单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
281	2024-08-05	scENT for Revealing Gene Clusters From Single-Cell RNA-Seq Data 2023 May-Jun, IEEE/ACM transactions on computational biology and bioinformatics DOI:10.1109/TCBB.2023.3242260 PMID:37022879	研究论文	本文提出了一种新颖的深度学习框架scENT，用于从单细胞RNA-seq数据中识别显著的基因簇	scENT集成了在单细胞RNA-seq数据学习过程中引入扰动，以提高其对高维数据的鲁棒性和性能	目前的方法尚未充分开发以探讨具有生物学意义的基因级簇	探索基因与人类疾病之间的关系并识别重要的基因簇	基于患者的阿尔茨海默病和脑转移的公共实验单细胞RNA-seq数据	数字病理	阿尔茨海默病	单细胞RNA测序	深度学习	基因表达数据	NA
282	2024-08-05	Role of stemness-related genes TIMP1, PGF, and SNAI1 in the prognosis of colorectal cancer through single-cell RNA-seq 2023-05, Cancer medicine IF:2.9Q2 DOI:10.1002/cam4.5833 PMID:37017587	研究论文	本研究分析了与癌症干性相关的预后基因TIMP1、PGF和SNAI1在结直肠癌中的作用	识别了与结直肠癌预后相关的新的干性基因，可能成为结直肠癌的潜在治疗靶点	研究可能缺乏多中心验证和临床试验进一步确认	分析基于单细胞RNA测序数据的结直肠癌干性相关预后基因	研究结直肠癌（CRC）中的干性相关基因及其预后	数字病理学	结直肠癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	单个细胞轨迹模型	基因表达数据	7916个差异表达基因（CRC和正常组织）
283	2024-08-08	ScCCL: Single-Cell Data Clustering Based on Self-Supervised Contrastive Learning 2023 May-Jun, IEEE/ACM transactions on computational biology and bioinformatics DOI:10.1109/TCBB.2023.3241129 PMID:37022258	研究论文	本文提出了一种基于自监督对比学习的单细胞数据聚类方法ScCCL	ScCCL通过随机遮蔽基因表达并添加高斯噪声，利用动量编码器结构提取特征，并在实例级和聚类级对比学习模块中应用对比学习，提高了聚类效果	NA	探索单细胞RNA测序数据在细胞层面的异质性，并改进聚类计算方法	单细胞RNA测序数据	数字病理学	NA	scRNA-seq	对比学习	基因表达数据	多个公共数据集
284	2024-08-08	A Personalized Low-Rank Subspace Clustering Method Based on Locality and Similarity Constraints for scRNA-seq Data Analysis 2023-05, IEEE journal of biomedical and health informatics IF:6.7Q1 DOI:10.1109/JBHI.2023.3247723 PMID:37027680	研究论文	本文提出了一种基于局部和相似性约束的个性化低秩子空间聚类方法PLRLS，用于单细胞RNA测序数据分析	引入局部结构约束以捕捉数据的局部结构信息，并利用分数函数提取细胞间的相似性信息，增强了模型的聚类性能	NA	开发针对scRNA-seq数据特性的聚类方法	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	scRNA-seq	低秩表示（LRR）	表达谱	实际scRNA-seq数据集
285	2024-08-08	Deciphering the immune heterogeneity dominated by natural killer cells with prognostic and therapeutic implications in hepatocellular carcinoma 2023-05, Computers in biology and medicine IF:7.0Q1 DOI:10.1016/j.compbiomed.2023.106872 PMID:37030269	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析，识别了肝细胞癌中自然杀伤细胞的标记基因，并基于这些基因建立了预测预后和免疫治疗效果的签名	首次通过单细胞RNA测序技术识别了80个与预后相关的自然杀伤细胞标记基因，并建立了基于五个基因的预后签名-NKscore，用于预测肝细胞癌患者的预后和免疫治疗效果	NA	研究肝细胞癌中自然杀伤细胞的异质性及其对预后和治疗的影响	肝细胞癌患者的自然杀伤细胞及其在免疫微环境中的作用	数字病理学	肝细胞癌	单细胞RNA测序	LASSO-COX和逐步回归分析	基因数据	使用TCGA-LIHC数据集进行分析
