单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 409 篇文献，本页显示第 1 - 20 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 2024-12-12 |
Cell Type- and Tissue-specific Enhancers in Craniofacial Development
2023-Jun-26, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.06.26.546603
PMID:37425964
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研究论文 | 本文结合组蛋白修饰和染色质可及性分析以及单细胞分析，创建了人类面部发育的调控景观图谱 | 首次系统性地绘制了人类面部发育过程中细胞类型和组织特异性增强子的全面目录，并验证了其在小鼠中的功能保守性 | 研究主要集中在胚胎发育的特定阶段，未来需要进一步扩展到其他发育阶段和更多物种 | 揭示颅面发育的遗传基础，特别是增强子在不同细胞类型和组织中的作用 | 人类面部发育过程中的增强子及其在不同细胞类型和组织中的活性 | 发育生物学 | NA | 单细胞RNA测序、单核ATAC-seq、转基因小鼠报告基因分析 | NA | 基因组数据、单细胞数据 | 约14,000个增强子，跨越人类胚胎面部发育的七个阶段，以及小鼠颅面组织的单细胞数据 |
| 2 | 2024-12-12 |
Single-cell transcriptomics and epigenomics unravel the role of monocytes in neuroblastoma bone marrow metastasis
2023-06-26, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-023-39210-0
PMID:37365178
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研究论文 | 本文通过单细胞转录组和表观基因组分析，揭示了单核细胞在神经母细胞瘤骨髓转移中的作用 | 本文首次对神经母细胞瘤骨髓转移微环境进行了单细胞水平的转录组和表观基因组分析，揭示了肿瘤细胞与骨髓微环境之间的相互作用 | 研究样本量较小，仅涉及11个神经母细胞瘤患者和5个无转移的骨髓样本 | 探讨神经母细胞瘤骨髓转移过程中单核细胞的作用及其与肿瘤微环境的相互作用 | 神经母细胞瘤患者的骨髓样本中的单细胞 | 数字病理学 | 儿童肿瘤 | 单细胞转录组测序，表观基因组分析 | NA | 转录组数据，表观基因组数据 | 11个神经母细胞瘤患者和5个无转移的骨髓样本 |
| 3 | 2024-12-12 |
Antigen-driven colonic inflammation is associated with development of dysplasia in primary sclerosing cholangitis
2023-Jun, Nature medicine
IF:58.7Q1
DOI:10.1038/s41591-023-02372-x
PMID:37322120
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研究论文 | 研究探讨了原发性硬化性胆管炎（PSC）患者中抗原驱动的结肠炎症与发育不良发展的关联 | 通过结合流式细胞术、bulk和单细胞转录组学以及T和B细胞受体 repertoire 分析，识别出与PSC患者更高风险和更短时间至发育不良相关的独特适应性炎症转录特征 | 研究样本量有限，且仅限于特定患者群体，可能无法完全代表所有PSC患者的炎症特征 | 探讨PSC患者中抗原驱动的结肠炎症与发育不良发展的机制，并提供分子见解以指导结直肠癌的预防 | 65名PSC患者、108名IBD患者和48名健康个体的右结肠组织 | NA | 原发性硬化性胆管炎 | 流式细胞术、bulk和单细胞转录组学、T和B细胞受体 repertoire 分析 | NA | 转录组数据 | 65名PSC患者、108名IBD患者和48名健康个体 |
| 4 | 2024-12-11 |
Single-cell analysis of human nasal mucosal IgE antibody secreting cells reveals a newly minted phenotype
2023-06, Mucosal immunology
IF:7.9Q1
DOI:10.1016/j.mucimm.2023.02.008
PMID:36931600
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序分析了过敏性真菌性鼻窦炎患者鼻息肉中的IgE抗体分泌细胞，揭示了一种新的表型 | 本文首次通过单细胞RNA测序揭示了鼻黏膜IgE抗体分泌细胞的新表型，并发现其与IgD和记忆B细胞的发育关系 | 研究样本量较小，仅包括3名患者，可能影响结果的普遍性 | 研究过敏性真菌性鼻窦炎患者鼻黏膜中IgE抗体分泌细胞的表型和功能 | 过敏性真菌性鼻窦炎患者鼻息肉中的IgE抗体分泌细胞 | 免疫学 | 过敏性疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 3名过敏性真菌性鼻窦炎患者的鼻息肉样本 |
| 5 | 2024-12-11 |
Pharmacologic targeting of Nedd8-activating enzyme reinvigorates T-cell responses in lymphoid neoplasia
2023-06, Leukemia
IF:12.8Q1
DOI:10.1038/s41375-023-01889-x
PMID:37031300
