单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 356 篇文献，本页显示第 41 - 60 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 41 | 2024-09-19 |
Feature selection for preserving biological trajectories in single-cell data
2023-May-12, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.05.09.540043
PMID:37214963
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研究论文 | 本文介绍了一种名为DELVE的无监督特征选择方法，用于识别能够重现细胞轨迹的动态表达分子特征子集 | DELVE采用自下而上的方法，通过建模动态特征模块来减轻不必要变异源对推断的干扰，从而与以往方法不同 | NA | 提高细胞轨迹推断的准确性，并揭示生物轨迹上特征之间的共变异 | 单细胞数据中的动态生物过程，如细胞分化、免疫反应和疾病进展 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞数据 | NA |
| 42 | 2024-09-19 |
Structured Illumination Microscopy Improves Spot Detection Performance in Spatial Transcriptomics
2023-05-04, Cells
IF:5.1Q2
DOI:10.3390/cells12091310
PMID:37174710
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研究论文 | 研究了结构化照明显微镜（SIM）在空间转录组学中单基因转录检测性能的提升效果 | 首次探讨了结构化照明显微镜（SIM）在空间转录组学中的应用，显著提高了基因转录点的检测效率 | 检测效率的提升依赖于基因转录密度和物镜的数值孔径，尤其是密集聚集的点 | 评估结构化照明显微镜（SIM）在空间转录组学实验中对单基因转录检测性能的影响 | 小鼠冠状脑组织切片中的多个基因 | 数字病理学 | NA | 结构化照明显微镜（SIM） | NA | 图像 | 小鼠冠状脑组织切片 |
| 43 | 2024-09-19 |
FISHFactor: a probabilistic factor model for spatial transcriptomics data with subcellular resolution
2023-05-04, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btad183
PMID:37039825
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研究论文 | 本文提出了一种名为FISHFactor的概率因子模型，用于处理具有亚细胞分辨率的空间转录组数据 | FISHFactor结合了空间非负因子分析和泊松点过程似然，能够直接处理单分子分辨率数据，并共享多个细胞的权重矩阵，提高了潜在变量的估计 | NA | 开发一种新的方法来处理具有亚细胞分辨率的空间转录组数据 | 空间转录组数据，特别是单分子分辨率数据 | 生物信息学 | NA | 因子分析 | 概率因子模型 | 空间转录组数据 | NA |
| 44 | 2024-09-19 |
LogBTF: gene regulatory network inference using Boolean threshold network model from single-cell gene expression data
2023-05-04, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btad256
PMID:37079737
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研究论文 | 本文提出了一种名为LogBTF的新型嵌入式布尔阈值网络方法，用于从单细胞基因表达数据中推断基因调控网络 | 该方法结合了正则化逻辑回归和布尔阈值函数，有效解决了现有方法在处理时间序列数据噪声和过拟合问题上的不足 | NA | 从高吞吐量的单细胞RNA测序数据中推断和分析基因调控网络 | 基因调控网络的动态更新逻辑规则 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 布尔阈值网络模型 | 基因表达数据 | 包括一个模拟布尔值数据集、数十个模拟数据集和三个真实单细胞RNA测序数据集 |
| 45 | 2024-09-19 |
Biophysical modeling with variational autoencoders for bimodal, single-cell RNA sequencing data
2023-May-02, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.01.13.523995
PMID:36712140
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研究论文 | 本文介绍了一种结合变分自编码器框架和双变量模型的生物物理建模方法，用于处理双模态单细胞RNA测序数据 | 本文提出的方法考虑了测量之间的因果关系，通过模拟基准测试证明了其在低维空间中捕捉细胞类型结构的能力，并能准确重现参数值和拷贝数分布 | NA | 开发一种可扩展的方法，用于识别基因表达背后的生物物理机制，并适用于处理由高通量单细胞基因组测序产生的多模态数据集 | 双模态单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 变分自编码器 | RNA测序数据 | NA |
