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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 21 | 2025-11-15 |
Single-cell meta-analysis of inflammatory bowel disease with scIBD
2023-06, Nature computational science
IF:12.0Q1
DOI:10.1038/s43588-023-00464-9
PMID:38177426
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研究论文 | 开发了一个用于炎症性肠病单细胞元分析的交互式可视化平台scIBD | 首次提供了炎症性肠病单细胞RNA测序数据集的综合集成分析平台,能够识别罕见细胞类型并解析溃疡性结肠炎与克罗恩病的异同 | 未提及具体的数据集规模限制或分析灵敏度限制 | 揭示炎症性肠病的异质性肠道微环境发病机制 | 炎症性肠病患者的单细胞转录组数据 | 生物信息学 | 炎症性肠病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 22 | 2025-11-14 |
Targeting lymphoid-derived IL-17 signaling to delay skin aging
2023-06, Nature aging
IF:17.0Q1
DOI:10.1038/s43587-023-00431-z
PMID:37291218
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序发现皮肤老化与淋巴源性IL-17信号通路相关,并证明阻断该通路可延缓皮肤衰老特征 | 首次揭示皮肤衰老过程中T细胞、γδ T细胞和先天淋巴样细胞向IL-17表达表型的倾斜,并证明靶向IL-17信号可延缓皮肤老化 | 研究基于小鼠模型,尚未在人类皮肤中得到验证 | 探究皮肤衰老的炎症机制及干预策略 | 小鼠皮肤真皮层细胞 | 单细胞组学 | 皮肤衰老 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 23 | 2025-11-09 |
Cellular senescence in white matter microglia is induced during ageing in mice and exacerbates the neuroinflammatory phenotype
2023-06-23, Communications biology
IF:5.2Q1
DOI:10.1038/s42003-023-05027-2
PMID:37353538
|
研究论文 | 本研究通过单细胞转录组分析揭示白质小胶质细胞在衰老过程中发生细胞衰老,并加剧神经炎症表型 | 首次发现白质小胶质细胞在衰老和疾病模型中发生细胞衰老,并证实共生细菌促进衰老小胶质细胞积累 | 研究主要基于小鼠模型,人类中枢神经系统中的相关性尚需进一步验证 | 探讨中枢神经系统细胞衰老特征及其在神经功能障碍中的作用 | 小鼠脑部和脊髓中的小胶质细胞 | 神经科学 | 神经退行性疾病 | 单细胞转录组分析 | 基因敲除小鼠模型 | 单细胞RNA测序数据 | 多种小鼠模型 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 24 | 2025-10-05 |
Analysis of Donor Pancreata Defines the Transcriptomic Signature and Microenvironment of Early Neoplastic Lesions
2023-06-02, Cancer discovery
IF:29.7Q1
DOI:10.1158/2159-8290.CD-23-0013
PMID:37021392
|
研究论文 | 本研究通过分析脑死亡供体的胰腺组织,首次揭示了成人健康胰腺和早期胰腺肿瘤病变的转录组特征和微环境 | 首次使用脑死亡供体胰腺避免了组织缺血损伤,结合多重免疫组化、单细胞RNA测序和空间转录组学技术,首次全面表征了成人健康胰腺和散发性PanIN病变的独特微环境 | 样本量相对有限(30例供体),且仅包含无已知胰腺疾病的个体 | 研究健康成人胰腺和早期胰腺肿瘤病变的转录组特征和微环境特征 | 脑死亡供体的胰腺组织,包括健康胰腺组织、胰腺癌组织和癌旁组织 | 数字病理学 | 胰腺癌 | 多重免疫组化,单细胞RNA测序,空间转录组学 | NA | 组织图像,单细胞转录组数据,空间转录组数据 | 30例不同年龄和种族的脑死亡供体胰腺样本 | NA | 单细胞RNA测序,空间转录组学,多重免疫组化 | NA | NA |
| 25 | 2025-10-05 |
It is better to light a candle than to curse the darkness: single-cell transcriptomics sheds new light on pancreas biology and disease
2023-06, Gut
IF:23.0Q1
DOI:10.1136/gutjnl-2022-329313
PMID:36997301
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综述 | 本文综述单细胞转录组学技术如何革新我们对胰腺生物学和疾病机制的理解 | 利用单细胞转录组学技术首次揭示胰腺中未被描述的上皮细胞和基质细胞类型及其在疾病进展中的动态变化 | NA | 总结单细胞转录组学在胰腺生物学和疾病研究中的应用进展 | 胰腺组织及其相关疾病(特别是胰腺导管腺癌) | 单细胞生物学 | 胰腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序,空间转录组学 | NA | NA |
| 26 | 2025-10-05 |
Ultraviolet radiation shapes dendritic cell leukaemia transformation in the skin
