单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
381	2024-08-08	Single-cell profiling of ineffective erythropoiesis in a mouse model of β-thalassaemia intermedia 2023-06, British journal of haematology IF:5.1Q1 DOI:10.1111/bjh.18706 PMID:36872867	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术分析了Th3/+ β-地中海贫血小鼠模型中的无效红细胞生成	首次在单细胞水平上详细揭示了无效红细胞生成的进展，并识别了一种名为ThReticulocytes的独特细胞群体	NA	探究β-地中海贫血中无效红细胞生成的详细发病机制	Th3/+ β-地中海贫血小鼠	数字病理学	地中海贫血	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
382	2024-08-05	A Circular RNA Expressed from the FAT3 Locus Regulates Neural Development 2023-Jun, Molecular neurobiology IF:4.6Q1 DOI:10.1007/s12035-023-03253-7 PMID:36840844	研究论文	这篇文章探讨了来自FAT3位点的环状RNA在神经发育中的调节作用	首次展示circFAT3在神经干细胞分化过程中对细胞类型形成和神经元发育的关键调控	关于circFAT3在脑发育中具体机制的理解仍然有限	研究circFAT3在神经发育中的功能	人类胚胎干细胞及其分化为神经前体细胞的过程	数字病理学	NA	RNA测序	NA	单细胞转录组数据	30和90天分化的脑类器官
383	2024-08-08	Studying the mechanism underlying lipid metabolism in osteosarcoma based on transcriptomic RNA sequencing and single-cell data 2023-06, The journal of gene medicine IF:3.2Q2 DOI:10.1002/jgm.3491 PMID:36847293	研究论文	本研究基于转录组RNA测序和单细胞数据，探讨了脂质代谢在骨肉瘤中的机制	提供了一种基于单细胞RNA测序和批量RNA-seq数据的骨肉瘤新分型方法，并从脂质代谢角度探讨了其潜在机制	NA	旨在基于脂质代谢和单细胞RNA测序数据，为骨肉瘤提供新的分型方法并探讨其发病和进展的潜在机制	骨肉瘤的脂质代谢机制	数字病理学	骨肉瘤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA-seq数据	使用了单细胞RNA测序数据和三个微阵列表达谱数据
384	2024-08-08	Single-cell atlas of the immune microenvironment reveals macrophage reprogramming and the potential dual macrophage-targeted strategy in multiple myeloma 2023-06, British journal of haematology IF:5.1Q1 DOI:10.1111/bjh.18708 PMID:36852636	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，揭示了多发性骨髓瘤（MM）肿瘤微环境（TME）在疾病进展中的变化，并探索了针对肿瘤相关巨噬细胞（TAMs）的双重治疗策略。	研究首次展示了MM-TME的单细胞图谱，并发现了TAMs的重新编程现象，提出了结合抗CD47抗体和MIF抑制剂的双重巨噬细胞靶向治疗策略。	NA	旨在展示多发性骨髓瘤肿瘤微环境在疾病进展中的图谱，并探索针对肿瘤微环境的治疗策略。	多发性骨髓瘤的肿瘤微环境及肿瘤相关巨噬细胞。	数字病理学	多发性骨髓瘤	单细胞RNA测序（scRNAseq）	NA	RNA	不同疾病阶段的样本
385	2024-08-08	Single-cell RNA sequencing reveals tumor heterogeneity, microenvironment, and drug-resistance mechanisms of recurrent glioblastoma 2023-Jun, Cancer science IF:4.5Q1 DOI:10.1111/cas.15773 PMID:36853018	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术揭示了复发性胶质母细胞瘤的肿瘤异质性、微环境及耐药机制	首次在单细胞分辨率下绘制了复发性和耐药性胶质母细胞瘤的转录组图谱，并探讨了其耐药机制	研究样本仅来自六份肿瘤组织，样本量较小	旨在揭示复发性胶质母细胞瘤的肿瘤异质性、微环境及耐药机制	复发性和耐药性胶质母细胞瘤的肿瘤细胞及其微环境	数字病理学	脑肿瘤	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	六份肿瘤组织，分别来自三位原发性胶质母细胞瘤患者和三位复发性胶质母细胞瘤患者
