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序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
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201 | 2024-08-08 |
High-throughput single nucleus total RNA sequencing of formalin-fixed paraffin-embedded tissues by snRandom-seq
2023-05-12, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-023-38409-5
PMID:37173341
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research paper | 本文开发了一种基于液滴的snRNA测序技术(snRandom-seq),用于固定石蜡包埋(FFPE)组织中的单核RNA测序 | snRandom-seq技术具有较低的双重率(0.3%),更高的RNA覆盖率,并能检测更多的非编码RNA和新生RNA | NA | 开发一种适用于FFPE组织的高通量单核RNA测序技术 | FFPE组织中的单核RNA | digital pathology | liver cancer | snRNA-seq | NA | RNA | 一个临床FFPE人肝癌样本 |
202 | 2024-08-08 |
Publisher Correction: Modeling group heteroscedasticity in single-cell RNA-seq pseudo-bulk data
2023-May-12, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-023-02965-2
PMID:37173797
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NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
203 | 2024-08-05 |
Single-cell sequencing reveals homogeneity and heterogeneity of the cytopathological mechanisms in different etiology-induced AKI
2023-05-11, Cell death & disease
IF:8.1Q1
DOI:10.1038/s41419-023-05830-z
PMID:37169762
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研究论文 | 本研究通过单细胞测序揭示了不同病因诱导的急性肾损伤(AKI)中细胞病理机制的均一性和异质性 | 本研究构建了一个包含20种细胞类型的多模型AKI单细胞测序图谱,并发现了新型AKI内皮损伤生物标志物S100a6 | 研究主要在小鼠模型上进行,可能存在物种间差异 | 探讨不同病因诱导的急性肾损伤的细胞病理机制 | 小鼠模型,包含五种常见的AKI病因 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞数据 | 包含80,689个高质量细胞 |
204 | 2024-08-08 |
Single-cell RNA sequencing reveals the local cell landscape in mouse epididymal initial segment during aging
2023-May-11, Immunity & ageing : I & A
IF:5.2Q1
DOI:10.1186/s12979-023-00345-9
PMID:37170325
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析了年轻和老年小鼠附睾头段(IS)的细胞景观,揭示了与年龄相关的细胞和分子变化 | 首次揭示了小鼠附睾头段在衰老过程中存在炎症老化状态,这与男性近端生殖道的普遍低免疫反应模式相反 | NA | 探究衰老过程中小鼠附睾头段的局部细胞和分子变化 | 年轻和老年小鼠的附睾头段组织 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 细胞 | 共获取了来自年轻和老年小鼠附睾头段组织的10,027个细胞 |
205 | 2024-08-08 |
Single-Cell Analysis in Immuno-Oncology
2023-May-08, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms24098422
PMID:37176128
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综述 | 本文综述了单细胞组学技术在免疫肿瘤学中的应用,特别是多组学分析如何通过单细胞RNA测序、单细胞ATAC测序、T细胞受体测序等技术,以及相关的生物信息学工具,来高吞吐量地评估大量分析物在单细胞分辨率下的情况。 | 本文介绍了单细胞组学技术在解析肿瘤微环境中免疫和非免疫成分的多样性方面的创新应用,以及这些技术如何帮助理解适应性免疫反应的抗原特异性和动态变化,并为潜在的治疗靶点提供建议。 | NA | 探讨单细胞组学技术在免疫肿瘤学中的应用,以及如何通过这些技术来优化患者的治疗方案。 | 肿瘤微环境中的免疫和非免疫细胞,以及它们在不同患者中的分布和响应模式。 | 免疫学 | 肿瘤 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq)、单细胞ATAC测序(scATAC-seq)、T细胞受体测序(scTCR-seq) | NA | 单细胞数据 | NA |
