单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 356 篇文献，本页显示第 181 - 200 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 181 | 2024-08-05 |
Single-cell transcriptomics reveals heterogeneity and intercellular crosstalk in human intervertebral disc degeneration
2023-May-19, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2023.106692
PMID:37216089
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研究论文 | 这篇文章揭示了人类椎间盘退化的异质性和细胞间相互作用 | 首次通过单细胞转录组学揭示了人类椎间盘退化的微环境及其机制 | 该研究主要集中于椎间盘的转录组特征，未探讨其他生物标志物 | 探究人类椎间盘退化的微环境及其机制 | 人类椎间盘中的细胞群体及其在退化不同阶段的特征 | 数字病理学 | NA | scRNA-seq | NA | 转录组数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 182 | 2024-08-05 |
PCNT is a prognostic biomarker correlated with tumor immune microenvironment in hepatocellular carcinoma and promotes tumor progression by inhibiting cell cycle arrest
2023-05-19, Aging
DOI:10.18632/aging.204711
PMID:37211383
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研究论文 | PCNT在肝细胞癌中作为预后生物标志物，与肿瘤免疫微环境相关，并通过抑制细胞周期停滞促进肿瘤进展 | 发现PCNT在肝细胞癌中表达升高，与不良的临床病理特征和预后相关，且抑制PCNT能降低肝细胞癌细胞的生存能力、迁移和侵袭能力 | 未详细讨论PCNT在其他癌症中的作用，实验仅限于174名患者的队列和公共数据库 | 研究PCNT在肝细胞癌中的作用及其与肿瘤免疫微环境的关系 | 174名肝细胞癌患者 | 数字病理学 | 肝癌 | 单细胞测序 | NA | 基因表达和蛋白表达数据 | 174名肝细胞癌患者 | NA | NA | NA | NA |
| 183 | 2024-08-07 |
RANK+TLR2+ myeloid subpopulation converts autoimmune to joint destruction in rheumatoid arthritis
2023-05-19, eLife
IF:6.4Q1
DOI:10.7554/eLife.85553
PMID:37204303
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研究论文 | 本文报道了在类风湿性关节炎（RA）的小鼠模型中，RANK髓系单核细胞中TLR2表达及其α(2,3)唾液酸化的上调介导了从自身免疫到破骨细胞融合和骨吸收的转变，导致关节破坏 | 发现了一种新的RANKTLR2亚群，该亚群负向调节破骨细胞融合，并提供了TRAP单核细胞在骨中的成骨活性的潜在解释 | NA | 探究类风湿性关节炎中从自身免疫到关节破坏的机制 | RANK髓系单核细胞中的TLR2表达及其α(2,3)唾液酸化 | 数字病理学 | 类风湿性关节炎 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | RNA | 来自RA小鼠的单细胞RNA测序库 | NA | NA | NA | NA |
| 184 | 2024-08-05 |
Advances in spatial transcriptomics and related data analysis strategies
2023-05-18, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-023-04150-2
PMID:37202762
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review | 本文总结了空间转录组学技术及其数据分析策略 | 论述了空间转录组学的应用及未来潜力，突出其在生物医学研究中的重大突破 | 未提到具体的技术局限，可能导致对某些应用场景的理解不足 | 探讨空间转录组学的技术及其在生物医学研究中的应用 | 空间转录组技术及其在组织结构和细胞微环境相互作用中的应用 | 数字病理学 | NA | 空间转录组学技术 | NA | RNA数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 185 | 2024-08-07 |
Identification of RAC1 in promoting brain metastasis of lung adenocarcinoma using single-cell transcriptome sequencing
2023-05-18, Cell death & disease
IF:8.1Q1
DOI:10.1038/s41419-023-05823-y
PMID:37202394
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组测序技术，识别了RAC1在肺腺癌脑转移中的作用及其相关生物标志物和治疗潜力 | 首次通过单细胞转录组测序技术详细分析了RAC1在肺腺癌脑转移中的作用，并验证了其在转移过程中的关键角色 | 研究样本量较小，仅基于有限的患者数据进行分析，可能影响结果的普遍性 | 探索肺腺癌脑转移中的生物标志物、相关通路及潜在治疗策略 | 肺腺癌患者的循环肿瘤细胞、原发肿瘤组织和转移肿瘤组织 | 数字病理学 | 肺腺癌 | 单细胞转录组测序 | NA | 转录组数据 | 8名肺腺癌患者 | NA | NA | NA | NA |
