单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 410 篇文献，本页显示第 181 - 200 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 181 | 2024-08-07 |
Identification of potential biomarkers for idiopathic pulmonary fibrosis and validation of TDO2 as a potential therapeutic target
2023-Jun-26, World journal of cardiology
IF:1.9Q3
DOI:10.4330/wjc.v15.i6.293
PMID:37397828
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研究论文 | 本研究通过公共数据集识别特发性肺纤维化（IPF）患者与健康捐赠者之间的差异表达基因，并验证TDO2作为潜在治疗靶点的有效性 | 发现TDO2在IPF患者中上调并预测不良预后，且在单细胞RNA测序数据中在肺泡成纤维细胞中显著富集，表明TDO2可能参与增殖和生存的调控 | NA | 探索IPF治疗的新枢纽基因 | 特发性肺纤维化（IPF）患者 | 数字病理学 | 肺纤维化 | 定量实时聚合酶链反应 | NA | RNA测序数据 | 实验中使用了IPF患者和健康捐赠者的样本，以及TGF-β诱导的肺纤维化小鼠模型 |
| 182 | 2024-08-05 |
GENE EXPRESSION WITHIN A HUMAN CHOROIDAL NEOVASCULAR MEMBRANE USING SPATIAL TRANSCRIPTOMICS
2023-Jun-17, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.06.16.544770
PMID:37398429
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研究论文 | 本研究通过空间转录组学分析了人类眼睛中与年龄相关的黄斑变性相关的黄斑新生血管膜内的基因表达 | 首次使用空间RNA测序技术揭示了黄斑新生血管化区域内不同细胞类型的基因表达变化 | 该研究仅基于有限的样本量，主要为单一供体的眼睛 | 探究年龄相关性黄斑变性中的黄斑新生血管化过程中的基因表达变化 | 对比分析黄斑新生血管化患者与健康供体眼睛的基因表达 | 数字病理学 | 年龄相关性黄斑变性 | 空间RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 1个黄斑新生血管化供体和1个健康供体 |
| 183 | 2024-08-05 |
SCS: cell segmentation for high-resolution spatial transcriptomics
2023-Jun-16, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.01.11.523658
PMID:37398213
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研究论文 | 本文提出了SCS，一种结合成像数据和测序数据以提高细胞分割准确性的技术 | SCS使用变换器神经网络自适应地学习每个点相对于其细胞中心的位置，从而提高细胞分割精度 | 传统的基于图像的分割方法存在限制，未充分利用空间转录组学提供的信息 | 提高高分辨率空间转录组学中的细胞分割精度 | 测试SCS在两种新型亚细胞空间转录组学技术中的表现 | 数字病理学 | NA | 空间转录组学 | 变换器神经网络 | 成像数据和测序数据 | NA |
| 184 | 2024-08-05 |
Combined near infrared photoacoustic imaging and ultrasound detects vulnerable atherosclerotic plaque
2023-Jun-12, medRxiv : the preprint server for health sciences
DOI:10.1101/2023.06.11.23291099
PMID:37398016
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研究论文 | 本文展示了近红外光声成像与超声结合用于检测易损斑块 | 文章创新性地将近红外光声成像与超声成像结合，以区分稳定与易损斑块 | 目前的研究仅限于25名患者的切除斑块 | 研究目的在于有效识别和表征动脉粥样硬化斑块的形态和脆弱性 | 研究对象为25名患者的动脉粥样硬化斑块样本 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 近红外光声成像 | NA | 斑块样本 | 25个切除的斑块样本 |
| 185 | 2024-08-05 |
Spatially resolved expression landscape and gene-regulatory network of human gastric corpus epithelium
2023-06-07, Protein & cell
IF:13.6Q1
DOI:10.1093/procel/pwac059
PMID:37402315
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研究论文 | 文章揭示了人类胃体上皮的空间表达景观和基因调控网络 | 首次系统性地分析了人类胃体上皮的细胞多样性和稳态 | 研究可能缺乏对胃体其他区域的广泛性分析 | 揭示人类胃体上皮的分子特征和基因调控机制 | 研究了人类胃体上皮细胞及其干/前体细胞群体 | 数字病理学 | 胃癌 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq)、空间转录组学、单细胞可接触染色质测序(scATAC-seq) | NA | NA | NA |
| 186 | 2024-08-05 |
Single-cell sequencing of individual retinal organoids reveals determinants of cell fate heterogeneity
2023-Jun-03, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.05.31.543087
PMID:37398481
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研究论文 | 本文探讨了利用单细胞测序分析视网膜类器官中细胞命运异质性的决定因素 | 创新地应用了sci-Plex方法来扩展对视网膜类器官细胞组成的分析 | 当前技术对处理条件的限制阻碍了类器官异质性的研究 | 研究类器官的异质性及其对人类发展和疾病模型的贡献 | 视网膜类器官及其细胞类别的组成 | 数字病理学 | NA | RNA-seq | NA | 细胞组成数据 | 410个类器官 |
| 187 | 2024-08-07 |
Single-cell lineage tracing reveals hierarchy and mechanism of adipocyte precursor maturation
2023-Jun-03, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.06.01.543318
PMID:37398135
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研究论文 | 研究通过单细胞RNA测序技术揭示了皮肤中脂肪细胞前体细胞的特征及其成熟机制 | 发现了新的未成熟前脂肪细胞群体，揭示了前体细胞的分化潜能偏向性，并首次识别出Sox9作为驱动前体细胞向脂肪细胞分化的关键因子 | NA | 探究脂肪细胞前体细胞的成熟过程及其分子机制 | 皮肤中的脂肪细胞前体细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 具体样本数量未提及 |
| 188 | 2024-08-07 |
Boosting Single-Cell RNA Sequencing Analysis with Simple Neural Attention
2023-Jun-01, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.05.29.542760
PMID:37398136
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研究论文 | 本文介绍了一种名为scANNA的新型可解释深度学习模型，用于单细胞RNA测序研究，利用神经注意力学习基因关联 | scANNA模型通过神经注意力机制提高了单细胞RNA测序分析的可解释性，并能在不重新训练的情况下进行下游分析 | 当前深度学习方法在单细胞RNA测序分析中缺乏可解释性，且现有流程是为特定任务设计的，不适用于分析的不同阶段 | 开发一种可解释的深度学习模型，以提高单细胞RNA测序分析的效率和可解释性 | 单细胞RNA测序数据分析 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 神经注意力模型 | 基因表达数据 | NA |
| 189 | 2024-08-07 |
Human PBMC scRNA-seq-based aging clocks reveal ribosome to inflammation balance as a single-cell aging hallmark and super longevity
2023-06-28, Science advances
IF:11.7Q1
DOI:10.1126/sciadv.abq7599
PMID:37379396
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序数据构建了一个基于人类外周血单个核细胞（PBMC）的衰老时钟模型，揭示了超级长寿者中由高核糖体水平和低炎症状态构成的单细胞衰老标志 | 首次在单细胞水平上构建了衰老时钟模型，并发现了超级长寿者中高核糖体水平与低炎症状态的关联 | 研究样本量较小，仅包括28个样本和7个超级长寿者 | 量化衰老速率，评估与年龄相关的衰退和死亡率 | 超级长寿者的外周血单个核细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | 衰老时钟模型 | 单细胞RNA测序数据 | 28个样本和7个超级长寿者 |
| 190 | 2024-08-07 |
Construction and experimental validation of a B cell-related gene signature to predict the prognosis and immunotherapeutic sensitivity in bladder cancer
2023-06-27, Aging
DOI:10.18632/aging.204753
PMID:37379131
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研究论文 | 本文构建了一个与B细胞相关的基因特征，用于预测膀胱癌的预后和免疫治疗敏感性 | 首次构建了一个包含5个基因对的模型，该模型能够有效预测膀胱癌的预后和免疫治疗反应 | 需要进一步的研究来验证该模型在更广泛人群中的适用性和准确性 | 构建一个能够预测膀胱癌预后和免疫治疗敏感性的B细胞相关基因特征 | 膀胱癌中的B细胞相关基因特征及其对预后和免疫治疗反应的影响 | 数字病理学 | 膀胱癌 | 单细胞RNA测序分析，LASSO回归，随机森林，Cox回归 | 基因对模型 | 基因表达数据 | TCGA-BLCA队列作为训练队列，三个独立队列来自GEO和本地队列用于外部验证，326个B细胞用于探索模型与B细胞生物过程的关联 |
| 191 | 2024-08-05 |
Spinal cord injury: molecular mechanisms and therapeutic interventions
2023-06-26, Signal transduction and targeted therapy
IF:40.8Q1
DOI:10.1038/s41392-023-01477-6
PMID:37357239
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综述 | 本文概述了脊髓损伤的流行病学和病理生理，并详细阐述了神经再生和电路重建的最新研究进展 | 揭示了脊髓损伤的新病理机制，特别是免疫和神经细胞反应之间的相互作用 | 当前研究的结果并未理想化，需要进一步探索有效的治疗策略 | 探讨脊髓损伤的病理机制和治疗干预措施 | 脊髓损伤及其相关的神经再生和电路重建 | 数字病理学 | 脊髓损伤 | 单细胞测序和空间转录组分析 | NA | NA | NA |
| 192 | 2024-08-05 |
A novel computational method enables RNA editome profiling during human hematopoiesis from scRNA-seq data
2023-06-26, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-023-37325-4
PMID:37365211
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研究论文 | 本文开发了一种计算方法，以系统性地识别来自scRNA-seq数据的人类造血细胞类型的RNA编辑位点 | 提出了一种新型计算方法来有效识别和研究scRNA-seq数据中的RNA编辑事件 | 因低测序覆盖，scRNA-seq数据中的RNA编辑事件检测面临挑战 | 研究RNA编辑对人类造血过程的影响 | 人类造血干细胞/前体细胞的scRNA-seq数据 | 计算生物学 | NA | scRNA-seq | NA | RNA序列数据 | NA |
| 193 | 2024-08-07 |
Characterization of olfactomedin 4+ cells in prostate and urethral-tube epithelium during murine postnatal development and in adult mice
2023-06-25, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-023-37320-9
PMID:37357228
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研究论文 | 本研究通过生成Olfm4报告鼠系，研究了Olfm4/eGFP阳性细胞在小鼠前列腺和尿道管上皮在出生后发育及成年期的分布情况 | 首次详细描述了Olfm4阳性细胞在小鼠前列腺和尿道管上皮的分布及其功能特性 | NA | 探究Olfm4阳性细胞在小鼠前列腺和尿道管上皮的生物学功能及其在发育和稳态维持中的作用 | 小鼠前列腺和尿道管上皮的Olfm4阳性细胞 | NA | 前列腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 成年小鼠尿道的单细胞RNA测序元数据（GSE145865） |
| 194 | 2024-08-05 |
Integration of bulk RNA sequencing data and single-cell RNA sequencing analysis on the heterogeneity in patients with colorectal cancer
2023-Jun-24, Functional & integrative genomics
IF:3.9Q1
DOI:10.1007/s10142-023-01102-3
PMID:37355491
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研究论文 | 本研究开发和验证了与cGAS-STING通路相关的结直肠癌分子亚型 | 首次结合大规模RNA测序和单细胞RNA测序分析，从而揭示了结直肠癌内的异质性 | 样本大小和地域限制可能影响结果的普适性 | 旨在研究结直肠癌中cGAS-STING通路相关的分子亚型 | 结直肠癌患者的RNA测序数据及其免疫特征 | 数字病理学 | 结直肠癌 | RNA-seq | NA | RNA测序数据 | 使用来自The Cancer Genome Atlas（训练数据集）和Gene Expression Omnibus（验证数据集）的数据 |
| 195 | 2024-08-07 |
Transcriptional changes in specific subsets of Drosophila neurons following inhibition of the serotonin transporter
2023-Jun-24, Translational psychiatry
IF:5.8Q1
DOI:10.1038/s41398-023-02521-3
PMID:37355701
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研究论文 | 研究了在抑制血清素转运蛋白后，果蝇特定神经元亚群的转录变化 | 使用果蝇模型和荧光激活细胞分选技术，结合批量或单细胞RNA测序，探索了肯扬细胞对血清素转运蛋白抑制的转录组响应 | 研究发现肯扬细胞的转录组变化有限，且不同亚型可能对血清素转运蛋白失活有不同的响应 | 探讨血清素转运蛋白抑制对果蝇特定神经元亚群的转录影响 | 果蝇的蘑菇体结构中的肯扬细胞 | 数字病理学 | NA | 荧光激活细胞分选技术，RNA测序 | NA | RNA | 成年果蝇 |
| 196 | 2024-08-05 |
m6A methylation reader IGF2BP2 activates endothelial cells to promote angiogenesis and metastasis of lung adenocarcinoma
2023-06-23, Molecular cancer
IF:27.7Q1
DOI:10.1186/s12943-023-01791-1
PMID:37353784
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研究论文 | 本研究探讨了m6A甲基化读取器IGF2BP2如何激活内皮细胞以促进肺腺癌的血管生成和转移 | 提出了LUAD_IGF2BP2亚群在肺腺癌转移进程中的关键作用及其对血管生成和转移的促进机制 | 尚未深入研究IGF2BP2在其他类型肺癌中的作用 | 研究肺腺癌转移的分子机制，特别是IGF2BP2的作用 | 分析肺腺癌患者的单细胞转录组数据 | 数字病理学 | 肺癌 | 单细胞转录组测序 | NA | 转录组数据 | 合计93,610个细胞，包括11个正常肺组织、11个原发性LUAD组织和4个转移性LUAD组织 |
| 197 | 2024-08-07 |
Cellular senescence in white matter microglia is induced during ageing in mice and exacerbates the neuroinflammatory phenotype
2023-06-23, Communications biology
IF:5.2Q1
DOI:10.1038/s42003-023-05027-2
PMID:37353538
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研究论文 | 本文通过单细胞转录组分析和多种小鼠模型研究，发现白质中的小胶质细胞在衰老和脱髓鞘疾病模型中会发生细胞衰老，并加剧神经炎症表型 | 首次揭示了中枢神经系统中细胞衰老的特征及其在神经损伤中的作用 | NA | 探讨细胞衰老在中枢神经系统中的作用及其对年龄相关神经疾病的治疗潜力 | 小鼠大脑和脊髓中的白质小胶质细胞 | NA | 神经退行性疾病 | 单细胞转录组分析 | NA | 转录组数据 | 多种小鼠模型 |
| 198 | 2024-08-07 |
Construction of a T-cell exhaustion-related gene signature for predicting prognosis and immune response in hepatocellular carcinoma
2023-06-22, Aging
DOI:10.18632/aging.204830
PMID:37354485
|
研究论文 | 本研究构建了一个与T细胞耗竭相关的基因签名，用于预测肝细胞癌的预后和免疫反应 | 首次构建了T细胞耗竭相关的基因预后模型（TEXPM），并探讨了其在肝细胞癌中的免疫学特性和免疫治疗的优势 | NA | 构建一个T细胞耗竭相关的基因预后模型，并探讨其在肝细胞癌中的免疫学特性和免疫治疗的优势 | 肝细胞癌患者 | 数字病理学 | 肝癌 | 单细胞RNA测序 | LASSO回归分析 | 基因表达数据 | 使用TCGA数据库中的差异表达基因（DEGs）进行筛选 |
| 199 | 2024-08-05 |
MSdb: An integrated expression atlas of human musculoskeletal system
2023-Jun-16, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2023.106933
PMID:37378342
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研究论文 | 介绍了一个用于人类肌肉骨骼系统下一代测序数据的数据库MSdb。 | MSdb整合了各种数据，提供统一分析和比较的功能，是针对肌肉骨骼疾病研究的重要资源。 | 没有提及具体的样本量或数据集的局限性 | 促进肌肉骨骼疾病的病理机制研究和治疗方法开发 | 人类肌肉骨骼系统的下一代测序数据 | 数字病理学 | 肌肉骨骼疾病 | 下一代测序（NGS） | NA | 数据集 | NA |
| 200 | 2024-08-05 |
Spatial Transcriptomics Identifies Expression Signatures Specific to Lacrimal Gland Adenoid Cystic Carcinoma Cells
2023-Jun-16, Cancers
IF:4.5Q1
DOI:10.3390/cancers15123211
PMID:37370820
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研究论文 | 本研究利用空间转录组学识别了与泪腺腺样囊性癌细胞特异的表达特征 | 整合了大面积RNA测序和空间转录组学以识别LGACC特定基因特征，提供了新的靶向治疗线索 | 由于LGACC的稀有性，其病理生物学尚不完全了解，限制了研究的广度 | 揭示泪腺腺样囊性癌特有的分子和细胞特征 | 泪腺腺样囊性癌细胞及其相关的基因表达 | 数字病理学 | 泪腺癌 | RNA测序，空间转录组学 | NA | 基因表达数据 | 分析了3499个差异表达基因 |