206 | 2024-08-05 |
Single-nucleus and Spatially Resolved Intratumor Subtype Heterogeneity in Bladder Cancer
2023-May, European urology open science
IF:3.2Q1
DOI:10.1016/j.euros.2023.03.006
PMID:37187723
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研究论文 | 本研究探讨了膀胱癌中肿瘤内部亚型异质性的程度及其潜在的临床影响 | 提出了通过单核RNA测序和批量RNA测序评估膀胱癌内部亚型异质性的新方法,并展示了其与临床结果的相关性 | 使用DroNc-seq测序协议生成的数据稀疏性是一个限制因素 | 研究膀胱癌肿瘤内部亚型异质性及其对临床结果的影响 | 48个膀胱肿瘤进行单核RNA测序和空间转录组学分析 | 数字病理学 | 膀胱癌 | RNA测序 | NA | RNA数据 | 48个膀胱肿瘤 |
207 | 2024-08-05 |
The peripheral nervous system
2023-05-01, Development (Cambridge, England)
DOI:10.1242/dev.201164
PMID:37170957
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综述 | 本文讨论了外周神经系统在身体中的多样角色及其不同领域的起源和异质性 | 提出了最新的发现和概念,并改进了以前的细胞类型分类 | 未提及具体的实验数据或实例来支持某些观点 | 探讨外周神经系统的多样性以及对未来研究的展望 | 外周神经系统的各种神经元亚型及其功能 | NA | NA | 单细胞转录组学 | NA | NA | NA |
208 | 2024-08-08 |
Spatial transcriptomics herald a new era of transcriptome research
2023-05, Clinical and translational medicine
IF:7.9Q1
DOI:10.1002/ctm2.1264
PMID:37190941
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NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
209 | 2024-08-05 |
Competition between skin antimicrobial peptides and commensal bacteria in type 2 inflammation enables survival of S. aureus
2023-05-30, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2023.112494
PMID:37167061
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研究论文 | 该文章探讨了在类型2炎症下皮肤抗菌肽与共生细菌之间的竞争,如何影响金黄色葡萄球菌的生存。 | 揭示了IL-4Rα激活导致抗菌肽生成减少,从而选择性抑制抗生素生产的共生细菌株生存的机制。 | 没有提供不同类型的炎症对抗菌肽和细菌相互作用行为的全面比较。 | 研究皮肤抗菌肽和共生细菌在类型2炎症条件下与金黄色葡萄球菌生存之间的相互作用。 | 主要对象为Il4ra小鼠及其皮肤微生物组。 | 数字病理学 | 特应性皮炎 | 单细胞测序 | NA | 微生物组数据 | Il4ra小鼠的单细胞样本及相关微生物组分析 |
210 | 2024-08-08 |
Glial progenitor heterogeneity and key regulators revealed by single-cell RNA sequencing provide insight to regeneration in spinal cord injury
2023-05-30, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2023.112486
PMID:37149868
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析了脊髓损伤后星形胶质细胞系的异质性及其在再生中的作用 | 首次揭示了脊髓损伤后成年脊髓中星形胶质细胞系细胞的多样性及其调控机制 | NA | 探究脊髓损伤后星形胶质细胞系细胞的异质性及其对再生的贡献 | 脊髓损伤后的星形胶质细胞系细胞 | 数字病理学 | 脊髓损伤 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 成年脊髓损伤模型中的GFAP表达细胞 |
211 | 2024-08-08 |
A single-cell view on host immune transcriptional response to in vivo BCG-induced trained immunity
2023-05-30, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2023.112487
PMID:37155329
