单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 356 篇文献，本页显示第 121 - 140 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 121 | 2024-08-07 |
Role of Up-Regulated Transmembrane Channel-Like Protein 5 in Pancreatic Adenocarcinoma
2023-05, Digestive diseases and sciences
IF:2.5Q2
DOI:10.1007/s10620-022-07771-7
PMID:36459296
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研究论文 | 研究上调的跨膜通道样蛋白5（TMC5）在胰腺腺癌（PAAD）中的作用 | 首次全面验证TMC5在PAAD中的高表达，并探讨其在细胞群体和细胞间通讯中的表达及潜在机制 | 研究结果需要进一步的实验验证 | 探讨TMC5在PAAD中的表达及其临床价值和潜在机制 | 胰腺腺癌（PAAD）中的TMC5表达 | 数字病理学 | 胰腺癌 | 免疫组织化学（IHC）、微阵列、RNA测序（RNA-seq）、单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 组织样本数据 | 148个PAAD样本和19个非PAAD样本，以及1166个PAAD样本和704个非PAAD样本的微阵列和RNA测序数据 |
| 122 | 2024-08-07 |
Single-cell RNA sequencing reveals microenvironment context-specific routes for epithelial-mesenchymal transition in pancreas cancer cells
2023-May-31, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.05.30.542969
PMID:37398348
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研究论文 | 本研究使用单细胞RNA测序技术探讨胰腺癌细胞在缺氧或生长因子诱导下上皮-间质转化（EMT）的转录基础 | 发现FAT1蛋白在上皮细胞中富集并抑制EMT，以及AXL受体酪氨酸激酶在缺氧条件下与YAP核定位相关，这些发现为胰腺癌治疗提供了新的潜在药物靶点 | 研究主要集中在单细胞RNA测序数据分析，未涉及临床试验验证 | 揭示胰腺癌细胞在不同微环境条件下EMT的特定信号通路 | 胰腺癌细胞在缺氧或生长因子诱导下的上皮-间质转化 | 数字病理学 | 胰腺癌 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 转录组数据 | 具体样本数量未在摘要中提及 |
| 123 | 2024-08-07 |
Identification and Functional Analysis of Transcriptome Profiles, Long Non-Coding RNAs, Single-Nucleotide Polymorphisms, and Alternative Splicing from the Oocyte to the Preimplantation Stage of Sheep by Single-Cell RNA Sequencing
2023-05-25, Genes
IF:2.8Q2
DOI:10.3390/genes14061145
PMID:37372325
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术，从卵母细胞到胚胎着床前阶段，对绵羊细胞的转录组特征、长非编码RNA、单核苷酸多态性和选择性剪接进行了鉴定和功能分析 | 首次系统地分析了从卵母细胞到胚胎着床前各阶段绵羊细胞的转录组特征、长非编码RNA、单核苷酸多态性和选择性剪接，并构建了单细胞图谱 | NA | 研究胚胎发育过程中转录组特征、长非编码RNA、单核苷酸多态性和选择性剪接的作用 | 绵羊从卵母细胞到胚胎着床前阶段的细胞 | 基因组学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 从卵母细胞到胚胎着床前各阶段的绵羊细胞 |
| 124 | 2024-08-05 |
Prognostic, Immunological, and Mutational Analysis of MTA2 in Pan-Cancer and Drug Screening for Hepatocellular Carcinoma
2023-05-24, Biomolecules
IF:4.8Q1
DOI:10.3390/biom13060883
PMID:37371463
