单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 356 篇文献，本页显示第 301 - 320 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 301 | 2024-08-08 |
SoCube: an innovative end-to-end doublet detection algorithm for analyzing scRNA-seq data
2023-05-19, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbad104
PMID:36941114
|
研究论文 | 本文介绍了一种名为SoCube的新型深度学习算法，用于精确检测单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据中的双峰现象 | SoCube提出了一种新颖的3D复合特征嵌入策略，并构建了多核、多通道的CNN集成架构，以提高双峰检测的泛化性能 | NA | 开发一种能够精确检测scRNA-seq数据中双峰现象的新算法 | scRNA-seq数据中的双峰现象 | 机器学习 | NA | scRNA-seq | CNN | 基因表达数据 | NA |
| 302 | 2024-08-08 |
Prioritizing prognostic-associated subpopulations and individualized recurrence risk signatures from single-cell transcriptomes of colorectal cancer
2023-05-19, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbad078
PMID:36946415
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研究论文 | 本文提出了一种名为scRankXMBD的计算框架，用于从结直肠癌的单细胞转录组数据中优先识别与预后相关的细胞亚群，并开发了个体化的复发风险基因对签名。 | scRankXMBD框架通过基因对的相对表达顺序在单细胞转录组数据中优先识别预后相关细胞亚群，与现有五种方法相比，具有更高的精确度和一致性。 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）由于成本高昂，在大规模队列中的应用受限，且大多数单细胞实验缺乏临床表型信息。 | 开发一种新的计算框架，用于从单细胞转录组数据中识别结直肠癌患者的预后相关细胞亚群和个体化复发风险签名。 | 结直肠癌患者的单细胞转录组数据。 | 数字病理学 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | 计算框架 | 转录组数据 | 未明确提及具体样本数量 |
| 303 | 2024-08-08 |
Neuronal identity defines α-synuclein and tau toxicity
2023-05-17, Neuron
IF:14.7Q1
DOI:10.1016/j.neuron.2023.02.033
PMID:36948206
|
研究论文 | 本文探讨了人类大脑数据集中细胞类型特异性的α-突触核蛋白和tau表达，并利用果蝇大脑的全脑单细胞RNA测序研究了不同细胞环境对α-突触核蛋白或tau毒性的反应 | 发现了与α-突触核蛋白或tau表达水平无关的差异性神经元脆弱性，并预测了人类神经元亚型对病理性α-突触核蛋白或tau的内在易感性 | NA | 确定哪些细胞环境对α-突触核蛋白或tau毒性反应最强烈，并揭示神经退行性相关毒性蛋白的修饰因子 | 人类大脑中的α-突触核蛋白和tau表达，以及果蝇大脑中的神经元类型 | 神经科学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 超过200种活神经元类型 |
| 304 | 2024-08-08 |
The Cellular Landscape of Chronic Thromboembolic Pulmonary Hypertension Revealed by Single-Cell Sequencing: Therapeutic Implications?
2023-05-15, American journal of respiratory and critical care medicine
IF:19.3Q1
DOI:10.1164/rccm.202302-0326ED
PMID:36952236
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 305 | 2024-08-05 |
Interference of sympathetic overactivation restores limbal stem/progenitor cells function and accelerates corneal epithelial wound healing in diabetic mice
2023-May, Biomedicine & pharmacotherapy = Biomedecine & pharmacotherapie
DOI:10.1016/j.biopha.2023.114523
PMID:36931034
