单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 356 篇文献，本页显示第 101 - 120 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 101 | 2024-08-04 |
Spatial transcriptomics reveals molecular dysfunction associated with Lewy pathology
2023-May-17, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.05.17.541144
PMID:37292685
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研究论文 | 本研究使用空间转录组学揭示与路易体病理相关的分子功能失调 | 首次识别出在皮质中易患路易体病的特定兴奋性神经元，并提出了路易体相关分子功能失调的基因特征 | 研究仅集中于那些有无病理的皮质神经元，可能未覆盖其他类型神经元的变化 | 探讨哪些神经元易于发展为路易体病，并识别相关的分子变化 | 路易体病的皮质神经元及其转录组特征 | 数字病理学 | 帕金森病 | 空间转录组学 | 小鼠模型 | 转录组数据 | 使用了来自人类及小鼠的多个皮质神经元样本 |
| 102 | 2024-08-04 |
Distinct Th17 effector cytokines differentially promote microglial and blood-brain barrier inflammatory responses during post-infectious encephalitis
2023-May-09, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.03.10.532135
PMID:37215000
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研究论文 | 本研究探讨了不同Th17效应细胞因子在感染后脑炎期间对小胶质细胞和血脑屏障炎症反应的不同促进作用 | 阐明了GAS感染中内皮细胞和小胶质细胞的反应机制，并识别了关键的Th17衍生细胞因子 | 研究主要在小鼠疾病模型中进行，可能无法完全反映人类的情况 | 探讨在GAS感染后的神经精神后遗症中Th17细胞因子的作用 | 小鼠模型中的内皮细胞和小胶质细胞 | 数字病理学 | 神经精神疾病 | 单细胞RNA测序和空间转录组学 | NA | 血清样本 | 未明确指出样本数量，仅提到患者血清 |
| 103 | 2024-08-04 |
Spatial and molecular profiling of the mononuclear phagocyte network in classic Hodgkin lymphoma
2023-05-11, Blood
IF:21.0Q1
DOI:10.1182/blood.2022015575
PMID:36758207
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研究论文 | 本研究定义了经典霍奇金淋巴瘤及非淋巴瘤淋巴结的全球免疫细胞组成 | 首次高分辨率探讨了单核吞噬细胞网络的组织和与霍奇金-里德-斯坦伯格细胞的相互作用 | 仅通过少量经典标记识别的单核吞噬细胞可能限制了对其真正功能的全面理解 | 探讨经典霍奇金淋巴瘤中的免疫细胞组成及其在肿瘤微环境中的作用 | 聚焦于经典霍奇金淋巴瘤中的单核吞噬细胞及其全局组成 | 数字病理学 | 霍奇金淋巴瘤 | 单细胞RNA测序、空间转录组学、多重免疫荧光 | NA | 免疫细胞组成数据 | 诊断活检样本 |
| 104 | 2024-08-04 |
Single-cell gene and isoform expression analysis reveals signatures of ageing in haematopoietic stem and progenitor cells
2023-05-24, Communications biology
IF:5.2Q1
DOI:10.1038/s42003-023-04936-6
PMID:37225862
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研究论文 | 本研究揭示了造血干细胞和祖细胞在衰老中的基因和亚型表达特征 | 通过整合短读和长读的单细胞RNA测序分析，提供了一个关于造血过程中的亚型多样性的新参考 | 衰老对亚型使用的影响有限 | 探讨衰老对造血干细胞和祖细胞的影响 | 造血干细胞和祖细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA |
| 105 | 2024-08-04 |
Single-Cell Transcriptomics Reveals Conserved Regulatory Networks in Human and Mouse Interneuron Development
2023-May-01, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms24098122
PMID:37175835
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研究论文 | 本研究利用单细胞转录组学揭示了人类和小鼠抑制性神经元发育中的保守调控网络 | 识别出人类抑制性神经元分化的新候选转录调控因子 | 关于不同神经元群体发育的知识仍不完全 | 探讨人类和小鼠抑制性GABA能神经元的发育过程 | 人类胎儿的中脑中间隆起(MGE)单细胞数据 | 数字病理学 | 癫痫，自闭症，精神分裂症 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 转录组数据 | 10至15周后的人类胎儿中脑中间隆起组织 |
| 106 | 2024-08-07 |
