单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 356 篇文献，本页显示第 221 - 240 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 221 | 2024-08-08 |
Single-cell transcriptome analysis of xenotransplanted human retinal organoids defines two migratory cell populations of nonretinal origin
2023-05-09, Stem cell reports
IF:5.9Q2
DOI:10.1016/j.stemcr.2023.04.004
PMID:37163980
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研究论文 | 本研究通过将人视网膜类器官移植到缺乏光感受器的鼠眼中，并进行组织学和单细胞RNA测序，探讨了受体视网膜对移植类器官细胞存活、成熟和增殖的调控作用 | 研究发现移植的人类细胞能够迁移到所有受体视网膜层并长距离移动，这些细胞被鉴定为星形胶质细胞和脑/脊髓样神经前体细胞，这些细胞在阶段匹配的培养类器官中缺失或罕见 | NA | 探讨人视网膜类器官移植作为退行性视网膜疾病治疗的可能性 | 人视网膜类器官移植后的细胞行为及其在受体视网膜中的作用 | 数字病理学 | 视网膜疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 移植的人视网膜类器官细胞到缺乏光感受器的鼠眼中 |
| 222 | 2024-08-05 |
The value of EYA1/3/4 in clear cell renal cell carcinoma: a study from multiple databases
2023-05-08, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-023-34324-3
PMID:37156847
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研究论文 | 本文系统分析了EYAs家族在透明细胞肾细胞癌中的价值 | 本研究首次阐明了EYA1/3/4在ccRCC中的预后意义，并建立了预测模型 | 由于数据来源于多个数据库，可能存在偏倚和数据异质性 | 研究EYA家族基因在透明细胞肾细胞癌中的预后和生物学作用 | 以透明细胞肾细胞癌患者为研究对象 | 数字病理学 | 透明细胞肾细胞癌 | 单细胞测序、Cox回归分析 | NA | 基因表达数据 | 涉及多个数据库的数据，具体样本量未详述 |
| 223 | 2024-08-05 |
Deciphering and advancing CAR T-cell therapy with single-cell sequencing technologies
2023-05-06, Molecular cancer
IF:27.7Q1
DOI:10.1186/s12943-023-01783-1
PMID:37149643
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评论 | 本文总结了单细胞测序技术在CAR T细胞疗法中的应用 | 提出了一种多组学研究模式来指导CAR T细胞疗法的未来研究 | 未提及具体的实验数据或临床试验结果 | 探讨单细胞测序技术如何推动CAR T细胞疗法的发展 | CAR T细胞疗法及其在癌症免疫治疗中的应用 | 数字病理学 | 癌症 | 单细胞测序 | NA | NA | NA |
| 224 | 2024-08-05 |
High-throughput and high-accuracy single-cell RNA isoform analysis using PacBio circular consensus sequencing
2023-05-06, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-023-38324-9
PMID:37149708
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研究论文 | 本文介绍了一种名为HIT-scISOseq的方法，可以实现高通量和高准确度的单细胞RNA异构体测序 | HIT-scISOseq通过去除大部分伪影cDNA并连接多个cDNA，提高了PacBio CCS的测序通量和准确性 | 没有提到具体的局限性 | 研究旨在提高单细胞RNA异构体测序的通量和准确性 | 研究对象为3375个角膜缘细胞的转录组 | 数字病理学 | NA | PacBio circular consensus sequencing | NA | cDNA读数 | 3375个角膜缘细胞 |
| 225 | 2024-08-08 |
Down-regulation of WWP2 aggravates Type 2 diabetes mellitus-induced vascular endothelial injury through modulating ubiquitination and degradation of DDX3X
2023-05-06, Cardiovascular diabetology
IF:8.5Q1
DOI:10.1186/s12933-023-01818-3
PMID:37149668
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研究论文 | 本文探讨了WWP2通过调节DDX3X的泛素化和降解在2型糖尿病（T2DM）引起的血管内皮损伤中的作用。 | 发现WWP2作为T2DM引起血管内皮损伤的新调节因子，并通过催化DDX3X的K63连接的多泛素化来抑制高糖和棕榈酸（HG/PA）诱导的内皮损伤。 | NA | 揭示WWP2在T2DM引起血管内皮损伤中的关键作用及其调控机制。 | 血管内皮细胞中的WWP2表达及其对T2DM引起的内皮损伤的影响。 | NA | 糖尿病 | 单细胞转录组分析、质谱、共免疫沉淀和免疫荧光检测 | NA | 转录组数据 | T2DM患者和健康对照的血管内皮细胞，以及内皮特异性Wwp2敲除小鼠 |