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研究论文 | 本研究探讨了MTA2在33种癌症中的预后价值及其潜在的免疫功能 | 提供了MTA2在不同癌症类型中的系统性分析及其与肿瘤突变负担和免疫细胞浸润的关联 | 缺乏长期的临床数据验证，实验结果在体外环境下可能无法完全代表体内情况 | 探究MTA2在全癌症中的预后作用及免疫功能 | 33种癌症类型中MTA2的表达和功能 | 数字病理学 | 肝细胞癌 | 单细胞测序(scRNA-seq)和免疫组织化学实验 | NA | 数据集分析和生物信息学方法 | HCC细胞系HepG2和不同癌症类型的样本 |
| 125 | 2024-08-07 |
Revealing the roles of TLR7, a nucleic acid sensor for COVID-19 in pan-cancer
2023-May-09, Biosafety and health
IF:3.5Q1
DOI:10.1016/j.bsheal.2023.05.004
PMID:37362864
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研究论文 | 本研究提出了一种计算框架，全面研究了TLR7在COVID-19和泛癌中的作用，涉及遗传、基因表达、蛋白质、表观遗传和单细胞水平 | 首次系统研究了TLR7在不同癌症中的表达模式及其与COVID-19的关联 | NA | 探讨TLR7在COVID-19和泛癌中的作用及其机制 | TLR7在不同癌症中的表达及其与COVID-19的关联 | 数字病理学 | COVID-19 | 计算框架 | NA | 基因表达数据 | 包括TCGA、GTEx、CCLE、HPA等多个数据库的数据 |
| 126 | 2024-08-07 |
Decoding the lncRNAome Across Diverse Cellular Stresses Reveals Core p53-effector Pan-cancer Suppressive lncRNAs
2023-05, Cancer research communications
IF:2.0Q3
DOI:10.1158/2767-9764.CRC-22-0473
PMID:37377895
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研究论文 | 本研究通过结合计算和实验框架，整合泛癌RNAi/CRISPR筛选、基因组、表观遗传和表达谱数据，揭示了跨多种癌症的核心p53转录调控的长非编码RNA（lncRNA），这些lncRNA在不同细胞应激条件下与泛癌细胞生存/生长抑制和患者生存相关。 | 本研究揭示了先前未报告的高可信度核心p53靶向lncRNA，这些lncRNA在不同细胞类型和应激条件下抑制肿瘤发生。 | NA | 研究长非编码RNA在不同细胞应激条件下的转录调控及其在癌症中的功能。 | 长非编码RNA（lncRNA）及其在癌症中的作用。 | 基因组学 | 癌症 | RNAi/CRISPR筛选、单细胞RNA测序 | NA | 基因组、表观遗传和表达谱数据 | 多个癌症类型、多个细胞类型、患者队列 |
| 127 | 2024-08-07 |
Single-cell RNA sequencing in cornea research: Insights into limbal stem cells and their niche regulation
2023-May-26, World journal of stem cells
IF:3.6Q3
DOI:10.4252/wjsc.v15.i5.466
PMID:37342216
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综述 | 本文综述了单细胞RNA测序技术在角膜研究领域的应用，特别是对角膜缘干细胞及其微环境的最新发现 | 介绍了单细胞RNA测序技术揭示的角膜缘干细胞群体的异质性、新的干细胞标志物及其微环境的调控机制 | NA | 总结单细胞RNA测序在角膜研究中的最新进展，为临床治疗如角膜上皮伤口愈合、眼表重建及相关疾病干预提供参考 | 角膜缘干细胞及其微环境 | 数字病理学 | 眼科疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | NA |
| 128 | 2024-08-05 |
Quantifying Intratumoral Heterogeneity and Immunoarchitecture Generated In-Silico by a Spatial Quantitative Systems Pharmacology Model
2023-May-13, Cancers
IF:4.5Q1
DOI:10.3390/cancers15102750
PMID:37345087
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研究论文 | 本文探讨了通过空间定量系统药理学模型量化肿瘤内异质性和免疫结构。 | 该研究采用了一种混合模型，将整体患者的分隔定量系统药理学模型与描述肿瘤微环境的空间基于代理的模型结合起来，以量化肿瘤内异质性。 | 由于样本收集时间点的不确定性和数据的局限性，全面理解肿瘤内异质性的作用仍然具有挑战性。 | 该研究的目的是定量评估肿瘤内异质性及其对治疗反应的影响。 | 研究对象为不同类型的肿瘤微环境及其在有效和无效抗PD-1治疗下的免疫结构。 | 数字病理学 | 肿瘤 | 定量系统药理学模型 | 混合模型、基于代理的模型 | 模拟数据 | 代表性的案例 |