| 186 | 2024-08-07 |
The cellular and immunological dynamics of early and transitional human milk
2023-05-18, Communications biology
IF:5.2Q1
DOI:10.1038/s42003-023-04910-2
PMID:37202439
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研究论文 | 本研究利用系统方法分析了产后两周内36位母亲的人乳中的62种可溶性成分和细胞成分，并通过单细胞转录组分析识别了24种不同的上皮细胞和免疫细胞群体 | 首次详细描述了人乳中可溶性免疫和生长因子的时间动态变化，并识别了24种不同的细胞群体 | NA | 深入了解人乳中的可溶性和细胞成分，为未来人乳研究提供重要资源 | 人乳中的可溶性成分和细胞成分 | NA | NA | 单细胞转录组分析 | NA | 细胞 | 128,016个人乳细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 187 | 2024-08-08 |
Interplay of spermatogonial subpopulations during initial stages of spermatogenesis in adult primates
2023-05-15, Development (Cambridge, England)
DOI:10.1242/dev.201430
PMID:37222410
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研究论文 | 研究分析了成年猕猴精原细胞在精原细胞生成初期的表达谱，并与人类数据进行比较 | 发现了新的早期分化精原细胞亚群，并揭示了这些细胞在精原细胞生成过程中的作用 | NA | 探讨精原细胞亚群在成年灵长类动物精原细胞生成初期的相互作用 | 成年猕猴的精原细胞 | NA | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | RNA | 成年猕猴 | NA | NA | NA | NA |
| 188 | 2024-08-05 |
Mild/Asymptomatic Maternal SARS-CoV-2 Infection Leads to Immune Paralysis in Fetal Circulation and Immune Dysregulation in Fetal-Placental Tissues
2023-May-11, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.05.10.540233
PMID:37214938
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研究论文 | 本研究分析了母体轻微/无症状SARS-CoV-2感染对新生儿免疫系统的影响 | 揭示了母体轻微SARS-CoV-2感染对胎儿循环中的免疫功能障碍和胎盘组织中的免疫失调的影响 | 缺乏纵向传播的证据，且研究样本涉及的母体疫苗接种情况有限 | 研究母体轻微SARS-CoV-2感染对新生儿免疫反应的影响 | 分析了来自未接种疫苗母亲的新生儿脐带血和胎盘绒毛组织 | 数字病理学 | NA | 流式细胞术、单细胞转录组学、功能检测 | NA | 生物样本 | 来自无症状SARS-CoV-2感染母亲的新生儿脐带血和胎盘绒毛 | NA | NA | NA | NA |
| 189 | 2024-08-07 |
Host genetic background regulates the capacity for anti-tumor antibody-dependent phagocytosis
2023-May-09, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.05.09.540046
PMID:37214876
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研究论文 | 本文研究了宿主遗传背景对肿瘤抗体依赖性吞噬作用的影响 | 首次揭示了宿主遗传因素在靶向免疫治疗中的关键调节作用，并鉴定了可能调控巨噬细胞功能的因果基因 | 研究主要基于小鼠模型，未来需在人类中验证相关发现 | 探讨宿主遗传背景如何影响抗肿瘤抗体治疗的疗效 | 遗传多样性的小鼠和BALB/c小鼠的F1杂交后代 | 免疫学 | 肿瘤 | 遗传连锁分析、定量性状位点分析、单细胞RNA测序 | NA | 基因组数据、免疫细胞数据 | 使用了多种遗传背景的小鼠模型，包括DOCF1和CCxCF1模型 | NA | NA | NA | NA |
| 190 | 2024-08-07 |
Single-cell Mayo Map ( scMayoMap ): an easy-to-use tool for cell type annotation in single-cell RNA-sequencing data analysis
2023-May-04, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.05.03.538463
PMID:37205463
|
研究论文 | 本文介绍了一种名为scMayoMap的单细胞RNA测序数据分析工具，用于细胞类型注释 | scMayoMap是一个用户友好的工具，无需标记的训练/参考数据集或预定义的细胞子集标记，提供了快速准确的细胞类型注释 | NA | 开发一种用户友好且精确的单细胞RNA测序数据分析工具，用于细胞类型注释 | 单细胞RNA测序数据中的细胞类型注释 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 在48个独立的单细胞RNA测序数据集中进行了验证 | NA | NA | NA | NA |
| 191 | 2024-08-08 |
Identification of Hif1α as a Potential Participant in Autoimmune Uveitis Pathogenesis Using Single-Cell Transcriptome Analysis