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研究论文 | 本文探讨了交感神经过度激活对糖尿病小鼠角膜上皮再生和角膜缘干/祖细胞功能的影响 | 首次揭示了交感神经过度激活通过NE-Adrb2-Shh信号通路影响糖尿病角膜缘干/祖细胞功能和上皮再生 | 尚未完全阐明糖尿病角膜病变的发病机制，样本限制于动物模型 | 研究交感神经过度激活在糖尿病角膜上皮再生中的作用 | 糖尿病小鼠及人类角膜中的角膜缘干/祖细胞 | 数字病理学 | 糖尿病角膜病 | 单细胞测序和实时PCR | NA | NA | 糖尿病小鼠和人类角膜样本 |
| 306 | 2024-08-05 |
Gender differences in smoking-induced changes in the tumor immune microenvironment
2023-05-01, Archives of biochemistry and biophysics
IF:3.8Q1
DOI:10.1016/j.abb.2023.109579
PMID:36933758
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研究论文 | 本研究评估了性别和吸烟对肿瘤免疫微环境的影响 | 首次揭示了吸烟对肿瘤免疫微环境的性别特异性差异 | 研究可能受到公开数据集的局限，不能完全代表所有癌症患者 | 探讨吸烟对肿瘤免疫微环境的影响与性别的关系 | 分析男性和女性癌症患者中吸烟对免疫细胞类型的影响 | 数字病理学 | NA | RNA-seq | NA | 基因组数据 | TCGA数据集（n = 2724），expO数据集（n = 1118），单细胞RNA-seq（n = 14） |
| 307 | 2024-08-05 |
METTL3 (Methyltransferase Like 3)-Dependent N6-Methyladenosine Modification on Braf mRNA Promotes Macrophage Inflammatory Response and Atherosclerosis in Mice
2023-05, Arteriosclerosis, thrombosis, and vascular biology
DOI:10.1161/ATVBAHA.122.318451
PMID:36951060
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研究论文 | 本研究探讨了METTL3对巨噬细胞中Braf mRNA的N6-甲基腺苷修饰如何促进小鼠的炎症反应和动脉粥样硬化 | 首次揭示了METTL3在巨噬细胞中促进超脂血症诱导的动脉粥样硬化和炎症反应的作用 | 本研究主要基于小鼠模型，临床相关性尚待进一步验证 | 阐明METTL3在巨噬细胞中的作用及其对动脉粥样硬化进展的影响 | 使用Mettl3fl/fl Lyz2cre Apoe-/-小鼠模型来研究巨噬细胞中的METTL3 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单细胞测序、m6A甲基化RNA免疫沉淀测序、qPCR | NA | RNA | Mettl3fl/fl Lyz2cre Apoe-/-小鼠和对照小鼠，各组涉及数十只小鼠 |
| 308 | 2024-08-08 |
Dissecting the heterogeneities of the tumor microenvironment between metastatic and nonmetastatic primary colorectal cancer patients by single-cell RNA sequencing
2023-May-01, Life sciences
IF:5.2Q1
DOI:10.1016/j.lfs.2023.121576
PMID:36933827
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术，分析了转移性和非转移性结直肠癌患者的肿瘤微环境异质性 | 揭示了转移性结直肠癌中癌细胞和成纤维细胞的特定亚型及其功能和分化特征 | 研究仅限于单细胞水平的数据分析，未涉及临床治疗效果的验证 | 深入研究结直肠癌转移的驱动因素，以提高预测和预防结直肠癌转移的方法和药物 | 转移性和非转移性结直肠癌患者的肿瘤微环境 | 数字病理学 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 50,462个单细胞来自20个原发性结直肠癌样本，包括40,910个非转移性结直肠癌细胞和9552个转移性结直肠癌细胞 |
| 309 | 2024-08-08 |
Dendritic cell subsets in cancer immunity and tumor antigen sensing
2023-05, Cellular & molecular immunology
IF:21.8Q1
DOI:10.1038/s41423-023-00990-6
PMID:36949244
|
综述 | 本文综述了树突状细胞（DCs）在癌症免疫和肿瘤抗原感知中的作用，特别是其在肿瘤微环境中捕获和激活肿瘤细胞抗原的机制及其在塑造DC功能中的角色。 | 利用scRNA-seq分析揭示了DC的表型获得、转录状态和功能程序。 | NA | 探讨树突状细胞在癌症免疫中的作用及其在肿瘤微环境中的功能。 | 树突状细胞及其在肿瘤抗原感知和免疫反应中的作用。 | 免疫学 | 癌症 | scRNA-seq | NA | 转录组数据 | NA |
| 310 | 2024-08-08 |
FPR2 Shapes an Immune-Excluded Pancreatic Tumor Microenvironment and Drives T-cell Exhaustion in a Sex-Dependent Manner