| 129 | 2024-08-05 |
The Black Hole: CAR T Cell Therapy in AML
2023-May-11, Cancers
IF:4.5Q1
DOI:10.3390/cancers15102713
PMID:37345050
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综述 | 本文讨论了急性髓性白血病中CAR T细胞疗法的独特治疗挑战及新策略 | 提出了针对急性髓性白血病的CAR T细胞和其他细胞治疗的新观念和策略 | 目前仅约30%的患者对治疗有反应，并且存在显著的肿瘤外副作用 | 探讨急性髓性白血病的细胞疗法及其面临的挑战 | 急性髓性白血病患者的CAR T细胞疗法 | 数字病理学 | 急性髓性白血病 | 单细胞测序 | NA | DNA、表观遗传、RNA和蛋白质数据 | 约100名患者 |
| 130 | 2024-08-07 |
The Novel-Natural-Killer-Cell-Related Gene Signature Predicts the Prognosis and Immune Status of Patients with Hepatocellular Carcinoma
2023-May-31, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms24119587
PMID:37298537
|
研究论文 | 本研究通过单细胞转录组数据分析筛选与自然杀伤细胞（NK细胞）相关的基因，并开发了一种NK细胞相关基因签名（NKRGS），用于预测肝细胞癌（HCC）患者的预后和免疫状态 | 本研究首次开发了一种新的NK细胞相关基因签名（NKRGS），用于分层HCC患者的预后，并揭示了免疫抑制的肿瘤微环境（TME）与高NKRGS风险之间的关系 | NA | 研究旨在通过开发NK细胞相关基因签名（NKRGS）来预测肝细胞癌患者的预后和免疫状态 | 肝细胞癌（HCC）患者的预后和免疫状态 | 数字病理学 | 肝癌 | 单细胞转录组数据分析 | 多重回归分析 | 转录组数据 | 使用了癌症基因组图谱队列中的患者数据 |
| 131 | 2024-08-07 |
Identification of immune-related genes and patient selection for hepatocellular carcinoma immunotherapy
2023-May-31, Translational cancer research
IF:1.5Q4
DOI:10.21037/tcr-22-2304
PMID:37304539
|
研究论文 | 本研究通过构建肝细胞癌（HCC）细胞基因的异常表达图谱，利用单细胞RNA测序（scRNA-seq）和多尺度嵌入基因共表达网络分析（MEGENA）等技术，筛选出与HCC免疫治疗相关的潜在生物标志物，并基于这些标志物的共表达网络，通过非负矩阵分解（NMF）选择适合进行免疫治疗的HCC患者。 | 本研究首次通过大规模数据分析，结合单细胞RNA测序和多尺度嵌入基因共表达网络分析，系统地筛选出HCC免疫治疗的潜在生物标志物，并开发了一种基于这些标志物的分子分类系统，用于选择适合免疫治疗的HCC患者。 | 研究主要依赖于公共数据库中的高吞吐量数据，可能存在数据质量和样本代表性的限制。此外，筛选出的生物标志物和分类系统需要在更大规模和多样化的临床样本中进行验证。 | 旨在识别肝细胞癌（HCC）免疫治疗的新型免疫相关生物标志物，并选择适合进行免疫治疗的HCC患者。 | 肝细胞癌（HCC）及其免疫治疗相关的生物标志物和患者选择。 | 数字病理学 | 肝癌 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq），多尺度嵌入基因共表达网络分析（MEGENA） | 非负矩阵分解（NMF） | 基因表达数据 | 7,384个样本（3,941个HCC组织 vs. 3,443个非HCC组织） |
| 132 | 2024-08-07 |
Integrated analysis of single-cell and bulk transcriptome identifies a signature based on NK cell marker genes to predict prognosis and therapeutic response in clear cell renal cell carcinoma
2023-May-31, Translational cancer research
IF:1.5Q4
DOI:10.21037/tcr-22-2782
PMID:37304554
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研究论文 | 本研究通过整合单细胞和批量转录组数据，构建了一个基于NK细胞标记基因的特征（NKMS），用于预测透明细胞肾细胞癌（ccRCC）患者的预后和治疗反应 | 本研究首次构建了一个基于NK细胞标记基因的特征（NKMS），并验证了其在预测ccRCC患者预后和治疗反应中的有效性 | NA | 构建一个NK细胞标记基因特征（NKMS），用于预测透明细胞肾细胞癌（ccRCC）患者的预后和治疗反应 | 透明细胞肾细胞癌（ccRCC）患者 | 数字病理学 | 肾癌 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | LASSO和Cox回归 | 转录组数据 | 来自多个数据库的ccRCC患者的单细胞和批量RNA数据 |
