单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1	2025-03-29	Variant STAT4 and Response to Ruxolitinib in an Autoinflammatory Syndrome 2023-06-15, The New England journal of medicine DOI:10.1056/NEJMoa2202318 PMID:37256972	研究论文	研究STAT4基因的功能获得性变异与自身炎症综合征对鲁索替尼反应的影响	首次发现STAT4基因的功能获得性变异与致残性全硬化性硬斑病(DPM)相关，并证明JAK抑制剂鲁索替尼能改善该病的炎症表型	研究样本量较小(仅4名患者)，且缺乏长期随访数据	探究DPM的遗传学病因和潜在治疗方法	来自三个无亲缘关系家庭的4名DPM患者	医学遗传学	自身炎症综合征	基因组测序、单细胞RNA测序、体外细胞功能实验	NA	基因组数据、转录组数据、临床数据	4名患者(来自3个家庭)
2	2025-03-29	Single-cell transcriptome reveals cell division-regulated hub genes in the unicellular eukaryote Paramecium 2023-Jun, European journal of protistology IF:1.9Q4 DOI:10.1016/j.ejop.2023.125978 PMID:37080141	研究论文	本研究通过单细胞转录组分析揭示了单细胞真核生物草履虫在细胞分裂过程中调控的关键基因	首次在草履虫中揭示了细胞分裂过程中上调基因的功能关联，并鉴定了可能在此过程中起关键作用的枢纽基因	研究仅限于Paramecium cf. multimicronucleatum这一特定物种，结论在其他纤毛虫中的普适性需要进一步验证	探究纤毛虫细胞分裂过程中的分子调控机制	Paramecium cf. multimicronucleatum细胞	单细胞转录组学	NA	单细胞转录组测序	加权基因共表达网络分析(WGCNA)	基因表达数据	未明确说明样本数量的草履虫细胞
3	2025-03-16	hdWGCNA identifies co-expression networks in high-dimensional transcriptomics data 2023-06-26, Cell reports methods IF:4.3Q2 DOI:10.1016/j.crmeth.2023.100498 PMID:37426759	研究论文	本文介绍了hdWGCNA，一个用于分析高维转录组数据中共表达网络的综合框架	hdWGCNA支持系统级分析，能够进行异构体水平的网络分析，并兼容广泛使用的Seurat R包	NA	开发一个支持高维转录组数据系统级分析的工具	高维转录组数据，如单细胞和空间RNA测序数据	生物信息学	自闭症谱系障碍, 阿尔茨海默病	单细胞RNA测序, 空间RNA测序	NA	转录组数据	近100万个细胞的数据集
4	2025-02-26	Matrix stiffness enhances cancer-macrophage interactions and M2-like macrophage accumulation in the breast tumor microenvironment 2023-06, Acta biomaterialia IF:9.4Q1 DOI:10.1016/j.actbio.2022.04.031 PMID:35483629	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，探讨了基质硬度对乳腺癌肿瘤微环境中细胞间通讯和巨噬细胞表型的影响	首次系统地研究了基质硬度对肿瘤内异质性的影响，特别是对肿瘤促进型M2样巨噬细胞的影响	研究主要基于小鼠模型，结果在人类肿瘤中的适用性尚需进一步验证	探讨基质硬度对乳腺癌肿瘤微环境中细胞间通讯和巨噬细胞表型的影响	MMTV-PyMT小鼠乳腺肿瘤	肿瘤生物学	乳腺癌	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	MMTV-PyMT小鼠乳腺肿瘤样本
5	2025-02-23	SEC-seq: association of molecular signatures with antibody secretion in thousands of single human plasma cells 2023-06-15, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-023-39367-8 PMID:37322036	研究论文	本文介绍了一种名为SEC-seq的新方法，通过将单个人类B细胞的IgG分泌量与表面标记和转录组信息关联，揭示了与高IgG分泌相关的分子特征	开发了SEC-seq方法，首次将单细胞分泌量与表面标记和转录组信息关联，揭示了与高IgG分泌相关的分子特征和替代性浆细胞表面标记	NA	研究单个人类B细胞的IgG分泌量与表面标记和转录组信息的关联	单个人类B细胞	免疫学	NA	流式细胞术、成像流式细胞术、单细胞测序	NA	单细胞数据	数千个单个人类浆细胞
