单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1	2025-09-13	CIARA: a cluster-independent algorithm for identifying markers of rare cell types from single-cell sequencing data 2023-06-01, Development (Cambridge, England) DOI:10.1242/dev.201264 PMID:37294170	研究论文	提出一种名为CIARA的聚类独立算法，用于从单细胞测序数据中识别稀有细胞类型的标志基因	开发了不依赖聚类步骤的算法直接识别稀有细胞类型标志基因，并能与现有聚类方法整合	NA	提高单细胞测序数据中稀有细胞类型的检测能力	单细胞测序数据中的稀有细胞类型	生物信息学	NA	单细胞RNA测序，单细胞组学数据	聚类独立算法	单细胞测序数据	人类原肠胚和小鼠胚胎干细胞样本
2	2025-09-11	Transcriptional changes in specific subsets of Drosophila neurons following inhibition of the serotonin transporter 2023-06-24, Translational psychiatry IF:5.8Q1 DOI:10.1038/s41398-023-02521-3 PMID:37355701	研究论文	研究果蝇血清素转运体抑制后特定神经元亚型的转录组变化	利用果蝇模型和单细胞RNA测序技术，首次在特定Kenyon细胞亚型中解析SERT抑制的转录响应，并区分发育期与成年期的差异效应	转录组变化有限，且一种突变等位基因导致显著人为表达变化，需在其他神经回路中进一步验证	探究血清素转运体（SERT）抑制对特定神经元转录组的影响	果蝇蘑菇体中的Kenyon细胞	神经科学	NA	荧光激活细胞分选（FACS）、bulk RNA测序、单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	果蝇dSERT突变等位基因及SSRI西酞普兰喂食的成年果蝇样本
3	2025-07-26	Integration of whole transcriptome spatial profiling with protein markers 2023-06, Nature biotechnology IF:33.1Q1 DOI:10.1038/s41587-022-01536-3 PMID:36593397	研究论文	开发了一种名为SPOTS的高通量空间转录组和蛋白质分析技术，用于整合空间转录组学和蛋白质组学数据	SPOTS技术首次实现了高通量的空间转录组和蛋白质同时分析，显著提高了信号分辨率和细胞聚类能力	未提及该技术在特定组织类型或疾病模型中的验证情况	解决空间转录组学和蛋白质组学数据整合的实验限制	生物组织的空间转录组和蛋白质数据	空间组学	NA	SPOTS (Spatial PrOtein and Transcriptome Sequencing)	NA	空间转录组数据、蛋白质数据	NA
4	2025-07-26	Single-cell analysis of human nasal mucosal IgE antibody secreting cells reveals a newly minted phenotype 2023-06, Mucosal immunology IF:7.9Q1 DOI:10.1016/j.mucimm.2023.02.008 PMID:36931600	研究论文	通过单细胞RNA测序分析人类鼻黏膜IgE抗体分泌细胞，揭示了一种新发现的表型	首次在过敏性真菌性鼻窦炎患者的鼻息肉中发现并描述了IgE抗体分泌细胞的转录组特征及其与IgD和记忆B细胞的克隆关系	样本量较小（n=3），可能影响结果的普遍性	研究IgE抗体分泌细胞在过敏性真菌性鼻窦炎中的特征和功能	过敏性真菌性鼻窦炎患者的鼻息肉中的CD19和CD19抗体分泌细胞	免疫学	过敏性真菌性鼻窦炎	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	3例患者的鼻息肉样本
5	2025-07-23	Anaplastic transformation in thyroid cancer revealed by single-cell transcriptomics 2023-06-01, The Journal of clinical investigation IF:13.3Q1 DOI:10.1172/JCI169653 PMID:37053016	研究论文	通过单细胞转录组学揭示了甲状腺癌中的间变性转化过程	利用单细胞转录组学和遗传变异数据，揭示了甲状腺癌从分化型向间变型转化的细胞谱系和命运转变过程，并识别了转化过程中的关键阶段和细胞表型	NA	探究甲状腺癌中间变性转化的分子机制和细胞动态变化	甲状腺癌患者的不同亚型肿瘤细胞	单细胞转录组学	甲状腺癌	单细胞转录组测序	NA	转录组数据	NA
