单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 409 篇文献，本页显示第 221 - 240 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 221 | 2024-08-05 |
Prioritization and functional validation of target genes from single-cell transcriptomics studies
2023-06-17, Communications biology
IF:5.2Q1
DOI:10.1038/s42003-023-05006-7
PMID:37330599
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研究论文 | 该文章探讨了如何从单细胞转录组学研究中优先选择并功能验证靶基因 | 文章创新性地通过针对未报告的高排名尖端内皮细胞标记基因进行优先选择和功能验证 | 并非所有高排名的scRNA-seq标记都表现出预测功能，这可能限制了目标的实际应用 | 目标是选择和验证与血管生成相关的尖端内皮细胞靶基因 | 研究对象为尖端内皮细胞的标记基因 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因 | 六个候选基因 |
| 222 | 2024-08-07 |
Single-cell transcriptomic profiling of microvascular endothelial cell heterogeneity in congenital diaphragmatic hernia
2023-06-17, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-023-37050-y
PMID:37330615
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组测序技术，探讨了先天性膈疝（CDH）中微血管内皮细胞的异质性及其与肺发育不良和重塑的关系 | 首次揭示了CDH肺中微血管内皮细胞的三个不同集群，并发现CDH微血管内皮细胞集群具有独特的炎症转录组特征 | 研究仅使用了硝苯酚诱导的CDH模型，可能限制了结果的普遍性 | 探究先天性膈疝肺中微血管内皮细胞的异质性及其与肺发育不良和重塑的关系 | 先天性膈疝（CDH）肺中的微血管内皮细胞 | 数字病理学 | 先天性疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 使用了E21.5的硝苯酚模型中的大鼠胎儿，包括健康对照组（2HC）、硝苯酚暴露对照组（NC）和硝苯酚暴露的CDH组 |
| 223 | 2024-08-05 |
Heterogeneity of tumor immune microenvironment in malignant and metastatic change in LUAD is revealed by single-cell RNA sequencing
2023-06-16, Aging
DOI:10.18632/aging.204752
PMID:37335089
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序揭示了肺腺癌（LUAD）肿瘤免疫微环境的异质性。 | 通过单细胞测序技术，分析了LUAD中不同细胞类型的转录组特征，并识别了709个在LUAD微环境中发挥重要作用的基因。 | 本文没有详细说明样本的多样性及其对结果的影响。 | 研究肺腺癌的肿瘤微环境及其在恶性和转移变化中的异质性。 | 主要研究对象是肺腺癌（LUAD）中的免疫细胞和其相关的转录组特征。 | 数字病理学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | NA |
| 224 | 2024-08-07 |
Feedback circuits are numerous in embryonic gene regulatory networks and offer a stabilizing influence on evolution of those networks
2023-Jun-16, EvoDevo
IF:4.1Q1
DOI:10.1186/s13227-023-00214-y
PMID:37322563
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研究论文 | 本文重新分析了两种海胆物种的发育基因调控网络（dGRNs），重点关注基因首次表达的时间，并发现了先前未被识别的反馈回路 | 发现了先前未被识别的反馈回路，并提出这些回路可能在高度保守的dGRNs中缓冲异时性表达的影响 | NA | 研究两种海胆物种的发育基因调控网络的相似性和差异 | Lytechinus variegatus和Strongylocentrotus purpuratus的发育基因调控网络 | 生物信息学 | NA | scRNA-seq | NA | 基因表达数据 | 两种海胆物种的基因调控网络数据 |
| 225 | 2024-08-07 |
Cord blood-derived Vδ2+ and Vδ2- T cells acquire differential cell state compositions upon in vitro expansion
2023-06-16, Science advances
IF:11.7Q1
DOI:10.1126/sciadv.adf3120
PMID:37327346
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研究论文 | 研究了人脐带血来源的γδ T细胞在体外扩增过程中不同亚型的细胞状态组成差异 | 通过单细胞RNA测序追踪了脐带血来源的γδ T细胞在体外扩增过程中的分化过程，并揭示了不同亚型细胞的克隆特异性分化动态 | NA | 探讨人脐带血来源的γδ T细胞在早期新生儿阶段的内在细胞差异，并优化细胞制造过程 | 人脐带血来源的γδ T细胞 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | NA |