386	2024-08-08	Single-cell transcriptomic analysis of oral masticatory and lining mucosa-derived mesenchymal stromal cells 2023-06, Journal of clinical periodontology IF:5.8Q1 DOI:10.1111/jcpe.13799 PMID:36864739	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析了从咀嚼黏膜和衬里黏膜来源的人体间充质基质细胞的异质性	本研究首次揭示了咀嚼黏膜和衬里黏膜来源的间充质基质细胞在转录水平上的差异，并识别出11种不同的细胞亚群	研究样本仅来自三位个体，可能影响结果的普遍性	揭示体外培养的人体间充质基质细胞的异质性	咀嚼黏膜和衬里黏膜来源的间充质基质细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	来自三位个体的硬腭和牙槽黏膜的细胞
387	2024-08-05	Heterogeneity and plasticity of epithelial-mesenchymal transition (EMT) in cancer metastasis: Focusing on partial EMT and regulatory mechanisms 2023-Jun, Cell proliferation IF:5.9Q2 DOI:10.1111/cpr.13423 PMID:36808651	综述	这篇文章总结了癌症转移中上皮-间质转化（EMT）的异质性和动态特性	提出了肿瘤细胞如何调节自身以保持特定EMT转化状态的跷跷板模型，并强调了EMT异质性与胃癌预后不良的密切关系	文章回顾了EMT信号在临床应用中的当前状态和局限性	探讨EMT转化状态在肿瘤转移中的直接和间接作用	集中讨论部分EMT的特征、生物标志物和分子机制	数字病理学	胃癌	单细胞测序	NA	NA	NA
388	2024-08-08	Single-cell multi-omic topic embedding reveals cell-type-specific and COVID-19 severity-related immune signatures 2023-Jun-01, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.01.31.526312 PMID:36778483	研究论文	本文提出了一种可解释的深度学习方法moETM，用于高维单细胞多模态数据的整合分析，并通过实验验证了其在单细胞转录组和染色质可及性数据分析中的优越性能	moETM通过专家乘积在编码器中整合多种组学数据，并使用多个线性解码器学习基因调控程序的多组学特征，提高了分析的灵活性和可解释性	NA	探索单细胞多组学测序技术在细胞异质性研究中的应用，并开发新的计算方法以解决高维、离散和稀疏数据带来的挑战	单细胞转录组和染色质可及性数据，以及单细胞转录组和蛋白质组数据	生物信息学	COVID-19	单细胞多组学测序技术	深度学习模型	多模态数据	涉及七个公开数据集，包括人类骨髓单个核细胞和COVID-19患者的数据
389	2024-08-08	PKI: A bioinformatics method of quantifying the importance of nodes in gene regulatory network via a pseudo knockout index 2023-06, Biochimica et biophysica acta. Gene regulatory mechanisms DOI:10.1016/j.bbagrm.2023.194911 PMID:36804477	研究论文	本文提出了一种生物信息学方法，称为伪敲除重要性（PKI），用于量化特定基因调控网络结构中节点和节点集的重要性，使用时间序列单细胞RNA测序数据	PKI方法通过设计基因伪敲除实验和定义基于决定系数的PKI评分评估标准，量化了节点和节点集的重要性，并将其描述为移除变量对ODE系统的影响	NA	量化基因调控网络中节点和节点集的重要性	胚胎干细胞的特定基因调控网络	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	时间序列基因表达数据	NA
390	2024-08-05	Inhibition of phosphoglycerate kinase 1 attenuates autoimmune myocarditis by reprogramming CD4+ T cell metabolism 2023-06-13, Cardiovascular research IF:10.2Q1 DOI:10.1093/cvr/cvad029 PMID:36726197	研究论文	该研究揭示了磷酸甘油酸激酶1（PGK1）在CD4+ T细胞代谢中的调节作用以及其对实验性自身免疫性心肌炎的影响	研究首次表明PGK1通过调节糖酵解和PDHK1-ROS轴来影响CD4+ T细胞和Th17细胞的分化	本研究主要集中在小鼠模型中，临床数据的验证尚不足	阐明PGK1在CD4+ T细胞激活和实验性自身免疫性心肌炎中的作用机制	该研究对象为BALB/c小鼠及心肌炎患者的CD4+ T细胞	数字病理学	自身免疫性心肌炎	单细胞测序	NA	细胞	研究涉及BALB/c小鼠和心肌炎患者的CD4+ T细胞