| 226 | 2024-08-08 |
Protocol for tumor dissociation and fluorescence-activated cell sorting of human head and neck cancers
2023-May-06, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2023.102294
PMID:37149858
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研究论文 | 本文描述了一种用于人类头颈部肿瘤解离和荧光激活细胞分选的逐步方法 | 该协议促进了单细胞RNA测序和三维患者源性类器官生成的有效下游应用 | NA | 开发一种有效的肿瘤解离和细胞分选方法，以便进行进一步的单细胞分析和类器官生成 | 人类头颈部肿瘤及其包含的多种细胞类型 | 数字病理学 | 头颈部癌 | 荧光激活细胞分选 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 新鲜的人类头颈部肿瘤样本 |
| 227 | 2024-08-05 |
Probing pathways by which rhynchophylline modifies sleep using spatial transcriptomics
2023-05-05, Biology direct
IF:5.7Q1
DOI:10.1186/s13062-023-00377-7
PMID:37143153
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研究论文 | 本研究探讨了生物碱成分rhynchophylline如何通过空间转录组学影响睡眠的机制 | 本研究首次展示了RHY对睡眠结构和脑波的影响，并确定了其背后的分子机制 | 尚不清楚RHY在睡眠过程中是否会影响其他脑电活动或有其他潜在副作用 | 定义RHY对睡眠结构及其在24小时周期内的影响，识别潜在的分子机制 | 小鼠，特别是在不同时间通过电生理记录研究警觉状态 | 数字病理学 | NA | 空间转录组学 | NA | 电生理数据 | 小鼠，具体数量未提及 |
| 228 | 2024-08-05 |
Modeling group heteroscedasticity in single-cell RNA-seq pseudo-bulk data
2023-05-05, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-023-02949-2
PMID:37147723
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研究论文 | 本文介绍了针对伪批量单细胞RNA-seq数据中的群体异方差的新方法 | 提出了两种新方法voomByGroup和voomWithQualityWeights，能够处理异方差的群体 | 缺乏对真实数据集的广泛验证，可能局限于特定类型的实验设计 | 研究如何在伪批量单细胞RNA-seq数据中有效检测差异基因 | 伪批量单细胞RNA-seq数据集中的群体异方差 | 数字病理学 | NA | RNA-seq | NA | NA | NA |
| 229 | 2024-08-08 |
Single-cell analysis of the postnatal dorsal V-SVZ reveals a role for Bmpr1a signaling in silencing pallial germinal activity
2023-05-05, Science advances
IF:11.7Q1
DOI:10.1126/sciadv.abq7553
PMID:37146152
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研究论文 | 研究通过单细胞RNA测序分析了出生后背侧V-SVZ区域，揭示了Bmpr1a信号在抑制大脑皮层干细胞活动中的作用 | 首次展示了出生后大脑皮层干细胞进入深度静息状态的机制，并证实Bmpr1a信号在此过程中的关键作用 | NA | 揭示出生后大脑皮层干细胞活动抑制的机制 | 出生后背侧V-SVZ区域的神经干细胞 | 神经科学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | NA |
| 230 | 2024-08-08 |
Acoel single-cell atlas reveals expression dynamics and heterogeneity of adult pluripotent stem cells
2023-05-05, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-023-38016-4
PMID:37147314
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研究论文 | 本文利用单细胞RNA测序技术，研究了acoel蠕虫Hofstenia miamia在胚后发育和再生过程中的转录细胞状态 | 首次揭示了成年多能干细胞在不同发育阶段的表达动态和异质性 | NA | 探究成年多能干细胞在不同物种间的细胞和分子机制的比较 | acoel蠕虫Hofstenia miamia的成年多能干细胞及其在再生过程中的功能 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | NA |
| 231 | 2024-08-05 |
