单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
21	2024-09-23	The role of CD8+ T-cell clones in immune thrombocytopenia 2023-05-18, Blood IF:21.0Q1 DOI:10.1182/blood.2022018380 PMID:36749920	研究论文	研究探讨了细胞毒性CD8+ T细胞在免疫性血小板减少症（ITP）中的作用	发现了CD8+ T细胞克隆在ITP患者中的扩展，并提出了抗体非依赖性的血小板破坏机制	NA	探索CD8+ T细胞在ITP中的作用机制	ITP患者和年龄匹配的对照组	免疫学	血液疾病	下一代测序（NGS）、单细胞RNA测序	NA	基因序列、RNA序列	ITP患者和年龄匹配的对照组
22	2024-09-23	Single-cell RNA sequencing data reveals rewiring of transcriptional relationships in Alzheimer's Disease associated with risk variants 2023-May-16, medRxiv : the preprint server for health sciences DOI:10.1101/2023.05.15.23289992 PMID:37292975	研究论文	研究使用单细胞RNA测序数据揭示了阿尔茨海默病相关风险变异对转录关系的影响	提出了通过单细胞RNA测序数据分析基因表达差异相关性来识别潜在因果基因的方法	NA	理解遗传风险变异如何影响阿尔茨海默病的病因	阿尔茨海默病患者的单细胞RNA测序数据	数字病理学	阿尔茨海默病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	超过130万个细胞
23	2024-09-20	Cultured Renal Proximal Tubular Epithelial Cells Resemble a Stressed/Damaged Kidney While Supporting BK Virus Infection 2023-05-31, Journal of virology IF:4.0Q2 DOI:10.1128/jvi.00343-23 PMID:37166336	研究论文	研究了培养的肾近端小管上皮细胞在BK病毒感染下的基因表达模式	首次比较了原代和永生化肾近端小管上皮细胞在BK病毒感染下的基因表达差异	仅限于细胞培养实验，未涉及体内实验	探讨BK病毒在肾近端小管上皮细胞中的感染机制	原代和永生化肾近端小管上皮细胞	数字病理学	NA	RNA测序	NA	基因表达数据	NA
24	2024-09-20	NPM3 as a novel oncogenic factor and poor prognostic marker contributes to cell proliferation and migration in lung adenocarcinoma 2023-May-31, Hereditas IF:2.1Q3 DOI:10.1186/s41065-023-00289-6 PMID:37254219	研究论文	研究探讨了NPM3在肺腺癌中的表达及其作为致癌因子和预后不良标志物的作用	首次揭示了NPM3在肺腺癌中的高表达与不良预后和免疫抑制微环境的关联，并证明了NPM3通过促进细胞增殖和迁移促进肺腺癌进展	研究主要基于生物信息学分析和体外实验，缺乏体内实验验证	探讨NPM3在肺腺癌肿瘤微环境中的表达和功能	NPM3在肺腺癌中的表达及其对细胞增殖和迁移的影响	数字病理学	肺癌	生物信息学工具、单细胞测序、siRNA敲低	NA	基因表达数据、单细胞数据	包括NCI-H1299和SPC-A1细胞在内的多个肺腺癌样本
25	2024-09-20	Single-cell technologies in multiple myeloma: new insights into disease pathogenesis and translational implications 2023-May-31, Biomarker research IF:9.5Q1 DOI:10.1186/s40364-023-00502-8 PMID:37259170	综述	本文综述了单细胞测序技术在多发性骨髓瘤中的应用及其对疾病发病机制和转化医学的影响	单细胞测序技术揭示了多发性骨髓瘤的细胞和分子景观，改变了我们对肿瘤间和肿瘤内异质性、肿瘤微环境和治疗抵抗机制的理解	NA	总结单细胞测序方法在多发性骨髓瘤研究中的最新进展，并讨论其在临床转化中的未来方向	多发性骨髓瘤的细胞和分子景观、肿瘤异质性、治疗反应和抵抗的机制及生物标志物	数字病理学	血液肿瘤	单细胞测序	NA	单细胞数据	NA
26	2024-09-20	Emergence of division of labor in tissues through cell interactions and spatial cues 2023-05-30, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2023.112412 PMID:37086403	研究论文	本文开发了一个计算框架，研究细胞类型群体中劳动分工的机制	提出了一个方法来构建专家细胞之间的配体-受体网络，并使用单细胞RNA测序和空间转录组学数据推断劳动分工机制	NA	研究细胞类型群体中劳动分工的机制	细胞类型群体中的劳动分工	计算生物学	NA	单细胞RNA测序 (RNA-seq) 和空间转录组学	计算框架	转录组数据	NA
27	2024-09-20	Multimodal single cell analysis infers widespread enhancer co-activity in a lymphoblastoid cell line 2023-05-26, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-023-04954-4 PMID:37237005	研究论文	本文利用单细胞技术分析了淋巴母细胞系中增强子的共活性	首次在单细胞水平上研究了增强子对同一基因的共活性，并预测了增强子之间的关联	研究仅基于单一细胞系，预测的增强子关联需要进一步的功能验证	探究增强子在基因表达调控中的共活性模式	人类淋巴母细胞系中的增强子和基因表达	基因组学	NA	单细胞ATAC-seq和单细胞RNA-seq	NA	基因表达数据和染色质状态数据	24,844个单细胞
