单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 356 篇文献，本页显示第 21 - 40 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 21 | 2024-09-28 |
SARS CoV-2 spike protein variants exploit DC-SIGN/DC-SIGNR receptor for evolution and severity: an in-silico insight
2023-May-24, Virusdisease
DOI:10.1007/s13337-023-00820-3
PMID:37363363
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研究论文 | 本文通过计算分析研究了SARS-CoV-2刺突蛋白变异体如何利用DC-SIGN/DC-SIGNR受体进行进化和加重病情 | 首次详细分析了SARS-CoV-2刺突蛋白在DC-SIGN相互作用区域的变异及其对免疫逃避的影响 | 主要基于计算模拟分析，缺乏实验验证 | 探讨SARS-CoV-2刺突蛋白变异体与DC-SIGN/DC-SIGNR受体的相互作用及其对病毒进化和病情严重性的影响 | SARS-CoV-2刺突蛋白变异体及其与DC-SIGN/DC-SIGNR受体的相互作用 | 生物信息学 | COVID-19 | 计算模拟 | NA | 基因组数据 | 使用了GISAID数据库中的SARS-CoV-2刺突蛋白数据，样本量未明确提及 |
| 22 | 2024-09-28 |
Expression pattern analysis of m6A regulators reveals IGF2BP3 as a key modulator in osteoarthritis synovial macrophages
2023-05-22, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-023-04173-9
PMID:37217897
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研究论文 | 研究探讨了m6A调节因子在骨关节炎滑膜细胞簇中的表达模式，并识别出IGF2BP3作为关键调节因子在滑膜巨噬细胞中的作用 | 首次揭示了m6A调节因子在骨关节炎滑膜炎中的作用，并识别出IGF2BP3作为关键调节因子 | 研究主要基于RNA-seq数据和体外实验，缺乏体内实验验证 | 探索m6A调节因子在骨关节炎滑膜细胞簇中的表达模式，并识别关键调节因子 | m6A调节因子在骨关节炎滑膜细胞簇中的表达模式及IGF2BP3的作用 | 数字病理学 | 骨关节炎 | RNA-seq | LASSO-Cox回归预测模型 | RNA | 大量和单细胞RNA-seq数据 |
| 23 | 2024-08-05 |
scTIE: data integration and inference of gene regulation using single-cell temporal multimodal data
2023-May-22, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.05.18.541381
PMID:37292801
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研究论文 | 本文介绍了一种统一的方法scTIE，用于整合时间多模态数据并推断基因调控关系 | scTIE通过迭代最优传输将单细胞时间点嵌入到共同空间，提取可解释信息以预测细胞轨迹，优于现有方法，特别是在批次效应和噪声存在时 | 本文未提及具体的局限性 | 本研究旨在提升基因调控机制的解析能力，特别是在时间动态的背景下 | 使用合成和真实的时间多模态数据集进行分析 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）和单细胞ATAC测序（scATAC-seq） | 自动编码器 | 时间序列数据 | 使用多种合成和真实的时间多模态数据集 |
| 24 | 2024-09-28 |
The potential crosstalk between tumor and plasma cells and its association with clinical outcome and immunotherapy response in bladder cancer
2023-05-03, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-023-04151-1
PMID:37138324
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研究论文 | 研究膀胱癌中肿瘤细胞与浆细胞之间的潜在交叉对话及其与临床结果和免疫治疗反应的关联 | 首次探讨了浆细胞与膀胱癌肿瘤细胞之间的异质性和潜在交叉对话模式，并构建了基于配体/受体的风险模型来预测患者生存和免疫治疗反应 | 研究样本量较小，可能影响结果的普适性 | 探索浆细胞与膀胱癌肿瘤细胞之间的交叉对话模式及其对临床结果和免疫治疗反应的影响 | 膀胱癌患者中的浆细胞和肿瘤细胞 | 数字病理学 | 膀胱癌 | RNA测序 | 风险模型 | RNA数据 | 728个批量RNA测序样本和8个单细胞RNA测序样本（共41,894个过滤细胞） |
| 25 | 2024-09-28 |
TissUUmaps 3: Improvements in interactive visualization, exploration, and quality assessment of large-scale spatial omics data
