单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 356 篇文献，本页显示第 1 - 20 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 2024-12-17 |
Cellular mechanisms of oligoclonal vascular smooth muscle cell expansion in cardiovascular disease
2023-05-22, Cardiovascular research
IF:10.2Q1
DOI:10.1093/cvr/cvac138
PMID:35994249
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研究论文 | 本文研究了心血管疾病中寡克隆血管平滑肌细胞扩展的细胞机制 | 揭示了健康动脉中罕见的血管平滑肌细胞表现出与病理性血管重塑相似的表型转换，并且这种特性在鼠和人类健康动脉中是保守的 | NA | 理解寡克隆血管平滑肌细胞生成的细胞机制 | 血管平滑肌细胞及其在血管疾病中的扩展 | 心血管疾病 | 心血管疾病 | 共聚焦显微镜、单细胞转录组学 | NA | 图像、RNA-seq数据 | 使用血管平滑肌细胞系追踪的动物模型进行研究 |
| 2 | 2024-12-13 |
Six3 and Six6 jointly regulate the identities and developmental trajectories of multipotent retinal progenitor cells in the mouse retina
2023-May-03, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.05.03.539288
PMID:37205402
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研究论文 | 研究了Six3和Six6在调控小鼠视网膜多能祖细胞的身份和发育轨迹中的作用 | 通过单细胞RNA测序和条件性基因敲除技术，揭示了Six3和Six6在视网膜祖细胞分化中的协同调控作用，并发现了新的候选基因 | 研究仅限于小鼠模型，尚未在人类视网膜中验证这些发现 | 探讨Six3和Six6在视网膜发育中的分子机制，为视网膜再生治疗提供理论基础 | 小鼠视网膜中的多能祖细胞及其分化轨迹 | 发育生物学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 胚胎小鼠眼杯样本 |
| 3 | 2024-11-22 |
Single-Cell Analysis Reveals Distinct Immune and Smooth Muscle Cell Populations that Contribute to Chronic Thromboembolic Pulmonary Hypertension
2023-05-15, American journal of respiratory and critical care medicine
IF:19.3Q1
DOI:10.1164/rccm.202203-0441OC
PMID:36803741
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析，揭示了慢性血栓栓塞性肺动脉高压中不同的免疫和肌细胞群体及其功能障碍 | 首次通过单细胞RNA测序技术，全面分析了慢性血栓栓塞性肺动脉高压中的多种细胞类型及其功能，并识别出潜在的治疗靶点PAR1 | 研究样本量较小，仅涉及五名患者，可能影响结果的普适性 | 识别构成慢性血栓栓塞性肺动脉高压血栓的多种细胞类型，并研究其功能障碍 | 慢性血栓栓塞性肺动脉高压中的免疫细胞和肌细胞 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 五名患者 |
| 4 | 2024-11-09 |
A human model of asthma exacerbation reveals transcriptional programs and cell circuits specific to allergic asthma
2023-05-12, Science immunology
IF:17.6Q1
DOI:10.1126/sciimmunol.abq6352
PMID:37146132
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研究论文 | 研究使用单细胞RNA测序比较过敏性哮喘患者和过敏性非哮喘对照组的下呼吸道黏膜，揭示了过敏性哮喘特有的转录程序和细胞回路 | 首次在人类模型中揭示了过敏性哮喘加重的特异性转录程序和细胞回路，特别是涉及T2细胞、DC2和MCs的相互作用 | 研究仅限于过敏性哮喘患者和对照组，未涵盖其他类型的哮喘 | 探究过敏性哮喘加重的分子机制和细胞回路 | 过敏性哮喘患者和过敏性非哮喘对照组的下呼吸道黏膜 | 数字病理学 | 哮喘 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 过敏性哮喘患者和过敏性非哮喘对照组 |
| 5 | 2024-11-08 |
Single-cell transcriptomics reveals that tumor-infiltrating natural killer cells are activated by localized ablative immunotherapy and share anti-tumor signatures induced by immune checkpoint inhibitors
2023-May-03, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.05.02.539163
PMID:37205468
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研究论文 | 研究通过单细胞转录组学揭示肿瘤浸润自然杀伤细胞在局部消融免疫疗法激活下与免疫检查点抑制剂诱导的抗肿瘤特征共享 | 首次揭示局部消融免疫疗法激活自然杀伤细胞的细胞毒性，并发现上调基因与癌症患者的有益临床结果正相关 | NA | 探讨自然杀伤细胞在癌症治疗中的激活基因特征和通路 | 自然杀伤细胞在肿瘤微环境中的转录变化 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 使用MMTV-PyMT小鼠模型和人类样本进行分析 |
