单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
21	2024-09-23	Preventing recurrence in Sonic Hedgehog Subgroup Medulloblastoma using the OLIG2 inhibitor CT-179 2023-Jun-09, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-2949436/v1 PMID:37333134	研究论文	研究使用OLIG2抑制剂CT-179预防Sonic Hedgehog亚组髓母细胞瘤的复发	首次探讨了OLIG2抑制剂CT-179在预防Sonic Hedgehog亚组髓母细胞瘤复发中的抗肿瘤潜力	研究主要基于患者来源的类器官、患者来源的异种移植瘤和基因工程小鼠模型，尚未进行临床试验	探讨OLIG2抑制剂CT-179在预防Sonic Hedgehog亚组髓母细胞瘤复发中的作用	Sonic Hedgehog亚组髓母细胞瘤及其复发机制	NA	髓母细胞瘤	单细胞转录组学研究（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	患者来源的类器官、患者来源的异种移植瘤和基因工程小鼠模型
22	2024-09-23	Interleukin-21 Drives a Hypermetabolic State and CD4+ T Cell-associated Pathogenicity in Chronic Intestinal Inflammation 2023-Jun-06, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.06.02.543518 PMID:37333332	研究论文	研究IL-21在慢性肠道炎症中驱动CD4+ T细胞相关病原性和高代谢状态的作用	首次揭示了IL-21通过影响线粒体-内质网接触位点，导致Treg细胞代谢功能障碍，从而加剧炎症反应	研究主要基于体外实验和小鼠模型，尚未在人体内验证	探讨细胞代谢在Treg细胞相关肠道稳态中的作用	Treg细胞在慢性肠道炎症中的代谢功能	NA	肠道炎症	电子显微镜、共聚焦成像、近端连接分析、免疫印迹、质谱流式细胞术、流式细胞术、代谢组学、基因表达分析、实时代谢分析	NA	单细胞RNA测序数据	使用了克罗恩病患者的单细胞RNA测序数据和基因修饰的Treg细胞在小鼠结肠炎模型中的应用
23	2024-09-23	CAR T-cell design dependent remodeling of the brain tumor immune microenvironment identify macrophages as key players that inhibit or promote anti-tumor activity 2023-Jun-06, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-2972427/v1 PMID:37333156	研究论文	研究了CAR T细胞设计对脑肿瘤免疫微环境的影响，并识别出巨噬细胞在抑制或促进抗肿瘤活性中的关键作用	首次探讨了CAR T细胞设计对脑肿瘤免疫微环境的影响，并揭示了巨噬细胞在抗肿瘤反应中的双重作用	研究仅限于特定的B7-H3 CAR T细胞和免疫功能正常的胶质瘤模型	探讨CAR T细胞设计对脑肿瘤免疫微环境的影响，以开发更有效的T细胞免疫疗法	B7-H3特异性CAR T细胞及其在胶质瘤模型中的抗肿瘤活性	免疫学	脑肿瘤	单细胞RNA测序	NA	RNA	六个不同设计的B7-H3 CAR T细胞
24	2024-09-23	ENPP1 is an innate immune checkpoint of the anticancer cGAMP-STING pathway 2023-Jun-05, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.06.01.543353 PMID:37333273	研究论文	本文探讨了ENPP1作为抗癌cGAMP-STING通路的固有免疫检查点的机制	发现ENPP1通过抑制cGAMP-STING介导的抗肿瘤免疫和激活免疫抑制性eADO信号来促进乳腺癌的生长和转移	NA	研究ENPP1在乳腺癌中的作用及其作为免疫检查点的机制	ENPP1在乳腺癌中的表达及其对cGAMP-STING通路的影响	癌症研究	乳腺癌	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	RNA	乳腺癌患者样本
25	2024-09-23	p38MAPKα Stromal Reprogramming Sensitizes Metastatic Breast Cancer to Immunotherapy 2023-06-02, Cancer discovery IF:29.7Q1 DOI:10.1158/2159-8290.CD-22-0907 PMID:36883955	研究论文	研究通过抑制p38MAPKα来重编程转移性乳腺癌的肿瘤微环境，增强免疫疗法的效果	首次展示了p38MAPKα抑制剂与OX40激动剂联合使用在减少转移性生长和提高总体生存率方面的协同作用	研究主要在动物模型中进行，尚未在人类临床试验中验证	探索通过重编程肿瘤微环境来提高转移性乳腺癌对免疫疗法的敏感性	转移性乳腺癌及其肿瘤微环境	癌症研究	乳腺癌	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