28	2024-09-20	Subcellular spatially resolved gene neighborhood networks in single cells 2023-05-22, Cell reports methods IF:4.3Q2 DOI:10.1016/j.crmeth.2023.100476 PMID:37323566	研究论文	本文介绍了一种用于分析亚细胞基因邻近关系的空间解析基因邻域网络（spaGNN）管道	提出了一种新的空间解析基因邻域网络（spaGNN）方法，用于分析亚细胞空间转录组数据中的基因邻近关系	NA	开发一种新的方法来分析亚细胞空间转录组数据中的基因邻近关系，并展示其在细胞类型分类任务中的应用	亚细胞空间转录组数据中的基因邻近关系	数字病理学	NA	荧光原位杂交（FISH）	机器学习	图像	使用了成纤维细胞、U2-OS细胞和间充质干细胞（MSCs）的FISH数据
29	2024-09-20	Deciphering tumor ecosystems at super resolution from spatial transcriptomics with TESLA 2023-05-17, Cell systems IF:9.0Q1 DOI:10.1016/j.cels.2023.03.008 PMID:37164011	研究论文	本文介绍了一种名为TESLA的机器学习框架，用于在空间转录组学中以像素级分辨率进行组织注释	TESLA整合了组织学信息和基因表达，直接在组织学图像上注释异质性免疫和肿瘤细胞，并检测独特的肿瘤微环境特征，如三级淋巴结构	本文主要展示了TESLA在癌症中的应用，未详细探讨其在其他疾病中的应用	开发一种能够以高分辨率解析肿瘤微环境的空间转录组学方法	肿瘤微环境中的细胞群体及其丰度、组成和空间位置	机器学习	癌症	空间转录组学	机器学习框架	图像	NA
30	2024-09-20	Applying causal discovery to single-cell analyses using CausalCell 2023-05-02, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.81464 PMID:37129360	研究论文	本文介绍了CausalCell工作流程和平台，用于在单细胞分析中应用因果发现	开发了CausalCell平台，通过基准测试四种因果发现方法，并分析多个单细胞RNA测序数据集，提出在大多数情况下基于约束的PC算法与基于核的条件独立性测试效果最佳	评估和选择因果发现方法以及开发和执行适当的工作流程仍然存在挑战	将因果发现应用于单细胞分析，以解决科学问题中的因果关系	单细胞RNA测序数据中的因果交互	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	PC算法	单细胞RNA测序数据	多个单细胞RNA测序数据集
31	2024-09-20	Single-cell characteristics and malignancy regulation of alpha-fetoprotein-producing gastric cancer 2023-05, Cancer medicine IF:2.9Q2 DOI:10.1002/cam4.5883 PMID:37017469	研究论文	研究了甲胎蛋白产生型胃癌的单细胞特征及其恶性调控因子	首次在单细胞水平上描述了甲胎蛋白产生型胃癌的特征，并发现DKK1与AFP表达和恶性表型相关	NA	在单细胞水平上描述甲胎蛋白产生型胃癌的特征，并识别调控AFP表达和恶性的因子	甲胎蛋白产生型胃癌的单细胞特征及其恶性调控因子	数字病理学	胃癌	单细胞RNA测序	NA	单细胞RNA测序数据	两个甲胎蛋白产生型胃癌患者的肿瘤样本
32	2024-09-19	The hidden depths of zebrafish skin 2023-05-23, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.88597 PMID:37218526	研究论文	本文通过单细胞转录组分析揭示了斑马鱼皮肤形成的信号通路，并发现某些细胞产生的蛋白质对人类牙齿釉质的形成至关重要	首次通过单细胞转录组分析揭示了斑马鱼皮肤形成的信号通路，并发现了与人类牙齿釉质形成相关的蛋白质	NA	揭示斑马鱼皮肤形成的信号通路及其与人类牙齿釉质形成的关系	斑马鱼细胞和人类牙齿釉质形成	NA	NA	单细胞转录组分析	NA	转录组数据	NA
33	2024-09-19	Cytotoxic CNS-associated T cells drive axon degeneration by targeting perturbed oligodendrocytes in PLP1 mutant mice 2023-May-19, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2023.106698 PMID:37182098	研究论文	研究了PLP1突变小鼠中与中枢神经系统相关的细胞毒性T细胞通过靶向异常少突胶质细胞导致轴突退化的机制	首次揭示了细胞毒性CD8 T细胞在PLP1突变小鼠中通过靶向异常少突胶质细胞导致轴突退化的机制	研究主要集中在PLP1突变小鼠模型上，可能不适用于所有与髓鞘缺陷和神经炎症相关的神经系统疾病	探讨髓鞘缺陷和神经炎症条件下神经免疫相互作用机制	PLP1突变小鼠中的CD8 T细胞和少突胶质细胞	NA	NA	单细胞转录组学	NA	转录组数据	PLP1突变小鼠的CD8 T细胞和少突胶质细胞样本
