单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1	2025-07-10	Neuronal identity defines α-synuclein and tau toxicity 2023-05-17, Neuron IF:14.7Q1 DOI:10.1016/j.neuron.2023.02.033 PMID:36948206	研究论文	本文探讨了神经元身份如何定义α-突触核蛋白和tau蛋白的毒性，揭示了不同神经元对这两种蛋白毒性的不同敏感性	通过深度表型分析和全脑单细胞RNA测序，揭示了神经元对α-突触核蛋白和tau蛋白毒性的内在易感性，独立于表达水平	研究主要基于果蝇模型，人类神经元的研究结果需要进一步验证	研究神经元身份如何影响α-突触核蛋白和tau蛋白的毒性，以揭示神经退行性疾病的机制	人类大脑数据集和果蝇中的200多种活神经元类型	神经科学	神经退行性疾病	单细胞RNA测序	果蝇模型	RNA测序数据	200多种果蝇神经元类型
2	2025-06-21	BOTH THE INFECTION STATUS AND INFLAMMATORY MICROENVIRONMENT INDUCE TRANSCRIPTIONAL REMODELING IN MACROPHAGES IN MURINE LEISHMANIAL LESIONS 2023-05-01, The Journal of parasitology IF:1.0Q4 DOI:10.1645/22-94 PMID:37270767	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，比较了感染利什曼原虫的巨噬细胞与未感染的旁观者巨噬细胞在转录水平上的差异，揭示了寄生虫和炎症微环境对巨噬细胞转录重塑的独立影响	首次在体内模型中区分了寄生虫感染和炎症微环境对巨噬细胞转录组的独立影响，并发现两者均能下调EIF2信号通路	研究仅限于小鼠利什曼病模型，人类样本中的适用性尚需验证	探究利什曼原虫感染和炎症微环境对巨噬细胞转录组的独立影响	感染利什曼原虫的小鼠皮肤巨噬细胞	免疫学	皮肤利什曼病	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	NA
3	2025-04-26	High-throughput single nucleus total RNA sequencing of formalin-fixed paraffin-embedded tissues by snRandom-seq 2023-05-12, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-023-38409-5 PMID:37173341	research paper	开发了一种基于液滴的单核RNA测序技术（snRandom-seq），用于福尔马林固定石蜡包埋（FFPE）组织的全长度总RNA捕获	snRandom-seq技术具有较低的双重率（0.3%）、更高的RNA覆盖度，并能检测更多非编码RNA和新转录RNA，相比现有高通量scRNA-seq技术具有优势	未提及具体局限性	开发适用于FFPE组织的单核RNA测序技术，以促进生物医学研究	福尔马林固定石蜡包埋（FFPE）组织	生物医学研究	肝癌	snRandom-seq	NA	RNA测序数据	临床FFPE人肝癌标本
4	2025-03-27	Regulation of c-SMAC formation and AKT-mTOR signaling by the TSG101-IFT20 axis in CD4+ T cells 2023-05, Cellular & molecular immunology IF:21.8Q1 DOI:10.1038/s41423-023-01008-x PMID:37029318	research paper	本研究探讨了TSG101-IFT20轴在CD4+ T细胞中调控c-SMAC形成及AKT-mTOR信号通路的机制	发现IFT20与TSG101的相互作用促进SMAC形成，进而放大AKT-mTOR信号通路，揭示了CD4+ T细胞活化的新调控机制	研究主要基于体外实验和小鼠模型，人体内的相关机制仍需进一步验证	探究CD4+ T细胞中SMAC形成的分子机制及其在免疫应答中的作用	CD4+ T细胞	免疫学	过敏性疾病	单细胞RNA测序	小鼠模型	基因表达数据	未刺激和抗体刺激的CD4+ T细胞
5	2025-03-27	Dendritic cell subsets in cancer immunity and tumor antigen sensing 2023-05, Cellular & molecular immunology IF:21.8Q1 DOI:10.1038/s41423-023-00990-6 PMID:36949244	综述	本文综述了树突状细胞在癌症免疫和肿瘤抗原感知中的作用及其机制	利用scRNA-seq分析揭示了树突状细胞的表型获取、转录状态和功能程序	未提及具体实验样本量和数据来源的局限性	探讨树突状细胞在肿瘤抗原感知和抗肿瘤免疫中的作用	树突状细胞及其在肿瘤微环境中的功能	免疫学	癌症	scRNA-seq	NA	转录组数据	NA