26	2024-09-23	Efficient and accurate KIR and HLA genotyping with massively parallel sequencing data 2023-06, Genome research IF:6.2Q1 DOI:10.1101/gr.277585.122 PMID:37169596	研究论文	本文介绍了一种名为T1K的新型计算方法，用于从RNA-seq、全基因组测序或全外显子测序数据中高效准确地推断KIR和HLA等位基因	T1K方法能够联合考虑所有基因型的等位基因，可靠地识别存在的基因并区分同源基因，包括具有挑战性的基因。此外，T1K还能调用新的单核苷酸变异并处理单细胞数据	NA	开发一种高效准确的计算方法，用于从大规模并行测序数据中进行KIR和HLA基因分型	KIR基因和HLA基因	基因组学	NA	大规模并行测序	T1K	RNA-seq、全基因组测序、全外显子测序	NA
27	2024-09-23	The expanding vistas of spatial transcriptomics 2023-06, Nature biotechnology IF:33.1Q1 DOI:10.1038/s41587-022-01448-2 PMID:36192637	研究论文	本文探讨了空间转录组学技术的发展及其在组织细胞类型结构、细胞间相互作用和组织成分间分子相互作用研究中的应用	介绍了空间转录组学技术的新进展，包括其在敏感性、多重性和通量方面的快速提升	NA	探讨空间转录组学技术的发展及其在生物学研究中的应用	组织中的基因表达及其在细胞类型结构、细胞间相互作用和分子相互作用中的作用	基因组学	NA	空间转录组学技术	NA	基因表达数据	NA
28	2024-09-23	Neuraminidase is a host-directed approach to regulate neutrophil responses in sepsis and COVID-19 2023-06, British journal of pharmacology IF:6.8Q1 DOI:10.1111/bph.16013 PMID:36526272	研究论文	研究探讨了神经氨酸酶作为宿主导向方法在调节脓毒症和COVID-19中中性粒细胞反应的作用	首次提出神经氨酸酶1（NEU1）与基质金属蛋白酶9（MMP-9）的相互作用在脓毒症和COVID-19中引发中性粒细胞过度激活	研究主要基于体外实验和动物模型，尚未在人体中进行验证	研究神经氨酸酶在严重感染中调节中性粒细胞反应的作用	健康捐赠者和COVID-19患者的中性粒细胞，以及感染了MHV-3的小鼠	NA	COVID-19	单细胞RNA测序	NA	RNA	健康捐赠者和COVID-19患者的呼吸道样本，以及感染了MHV-3的小鼠
29	2024-09-21	The effect of background noise and its removal on the analysis of single-cell expression data 2023-06-19, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-023-02978-x PMID:37337297	研究论文	研究背景噪音及其去除对单细胞表达数据分析的影响	通过基因型估计评估了三种去除背景噪音方法的性能，发现CellBender在背景噪音水平估计和标记基因检测方面表现最佳	背景噪音去除可能对细胞聚类和分类的精细结构产生影响	探讨背景噪音在单细胞实验中的程度、来源及其影响，并提供处理背景噪音的指导	背景噪音在单细胞和单核RNA-seq实验中的影响	单细胞测序	NA	RNA-seq	NA	表达数据	三个scRNA-seq和两个snRNA-seq的小鼠肾脏重复实验，涉及两种小鼠亚种的细胞混合
30	2024-09-21	eSPRESSO: topological clustering of single-cell transcriptomics data to reveal informative genes for spatio-temporal architectures of cells 2023-Jun-15, BMC bioinformatics IF:2.9Q1 DOI:10.1186/s12859-023-05355-4 PMID:37322439	研究论文	本文介绍了一种名为eSPRESSO的新方法，用于通过单细胞转录组数据进行拓扑聚类，以揭示细胞时空结构中的信息基因	eSPRESSO方法通过随机自组织映射聚类和马尔可夫链蒙特卡罗计算，能够有效地从转录组数据中重建细胞的时空拓扑结构，并揭示拓扑信息基因	NA	研究动物发育过程中基因表达的时空动态，并开发新的计算方法来重建组织结构	人类胚胎心脏、小鼠胚胎、大脑、胚胎心脏和肝小叶的细胞时空结构	生物信息学	NA	随机自组织映射聚类、马尔可夫链蒙特卡罗计算	NA	转录组数据	人类胚胎心脏、小鼠胚胎、大脑、胚胎心脏和肝小叶的细胞