286	2024-08-08	Myocardial Biomechanics and the Consequent Differentially Expressed Genes of the Left Atrial Ligation Chick Embryonic Model of Hypoplastic Left Heart Syndrome 2023-May, Annals of biomedical engineering IF:3.0Q3 DOI:10.1007/s10439-023-03187-0 PMID:37032398	研究论文	本研究通过有限元建模和单细胞RNA测序分析了左心房结扎（LAL）鸡胚心脏模型中的心肌生物力学和基因表达变化	首次详细描述了LAL模型中心肌生物力学的变化及其对基因表达的影响	NA	旨在阐明左心发育不良综合征（HLHS）模型中的心肌生物力学和基因表达变化	鸡胚心脏模型中的心肌生物力学和基因表达	数字病理学	先天性心脏病	有限元建模，单细胞RNA测序	有限元模型	图像，基因表达数据	鸡胚心脏样本，包括LAL和对照组
287	2024-08-05	Single-cell transcriptomics reveals the interaction between peripheral CD4+ CTLs and mesencephalic endothelial cells mediated by IFNG in Parkinson's disease 2023-05, Computers in biology and medicine IF:7.0Q1 DOI:10.1016/j.compbiomed.2023.106801 PMID:36989741	研究论文	本研究探讨了帕金森病中外周CD4+细胞毒T细胞与中脑内皮细胞之间的相互作用及IFNG的介导作用	首次揭示了外周CD4 CTLs在帕金森病中影响血脑屏障功能的具体机制	尚未明确CD4 T细胞类型在系统性炎症中的确切表型特征	阐明T细胞在帕金森病中如何影响血脑屏障的机制	帕金森病患者的外周CD4 CTLs及其与中脑内皮细胞的相互作用	数字病理学	帕金森病	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	细胞	NA
288	2024-08-05	scBKAP: A Clustering Model for Single-Cell RNA-Seq Data Based on Bisecting K-Means 2023 May-Jun, IEEE/ACM transactions on computational biology and bioinformatics DOI:10.1109/TCBB.2022.3230098 PMID:37015596	研究论文	本文提出了一种基于分裂K均值的单细胞RNA测序数据聚类模型scBKAP	scBKAP结合了自编码网络与MPDR模型，能有效解决现有方法的高遗漏率和高维度问题	本文未提及对不同类型数据集的适应性和泛化能力的验证	发展一种新的聚类方法以改善单细胞RNA-seq数据的处理和分析	针对单细胞RNA测序数据进行集群分析	机器学习	NA	RNA-seq	自编码器和分裂K均值	基因表达数据	21个公共单细胞RNA-seq数据集和模拟数据集
289	2024-08-05	ITGA5 promotes tumor angiogenesis in cervical cancer 2023-05, Cancer medicine IF:2.9Q2 DOI:10.1002/cam4.5873 PMID:36999964	研究论文	本研究探讨了整合素α5（ITGA5）在宫颈癌中的肿瘤血管生成作用	证实了ITGA5与宫颈癌患者预后之间的相关性，并揭示其在肿瘤细胞中的血管生成机制	研究可能受限于样本选择以及对ITGA5功能的细致机制阐述不足	探究ITGA5在宫颈癌进展中的作用及其对患者预后的影响	155例人类宫颈癌组织样本及单细胞RNA-seq数据	数字病理学	宫颈癌	免疫组化法、qRT-PCR、西方印迹、ELISA、免疫荧光	NA	组织样本、基因表达数据	155个宫颈癌组织样本
290	2024-08-08	KRT13-expressing epithelial cell population predicts better response to chemotherapy and immunotherapy in bladder cancer: Comprehensive evidences based on BCa database 2023-05, Computers in biology and medicine IF:7.0Q1 DOI:10.1016/j.compbiomed.2023.106795 PMID:36989746	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术评估了高表达角蛋白13（KRT13）的上皮细胞群对膀胱癌（BCa）治疗反应的预测能力，并构建了基于KRT13群体基因特征的人工神经网络预测模型。	首次发现KRT13高表达的上皮细胞群能预测膀胱癌患者对新辅助化疗和免疫检查点治疗的更好反应，并开发了一个开放访问的BCa数据库。	NA	研究KRT13表达的上皮细胞群在膀胱癌治疗中的预测作用。	膀胱癌患者对新辅助化疗和免疫检查点治疗的反应。	数字病理学	膀胱癌	单细胞RNA测序	人工神经网络	基因数据	NA