391	2024-08-05	Single-cell transcriptomic survey of cell diversity and functional changes in yak hearts at different altitude 2023-06, Proteomics IF:3.4Q2 DOI:10.1002/pmic.202200345 PMID:36739517	研究论文	本文使用单细胞RNA测序技术研究了不同海拔高度下牦牛心脏的细胞多样性和功能变化	揭示了牦牛心脏中特定细胞群体在不同海拔的基因表达差异及其适应高原低氧环境的机制	研究主要集中在牦牛心脏，缺乏与其他物种的比较分析	探索牦牛在不同海拔下心脏细胞的功能变化及其适应机制	牦牛心脏中的平滑肌细胞和血管内皮细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	不同海拔的牦牛心脏细胞群体，具体样本数量未说明
392	2024-08-08	Single-cell Expression Atlas Reveals Cell Heterogeneity in the Creeping Fat of Crohn's Disease 2023-06-01, Inflammatory bowel diseases IF:4.5Q1 DOI:10.1093/ibd/izac266 PMID:36715181	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析了克罗恩病中爬行脂肪组织的细胞异质性及其在疾病进展中的作用	首次在爬行脂肪中发现了一种高表达脂蛋白脂肪酶的特定血管内皮细胞亚群，并鉴定了一种新的与炎症相关且与肠道纤维化相关的成纤维细胞亚群FC3	NA	揭示克罗恩病中爬行脂肪组织的细胞异质性及其在疾病发展中的作用	爬行脂肪组织中的细胞组成及其在克罗恩病进展中的潜在机制	数字病理学	克罗恩病	单细胞RNA测序	NA	转录组	67,064个细胞来自3对手术切除的爬行脂肪组织及其未受累的肠系膜脂肪组织样本，以及6对肠系膜脂肪组织样本通过免疫荧光验证
393	2024-08-08	Clonal Kinetics and Single-Cell Transcriptional Profiles of T Cells Mobilized to Blood by Acute Exercise 2023-06-01, Medicine and science in sports and exercise DOI:10.1249/MSS.0000000000003130 PMID:36719647	研究论文	研究急性运动如何影响血液中T细胞的克隆动力学和单细胞转录组特征	首次揭示急性运动通过优先动员最主要的克隆群，促进寡克隆T细胞受体谱，并发现这些克隆对已知病毒抗原具有特异性，并显示出细胞毒性、激活和凋亡相关基因的不同表达	NA	探究急性运动对T细胞受体谱和转录组变化的影响	健康志愿者的外周血单个核细胞	NA	NA	深度TCR-β链测序和串联单细胞RNA测序	NA	DNA和RNA	健康志愿者完成分级自行车运动实验，采集静息、运动中和运动后1小时的外周血单个核细胞样本
394	2024-08-05	Metabolic heterogeneity in early-stage lung adenocarcinoma revealed by RNA-seq and scRNA-seq 2023-Jun, Clinical & translational oncology : official publication of the Federation of Spanish Oncology Societies and of the National Cancer Institute of Mexico IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12094-023-03082-z PMID:36692643	研究论文	本研究揭示了早期肺腺癌中的代谢异质性	通过RNA-seq和单细胞RNA-seq识别了代谢相关的亚型，为肺腺癌的预后和治疗提供了潜在生物标志物	研究主要依赖于TCGA和GEO的数据，可能存在数据源的局限性	探讨肺腺癌的代谢重编程及其对预后的影响	研究对象为肺腺癌样本，尤其关注其代谢相关的亚型	数字病理学	肺癌	RNA-seq, scRNA-seq	NA	基因组数据	TCGA数据集中肺腺癌样本的数量未具体说明
395	2024-08-08	Bioinformatic analysis of single-cell RNA sequencing dataset dissects cellular heterogeneity of triple-negative breast cancer in transcriptional profile, splicing event and crosstalk network 2023-Jun, Clinical & translational oncology : official publication of the Federation of Spanish Oncology Societies and of the National Cancer Institute of Mexico IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12094-023-03083-y PMID:36692641	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序数据分析，全面探讨了三阴性乳腺癌（TNBC）不同亚型上皮细胞的转录组特征、可变剪接事件及上皮与非上皮细胞间的相互作用	发现管腔前体亚型表现出最复杂的基因调控网络和剪接事件，并揭示了hnRNPs在管腔前体亚型中对可变剪接事件的负调控作用，以及NOTCH4在TNBC中的关键作用和潜在治疗靶点	NA	深入理解三阴性乳腺癌的细胞异质性及其调控网络	三阴性乳腺癌（TNBC）的细胞异质性及其调控网络	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组数据	具体样本数量未在摘要中提及