2023-06, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-023-06156-8
PMID:37286599
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研究论文 | 本研究通过肿瘤系统基因组学和单细胞转录组学分析,揭示了紫外线辐射在皮肤部位塑造树突状细胞白血病转化的机制 | 首次证明紫外线辐射可在远位解剖部位影响前恶性克隆的演化,发现Tet2功能缺失突变使浆细胞样树突状细胞对UV诱导的细胞死亡产生抗性 | 研究样本量有限,主要聚焦于BPDCN这一罕见疾病,机制研究仍需进一步验证 | 探究浆细胞样树突状细胞肿瘤(BPDCN)的发病机制和进化过程 | 浆细胞样树突状细胞肿瘤患者样本 | 数字病理学 | 白血病 | 肿瘤系统基因组学, 单细胞转录组学, 基因分型 | NA | 基因组数据, 转录组数据 | 未明确说明 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 27 | 2025-10-05 |
Deterministic evolution and stringent selection during preneoplasia
2023-06, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-023-06102-8
PMID:37258665
|
研究论文 | 通过人类胃类器官模型研究TP53双等位基因失活后的癌前病变演化过程 | 建立了人类胃类器官模型模拟早期肿瘤发生过程,揭示了TP53失活后染色体不稳定的演化规律和克隆选择机制 | 研究基于体外类器官模型,可能与体内真实肿瘤发生环境存在差异 | 探索人类肿瘤发生的最早期事件及其演化规律 | TP53双等位基因失活的人类胃类器官 | 癌症生物学 | 胃癌 | 单细胞测序, 高通量谱系追踪, 实验演化 | 类器官模型 | 基因组数据, 转录组数据 | 多个克隆来源的培养物,历时2年的纵向研究 | NA | 单细胞测序, 谱系追踪 | NA | NA |
| 28 | 2025-10-05 |
Hallmarks of transcriptional intratumour heterogeneity across a thousand tumours
2023-06, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-023-06130-4
PMID:37258682
|
研究论文 | 通过整合77项研究的单细胞RNA测序数据,系统分析了24种肿瘤类型中1,163个肿瘤样本的转录组瘤内异质性模式 | 首次大规模整合跨研究单细胞数据,识别出41个保守元程序并归纳为11个瘤内异质性标志 | 基于已有研究的整合分析,可能受原始数据质量和批次效应影响 | 系统表征肿瘤转录组瘤内异质性模式 | 1,163个肿瘤样本涵盖24种肿瘤类型 | 生物信息学 | 多种癌症 | 单细胞RNA测序 | 整合分析 | 单细胞转录组数据 | 1,163个肿瘤样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 29 | 2025-10-05 |
CCL5-producing migratory dendritic cells guide CCR5+ monocytes into the draining lymph nodes
2023-06-05, The Journal of experimental medicine
IF:12.6Q1
DOI:10.1084/jem.20222129
PMID:36946983
|
研究论文 | 本研究揭示了分泌CCL5的迁移性树突状细胞通过CCR5引导单核细胞进入引流淋巴结的新机制 | 首次发现迁移性cDCs通过分泌CCL5引导表达CCR5的单核细胞进入淋巴结,突破了仅CCR7依赖迁移的传统认知 | 研究主要基于小鼠模型,在人体中的适用性需要进一步验证 | 探究单核细胞在缺乏CCR7表达情况下如何进入引流淋巴结的机制 | 树突状细胞、单核细胞、淋巴结单核吞噬细胞 | 免疫学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 使用多种基因缺陷小鼠模型(Ccl5、Ccr2、Ccr5、Ccr7、Batf3缺陷型) | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 30 | 2025-10-05 |
Myelin dysfunction drives amyloid-β deposition in models of Alzheimer's disease
2023-06, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-023-06120-6
PMID:37258678
|
研究论文 | 本研究揭示了髓鞘功能障碍通过影响淀粉样前体蛋白加工和分散斑块清除小胶质细胞来驱动阿尔茨海默病模型中β-淀粉样蛋白沉积的机制 | 首次发现髓鞘功能障碍是阿尔茨海默病β-淀粉样蛋白沉积的上游风险因素,并揭示了其通过分散斑块清除小胶质细胞的新型机制 | 研究主要基于小鼠模型,在人类中的适用性需要进一步验证 | 探究年龄相关髓鞘功能障碍在阿尔茨海默病发病机制中的作用 | 阿尔茨海默病小鼠模型 | 神经科学 | 阿尔茨海默病 | bulk RNA-seq, single-cell RNA-seq | 小鼠疾病模型 | 转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, bulk RNA测序 | NA | NA |
| 31 | 2025-10-05 |
CIARA: a cluster-independent algorithm for identifying markers of rare cell types from single-cell sequencing data
2023-06-01, Development (Cambridge, England)
