单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 356 篇文献，本页显示第 241 - 260 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 241 | 2024-08-08 |
Expansion of macrophage and liver sinusoidal endothelial cell subpopulations during non-alcoholic steatohepatitis progression
2023-May-19, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2023.106572
PMID:37124414
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序探索了非酒精性脂肪性肝炎（NASH）进展过程中肝脏非实质细胞（NPCs）的异质性，并识别了与NASH进展相关的特定亚群。 | 发现了一种具有潜在调节巨噬细胞积累和促进NASH发展功能的Itgad/Fcrl5巨噬细胞亚群，以及可能参与病理性血管生成和炎症调节的Egr1和Ly6a肝窦内皮细胞（LSECs）亚群。 | NA | 探索非酒精性脂肪性肝炎（NASH）进展中肝脏非实质细胞的异质性并识别特定亚群。 | 肝脏非实质细胞（NPCs）及其在NASH进展中的作用。 | NA | 非酒精性脂肪性肝炎 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | NA |
| 242 | 2024-08-08 |
Direct neuronal reprogramming by temporal identity factors
2023-05-09, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2122168120
PMID:37126716
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研究论文 | 研究通过条件基因表达系统，探索时间身份转录因子在终末分化细胞中的神经重编程能力 | 首次发现早期时间身份转录因子Ikzf1和Ikzf4能够直接将Müller胶质细胞转化为iONL细胞，并能在体外将胚胎成纤维细胞重编程为诱导神经元 | NA | 探究时间身份因子是否能重编程终末分化细胞的身份 | 小鼠视网膜胶质细胞和胚胎成纤维细胞 | 神经科学 | NA | 条件基因表达系统，遗传谱系追踪，免疫组织化学，单细胞转录组和多组学分析 | NA | 细胞 | 小鼠视网膜胶质细胞和胚胎成纤维细胞 |
| 243 | 2024-08-08 |
BUSZ: compressed BUS files
2023-05-04, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btad295
PMID:37129540
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研究论文 | 本文描述了一种针对BUS文件的压缩方案及其在BUStools软件中的实现 | 该压缩算法在保持比gzip更小的文件大小的同时，实现了更快的压缩和解压缩速度 | NA | 开发一种高效的BUS文件压缩算法 | 533个来自scRNA-seq实验的BUS文件 | NA | NA | NA | NA | 文件 | 533个BUS文件，总大小为1TB |
| 244 | 2024-08-05 |
Improved T cell receptor antigen pairing through data-driven filtering of sequencing information from single cells
2023-05-03, eLife
IF:6.4Q1
DOI:10.7554/eLife.81810
PMID:37133356
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研究论文 | 本文提出了一种数据驱动的方法以改进T细胞受体（TCR）抗原配对。 | 该研究创新性地开发了ITRAP方法，有效过滤了单细胞测序数据中的技术伪影，提升了TCR-pMHC序列数据的特异性和灵敏度。 | 研究中未提及样本的长期验证和在不同生物背景下的适用性。 | 本研究旨在通过优化数据处理来提升T细胞受体及其对应抗原配对分析的准确性。 | 研究对象为16名健康供体的10种不同病毒特异性T细胞反应。 | 数字病理学 | NA | 单细胞测序（SCseq） | NA | 序列数据 | 4135个单细胞 |
| 245 | 2024-08-05 |
Explainable multi-task learning for multi-modality biological data analysis
2023-05-03, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-023-37477-x
PMID:37137905
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研究论文 | 本文提出了一种可解释的多任务深度神经网络UnitedNet，用于分析单细胞多模态数据 | 此研究提出的UnitedNet能够整合多种分析任务，提供对单细胞多模态生物数据的全面分析 | 目前方法可能仍然无法处理所有类型的生物数据，未提及具体的局限性 | 研究旨在通过多模态数据分析深入理解基因调控如何驱动生物多样性 | 本文研究对象为单细胞多模态生物数据 | 数字病理学 | NA | 深度学习 | 多任务深度神经网络 | 多模态数据 | 应用于多种多模态数据集（如Patch-seq、多重ATAC+基因表达和空间转录组学） |