31	2024-09-21	Integration single-cell and bulk RNA-sequencing data to reveal senescence gene expression profiles in heart failure 2023-Jun, Heliyon IF:3.4Q1 DOI:10.1016/j.heliyon.2023.e16214 PMID:37332931	研究论文	本研究通过整合单细胞和批量RNA测序数据，揭示了心力衰竭中的衰老基因表达谱	首次整合单细胞和批量RNA测序数据来研究心力衰竭中的衰老基因表达谱	需要进一步研究衰老基因在心力衰竭中的表达模式和分子调控机制	揭示衰老在心力衰竭中的作用	心力衰竭心脏样本和衰老基因数据	数字病理学	心血管疾病	RNA测序	NA	基因表达数据	心力衰竭心脏样本数据来自Gene Expression Omnibus数据库，衰老基因数据来自CellAge
32	2024-09-20	A comprehensive mouse kidney atlas enables rare cell population characterization and robust marker discovery 2023-Jun-16, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2023.106877 PMID:37275529	研究论文	本文创建了一个全面的成年小鼠肾脏图谱，整合了来自八个独立研究的140,000个细胞和细胞核的单细胞和单核RNA测序数据，以识别和表征罕见的细胞群体及其标记物	本文构建了一个层次模型来协调不同数据集的注释，并利用该模型预测了先前缺失的细胞注释，同时识别了难以理解的细胞类型和过渡状态的可重复标记物	NA	创建一个全面的成年小鼠肾脏图谱，以识别和表征罕见的细胞群体及其标记物	成年小鼠肾脏的细胞群体及其标记物	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	层次模型	RNA测序数据	140,000个细胞和细胞核，来自59个公开的单细胞和单核RNA测序数据集，涉及八个独立研究
33	2024-09-20	microRNA-132 regulates gene expression programs involved in microglial homeostasis 2023-Jun-16, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2023.106829 PMID:37250784	研究论文	研究了microRNA-132在调节小胶质细胞稳态中的基因表达程序	首次深入分析了miR-132在调节小胶质细胞稳态中的分子途径	需要进一步研究miR-132补充对阿尔茨海默病治疗的潜在影响	探讨miR-132在阿尔茨海默病中的作用及其对小胶质细胞稳态的影响	miR-132及其在小胶质细胞稳态中的作用	NA	阿尔茨海默病	单细胞转录组学、蛋白质组学和AGO-CLIP数据集	NA	基因表达数据	小鼠海马体和人类诱导多能干细胞来源的小胶质细胞
34	2024-09-20	A village in a dish model system for population-scale hiPSC studies 2023-06-09, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-023-38704-1 PMID:37296104	研究论文	本文介绍了一种名为“village in a dish”的模型系统，用于大规模hiPSC研究	提出了village cultures方法，将多个hiPSC细胞系在同一培养皿中培养和分化，以实现大规模样本量的研究	NA	研究DNA等位基因如何影响疾病风险、药物反应和其他人类表型的机制	hiPSC细胞系及其在不同条件下的基因表达变化	细胞生物学	NA	单细胞测序	NA	基因表达数据	数百或数千个hiPSC细胞系
35	2024-09-20	Inhibition of YAP1 activity ameliorates acute lung injury through promotion of M2 macrophage polarization 2023-Jun, MedComm IF:10.7Q1 DOI:10.1002/mco2.293 PMID:37287755	研究论文	研究探讨了YAP1蛋白在急性肺损伤（ALI）中的作用及其通过促进M2巨噬细胞极化来减轻肺损伤的机制	揭示了YAP1通过调节M2巨噬细胞极化来减轻急性肺损伤的新机制	NA	研究YAP1在急性肺损伤中的作用及其对M1/M2巨噬细胞极化的调控	YAP1蛋白、M1/M2巨噬细胞极化、急性肺损伤	NA	急性肺损伤	RNA干扰、单细胞RNA测序	NA	RNA	ALI小鼠、LPS处理的骨髓来源巨噬细胞（BMMs）