2023-05-01, Investigative ophthalmology & visual science
IF:5.0Q1
DOI:10.1167/iovs.64.5.24
PMID:37227746
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组分析，揭示了自身免疫性葡萄膜炎（AU）发病机制中的转录变化，并识别了潜在的治疗靶点 | 首次通过单细胞RNA测序技术揭示了Hif1α在自身免疫性葡萄膜炎发病机制中的作用 | 研究主要基于实验模型和部分人类样本，需要进一步的人体临床试验验证 | 揭示自身免疫性葡萄膜炎的转录变化并识别潜在的治疗靶点 | 自身免疫性葡萄膜炎的发病机制及治疗靶点 | 数字病理学 | 自身免疫性疾病 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 转录组数据 | 实验性自身免疫性葡萄膜炎（EAU）模型鼠、EAU对照组鼠及正常鼠的颈部引流淋巴结细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 192 | 2024-08-08 |
An empirical Bayes method for differential expression analysis of single cells with deep generative models
2023-05-23, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2209124120
PMID:37192164
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研究论文 | 本文提出了一种基于深度生成模型的单细胞差异表达分析的贝叶斯方法lvm-DE | lvm-DE方法利用深度生成模型的不确定性进行差异表达分析，并能控制假发现率(FDR) | NA | 开发一种新的方法来进行单细胞RNA测序数据的差异表达分析 | 单细胞RNA测序数据中的差异表达基因 | 机器学习 | NA | scRNA-seq | 深度生成模型 | 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 193 | 2024-08-05 |
A scalable unsupervised learning of scRNAseq data detects rare cells through integration of structure-preserving embedding, clustering and outlier detection
2023-05-19, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbad125
PMID:37185897
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研究论文 | 本文提出了一种新的框架用于聚类大规模单细胞数据并识别稀有细胞亚群体 | 创新点在于结合了保持结构的嵌入、聚类和异常检测的方法，特别是使用了PaCMAP和高斯混合模型来处理稀疏的高维单细胞RNA-seq数据 | 对高维数据的准确聚类方法仍然存在挑战，尽管本研究提供了一种新的方法，但在某些情况下可能仍不够准确 | 旨在通过单细胞RNA-seq分析，开发更有效的聚类和稀有细胞识别方法 | 研究对象为单细胞RNA-seq数据中的稀有细胞亚群体 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | 高斯混合模型，孤立森林，单类支持向量机 | 单细胞RNA-seq数据 | 使用多种公开数据集进行验证，涉及不同的细胞类型和稀有细胞亚群体 | NA | NA | NA | NA |
| 194 | 2024-08-08 |
P-CSN: single-cell RNA sequencing data analysis by partial cell-specific network
2023-05-19, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbad180
PMID:37170676
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研究论文 | 本文提出了一种新的部分细胞特异性网络方法（p-CSN），用于单细胞RNA测序数据分析，通过基于部分独立性的统计方法消除c-CSN的奇异性，并进一步提出单细胞网络熵（scNEntropy）来量化细胞状态 | 提出了基于部分独立性统计的p-CSN方法，有效减少了c-CSN在网络构建中的假阴性问题，并优化了下游分析性能 | NA | 改进单细胞RNA测序数据分析方法，提高基因-基因关联的准确性 | 单细胞RNA测序数据中的基因表达和基因-基因关联 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | p-CSN | 基因表达数据 | 多个数据集 | NA | NA | NA | NA |
| 195 | 2024-08-08 |
scAnno: a deconvolution strategy-based automatic cell type annotation tool for single-cell RNA-sequencing data sets
2023-05-19, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbad179
PMID:37183449
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研究论文 | 开发了一种基于去卷积策略的自动化细胞类型注释工具scAnno，用于单细胞RNA测序数据集 | scAnno通过联合去卷积策略和逻辑回归，能够在没有先验信息的情况下准确识别细胞类型特异性基因，并提供了人类和鼠类的参考基因表达谱 | NA | 开发一种自动化细胞类型注释工具，以提高单细胞RNA测序数据集的准确性和效率 | 单细胞RNA测序数据集中的细胞类型注释 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 逻辑回归 | 基因表达数据 | 人类30种细胞类型和50种组织，鼠类26种细胞类型和50种组织 | NA | NA | NA | NA |
