单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 356 篇文献，本页显示第 281 - 300 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 281 | 2024-08-08 |
Accurate and interpretable gene expression imputation on scRNA-seq data using IGSimpute
2023-05-19, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbad124
PMID:37039664
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研究论文 | 本文介绍了一种名为IGSimpute的方法，用于在scRNA-seq数据中准确且可解释地恢复缺失值 | IGSimpute通过引入可解释的实例级基因选择层（GSL），在保持高准确性的同时提供了可解释性 | NA | 提高scRNA-seq数据中缺失值恢复的准确性和可解释性 | scRNA-seq数据中的基因表达缺失值 | 数字病理学 | NA | scRNA-seq | NA | 基因表达数据 | 涉及17个数据集，包括心脏和大动脉以及四肢肌肉组织 | NA | NA | NA | NA |
| 282 | 2024-08-08 |
Single-Cell RNA Sequencing Reveals Unique Alterations in the Immune Panorama and Treg Subpopulations in Mice during the Late Stages of Echinococcus granulosus Infection
2023-05-16, Infection and immunity
IF:2.9Q2
DOI:10.1128/iai.00029-23
PMID:37039643
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序和免疫组库测序技术，分析了健康和感染细粒棘球蚴的小鼠脾脏及外周血单个核细胞中的53,298个细胞，揭示了感染晚期小鼠免疫全景和调节性T细胞亚群的独特改变。 | 本研究首次详细描述了细粒棘球蚴感染晚期小鼠免疫细胞的全谱变化，包括先前研究中未被重视的细胞亚群。 | NA | 研究细粒棘球蚴感染晚期小鼠免疫系统的变化，特别是调节性T细胞亚群的负向免疫调节作用。 | 健康和感染细粒棘球蚴的小鼠脾脏及外周血单个核细胞。 | 数字病理学 | 寄生虫病 | 单细胞RNA测序，免疫组库测序 | NA | 细胞 | 53,298个细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 283 | 2024-08-05 |
Recent advances in single-cell subcellular sampling
2023-May-02, Chemical communications (Cambridge, England)
DOI:10.1039/d3cc00573a
PMID:37039236
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研究论文 | 文章探讨了单细胞技术在亚细胞采样中的最新进展 | 引入了微侵入性分析工具，避免了细胞裂解，提升了活细胞分析的可行性 | 当前技术限制了广泛的单细胞追踪和应用 | 研究如何有效去除活细胞内容物以进行下游分析 | 重点关注单细胞的化学成分及其动态分析 | 数字病理学 | NA | 单细胞分析技术 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 284 | 2024-08-05 |
Deep Multi-Constraint Soft Clustering Analysis for Single-Cell RNA-Seq Data via Zero-Inflated Autoencoder Embedding
2023 May-Jun, IEEE/ACM transactions on computational biology and bioinformatics
DOI:10.1109/TCBB.2023.3240253
PMID:37022218
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研究论文 | 本研究提出了一种基于零膨胀自动编码器嵌入的单细胞多约束深度软聚类分析框架 | 提出了一种新的细胞级紧凑性约束，通过考虑相似细胞之间的关联来强调聚类之间的紧凑性 | 未提及具体的限制 | 研究单细胞RNA-seq数据的聚类问题 | 单细胞RNA测序数据 | 机器学习 | NA | 零膨胀负二项模型 | 加权软K均值算法 | 单细胞RNA测序数据 | 十一组单细胞RNA-seq数据集 | NA | NA | NA | NA |
| 285 | 2024-08-05 |
scENT for Revealing Gene Clusters From Single-Cell RNA-Seq Data
2023 May-Jun, IEEE/ACM transactions on computational biology and bioinformatics
DOI:10.1109/TCBB.2023.3242260
PMID:37022879
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研究论文 | 本文提出了一种新颖的深度学习框架scENT，用于从单细胞RNA-seq数据中识别显著的基因簇 | scENT集成了在单细胞RNA-seq数据学习过程中引入扰动，以提高其对高维数据的鲁棒性和性能 | 目前的方法尚未充分开发以探讨具有生物学意义的基因级簇 | 探索基因与人类疾病之间的关系并识别重要的基因簇 | 基于患者的阿尔茨海默病和脑转移的公共实验单细胞RNA-seq数据 | 数字病理 | 阿尔茨海默病 | 单细胞RNA测序 | 深度学习 | 基因表达数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 286 | 2024-08-05 |