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序研究了BCG疫苗诱导的训练免疫(TI)在人体内的免疫转录反应异质性 | 首次通过单细胞RNA测序揭示了BCG诱导的训练免疫中巨噬细胞和CD8 T细胞的异源转录反应,并发现了STAT1作为关键转录因子在所有巨噬细胞亚群中的作用 | NA | 研究BCG疫苗诱导的训练免疫在人体内的免疫转录反应异质性 | 巨噬细胞和CD8 T细胞的转录反应 | 免疫学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 156个样本 |
212 | 2024-08-08 |
Dynamic cellular changes in acute kidney injury caused by different ischemia time
2023-May-19, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2023.106646
PMID:37168554
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术,探讨了不同缺血时间下急性肾损伤的动态细胞变化过程 | 发现了Slc5a2近端小管细胞对急性肾损伤的敏感性,并揭示了中性氨基酸转运蛋白基因表达随时间的变化,以及血浆异亮氨酸水平在急性肾损伤中的下降 | NA | 解析缺血再灌注损伤导致的急性肾损伤的动态过程 | 急性肾损伤的细胞变化及代谢物变化 | 数字病理学 | 急性肾损伤 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 临床相关的缺血再灌注损伤小鼠模型 |
213 | 2024-08-05 |
Digital microfluidics-based digital counting of single-cell copy number variation (dd-scCNV Seq)
2023-05-16, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2221934120
PMID:37155890
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研究论文 | 本研究报告了一种基于数字微流控技术的单细胞拷贝数变异数字计数的新方法。 | 提出的dd-scCNV Seq方法通过直接切割单细胞DNA并利用这些片段进行扩增,解决了现有单细胞全基因组扩增方法的偏差问题,提升了拷贝数变异计数的准确性。 | 研究中未对dd-scCNV Seq的广泛适用性和长期保存性进行评估。 | 旨在开发一种准确的单细胞拷贝数变异分析技术,以推动生物发现。 | 主要研究对象为单细胞DNA的拷贝数变异。 | 数字病理学 | NA | 数字微流控 | NA | DNA片段 | NA |
214 | 2024-08-05 |
The combination therapy of isomucronulatol 7-O-beta-glucoside (IMG) and CEP-9722 targeting ferroptosis-related biomarkers in non-small cell lung cancer (NSCLC)
2023-May-11, BMC pulmonary medicine
IF:2.6Q2
DOI:10.1186/s12890-023-02445-0
PMID:37165402
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研究论文 | 本文研究了非小细胞肺癌(NSCLC)中与铁死亡相关的生物标志物的组合治疗 | 建立了一个以铁死亡为基础的预后模型,并通过单细胞测序揭示了基因表达与肿瘤的关系 | 研究的样本和数据主要来源于公共数据库,可能存在数据偏差 | 旨在为NSCLC患者建立潜在的预测模型并提供可用的靶向药物 | 非小细胞肺癌患者的基因表达档案及其细胞群体和状态 | 数字病理学 | 非小细胞肺癌 | 单细胞测序 | 风险评分模型 | 基因表达数据 | 涉及GSE31210训练集和TCGA测试集的多名患者 |
215 | 2024-08-05 |
Protocol for using single-cell sequencing to study the heterogeneity of NF1 nerve sheath tumors from clinical biospecimens
2023-May-10, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2023.102297
PMID:37167059
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研究论文 | 本文介绍了一种使用单细胞测序技术研究神经纤维瘤1型相关神经鞘瘤异质性的协议 | 提供了一种针对临床生物样本获取单细胞悬浮液并进行转录组分析的新方法 | 该协议主要针对NF1神经鞘瘤,适用性可能有限 | 研究NF1神经鞘瘤的异质性 | 来自神经纤维瘤1型的神经鞘瘤临床样本 | 数字病理学 | 神经纤维瘤 | 单细胞测序 | NA | 转录组数据 | 临床生物样本 |
216 | 2024-08-05 |
Spatially resolved multi-omics highlights cell-specific metabolic remodeling and interactions in gastric cancer
2023-05-10, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-023-38360-5