| 246 | 2024-08-05 |
scRNASequest: an ecosystem of scRNA-seq analysis, visualization, and publishing
2023-May-02, BMC genomics
IF:3.5Q2
DOI:10.1186/s12864-023-09332-2
PMID:37131143
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研究论文 | 本文介绍了scRNASequest，一个用于单细胞RNA-seq数据分析、可视化和发布的半自动化工作流程 | 创新点在于提供了一个端到端的分析流程，支持多种数据预处理和细胞类型标签转移方法 | 尚未提到具体的限制 | 旨在实现单细胞RNA测序数据分析的标准化和自动化，以发现生物学见解 | 针对单细胞RNA-seq数据进行处理和分析 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA-seq数据 | NA |
| 247 | 2024-08-05 |
An optimized graph-based structure for single-cell RNA-seq cell-type classification based on non-linear dimension reduction
2023-May-02, BMC genomics
IF:3.5Q2
DOI:10.1186/s12864-023-09344-y
PMID:37127578
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研究论文 | 本文提出了一种用于单细胞RNA测序数据的新的聚类方法SCEA | SCEA利用基于MLP的编码器和图注意力自动编码器实现细胞和基因嵌入，能够同时获得细胞低维表示和聚类结果 | 尚未提及该方法在不同类型数据上的适用性 | 本研究旨在提高单细胞RNA测序数据的聚类准确性 | 研究对象为单细胞RNA测序(scRNA-seq)数据集 | 数字病理学 | NA | RNA-seq | MLP, 图注意力自动编码器 | 数据集 | 多个真实的scRNA-seq数据集 |
| 248 | 2024-08-05 |
Understanding Long-Term Survival of Patients with Ovarian Cancer-The Tumor Microenvironment Comes to the Forefront
2023-05-02, Cancer research
IF:12.5Q1
DOI:10.1158/0008-5472.CAN-23-0333
PMID:37128849
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研究论文 | 本研究探讨了影响卵巢癌患者长期生存的肿瘤微环境因素 | 首次使用空间转录组学和单细胞RNA测序技术研究卵巢癌患者的肿瘤微环境 | 未能找到统一的解释说明不同患者生存率差异的原因 | 理解高等级浆液性卵巢癌患者的长期生存的生物学基础 | 研究高等级浆液性卵巢癌患者的肿瘤微环境和相关细胞群体 | 数字病理学 | 卵巢癌 | 空间转录组学和单细胞RNA测序 | NA | 组织样本 | 长短期生存者的卵巢肿瘤样本 |
| 249 | 2024-08-05 |
Protocol to assess fatal embolism risks from human stem cells
2023-May-01, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2023.102268
PMID:37133989
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研究论文 | 本文介绍了一种识别和预测人类脂肪来源多能间充质干细胞（ADSCs）形成致命栓塞风险的协议 | 创新之处在于开发了一个数学模型来预测ADSC的栓塞风险 | NA | 本研究旨在增强干细胞质量评估和临床应用的预测能力 | 研究对象为人类脂肪来源的多能间充质干细胞（ADSCs） | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | 数学模型 | RNA-seq数据 | NA |
| 250 | 2024-08-05 |
Spatial transcriptomic analysis of Sonic hedgehog medulloblastoma identifies that the loss of heterogeneity and promotion of differentiation underlies the response to CDK4/6 inhibition
2023-05-01, Genome medicine
IF:10.4Q1
DOI:10.1186/s13073-023-01185-4
PMID:37127652
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研究论文 | 该研究利用空间转录组学分析了Sonic hedgehog medulloblastoma，揭示了异质性丧失和分化促进与CDK4/6抑制剂反应的关系 | 创新点在于整合空间基因表达与组织病理学注释，首次在肿瘤内细胞层面上描绘了CDK4/6抑制剂的反应 | 该研究未详细探讨不同肿瘤亚组间的反应差异 | 研究的目的是理解Sonic hedgehog medulloblastoma对CDK4/6抑制剂的反应机制 | 研究对象为SHH患者衍生的medulloblastoma模型中的细胞 | 数字病理学 | 脑膜瘤 | 空间转录组学 | NA | 基因表达数据 | 使用人类与小鼠细胞的混合系统及其在完整脑肿瘤切片中的界面进行分析 |
