单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
41	2024-09-21	The effect of background noise and its removal on the analysis of single-cell expression data 2023-06-19, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-023-02978-x PMID:37337297	研究论文	研究背景噪音及其去除对单细胞表达数据分析的影响	通过基因型估计评估了三种去除背景噪音方法的性能，发现CellBender在背景噪音水平估计和标记基因检测方面表现最佳	背景噪音去除可能对细胞聚类和分类的精细结构产生影响	探讨背景噪音在单细胞实验中的程度、来源及其影响，并提供处理背景噪音的指导	背景噪音在单细胞和单核RNA-seq实验中的影响	单细胞测序	NA	RNA-seq	NA	表达数据	三个scRNA-seq和两个snRNA-seq的小鼠肾脏重复实验，涉及两种小鼠亚种的细胞混合
42	2024-09-21	eSPRESSO: topological clustering of single-cell transcriptomics data to reveal informative genes for spatio-temporal architectures of cells 2023-Jun-15, BMC bioinformatics IF:2.9Q1 DOI:10.1186/s12859-023-05355-4 PMID:37322439	研究论文	本文介绍了一种名为eSPRESSO的新方法，用于通过单细胞转录组数据进行拓扑聚类，以揭示细胞时空结构中的信息基因	eSPRESSO方法通过随机自组织映射聚类和马尔可夫链蒙特卡罗计算，能够有效地从转录组数据中重建细胞的时空拓扑结构，并揭示拓扑信息基因	NA	研究动物发育过程中基因表达的时空动态，并开发新的计算方法来重建组织结构	人类胚胎心脏、小鼠胚胎、大脑、胚胎心脏和肝小叶的细胞时空结构	生物信息学	NA	随机自组织映射聚类、马尔可夫链蒙特卡罗计算	NA	转录组数据	人类胚胎心脏、小鼠胚胎、大脑、胚胎心脏和肝小叶的细胞
43	2024-09-21	Integration single-cell and bulk RNA-sequencing data to reveal senescence gene expression profiles in heart failure 2023-Jun, Heliyon IF:3.4Q1 DOI:10.1016/j.heliyon.2023.e16214 PMID:37332931	研究论文	本研究通过整合单细胞和批量RNA测序数据，揭示了心力衰竭中的衰老基因表达谱	首次整合单细胞和批量RNA测序数据来研究心力衰竭中的衰老基因表达谱	需要进一步研究衰老基因在心力衰竭中的表达模式和分子调控机制	揭示衰老在心力衰竭中的作用	心力衰竭心脏样本和衰老基因数据	数字病理学	心血管疾病	RNA测序	NA	基因表达数据	心力衰竭心脏样本数据来自Gene Expression Omnibus数据库，衰老基因数据来自CellAge
44	2024-09-20	A comprehensive mouse kidney atlas enables rare cell population characterization and robust marker discovery 2023-Jun-16, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2023.106877 PMID:37275529	研究论文	本文创建了一个全面的成年小鼠肾脏图谱，整合了来自八个独立研究的140,000个细胞和细胞核的单细胞和单核RNA测序数据，以识别和表征罕见的细胞群体及其标记物	本文构建了一个层次模型来协调不同数据集的注释，并利用该模型预测了先前缺失的细胞注释，同时识别了难以理解的细胞类型和过渡状态的可重复标记物	NA	创建一个全面的成年小鼠肾脏图谱，以识别和表征罕见的细胞群体及其标记物	成年小鼠肾脏的细胞群体及其标记物	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	层次模型	RNA测序数据	140,000个细胞和细胞核，来自59个公开的单细胞和单核RNA测序数据集，涉及八个独立研究
45	2024-09-20	microRNA-132 regulates gene expression programs involved in microglial homeostasis 2023-Jun-16, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2023.106829 PMID:37250784	研究论文	研究了microRNA-132在调节小胶质细胞稳态中的基因表达程序	首次深入分析了miR-132在调节小胶质细胞稳态中的分子途径	需要进一步研究miR-132补充对阿尔茨海默病治疗的潜在影响	探讨miR-132在阿尔茨海默病中的作用及其对小胶质细胞稳态的影响	miR-132及其在小胶质细胞稳态中的作用	NA	阿尔茨海默病	单细胞转录组学、蛋白质组学和AGO-CLIP数据集	NA	基因表达数据	小鼠海马体和人类诱导多能干细胞来源的小胶质细胞