PMID:37164975
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研究论文 | 本文通过整合多种组学手段,揭示了胃癌中细胞特异性的代谢重塑及其相互作用 | 创新性地结合了质谱成像技术和空间转录组学,提供了肿瘤微环境中代谢异质性的分层可视化 | NA | 旨在改善对肿瘤生物学的理解,为高级治疗策略的设计提供基础 | 研究宫癌样本中的肿瘤及非肿瘤细胞的代谢重塑和相互作用 | 数字病理学 | 胃癌 | 质谱成像、空间代谢组学和空间转录组学 | NA | 代谢物、脂质、基因表达数据 | 同一胃癌样本中的多个细胞类型 |
217 | 2024-08-08 |
scRAA: the development of a robust and automatic annotation procedure for single-cell RNA sequencing data
2023-May-10, Journal of biopharmaceutical statistics
IF:1.2Q2
DOI:10.1080/10543406.2023.2208671
PMID:37162278
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研究论文 | 本文提出了一种名为scRAA的鲁棒自动注释程序,用于单细胞RNA测序数据的细胞类型识别 | 引入了一种鲁棒的集成方法进行细胞分类,并采用了批次校正方法来处理参考数据和查询数据之间的批次效应 | NA | 提高单细胞RNA测序数据中细胞类型预测的准确性和鲁棒性 | 单细胞RNA测序数据中的细胞类型 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 集成方法 | 基因表达数据 | 涉及肺和胰腺数据 |
218 | 2024-08-08 |
Single-cell RNA sequencing reveals the heterogeneity and microenvironment in one adenoid cystic carcinoma sample
2023-May-10, Functional & integrative genomics
IF:3.9Q1
DOI:10.1007/s10142-023-01082-4
PMID:37162576
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析了一个腺样囊性癌样本及其正常唾液腺组织的异质性和微环境 | 首次从单细胞层面全面描述了腺样囊性癌的异质性和肿瘤微环境,包括细胞特征、免疫细胞浸润和细胞间通讯 | 仅使用了一个患者的样本进行分析,可能限制了结果的普遍性 | 确定肿瘤异质性和微环境中的因素,为腺样囊性癌提供新的治疗靶点 | 腺样囊性癌样本及其正常唾液腺组织 | 数字病理学 | 唾液腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 一个腺样囊性癌样本和正常唾液腺组织 |
219 | 2024-08-08 |
Integrated bulk and single-cell RNA-sequencing reveals SPOCK2 as a novel biomarker gene in the development of congenital pulmonary airway malformation
2023-May-10, Respiratory research
IF:4.7Q1
DOI:10.1186/s12931-023-02436-z
PMID:37165378
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研究论文 | 本研究通过整合批量和单细胞RNA测序数据,揭示了SPOCK2作为先天性肺气道畸形的新型生物标志物基因 | 本研究首次通过整合批量和单细胞RNA测序数据,揭示了SPOCK2作为先天性肺气道畸形的新型生物标志物基因,并发现了其他潜在的诊断和治疗靶点 | 需要进一步的大样本功能研究来确认这些基因在先天性肺气道畸形中的作用 | 识别先天性肺气道畸形(CPAM)的特征基因表达模式和标志物基因 | 先天性肺气道畸形(CPAM)患者的肺组织 | 数字病理学 | 先天性肺气道畸形 | RNA测序(RNA-seq)和单细胞RNA测序(scRNA-seq) | 迭代加权基因相关网络分析(iWGCNA) | 基因表达数据 | 2074个显著差异表达基因,其中1675个上调,399个下调 |
220 | 2024-08-05 |
Single-cell omics traces the heterogeneity of prostate cancer cells and the tumor microenvironment
2023-May-09, Cellular & molecular biology letters
IF:9.2Q1
DOI:10.1186/s11658-023-00450-z
PMID:37161356
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综述 | 本文综述了单细胞组学在前列腺癌细胞及肿瘤微环境异质性方面的应用 | 文章构建了前列腺癌单细胞组学研究的综合目录,并讨论了单细胞组学技术对未来研究的影响 | 文章可能没有详细探讨每种单细胞组学技术的具体应用限制 | 旨在提供对前列腺癌诊断和治疗的更全面理解 | focus on single-cell RNA sequencing and its implications in prostate cancer | 数字病理学 | 前列腺癌 | 单细胞转录组测序 | 深度学习模型 | NA | NA |