Change in cytokine profiles released by mast cells mediated by lung cancer-derived exosome activation may contribute to cancer-associated coagulation disorders
2023-05-04, Cell communication and signaling : CCS
IF:8.2Q1
DOI:10.1186/s12964-023-01110-7
PMID:37143160
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研究论文 | 本研究探讨了肺癌来源的外泌体激活的肥大细胞释放的细胞因子谱变化可能导致与癌症相关的凝血障碍。 | 首次揭示了肺癌细胞来源的外泌体如何激活肥大细胞并促进其释放促凝血介质，与肺癌患者的凝血异常密切相关。 | 研究可能局限于体外实验，尚需在临床环境中验证结果。 | 探讨肥大细胞在肺癌相关凝血障碍中的具体作用。 | 肺癌患者的肥大细胞以及从肺腺癌细胞系A549提取的外泌体。 | 数字病理学 | 肺癌 | 单细胞测序，生物信息学分析，荧光显微镜 | NA | NA | 肺癌患者的肥大细胞和肺腺癌细胞系A549的外泌体 |
| 232 | 2024-08-05 |
Reversible transitions between noradrenergic and mesenchymal tumor identities define cell plasticity in neuroblastoma
2023-05-04, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-023-38239-5
PMID:37142597
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研究论文 | 本研究探讨了神经母细胞瘤中去甲肾上腺素能和间充质细胞身份之间的可逆转变及其细胞可塑性。 | 揭示了神经母细胞瘤细胞的内在可塑性特性依赖于环境的外部影响，从而推动细胞身份的改变 | 患者肿瘤中这些身份的相对贡献仍然不清晰 | 研究神经母细胞瘤中去甲肾上腺素能与间充质细胞身份的关系 | 神经母细胞瘤细胞系及其肿瘤样本 | 数字病理学 | 神经母细胞瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 肿瘤生物组织样本 | 18个肿瘤活检和15个PDX模型 |
| 233 | 2024-08-08 |
BACE1 regulates expression of Clusterin in astrocytes for enhancing clearance of β-amyloid peptides
2023-05-04, Molecular neurodegeneration
IF:14.9Q1
DOI:10.1186/s13024-023-00611-w
PMID:37143090
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研究论文 | 本文研究了BACE1在星形胶质细胞中的作用，特别是其对Clusterin和Cxcl14表达的调控，以及这种调控如何影响β-淀粉样蛋白的清除。 | 首次揭示了BACE1在星形胶质细胞中通过调控胰岛素受体途径影响Clusterin和Cxcl14的表达，从而增强β-淀粉样蛋白的清除。 | NA | 探讨BACE1在星形胶质细胞中的功能及其对阿尔茨海默病中β-淀粉样蛋白清除的影响。 | 星形胶质细胞中的BACE1及其调控的基因表达。 | 数字病理学 | 阿尔茨海默病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 使用Bace1 KO小鼠和野生型对照小鼠的纯化星形胶质细胞进行实验。 |
| 234 | 2024-08-08 |
Single-cell RNA sequencing uncovers heterogeneous transcriptional signatures in tumor-infiltrated dendritic cells in prostate cancer
2023-May, Heliyon
IF:3.4Q1
DOI:10.1016/j.heliyon.2023.e15694
PMID:37144199
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术，揭示了前列腺癌肿瘤微环境中树突状细胞的异质性转录特征 | 本研究通过构建基因共表达网络，提出了新的治疗靶点 | NA | 探究前列腺癌肿瘤微环境中树突状细胞的分子功能和通讯 | 前列腺癌肿瘤微环境中的树突状细胞 | 数字病理学 | 前列腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | NA |
| 235 | 2024-08-08 |
Transcriptomic analysis of B cells suggests that CD70 and LY9 may be novel features in patients with systemic lupus erythematosus
2023-May, Heliyon
IF:3.4Q1
DOI:10.1016/j.heliyon.2023.e15684
PMID:37144201
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和批量转录组数据分析，探讨了系统性红斑狼疮患者B细胞亚群的特征及其在疾病中的作用 | 首次发现CD70和LY9在系统性红斑狼疮患者B细胞中的过表达，这可能是该疾病的一个新特征 | 研究仅限于分析B细胞亚群的转录组数据，未涉及这些分子在疾病中的具体功能和机制 | 探究系统性红斑狼疮患者B细胞亚群的特征及其在疾病中的作用 | 系统性红斑狼疮患者的B细胞亚群及其相关基因表达 | 数字病理学 | 系统性红斑狼疮 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 系统性红斑狼疮患者和健康对照者的外周血单个核细胞及分离的B细胞亚群 |