6	2025-07-22	Single-Cell Transcriptome Analysis Identifies Subclusters with Inflammatory Fibroblast Responses in Localized Scleroderma 2023-Jun-06, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms24129796 PMID:37372943	研究论文	通过单细胞转录组分析，识别了局限性硬皮病中具有炎症性成纤维细胞反应的亚群	首次在局限性硬皮病中利用单细胞RNA测序技术识别了12个成纤维细胞亚群，并发现了一个独特的CXCL2/IRF1炎症性成纤维细胞亚群	样本量相对较小（14例患者和14例对照），且主要关注皮肤组织	探究局限性硬皮病的成纤维细胞亚群及其基因表达特征	局限性硬皮病患者的皮肤组织	数字病理学	局限性硬皮病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	14例局限性硬皮病患者（包括儿童和成人）和14例健康对照
7	2025-07-22	CX3CR1+ Macrophage Facilitates the Resolution of Allergic Lung Inflammation via Interacting CCL26 2023-06-01, American journal of respiratory and critical care medicine IF:19.3Q1 DOI:10.1164/rccm.202209-1670OC PMID:36790376	research paper	本研究探讨了CX3CR1+巨噬细胞通过与CCL26相互作用促进过敏性肺部炎症消退的机制	揭示了CCL26-CXCR通路在嗜酸性过敏性肺部炎症消退中的关键作用，并发现CXCR巨噬细胞通过分泌C1q促进嗜酸性粒细胞清除	研究主要基于小鼠模型和有限的人类样本，结果在人类中的普适性需要进一步验证	探究组织驻留巨噬细胞在嗜酸性肺部炎症消退过程中的细胞机制	人类和小鼠的肺泡巨噬细胞(AM)亚群	免疫学	过敏性肺部疾病	质谱流式细胞技术、单细胞RNA测序、生物物理和免疫学分析	条件性CCL26敲除转基因小鼠模型	单细胞RNA测序数据、质谱流式数据	人类支气管肺泡灌洗液样本和小鼠模型
8	2025-07-22	Hallmarks of transcriptional intratumour heterogeneity across a thousand tumours 2023-Jun, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-023-06130-4 PMID:37258682	研究论文	该研究通过整合77项不同研究的数据，分析了1,163个肿瘤样本中的转录组瘤内异质性（ITH），识别出41个共识元程序，并映射到11个转录ITH的标志中	整合了大量单细胞RNA测序数据，首次系统性地描述了跨多种肿瘤类型的转录组瘤内异质性，并识别出共识元程序和转录ITH的标志	研究依赖于已有数据集，可能受到原始数据质量和样本选择的限制	系统性地描述和分析跨多种肿瘤类型的转录组瘤内异质性	1,163个肿瘤样本，涵盖24种肿瘤类型	癌症基因组学	多种癌症	单细胞RNA测序	NA	单细胞RNA测序数据	1,163个肿瘤样本
9	2025-07-20	p38MAPKα Stromal Reprogramming Sensitizes Metastatic Breast Cancer to Immunotherapy 2023-06-02, Cancer discovery IF:29.7Q1 DOI:10.1158/2159-8290.CD-22-0907 PMID:36883955	研究论文	本研究探讨了p38MAPKα抑制通过重编程转移性肿瘤微环境，增强乳腺癌对免疫疗法的敏感性	发现p38MAPKα抑制与OX40激动剂联合使用可协同减少转移性生长并提高生存率，同时揭示了该疗法在抗原性乳腺癌中的潜在效果	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类临床试验中验证	探索提高转移性乳腺癌免疫疗法效果的策略	转移性乳腺癌及其肿瘤微环境	肿瘤免疫学	乳腺癌	单细胞RNA测序	小鼠模型	基因表达数据	NA
10	2025-07-15	Variant STAT4 and Response to Ruxolitinib in an Autoinflammatory Syndrome 2023-06-15, The New England journal of medicine DOI:10.1056/NEJMoa2202318 PMID:37256972	研究论文	该研究探讨了STAT4基因的功能获得性变异与一种罕见自身炎症性疾病——致残性全硬化性硬斑病（DPM）的关系，并评估了JAK抑制剂鲁索替尼的治疗效果	首次发现STAT4基因的功能获得性变异与DPM的关联，并证实JAK抑制剂鲁索替尼在体外和患者中对炎症表型的改善作用	研究样本量较小（仅4名患者），且缺乏长期随访数据	揭示DPM的遗传基础并探索潜在治疗方法	来自三个无亲缘关系家庭的4名DPM患者	医学遗传学	自身炎症性疾病	基因组测序、单细胞RNA测序、体外细胞实验	NA	基因组数据、转录组数据、临床数据	4名患者