Single-cell atlas of the human neonatal small intestine affected by necrotizing enterocolitis
2023-05, PLoS biology
IF:7.8Q1
DOI:10.1371/journal.pbio.3002124
PMID:37205711
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研究论文 | 本研究通过结合单细胞RNA测序、T细胞受体β分析、批量转录组学和成像技术，详细描述了坏死性小肠结肠炎（NEC）中细胞身份、相互作用和区域变化的情况 | 本研究首次建立了NEC相关肠道组织中异常上皮-间质-免疫相互作用的详细图谱，并强调了NEC相关肠道组织的细胞失调 | NA | 旨在填补对坏死性小肠结肠炎（NEC）中细胞变化和异常相互作用全面认识的空白 | 人类新生儿受坏死性小肠结肠炎影响的小肠细胞 | 数字病理学 | 新生儿疾病 | 单细胞RNA测序（scRNAseq） | NA | 转录组数据 | 具体样本数量未在摘要中提及 |
| 107 | 2024-08-04 |
Single-cell RNA sequencing reveals transcriptional changes of human choroidal and retinal pigment epithelium cells during fetal development, in healthy adult and intermediate age-related macular degeneration
2023-05-05, Human molecular genetics
IF:3.1Q2
DOI:10.1093/hmg/ddad007
PMID:36645183
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序揭示了人类脉络膜和视网膜色素上皮细胞在胎儿发育期间、健康成人和中间阶段年龄相关性黄斑变性的转录变化 | 研究揭示了从胎儿到成人状态转变过程中与氧化应激反应和重金属毒性解毒相关的基因表达增加 | 结果需要通过在更大数量的AMD患者和对照者中使用额外技术进行验证，因为单细胞RNA测序的复杂组织处理可能导致技术伪影 | 解析不同发育阶段及疾病状态下人类RPE和脉络膜细胞的转录变化 | 人类胎儿和成人的RPE-脉络膜组织 | 数字病理学 | 年龄相关性黄斑变性 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA-seq数据 | 涉及人类胎儿和成人RPE-脉络膜组织的样本 |
| 108 | 2024-08-07 |
Single Cell Transcriptomics Identifies Distinct Choroid Cell Populations Involved in Visually Guided Eye Growth
2023-May-31, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.05.30.542876
PMID:37398381
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研究论文 | 本研究使用单细胞RNA测序技术（scRNA-seq）分析了鸡视网膜色素上皮层（choroid）在视觉引导眼球生长过程中的细胞群体及其基因表达变化 | 首次提供了视网膜色素上皮层主要细胞类型及其在视觉引导眼球生长过程中的基因表达变化的综合图谱 | 基因表达变化主要较小（< 2倍），且最高变化出现在一个罕见的细胞群体中 | 阐明视网膜色素上皮层在视觉引导眼球生长过程中的作用 | 鸡视网膜色素上皮层的细胞群体及其在视觉引导眼球生长过程中的基因表达变化 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 基因表达数据 | 24个不同的细胞集群，代表了95%的总视网膜色素上皮层细胞 |
| 109 | 2024-08-07 |
Single-cell analysis reveals an Angpt4-initiated EPDC-EC-CM cellular coordination cascade during heart regeneration
2023-05-08, Protein & cell
IF:13.6Q1
DOI:10.1093/procel/pwac010
PMID:37155312
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组分析揭示了斑马鱼心脏再生过程中由Angpt4启动的EPDC-EC-CM细胞协调级联反应 | 首次全面分析了不同细胞和信号如何相互作用和协调以调节心脏再生，并揭示了Angpt4在心脏再生中的关键作用 | NA | 探讨斑马鱼心脏再生过程中细胞和信号的相互作用机制 | 斑马鱼心脏细胞类型及其在发育和再生过程中的分子进展 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单细胞转录组分析 | NA | 转录组 | 斑马鱼心脏细胞类型 |
| 110 | 2024-08-04 |
Temporal and spatial staging of lung alveolar regeneration is determined by the grainyhead transcription factor Tfcp2l1
2023-05-30, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2023.112451
PMID:37119134
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研究论文 | 本研究探讨了转录因子Tfcp2l1在肺泡再生过程中对细胞命运的调控作用 | 本研究揭示了Tfcp2l1在肺泡AT2细胞自我更新与分化中的时间和空间调控功能 | 本研究主要基于小鼠模型，可能限制了其在其他物种中的适用性 | 探讨Tfcp2l1在肺泡再生过程中的作用及其机制 | 焦点是肺泡上皮2型（AT2）细胞及其在再生过程中的行为 | 数字病理学 | 肺癌 | 单细胞转录组学 | NA | 单细胞数据 | 通过小鼠进行的多次实验和细胞追踪 |