| 226 | 2024-08-07 |
Single cell profiling of female breast fibroadenoma reveals distinct epithelial cell compositions and therapeutic targets
2023-06-16, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-023-39059-3
PMID:37328469
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术分析了女性乳腺纤维腺瘤和正常乳腺组织的细胞组成，揭示了纤维腺瘤中上皮细胞的独特结构变化和功能特征，并开发了一种可扩展的人类纤维腺瘤类器官系统，探索了潜在的治疗策略。 | 首次利用单细胞RNA测序技术详细描述了纤维腺瘤的细胞组成和结构变化，并开发了可扩展的纤维腺瘤类器官系统，为纤维腺瘤的治疗提供了新的策略。 | 研究主要集中在细胞和类器官水平，尚未进行临床试验验证治疗策略的有效性。 | 揭示纤维腺瘤的细胞组成和结构变化，探索潜在的治疗方法。 | 女性乳腺纤维腺瘤和正常乳腺组织的上皮细胞。 | 数字病理学 | 乳腺疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA序列 | 人类纤维腺瘤和正常乳腺组织样本 |
| 227 | 2024-08-07 |
Single-cell transcriptome dataset of human and mouse in vitro adipogenesis models
2023-06-16, Scientific data
IF:5.8Q1
DOI:10.1038/s41597-023-02293-x
PMID:37328521
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研究论文 | 本文介绍了人类和小鼠体外脂肪形成模型的单细胞转录组数据集 | 首次使用单细胞RNA测序技术研究3T3-L1和SGBS细胞在脂肪形成前后的转录变化 | NA | 研究脂肪形成过程中细胞间的转录变异 | 3T3-L1和SGBS细胞在脂肪形成前后的转录变化 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 混合的3T3-L1和SGBS细胞 |
| 228 | 2024-08-07 |
Discovery and characterization of potent pan-variant SARS-CoV-2 neutralizing antibodies from individuals with Omicron breakthrough infection
2023-06-15, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-023-39267-x
PMID:37322000
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序和BCR测序，从接种过疫苗并感染奥密克戎变异株的患者中发现了针对多种SARS-CoV-2变异株的中和抗体 | 本文首次从奥密克戎突破感染患者的恢复期血浆中筛选出具有广谱中和活性的抗体，并通过冷冻电镜分析揭示了多种刺突蛋白识别模式 | NA | 开发针对多种SARS-CoV-2变异株的广谱抗病毒药物 | 从奥密克戎突破感染患者的B细胞中筛选出具有广谱中和活性的抗体 | 生物技术 | 新冠肺炎 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）和BCR测序（scBCR-seq） | NA | 基因序列 | 来自接种过2或3剂灭活疫苗并感染奥密克戎变异株的患者 |
| 229 | 2024-08-07 |
Single-cell RNA-sequencing of stria vascularis cells in the adult Slc26a4-/- mouse
2023-06-15, BMC medical genomics
IF:2.1Q3
DOI:10.1186/s12920-023-01549-0
PMID:37322474
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研究论文 | 本研究使用单细胞RNA测序技术分析了Slc26a4-/-小鼠的血管纹细胞，以识别可能影响内淋巴pH稳态的pH调节因子及其细胞致病机制 | 首次通过单细胞RNA测序技术详细分析了Slc26a4-/-小鼠血管纹细胞的基因表达谱，揭示了pH依赖性变化及其在SLC26A4相关听力损失中的潜在作用 | NA | 识别影响内淋巴pH稳态的pH调节因子及其细胞致病机制 | Slc26a4-/-小鼠的血管纹细胞 | 数字病理学 | 听力损失 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 野生型（WT, Slc26a4+/+）和Slc26a4-/-小鼠的血管纹细胞 |
| 230 | 2024-08-07 |
Formation of Müller glia-derived progenitor cells in retinas depleted of microglia
2023-Jun-09, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.06.08.544205
PMID:37333380