396	2024-08-05	Endosialin-positive tumor-derived pericytes promote tumor progression through impeding the infiltration of CD8+ T cells in clear cell renal cell carcinoma 2023-Jun, Cancer immunology, immunotherapy : CII DOI:10.1007/s00262-023-03372-z PMID:36646951	研究论文	本研究探讨了内皮细胞阳性肿瘤来源的周细胞如何通过阻碍CD8+ T细胞的浸润来促进透明细胞肾癌的肿瘤进展	本研究首次识别了与肿瘤进展相关的肿瘤来源的周细胞标志物，并提出了通过针对周细胞的策略来增强免疫检查点阻断治疗的有效性	未提及研究的局限性	旨在识别促进肿瘤的周细胞标志物并开发针对这些周细胞的策略，以提高对透明细胞肾癌的免疫检查点阻断治疗的效果	研究对象为透明细胞肾癌中的肿瘤来源的周细胞及其中的CD8+ T细胞	数字病理学	透明细胞肾癌	RNA测序	流式细胞术	基因组数据	ccRCC肿瘤样本和小鼠模型
397	2024-08-05	Clinical Significance of Signal Regulatory Protein Alpha (SIRPα) Expression in Hepatocellular Carcinoma 2023-Jun, Annals of surgical oncology IF:3.4Q1 DOI:10.1245/s10434-022-13058-y PMID:36641515	研究论文	该研究旨在阐明信号调节蛋白α（SIRPα）在肝细胞癌中的临床意义	研究展示了SIRPα的高表达与肝细胞癌患者的预后不良相关，揭示了其作为潜在免疫检查点因子的作用	本文未提及具体的样本选择过程和潜在的影响因素	明确SIRPα在肝细胞癌中的临床重要性和作用机制	分析372例HCC组织样本的SIRPα表达	数字病理学	肝癌	RNA测序、免疫组化染色	NA	组织样本	372例HCC组织和189名HCC患者
398	2024-08-05	Late-onset enteric virus infection associated with hepatitis (EVAH) in transplanted SCID patients 2023-06, The Journal of allergy and clinical immunology IF:11.4Q1 DOI:10.1016/j.jaci.2022.12.822 PMID:36638922	研究论文	该文章探讨了移植的SCID患者中与慢性肝炎相关的肠道病毒感染的流行率和病理生理特征	研究了晚期肝炎的病因，并确定了相关的肠道病毒和免疫功能缺陷	样本量较小，可能影响结果的广泛适用性	旨在描述移植SCID患者中慢性肝炎的流行率、病理生理和风险因素	研究对象为移植SCID患者及其对应的无肝炎的对照组	数字病理学	NA	病理评估、宏基因组学、单细胞转录组学、飞行时间细胞分析	NA	组织样本、血液样本	共44名SCID患者，其中11名发展为慢性肝炎
399	2024-08-08	Genetic landscape and immune mechanism of monocytes associated with the progression of acute-on-chronic liver failure 2023-Jun, Hepatology international IF:5.9Q1 DOI:10.1007/s12072-022-10472-y PMID:36626090	研究论文	研究探讨了与急性慢性肝衰竭（ACLF）进展相关的单核细胞亚群及其在炎症反应中的作用	首次通过单细胞RNA测序（scRNA-seq）技术详细分类了与ACLF进展相关的单核细胞亚群，并揭示了其分子标记和信号通路	NA	研究ACLF进展中特定单核细胞亚群及其在炎症反应中的作用	单核细胞亚群及其在ACLF中的功能	数字病理学	肝病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	17,310个循环单核细胞
400	2024-08-08	CD8+ T Cells Trigger Auricular Dermatitis and Blepharitis in Mice after Zika Virus Infection in the Absence of CD4+ T Cells 2023-06, The Journal of investigative dermatology IF:5.7Q1 DOI:10.1016/j.jid.2022.11.020 PMID:36566875	研究论文	本研究使用T细胞缺陷的小鼠模型，展示了在CD4+ T细胞缺失的情况下，CD8+ T细胞在寨卡病毒感染后引发耳部皮炎和眼睑炎的作用	首次揭示了在CD4+ T细胞缺失的情况下，CD8+ T细胞在寨卡病毒感染后引发病理反应的具体机制	研究仅限于小鼠模型，尚未在人类中验证CD8+ T细胞在寨卡病毒感染后的病理作用	探讨在CD4+ T细胞缺失的情况下，CD8+ T细胞在寨卡病毒感染后的保护和病理作用	CD8+ T细胞在寨卡病毒感染后的作用机制	免疫学	病毒性疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA	小鼠模型