| 251 | 2024-08-05 |
The immunopeptidome landscape associated with T cell infiltration, inflammation and immune editing in lung cancer
2023-05, Nature cancer
IF:23.5Q1
DOI:10.1038/s43018-023-00548-5
PMID:37127787
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研究论文 | 本研究探索了与肺癌中T细胞浸润、炎症和免疫编辑相关的免疫肽组景观 | 首次比较高炎症和非炎症肿瘤中的免疫肽组谱，发现新抗原在CD3CD8 T细胞排斥肿瘤中的HLA-I展示热点内频率较高 | 样本大小较小，仅涵盖8名患者，需要更大样本量的研究以验证结果 | 研究肺癌中免疫肽组与T细胞浸润和免疫编辑的关系 | 研究对象为8名肺癌患者的肿瘤区域和邻近非恶性肺组织 | 数字病理学 | 肺癌 | 免疫肽组学、基因组学、大规模及空间转录组学 | NA | 组织样本 | 8名肺癌患者的61个肿瘤区域和相邻非恶性肺组织 |
| 252 | 2024-08-08 |
Single-cell transcriptome analyses reveal critical roles of RNA splicing during leukemia progression
2023-05, PLoS biology
IF:7.8Q1
DOI:10.1371/journal.pbio.3002088
PMID:37130348
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组分析揭示了RNA剪接在白血病进展中的关键作用 | 首次在单细胞水平上详细解析了RNA剪接因子在白血病发展不同阶段的作用，并发现了与不良预后相关的特定剪接因子 | 研究主要基于小鼠模型，其结果在人类白血病中的普遍性需要进一步验证 | 探究RNA剪接在白血病发生发展过程中的作用 | 白血病前细胞和白血病细胞的单细胞转录组 | 数字病理学 | 白血病 | 单细胞转录组分析 | NA | 转录组数据 | 涉及小鼠模型中的白血病前细胞和白血病细胞 |
| 253 | 2024-08-08 |
Sleep loss potentiates Th17-cell pathogenicity and promotes autoimmune uveitis
2023-05, Clinical and translational medicine
IF:7.9Q1
DOI:10.1002/ctm2.1250
PMID:37132178
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研究论文 | 研究睡眠损失（SL）如何影响Th17细胞的致病性和促进自身免疫性葡萄膜炎的发展 | 首次揭示了睡眠损失通过IL-23Th17GM-CSF反馈机制促进Th17细胞分化和致病性，以及髓样细胞的激活，从而加剧自身免疫性葡萄膜炎 | 研究样本量较小，仅包括六名健康受试者和实验小鼠模型 | 探讨睡眠损失与免疫系统和自身免疫疾病之间的关系 | 人类和小鼠的免疫细胞，特别是效应CD4+ T细胞和髓样细胞 | 免疫学 | 自身免疫性疾病 | 质谱细胞术、单细胞RNA测序和流式细胞术 | NA | 血液单核细胞、淋巴结细胞的scRNA-seq数据 | 六名健康受试者和实验小鼠模型 |
| 254 | 2024-08-08 |
Single-cell RNA sequencing reveals the transcriptomic landscape of kidneys in patients with ischemic acute kidney injury
2023-May-20, Chinese medical journal
IF:7.5Q1
DOI:10.1097/CM9.0000000000002679
PMID:37083129
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术揭示了缺血性急性肾损伤患者的肾脏转录组图谱 | 发现了在缺血性急性肾损伤中上调的新型促凋亡基因，并揭示了细胞特异性的转录组图谱和改变的信号通路 | NA | 通过单细胞RNA测序技术定义缺血性急性肾损伤患者的转录组图谱 | 缺血性急性肾损伤患者的肾脏 | 数字病理学 | 急性肾损伤 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 两个缺血性急性肾损伤患者的肾脏样本及三个公共单细胞RNA测序数据集作为对照 |
| 255 | 2024-08-05 |
Graph deep learning enabled spatial domains identification for spatial transcriptomics
2023-05-19, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbad146
PMID:37080761
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研究论文 | 本文构建了一种基于图深度学习的空间聚类方法，以进行空间转录组学的空间域识别 | 提出了一种新的基于图深度学习的空间聚类方法，利用残差门控图卷积神经网络和贝叶斯高斯混合模型 | NA | 旨在提高空间转录组学中空间域的识别精度 | 关注于基因表达谱和空间位置的数据 | 数字病理学 | NA | 图深度学习 | 残差门控图卷积神经网络 | 基因表达数据 | 多个空间转录组学数据集 |
| 256 | 2024-08-05 |