6	2025-02-20	Elevated levels of MMP12 sourced from macrophages are associated with poor prognosis in urothelial bladder cancer 2023-Jun-30, BMC cancer IF:3.4Q2 DOI:10.1186/s12885-023-11100-0 PMID:37391708	研究论文	本研究探讨了源自巨噬细胞的MMP12水平与尿路上皮膀胱癌不良预后的关联	首次将MMP12与尿路上皮膀胱癌的预后联系起来，并发现其来源于肿瘤浸润的巨噬细胞	在转录组微阵列数据集中未能验证MMP12血浆水平与较短总生存期的关联	寻找尿路上皮膀胱癌患者分层的生物标志物，以避免不必要的干预并指示必要的积极措施	90名新诊断且未接受治疗的膀胱癌患者的血浆和尿液样本	数字病理学	膀胱癌	多重邻近延伸分析、单细胞RNA测序、微阵列	随机森林生存分析、多变量回归分析	血浆、尿液、单细胞RNA测序数据、微阵列数据	90名患者的血浆样本和40名患者的尿液样本
7	2025-02-19	Integrative analysis of bulk and single-cell RNA sequencing data reveals distinct subtypes of MAFLD based on N1-methyladenosine regulator expression 2023-Jun, Liver research IF:2.0Q3 DOI:10.1016/j.livres.2023.06.001 PMID:39958950	研究论文	本文通过整合批量RNA测序和单细胞RNA测序数据，揭示了基于N1-甲基腺苷调节因子表达的MAFLD不同亚型	首次将m1A调节基因的表达模式与MAFLD的分子亚型联系起来，并揭示了这些亚型在免疫细胞浸润和炎症特征上的差异	研究样本量相对较小，且未进行实验验证	探讨RNA N1-甲基腺苷（m1A）修饰在MAFLD发病机制和异质性中的作用	MAFLD患者的肝组织和免疫细胞	生物信息学	代谢功能障碍相关脂肪性肝病（MAFLD）	批量RNA测序和单细胞RNA测序（scRNA-seq）	加权基因共表达网络分析（WGCNA）	RNA测序数据	6个肝样本中的33,168个细胞
8	2025-02-11	Preventing recurrence in Sonic Hedgehog Subgroup Medulloblastoma using the OLIG2 inhibitor CT-179 2023-Jun-09, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-2949436/v1 PMID:37333134	研究论文	本研究探讨了小分子OLIG2抑制剂CT-179在预防Sonic Hedgehog亚型髓母细胞瘤复发中的抗肿瘤潜力	首次使用CT-179靶向治疗耐药性髓母细胞瘤干细胞，结合CDK4/6抑制剂palbociclib，显著延缓复发	研究主要基于体外器官模型和动物模型，尚未进行临床试验	预防Sonic Hedgehog亚型髓母细胞瘤的复发	Sonic Hedgehog亚型髓母细胞瘤患者来源的器官模型、异种移植肿瘤模型和基因工程小鼠	癌症研究	髓母细胞瘤	单细胞转录组测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	患者来源的器官模型、异种移植肿瘤模型和基因工程小鼠
9	2025-02-02	Genetic control of the dynamic transcriptional response to immune stimuli and glucocorticoids at single-cell resolution 2023-06, Genome research IF:6.2Q1 DOI:10.1101/gr.276765.122 PMID:37442575	研究论文	本文使用单细胞RNA测序技术研究了96名非裔美国儿童外周血单核细胞对糖皮质激素的转录反应动态	提出了新的统计方法来计算基因表达变异性的均值独立度量，并基于对角线性判别分析开发了基因表达反应动态的新度量	研究样本仅限于非裔美国儿童，可能限制了结果的普适性	研究糖皮质激素对免疫刺激的转录反应的动态调控机制	96名非裔美国儿童的外周血单核细胞	基因组学	免疫相关疾病	单细胞RNA测序	对角线性判别分析	单细胞RNA测序数据	96名非裔美国儿童的外周血单核细胞
10	2024-08-07	RNA visualization and single-cell transcriptomics: methods and applications 2023 Jun-Oct, Transcription DOI:10.1080/21541264.2023.2286761 PMID:38047544	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