DOI:10.1242/dev.201264
PMID:37294170
|
研究论文 | 开发了一种名为CIARA的聚类独立算法,用于从单细胞测序数据中识别稀有细胞类型的标记基因 | 提出不依赖聚类的方法直接识别稀有细胞类型标记基因,可应用于多种单细胞组学数据类型 | NA | 开发识别稀有细胞类型标记基因的计算工具 | 单细胞测序数据中的稀有细胞类型 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | CIARA算法 | 单细胞组学数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 32 | 2025-10-05 |
Transcriptional changes in specific subsets of Drosophila neurons following inhibition of the serotonin transporter
2023-06-24, Translational psychiatry
IF:5.8Q1
DOI:10.1038/s41398-023-02521-3
PMID:37355701
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研究论文 | 本研究通过RNA测序分析果蝇蘑菇体神经元在血清素转运蛋白抑制后的转录组变化 | 首次在果蝇特定神经元亚型中系统分析血清素转运蛋白抑制的转录效应,并比较发育期与成年期的差异 | 蘑菇体神经元转录组变化有限,且一个突变等位基因导致显著的人工表达变化 | 探究血清素转运蛋白抑制对特定神经元亚型转录组的影响 | 果蝇蘑菇体中的Kenyon细胞 | 神经科学 | NA | 荧光激活细胞分选,bulk RNA测序,单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | 果蝇Kenyon细胞 | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 33 | 2025-10-06 |
Leveraging single-cell RNA sequencing to unravel the impact of aging on stroke recovery mechanisms in mice
2023-06-20, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2300012120
PMID:37307473
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示衰老如何通过影响微glia/巨噬细胞与内皮细胞/少突胶质前体细胞间的相互作用来损害中风后脑修复机制 | 首次在单细胞水平系统揭示衰老对中风后脑修复机制的影响,并证明年轻来源的MG/MΦ移植可部分恢复老年小鼠的脑修复功能 | 研究仅限于小鼠模型,尚未在人类中得到验证;机制研究仍需要进一步深入 | 探究衰老对中风后脑组织修复机制的影响 | 年轻和老年小鼠的中风后脑组织 | 单细胞转录组学 | 中风 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 年轻和老年小鼠在急性期(3天)和慢性期(14天)的中风后脑组织 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 34 | 2025-10-06 |
Ubiquitin Ligases Siah1a/2 Control Alveolar Macrophage Functions to Limit Carcinogen-Induced Lung Adenocarcinoma
2023-06-15, Cancer research
IF:12.5Q1
DOI:10.1158/0008-5472.CAN-23-0258
PMID:37078793
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研究论文 | 本研究揭示泛素连接酶Siah1a/2通过调控肺泡巨噬细胞功能抑制致癌物诱导的肺腺癌发生 | 首次发现Siah1a/2通过调控肺泡巨噬细胞成熟状态和促纤维化基因特征影响肺腺癌发展 | 研究主要基于小鼠模型,临床样本验证仍需扩展 | 探究Siah1a/2在肺泡巨噬细胞功能调控及肺腺癌发生中的作用机制 | 肺泡巨噬细胞、肺腺癌小鼠模型、LUAD患者样本 | 癌症免疫学 | 肺腺癌 | 单细胞RNA测序、基因敲除 | NA | 基因表达数据、单细胞测序数据 | 野生型小鼠、基因敲除小鼠、LUAD患者样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 35 | 2025-10-06 |
Single-cell RNA sequencing reveals sexual diversity in the human bladder and its prospective impacts on bladder cancer and urinary tract infection
2023-06-05, BMC medical genomics
IF:2.1Q3
DOI:10.1186/s12920-023-01535-6
PMID:37277784
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序揭示人类膀胱中的性别差异及其对膀胱癌和尿路感染的潜在影响 | 首次在单细胞水平系统揭示人类膀胱中不同细胞类型的性别特异性基因表达差异 | 基于已发表的单细胞RNA测序数据进行分析,样本来源和数量可能有限 | 探究膀胱相关疾病中性别差异的分子机制 | 人类正常膀胱组织细胞 | 单细胞转录组学 | 膀胱癌,尿路感染 | 单细胞RNA测序 | Monocle2, scMetabolism, SCENIC | 单细胞转录组数据 | 27,437个细胞通过严格质量控制 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 36 | 2025-10-06 |