6	2025-03-16	Single-nucleus RNA sequencing of human pancreatic islets identifies novel gene sets and distinguishes β-cell subpopulations with dynamic transcriptome profiles 2023-05-01, Genome medicine IF:10.4Q1 DOI:10.1186/s13073-023-01179-2 PMID:37127706	研究论文	本文通过单核RNA测序技术（snRNA-seq）研究了人类胰岛细胞的转录组特征，并识别了新的基因集和β细胞亚群	利用snRNA-seq技术，结合内含子序列信息，识别了人类胰岛细胞中非经典基因标记，并区分了β细胞的三个亚群	研究主要基于体外和体内实验，未涉及大规模临床样本验证	研究人类胰岛细胞的转录组特征及其动态变化	人类胰岛细胞	基因组学	糖尿病	单核RNA测序（snRNA-seq）	NA	RNA测序数据	来自同一供体的人类胰岛细胞
7	2025-02-28	Spatial Transcriptomics Depict Ligand-Receptor Cross-talk Heterogeneity at the Tumor-Stroma Interface in Long-Term Ovarian Cancer Survivors 2023-05-02, Cancer research IF:12.5Q1 DOI:10.1158/0008-5472.CAN-22-1821 PMID:36787106	研究论文	本研究利用空间转录组学技术，探讨了高级别浆液性卵巢癌（HGSC）长期存活者肿瘤微环境中的基质异质性及其与患者生存的关系	首次通过空间转录组学揭示了HGSC长期存活者肿瘤微环境中特定CAF亚型与肿瘤细胞亚型之间的空间配体-受体相互作用，并发现其与患者长期生存相关	需要进一步研究确认这些相互作用是否在调节HGSC恶性表型中起作用，并验证其作为患者生存预测生物标志物的潜力	探讨HGSC长期存活者肿瘤微环境中的基质异质性及其与患者生存的关系，以识别潜在的治疗靶点	高级别浆液性卵巢癌（HGSC）患者的肿瘤微环境	数字病理学	卵巢癌	空间转录组学，单细胞RNA测序，多重免疫组化	NA	空间转录组数据，单细胞RNA测序数据，免疫组化数据	高级别浆液性卵巢癌长期存活者（LTS）和短期存活者（STS）的肿瘤组织样本
8	2025-02-16	Intestinal stem cell aging at single-cell resolution: Transcriptional perturbations alter cell developmental trajectory reversed by gerotherapeutics 2023-05, Aging cell IF:8.0Q1 DOI:10.1111/acel.13802 PMID:36864750	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术，研究了小鼠肠道中Lgr5肠道干细胞（Lgr5 ISCs）随年龄增长的功能变化及其对粘膜稳态的影响，并探讨了二甲双胍和雷帕霉素对衰老影响的逆转作用	揭示了衰老过程中Lgr5 ISCs的转录重编程如何延缓细胞沿隐窝-腔轴成熟的进程，并首次展示了二甲双胍和雷帕霉素在逆转这些衰老效应中的互补作用	研究仅限于小鼠模型，未在人类中进行验证	探讨衰老对Lgr5 ISCs功能的影响及其对上皮再生的影响，并测试老年保护药物对这些影响的逆转效果	小鼠肠道中的Lgr5 ISCs及其后代细胞	生物医学	老年疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	未明确提及具体样本数量，但涉及小鼠肠道细胞
9	2025-02-08	Idiopathic subglottic stenosis arises at the epithelial interface of host and pathogen 2023-May-19, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-2945067/v1 PMID:37292825	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术，研究了特发性声门下狭窄（iSGS）的发病机制，揭示了上皮细胞变化与微生物群位移、免疫激活和局部纤维化之间的关系	首次利用单细胞RNA测序技术对iSGS患者的近端气道瘢痕进行无偏倚的细胞亚群表征，并详细描述了其分子表型，揭示了上皮细胞变化与微生物群位移、免疫激活和局部纤维化之间的关系	疾病罕见性和患者地理分布广泛限制了iSGS发病机制的实质性机制研究	研究特发性声门下狭窄（iSGS）的发病机制	特发性声门下狭窄（iSGS）患者的近端气道瘢痕组织	生物医学	特发性声门下狭窄	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	国际iSGS患者队列的致病性黏膜样本
10	2025-01-19	scRNA-Seq and imaging mass cytometry analyses unveil iNKT cells-mediated anti-tumor immunity in pancreatic cancer liver metastasis 2023-05-01, Cancer letters IF:9.1Q1 DOI:10.1016/j.canlet.2023.216149 PMID:36990268	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和成像质谱流式细胞术分析，揭示了iNKT细胞在胰腺癌肝转移中的抗肿瘤免疫作用	首次全面探索了iNKT细胞在胰腺癌肝转移中的作用，并揭示了α-半乳糖神经酰胺（αGC）激活iNKT细胞后对肿瘤微环境中免疫细胞的全局变化	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类临床试验中验证	探索iNKT细胞在胰腺癌肝转移中的抗肿瘤免疫作用	胰腺癌肝转移小鼠模型中的iNKT细胞	数字病理学	胰腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq），成像质谱流式细胞术	NA	单细胞RNA测序数据，成像质谱流式细胞术数据	超过30,000个免疫细胞