46	2024-09-20	A village in a dish model system for population-scale hiPSC studies 2023-06-09, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-023-38704-1 PMID:37296104	研究论文	本文介绍了一种名为“village in a dish”的模型系统，用于大规模hiPSC研究	提出了village cultures方法，将多个hiPSC细胞系在同一培养皿中培养和分化，以实现大规模样本量的研究	NA	研究DNA等位基因如何影响疾病风险、药物反应和其他人类表型的机制	hiPSC细胞系及其在不同条件下的基因表达变化	细胞生物学	NA	单细胞测序	NA	基因表达数据	数百或数千个hiPSC细胞系
47	2024-09-20	Inhibition of YAP1 activity ameliorates acute lung injury through promotion of M2 macrophage polarization 2023-Jun, MedComm IF:10.7Q1 DOI:10.1002/mco2.293 PMID:37287755	研究论文	研究探讨了YAP1蛋白在急性肺损伤（ALI）中的作用及其通过促进M2巨噬细胞极化来减轻肺损伤的机制	揭示了YAP1通过调节M2巨噬细胞极化来减轻急性肺损伤的新机制	NA	研究YAP1在急性肺损伤中的作用及其对M1/M2巨噬细胞极化的调控	YAP1蛋白、M1/M2巨噬细胞极化、急性肺损伤	NA	急性肺损伤	RNA干扰、单细胞RNA测序	NA	RNA	ALI小鼠、LPS处理的骨髓来源巨噬细胞（BMMs）
48	2024-09-19	ADEPT: Autoencoder with differentially expressed genes and imputation for robust spatial transcriptomics clustering 2023-Jun-16, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2023.106792 PMID:37235055	研究论文	本文介绍了一种基于图自编码器和差异表达基因矩阵的迭代聚类方法ADEPT，用于提高空间转录组数据的聚类鲁棒性	ADEPT通过图自编码器和差异表达基因矩阵的迭代聚类方法，显著提高了空间转录组数据在不同平台上的聚类性能	NA	开发一种鲁棒的聚类方法，以提高空间转录组数据在不同平台上的分析效果	空间转录组数据	生物信息学	NA	空间转录组测序	图自编码器	基因表达数据	NA
49	2024-09-19	APOL1 promotes endothelial cell activation beyond the glomerulus 2023-Jun-16, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2023.106830 PMID:37250770	研究论文	研究探讨了APOL1高风险基因型通过内皮细胞内在激活和功能障碍促进慢性肾病的可能性	首次揭示了APOL1在多个肾血管床中作为内皮细胞激活诱导剂的作用，并可能影响肾小球血管以外的区域	研究主要基于单细胞RNA测序和转录组数据，缺乏直接的体内实验验证	探讨APOL1高风险基因型在慢性肾病中的作用机制	内皮细胞和APOL1表达	NA	慢性肾病	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	包括来自Kidney Precision Medicine Project的数据集、非洲裔美国人的肾组织数据集以及APOL1表达的转基因小鼠数据集
50	2024-09-19	Single-cell and spatial transcriptomics: deciphering brain complexity in health and disease 2023-06, Nature reviews. Neurology DOI:10.1038/s41582-023-00809-y PMID:37198436	研究论文	本文讨论了单细胞和空间转录组学技术在解析健康和疾病状态下大脑复杂性中的应用	本文介绍了单细胞和空间转录组学技术在解析大脑疾病病理机制中的创新应用，特别是在选择性神经元脆弱性、神经免疫功能障碍和细胞类型特异性治疗反应方面的见解	单细胞RNA测序需要组织样本的解离，导致细胞间相互关系的信息丢失；空间转录组学技术虽然保留了空间信息，但仍存在局限性，并讨论了未来的发展方向	探讨单细胞和空间转录组学技术在解析大脑疾病病理机制中的应用	大脑在健康和疾病状态下的复杂性	单细胞技术	NA	单细胞RNA测序，空间转录组学	NA	基因表达数据	数千个细胞