Cell-type annotation with accurate unseen cell-type identification using multiple references
2023-06, PLoS computational biology
IF:3.8Q1
DOI:10.1371/journal.pcbi.1011261
PMID:37379341
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研究论文 | 提出一种基于多参考数据的单细胞RNA测序数据自动注释方法mtANN,能够准确识别未见过的细胞类型 | 整合深度学习和集成学习提高预测准确性,引入考虑三个互补方面的新指标来区分未见细胞类型和共享细胞类型,并提供自适应阈值选择方法 | NA | 开发能够自动注释单细胞RNA测序数据并准确识别未见细胞类型的新方法 | 单细胞RNA测序数据中的细胞类型注释 | 生物信息学 | COVID-19 | 单细胞RNA测序 | 深度学习, 集成学习 | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 37 | 2025-10-06 |
Analysis of immunogenic cell death in atherosclerosis based on scRNA-seq and bulk RNA-seq data
2023-Jun, International immunopharmacology
IF:4.8Q1
DOI:10.1016/j.intimp.2023.110130
PMID:37075670
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研究论文 | 基于单细胞和批量RNA测序数据分析动脉粥样硬化中的免疫原性细胞死亡 | 首次在动脉粥样硬化中系统研究免疫原性细胞死亡的作用机制,并识别出8个关键基因作为潜在药物靶点 | 研究数据均来自公共数据库,缺乏实验验证 | 探究免疫原性细胞死亡在动脉粥样硬化发生发展中的作用机制 | 颈动脉粥样硬化斑块细胞 | 生物信息学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序, KEGG富集分析, CIBERSORT, ESTIMATE, ssGSEA, 随机森林 | 随机森林, 共识聚类分析 | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq | NA | NA |
| 38 | 2025-10-06 |
Integration of whole transcriptome spatial profiling with protein markers
2023-06, Nature biotechnology
IF:33.1Q1
DOI:10.1038/s41587-022-01536-3
PMID:36593397
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研究论文 | 开发了一种名为SPOTS的高通量空间转录组和蛋白质组同步分析技术 | 首次实现了空间转录组和蛋白质组的实验性整合,显著提高了信号分辨率和细胞聚类能力 | NA | 开发能够同时分析空间转录组和蛋白质组的技术方法 | 组织区域中的基因表达和蛋白质分布 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组测序, 蛋白质组分析 | NA | 空间转录组数据, 蛋白质表达数据 | NA | NA | 空间转录组学, 空间蛋白质组学 | SPOTS | Spatial PrOtein and Transcriptome Sequencing (SPOTS) 高通量同步空间转录组和蛋白质分析平台 |
| 39 | 2025-10-06 |
Single-cell analysis of human nasal mucosal IgE antibody secreting cells reveals a newly minted phenotype
2023-06, Mucosal immunology
IF:7.9Q1
DOI:10.1016/j.mucimm.2023.02.008
PMID:36931600
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析人类鼻黏膜IgE抗体分泌细胞,揭示其新近形成的表型特征 | 首次在过敏性真菌性鼻窦炎患者鼻息肉中发现IgE抗体分泌细胞具有早期新生浆细胞表型特征 | 样本量较小(n=3),仅针对鼻息肉组织进行研究 | 探究过敏性真菌性鼻窦炎患者鼻黏膜中IgE抗体分泌细胞的表型和功能特征 | 过敏性真菌性鼻窦炎患者的鼻息肉组织 | 单细胞组学 | 过敏性真菌性鼻窦炎 | 单细胞RNA测序,Ig基因谱系分析 | NA | 单细胞转录组数据 | 3例患者鼻息肉样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 40 | 2025-10-06 |
Anaplastic transformation in thyroid cancer revealed by single-cell transcriptomics
2023-06-01, The Journal of clinical investigation
IF:13.3Q1
DOI:10.1172/JCI169653
PMID:37053016
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研究论文 | 通过单细胞转录组学揭示甲状腺癌向间变性癌转化的细胞谱系和命运转变过程 | 首次在单细胞水平解析甲状腺癌间变性转化的连续谱系,识别了二倍体和异倍体两个关键转化阶段 | 样本量有限,转化机制需要进一步功能验证 | 探究甲状腺癌向间变性癌转化的细胞分子机制 | 不同亚型甲状腺癌患者样本 | 单细胞组学 | 甲状腺癌 | 单细胞转录组测序 | NA | 单细胞转录组数据、遗传变异数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |