 病理学评估、宏基因组学、单细胞转录组学、飞行时间细胞术 | NA | 组织样本、粪便样本、多组学数据 | 23例患者(11例SCIDH+组,12例SCIDH-组) | NA | 单细胞转录组学, 飞行时间细胞术, 宏基因组学 | NA | NA |
| 47 | 2025-10-06 |
Single-cell profiling reveals a potent role of quercetin in promoting hair regeneration
2023-06-07, Protein & cell
IF:13.6Q1
DOI:10.1093/procel/pwac062
PMID:37285263
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组分析揭示了槲皮素通过激活HIF-1α促进毛囊再生和血管新生的分子机制 | 首次构建毛发再生过程中的动态单细胞转录组图谱,发现槲皮素通过激活内皮细胞HIF-1α促进毛囊分化和血管新生 | 研究仅在小鼠模型中进行,尚未在人类临床试验中验证 | 探究槲皮素促进毛发再生的分子机制和治疗潜力 | 小鼠毛囊、毛囊角质形成细胞、真皮内皮细胞 | 单细胞生物学 | 脱发症 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 小鼠模型 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 48 | 2025-10-06 |
Single-cell RNA-sequencing of stria vascularis cells in the adult Slc26a4-/- mouse
2023-06-15, BMC medical genomics
IF:2.1Q3
DOI:10.1186/s12920-023-01549-0
PMID:37322474
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析了成年Slc26a4-/-小鼠耳蜗血管纹细胞,揭示了pendrin表达细胞中pH调节因子的变化 | 首次在单细胞水平鉴定pendrin表达细胞和Kcnj10表达细胞,发现纺锤细胞中细胞外外泌体相关基因下调及膜联蛋白A1表达增加 | 研究仅限于小鼠模型,人类临床应用需进一步验证 | 鉴定pendrin表达细胞中的pH调节因子,阐明耳蜗内淋巴pH失调的细胞致病机制 | 野生型和Slc26a4-/-小鼠的耳蜗血管纹细胞 | 单细胞转录组学 | 听力损失 | 单细胞RNA测序,免疫荧光 | NA | 单细胞转录组数据,蛋白质表达数据 | 野生型和Slc26a4-/-小鼠的血管纹细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 49 | 2025-10-06 |
Epigenomic landscape exhibits interferon signaling suppression in the patient of myocarditis after BNT162b2 vaccination
2023-06-01, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-023-36070-y
PMID:37264110
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研究论文 | 通过表观基因组分析揭示BNT162b2疫苗接种后心肌炎患者外周血单核细胞中干扰素信号通路抑制现象 | 首次追踪BNT162b2疫苗接种后心肌炎患者外周血单核细胞的染色质动态变化 | 研究样本量有限,仅为单例患者分析 | 探究BNT162b2疫苗接种后心肌炎副作用的免疫学机制 | BNT162b2疫苗接种后发生心肌炎患者的外周血单核细胞 | 表观基因组学 | 心肌炎 | 单细胞ATAC-seq, 单细胞RNA测序 | 纵向研究 | 单细胞表观基因组数据, 单细胞转录组数据 | 1例心肌炎患者 | 10x Genomics | 单细胞ATAC-seq, 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 单细胞染色质可及性测序与单细胞RNA测序并行分析 |
| 50 | 2025-10-07 |
Preventing recurrence in Sonic Hedgehog Subgroup Medulloblastoma using the OLIG2 inhibitor CT-179
2023-Jun-09, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-2949436/v1
PMID:37333134
|
研究论文 | 本研究探讨了OLIG2抑制剂CT-179在预防Sonic Hedgehog亚型髓母细胞瘤复发中的作用 | 首次证明OLIG2抑制剂CT-179可通过破坏OLIG2二聚化、DNA结合和磷酸化过程,靶向治疗耐药性肿瘤干细胞群 | 研究主要基于临床前模型,尚未进行人体临床试验 | 开发预防髓母细胞瘤复发的新治疗策略 | Sonic Hedgehog亚型髓母细胞瘤 | 癌症研究 | 髓母细胞瘤 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | 基因表达数据 | 患者来源类器官、患者来源异种移植肿瘤和基因工程小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 51 | 2025-10-07 |
Epigenetics of Early Cardiometabolic Disease: Mechanisms and Precision Medicine