291	2024-08-08	Comprehensive analysis of arachidonic acid metabolism-related genes in diagnosis and synovial immune in osteoarthritis: based on bulk and single-cell RNA sequencing data 2023-May, Inflammation research : official journal of the European Histamine Research Society ... [et al.] IF:4.8Q2 DOI:10.1007/s00011-023-01720-4 PMID:36995411	研究论文	本文通过综合分析探讨了花生四烯酸代谢相关基因在骨关节炎滑膜中的作用，并基于大量和单细胞RNA测序数据构建了骨关节炎的诊断模型。	本文首次揭示了花生四烯酸代谢途径相关基因在骨关节炎滑膜炎症中的作用，并构建了基于这些基因的骨关节炎诊断模型。	NA	探讨花生四烯酸代谢相关基因在骨关节炎滑膜中的作用及其在骨关节炎诊断中的应用。	骨关节炎滑膜中的花生四烯酸代谢相关基因。	数字病理学	骨关节炎	RNA测序	NA	RNA	30名骨关节炎患者
292	2024-08-08	CCL17 acts as an antitumor chemokine in micromilieu-driven immune skewing 2023-May, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2023.110078 PMID:37001380	研究论文	本文研究了CCL17在肿瘤微环境中的抗肿瘤作用及其机制	首次提供了CCL17通过招募传统T细胞、NKT细胞和NK细胞发挥抗肿瘤功能的直接证据	研究主要基于小鼠模型和数据库分析，需要进一步的人体临床研究验证	探讨CCL17在肿瘤微环境中的直接作用及其功能状态	CCL17、CCL22及其受体CCR4在肿瘤微环境中的作用	数字病理学	淋巴瘤	scRNA-seq, bulk RNA-seq	NA	RNA序列	使用了Balb/C小鼠、Nude小鼠和NSG小鼠三种模型，以及TCGA数据库中的癌症患者数据
293	2024-08-08	Systemic immune dysregulation in severe tuberculosis patients revealed by a single-cell transcriptome atlas 2023-05, The Journal of infection IF:14.3Q1 DOI:10.1016/j.jinf.2023.03.020 PMID:37003521	研究论文	本研究通过单细胞转录组图谱揭示了严重结核病患者中的系统性免疫失调	首次通过单细胞RNA转录组和T/B细胞受体测序，全面分析了不同严重程度的结核病患者的免疫景观	研究样本量相对较小，可能需要更大规模的研究来验证结果	旨在揭示结核病，尤其是严重结核病患者的免疫机制，为治疗策略的设计提供依据	27个样本中的213,358个细胞，包括健康捐赠者和不同严重程度的结核病患者	数字病理学	结核病	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	27个样本，包括6名健康捐赠者和21名活动性结核病患者（6名轻度，6名中度和9名重度病例）
294	2024-08-08	Live-attenuated vaccine sCPD9 elicits superior mucosal and systemic immunity to SARS-CoV-2 variants in hamsters 2023-05, Nature microbiology IF:20.5Q1 DOI:10.1038/s41564-023-01352-8 PMID:37012419	研究论文	本文比较了mRNA疫苗BNT162b2、腺病毒载体疫苗Ad2-spike和减毒活疫苗候选物sCPD9在叙利亚仓鼠中的免疫反应和临床前疗效	研究表明，减毒活疫苗sCPD9诱导了最强大的免疫反应，包括快速病毒清除、减少组织损伤、快速分化前浆细胞、强烈的系统性和黏膜体液反应，以及在挑战异源SARS-CoV-2后快速回忆肺组织中的记忆T细胞	NA	研究旨在比较不同COVID-19疫苗对SARS-CoV-2变种的免疫效果	叙利亚仓鼠	疫苗学	COVID-19	单细胞RNA测序	NA	RNA	叙利亚仓鼠
295	2024-08-08	Integrative analysis of multi-omics data to identify three immune-related genes in the formation and progression of intracranial aneurysms 2023-May, Inflammation research : official journal of the European Histamine Research Society ... [et al.] IF:4.8Q2 DOI:10.1007/s00011-023-01725-z PMID:37014439	研究论文	本研究通过综合分析多组学数据，识别与颅内动脉瘤形成和进展相关的三个免疫相关基因	构建了一个由三个基因（CXCR4、S100B和OSM）组成的模型，该模型在鉴别动脉瘤与对照样本方面显示出良好的诊断价值	NA	识别与颅内动脉瘤形成相关的关键生物标志物	颅内动脉瘤的形成和进展	生物信息学	颅内动脉瘤	多组学数据分析	LASSO逻辑回归	基因表达数据	NA