2023-May, Heliyon
IF:3.4Q1
DOI:10.1016/j.heliyon.2023.e15306
PMID:37131430
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研究论文 | 本文介绍了TissUUmaps 3在交互式可视化、探索和大规模空间组学数据质量评估方面的改进 | TissUUmaps 3通过优化减少了交互数据探索的时间和成本，显著提高了对大规模多重数据集的处理能力 | NA | 改进大规模空间组学数据的交互式可视化和探索工具 | 空间转录组学数据 | 生物信息学 | NA | 空间转录组学 | NA | 图像 | NA |
| 26 | 2024-09-28 |
Comparison of transformations for single-cell RNA-seq data
2023-05, Nature methods
IF:36.1Q1
DOI:10.1038/s41592-023-01814-1
PMID:37037999
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研究论文 | 本文比较了四种用于单细胞RNA测序数据转换的方法，并评估了它们在模拟和真实数据上的表现 | 本文提出了四种基于不同理论基础的数据转换方法，并发现简单的对数变换结合伪计数和主成分分析在实际应用中表现最佳 | 目前的理论分析在实际性能基准测试中存在局限性 | 比较不同数据转换方法在单细胞RNA测序数据分析中的效果 | 单细胞RNA测序数据的转换方法 | 生物信息学 | NA | RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 模拟数据和真实世界数据 |
| 27 | 2024-09-23 |
Cell type deconvolution of bulk blood RNA-Seq to reveal biological insights of neuropsychiatric disorders
2023-May-25, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.05.24.542156
PMID:37293101
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研究论文 | 本研究通过计算方法从大量血液RNA-Seq数据中推断细胞类型比例，揭示神经精神疾病的生物学机制 | 本研究首次在非脑组织的大规模RNA-Seq数据中应用计算方法，识别与精神疾病和药物相关的细胞类型特异性生物学机制 | 本研究主要依赖于计算推断的细胞类型比例，可能存在一定的误差 | 揭示神经精神疾病的遗传变异与疾病风险之间的因果机制 | 双相情感障碍和精神分裂症患者的血液样本 | 基因组学 | 神经精神疾病 | RNA-Seq | NA | RNA序列 | 1730个样本 |
| 28 | 2024-09-23 |
The role of CD8+ T-cell clones in immune thrombocytopenia
2023-05-18, Blood
IF:21.0Q1
DOI:10.1182/blood.2022018380
PMID:36749920
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研究论文 | 研究探讨了细胞毒性CD8+ T细胞在免疫性血小板减少症（ITP）中的作用 | 发现了CD8+ T细胞克隆在ITP患者中的扩展，并提出了抗体非依赖性的血小板破坏机制 | NA | 探索CD8+ T细胞在ITP中的作用机制 | ITP患者和年龄匹配的对照组 | 免疫学 | 血液疾病 | 下一代测序（NGS）、单细胞RNA测序 | NA | 基因序列、RNA序列 | ITP患者和年龄匹配的对照组 |
| 29 | 2024-09-23 |
Single-cell RNA sequencing data reveals rewiring of transcriptional relationships in Alzheimer's Disease associated with risk variants
2023-May-16, medRxiv : the preprint server for health sciences
DOI:10.1101/2023.05.15.23289992
PMID:37292975
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研究论文 | 研究使用单细胞RNA测序数据揭示了阿尔茨海默病相关风险变异对转录关系的影响 | 提出了通过单细胞RNA测序数据分析基因表达差异相关性来识别潜在因果基因的方法 | NA | 理解遗传风险变异如何影响阿尔茨海默病的病因 | 阿尔茨海默病患者的单细胞RNA测序数据 | 数字病理学 | 阿尔茨海默病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 超过130万个细胞 |
| 30 | 2024-09-20 |
Cultured Renal Proximal Tubular Epithelial Cells Resemble a Stressed/Damaged Kidney While Supporting BK Virus Infection
2023-05-31, Journal of virology
IF:4.0Q2
DOI:10.1128/jvi.00343-23
PMID:37166336