| 6 | 2024-10-16 |
Impaired PPARγ activation by cadmium exacerbates infection-induced lung injury
2023-05-08, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.166608
PMID:36928191
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研究论文 | 研究揭示了镉暴露和感染对肺部巨噬细胞中PPARγ激活的抑制作用，加剧了感染诱导的肺损伤 | 首次通过单细胞RNA测序揭示了镉暴露和感染对肺部巨噬细胞中PPARγ基因表达的影响，并发现ERK激活介导的PPARγ降解加剧了肺损伤 | 研究主要基于小鼠模型，结果在人类中的适用性需要进一步验证 | 探讨环境重金属暴露与肺部疾病之间的关系，特别是感染诱导的肺损伤 | 肺部巨噬细胞、PPARγ基因、ERK激活 | 数字病理学 | 肺部疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 小鼠模型和人类样本 |
| 7 | 2024-10-14 |
A parathyroid hormone/salt-inducible kinase signaling axis controls renal vitamin D activation and organismal calcium homeostasis
2023-05-01, The Journal of clinical investigation
IF:13.3Q1
DOI:10.1172/JCI163627
PMID:36862513
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研究论文 | 本文研究了甲状旁腺激素（PTH）和盐诱导激酶（SIK）信号轴在肾脏维生素D激活和机体钙稳态中的作用 | 首次揭示了SIK在PTH信号下游调控肾脏1,25-维生素D生成的机制 | NA | 探讨PTH依赖的维生素D激活的信号机制 | 甲状旁腺激素（PTH）、盐诱导激酶（SIK）、维生素D基因模块 | NA | 慢性肾脏病-矿物质骨病（CKD-MBD） | 转录组学 | NA | 转录组数据 | 包括小鼠、人胚胎干细胞衍生的肾脏类器官和慢性肾脏病-矿物质骨病（CKD-MBD）模型 |
| 8 | 2024-10-08 |
Studying stochastic systems biology of the cell with single-cell genomics data
2023-May-29, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.05.17.541250
PMID:37292934
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综述 | 本文综述了单细胞基因组学数据在细胞系统生物学中的应用，并提出了一种统一的数学框架来处理单分子生物随机性和基因组学技术变异 | 提出了一个统一的数学框架，通过生成函数的方法整合单细胞RNA测序中的各种现象 | NA | 探讨单细胞基因组学数据在系统生物学中的应用，并提出一个数学框架来处理生物随机性和技术变异 | 单细胞RNA测序中的RNA转录过程和微流控技术中的封装和文库构建步骤 | 系统生物学 | NA | 单细胞RNA测序 | 生成函数 | 基因组数据 | NA |
| 9 | 2024-10-08 |
Spatial genomic, biochemical, and cellular mechanisms drive meningioma heterogeneity and evolution
2023-May-15, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-2921804/v1
PMID:37292686
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研究论文 | 本文整合了空间转录组学和空间蛋白质组学方法，研究了高级别脑膜瘤的基因组、生化和细胞机制，揭示了肿瘤内异质性与分子、时间和空间演化的关系 | 通过空间转录组学和蛋白质组学方法，揭示了高级别脑膜瘤的基因和蛋白质表达差异，并发现了治疗抵抗性的空间扩展亚克隆拷贝数变异 | NA | 研究脑膜瘤的肿瘤内异质性和演化机制，为个性化医疗治疗提供基础 | 高级别脑膜瘤 | 数字病理学 | 脑膜瘤 | 空间转录组学、空间蛋白质组学、多重顺序免疫荧光（seqIF）、空间解卷积 | NA | 基因组数据、蛋白质数据、单细胞RNA测序数据 | NA |
| 10 | 2024-10-04 |
Transcriptional programming of CD4+ TRM differentiation in viral infection balances effector- and memory-associated gene expression
2023-05-12, Science immunology
IF:17.6Q1
DOI:10.1126/sciimmunol.abq7486
PMID:37172104
|
研究论文 | 研究了在病毒感染后，CD4+ T细胞在小肠中的表型、功能和转录特征，揭示了其与循环T1细胞的共同基因表达程序和染色质可及性特征 | 首次揭示了CD4+ T细胞在病毒感染后形成的早期T细胞与T1效应细胞之间的发育关系，并比较了CD4+ T细胞与CD8+ T细胞的差异 | NA | 探讨CD4+ T细胞在病毒感染后的分化和转录调控机制 | CD4+ T细胞在小肠中的表型、功能和转录特征 | 免疫学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA |
| 11 | 2024-10-04 |
A human liver organoid screening platform for DILI risk prediction
2023-05, Journal of hepatology
IF:26.8Q1
DOI:10.1016/j.jhep.2023.01.019
PMID:36738840