| 111 | 2024-08-07 |
Transcriptional diversity in specific synaptic gene sets discriminates cortical neuronal identity
2023-05-09, Biology direct
IF:5.7Q1
DOI:10.1186/s13062-023-00372-y
PMID:37161421
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研究论文 | 本文通过结合SynGO数据库和单细胞RNA测序数据，研究了小鼠新皮质中神经元细胞类型的转录多样性，并展示了通过突触基因可以有效区分细胞类型。 | 首次系统地识别了大脑中所有突触群体的转录多样性，并发现突触基因在区分细胞类型方面与所有基因具有相同的能力。 | NA | 量化并识别神经元细胞类型的特定突触特征。 | 小鼠新皮质中的神经元细胞类型。 | 神经科学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | 小鼠新皮质中的所有突触群体 |
| 112 | 2024-08-07 |
scJVAE: A novel method for integrative analysis of multimodal single-cell data
2023-05, Computers in biology and medicine
IF:7.0Q1
DOI:10.1016/j.compbiomed.2023.106865
PMID:37030268
|
研究论文 | 本文介绍了一种名为scJVAE的新方法，用于整合和学习多模态单细胞数据的联合表示，并去除批次效应 | scJVAE方法能够有效地去除批次效应并整合配对的scRNA-seq和scATAC-seq数据，优于现有的先进方法 | NA | 研究目的是开发一种新的方法来处理多模态单细胞数据的批次效应和联合表示 | 多模态单细胞数据，特别是scRNA-seq和scATAC-seq数据 | 单细胞组学 | NA | 单细胞技术 | 变分自编码器（VAE） | 多模态数据 | 使用多种配对基因表达和开放染色质数据集进行评估 |
| 113 | 2024-08-05 |
Single-cell transcriptomics for the assessment of cardiac disease
2023-05, Nature reviews. Cardiology
DOI:10.1038/s41569-022-00805-7
PMID:36539452
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综述 | 本文综述了用于评估心脏疾病的单细胞转录组学的技术挑战和新发现 | 介绍了心脏不同细胞类型的新的转录组学发现，并讨论了单细胞数据与空间转录组学结合的高级应用 | 文章提到目前在细胞类型标注上存在共识与不一致，表明急需标准化 | 提高对心血管疾病机制的理解，以改善治疗策略和患者风险分层 | 心脏细胞类型的转录组学研究 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单细胞转录组学 | NA | 转录组数据 | NA |
| 114 | 2024-08-07 |
RNA polymerase II pausing is essential during spermatogenesis for appropriate gene expression and completion of meiosis
2023-May-09, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.05.08.539879
PMID:37215034
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研究论文 | 本文通过使用稳态、新生和单细胞RNA测序策略，全面分析了雄性生殖细胞群体中的基因表达，揭示了RNA聚合酶II（Pol II）在精子分化早期暂停的必要性及其在调控基因活性和完成减数分裂中的作用。 | 发现RNA聚合酶II在精子分化早期暂停对于建立发育过程中的基因活性景观至关重要，并揭示了Pol II暂停在减数分裂调控中的新角色。 | NA | 旨在解析雄性生殖细胞发育过程中基因调控的机制，并为治疗相关不孕症提供新见解。 | 雄性生殖细胞及其在精子发生过程中的基因表达调控。 | NA | 不孕症 | RNA测序 | NA | RNA | 涉及多个雄性生殖细胞群体 |
| 115 | 2024-08-07 |
scDisInFact: disentangled learning for integration and prediction of multi-batch multi-condition single-cell RNA-sequencing data
2023-May-02, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.05.01.538975
PMID:37205545
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研究论文 | 介绍了一种名为scDisInFact的深度学习框架，用于处理和预测多批次、多条件的单细胞RNA测序数据，该框架能够分离批次效应和条件效应 | scDisInFact能够同时执行批次效应去除、条件相关关键基因检测和扰动预测，这在现有方法中是独特的 | NA | 开发一种能够同时处理批次效应和条件效应的深度学习框架，以提高单细胞RNA测序数据整合和预测的准确性 | 多批次、多条件的单细胞RNA测序数据 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 深度学习框架 | 单细胞RNA测序数据 | NA |
| 116 | 2024-08-05 |