11	2025-06-26	Single-cell landscape analysis unravels molecular programming of the human B cell compartment in chronic GVHD 2023-06-08, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.169732 PMID:37129971	研究论文	通过单细胞RNA测序分析揭示人类B细胞区室在慢性移植物抗宿主病中的分子编程	首次在allo-HCT患者中通过scRNA-Seq揭示了B细胞区室的分子编程，并识别了与cGVHD相关的潜在致病性非典型B细胞	研究样本可能不足以代表所有cGVHD患者，且未深入探讨发现的分子机制如何具体导致疾病	理解异基因造血干细胞移植后B细胞在慢性移植物抗宿主病中的分子编程	来自异基因造血干细胞移植患者的纯化B细胞	数字病理学	移植物抗宿主病	scRNA-Seq	NA	单细胞RNA测序数据	大量来自患者的纯化B细胞
12	2025-06-18	Glutamine antagonist DRP-104 suppresses tumor growth and enhances response to checkpoint blockade in KEAP1 mutant lung cancer 2023-Jun-28, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.06.27.546750 PMID:37425844	research paper	研究新型谷氨酰胺拮抗剂DRP-104在KEAP1突变肺癌中抑制肿瘤生长并增强检查点阻断反应的效果	首次证明DRP-104通过抑制谷氨酰胺依赖性核苷酸合成和增强抗肿瘤T细胞反应来抑制KEAP1突变肿瘤生长，并与抗PD1疗法联合使用	研究主要基于临床前模型，尚未在人体临床试验中验证	开发针对KEAP1突变肺癌的靶向治疗方法	KEAP1突变肺癌	肿瘤学	肺癌	多模态单细胞测序和功能实验	NA	NA	患者来源的异种移植模型和抗原性原位肺癌模型
13	2025-05-21	Single-cell profiling reveals a potent role of quercetin in promoting hair regeneration 2023-06-07, Protein & cell IF:13.6Q1 DOI:10.1093/procel/pwac062 PMID:37285263	研究论文	本文研究了槲皮素在促进毛发再生中的作用及其分子机制	发现槲皮素通过激活HIF-1α促进毛囊微血管生成和毛发生长	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人体验证	探索槲皮素促进毛发生长的分子机制及其治疗潜力	小鼠毛囊和皮肤微血管系统	再生医学	脱发	单细胞转录组分析	小鼠模型	转录组数据	NA
14	2025-05-20	Single-cell RNA-sequencing of stria vascularis cells in the adult Slc26a4-/- mouse 2023-06-15, BMC medical genomics IF:2.1Q3 DOI:10.1186/s12920-023-01549-0 PMID:37322474	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术分析了成年Slc26a4-/-小鼠耳蜗血管纹细胞的基因表达，揭示了与内淋巴pH调节相关的细胞类型和分子机制	首次在Slc26a4-/-小鼠模型中通过单细胞RNA测序鉴定了表达pendrin的梭形细胞及其pH调节相关基因表达特征	研究仅限于小鼠模型，人类Pendred综合征的病理机制可能需要进一步验证	鉴定pendrin表达细胞中的pH调节因子并阐明耳蜗内淋巴pH失调的细胞致病机制	野生型和Slc26a4-/-小鼠的耳蜗血管纹细胞	单细胞转录组学	听力损失	单细胞RNA测序(scRNA-seq), 免疫荧光	NA	基因表达数据, 蛋白质表达数据	野生型和Slc26a4-/-小鼠的耳蜗血管纹细胞样本
15	2025-05-13	Epigenomic landscape exhibits interferon signaling suppression in the patient of myocarditis after BNT162b2 vaccination 2023-06-01, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-023-36070-y PMID:37264110	research paper	该研究追踪了BNT162b2疫苗接种后发生心肌炎患者外周血单个核细胞（PBMCs）的染色质动态变化	首次研究了BNT162b2疫苗接种后心肌炎患者PBMCs的染色质可及性和RNA测序变化，揭示了干扰素信号传导的下调和RUNX2/3活性的上调	研究样本量较小，仅针对单一疫苗接种后的心肌炎患者	探究BNT162b2疫苗接种后心肌炎的潜在机制	BNT162b2疫苗接种后发生心肌炎的患者	基因组学	心肌炎	单细胞ATAC-seq和单细胞RNA测序	NA	基因组数据和转录组数据	一名BNT162b2疫苗接种后发生心肌炎的患者