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研究论文 | 研究了培养的肾近端小管上皮细胞在BK病毒感染下的基因表达模式 | 首次比较了原代和永生化肾近端小管上皮细胞在BK病毒感染下的基因表达差异 | 仅限于细胞培养实验，未涉及体内实验 | 探讨BK病毒在肾近端小管上皮细胞中的感染机制 | 原代和永生化肾近端小管上皮细胞 | 数字病理学 | NA | RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA |
| 31 | 2024-09-20 |
NPM3 as a novel oncogenic factor and poor prognostic marker contributes to cell proliferation and migration in lung adenocarcinoma
2023-May-31, Hereditas
IF:2.1Q3
DOI:10.1186/s41065-023-00289-6
PMID:37254219
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研究论文 | 研究探讨了NPM3在肺腺癌中的表达及其作为致癌因子和预后不良标志物的作用 | 首次揭示了NPM3在肺腺癌中的高表达与不良预后和免疫抑制微环境的关联，并证明了NPM3通过促进细胞增殖和迁移促进肺腺癌进展 | 研究主要基于生物信息学分析和体外实验，缺乏体内实验验证 | 探讨NPM3在肺腺癌肿瘤微环境中的表达和功能 | NPM3在肺腺癌中的表达及其对细胞增殖和迁移的影响 | 数字病理学 | 肺癌 | 生物信息学工具、单细胞测序、siRNA敲低 | NA | 基因表达数据、单细胞数据 | 包括NCI-H1299和SPC-A1细胞在内的多个肺腺癌样本 |
| 32 | 2024-09-20 |
Single-cell technologies in multiple myeloma: new insights into disease pathogenesis and translational implications
2023-May-31, Biomarker research
IF:9.5Q1
DOI:10.1186/s40364-023-00502-8
PMID:37259170
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综述 | 本文综述了单细胞测序技术在多发性骨髓瘤中的应用及其对疾病发病机制和转化医学的影响 | 单细胞测序技术揭示了多发性骨髓瘤的细胞和分子景观，改变了我们对肿瘤间和肿瘤内异质性、肿瘤微环境和治疗抵抗机制的理解 | NA | 总结单细胞测序方法在多发性骨髓瘤研究中的最新进展，并讨论其在临床转化中的未来方向 | 多发性骨髓瘤的细胞和分子景观、肿瘤异质性、治疗反应和抵抗的机制及生物标志物 | 数字病理学 | 血液肿瘤 | 单细胞测序 | NA | 单细胞数据 | NA |
| 33 | 2024-09-20 |
Emergence of division of labor in tissues through cell interactions and spatial cues
2023-05-30, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2023.112412
PMID:37086403
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研究论文 | 本文开发了一个计算框架，研究细胞类型群体中劳动分工的机制 | 提出了一个方法来构建专家细胞之间的配体-受体网络，并使用单细胞RNA测序和空间转录组学数据推断劳动分工机制 | NA | 研究细胞类型群体中劳动分工的机制 | 细胞类型群体中的劳动分工 | 计算生物学 | NA | 单细胞RNA测序 (RNA-seq) 和空间转录组学 | 计算框架 | 转录组数据 | NA |
| 34 | 2024-09-20 |
Multimodal single cell analysis infers widespread enhancer co-activity in a lymphoblastoid cell line
2023-05-26, Communications biology
IF:5.2Q1
DOI:10.1038/s42003-023-04954-4
PMID:37237005
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研究论文 | 本文利用单细胞技术分析了淋巴母细胞系中增强子的共活性 | 首次在单细胞水平上研究了增强子对同一基因的共活性，并预测了增强子之间的关联 | 研究仅基于单一细胞系，预测的增强子关联需要进一步的功能验证 | 探究增强子在基因表达调控中的共活性模式 | 人类淋巴母细胞系中的增强子和基因表达 | 基因组学 | NA | 单细胞ATAC-seq和单细胞RNA-seq | NA | 基因表达数据和染色质状态数据 | 24,844个单细胞 |
| 35 | 2024-09-20 |
Subcellular spatially resolved gene neighborhood networks in single cells
2023-05-22, Cell reports methods
IF:4.3Q2
DOI:10.1016/j.crmeth.2023.100476
PMID:37323566
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研究论文 | 本文介绍了一种用于分析亚细胞基因邻近关系的空间解析基因邻域网络（spaGNN）管道 | 提出了一种新的空间解析基因邻域网络（spaGNN）方法，用于分析亚细胞空间转录组数据中的基因邻近关系 | NA | 开发一种新的方法来分析亚细胞空间转录组数据中的基因邻近关系，并展示其在细胞类型分类任务中的应用 | 亚细胞空间转录组数据中的基因邻近关系 | 数字病理学 | NA | 荧光原位杂交（FISH） | 机器学习 | 图像 | 使用了成纤维细胞、U2-OS细胞和间充质干细胞（MSCs）的FISH数据 |