Integrative Proteomics and N-Glycoproteomics Analyses of Rheumatoid Arthritis Synovium Reveal Immune-Associated Glycopeptides
2023-05, Molecular & cellular proteomics : MCP
IF:6.1Q1
DOI:10.1016/j.mcpro.2023.100540
PMID:37019382
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研究论文 | 本研究首次呈现了类风湿关节炎滑膜的N-糖蛋白组，描述了与免疫相关的糖基化 | 通过完整N-糖肽的定量策略，识别了RA滑膜中的1260个完整N-糖肽，揭示了糖基化与免疫反应之间的关联 | 对滑膜组织的深入糖蛋白组学分析仍然不足 | 研究N-糖蛋白组在类风湿关节炎中的作用及其与免疫反应的关联 | 类风湿关节炎滑膜中的N-糖蛋白和免疫细胞类型 | 数字病理学 | 类风湿关节炎 | 蛋白质组学，N-糖蛋白组学 | NA | 蛋白质数据 | 334个糖蛋白中的481个N-糖位点 |
| 117 | 2024-08-07 |
Mesenchymal stem cells ameliorate inflammation in an experimental model of Crohn's disease via the mesentery
2023-May-24, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.05.22.541829
PMID:37292753
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研究论文 | 研究了人骨髓间充质干细胞（hMSC）在慢性小肠炎症模型中治疗克罗恩病的效果及其机制 | 首次探讨了hMSC在慢性炎症模型中的长期疗效，并通过单细胞RNA测序证实了其通过巨噬细胞重编程发挥作用的机制 | NA | 探讨hMSC在克罗恩病治疗中的作用机制 | 人骨髓间充质干细胞（hMSC）及其在慢性小肠炎症模型中的治疗效果 | NA | 克罗恩病 | 单细胞RNA测序（Sc-RNAseq） | NA | 单细胞RNA | NA |
| 118 | 2024-08-07 |
Ribonucleotide reductase regulatory subunit M2 drives glioblastoma TMZ resistance through modulation of dNTP production
2023-05-19, Science advances
IF:11.7Q1
DOI:10.1126/sciadv.ade7236
PMID:37196077
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研究论文 | 研究通过体内单细胞RNA测序分析，探讨了胶质母细胞瘤（GBM）在标准治疗药物替莫唑胺（TMZ）治疗期间细胞可塑性诱导的适应性变化 | 发现了核糖核苷酸还原酶调节亚基M2（RRM2）通过调节dNTP生产在TMZ治疗期间对DNA损伤反应的重要性，并提出了RRM2抑制剂3-AP增强TMZ疗效的新策略 | NA | 探究胶质母细胞瘤在替莫唑胺治疗期间细胞可塑性诱导的适应性变化 | 胶质母细胞瘤（GBM）患者来源的异种移植瘤（PDX）在治疗前、中、后的单细胞转录组 | 数字病理学 | 脑瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组和代谢组数据 | 患者来源的异种移植瘤（PDX）模型 |
| 119 | 2024-08-07 |
scViewer: An Interactive Single-Cell Gene Expression Visualization Tool
2023-05-27, Cells
IF:5.1Q2
DOI:10.3390/cells12111489
PMID:37296611
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研究论文 | 介绍了一个名为scViewer的交互式单细胞基因表达可视化工具，该工具基于R/Shiny应用程序，旨在简化scRNA-seq数据的分析和可视化 | scViewer提供了一个用户友好的图形用户界面，支持细胞类型特异性基因表达、基因共表达分析以及考虑细胞和样本水平变化的差异表达分析 | NA | 开发一个易于探索的单细胞基因表达可视化工具，以促进scRNA-seq数据的多条件比较分析 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | 阿尔茨海默病 | scRNA-seq | NA | 基因表达数据 | 使用了一个公开的阿尔茨海默病研究中的脑细胞数据集 |
| 120 | 2024-08-05 |
Single-cell sequencing dissects the transcriptional identity of activated fibroblasts and identifies novel persistent distal tubular injury patterns in kidney fibrosis
2023-May-17, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-2880248/v1
PMID:37293022
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研究论文 | 该研究通过单细胞转录组分析揭示了肾纤维化中活化成纤维细胞的转录特征，并识别了新的持久远端小管损伤模式 | 首次确定了三种具有特定转录特征的成纤维细胞簇，并识别了肾小管损伤的新空间模式 | 研究未提及样本数量及其具体来源 | 深入理解肾纤维化的分子机制和促进靶向策略的开发 | 分析了两种与临床相关的肾纤维化模型中的单细胞转录组特征 | 数字病理学 | 慢性肾病 | 单细胞转录组测序 | NA | 转录组数据 | NA |