11	2025-01-24	Therapy-associated remodeling of pancreatic cancer revealed by single-cell spatial transcriptomics and optimal transport analysis 2023-Jun-29, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.06.28.546848 PMID:37425692	研究论文	本文利用高复杂度单细胞空间转录组学和解剖学方法，研究了人类胰腺癌中多细胞邻域和细胞间相互作用的重塑，特别是与特定恶性亚型和新辅助化疗/放疗相关的重塑	开发了SCOTIA（空间约束最优运输交互分析），这是一种包含空间距离和配体-受体基因表达成本函数的最优运输模型，用于揭示治疗响应中的配体-受体相互作用变化	研究结果需要进一步验证，特别是在其他类型的癌症和疾病中的应用	研究胰腺癌肿瘤微环境中细胞间相互作用的重塑及其对治疗响应的影响	人类胰腺癌中的多细胞邻域和细胞间相互作用	数字病理学	胰腺癌	高复杂度单细胞空间转录组学	最优运输模型（SCOTIA）	单细胞空间转录组数据	NA
12	2025-01-23	Single-cell transcriptomics and epigenomics unravel the role of monocytes in neuroblastoma bone marrow metastasis 2023-06-26, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-023-39210-0 PMID:37365178	研究论文	本文通过单细胞转录组和表观基因组分析，揭示了单核细胞在神经母细胞瘤骨髓转移中的作用	首次在神经母细胞瘤骨髓转移的背景下，结合单细胞转录组和表观基因组分析，揭示了单核细胞的角色及其与肿瘤微环境的相互作用	样本量较小，仅包括11名患者和5名年龄匹配的无转移对照	研究神经母细胞瘤骨髓转移的分子机制，特别是单核细胞在其中的作用	神经母细胞瘤患者的骨髓样本	数字病理学	神经母细胞瘤	单细胞转录组分析、表观基因组分析	NA	单细胞RNA测序数据、表观基因组数据	11名神经母细胞瘤患者和5名年龄匹配的无转移对照的骨髓样本
13	2025-01-19	Generation and Functional Analysis of Defective Viral Genomes during SARS-CoV-2 Infection 2023-06-27, mBio IF:5.1Q1 DOI:10.1128/mbio.00250-23 PMID:37074178	研究论文	本研究探讨了SARS-CoV-2感染过程中缺陷病毒基因组（DVGs）的生成及其与宿主抗病毒免疫反应的关系	首次揭示了SARS-CoV-2 DVGs在自然感染中的干扰素刺激活性，并确定了DVG重组的新热点	需要进一步研究DVG生成的机制及其如何调节宿主反应和感染结果	探讨SARS-CoV-2感染过程中DVGs的生成和功能	COVID-19患者的感染和尸检肺组织	病毒学	COVID-19	RNA-seq, NGS	NA	RNA-seq数据	COVID-19患者的感染和尸检肺组织样本
14	2025-01-13	Sex specific molecular networks and key drivers of Alzheimer's disease 2023-06-20, Molecular neurodegeneration IF:14.9Q1 DOI:10.1186/s13024-023-00624-5 PMID:37340466	研究论文	本研究通过系统生物学方法探讨了阿尔茨海默病（AD）的性别特异性分子网络，并识别了关键驱动因素	首次整合大规模人类死后脑转录组数据，通过多尺度网络分析识别性别特异性分子网络和关键驱动因素，特别是LRP10在AD发病机制中的性别差异作用	研究主要依赖于死后脑样本，可能无法完全反映活体中的分子变化	探讨阿尔茨海默病的性别特异性分子机制，以促进性别和APOE基因型特异性治疗的发展	人类死后脑样本和AD小鼠模型	生物信息学	阿尔茨海默病	多尺度网络分析、单细胞RNA测序（scRNA-seq）、酵母双杂交系统筛选	EFAD小鼠模型	转录组数据	两个队列（MSBB和ROSMAP）的人类死后脑样本和AD小鼠模型
15	2024-12-12	Cell Type- and Tissue-specific Enhancers in Craniofacial Development 2023-Jun-26, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.06.26.546603 PMID:37425964	研究论文	本文结合组蛋白修饰和染色质可及性分析以及单细胞分析，创建了人类面部发育的调控景观图谱	首次系统性地绘制了人类面部发育过程中细胞类型和组织特异性增强子的全面目录，并验证了其在小鼠中的功能保守性	研究主要集中在胚胎发育的特定阶段，未来需要进一步扩展到其他发育阶段和更多物种	揭示颅面发育的遗传基础，特别是增强子在不同细胞类型和组织中的作用	人类面部发育过程中的增强子及其在不同细胞类型和组织中的活性	发育生物学	NA	单细胞RNA测序、单核ATAC-seq、转基因小鼠报告基因分析	NA	基因组数据、单细胞数据	约14,000个增强子，跨越人类胚胎面部发育的七个阶段，以及小鼠颅面组织的单细胞数据