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研究论文 | 本文研究了Nedd8激活酶（NAE）抑制剂pevonedistat在淋巴瘤中的治疗作用，特别是其对CD8 T细胞反应的重新激活 | 首次展示了NAE抑制剂pevonedistat能够直接作用于CD8 T细胞，增强其细胞毒性和细胞因子表达，并在淋巴瘤模型中延缓肿瘤进展 | 研究主要集中在体外实验和小鼠模型，尚未在临床试验中验证其效果 | 探讨NAE抑制剂在淋巴瘤治疗中的潜在作用及其对T细胞反应的影响 | CD8 T细胞、淋巴瘤模型、淋巴瘤患者 | NA | 淋巴瘤 | NA | NA | 单细胞RNA测序数据 | NA |
| 6 | 2024-12-11 |
Targeting lymphoid-derived IL-17 signaling to delay skin aging
2023-Jun, Nature aging
IF:17.0Q1
DOI:10.1038/s43587-023-00431-z
PMID:37291218
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研究论文 | 本文研究了皮肤老化过程中IL-17信号通路的作用，并探讨了通过靶向IL-17信号来延缓皮肤老化的可能性 | 首次通过单细胞RNA测序揭示了老年皮肤中T辅助细胞、γδ T细胞和先天淋巴细胞向IL-17表达表型的偏移，并证明了IL-17信号通路的阻断可以减少皮肤炎症并延缓老化特征的出现 | 研究仅在老鼠模型上进行，尚未在人类中验证其效果 | 探讨皮肤老化过程中炎症信号的作用，并寻找延缓皮肤老化的方法 | 皮肤老化过程中的IL-17信号通路及其对皮肤炎症和功能的影响 | NA | 皮肤老化 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 老鼠皮肤样本 |
| 7 | 2024-12-09 |
T cell-Mediated Development of Stromal Fibroblasts with an Immune-Enhancing Chemokine Profile
2023-Jun-07, Cancer immunology research
IF:8.1Q1
DOI:10.1158/2326-6066.CIR-22-0593
PMID:37285176
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研究论文 | 研究探讨了癌症相关成纤维细胞（CAF）在不同免疫微环境中的适应性变化及其对T细胞浸润的影响 | 首次揭示了CAF在T细胞介导下可以转变为促进免疫的表型，通过调节CXCL12和CXCL9的表达来影响T细胞的浸润 | 研究主要在体外和小鼠模型中进行，需要进一步的临床验证 | 探讨CAF在不同免疫微环境中的适应性及其对免疫反应的影响 | 癌症相关成纤维细胞（CAF）和T细胞 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 小鼠胰腺腺癌中的CAF样本 |
| 8 | 2024-12-02 |
Deterministic evolution and stringent selection during preneoplasia
2023-Jun, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-023-06102-8
PMID:37258665
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研究论文 | 本文通过双等位基因失活TP53模拟胃癌前病变，研究了早期肿瘤发生过程中的确定性进化和严格选择 | 本文首次在胃器官模型中模拟了TP53失活后的实验进化过程，揭示了早期肿瘤发生中的选择压力和表型收敛现象 | 研究仅限于胃器官模型，可能无法完全代表人体内的复杂情况 | 研究早期肿瘤发生过程中的进化机制和选择压力 | TP53失活的胃器官模型 | 数字病理学 | 胃癌 | 单细胞测序 | NA | 基因组数据 | 多个克隆来源的胃器官培养物，历时2年 |
| 9 | 2024-11-25 |
Temporal regulation of neural diversity in Drosophila and vertebrates
2023-06, Seminars in cell & developmental biology
IF:6.2Q1
DOI:10.1016/j.semcdb.2022.05.011
PMID:35623984
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综述 | 本文综述了果蝇和脊椎动物神经多样性的时间调控机制 | 本文通过比较果蝇和脊椎动物的脑发育程序，揭示了神经多样性生成中的时间模式机制的共性 | NA | 探讨果蝇和脊椎动物神经多样性的时间调控机制 | 果蝇和脊椎动物的神经多样性生成 | 发育生物学 | NA | 单细胞测序 | NA | 转录组和表观基因组数据 | 大量单细胞样本 |
| 10 | 2024-11-17 |
Recording morphogen signals reveals origins of gastruloid symmetry breaking
2023-Jun-05, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.06.02.543474
PMID:37333235
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研究论文 | 研究使用合成基因电路追踪早期细胞内信号如何预测干细胞类胚体中细胞的未来前后位置 | 首次揭示了Wnt信号从均匀状态演变为极化状态的关键6小时时间窗口，并发现早期TGF信号的异质性预测了前后位置并调节Wnt信号 | NA | 探究干细胞类胚体如何打破对称性以可重复地定义单一前后轴 | 干细胞类胚体中的前后轴形成机制 | 发育生物学 | NA | 合成基因电路、单细胞RNA测序、活体成像 | NA | 信号数据、细胞位置数据 | NA |