| 236 | 2024-08-08 |
Matrix prior for data transfer between single cell data types in latent Dirichlet allocation
2023-05, PLoS computational biology
IF:3.8Q1
DOI:10.1371/journal.pcbi.1011049
PMID:37146053
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研究论文 | 本文探讨了利用潜在狄利克雷分配（LDA）模型中的非均匀矩阵先验，从大规模单细胞ATAC-seq或scRNA-seq数据中提取信息，以改善新scATAC-seq数据集的细胞类型检测 | 提出了一种使用非对称矩阵先验的LDA方法，以提高小规模scATAC-seq数据集中细胞类型信息的捕获能力 | NA | 开发一种方法，利用先前生成的大规模scATAC-seq或scRNA-seq数据来指导新scATAC-seq数据集的分析 | 单细胞ATAC-seq数据 | 生物信息学 | NA | 潜在狄利克雷分配（LDA） | LDA | 单细胞数据 | C. elegans线虫和鼠皮肤细胞的SHARE-seq数据 |
| 237 | 2024-08-05 |
SSNMDI: a novel joint learning model of semi-supervised non-negative matrix factorization and data imputation for clustering of single-cell RNA-seq data
2023-05-19, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbad149
PMID:37122068
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研究论文 | 本文提出了一种新颖的联合学习模型SSNMDI，用于对单细胞RNA测序数据进行数据填充和聚类 | 在单细胞RNA测序领域首次结合数据填充、部分标签信息、维度降低和聚类 | NA | 旨在改善单细胞RNA测序数据的聚类性能 | 单细胞RNA测序数据 | 数字病理学 | NA | 非负矩阵分解 (NMF) | NA | 数据集 | 14个数据集 |
| 238 | 2024-08-08 |
Expansion of macrophage and liver sinusoidal endothelial cell subpopulations during non-alcoholic steatohepatitis progression
2023-May-19, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2023.106572
PMID:37124414
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序探索了非酒精性脂肪性肝炎（NASH）进展过程中肝脏非实质细胞（NPCs）的异质性，并识别了与NASH进展相关的特定亚群。 | 发现了一种具有潜在调节巨噬细胞积累和促进NASH发展功能的Itgad/Fcrl5巨噬细胞亚群，以及可能参与病理性血管生成和炎症调节的Egr1和Ly6a肝窦内皮细胞（LSECs）亚群。 | NA | 探索非酒精性脂肪性肝炎（NASH）进展中肝脏非实质细胞的异质性并识别特定亚群。 | 肝脏非实质细胞（NPCs）及其在NASH进展中的作用。 | NA | 非酒精性脂肪性肝炎 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | NA |
| 239 | 2024-08-08 |
Direct neuronal reprogramming by temporal identity factors
2023-05-09, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2122168120
PMID:37126716
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研究论文 | 研究通过条件基因表达系统，探索时间身份转录因子在终末分化细胞中的神经重编程能力 | 首次发现早期时间身份转录因子Ikzf1和Ikzf4能够直接将Müller胶质细胞转化为iONL细胞，并能在体外将胚胎成纤维细胞重编程为诱导神经元 | NA | 探究时间身份因子是否能重编程终末分化细胞的身份 | 小鼠视网膜胶质细胞和胚胎成纤维细胞 | 神经科学 | NA | 条件基因表达系统，遗传谱系追踪，免疫组织化学，单细胞转录组和多组学分析 | NA | 细胞 | 小鼠视网膜胶质细胞和胚胎成纤维细胞 |
| 240 | 2024-08-08 |
BUSZ: compressed BUS files
2023-05-04, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btad295
PMID:37129540
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研究论文 | 本文描述了一种针对BUS文件的压缩方案及其在BUStools软件中的实现 | 该压缩算法在保持比gzip更小的文件大小的同时，实现了更快的压缩和解压缩速度 | NA | 开发一种高效的BUS文件压缩算法 | 533个来自scRNA-seq实验的BUS文件 | NA | NA | NA | NA | 文件 | 533个BUS文件，总大小为1TB |