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研究论文 | 研究通过scRNA-seq技术分析了在鸡视网膜中微胶质细胞缺失后Müller胶质细胞的转录变化，探讨了微胶质细胞对Müller胶质细胞衍生前体细胞形成的影响。 | 首次揭示了微胶质细胞在视网膜损伤后通过调节HBEGF、FGF和视黄酸信号通路促进Müller胶质细胞向增殖性前体细胞转化的作用。 | 研究主要集中在鸡视网膜模型，可能需要进一步在其他物种中验证这些发现。 | 探讨微胶质细胞在视网膜损伤后对Müller胶质细胞衍生前体细胞形成的影响。 | 鸡视网膜中的Müller胶质细胞和微胶质细胞。 | 数字病理学 | NA | scRNA-seq | NA | 转录组数据 | 鸡视网膜样本 |
| 231 | 2024-08-07 |
Revealing the Organ-Specific Expression of SPTBN1 using Single-Cell RNA Sequencing Analysis
2023-Jun-05, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.06.01.543198
PMID:37333135
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术分析了三个与骨骨折相关且在肌肉组织中高表达的标记基因在成人细胞图谱（AHCA）中15种器官组织类型中的表达情况 | 首次揭示了SPTBN1基因在多个器官类型中的高表达，特别是在纤维母细胞、平滑肌细胞和组织干细胞中的表达 | 研究仅限于分析三个标记基因在15种器官组织类型中的表达，未涉及这些基因在其他组织或疾病中的作用 | 分析三个标记基因在单细胞水平上对不同组织和器官发育的贡献 | 三个标记基因在成人细胞图谱（AHCA）中15种器官组织类型中的表达 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 细胞数据 | 84,363个细胞和228,508个基因 |
| 232 | 2024-08-07 |
Illuminating Dark Proteins using Reactome Pathways
2023-Jun-05, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.06.05.543335
PMID:37333417
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研究论文 | 利用Reactome通路数据库，通过集成多种资源和随机森林分类器，预测暗蛋白与已知蛋白的功能相互作用，并开发评分系统评估这些相互作用，结合单细胞RNA测序数据和自然语言处理分析，增强对暗蛋白生物学功能和治疗潜力的理解。 | 首次利用Reactome通路数据库和随机森林分类器预测暗蛋白的功能相互作用，并开发新的评分系统评估这些相互作用，结合单细胞RNA测序数据和自然语言处理分析，增强对暗蛋白的理解。 | NA | 揭示暗蛋白的生物学功能和潜在治疗应用 | 暗蛋白及其在生物通路中的功能相互作用 | 生物信息学 | NA | 随机森林分类器，自然语言处理 | 随机森林 | 文本，基因表达数据 | 106个蛋白质/基因成对特征，2200万个PubMed摘要，20个随机选择的暗蛋白 |
| 233 | 2024-08-07 |
scRNA-seq Analysis of Hemocytes of Penaeid Shrimp Under Virus Infection
2023-Jun, Marine biotechnology (New York, N.Y.)
DOI:10.1007/s10126-023-10221-8
PMID:37326798
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研究论文 | 本研究使用Drop-seq技术分析了人工感染病毒的日本对虾（Penaeus japonicus）血细胞在病毒感染下的变化 | 本研究首次在非模式生物中使用单细胞RNA测序技术分析了病毒感染对血细胞的影响，并发现了新的抗菌肽基因 | 研究仅限于特定种类的虾和特定的病毒感染，可能不适用于其他物种或病毒 | 旨在更好地理解非模式生物如虾和其他海洋无脊椎动物的免疫相关细胞 | 日本对虾的血细胞在病毒感染下的变化 | 数字病理学 | NA | Drop-seq | NA | 基因表达数据 | 具体样本数量未在摘要中提及 |
| 234 | 2024-08-05 |
Transcriptomic landscape of early hair follicle and epidermal development
2023-06-27, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2023.112643
PMID:37318953
|
研究论文 | 本文研究了早期毛囊和表皮发育的转录组特征 | 发现了新的细胞群体和标记基因，并提出了上层祖细胞的身份 | 尚未明确细胞类型和分化程序如何在发育过程中建立 | 探索外胚层器官发育过程中的细胞类型和分化程序 | 发育中的毛囊和表皮细胞群体 | 数字病理学 | NA | 大规模和单细胞转录组学与伪时间建模 | NA | NA | NA |
| 235 | 2024-08-05 |
Multimodal Image Fusion Offers Better Spatial Resolution for Mass Spectrometry Imaging
2023-06-27, Analytical chemistry
IF:6.7Q1
DOI:10.1021/acs.analchem.3c02002
PMID:37296503
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研究论文 | 本文提出了一种深度学习模型，通过融合多模态图像提高质谱成像的空间分辨率。 | 引入了一种新颖的模型架构，结合多模态图像配准与融合，实现多任务优化。 | 仍然是一个具有挑战性的病态问题，可能在某些情况下限制应用效果 | 旨在提高质谱成像数据的空间分辨率 | 多模态图像，通过深度学习模型DeepFERE进行融合 | 数字病理学 | NA | 深度学习 | 深度学习模型DeepFERE | 图像 | NA |
| 236 | 2024-08-07 |