16	2024-12-12	Antigen-driven colonic inflammation is associated with development of dysplasia in primary sclerosing cholangitis 2023-Jun, Nature medicine IF:58.7Q1 DOI:10.1038/s41591-023-02372-x PMID:37322120	研究论文	研究探讨了原发性硬化性胆管炎（PSC）患者中抗原驱动的结肠炎症与发育不良发展的关联	通过结合流式细胞术、bulk和单细胞转录组学以及T和B细胞受体 repertoire 分析，识别出与PSC患者更高风险和更短时间至发育不良相关的独特适应性炎症转录特征	研究样本量有限，且仅限于特定患者群体，可能无法完全代表所有PSC患者的炎症特征	探讨PSC患者中抗原驱动的结肠炎症与发育不良发展的机制，并提供分子见解以指导结直肠癌的预防	65名PSC患者、108名IBD患者和48名健康个体的右结肠组织	NA	原发性硬化性胆管炎	流式细胞术、bulk和单细胞转录组学、T和B细胞受体 repertoire 分析	NA	转录组数据	65名PSC患者、108名IBD患者和48名健康个体
17	2024-12-11	Single-cell analysis of human nasal mucosal IgE antibody secreting cells reveals a newly minted phenotype 2023-06, Mucosal immunology IF:7.9Q1 DOI:10.1016/j.mucimm.2023.02.008 PMID:36931600	研究论文	本文通过单细胞RNA测序分析了过敏性真菌性鼻窦炎患者鼻息肉中的IgE抗体分泌细胞，揭示了一种新的表型	本文首次通过单细胞RNA测序揭示了鼻黏膜IgE抗体分泌细胞的新表型，并发现其与IgD和记忆B细胞的发育关系	研究样本量较小，仅包括3名患者，可能影响结果的普遍性	研究过敏性真菌性鼻窦炎患者鼻黏膜中IgE抗体分泌细胞的表型和功能	过敏性真菌性鼻窦炎患者鼻息肉中的IgE抗体分泌细胞	免疫学	过敏性疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA	3名过敏性真菌性鼻窦炎患者的鼻息肉样本
18	2024-12-11	Pharmacologic targeting of Nedd8-activating enzyme reinvigorates T-cell responses in lymphoid neoplasia 2023-06, Leukemia IF:12.8Q1 DOI:10.1038/s41375-023-01889-x PMID:37031300	研究论文	本文研究了Nedd8激活酶（NAE）抑制剂pevonedistat在淋巴瘤中的治疗作用，特别是其对CD8 T细胞反应的重新激活	首次展示了NAE抑制剂pevonedistat能够直接作用于CD8 T细胞，增强其细胞毒性和细胞因子表达，并在淋巴瘤模型中延缓肿瘤进展	研究主要集中在体外实验和小鼠模型，尚未在临床试验中验证其效果	探讨NAE抑制剂在淋巴瘤治疗中的潜在作用及其对T细胞反应的影响	CD8 T细胞、淋巴瘤模型、淋巴瘤患者	NA	淋巴瘤	NA	NA	单细胞RNA测序数据	NA
19	2024-12-11	Targeting lymphoid-derived IL-17 signaling to delay skin aging 2023-Jun, Nature aging IF:17.0Q1 DOI:10.1038/s43587-023-00431-z PMID:37291218	研究论文	本文研究了皮肤老化过程中IL-17信号通路的作用，并探讨了通过靶向IL-17信号来延缓皮肤老化的可能性	首次通过单细胞RNA测序揭示了老年皮肤中T辅助细胞、γδ T细胞和先天淋巴细胞向IL-17表达表型的偏移，并证明了IL-17信号通路的阻断可以减少皮肤炎症并延缓老化特征的出现	研究仅在老鼠模型上进行，尚未在人类中验证其效果	探讨皮肤老化过程中炎症信号的作用，并寻找延缓皮肤老化的方法	皮肤老化过程中的IL-17信号通路及其对皮肤炎症和功能的影响	NA	皮肤老化	单细胞RNA测序	NA	RNA	老鼠皮肤样本
20	2024-12-09	T cell-Mediated Development of Stromal Fibroblasts with an Immune-Enhancing Chemokine Profile 2023-Jun-07, Cancer immunology research IF:8.1Q1 DOI:10.1158/2326-6066.CIR-22-0593 PMID:37285176	研究论文	研究探讨了癌症相关成纤维细胞（CAF）在不同免疫微环境中的适应性变化及其对T细胞浸润的影响	首次揭示了CAF在T细胞介导下可以转变为促进免疫的表型，通过调节CXCL12和CXCL9的表达来影响T细胞的浸润	研究主要在体外和小鼠模型中进行，需要进一步的临床验证	探讨CAF在不同免疫微环境中的适应性及其对免疫反应的影响	癌症相关成纤维细胞（CAF）和T细胞	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	小鼠胰腺腺癌中的CAF样本