Role of stemness-related genes TIMP1, PGF, and SNAI1 in the prognosis of colorectal cancer through single-cell RNA-seq
2023-05, Cancer medicine
IF:2.9Q2
DOI:10.1002/cam4.5833
PMID:37017587
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研究论文 | 本研究分析了与癌症干性相关的预后基因TIMP1、PGF和SNAI1在结直肠癌中的作用 | 识别了与结直肠癌预后相关的新的干性基因，可能成为结直肠癌的潜在治疗靶点 | 研究可能缺乏多中心验证和临床试验进一步确认 | 分析基于单细胞RNA测序数据的结直肠癌干性相关预后基因 | 研究结直肠癌（CRC）中的干性相关基因及其预后 | 数字病理学 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | 单个细胞轨迹模型 | 基因表达数据 | 7916个差异表达基因（CRC和正常组织） | NA | NA | NA | NA |
| 287 | 2024-08-08 |
ScCCL: Single-Cell Data Clustering Based on Self-Supervised Contrastive Learning
2023 May-Jun, IEEE/ACM transactions on computational biology and bioinformatics
DOI:10.1109/TCBB.2023.3241129
PMID:37022258
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研究论文 | 本文提出了一种基于自监督对比学习的单细胞数据聚类方法ScCCL | ScCCL通过随机遮蔽基因表达并添加高斯噪声，利用动量编码器结构提取特征，并在实例级和聚类级对比学习模块中应用对比学习，提高了聚类效果 | NA | 探索单细胞RNA测序数据在细胞层面的异质性，并改进聚类计算方法 | 单细胞RNA测序数据 | 数字病理学 | NA | scRNA-seq | 对比学习 | 基因表达数据 | 多个公共数据集 | NA | NA | NA | NA |
| 288 | 2024-08-08 |
A Personalized Low-Rank Subspace Clustering Method Based on Locality and Similarity Constraints for scRNA-seq Data Analysis
2023-05, IEEE journal of biomedical and health informatics
IF:6.7Q1
DOI:10.1109/JBHI.2023.3247723
PMID:37027680
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研究论文 | 本文提出了一种基于局部和相似性约束的个性化低秩子空间聚类方法PLRLS，用于单细胞RNA测序数据分析 | 引入局部结构约束以捕捉数据的局部结构信息，并利用分数函数提取细胞间的相似性信息，增强了模型的聚类性能 | NA | 开发针对scRNA-seq数据特性的聚类方法 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | scRNA-seq | 低秩表示（LRR） | 表达谱 | 实际scRNA-seq数据集 | NA | NA | NA | NA |
| 289 | 2024-08-08 |
Deciphering the immune heterogeneity dominated by natural killer cells with prognostic and therapeutic implications in hepatocellular carcinoma
2023-05, Computers in biology and medicine
IF:7.0Q1
DOI:10.1016/j.compbiomed.2023.106872
PMID:37030269
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析，识别了肝细胞癌中自然杀伤细胞的标记基因，并基于这些基因建立了预测预后和免疫治疗效果的签名 | 首次通过单细胞RNA测序技术识别了80个与预后相关的自然杀伤细胞标记基因，并建立了基于五个基因的预后签名-NKscore，用于预测肝细胞癌患者的预后和免疫治疗效果 | NA | 研究肝细胞癌中自然杀伤细胞的异质性及其对预后和治疗的影响 | 肝细胞癌患者的自然杀伤细胞及其在免疫微环境中的作用 | 数字病理学 | 肝细胞癌 | 单细胞RNA测序 | LASSO-COX和逐步回归分析 | 基因数据 | 使用TCGA-LIHC数据集进行分析 | NA | NA | NA | NA |
| 290 | 2024-08-08 |
Myocardial Biomechanics and the Consequent Differentially Expressed Genes of the Left Atrial Ligation Chick Embryonic Model of Hypoplastic Left Heart Syndrome
2023-May, Annals of biomedical engineering
IF:3.0Q3
DOI:10.1007/s10439-023-03187-0
PMID:37032398