11	2024-12-17	Cellular mechanisms of oligoclonal vascular smooth muscle cell expansion in cardiovascular disease 2023-05-22, Cardiovascular research IF:10.2Q1 DOI:10.1093/cvr/cvac138 PMID:35994249	研究论文	本文研究了心血管疾病中寡克隆血管平滑肌细胞扩展的细胞机制	揭示了健康动脉中罕见的血管平滑肌细胞表现出与病理性血管重塑相似的表型转换，并且这种特性在鼠和人类健康动脉中是保守的	NA	理解寡克隆血管平滑肌细胞生成的细胞机制	血管平滑肌细胞及其在血管疾病中的扩展	心血管疾病	心血管疾病	共聚焦显微镜、单细胞转录组学	NA	图像、RNA-seq数据	使用血管平滑肌细胞系追踪的动物模型进行研究
12	2024-12-13	Six3 and Six6 jointly regulate the identities and developmental trajectories of multipotent retinal progenitor cells in the mouse retina 2023-May-03, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.05.03.539288 PMID:37205402	研究论文	研究了Six3和Six6在调控小鼠视网膜多能祖细胞的身份和发育轨迹中的作用	通过单细胞RNA测序和条件性基因敲除技术，揭示了Six3和Six6在视网膜祖细胞分化中的协同调控作用，并发现了新的候选基因	研究仅限于小鼠模型，尚未在人类视网膜中验证这些发现	探讨Six3和Six6在视网膜发育中的分子机制，为视网膜再生治疗提供理论基础	小鼠视网膜中的多能祖细胞及其分化轨迹	发育生物学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	胚胎小鼠眼杯样本
13	2024-11-22	Single-Cell Analysis Reveals Distinct Immune and Smooth Muscle Cell Populations that Contribute to Chronic Thromboembolic Pulmonary Hypertension 2023-05-15, American journal of respiratory and critical care medicine IF:19.3Q1 DOI:10.1164/rccm.202203-0441OC PMID:36803741	研究论文	通过单细胞RNA测序分析，揭示了慢性血栓栓塞性肺动脉高压中不同的免疫和肌细胞群体及其功能障碍	首次通过单细胞RNA测序技术，全面分析了慢性血栓栓塞性肺动脉高压中的多种细胞类型及其功能，并识别出潜在的治疗靶点PAR1	研究样本量较小，仅涉及五名患者，可能影响结果的普适性	识别构成慢性血栓栓塞性肺动脉高压血栓的多种细胞类型，并研究其功能障碍	慢性血栓栓塞性肺动脉高压中的免疫细胞和肌细胞	数字病理学	心血管疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA	五名患者
14	2024-11-09	A human model of asthma exacerbation reveals transcriptional programs and cell circuits specific to allergic asthma 2023-05-12, Science immunology IF:17.6Q1 DOI:10.1126/sciimmunol.abq6352 PMID:37146132	研究论文	研究使用单细胞RNA测序比较过敏性哮喘患者和过敏性非哮喘对照组的下呼吸道黏膜，揭示了过敏性哮喘特有的转录程序和细胞回路	首次在人类模型中揭示了过敏性哮喘加重的特异性转录程序和细胞回路，特别是涉及T2细胞、DC2和MCs的相互作用	研究仅限于过敏性哮喘患者和对照组，未涵盖其他类型的哮喘	探究过敏性哮喘加重的分子机制和细胞回路	过敏性哮喘患者和过敏性非哮喘对照组的下呼吸道黏膜	数字病理学	哮喘	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	过敏性哮喘患者和过敏性非哮喘对照组
15	2024-11-08	Single-cell transcriptomics reveals that tumor-infiltrating natural killer cells are activated by localized ablative immunotherapy and share anti-tumor signatures induced by immune checkpoint inhibitors 2023-May-03, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.05.02.539163 PMID:37205468	研究论文	研究通过单细胞转录组学揭示肿瘤浸润自然杀伤细胞在局部消融免疫疗法激活下与免疫检查点抑制剂诱导的抗肿瘤特征共享	首次揭示局部消融免疫疗法激活自然杀伤细胞的细胞毒性，并发现上调基因与癌症患者的有益临床结果正相关	NA	探讨自然杀伤细胞在癌症治疗中的激活基因特征和通路	自然杀伤细胞在肿瘤微环境中的转录变化	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	使用MMTV-PyMT小鼠模型和人类样本进行分析