| 196 | 2024-08-08 |
Natural γδT17 cell development and functional acquisition is governed by the mTORC2-c-Maf-controlled mitochondrial fission pathway
2023-May-19, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2023.106630
PMID:37192973
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研究论文 | 本文探讨了mTORC2通过调控c-Maf表达控制γδT17细胞功能命运承诺的内在代谢机制 | 首次揭示了mTORC2通过调节Drp1介导的线粒体分裂和线粒体功能障碍，影响γδT17细胞的发育和功能获取 | NA | 研究γδT17细胞发育的内在代谢机制 | γδT17细胞的发育和功能获取 | NA | NA | scRNA-seq | NA | RNA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 197 | 2024-08-08 |
Exploring the role of pyroptosis in shaping the tumor microenvironment of colorectal cancer by bulk and single-cell RNA sequencing
2023-May-18, Cancer cell international
IF:5.3Q1
DOI:10.1186/s12935-023-02897-8
PMID:37198617
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研究论文 | 本研究通过批量和单细胞RNA测序探索了焦亡在结直肠癌肿瘤微环境中的作用 | 首次在批量和单细胞RNA测序水平上全面调查了焦亡在结直肠癌中的作用 | NA | 研究焦亡在结直肠癌中的机制及其对治疗的影响 | 结直肠癌样本及其肿瘤微环境 | 数字病理学 | 结直肠癌 | RNA测序 | LASSO Cox回归分析 | RNA-seq数据 | 使用了来自Gene Expression Omnibus (GEO)数据库和The Cancer Genome Atlas (TCGA)数据库的结直肠癌样本 | NA | NA | NA | NA |
| 198 | 2024-08-05 |
Celloscope: a probabilistic model for marker-gene-driven cell type deconvolution in spatial transcriptomics data
2023-05-17, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-023-02951-8
PMID:37198601
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研究论文 | 本文提出了一种新的概率模型Celloscope，用于从空间转录组数据中进行细胞类型的解混合 | Celloscope利用既有的标记基因知识进行细胞类型解混合，这是一种创新的方法 | NA | 研究空间转录组数据中不同细胞类型的空间排列 | 针对小鼠脑组织和前列腺组织的细胞类型进行解混合 | 数字病理学 | 前列腺癌 | 空间转录组学 | 概率模型 | 基因表达数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 199 | 2024-08-05 |
Cellular population dynamics shape the route to human pluripotency
2023-05-17, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-023-37270-w
PMID:37198156
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研究论文 | 人类细胞重编程到诱导性多能性是一个低效的过程，本研究探讨了细胞亚群及其相互作用 | 研究通过微流控技术和时间多组学识别并解决不同细胞亚群及其相互作用，指出HGF/MET/STAT3轴是重编程的强效增强因子 | 研究主要依赖微流控系统，而在常规培养皿中需要外源供应HGF以提高效率 | 探究细胞重编程中重要的中间阶段及其功能 | 不同细胞亚群及其在重编程过程中的相互作用 | 生物医学 | NA | 微流控技术, 单细胞转录组学 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 200 | 2024-08-08 |
scBrainMap: a landscape for cell types and associated genetic markers in the brain
2023-05-17, Database : the journal of biological databases and curation
DOI:10.1093/database/baad035
PMID:37195696
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研究论文 | 本文介绍了scBrainMap数据库，该数据库收录了多种物种大脑细胞类型及其相关遗传标记 | scBrainMap数据库通过单细胞转录组技术，提供了高分辨率的大脑细胞类型分类，并包含了跨物种、跨脑区和疾病状态的数据 | NA | 旨在解析大脑细胞组成的多样性及其特性 | 大脑细胞类型及其遗传标记 | 数字病理学 | NA | 单细胞转录组技术 | NA | 基因数据 | 包含6,577,222个单细胞，涉及14个物种、124个脑区和20种不同的疾病状态 | NA | NA | NA | NA |