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研究论文 | 本研究通过有限元建模和单细胞RNA测序分析了左心房结扎（LAL）鸡胚心脏模型中的心肌生物力学和基因表达变化 | 首次详细描述了LAL模型中心肌生物力学的变化及其对基因表达的影响 | NA | 旨在阐明左心发育不良综合征（HLHS）模型中的心肌生物力学和基因表达变化 | 鸡胚心脏模型中的心肌生物力学和基因表达 | 数字病理学 | 先天性心脏病 | 有限元建模，单细胞RNA测序 | 有限元模型 | 图像，基因表达数据 | 鸡胚心脏样本，包括LAL和对照组 | NA | NA | NA | NA |
| 291 | 2024-08-05 |
Single-cell transcriptomics reveals the interaction between peripheral CD4+ CTLs and mesencephalic endothelial cells mediated by IFNG in Parkinson's disease
2023-05, Computers in biology and medicine
IF:7.0Q1
DOI:10.1016/j.compbiomed.2023.106801
PMID:36989741
|
研究论文 | 本研究探讨了帕金森病中外周CD4+细胞毒T细胞与中脑内皮细胞之间的相互作用及IFNG的介导作用 | 首次揭示了外周CD4 CTLs在帕金森病中影响血脑屏障功能的具体机制 | 尚未明确CD4 T细胞类型在系统性炎症中的确切表型特征 | 阐明T细胞在帕金森病中如何影响血脑屏障的机制 | 帕金森病患者的外周CD4 CTLs及其与中脑内皮细胞的相互作用 | 数字病理学 | 帕金森病 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | 细胞 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 292 | 2024-08-05 |
scBKAP: A Clustering Model for Single-Cell RNA-Seq Data Based on Bisecting K-Means
2023 May-Jun, IEEE/ACM transactions on computational biology and bioinformatics
DOI:10.1109/TCBB.2022.3230098
PMID:37015596
|
研究论文 | 本文提出了一种基于分裂K均值的单细胞RNA测序数据聚类模型scBKAP | scBKAP结合了自编码网络与MPDR模型，能有效解决现有方法的高遗漏率和高维度问题 | 本文未提及对不同类型数据集的适应性和泛化能力的验证 | 发展一种新的聚类方法以改善单细胞RNA-seq数据的处理和分析 | 针对单细胞RNA测序数据进行集群分析 | 机器学习 | NA | RNA-seq | 自编码器和分裂K均值 | 基因表达数据 | 21个公共单细胞RNA-seq数据集和模拟数据集 | NA | NA | NA | NA |
| 293 | 2024-08-05 |
ITGA5 promotes tumor angiogenesis in cervical cancer
2023-05, Cancer medicine
IF:2.9Q2
DOI:10.1002/cam4.5873
PMID:36999964
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研究论文 | 本研究探讨了整合素α5（ITGA5）在宫颈癌中的肿瘤血管生成作用 | 证实了ITGA5与宫颈癌患者预后之间的相关性，并揭示其在肿瘤细胞中的血管生成机制 | 研究可能受限于样本选择以及对ITGA5功能的细致机制阐述不足 | 探究ITGA5在宫颈癌进展中的作用及其对患者预后的影响 | 155例人类宫颈癌组织样本及单细胞RNA-seq数据 | 数字病理学 | 宫颈癌 | 免疫组化法、qRT-PCR、西方印迹、ELISA、免疫荧光 | NA | 组织样本、基因表达数据 | 155个宫颈癌组织样本 | NA | NA | NA | NA |
| 294 | 2024-08-08 |
KRT13-expressing epithelial cell population predicts better response to chemotherapy and immunotherapy in bladder cancer: Comprehensive evidences based on BCa database
2023-05, Computers in biology and medicine
IF:7.0Q1
DOI:10.1016/j.compbiomed.2023.106795
PMID:36989746
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术评估了高表达角蛋白13（KRT13）的上皮细胞群对膀胱癌（BCa）治疗反应的预测能力，并构建了基于KRT13群体基因特征的人工神经网络预测模型。 | 首次发现KRT13高表达的上皮细胞群能预测膀胱癌患者对新辅助化疗和免疫检查点治疗的更好反应，并开发了一个开放访问的BCa数据库。 | NA | 研究KRT13表达的上皮细胞群在膀胱癌治疗中的预测作用。 | 膀胱癌患者对新辅助化疗和免疫检查点治疗的反应。 | 数字病理学 | 膀胱癌 | 单细胞RNA测序 | 人工神经网络 | 基因数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 295 | 2024-08-08 |
Comprehensive analysis of arachidonic acid metabolism-related genes in diagnosis and synovial immune in osteoarthritis: based on bulk and single-cell RNA sequencing data
2023-May, Inflammation research : official journal of the European Histamine Research Society ... [et al.]