| 11 | 2024-11-09 |
Characterization of cell-type specific circular RNAs associated with colorectal cancer metastasis
2023-Jun, NAR cancer
IF:3.4Q2
DOI:10.1093/narcan/zcad021
PMID:37213253
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研究论文 | 研究了与结直肠癌转移相关的细胞类型特异性环状RNA | 首次系统地研究了结直肠癌转移过程中细胞类型特异性环状RNA的表达和功能 | 研究样本量有限，且仅限于结直肠癌患者 | 探讨环状RNA在结直肠癌转移中的作用及其细胞类型特异性 | 结直肠癌患者的正常、原发和转移样本以及结直肠癌细胞系 | 数字病理学 | 结直肠癌 | RNA测序 | 非负最小二乘统计模型 | RNA | 30个匹配的正常、原发和转移样本，14名结直肠癌转移患者，5个结直肠癌细胞系 |
| 12 | 2024-11-07 |
SOX9 Modulates the Transformation of Gastric Stem Cells Through Biased Symmetric Cell Division
2023-06, Gastroenterology
IF:25.7Q1
DOI:10.1053/j.gastro.2023.01.037
PMID:36740200
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研究论文 | 研究探讨了SOX9基因在胃干细胞通过偏向性对称细胞分裂进行恶性转化中的作用 | 提出了SOX9+SOX2+细胞在胃癌发生中的重要作用，并开发了一种新的鼠模型来研究这一过程 | 研究主要基于鼠模型和胃癌患者样本，可能无法完全反映人类胃癌的复杂性 | 研究胃干细胞在胃癌发生初期的行为，并探讨SOX9基因在这一过程中的作用 | 胃干细胞和胃癌 | NA | 胃癌 | 单细胞RNA测序、免疫染色、CRISPR/Cas9基因编辑 | NA | 组织样本 | 鼠模型和胃癌患者样本 |
| 13 | 2024-10-05 |
Spatiotemporal single-cell transcriptomic profiling reveals inflammatory cell states in a mouse model of diffuse alveolar damage
2023-Jun, Exploration (Beijing, China)
DOI:10.1002/EXP.20220171
PMID:37933384
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研究论文 | 本文通过结合单细胞和空间转录组学技术，系统分析了在小鼠弥漫性肺泡损伤模型中，由蓖麻毒素气溶胶吸入引起的嗜中性粒细胞炎症的细胞状态 | 本文揭示了稳态下的成纤维细胞向超炎症状态的转变，并发现激活的成纤维细胞与嗜中性粒细胞之间的CXCL1-CXCR2趋化因子轴在进一步招募嗜中性粒细胞中的作用 | NA | 研究弥漫性肺泡损伤过程中炎症细胞状态的变化 | 小鼠弥漫性肺泡损伤模型中的炎症细胞状态 | 数字病理学 | 肺部疾病 | 单细胞和空间转录组学 | NA | 转录组数据 | 小鼠模型 |
| 14 | 2024-10-01 |
Effects of 3-HAA on HCC by Regulating the Heterogeneous Macrophages-A scRNA-Seq Analysis
2023-06, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202207074
PMID:37013458
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研究论文 | 研究3-HAA对肝细胞癌（HCC）的免疫调节作用及其对异质性巨噬细胞的影响 | 首次通过scRNA-Seq分析揭示了3-HAA在HCC中的免疫调节作用及其对巨噬细胞亚群的影响 | 研究仅限于实验模型，尚未在临床环境中验证 | 探讨3-HAA在肝细胞癌中的免疫调节作用 | 3-HAA对HCC模型中巨噬细胞亚群的影响 | 数字病理学 | 肝癌 | scRNA-Seq | NA | 单细胞RNA测序数据 | 涉及HCC模型的多个细胞亚群 |
| 15 | 2024-09-30 |
Spatial Transcriptomics: Technical Aspects of Recent Developments and Their Applications in Neuroscience and Cancer Research
2023-06, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202206939
PMID:37026425
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综述 | 本文综述了空间转录组学的最新进展及其在神经科学和癌症研究中的应用 | 空间转录组学从传统生物学研究转向“原位”生物学，提供了转录组规模的空间信息 | NA | 探讨空间转录组学的技术进展及其在生物医学领域的应用 | 空间转录组学技术及其在神经科学和癌症研究中的应用 | 生物信息学 | 癌症 | 空间转录组学 | NA | 转录组数据 | NA |
| 16 | 2024-09-28 |
Transcriptomics for Clinical and Experimental Biology Research: Hang on a Seq
2023-Jun, Advanced genetics (Hoboken, N.J.)