51	2024-09-19	Comprehensive landscape of TGFβ-related signature in osteosarcoma for predicting prognosis, immune characteristics, and therapeutic response 2023-Jun, Journal of bone oncology IF:3.1Q2 DOI:10.1016/j.jbo.2023.100484 PMID:37234254	研究论文	本研究通过RNA-seq数据识别出与TGFβ相关的82个差异表达基因，并开发了一种新的TGFβ相关预后标志物，用于预测骨肉瘤患者的预后、免疫特征和治疗反应	首次系统地研究了TGFβ相关基因在骨肉瘤中的作用，并开发了一种新的预后标志物，结合临床特征和风险评分构建了预测模型	研究主要基于数据库中的RNA-seq数据，缺乏临床样本的直接验证	研究TGFβ相关基因在骨肉瘤中的作用，开发新的预后标志物以提高骨肉瘤患者的个性化治疗效果	骨肉瘤患者及其TGFβ相关基因的表达情况	数字病理学	骨肉瘤	RNA-seq	LASSO和多因素Cox分析	RNA-seq数据	基于TARGET和GETx数据库的RNA-seq数据，具体样本数量未明确提及
52	2024-09-16	Mechanical stimuli-induced CCL2 restores adult mouse cells to regenerate hair follicles 2023-Jun-13, Molecular therapy. Nucleic acids DOI:10.1016/j.omtn.2023.03.002 PMID:37020681	研究论文	研究机械刺激如何通过CCL2介导的微环境调控机制促进成年小鼠毛囊再生	首次揭示了机械刺激通过CCL2介导的化学信号通路促进毛囊再生的机制	NA	探讨机械刺激诱导毛囊再生的机制	成年小鼠的皮肤细胞和毛囊	NA	NA	RNA测序（RNA-seq）和单细胞RNA测序	NA	RNA序列数据	涉及多个时间点的皮肤细胞样本和毛囊移植实验
53	2024-08-14	Spatial Transcriptomic Cell-type Deconvolution Using Graph Neural Networks 2023-Jun-09, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.03.10.532112 PMID:37333198	研究论文	本文介绍了一种基于图神经网络的细胞类型反卷积模型STdGCN，用于空间转录组数据的细胞类型解析	STdGCN是首个结合单细胞RNA测序数据表达谱和空间转录组数据空间定位信息进行细胞类型反卷积的模型	NA	开发一种新的方法来解析空间转录组数据中的细胞类型	空间转录组数据中的细胞类型	机器学习	NA	空间转录组学, 单细胞RNA测序	图神经网络	转录组数据	多个空间转录组数据集，包括人类乳腺癌Visium数据集和人类心脏空间转录组数据集
54	2024-08-05	Automated time-lapse data segmentation reveals in vivo cell state dynamics 2023-06-02, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.adf1814 PMID:37267354	研究论文	本文探讨了胚胎发育中的细胞状态动态和群体细胞行为。	创新点在于结合单细胞RNA测序数据和活体时间推移细胞追踪数据，定量映射细胞状态到胚胎上，并分析了细胞运动状态的时间平均模式。	限制在于个体胚胎的瞬时偏差可能影响整体细胞运动的对称性，未深入探讨这些偏差的具体影响。	研究胚胎发育过程中的细胞状态转变及其叠加效应。	以斑马鱼尾芽为研究对象，通过分析细胞基因表达和运动状态。	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	时间推移数据	多个斑马鱼胚胎
55	2024-08-04	stAPAminer: Mining Spatial Patterns of Alternative Polyadenylation for Spatially Resolved Transcriptomic Studies 2023-06, Genomics, proteomics & bioinformatics DOI:10.1016/j.gpb.2023.01.003 PMID:36669641	研究论文	本文开发了一种工具stAPAminer，用于从空间条形码ST数据中挖掘替代聚腺苷酸化的空间模式	提出了一种基于k-最近邻算法的插补模型，以恢复APA信号并识别具有空间APA使用变化模式的基因	虽然本研究提供了空间APA模式的详细视图，但尚未探索所有细胞类型的APA信号	研究替代聚腺苷酸化在空间转录组学中的角色和模式	主要分析小鼠嗅球的空间转录组数据来识别和量化APA位点	数字病理学	NA	空间转录组学	k最近邻算法	转录组数据	分析了小鼠嗅球的空间转录组数据及其两个附加副本