2023-06-09, Circulation research
IF:16.5Q1
DOI:10.1161/CIRCRESAHA.123.322135
PMID:37289899
|
综述 | 本综述全面探讨了表观遗传学在心血管代谢疾病中的作用机制及其在精准医学中的应用前景 | 系统整合DNA甲基化作为精准医学生物标志物的潜力,并探讨社会健康决定因素、肠道细菌表观基因组学等新兴因素对疾病发展的影响 | NA | 阐述表观遗传学在心血管代谢疾病中的分子机制及其在精准医学中的应用 | 心血管和代谢疾病相关的表观遗传过程 | 表观遗传学 | 心血管代谢疾病 | 单细胞测序, 表观遗传编辑 | NA | 表观遗传数据 | NA | NA | 单细胞测序 | NA | NA |
| 52 | 2025-10-07 |
Progesterone attenuates Th17-cell pathogenicity in autoimmune uveitis via Id2/Pim1 axis
2023-Jun-21, Journal of neuroinflammation
IF:9.3Q1
DOI:10.1186/s12974-023-02829-3
PMID:37344856
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示了孕酮通过Id2/Pim1轴减轻Th17细胞致病性来治疗自身免疫性葡萄膜炎的机制 | 首次构建了孕酮治疗实验性自身免疫性葡萄膜炎的高维免疫图谱,揭示了孕酮通过调节Id2/Pim1轴和IL-23/Th17/GM-CSF信号通路改善Th17/Treg失衡的新机制 | 研究仅限于动物模型,尚未在人类临床试验中验证 | 探究孕酮治疗自身免疫性葡萄膜炎的作用机制 | 实验性自身免疫性葡萄膜炎小鼠模型 | 单细胞组学 | 自身免疫性葡萄膜炎 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 实验性自身免疫性葡萄膜炎小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 53 | 2025-10-07 |
Single-cell transcriptome reveals cell division-regulated hub genes in the unicellular eukaryote Paramecium
2023-Jun, European journal of protistology
IF:1.9Q4
DOI:10.1016/j.ejop.2023.125978
PMID:37080141
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组分析揭示了草履虫细胞分裂过程中关键调控基因的表达模式 | 首次在单细胞真核生物草履虫中利用单细胞转录组技术系统揭示细胞分裂相关枢纽基因 | 研究仅限于Paramecium cf. multimicronucleatum物种,未验证枢纽基因的具体功能机制 | 探索纤毛虫细胞分裂过程中的分子调控机制 | Paramecium cf. multimicronucleatum(多小核草履虫)细胞 | 单细胞组学 | NA | 单细胞RNA测序 | 加权基因共表达网络分析(WGCNA) | 单细胞基因表达数据 | 未明确样本数量 | NA | single-cell RNA-seq | NA | NA |
| 54 | 2025-10-07 |
hdWGCNA identifies co-expression networks in high-dimensional transcriptomics data
2023-06-26, Cell reports methods
IF:4.3Q2
DOI:10.1016/j.crmeth.2023.100498
PMID:37426759
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研究论文 | 开发了hdWGCNA框架用于高维转录组数据的共表达网络分析 | 支持单细胞和空间RNA测序数据的系统级共表达网络分析,能够进行异构体水平网络分析 | 未明确说明具体的技术限制或数据要求 | 开发高维转录组数据的共表达网络分析工具 | 自闭症谱系障碍和阿尔茨海默病脑样本数据 | 生物信息学 | 自闭症谱系障碍,阿尔茨海默病 | 单细胞RNA测序,空间RNA测序,长读长单细胞测序 | 共表达网络分析 | 转录组数据 | 包含近100万个细胞的数据集 | NA | 单细胞RNA-seq,空间转录组学 | NA | NA |
| 55 | 2025-10-07 |
Matrix stiffness enhances cancer-macrophage interactions and M2-like macrophage accumulation in the breast tumor microenvironment
2023-06, Acta biomaterialia
IF:9.4Q1
DOI:10.1016/j.actbio.2022.04.031
PMID:35483629
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序探究基质刚度对乳腺肿瘤微环境中细胞异质性和巨噬细胞极化的影响 | 首次系统揭示基质刚度通过调节CSF-1表达促进M2样巨噬细胞募集的新机制 | 研究仅使用MMTV-PyMT小鼠模型,尚未在人类肿瘤中验证 | 探究基质刚度对肿瘤异质性和肿瘤微环境中细胞间通讯的影响 | MMTV-PyMT小鼠乳腺肿瘤模型 | 单细胞生物学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 56 | 2025-10-07 |