36	2024-09-19	ADEPT: Autoencoder with differentially expressed genes and imputation for robust spatial transcriptomics clustering 2023-Jun-16, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2023.106792 PMID:37235055	研究论文	本文介绍了一种基于图自编码器和差异表达基因矩阵的迭代聚类方法ADEPT，用于提高空间转录组数据的聚类鲁棒性	ADEPT通过图自编码器和差异表达基因矩阵的迭代聚类方法，显著提高了空间转录组数据在不同平台上的聚类性能	NA	开发一种鲁棒的聚类方法，以提高空间转录组数据在不同平台上的分析效果	空间转录组数据	生物信息学	NA	空间转录组测序	图自编码器	基因表达数据	NA
37	2024-09-19	APOL1 promotes endothelial cell activation beyond the glomerulus 2023-Jun-16, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2023.106830 PMID:37250770	研究论文	研究探讨了APOL1高风险基因型通过内皮细胞内在激活和功能障碍促进慢性肾病的可能性	首次揭示了APOL1在多个肾血管床中作为内皮细胞激活诱导剂的作用，并可能影响肾小球血管以外的区域	研究主要基于单细胞RNA测序和转录组数据，缺乏直接的体内实验验证	探讨APOL1高风险基因型在慢性肾病中的作用机制	内皮细胞和APOL1表达	NA	慢性肾病	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	包括来自Kidney Precision Medicine Project的数据集、非洲裔美国人的肾组织数据集以及APOL1表达的转基因小鼠数据集
38	2024-09-19	Single-cell and spatial transcriptomics: deciphering brain complexity in health and disease 2023-06, Nature reviews. Neurology DOI:10.1038/s41582-023-00809-y PMID:37198436	研究论文	本文讨论了单细胞和空间转录组学技术在解析健康和疾病状态下大脑复杂性中的应用	本文介绍了单细胞和空间转录组学技术在解析大脑疾病病理机制中的创新应用，特别是在选择性神经元脆弱性、神经免疫功能障碍和细胞类型特异性治疗反应方面的见解	单细胞RNA测序需要组织样本的解离，导致细胞间相互关系的信息丢失；空间转录组学技术虽然保留了空间信息，但仍存在局限性，并讨论了未来的发展方向	探讨单细胞和空间转录组学技术在解析大脑疾病病理机制中的应用	大脑在健康和疾病状态下的复杂性	单细胞技术	NA	单细胞RNA测序，空间转录组学	NA	基因表达数据	数千个细胞
39	2024-09-19	Comprehensive landscape of TGFβ-related signature in osteosarcoma for predicting prognosis, immune characteristics, and therapeutic response 2023-Jun, Journal of bone oncology IF:3.1Q2 DOI:10.1016/j.jbo.2023.100484 PMID:37234254	研究论文	本研究通过RNA-seq数据识别出与TGFβ相关的82个差异表达基因，并开发了一种新的TGFβ相关预后标志物，用于预测骨肉瘤患者的预后、免疫特征和治疗反应	首次系统地研究了TGFβ相关基因在骨肉瘤中的作用，并开发了一种新的预后标志物，结合临床特征和风险评分构建了预测模型	研究主要基于数据库中的RNA-seq数据，缺乏临床样本的直接验证	研究TGFβ相关基因在骨肉瘤中的作用，开发新的预后标志物以提高骨肉瘤患者的个性化治疗效果	骨肉瘤患者及其TGFβ相关基因的表达情况	数字病理学	骨肉瘤	RNA-seq	LASSO和多因素Cox分析	RNA-seq数据	基于TARGET和GETx数据库的RNA-seq数据，具体样本数量未明确提及
40	2024-09-16	Mechanical stimuli-induced CCL2 restores adult mouse cells to regenerate hair follicles 2023-Jun-13, Molecular therapy. Nucleic acids DOI:10.1016/j.omtn.2023.03.002 PMID:37020681	研究论文	研究机械刺激如何通过CCL2介导的微环境调控机制促进成年小鼠毛囊再生	首次揭示了机械刺激通过CCL2介导的化学信号通路促进毛囊再生的机制	NA	探讨机械刺激诱导毛囊再生的机制	成年小鼠的皮肤细胞和毛囊	NA	NA	RNA测序（RNA-seq）和单细胞RNA测序	NA	RNA序列数据	涉及多个时间点的皮肤细胞样本和毛囊移植实验