Dimensionality reduction and visualization of single-cell RNA-seq data with an improved deep variational autoencoder
2023-05-19, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbad152
PMID:37088976
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研究论文 | 本研究提出了一种改进的变分自编码器模型DREAM，用于单细胞RNA测序数据的降维和可视化分析 | DREAM模型结合了变分自编码器和高斯混合模型，并通过引入零膨胀层显式解决'缺失'事件 | 研究主要集中在模型的降维与可视化，未深入探讨其他潜在应用 | 研究旨在提高单细胞RNA测序数据的降维与可视化能力 | 主要研究对象为单细胞RNA测序数据 | 机器学习 | NA | RNA-seq | 变分自编码器 | 数据集 | 九个单细胞RNA测序数据集 |
| 257 | 2024-08-08 |
Benchmarking of analytical combinations for COVID-19 outcome prediction using single-cell RNA sequencing data
2023-05-19, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbad159
PMID:37096588
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研究论文 | 本研究评估了分析选择对使用五个scRNA-seq COVID-19数据集进行患者预后预测模型质量的影响 | 研究强调了集成学习的优势，不同学习方法之间的一致性以及在使用多个数据集作为模型输入时对数据集标准化的稳健性 | NA | 评估分析选择对患者预后预测模型质量的影响 | 使用单细胞RNA测序数据的COVID-19患者预后预测模型 | 机器学习 | COVID-19 | 单细胞RNA测序 | 集成学习方法，经典机器学习到现代深度学习方法 | 单细胞RNA测序数据 | 五个scRNA-seq COVID-19数据集 |
| 258 | 2024-08-05 |
Organoids from mouse molar and incisor as new tools to study tooth-specific biology and development
2023-05-09, Stem cell reports
IF:5.9Q2
DOI:10.1016/j.stemcr.2023.03.011
PMID:37084723
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研究论文 | 本研究建立了来源于小鼠磨牙和切牙的牙齿类器官模型，用于研究牙齿特异性生物学和发育 | 首次从小鼠牙齿中开发牙齿类器官，展示了其长期扩展能力和特异性表型特征 | 研究中未提及大样本或多样本间的比较，更广泛的种类和临床相关性尚未探讨 | 研究小鼠牙齿特异性生物学和发育的新工具 | 小鼠早期后出生的磨牙和切牙 | 数字病理学 | NA | 单细胞转录组学 | NA | 细胞模型及其衍生的转录组数据 | NA |
| 259 | 2024-08-08 |
[Single-cell transcriptome analysis reveals development atlas of mouse molar pulp cells]
2023-May-09, Zhonghua kou qiang yi xue za zhi = Zhonghua kouqiang yixue zazhi = Chinese journal of stomatology
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研究论文 | 使用单细胞RNA测序技术分析小鼠磨牙发育过程中的牙髓细胞，构建时空发育图谱，揭示牙齿发育的过程和调控机制 | 利用单细胞RNA测序技术全面发现转录组水平的细胞间异质性，为研究器官发育过程和调控机制提供了有力工具 | NA | 构建小鼠磨牙牙髓细胞的时空发育图谱，揭示牙齿发育的发育过程和调控机制 | 小鼠磨牙的牙髓细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 转录组数据 | 从C57BL/6小鼠的出生后第0天和第3天的下颌第一磨牙中分别获取了10个样本 |
| 260 | 2024-08-08 |
AAV-mediated gene augmentation therapy of CRB1 patient-derived retinal organoids restores the histological and transcriptional retinal phenotype
2023-05-09, Stem cell reports
IF:5.9Q2
DOI:10.1016/j.stemcr.2023.03.014
PMID:37084726
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研究论文 | 本研究通过AAV介导的基因增强疗法，对来自CRB1患者的视网膜类器官进行治疗，恢复了其组织学和转录组学上的视网膜表型 | 首次展示了AAV.hCRB1或AAV.hCRB2治疗改善CRB1患者来源视网膜类器官表型的概念验证 | NA | 探索CRB1基因突变导致的遗传性视网膜病变的治疗方法 | CRB1患者来源的视网膜类器官 | NA | 视网膜病变 | 单细胞RNA测序 | NA | 组织学和转录组学数据 | CRB1患者来源的视网膜类器官与同源对照 |