2023-05-15, Cancer research
IF:12.5Q1
DOI:10.1158/0008-5472.CAN-22-2932
PMID:36919330
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和蛋白质分析，揭示了FPR2在女性中塑造免疫排除的胰腺肿瘤微环境并驱动T细胞耗竭的作用 | 首次发现FPR2在女性中通过调节髓系细胞亚群，影响胰腺肿瘤的免疫微环境和T细胞功能 | NA | 深入理解性别驱动的免疫差异如何影响肿瘤进展和肿瘤微环境，以优化性别特异性的免疫治疗 | 胰腺肿瘤中的髓系细胞亚群和T细胞 | 数字病理学 | 胰腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 蛋白质 | 包括野生型和FPR2敲除的小鼠模型 |
| 311 | 2024-08-05 |
Gene function and cell surface protein association analysis based on single-cell multiomics data
2023-05, Computers in biology and medicine
IF:7.0Q1
DOI:10.1016/j.compbiomed.2023.106733
PMID:36924730
|
研究论文 | 这篇文章介绍了一种新的分析框架GFPA，用于从单细胞多组学数据中挖掘基因功能与细胞表面蛋白之间的关联 | 本研究提出了GFPA框架，克服了以往单细胞多组学研究中数据整合的局限，能够深入挖掘基因功能与细胞表面蛋白的可靠关联 | NA | 研究基因功能与细胞表面蛋白的关联 | 研究人类外周血单核细胞中的CD4 T细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞转录组学 | GFPA | 多组学数据 | 人类外周血单核细胞（PBMCs） |
| 312 | 2024-08-08 |
A protocol for single nucleus RNA-seq from frozen skeletal muscle
2023-05, Life science alliance
IF:3.3Q1
DOI:10.26508/lsa.202201806
PMID:36914268
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研究论文 | 本文介绍了一种用于从冷冻骨骼肌中进行单核RNA测序的新方法 | 提出了一种可靠且成本效益高的方法，适用于长时间冷冻和病理变化显著的人类骨骼肌组织 | NA | 研究人类肌肉疾病 | 人类骨骼肌组织 | 数字病理学 | 肌肉疾病 | 单核RNA测序 | NA | RNA | NA |
| 313 | 2024-08-08 |
Therapeutic strategies targeting pro-fibrotic macrophages in interstitial lung disease
2023-05, Biochemical pharmacology
IF:5.3Q1
DOI:10.1016/j.bcp.2023.115501
PMID:36921632
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综述 | 本文综述了间质性肺疾病中促纤维化巨噬细胞的作用及其特征，并探讨了通过预防或重编程巨噬细胞极性来治疗肺纤维化的可能性 | 利用单细胞RNA测序等转录组分析技术，详细描绘了促纤维化巨噬细胞的表型特征 | NA | 探讨治疗肺纤维化的新策略，特别是通过干预巨噬细胞极性 | 间质性肺疾病中的促纤维化巨噬细胞 | NA | 间质性肺疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | NA |
| 314 | 2024-08-08 |
Single cell molecular alterations reveal target cells and pathways of conditioned fear memory
2023-05-15, Brain research
IF:2.7Q3
DOI:10.1016/j.brainres.2023.148309
PMID:36870465
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术，探讨了条件性恐惧记忆（CFM）再巩固过程中海马体细胞的转录调控基因变化及其目标细胞 | 首次揭示了CFM再巩固过程中海马体细胞的转录调控基因变化，并发现了与神经退行性疾病相关基因的关联，为CFM在预防阿尔茨海默病中的作用提供了新的转录视角 | 目前的研究仅限于正常C57小鼠，需要进一步在阿尔茨海默病模型小鼠中进行研究以验证初步结论 | 探索条件性恐惧记忆再巩固过程中海马体细胞的转录调控基因变化及其目标细胞 | 海马体细胞及其在条件性恐惧记忆再巩固过程中的转录调控基因变化 | NA | 阿尔茨海默病 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 转录组 | 成年雄性C57小鼠的海马体细胞 |
| 315 | 2024-08-05 |
SCREENING OF POTENTIAL CORE GENES IN THE PERIPHERAL BLOOD OF ADULT PATIENTS WITH SEPSIS BASED ON IMMUNOREGULATION AND SIGNAL TRANSDUCTION FUNCTIONS
2023-05-01, Shock (Augusta, Ga.)