Distinct immune microenvironment of lung adenocarcinoma in never-smokers from smokers
2023-06-20, Cell reports. Medicine
DOI:10.1016/j.xcrm.2023.101078
PMID:37301197
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析了从不吸烟者和吸烟者的肺腺癌患者的肿瘤微环境差异 | 发现吸烟引起的肺泡细胞功能障碍对吸烟者肺腺癌的侵袭性影响更大，而免疫抑制微环境对从不吸烟者肺腺癌的侵袭性影响更大 | NA | 揭示从不吸烟者和吸烟者肺腺癌的肿瘤发生差异，并探索潜在的免疫治疗策略 | 从不吸烟者和吸烟者的肺腺癌患者 | 数字病理学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 22名未经治疗的肺腺癌患者，共165,753个细胞 |
| 237 | 2024-08-07 |
CRISPR/Cas9-based depletion of 16S ribosomal RNA improves library complexity of single-cell RNA-sequencing
2023-Jun-16, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.05.25.542286
PMID:37292639
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研究论文 | 本文研究了使用CRISPR/Cas9系统去除16S核糖体RNA对单细胞RNA测序文库复杂性的影响 | 提出了一种物理去除16S核糖体RNA的方法，该方法能有效提高单细胞RNA测序文库的复杂性，并优于传统的计算机去除方法 | NA | 研究物理去除16S核糖体RNA对单细胞RNA测序文库复杂性的影响 | 16S核糖体RNA在单细胞RNA测序中的影响 | 基因组学 | NA | CRISPR/Cas9, 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 多个扁形虫样本 |
| 238 | 2024-08-05 |
Increased PDGFRB and NF-κB signaling caused by highly prevalent somatic mutations in intracranial aneurysms
2023-06-14, Science translational medicine
IF:15.8Q1
DOI:10.1126/scitranslmed.abq7721
PMID:37315111
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研究论文 | 本研究揭示了在动脉瘤（IA）中与NF-κB信号通路相关基因中存在高频突变 | 发现了与NF-κB信号通路相关的多种基因突变在动脉瘤中具有高频率出现，这为药物干预的研究开辟了新途径 | 研究样本规模有限，仅分析了65个IA样本 | 研究脑动脉瘤的致病机制，尤其是体细胞突变的影响 | 主要研究脑动脉瘤组织和配对血样中的体细胞突变 | 数字病理学 | NA | 全外显子组测序和靶向深度测序 | 小鼠动脉扩张模型 | 组织样本 | 65个IA组织样本（54个囊性动脉瘤和11个紡锤形动脉瘤）和配对血样 |
| 239 | 2024-08-07 |
Machine learning and single cell RNA sequencing analysis identifies regeneration-related hepatocytes and highlights a Birc5-related model for identifying cell proliferative ability
2023-06-14, Aging
DOI:10.18632/aging.204775
PMID:37315292
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研究论文 | 本研究通过机器学习和单细胞RNA测序分析，识别出与肝脏再生相关的肝细胞群体，并强调了Birc5相关模型在识别细胞增殖能力中的作用 | 本研究首次通过机器学习算法识别出与肝脏再生密切相关的17个基因标记，这些基因标记与细胞周期途径高度相关 | NA | 深入研究部分肝切除术后肝脏再生的潜在机制 | 正常和部分肝切除术后48小时的鼠肝样本 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 机器学习算法 | RNA测序数据 | 正常和部分肝切除术后48小时的鼠肝样本 |
| 240 | 2024-08-05 |
Reference-based cell type matching of in situ image-based spatial transcriptomics data on primary visual cortex of mouse brain
2023-06-13, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-023-36638-8
PMID:37311768
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研究论文 | 本研究系统评估了六种细胞类型匹配的计算算法，应用于小鼠初级视觉皮层的图像基础空间转录组实验。 | 该文章创新性地结合了个体匹配策略的结果，以共识细胞类型分配的方式提高匹配精度，并提出两种集成元分析策略。 | 在空间数据和scRNA-seq数据之间由于分辨率的固有差异，细胞类型匹配可能存在挑战。 | 研究空间转录组数据与参考scRNA-seq图谱的细胞类型匹配方法。 | 研究对象为小鼠初级视觉皮层的空间转录组细胞。 | 数字病理学 | NA | 多重荧光原位杂交（FISH）、原位RNA测序 | NA | 图像 | 涉及的小鼠初级视觉皮层样本数量为NA |