SEC-seq: association of molecular signatures with antibody secretion in thousands of single human plasma cells
2023-06-15, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-023-39367-8
PMID:37322036
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研究论文 | 开发了一种名为SEC-seq的新方法,能够在单细胞水平上将抗体分泌量与表面标志物和转录组信息关联 | 利用含腔水凝胶纳米小瓶捕获细胞分泌物,首次实现了在数千个单个人类浆细胞中同时分析IgG分泌量、表面标志物和转录组 | NA | 建立分泌功能与分子特征关联的分析方法 | 人类B细胞和浆细胞 | 单细胞分析 | NA | 单细胞RNA测序,流式细胞术,成像流式细胞术 | NA | 单细胞转录组数据,蛋白质分泌数据,表面标志物数据 | 数千个单个人类浆细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | SEC-seq(分泌组关联单细胞测序) |
| 57 | 2025-10-07 |
Integrative analysis of bulk and single-cell RNA sequencing data reveals distinct subtypes of MAFLD based on N1-methyladenosine regulator expression
2023-Jun, Liver research
IF:2.0Q3
DOI:10.1016/j.livres.2023.06.001
PMID:39958950
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研究论文 | 通过整合分析bulk和单细胞RNA测序数据,基于m1A调控因子表达将MAFLD分为不同分子亚型 | 首次揭示m1A甲基化修饰在MAFLD异质性中的作用,并识别出关键的m1A调控基因 | 样本量相对有限,需要进一步实验验证 | 探究m1A甲基化修饰在MAFLD发病机制和异质性中的作用 | MAFLD患者肝脏组织 | 生物信息学 | 代谢相关脂肪性肝病 | RNA测序, 单细胞RNA测序, 生物信息学分析 | WGCNA, 细胞通讯网络分析 | 基因表达数据, 单细胞数据 | 6个肝脏样本的33,168个细胞 | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 58 | 2025-10-07 |
Genetic control of the dynamic transcriptional response to immune stimuli and glucocorticoids at single-cell resolution
2023-06, Genome research
IF:6.2Q1
DOI:10.1101/gr.276765.122
PMID:37442575
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术探索糖皮质激素对免疫刺激后外周血单个核细胞转录反应的遗传调控机制 | 开发了新的统计方法量化基因表达变异性和响应伪时间,首次在单细胞水平揭示糖皮质激素逆转免疫刺激效应的动态转录调控 | 研究样本仅来自非裔美国儿童,可能限制结果在其他人群的普适性 | 阐明糖皮质激素对免疫刺激转录反应的动态调控机制及遗传基础 | 96名非裔美国儿童的外周血单个核细胞 | 单细胞基因组学 | 免疫相关疾病 | 单细胞RNA测序 | 对角线线性判别分析 | 单细胞转录组数据 | 96名非裔美国儿童 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 59 | 2024-08-07 |
RNA visualization and single-cell transcriptomics: methods and applications
2023 Jun-Oct, Transcription
DOI:10.1080/21541264.2023.2286761
PMID:38047544
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NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 60 | 2025-10-07 |
Therapy-associated remodeling of pancreatic cancer revealed by single-cell spatial transcriptomics and optimal transport analysis
2023-Jun-29, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.06.28.546848
PMID:37425692
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研究论文 | 本研究利用单细胞空间转录组学结合最优输运分析揭示了胰腺癌治疗相关的肿瘤微环境重塑 | 开发了空间约束最优输运相互作用分析(SCOTIA)模型,整合空间距离和配体-受体基因表达来解析细胞间相互作用 | NA | 解析胰腺癌治疗过程中肿瘤微环境的多细胞区域和细胞间相互作用的重塑机制 | 人类胰腺癌组织 | 空间生物学 | 胰腺癌 | 单细胞空间转录组学,最优输运分析,肿瘤类器官共培养系统 | 最优输运模型 | 空间转录组数据 | NA | NA | 单细胞空间转录组学 | NA | NA |