34	2024-09-19	Feature selection for preserving biological trajectories in single-cell data 2023-May-12, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.05.09.540043 PMID:37214963	研究论文	本文介绍了一种名为DELVE的无监督特征选择方法，用于识别能够重现细胞轨迹的动态表达分子特征子集	DELVE采用自下而上的方法，通过建模动态特征模块来减轻不必要变异源对推断的干扰，从而与以往方法不同	NA	提高细胞轨迹推断的准确性，并揭示生物轨迹上特征之间的共变异	单细胞数据中的动态生物过程，如细胞分化、免疫反应和疾病进展	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	NA	单细胞数据	NA
35	2024-09-19	Structured Illumination Microscopy Improves Spot Detection Performance in Spatial Transcriptomics 2023-05-04, Cells IF:5.1Q2 DOI:10.3390/cells12091310 PMID:37174710	研究论文	研究了结构化照明显微镜（SIM）在空间转录组学中单基因转录检测性能的提升效果	首次探讨了结构化照明显微镜（SIM）在空间转录组学中的应用，显著提高了基因转录点的检测效率	检测效率的提升依赖于基因转录密度和物镜的数值孔径，尤其是密集聚集的点	评估结构化照明显微镜（SIM）在空间转录组学实验中对单基因转录检测性能的影响	小鼠冠状脑组织切片中的多个基因	数字病理学	NA	结构化照明显微镜（SIM）	NA	图像	小鼠冠状脑组织切片
36	2024-09-19	FISHFactor: a probabilistic factor model for spatial transcriptomics data with subcellular resolution 2023-05-04, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btad183 PMID:37039825	研究论文	本文提出了一种名为FISHFactor的概率因子模型，用于处理具有亚细胞分辨率的空间转录组数据	FISHFactor结合了空间非负因子分析和泊松点过程似然，能够直接处理单分子分辨率数据，并共享多个细胞的权重矩阵，提高了潜在变量的估计	NA	开发一种新的方法来处理具有亚细胞分辨率的空间转录组数据	空间转录组数据，特别是单分子分辨率数据	生物信息学	NA	因子分析	概率因子模型	空间转录组数据	NA
37	2024-09-19	LogBTF: gene regulatory network inference using Boolean threshold network model from single-cell gene expression data 2023-05-04, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btad256 PMID:37079737	研究论文	本文提出了一种名为LogBTF的新型嵌入式布尔阈值网络方法，用于从单细胞基因表达数据中推断基因调控网络	该方法结合了正则化逻辑回归和布尔阈值函数，有效解决了现有方法在处理时间序列数据噪声和过拟合问题上的不足	NA	从高吞吐量的单细胞RNA测序数据中推断和分析基因调控网络	基因调控网络的动态更新逻辑规则	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	布尔阈值网络模型	基因表达数据	包括一个模拟布尔值数据集、数十个模拟数据集和三个真实单细胞RNA测序数据集
38	2024-09-19	Biophysical modeling with variational autoencoders for bimodal, single-cell RNA sequencing data 2023-May-02, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.01.13.523995 PMID:36712140	研究论文	本文介绍了一种结合变分自编码器框架和双变量模型的生物物理建模方法，用于处理双模态单细胞RNA测序数据	本文提出的方法考虑了测量之间的因果关系，通过模拟基准测试证明了其在低维空间中捕捉细胞类型结构的能力，并能准确重现参数值和拷贝数分布	NA	开发一种可扩展的方法，用于识别基因表达背后的生物物理机制，并适用于处理由高通量单细胞基因组测序产生的多模态数据集	双模态单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	变分自编码器	RNA测序数据	NA
39	2024-09-19	Overlap of Genetic Loci for Central Serous Chorioretinopathy With Age-Related Macular Degeneration 2023-05-01, JAMA ophthalmology IF:7.8Q1 DOI:10.1001/jamaophthalmol.2023.0706 PMID:37079300	研究论文	研究探讨了中心性浆液性脉络膜视网膜病变（CSC）与年龄相关性黄斑变性（AMD）之间的遗传重叠	发现了三个新的CSC风险位点，并验证了两个先前报道的CSC风险位点	研究仅限于三个队列，样本量相对较小	识别CSC的新遗传风险因素，并比较CSC和AMD的遗传风险因素	中心性浆液性脉络膜视网膜病变（CSC）和年龄相关性黄斑变性（AMD）	NA	NA	全基因组关联研究（GWAS）	NA	基因表达数据	共包括1176名CSC患者和526,787名对照组
40	2024-09-11	Massively parallel base editing to map variant effects in human hematopoiesis 2023-05-25, Cell IF:45.5Q1 DOI:10.1016/j.cell.2023.03.035 PMID:37137305	研究论文	本文介绍了在人类造血干细胞和祖细胞中进行大规模并行碱基编辑筛选的方法	开发了适用于血液和免疫细胞等原代细胞的大规模并行碱基编辑筛选方法	NA	系统评估遗传变异对人类生理和疾病的影响	人类造血干细胞和祖细胞	基因工程	血液疾病	碱基编辑	NA	单细胞RNA测序	NA