| 46 | 2024-09-19 |
Overlap of Genetic Loci for Central Serous Chorioretinopathy With Age-Related Macular Degeneration
2023-05-01, JAMA ophthalmology
IF:7.8Q1
DOI:10.1001/jamaophthalmol.2023.0706
PMID:37079300
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研究论文 | 研究探讨了中心性浆液性脉络膜视网膜病变（CSC）与年龄相关性黄斑变性（AMD）之间的遗传重叠 | 发现了三个新的CSC风险位点，并验证了两个先前报道的CSC风险位点 | 研究仅限于三个队列，样本量相对较小 | 识别CSC的新遗传风险因素，并比较CSC和AMD的遗传风险因素 | 中心性浆液性脉络膜视网膜病变（CSC）和年龄相关性黄斑变性（AMD） | NA | NA | 全基因组关联研究（GWAS） | NA | 基因表达数据 | 共包括1176名CSC患者和526,787名对照组 |
| 47 | 2024-09-11 |
Massively parallel base editing to map variant effects in human hematopoiesis
2023-05-25, Cell
IF:45.5Q1
DOI:10.1016/j.cell.2023.03.035
PMID:37137305
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研究论文 | 本文介绍了在人类造血干细胞和祖细胞中进行大规模并行碱基编辑筛选的方法 | 开发了适用于血液和免疫细胞等原代细胞的大规模并行碱基编辑筛选方法 | NA | 系统评估遗传变异对人类生理和疾病的影响 | 人类造血干细胞和祖细胞 | 基因工程 | 血液疾病 | 碱基编辑 | NA | 单细胞RNA测序 | NA |
| 48 | 2024-09-01 |
Stress resilience-enhancing drugs preserve tissue structure and function in degenerating retina via phosphodiesterase inhibition
2023-05-09, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2221045120
PMID:37126699
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研究论文 | 本文通过系统药理学平台，利用单细胞转录组学、蛋白质组学和磷酸蛋白质组学，研究了通过选择性抑制环核苷酸磷酸二酯酶（PDEs）来增强退化视网膜的应激抵抗能力，从而保护组织结构和功能。 | 本文首次报道了通过靶向抑制PDEs来稳定转录组、蛋白质组和磷酸蛋白质组，激活保护机制并协同抑制退化过程，从而增强视网膜对急性及慢性应激的抵抗能力。 | NA | 开发新的治疗策略，以应对慢性进行性视网膜疾病，如年龄相关性黄斑变性、糖尿病视网膜病变和视网膜色素变性。 | 年龄相关性和遗传性视网膜退化模型。 | 系统药理学 | 视网膜疾病 | 单细胞转录组学、蛋白质组学和磷酸蛋白质组学 | NA | 转录组、蛋白质组和磷酸蛋白质组数据 | 多种年龄相关性和遗传性视网膜退化模型的细胞样本 |
| 49 | 2024-08-18 |
Alterations in the preneoplastic breast microenvironment of BRCA1/2 mutation carriers revealed by spatial transcriptomics
2023-May-25, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.05.24.542078
PMID:37292816
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研究论文 | 本文利用空间转录组学技术研究了BRCA1/2基因突变携带者癌前乳腺组织中乳腺上皮细胞分化的缺陷及其微环境的改变 | 发现了β1-整合素介导的自分泌信号在BRCA1和BRCA2缺陷乳腺上皮细胞中的差异，并揭示了突变携带者乳腺组织中上皮-基质旁分泌信号的增强 | NA | 深入理解肿瘤发生的生理过程，为高风险患者设计创新的乳腺癌化学预防策略 | BRCA1/2基因突变携带者的癌前乳腺组织和非携带者的正常乳腺组织 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 空间转录组学 | NA | 转录组数据 | 具体样本数量未在摘要中提及 |
| 50 | 2024-08-10 |
Reference-free and cost-effective automated cell type annotation with GPT-4 in single-cell RNA-seq analysis
2023-May-02, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-2824971/v1
PMID:37205379