16	2024-10-16	Impaired PPARγ activation by cadmium exacerbates infection-induced lung injury 2023-05-08, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.166608 PMID:36928191	研究论文	研究揭示了镉暴露和感染对肺部巨噬细胞中PPARγ激活的抑制作用，加剧了感染诱导的肺损伤	首次通过单细胞RNA测序揭示了镉暴露和感染对肺部巨噬细胞中PPARγ基因表达的影响，并发现ERK激活介导的PPARγ降解加剧了肺损伤	研究主要基于小鼠模型，结果在人类中的适用性需要进一步验证	探讨环境重金属暴露与肺部疾病之间的关系，特别是感染诱导的肺损伤	肺部巨噬细胞、PPARγ基因、ERK激活	数字病理学	肺部疾病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	小鼠模型和人类样本
17	2024-10-14	A parathyroid hormone/salt-inducible kinase signaling axis controls renal vitamin D activation and organismal calcium homeostasis 2023-05-01, The Journal of clinical investigation IF:13.3Q1 DOI:10.1172/JCI163627 PMID:36862513	研究论文	本文研究了甲状旁腺激素（PTH）和盐诱导激酶（SIK）信号轴在肾脏维生素D激活和机体钙稳态中的作用	首次揭示了SIK在PTH信号下游调控肾脏1,25-维生素D生成的机制	NA	探讨PTH依赖的维生素D激活的信号机制	甲状旁腺激素（PTH）、盐诱导激酶（SIK）、维生素D基因模块	NA	慢性肾脏病-矿物质骨病（CKD-MBD）	转录组学	NA	转录组数据	包括小鼠、人胚胎干细胞衍生的肾脏类器官和慢性肾脏病-矿物质骨病（CKD-MBD）模型
18	2024-10-08	Studying stochastic systems biology of the cell with single-cell genomics data 2023-May-29, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.05.17.541250 PMID:37292934	综述	本文综述了单细胞基因组学数据在细胞系统生物学中的应用，并提出了一种统一的数学框架来处理单分子生物随机性和基因组学技术变异	提出了一个统一的数学框架，通过生成函数的方法整合单细胞RNA测序中的各种现象	NA	探讨单细胞基因组学数据在系统生物学中的应用，并提出一个数学框架来处理生物随机性和技术变异	单细胞RNA测序中的RNA转录过程和微流控技术中的封装和文库构建步骤	系统生物学	NA	单细胞RNA测序	生成函数	基因组数据	NA
19	2024-10-08	Spatial genomic, biochemical, and cellular mechanisms drive meningioma heterogeneity and evolution 2023-May-15, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-2921804/v1 PMID:37292686	研究论文	本文整合了空间转录组学和空间蛋白质组学方法，研究了高级别脑膜瘤的基因组、生化和细胞机制，揭示了肿瘤内异质性与分子、时间和空间演化的关系	通过空间转录组学和蛋白质组学方法，揭示了高级别脑膜瘤的基因和蛋白质表达差异，并发现了治疗抵抗性的空间扩展亚克隆拷贝数变异	NA	研究脑膜瘤的肿瘤内异质性和演化机制，为个性化医疗治疗提供基础	高级别脑膜瘤	数字病理学	脑膜瘤	空间转录组学、空间蛋白质组学、多重顺序免疫荧光（seqIF）、空间解卷积	NA	基因组数据、蛋白质数据、单细胞RNA测序数据	NA
20	2024-10-04	Transcriptional programming of CD4+ TRM differentiation in viral infection balances effector- and memory-associated gene expression 2023-05-12, Science immunology IF:17.6Q1 DOI:10.1126/sciimmunol.abq7486 PMID:37172104	研究论文	研究了在病毒感染后，CD4+ T细胞在小肠中的表型、功能和转录特征，揭示了其与循环T1细胞的共同基因表达程序和染色质可及性特征	首次揭示了CD4+ T细胞在病毒感染后形成的早期T细胞与T1效应细胞之间的发育关系，并比较了CD4+ T细胞与CD8+ T细胞的差异	NA	探讨CD4+ T细胞在病毒感染后的分化和转录调控机制	CD4+ T细胞在小肠中的表型、功能和转录特征	免疫学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA