单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
181	2024-08-07	Construction and experimental validation of a B cell-related gene signature to predict the prognosis and immunotherapeutic sensitivity in bladder cancer 2023-06-27, Aging DOI:10.18632/aging.204753 PMID:37379131	研究论文	本文构建了一个与B细胞相关的基因特征，用于预测膀胱癌的预后和免疫治疗敏感性	首次构建了一个包含5个基因对的模型，该模型能够有效预测膀胱癌的预后和免疫治疗反应	需要进一步的研究来验证该模型在更广泛人群中的适用性和准确性	构建一个能够预测膀胱癌预后和免疫治疗敏感性的B细胞相关基因特征	膀胱癌中的B细胞相关基因特征及其对预后和免疫治疗反应的影响	数字病理学	膀胱癌	单细胞RNA测序分析，LASSO回归，随机森林，Cox回归	基因对模型	基因表达数据	TCGA-BLCA队列作为训练队列，三个独立队列来自GEO和本地队列用于外部验证，326个B细胞用于探索模型与B细胞生物过程的关联
182	2024-08-05	Spinal cord injury: molecular mechanisms and therapeutic interventions 2023-06-26, Signal transduction and targeted therapy IF:40.8Q1 DOI:10.1038/s41392-023-01477-6 PMID:37357239	综述	本文概述了脊髓损伤的流行病学和病理生理，并详细阐述了神经再生和电路重建的最新研究进展	揭示了脊髓损伤的新病理机制，特别是免疫和神经细胞反应之间的相互作用	当前研究的结果并未理想化，需要进一步探索有效的治疗策略	探讨脊髓损伤的病理机制和治疗干预措施	脊髓损伤及其相关的神经再生和电路重建	数字病理学	脊髓损伤	单细胞测序和空间转录组分析	NA	NA	NA
183	2024-08-05	A novel computational method enables RNA editome profiling during human hematopoiesis from scRNA-seq data 2023-06-26, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-023-37325-4 PMID:37365211	研究论文	本文开发了一种计算方法，以系统性地识别来自scRNA-seq数据的人类造血细胞类型的RNA编辑位点	提出了一种新型计算方法来有效识别和研究scRNA-seq数据中的RNA编辑事件	因低测序覆盖，scRNA-seq数据中的RNA编辑事件检测面临挑战	研究RNA编辑对人类造血过程的影响	人类造血干细胞/前体细胞的scRNA-seq数据	计算生物学	NA	scRNA-seq	NA	RNA序列数据	NA
184	2024-08-07	Characterization of olfactomedin 4+ cells in prostate and urethral-tube epithelium during murine postnatal development and in adult mice 2023-06-25, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-023-37320-9 PMID:37357228	研究论文	本研究通过生成Olfm4报告鼠系，研究了Olfm4/eGFP阳性细胞在小鼠前列腺和尿道管上皮在出生后发育及成年期的分布情况	首次详细描述了Olfm4阳性细胞在小鼠前列腺和尿道管上皮的分布及其功能特性	NA	探究Olfm4阳性细胞在小鼠前列腺和尿道管上皮的生物学功能及其在发育和稳态维持中的作用	小鼠前列腺和尿道管上皮的Olfm4阳性细胞	NA	前列腺癌	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	成年小鼠尿道的单细胞RNA测序元数据（GSE145865）
185	2024-08-05	Integration of bulk RNA sequencing data and single-cell RNA sequencing analysis on the heterogeneity in patients with colorectal cancer 2023-Jun-24, Functional & integrative genomics IF:3.9Q1 DOI:10.1007/s10142-023-01102-3 PMID:37355491	研究论文	本研究开发和验证了与cGAS-STING通路相关的结直肠癌分子亚型	首次结合大规模RNA测序和单细胞RNA测序分析，从而揭示了结直肠癌内的异质性	样本大小和地域限制可能影响结果的普适性	旨在研究结直肠癌中cGAS-STING通路相关的分子亚型	结直肠癌患者的RNA测序数据及其免疫特征	数字病理学	结直肠癌	RNA-seq	NA	RNA测序数据	使用来自The Cancer Genome Atlas（训练数据集）和Gene Expression Omnibus（验证数据集）的数据
186	2024-08-07	Transcriptional changes in specific subsets of Drosophila neurons following inhibition of the serotonin transporter 2023-Jun-24, Translational psychiatry IF:5.8Q1 DOI:10.1038/s41398-023-02521-3 PMID:37355701	研究论文	研究了在抑制血清素转运蛋白后，果蝇特定神经元亚群的转录变化	使用果蝇模型和荧光激活细胞分选技术，结合批量或单细胞RNA测序，探索了肯扬细胞对血清素转运蛋白抑制的转录组响应	研究发现肯扬细胞的转录组变化有限，且不同亚型可能对血清素转运蛋白失活有不同的响应	探讨血清素转运蛋白抑制对果蝇特定神经元亚群的转录影响	果蝇的蘑菇体结构中的肯扬细胞	数字病理学	NA	荧光激活细胞分选技术，RNA测序	NA	RNA	成年果蝇
187	2024-08-05	m6A methylation reader IGF2BP2 activates endothelial cells to promote angiogenesis and metastasis of lung adenocarcinoma 2023-06-23, Molecular cancer IF:27.7Q1 DOI:10.1186/s12943-023-01791-1 PMID:37353784	研究论文	本研究探讨了m6A甲基化读取器IGF2BP2如何激活内皮细胞以促进肺腺癌的血管生成和转移	提出了LUAD_IGF2BP2亚群在肺腺癌转移进程中的关键作用及其对血管生成和转移的促进机制	尚未深入研究IGF2BP2在其他类型肺癌中的作用	研究肺腺癌转移的分子机制，特别是IGF2BP2的作用	分析肺腺癌患者的单细胞转录组数据	数字病理学	肺癌	单细胞转录组测序	NA	转录组数据	合计93,610个细胞，包括11个正常肺组织、11个原发性LUAD组织和4个转移性LUAD组织
188	2024-08-07	Cellular senescence in white matter microglia is induced during ageing in mice and exacerbates the neuroinflammatory phenotype 2023-06-23, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-023-05027-2 PMID:37353538	研究论文	本文通过单细胞转录组分析和多种小鼠模型研究，发现白质中的小胶质细胞在衰老和脱髓鞘疾病模型中会发生细胞衰老，并加剧神经炎症表型	首次揭示了中枢神经系统中细胞衰老的特征及其在神经损伤中的作用	NA	探讨细胞衰老在中枢神经系统中的作用及其对年龄相关神经疾病的治疗潜力	小鼠大脑和脊髓中的白质小胶质细胞	NA	神经退行性疾病	单细胞转录组分析	NA	转录组数据	多种小鼠模型
189	2024-08-07	Construction of a T-cell exhaustion-related gene signature for predicting prognosis and immune response in hepatocellular carcinoma 2023-06-22, Aging DOI:10.18632/aging.204830 PMID:37354485	研究论文	本研究构建了一个与T细胞耗竭相关的基因签名，用于预测肝细胞癌的预后和免疫反应	首次构建了T细胞耗竭相关的基因预后模型（TEXPM），并探讨了其在肝细胞癌中的免疫学特性和免疫治疗的优势	NA	构建一个T细胞耗竭相关的基因预后模型，并探讨其在肝细胞癌中的免疫学特性和免疫治疗的优势	肝细胞癌患者	数字病理学	肝癌	单细胞RNA测序	LASSO回归分析	基因表达数据	使用TCGA数据库中的差异表达基因（DEGs）进行筛选
190	2024-08-05	MSdb: An integrated expression atlas of human musculoskeletal system 2023-Jun-16, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2023.106933 PMID:37378342	研究论文	介绍了一个用于人类肌肉骨骼系统下一代测序数据的数据库MSdb。	MSdb整合了各种数据，提供统一分析和比较的功能，是针对肌肉骨骼疾病研究的重要资源。	没有提及具体的样本量或数据集的局限性	促进肌肉骨骼疾病的病理机制研究和治疗方法开发	人类肌肉骨骼系统的下一代测序数据	数字病理学	肌肉骨骼疾病	下一代测序（NGS）	NA	数据集	NA
191	2024-08-05	Spatial Transcriptomics Identifies Expression Signatures Specific to Lacrimal Gland Adenoid Cystic Carcinoma Cells 2023-Jun-16, Cancers IF:4.5Q1 DOI:10.3390/cancers15123211 PMID:37370820	研究论文	本研究利用空间转录组学识别了与泪腺腺样囊性癌细胞特异的表达特征	整合了大面积RNA测序和空间转录组学以识别LGACC特定基因特征，提供了新的靶向治疗线索	由于LGACC的稀有性，其病理生物学尚不完全了解，限制了研究的广度	揭示泪腺腺样囊性癌特有的分子和细胞特征	泪腺腺样囊性癌细胞及其相关的基因表达	数字病理学	泪腺癌	RNA测序，空间转录组学	NA	基因表达数据	分析了3499个差异表达基因
192	2024-08-05	MBD3 as a Potential Biomarker for Colon Cancer: Implications for Epithelial-Mesenchymal Transition (EMT) Pathways 2023-Jun-14, Cancers IF:4.5Q1 DOI:10.3390/cancers15123185 PMID:37370795	研究论文	本研究探讨了MBD3在结肠癌中的作用及其与上皮-间质转变（EMT）的关系	首次明确了MBD3在结肠癌中的表达差异及其与肿瘤发生、发展之间的关联	尚未全面阐明MBD3在结肠癌中的确切机制	探讨MBD3作为结肠癌潜在生物标志物的作用及其在EMT通路中的影响	结肠癌细胞和临床数据	数字病理学	结肠癌	qRT-PCR, western blotting, 单细胞测序	NA	临床数据	NA
193	2024-08-07	Differences in the Tumor Microenvironment of EBV-Associated Gastric Cancers Revealed Using Single-Cell Transcriptome Analysis 2023-Jun-14, Cancers IF:4.5Q1 DOI:10.3390/cancers15123178 PMID:37370788	研究论文	本研究通过单细胞转录组分析揭示了EBV相关胃癌肿瘤微环境的差异	首次详细探索了EBV相关胃癌中细胞亚群的组成和分子特征	需要进一步研究以确定这些细胞亚群和表型与患者预后的关联	探索EBV相关胃癌肿瘤微环境的细胞组成和分子特征	EBV相关胃癌的肿瘤微环境	NA	胃癌	单细胞转录组分析	NA	转录组数据	未具体说明样本数量
194	2024-08-07	Intervertebral Disc Progenitors: Lessons Learned from Single-Cell RNA Sequencing and the Role in Intervertebral Disc Regeneration 2023-Jun-12, Bioengineering (Basel, Switzerland) DOI:10.3390/bioengineering10060713 PMID:37370644	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术探讨椎间盘祖细胞的异质性和发育模式，并比较间充质基质细胞与椎间盘祖细胞，以确定椎间盘再生的最佳细胞来源	利用单细胞RNA测序技术揭示了椎间盘祖细胞的新颖异质性和发育模式	NA	深入理解椎间盘祖细胞在椎间盘再生中的早期发育和作用，以提高干细胞/祖细胞疗法治疗腰痛的有效性	椎间盘祖细胞及其在椎间盘再生中的作用	NA	腰痛	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
195	2024-08-07	Integrated Single-Cell and Transcriptome Sequencing Analyses Identify Dipeptidase 2 as an Immune-Associated Prognostic Biomarker for Lung Adenocarcinoma 2023-Jun-12, Pharmaceuticals (Basel, Switzerland) DOI:10.3390/ph16060871 PMID:37375818	研究论文	本研究通过整合单细胞和转录组测序分析，鉴定了二肽酶2（DPEP2）作为肺腺癌的免疫相关预后生物标志物	首次揭示了DPEP2在肺腺癌中的表达模式及其与免疫细胞的关联，并探讨了其在免疫检查点抑制剂反应中的作用	研究主要基于生物信息学分析和临床样本，未来需要更多的实验验证	探讨DPEP2在肺腺癌中的表达及其作为预后生物标志物的潜力	DPEP2在肺腺癌中的表达及其生物学功能	数字病理学	肺腺癌	单细胞和转录组测序	NA	转录组数据	涉及正常肺组织和肺腺癌组织的临床样本
196	2024-08-05	Dysregulation of Immune Cell Subpopulations in Atypical Hemolytic Uremic Syndrome 2023-Jun-11, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms241210007 PMID:37373158	研究论文	本文研究了在非典型溶血性尿毒综合征(aHUS)中免疫细胞亚群的失调	首次确认了aHUS发病机制中免疫细胞的失调，提供了新诊断及疾病活动性标志物的潜在见解	样本数量有限，仅涉及部分患者及对照组	探索非典型溶血性尿毒综合征中的分子标志物以及免疫细胞的变化	研究对象包括13名aHUS患者、3名未受影响的家庭成员及4名健康对照者	数字病理	非典型溶血性尿毒综合征	单细胞测序	NA	外周血单核细胞	共研究了20个样本（13名患者，3名家庭成员和4名健康对照者）
197	2024-08-07	The ndrg2 Gene Regulates Hair Cell Morphogenesis and Auditory Function during Zebrafish Development 2023-Jun-11, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms241210002 PMID:37373150	研究论文	本研究探讨了ndrg2基因在斑马鱼毛细胞形态发生和听觉功能中的作用	首次揭示了ndrg2基因在斑马鱼毛细胞分化和听觉功能中的关键作用，并提出了通过阻断Notch信号通路来恢复毛细胞的可能性	研究主要集中在斑马鱼模型上，未来需要进一步在其他物种中验证ndrg2基因的功能	探究ndrg2基因在斑马鱼毛细胞发育和听觉功能中的作用及其机制	斑马鱼的毛细胞和听觉功能	发育生物学	听力损失	原位杂交和单细胞RNA测序	NA	RNA	斑马鱼幼体
198	2024-08-05	The Promise of Single-Cell RNA Sequencing to Redefine the Understanding of Crohn's Disease Fibrosis Mechanisms 2023-Jun-07, Journal of clinical medicine IF:3.0Q1 DOI:10.3390/jcm12123884 PMID:37373578	研究论文	本文讨论了单细胞RNA测序对克罗恩病纤维化机制理解的前景	探讨了单细胞测序带来的新机会，可能帮助开发新的抗纤维化治疗药物	目前尚未有特定的抗纤维化疗法可用	旨在深入了解克罗恩病的纤维化病理机制	克罗恩病及其相关的纤维化	NA	克罗恩病	单细胞RNA测序	NA	NA	NA
199	2024-08-05	Prospects of Cytomegalovirus-Specific T-Cell Receptors in Clinical Diagnosis and Therapy 2023-06-07, Viruses DOI:10.3390/v15061334 PMID:37376633	研究论文	本文探讨了细胞介导的免疫反应中T细胞受体（TCR）在HCMV感染的临床诊断和治疗中的作用	提出TCR在新型诊断和预后方法开发中的重要性，并强调其在临床HCMV感染监测中的深远影响	虽然取得了一些进展，但目前仍存在许多缺陷和发展限制	开发创新、安全和有效的HCMV感染治疗及早期诊断策略	人类巨细胞病毒（HCMV）及其感染对免疫系统的影响	数字病理学	NA	高通量和单细胞测序技术	NA	TCR序列	NA
200	2024-08-07	Crafting a Personalized Prognostic Model for Malignant Prostate Cancer Patients Using Risk Gene Signatures Discovered through TCGA-PRAD Mining, Machine Learning, and Single-Cell RNA-Sequencing 2023-Jun-07, Diagnostics (Basel, Switzerland) DOI:10.3390/diagnostics13121997 PMID:37370891	研究论文	本研究通过TCGA数据挖掘、机器学习和单细胞RNA测序，为恶性前列腺癌患者构建并验证了一个基于风险基因特征的个性化预后模型。	本研究创新性地利用TCGA数据和机器学习技术，开发了一个基于五个基因特征的预后模型，为前列腺癌患者的风险评估和生存预测提供了新的见解。	NA	本研究旨在为高Gleason评分的前列腺癌患者构建并验证一个基于患者特征的风险模型，用于早期识别和预后预测。	本研究主要针对高Gleason评分的前列腺癌患者。	数字病理学	前列腺癌	单细胞RNA测序	LASSO回归	基因表达数据	83个差异表达基因，使用来自TCGA和ICGC的独立数据集进行验证。