IF:4.8Q2
DOI:10.1007/s00011-023-01720-4
PMID:36995411
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研究论文 | 本文通过综合分析探讨了花生四烯酸代谢相关基因在骨关节炎滑膜中的作用，并基于大量和单细胞RNA测序数据构建了骨关节炎的诊断模型。 | 本文首次揭示了花生四烯酸代谢途径相关基因在骨关节炎滑膜炎症中的作用，并构建了基于这些基因的骨关节炎诊断模型。 | NA | 探讨花生四烯酸代谢相关基因在骨关节炎滑膜中的作用及其在骨关节炎诊断中的应用。 | 骨关节炎滑膜中的花生四烯酸代谢相关基因。 | 数字病理学 | 骨关节炎 | RNA测序 | NA | RNA | 30名骨关节炎患者 | NA | NA | NA | NA |
| 296 | 2024-08-08 |
CCL17 acts as an antitumor chemokine in micromilieu-driven immune skewing
2023-May, International immunopharmacology
IF:4.8Q1
DOI:10.1016/j.intimp.2023.110078
PMID:37001380
|
研究论文 | 本文研究了CCL17在肿瘤微环境中的抗肿瘤作用及其机制 | 首次提供了CCL17通过招募传统T细胞、NKT细胞和NK细胞发挥抗肿瘤功能的直接证据 | 研究主要基于小鼠模型和数据库分析，需要进一步的人体临床研究验证 | 探讨CCL17在肿瘤微环境中的直接作用及其功能状态 | CCL17、CCL22及其受体CCR4在肿瘤微环境中的作用 | 数字病理学 | 淋巴瘤 | scRNA-seq, bulk RNA-seq | NA | RNA序列 | 使用了Balb/C小鼠、Nude小鼠和NSG小鼠三种模型，以及TCGA数据库中的癌症患者数据 | NA | NA | NA | NA |
| 297 | 2024-08-08 |
Systemic immune dysregulation in severe tuberculosis patients revealed by a single-cell transcriptome atlas
2023-05, The Journal of infection
IF:14.3Q1
DOI:10.1016/j.jinf.2023.03.020
PMID:37003521
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组图谱揭示了严重结核病患者中的系统性免疫失调 | 首次通过单细胞RNA转录组和T/B细胞受体测序，全面分析了不同严重程度的结核病患者的免疫景观 | 研究样本量相对较小，可能需要更大规模的研究来验证结果 | 旨在揭示结核病，尤其是严重结核病患者的免疫机制，为治疗策略的设计提供依据 | 27个样本中的213,358个细胞，包括健康捐赠者和不同严重程度的结核病患者 | 数字病理学 | 结核病 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 27个样本，包括6名健康捐赠者和21名活动性结核病患者（6名轻度，6名中度和9名重度病例） | NA | NA | NA | NA |
| 298 | 2024-08-08 |
Live-attenuated vaccine sCPD9 elicits superior mucosal and systemic immunity to SARS-CoV-2 variants in hamsters
2023-05, Nature microbiology
IF:20.5Q1
DOI:10.1038/s41564-023-01352-8
PMID:37012419
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研究论文 | 本文比较了mRNA疫苗BNT162b2、腺病毒载体疫苗Ad2-spike和减毒活疫苗候选物sCPD9在叙利亚仓鼠中的免疫反应和临床前疗效 | 研究表明，减毒活疫苗sCPD9诱导了最强大的免疫反应，包括快速病毒清除、减少组织损伤、快速分化前浆细胞、强烈的系统性和黏膜体液反应，以及在挑战异源SARS-CoV-2后快速回忆肺组织中的记忆T细胞 | NA | 研究旨在比较不同COVID-19疫苗对SARS-CoV-2变种的免疫效果 | 叙利亚仓鼠 | 疫苗学 | COVID-19 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 叙利亚仓鼠 | NA | NA | NA | NA |
| 299 | 2024-08-08 |
Integrative analysis of multi-omics data to identify three immune-related genes in the formation and progression of intracranial aneurysms
2023-May, Inflammation research : official journal of the European Histamine Research Society ... [et al.]
IF:4.8Q2
DOI:10.1007/s00011-023-01725-z
PMID:37014439
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研究论文 | 本研究通过综合分析多组学数据，识别与颅内动脉瘤形成和进展相关的三个免疫相关基因 | 构建了一个由三个基因（CXCR4、S100B和OSM）组成的模型，该模型在鉴别动脉瘤与对照样本方面显示出良好的诊断价值 | NA | 识别与颅内动脉瘤形成相关的关键生物标志物 | 颅内动脉瘤的形成和进展 | 生物信息学 | 颅内动脉瘤 | 多组学数据分析 | LASSO逻辑回归 | 基因表达数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 300 | 2024-08-08 |
Clustering Single-Cell RNA Sequence Data Using Information Maximized and Noise-Invariant Representations
2023 May-Jun, IEEE/ACM transactions on computational biology and bioinformatics
DOI:10.1109/TCBB.2022.3227202
PMID:37015582
|
研究论文 | 本文提出了一种名为sc-INDC的深度神经网络，用于学习单细胞RNA测序数据的信息最大化且噪声不变的表示，并进行聚类 | sc-INDC模型通过学习信息最大化且噪声不变的表示，有效克服了单细胞RNA测序数据中的噪声影响，并显著降低了时间复杂度 | NA | 克服单细胞RNA测序数据中的噪声和计算挑战，提高聚类效率 | 单细胞RNA测序数据 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 深度神经网络 | RNA序列数据 | 14个公开可用的单细胞RNA测序数据集 | NA | NA | NA | NA |