16	2025-05-12	Vascular mechanisms of post-COVID-19 conditions: Rho-kinase is a novel target for therapy 2023-06-02, European heart journal. Cardiovascular pharmacotherapy DOI:10.1093/ehjcvp/pvad025 PMID:37019821	research paper	该研究探讨了COVID-19后遗症（长期COVID）中的血管功能障碍机制，并提出Rho激酶作为新的治疗靶点	研究发现Rho激酶激活是COVID-19后遗症患者血管纤维化和肌球蛋白轻链磷酸化的关键机制，并提出了fasudil作为潜在治疗药物	研究样本量较小（37例患者），且仅针对住院后康复的COVID-19患者	探究COVID-19后遗症中血管功能障碍的机制并寻找潜在治疗靶点	COVID-19康复患者（27例）和风险因素匹配的对照组（10例）	心血管疾病研究	COVID-19后遗症	wire myography, histopathology, immunohistochemistry, spatial transcriptomics	NA	生物标志物、影像学数据、组织活检	37例（27例COVID-19康复患者和10例对照组）
17	2025-05-07	Preventing recurrence in Sonic Hedgehog Subgroup Medulloblastoma using the OLIG2 inhibitor CT-179 2023-Jun-09, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-2949436/v1 PMID:37333134	research paper	研究使用OLIG2抑制剂CT-179预防Sonic Hedgehog亚型髓母细胞瘤复发的潜力	首次证明CT-179通过破坏OLIG2二聚化、DNA结合和磷酸化，增加肿瘤细胞分化和凋亡，从而减少复发	研究中发现的CDK4上调可能导致CT-179耐药性，需要联合CDK4/6抑制剂	探索预防Sonic Hedgehog亚型髓母细胞瘤复发的新方法	Sonic Hedgehog亚型髓母细胞瘤患者来源的类器官、异种移植肿瘤和基因工程小鼠	肿瘤学	髓母细胞瘤	scRNA-seq	GEMM和PDX模型	转录组数据	患者来源的类器官、异种移植肿瘤和基因工程小鼠
18	2025-04-27	Epigenetics of Early Cardiometabolic Disease: Mechanisms and Precision Medicine 2023-06-09, Circulation research IF:16.5Q1 DOI:10.1161/CIRCRESAHA.123.322135 PMID:37289899	综述	本文全面概述了表观遗传学在心血管和代谢疾病中的作用及其在精准医学中的潜力	探讨了DNA甲基化作为精准医学生物标志物的潜力，以及社会健康决定因素、肠道细菌表观基因组学、非编码RNA和表观转录组学对疾病发展的影响	讨论了推动心脏代谢表观遗传学研究的挑战和障碍，包括技术、伦理和资源获取问题	探索表观遗传学在心血管和代谢疾病中的作用，以推动精准医学和个性化医疗	心血管和代谢疾病	表观遗传学	心血管疾病	单细胞测序、表观遗传编辑	NA	NA	NA
19	2025-04-06	Progesterone attenuates Th17-cell pathogenicity in autoimmune uveitis via Id2/Pim1 axis 2023-Jun-21, Journal of neuroinflammation IF:9.3Q1 DOI:10.1186/s12974-023-02829-3 PMID:37344856	研究论文	本研究探讨了孕酮（PRG）通过Id2/Pim1轴减弱Th17细胞在自身免疫性葡萄膜炎（AU）中的致病性	首次通过单细胞RNA测序构建了PRG治疗的EAU模型小鼠的高维免疫图谱，揭示了PRG通过调节Th17/Treg平衡及Id2/Pim1轴缓解炎症的机制	研究仅使用动物模型，尚未在人体中进行验证	探究孕酮治疗自身免疫性葡萄膜炎的作用机制	实验性自身免疫性葡萄膜炎（EAU）模型小鼠	免疫学	自身免疫性葡萄膜炎	单细胞RNA测序	EAU动物模型	基因表达数据	未明确提及样本数量
20	2025-03-29	Single-cell transcriptome reveals cell division-regulated hub genes in the unicellular eukaryote Paramecium 2023-Jun, European journal of protistology IF:1.9Q4 DOI:10.1016/j.ejop.2023.125978 PMID:37080141	研究论文	本研究通过单细胞转录组分析揭示了单细胞真核生物草履虫在细胞分裂过程中调控的关键基因	首次在草履虫中揭示了细胞分裂过程中上调基因的功能关联，并鉴定了可能在此过程中起关键作用的枢纽基因	研究仅限于Paramecium cf. multimicronucleatum这一特定物种，结论在其他纤毛虫中的普适性需要进一步验证	探究纤毛虫细胞分裂过程中的分子调控机制	Paramecium cf. multimicronucleatum细胞	单细胞转录组学	NA	单细胞转录组测序	加权基因共表达网络分析(WGCNA)	基因表达数据	未明确说明样本数量的草履虫细胞