| 36 | 2024-09-20 |
Deciphering tumor ecosystems at super resolution from spatial transcriptomics with TESLA
2023-05-17, Cell systems
IF:9.0Q1
DOI:10.1016/j.cels.2023.03.008
PMID:37164011
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研究论文 | 本文介绍了一种名为TESLA的机器学习框架，用于在空间转录组学中以像素级分辨率进行组织注释 | TESLA整合了组织学信息和基因表达，直接在组织学图像上注释异质性免疫和肿瘤细胞，并检测独特的肿瘤微环境特征，如三级淋巴结构 | 本文主要展示了TESLA在癌症中的应用，未详细探讨其在其他疾病中的应用 | 开发一种能够以高分辨率解析肿瘤微环境的空间转录组学方法 | 肿瘤微环境中的细胞群体及其丰度、组成和空间位置 | 机器学习 | 癌症 | 空间转录组学 | 机器学习框架 | 图像 | NA |
| 37 | 2024-09-20 |
Applying causal discovery to single-cell analyses using CausalCell
2023-05-02, eLife
IF:6.4Q1
DOI:10.7554/eLife.81464
PMID:37129360
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研究论文 | 本文介绍了CausalCell工作流程和平台，用于在单细胞分析中应用因果发现 | 开发了CausalCell平台，通过基准测试四种因果发现方法，并分析多个单细胞RNA测序数据集，提出在大多数情况下基于约束的PC算法与基于核的条件独立性测试效果最佳 | 评估和选择因果发现方法以及开发和执行适当的工作流程仍然存在挑战 | 将因果发现应用于单细胞分析，以解决科学问题中的因果关系 | 单细胞RNA测序数据中的因果交互 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | PC算法 | 单细胞RNA测序数据 | 多个单细胞RNA测序数据集 |
| 38 | 2024-09-20 |
Single-cell characteristics and malignancy regulation of alpha-fetoprotein-producing gastric cancer
2023-05, Cancer medicine
IF:2.9Q2
DOI:10.1002/cam4.5883
PMID:37017469
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研究论文 | 研究了甲胎蛋白产生型胃癌的单细胞特征及其恶性调控因子 | 首次在单细胞水平上描述了甲胎蛋白产生型胃癌的特征，并发现DKK1与AFP表达和恶性表型相关 | NA | 在单细胞水平上描述甲胎蛋白产生型胃癌的特征，并识别调控AFP表达和恶性的因子 | 甲胎蛋白产生型胃癌的单细胞特征及其恶性调控因子 | 数字病理学 | 胃癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 两个甲胎蛋白产生型胃癌患者的肿瘤样本 |
| 39 | 2024-09-19 |
The hidden depths of zebrafish skin
2023-05-23, eLife
IF:6.4Q1
DOI:10.7554/eLife.88597
PMID:37218526
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研究论文 | 本文通过单细胞转录组分析揭示了斑马鱼皮肤形成的信号通路，并发现某些细胞产生的蛋白质对人类牙齿釉质的形成至关重要 | 首次通过单细胞转录组分析揭示了斑马鱼皮肤形成的信号通路，并发现了与人类牙齿釉质形成相关的蛋白质 | NA | 揭示斑马鱼皮肤形成的信号通路及其与人类牙齿釉质形成的关系 | 斑马鱼细胞和人类牙齿釉质形成 | NA | NA | 单细胞转录组分析 | NA | 转录组数据 | NA |
| 40 | 2024-09-19 |
Cytotoxic CNS-associated T cells drive axon degeneration by targeting perturbed oligodendrocytes in PLP1 mutant mice
2023-May-19, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2023.106698
PMID:37182098
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研究论文 | 研究了PLP1突变小鼠中与中枢神经系统相关的细胞毒性T细胞通过靶向异常少突胶质细胞导致轴突退化的机制 | 首次揭示了细胞毒性CD8 T细胞在PLP1突变小鼠中通过靶向异常少突胶质细胞导致轴突退化的机制 | 研究主要集中在PLP1突变小鼠模型上，可能不适用于所有与髓鞘缺陷和神经炎症相关的神经系统疾病 | 探讨髓鞘缺陷和神经炎症条件下神经免疫相互作用机制 | PLP1突变小鼠中的CD8 T细胞和少突胶质细胞 | NA | NA | 单细胞转录组学 | NA | 转录组数据 | PLP1突变小鼠的CD8 T细胞和少突胶质细胞样本 |