DOI:10.1097/SHK.0000000000002115
PMID:36880832
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研究论文 | 基于免疫调节和信号转导功能，筛选潜在的核心基因用于脓毒症成人患者的外周血 | 首次通过RNA-seq技术和生物信息学方法综合分析脓毒症患者外周血中的核心基因，识别和验证潜在的研究靶点 | 样本量相对较小，只包含23名脓毒症患者和10名正常志愿者，可能影响结果的泛化能力 | 筛选和验证脓毒症患者外周血中的潜在核心基因，以理解其免疫调节作用 | 脓毒症患者的外周血样本以及正常志愿者的外周血样本 | 数字病理学 | 脓毒症 | RNA-seq | NA | 基因表达数据 | 总共33个样本（脓毒症患者23个，正常志愿者10个） |
| 316 | 2024-08-05 |
Insights into the characteristics of primary radioresistant cervical cancer using single-cell transcriptomics
2023-May, Human cell
IF:3.4Q3
DOI:10.1007/s13577-023-00882-x
PMID:36867313
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研究论文 | 本研究利用单细胞转录组学探讨了原发性放射抗性宫颈癌的特征 | 开发了三种放射抗性和两种放射敏感的原发性宫颈癌细胞系，并保持了肿瘤内异质性 | 尚未提及具体的研究局限性 | 研究宫颈癌的放射抗性特征 | 来自患者标本的宫颈癌细胞系 | 数字病理学 | 宫颈癌 | 单细胞RNA测序 | CR细胞系 | 细胞系特征数据 | 五种细胞系（包括三种放射抗性和两种放射敏感） |
| 317 | 2024-08-05 |
High-resolution anatomical and spatial transcriptome analyses reveal two types of meristematic cell pools within the secondary vascular tissue of poplar stem
2023-05-01, Molecular plant
IF:17.1Q1
DOI:10.1016/j.molp.2023.03.005
PMID:36895162
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研究论文 | 本研究结合高分辨率解剖分析和空间转录组技术，定义了杨树干次生 vascular 组织中 meristematic 细胞的特征 | 研究推断出次生 vascular 组织中存在两种类型的 meristematic 样细胞池，基于高分辨率显微镜和空间转录组结果 | 在技术上对木质树干从初级到次级 vascular 组织的全貌分子特征进行表征存在挑战 | 理解 vascular 植物（如森林树木）的演化、生长和次生径向生长调节机制 | 杨树干中初级和次级 vascular 组织的发展过程中 meristematic 细胞的特征 | 数字病理学 | NA | 空间转录组技术 | NA | 基因表达数据 | 涉及转基因树和单细胞测序样本 |
| 318 | 2024-08-05 |
Cancer-specific tissue-resident memory T-cells express ZNF683 in colorectal cancer
2023-05, British journal of cancer
IF:6.4Q1
DOI:10.1038/s41416-023-02202-4
PMID:36869093
|
研究论文 | 本研究调查了组织驻留记忆T细胞在结直肠癌中的作用，并表征了癌症特异性Trm细胞 | 首次识别ZNF683作为结直肠癌特异性组织驻留记忆T细胞的候选标记物 | 样本量仅包括结直肠癌相关的免疫细胞，可能限制了研究结果的广泛适用性 | 研究组织驻留记忆T细胞在结直肠癌中的作用及其特征 | 结直肠癌组织中的CD103+/CD8+肿瘤浸润淋巴细胞 | 数字病理学 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 细胞，RNA | 17,257个结直肠癌浸润免疫细胞 |
| 319 | 2024-08-05 |
Gene Regulatory Network Inference Using Convolutional Neural Networks from scRNA-seq Data
2023-05, Journal of computational biology : a journal of computational molecular cell biology
IF:1.4Q2
DOI:10.1089/cmb.2022.0355
PMID:36877552
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研究论文 | 本文提出了一种基于卷积神经网络的基因调控网络推断方法 | 创新性地提出了一种监督卷积神经网络（CNNSE），从基因对的2D共表达矩阵中提取基因表达信息 | 没有提及具体的局限性 | 研究和改进基因调控网络的推断准确性 | 单细胞RNA测序数据中的基因表达信息 | 计算机视觉 | NA | RNA-seq | CNN | 图像 | 在模拟数据上进行测试，未提供真实样本数量 |
| 320 | 2024-08-08 |
Intestinal cell type-specific communication networks underlie homeostasis and response to Western diet
2023-05-01, The Journal of experimental medicine
IF:12.6Q1
DOI:10.1084/jem.20221437
PMID:36880999
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序和统计建模研究了肠道细胞的动态特性和潜在的细胞机制，特别是在西方饮食影响下的变化 | 揭示了新的肠道细胞亚群和发育轨迹模型，以及西方饮食对特定免疫细胞群和肠上皮细胞功能的影响 | NA | 探究肠道细胞在免疫和炎症反应中的作用，特别是在高脂高糖饮食下的影响 | 肠道细胞，包括肠上皮内淋巴细胞、固有层淋巴细胞、常规树突状细胞和肠上皮细胞 | NA | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | 统计建模 | RNA序列数据 | 涉及不同饮食（常规饮食和高脂高糖饮食）的小鼠肠道细胞样本 |