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研究论文 | 本文展示了GPT-4这一强大的大型语言模型在单细胞RNA测序分析中自动准确地进行细胞类型注释的能力 | GPT-4无需高质量参考数据集和额外开发流程，能利用标准单细胞RNA测序分析流程生成的标记基因信息自动注释细胞类型 | NA | 探索在单细胞RNA测序分析中自动进行细胞类型注释的新方法 | 单细胞RNA测序分析中的细胞类型注释 | 自然语言处理 | NA | 单细胞RNA测序 | GPT-4 | 文本 | 数百种组织类型和细胞类型 |
| 51 | 2024-08-05 |
A wound-induced differentiation trajectory for neurons
2023-May-11, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.05.10.540286
PMID:37214981
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研究论文 | 本研究探讨了伤口诱导的神经元分化轨迹 | 揭示了NFY转录因子在伤口诱导神经元分化中的关键作用 | 尚未详细阐明其它可能影响神经元分化的转录调控机制 | 研究伤口诱导过程中的转录调控事件及其对神经元产生的影响 | 聚焦于再生能力强的无脊椎动物acoel worm及其神经细胞的分化 | 数字病理学 | NA | 染色质可及性数据分析 | NA | 单细胞转录组数据 | 涉及了多个不同神经亚型的干细胞 |
| 52 | 2024-08-04 |
Clinical molecular subtyping reveals intrinsic mesenchymal reprogramming in gastric cancer cells
2023-05, Experimental & molecular medicine
DOI:10.1038/s12276-023-00989-z
PMID:37121972
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研究论文 | 本研究揭示了胃癌细胞内在间充质重编程的分子亚型 | 本研究首次将TGF-β信号通路作为胃癌内在间充质表型的驱动通路和潜在治疗靶点 | 研究未详细探讨TGF-β信号通路在不同胃癌亚型中的机制差异 | 探讨胃癌细胞的间充质表型及其与肿瘤微环境的关联 | 547个胃癌患者的转录组数据 | 数字病理学 | 胃癌 | 转录组测序，空间转录组学，免疫组织化学 | 小鼠异种移植模型 | 转录组数据 | 547个胃癌样本 |
| 53 | 2024-08-05 |
Single-cell multiomic analysis identifies a HOX-PBX gene network regulating the survival of lymphangioleiomyomatosis cells
2023-05-10, Science advances
IF:11.7Q1
DOI:10.1126/sciadv.adf8549
PMID:37163604
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研究论文 | 本文通过单细胞多组学分析，识别了一种HOX-PBX基因网络，调控淋巴管平滑肌瘤细胞的生存。 | 研究揭示了HOX-PBX转录程序在肺淋巴管平滑肌瘤细胞中的激活及其对细胞生存的调控机制。 | 需要进行长期的药物管理以维持疗效，且部分患者无法耐受治疗或对疗法反应不佳 | 探索淋巴管平滑肌瘤细胞的致病机制以及潜在的治疗靶点。 | 淋巴管平滑肌瘤（LAM）细胞。 | 数字病理学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序和单核ATAC-seq | NA | RNA数据 | NA |
| 54 | 2024-08-05 |
Adenomyosis: single-cell transcriptomic analysis reveals a paracrine mesenchymal-epithelial interaction involving the WNT/SFRP pathway
2023-05, Fertility and sterility
IF:6.6Q1
DOI:10.1016/j.fertnstert.2023.01.041
PMID:36736810
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研究论文 | 该研究通过单细胞转录组分析评估了腺肌症的细胞和分子景观 | 揭示了腺肌症中与WNT/SFRP通路相关的间充质-上皮相互作用的独特特征 | 样本量较小，仅包括3名患者 | 评估腺肌症的细胞和分子特点 | 分析来自腺肌症、内膜和肌层的匹配组织的单细胞RNA表达 | 数字病理学 | 腺肌症 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 3名患者的匹配组织样本 |
| 55 | 2024-08-04 |
Effective Rapid Blood Perfusion in Xenopus
2023-May-16, Journal of visualized experiments : JoVE
DOI:10.3791/65287
PMID:37318240
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研究论文 | 本文定义了一种快速血液灌注的协议，以大幅减少蛙类组织中的血液. | 该研究创新性地提出了一种通过直接在心脏腔室内插入针头进行快速灌注的方法. | 该协议在本研究中可能未考虑不同个体间的生理差异. | 研究致力于标准化蛙类组织采样的实践. | 研究对象包括不同性别、年龄和健康状态的非洲爪蟾（Xenopus laevis 和 Xenopus tropicalis）. | 数字病理学 | NA | 生理盐水灌注 | NA | NA | 每只动物大约需要10分钟的误差. |