| 133 | 2024-08-05 |
PfAP2-MRP DNA-binding protein is a master regulator of parasite pathogenesis during malaria parasite blood stages
2023-May-24, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.05.23.541898
PMID:37293082
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研究论文 | 本研究揭示了PfAP2-MRP在疟原虫血液阶段发病机制中的关键调控作用 | 首次表明PfAP2-MRP在疟原虫发病过程中扮演主调节因子的角色 | 未详细阐明PfAP2-MRP在其他发展阶段的作用 | 探讨PfAP2-MRP如何调控疟原虫在红细胞内的发育及其致病机制 | 研究对象为疟原虫及其在红细胞中的不同发育阶段 | 数字病理学 | 疟疾 | ChIP-seq, 单细胞RNA-seq, Hi-C | NA | 基因组数据, RNA数据 | NA |
| 134 | 2024-08-07 |
[FARSB stratifies prognosis and cold tumor microenvironment across different cancer types: an integrated single cell and bulk RNA sequencing analysis]
2023-May-20, Nan fang yi ke da xue xue bao = Journal of Southern Medical University
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研究论文 | 本研究通过综合单细胞和批量RNA测序分析，探讨了FARSB基因在泛癌中的表达水平及其对肿瘤微环境和患者免疫治疗反应的影响 | 首次研究FARSB作为冷肿瘤微环境标记物的潜力，并揭示其在促进DNA损伤修复和构建免疫荒漠肿瘤微环境中的生物学功能 | NA | 研究FARSB基因在泛癌中的表达及其对肿瘤微环境和患者免疫治疗反应的影响 | FARSB基因在不同癌症类型中的表达及其对肿瘤微环境和患者免疫治疗反应的影响 | 数字病理学 | 泛癌 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | 25个肿瘤组织样本及正常组织样本，3个免疫检查点抑制剂治疗队列 |
| 135 | 2024-08-05 |
Dkk2 interacts with Pax9 in palate mesenchyme to pattern and tune osteogenesis
2023-May-17, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.05.16.541037
PMID:37292772
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研究论文 | 这项研究探讨了Dkk2在腭间质中与Pax9相互作用的作用，如何影响骨生成的模式和调节。 | 该研究提供了Dkk2在腭骨发育中的新调节作用，揭示了Wnt信号通路在腭骨模式形成中的重要性。 | 该研究主要依赖于小鼠模型，可能无法完全反映人类腭裂的复杂遗传和环境机制。 | 本研究旨在探讨腭发育过程中骨生成的分子机制。 | 本研究使用了缺乏特定基因的小鼠模型来研究骨生成的能力。 | 数字病理学 | NA | 单细胞核转录组学和染色质可及性实验 | NA | NA | 缺特定基因的小鼠模型 |
| 136 | 2024-08-07 |
BOTH THE INFECTION STATUS AND INFLAMMATORY MICROENVIRONMENT INDUCE TRANSCRIPTIONAL REMODELING IN MACROPHAGES IN MURINE LEISHMANIAL LESIONS
2023-05-01, The Journal of parasitology
IF:1.0Q4
DOI:10.1645/22-94
PMID:37270767
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研究论文 | 研究通过单细胞RNA测序分析了在小鼠利什曼原虫感染病变中，感染和未感染寄生虫的巨噬细胞的转录重塑情况 | 首次区分了寄生虫和炎症微环境对巨噬细胞转录重塑的独立影响 | NA | 探究利什曼原虫感染后巨噬细胞的转录重塑及其影响因素 | 巨噬细胞在利什曼原虫感染病变中的转录变化 | 数字病理学 | 皮肤利什曼病 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 感染和未感染利什曼原虫的巨噬细胞样本 |