296	2024-08-08	Clustering Single-Cell RNA Sequence Data Using Information Maximized and Noise-Invariant Representations 2023 May-Jun, IEEE/ACM transactions on computational biology and bioinformatics DOI:10.1109/TCBB.2022.3227202 PMID:37015582	研究论文	本文提出了一种名为sc-INDC的深度神经网络，用于学习单细胞RNA测序数据的信息最大化且噪声不变的表示，并进行聚类	sc-INDC模型通过学习信息最大化且噪声不变的表示，有效克服了单细胞RNA测序数据中的噪声影响，并显著降低了时间复杂度	NA	克服单细胞RNA测序数据中的噪声和计算挑战，提高聚类效率	单细胞RNA测序数据	机器学习	NA	单细胞RNA测序	深度神经网络	RNA序列数据	14个公开可用的单细胞RNA测序数据集
297	2024-08-08	MCPIP1 restrains mucosal inflammation by orchestrating the intestinal monocyte to macrophage maturation via an ATF3-AP1S2 axis 2023-05, Gut IF:23.0Q1 DOI:10.1136/gutjnl-2022-327183 PMID:37015751	研究论文	本文研究了MCPIP1在调节肠道巨噬细胞分化和功能中的作用，以及其在炎症性肠病（IBD）发病机制中的影响。	揭示了MCPIP1通过ATF3-AP1S2轴调控肠道巨噬细胞成熟的新机制。	NA	探究MCPIP1在调节肠道巨噬细胞功能中的作用及其在IBD发病机制中的影响。	MCPIP1在肠道巨噬细胞分化和功能中的作用。	免疫学	炎症性肠病	ScRNA-seq, RNA-seq, 荧光素酶 assay, CUT&Tag assay, 蛋白质印迹	NA	单细胞RNA测序数据	Mcpip1 ∆Mye小鼠和Mcpip1 fl/fl同窝小鼠，以及IBD患者。
298	2024-08-08	Bayesian cluster analysis 2023-May-15, Philosophical transactions. Series A, Mathematical, physical, and engineering sciences DOI:10.1098/rsta.2022.0149 PMID:36970819	研究论文	本文概述了贝叶斯聚类分析方法，包括基于模型和基于损失的方法，并讨论了核函数或损失选择以及先验设定的重要性	贝叶斯聚类分析不仅提供点估计，还提供聚类结构和每个聚类内模式的不确定性	文章讨论了有限混合和无限混合在基于模型方法中的争议以及对模型误设的稳健性，但主要关注的是边际后验的聚类数量	研究贝叶斯聚类分析在单细胞RNA测序数据中识别潜在细胞类型以研究胚胎细胞发育的应用	单细胞RNA测序数据中的细胞聚类和潜在细胞类型	机器学习	NA	单细胞RNA测序	贝叶斯模型	数据	NA
299	2024-08-08	Epithelial cells activate fibroblasts to promote esophageal cancer development 2023-05-08, Cancer cell IF:48.8Q1 DOI:10.1016/j.ccell.2023.03.001 PMID:36963399	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和空间转录组学分析，揭示了食管鳞状细胞癌（ESCC）发展过程中上皮细胞和成纤维细胞之间的信号交流机制。	首次报道了ANXA1在上皮细胞中的表达逐渐减少，并通过FPR2受体影响成纤维细胞的稳态，进而促进ESCC的发展。	研究样本仅来自29名患者，可能影响结果的普遍性。	探讨食管鳞状细胞癌发展过程中上皮细胞和成纤维细胞之间的信号交流机制。	食管鳞状细胞癌的多阶段病变。	数字病理学	食管癌	单细胞RNA测序	NA	转录组	79个多阶段食管病变样本
300	2024-08-05	TAK1 deficiency promotes liver injury and tumorigenesis via ferroptosis and macrophage cGAS-STING signalling 2023-May, JHEP reports : innovation in hepatology IF:9.5Q1 DOI:10.1016/j.jhepr.2023.100695 PMID:36968217	研究论文	这篇文章探讨了肝细胞缺失TAK1如何通过铁死亡和巨噬细胞cGAS-STING信号通路促进肝损伤和肿瘤发生	文章首次揭示了肝细胞铁死亡引起的氧化DNA损伤如何促进巨噬细胞STING激活，从而加剧肝损伤和肿瘤生成	缺乏对肝细胞铁死亡与巨噬细胞STING激活之间精确机制的深入探讨	研究肝细胞铁死亡在自发性肝损伤、纤维化和肿瘤发生中的作用	TAK1缺失的小鼠模型及体外的主要肝细胞和巨噬细胞	数字病理学	肝癌	RNA-Seq	NA	生物样本	TAK1ΔHEP小鼠