56	2024-08-05	Activation of Angiopoietin-Tie2 Signaling Protects the Kidney from Ischemic Injury by Modulation of Endothelial-Specific Pathways 2023-06-01, Journal of the American Society of Nephrology : JASN IF:10.3Q1 DOI:10.1681/ASN.0000000000000098 PMID:36787763	研究论文	本研究探讨了激活Angiopoietin-Tie2信号通路如何通过调节内皮特异性途径来保护肾脏免受缺血损伤。	引入了Hepta-ANG1作为一种新的治疗生物药物，并提供了Tie2激活保护肾脏的分子机制依据。	本研究的局限性未在摘要中提到	研究缺血再灌注急性肾损伤（IR-AKI）中Tie2信号的激活及其保护作用。	使用VE-PTP小鼠和C57BL/6J小鼠进行实验，研究其在肾脏缺血再灌注损伤中的作用。	数字病理学	急性肾损伤	单细胞RNA测序	NA	组织活检, RNA测序	使用VE-PTP野生型和敲除小鼠及C57BL/6J小鼠的样本
57	2024-08-05	Border-associated macrophages mediate the neuroinflammatory response in an alpha-synuclein model of Parkinson disease 2023-06-26, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-023-39060-w PMID:37365181	研究论文	这篇文章探讨了边界相关巨噬细胞在帕金森病α-突触核蛋白模型中的神经炎症反应中的作用	揭示了边界相关巨噬细胞在神经炎症反应中的关键作用，尤其是在抗原呈递和CD4 T细胞反应中的独特地位	尚不清楚边界相关巨噬细胞在其他神经退行性疾病中的作用	研究边界相关巨噬细胞在帕金森病神经炎症中的作用	边界相关巨噬细胞以及它们在α-突触核蛋白引发的神经炎症中的角色	数字病理	帕金森病	单细胞RNA测序	NA	细胞	从后期死亡的帕金森病大脑中关于巨噬细胞和T细胞的位置特征进行的研究
58	2024-08-04	An information theoretic approach to detecting spatially varying genes 2023-06-26, Cell reports methods IF:4.3Q2 DOI:10.1016/j.crmeth.2023.100507 PMID:37426750	研究论文	本文采用信息论方法检测空间变异基因的表达模式	提出了一种新的算法Maxspin，以提高空间转录组技术的准确性和可扩展性	未提及具体的局限性	识别具有空间变异表达模式的基因	肾细胞癌样本中的空间转录组数据	数字病理学	肾细胞癌	空间转录组技术	Maxspin	空间转录组数据	肾细胞癌样本的空间转录组数据
59	2024-08-05	Intracellular pH dynamics regulates intestinal stem cell lineage specification 2023-06-23, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-023-39312-9 PMID:37353491	研究论文	本文报告了细胞内pH动态对成人干细胞谱系特征的调节作用	发现细胞内pH梯度在小鼠小肠隐窝中存在，并与干细胞谱系特征关联	实验主要基于小鼠模型，可能对人类的适用性存在局限性	探讨细胞内pH动态在成人干细胞谱系特征中的作用	小鼠小肠中的隐窝干细胞及其谱系特征	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	NA	NA
60	2024-08-05	ITGA3 acts as a purity-independent biomarker of both immunotherapy and chemotherapy resistance in pancreatic cancer: bioinformatics and experimental analysis 2023-Jun-04, Functional & integrative genomics IF:3.9Q1 DOI:10.1007/s10142-023-01122-z PMID:37270717	研究论文	该文章研究了ITGA3在胰腺癌中作为化疗和免疫治疗抗药性的生物标志物的作用	提出ITGA3作为与胰腺癌化疗和免疫治疗抗药性相关的独立生物标志物	不同癌症类型之间的异质性可能影响结果的普遍适用性	探讨整合素超家族基因在胰腺癌治疗抗药性中的作用	胰腺癌患者的整合素超家族基因及其与治疗抗药性的关联	数字病理学	胰腺癌	RNA测序、机器学习	Cox回归模型	多组学数据	30个整合素超家族基因的组分析数据