| 137 | 2024-08-07 |
Spatial analysis of stromal signatures identifies invasive front carcinoma-associated fibroblasts as suppressors of anti-tumor immune response in esophageal cancer
2023-May-31, Journal of experimental & clinical cancer research : CR
IF:11.4Q1
DOI:10.1186/s13046-023-02697-y
PMID:37254126
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研究论文 | 本文通过单细胞转录组测序、成像质谱流式细胞术和多重免疫荧光染色技术，分析了食管鳞状细胞癌中基质特征的空间分布及其对预后的影响 | 本文揭示了肿瘤侵袭前沿的纤维母细胞与抗肿瘤免疫反应的抑制关系，并验证了基于α-SMA+纤维母细胞和CD163+巨噬细胞的分子预后模型 | NA | 研究食管鳞状细胞癌中肿瘤微环境基质特征的临床和病理生物学意义 | 食管鳞状细胞癌中的肿瘤微环境基质特征 | 数字病理学 | 食管癌 | 单细胞转录组测序、成像质谱流式细胞术、多重免疫荧光染色 | NA | 图像 | 具体样本数量未在摘要中明确 |
| 138 | 2024-08-07 |
Bulk and single-cell transcriptome profiling reveal the metabolic heterogeneity in gastric cancer
2023-05-31, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-023-35395-y
PMID:37258571
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研究论文 | 本研究通过批量和单细胞转录组测序，揭示了胃癌中的代谢异质性 | 首次将TCGA-STAD数据集分为两个代谢亚型，并从转录组学、基因组学、肿瘤浸润细胞和单细胞分辨率等多个维度详细阐述了亚型间的差异 | NA | 探索胃癌中的代谢异质性 | 胃癌的代谢亚型及其特征 | 数字病理学 | 胃癌 | 转录组测序 | NA | 转录组数据 | 使用了TCGA-STAD数据集 |
| 139 | 2024-08-07 |
Single-cell RNA sequencing reveals the mediatory role of cancer-associated fibroblast PTN in hepatitis B virus cirrhosis-HCC progression
2023-May-31, Gut pathogens
IF:4.3Q2
DOI:10.1186/s13099-023-00554-z
PMID:37259127
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术揭示了癌症相关成纤维细胞（CAFs）中的PTN在乙型肝炎病毒（HBV）引起的肝硬化-肝细胞癌（HCC）进展中的中介作用 | 发现了PTN作为CAFs的新中介因子，参与调节HBV肝硬化-HCC的进展 | NA | 探索CAFs中调节HBV肝硬化-HCC进展的新中介因子 | 癌症相关成纤维细胞（CAFs）、肝细胞癌（HCC）、乙型肝炎病毒（HBV）感染 | 数字病理学 | 肝癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 肝细胞癌（HCC）的单细胞数据被分为多个子集，具体样本数量未详细说明 |
| 140 | 2024-08-07 |
Unraveling the potential of senescence-related genes in guiding clinical therapy of lung adenocarcinoma patients
2023-May-29, Functional & integrative genomics
IF:3.9Q1
DOI:10.1007/s10142-023-01073-5
PMID:37246190
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研究论文 | 本研究探讨了衰老相关基因在肺腺癌临床治疗中的潜在作用 | 首次全面揭示了细胞衰老在肺腺癌中的作用，并建立了基于衰老相关基因的风险模型，用于预测肺腺癌的预后和治疗反应 | 研究主要基于单细胞RNA测序和批量RNA测序数据，未来需要更多的临床验证 | 探索衰老在肺腺癌进展中的重要作用，并验证衰老相关基因在预测肺腺癌预后和治疗反应中的潜力 | 肺腺癌样本和细胞系 | 数字病理学 | 肺腺癌 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq），批量RNA测序 | NA | RNA | 包括一个单细胞RNA测序数据集（GSE149655）和两个批量RNA测序数据集（TCGA和GSE31210） |