DOI:10.1002/ggn2.202200024
PMID:37288167
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研究论文 | 本文比较了RNA测序和微阵列技术在转录组研究中的优缺点 | 提出重新评估和广泛使用现代高密度微阵列数据，以修订现有的解剖RNA参考图谱并更准确地研究长非编码RNA | RNA测序技术在常表达基因的异质性覆盖方面存在局限，影响通路分析的有效性和可重复性 | 探讨RNA测序和微阵列技术在转录组研究中的应用和局限性 | RNA测序和微阵列技术在转录组研究中的性能和适用性 | 基因组学 | NA | RNA测序 | NA | 转录组数据 | NA |
| 17 | 2024-09-23 |
Inferring Cell-Cell Communications from Spatially Resolved Transcriptomics Data Using a Bayesian Tweedie Model
2023-06-28, Genes
IF:2.8Q2
DOI:10.3390/genes14071368
PMID:37510272
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研究论文 | 提出了一种基于贝叶斯Tweedie模型的方法，用于从空间分辨转录组数据中推断细胞间通信 | 提出了BATCOM方法，通过广义线性回归模型估计细胞类型间的通信分数，并考虑了它们之间的距离，提供了通信方向和配体受体相互作用的信息 | NA | 推断细胞间通信并理解生物机制 | 细胞间通信 | 生物信息学 | NA | 空间分辨转录组学 | 贝叶斯Tweedie模型 | 转录组数据 | NA |
| 18 | 2024-09-23 |
Self-formation of concentric zones of telencephalic and ocular tissues and directional retinal ganglion cell axons
2023-Jun-20, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.03.22.533827
PMID:36993285
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研究论文 | 研究报告了人类端脑-眼类器官的自发形成，这些类器官包含沿着中心-周边轴排列的端脑、视神经、视盘和神经视网膜组织 | 首次展示了人类端脑-眼类器官的自发形成，并揭示了视网膜神经节细胞轴突定向生长的机制 | NA | 探讨端脑和眼组织在人类中的协调发育，以及视网膜神经节细胞轴突的定向生长 | 人类端脑、视神经、视盘和神经视网膜组织 | NA | 青光眼 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | NA |
| 19 | 2024-09-23 |
Reciprocal interactions between alveolar progenitor dysfunction and aging promote lung fibrosis
2023-06-14, eLife
IF:6.4Q1
DOI:10.7554/eLife.85415
PMID:37314162
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研究论文 | 研究探讨了衰老和肺泡祖细胞功能障碍之间的相互作用如何促进肺纤维化 | 通过单细胞RNA测序分析，揭示了衰老和肺损伤对肺泡上皮细胞基因表达程序的协同影响，并发现了与肺纤维化相关的基因表达特征 | 研究主要基于小鼠模型和IPF患者样本，可能无法完全反映人类肺纤维化的复杂性 | 探讨衰老和肺泡祖细胞功能障碍在肺纤维化中的作用机制 | 肺泡上皮细胞（AEC2s）及其在衰老和肺损伤中的基因表达变化 | NA | 肺纤维化 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 年轻和老年小鼠的肺组织样本，IPF患者和健康捐赠者的肺组织样本 |
| 20 | 2024-09-23 |
RETROFIT: Reference-free deconvolution of cell-type mixtures in spatial transcriptomics
2023-Jun-09, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.06.07.544126
PMID:37333291
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研究论文 | 提出了一种名为RETROFIT的无参考贝叶斯方法，用于空间转录组学数据中细胞类型的去卷积 | RETROFIT无需单细胞转录组参考数据，能够生成稀疏且可解释的解决方案，独立于单细胞转录组参考数据进行细胞类型去卷积 | NA | 开发一种无需参考数据的空间转录组学数据细胞类型去卷积方法 | 空间转录组学数据中的细胞类型 | 空间转录组学 | NA | 贝叶斯方法 | NA | 转录组数据 | 合成数据和真实数据，包括Slide-seq和Visium平台的数据 |