| 56 | 2024-08-04 |
Accurate integration of multiple heterogeneous single-cell RNA-seq data sets by learning contrastive biological variation
2023-05, Genome research
IF:6.2Q1
DOI:10.1101/gr.277522.122
PMID:37308294
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研究论文 | 本文介绍了一个新的单细胞RNA测序数据集整合方法 scInt | scInt通过构建精确、稳健的细胞间相似性并学习统一的对比生物变异，从多个数据集中进行有效整合，超越了现有的十种 cutting-edge 方法 | 针对复杂实验设计的整合效果仍需进一步验证 | 实现多种异质单细胞RNA测序数据集的有效整合 | 不同生物条件下的单细胞异质样本及其功能性亚群体 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 数据集 | 涉及多种生物条件的多个模拟和真实数据集 |
| 57 | 2024-08-05 |
Upregulation of acid ceramidase contributes to tumor progression in tuberous sclerosis complex
2023-05-08, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.166850
PMID:36927688
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研究论文 | 本研究探讨了酸性神经酰胺酶在结节性硬化症中对肿瘤进展的贡献 | 研究首次揭示了TSC2缺失细胞中ASAH1上调与肿瘤形成相关的机制 | 仅在小鼠模型中进行实验，未在人类样本中验证结果 | 探讨ASAH1在结节性硬化症（TSC）和淋巴管平滑肌肉瘤（LAM）中的作用 | 研究对象为结节性硬化症相关突变细胞及其小鼠异种移植模型 | 数字病理学 | 结节性硬化症 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 使用了TSC2缺失的小鼠模型和人类细胞样本 |
| 58 | 2024-08-04 |
Dissociation protocols used for sarcoma tissues bias the transcriptome observed in single-cell and single-nucleus RNA sequencing
2023-May-31, BMC cancer
IF:3.4Q2
DOI:10.1186/s12885-023-10977-1
PMID:37254069
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研究论文 | 本文研究了不同肉瘤亚型的细胞分离方法对转录组的影响 | 首次阐明了分离方法对肉瘤患者衍生肿瘤样本分子特征解读的影响 | 仅探讨了三种肉瘤亚型，可能不适用于所有肉瘤类型 | 评估不同的细胞分离方法如何影响肉瘤样本的转录组数据 | 患者来源的肉瘤样本及其相应的单细胞和单核RNA测序数据 | 数字病理 | 肉瘤 | RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 125,831个细胞和细胞核 |
| 59 | 2024-08-05 |
Clonally expanded, thyrotoxic effector CD8+ T cells driven by IL-21 contribute to checkpoint inhibitor thyroiditis
2023-05-17, Science translational medicine
IF:15.8Q1
DOI:10.1126/scitranslmed.adg0675
PMID:37196065
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研究论文 | 本研究揭示了IL-21驱动的克隆扩展的效应CD8+ T细胞在免疫检查点抑制剂相关甲状腺炎中的作用 | 首次直接比较了免疫检查点抑制剂甲状腺炎与自身免疫性桥本甲状腺炎的免疫浸润，揭示了IL-21在甲状腺毒性CD8 T细胞中的关键作用 | 研究主要依赖于小鼠模型，缺乏临床试验数据支持 | 探讨免疫检查点抑制剂相关副作用的免疫机制及潜在治疗靶点 | 包括接受免疫检查点抑制剂治疗的患者和桥本甲状腺炎患者的甲状腺样本 | 数字病理学 | 自身免疫性疾病 | 单细胞RNA测序 | 小鼠模型 | 组织样本 | 涉及多个患者的甲状腺样本 |
| 60 | 2024-08-04 |
Investigating the Role of Ferroptosis-Related Genes in Ovarian Aging and the Potential for Nutritional Intervention
2023-05-25, Nutrients
IF:4.8Q1
DOI:10.3390/nu15112461
PMID:37299424
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研究论文 | 本研究探讨了铁死亡相关基因对卵巢衰老的影响及营养干预的潜力 | 首次结合空间转录组学和单细胞RNA测序研究铁死亡与卵巢衰老的关系 | 缺乏广泛的样本数据支持和长期效果评估 | 探讨铁死亡相关基因在卵巢衰老中的作用及营养补充的效果 | 75名卵巢衰老不足患者 | 数字病理学 | NA | 空间转录组学, 单细胞RNA测序 | NA | 组织样本 | 75名患者 |