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研究论文 | 本研究评估了人肝类器官（HLOs）在药物性肝损伤（DILI）风险预测中的应用，并将其应用于高吞吐量筛选和芯片系统 | 开发了基于人肝类器官的高吞吐量筛选平台和芯片系统，用于预测药物性肝损伤风险，并展示了其在临床前药物筛选中的潜力 | NA | 开发和评估用于药物性肝损伤风险预测的新型体外模型 | 人肝类器官（HLOs）及其在药物性肝损伤风险预测中的应用 | 数字病理学 | 药物性肝损伤 | 单细胞转录组学 | NA | 生物化学数据 | 三个独立的诱导多能干细胞（iPSC）系 |
| 12 | 2024-09-30 |
Identification of potential resistance mechanisms and therapeutic targets for the relapse of BCMA CAR-T therapy in relapsed/refractory multiple myeloma through single-cell sequencing
2023-May-08, Experimental hematology & oncology
IF:9.4Q1
DOI:10.1186/s40164-023-00402-5
PMID:37158921
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析了BCMA CAR-T治疗后复发/难治性多发性骨髓瘤患者的骨髓免疫微环境，识别潜在的耐药机制和治疗靶点 | 本研究首次通过单细胞RNA测序深入分析了BCMA CAR-T治疗后复发的耐药机制，并探索了新的治疗靶点 | 研究结果需要进一步的实验验证 | 深入分析BCMA CAR-T治疗后复发的耐药机制，并探索新的治疗靶点 | 复发/难治性多发性骨髓瘤患者的骨髓免疫微环境 | 数字病理学 | 多发性骨髓瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA数据 | 复发/难治性多发性骨髓瘤患者的骨髓CD45+细胞 |
| 13 | 2024-09-30 |
Novel Human Meningioma Organoids Recapitulate the Aggressiveness of the Initiating Cell Subpopulations Identified by ScRNA-Seq
2023-05, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202205525
PMID:36994665
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术识别出高级别脑膜瘤中的独特起始细胞亚群，并通过建立患者来源的脑膜瘤类器官模型，验证了该亚群的侵袭性，并发现了一种潜在的治疗药物 | 首次通过单细胞RNA测序技术识别出高级别脑膜瘤中的独特起始细胞亚群，并建立了患者来源的脑膜瘤类器官模型来验证其侵袭性 | NA | 揭示高级别脑膜瘤恶性进展和复发的机制，并寻找新的治疗靶点 | 高级别脑膜瘤中的独特起始细胞亚群及其在肿瘤进展和复发中的作用 | 数字病理学 | 脑膜瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | NA |
| 14 | 2024-09-28 |
SARS CoV-2 spike protein variants exploit DC-SIGN/DC-SIGNR receptor for evolution and severity: an in-silico insight
2023-May-24, Virusdisease
DOI:10.1007/s13337-023-00820-3
PMID:37363363
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研究论文 | 本文通过计算分析研究了SARS-CoV-2刺突蛋白变异体如何利用DC-SIGN/DC-SIGNR受体进行进化和加重病情 | 首次详细分析了SARS-CoV-2刺突蛋白在DC-SIGN相互作用区域的变异及其对免疫逃避的影响 | 主要基于计算模拟分析，缺乏实验验证 | 探讨SARS-CoV-2刺突蛋白变异体与DC-SIGN/DC-SIGNR受体的相互作用及其对病毒进化和病情严重性的影响 | SARS-CoV-2刺突蛋白变异体及其与DC-SIGN/DC-SIGNR受体的相互作用 | 生物信息学 | COVID-19 | 计算模拟 | NA | 基因组数据 | 使用了GISAID数据库中的SARS-CoV-2刺突蛋白数据，样本量未明确提及 |
| 15 | 2024-09-28 |
Expression pattern analysis of m6A regulators reveals IGF2BP3 as a key modulator in osteoarthritis synovial macrophages
2023-05-22, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-023-04173-9
PMID:37217897
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研究论文 | 研究探讨了m6A调节因子在骨关节炎滑膜细胞簇中的表达模式，并识别出IGF2BP3作为关键调节因子在滑膜巨噬细胞中的作用 | 首次揭示了m6A调节因子在骨关节炎滑膜炎中的作用，并识别出IGF2BP3作为关键调节因子 | 研究主要基于RNA-seq数据和体外实验，缺乏体内实验验证 | 探索m6A调节因子在骨关节炎滑膜细胞簇中的表达模式，并识别关键调节因子 | m6A调节因子在骨关节炎滑膜细胞簇中的表达模式及IGF2BP3的作用 | 数字病理学 | 骨关节炎 | RNA-seq | LASSO-Cox回归预测模型 | RNA | 大量和单细胞RNA-seq数据 |
| 16 | 2024-08-05 |
scTIE: data integration and inference of gene regulation using single-cell temporal multimodal data
2023-May-22, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.05.18.541381
PMID:37292801
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研究论文 | 本文介绍了一种统一的方法scTIE，用于整合时间多模态数据并推断基因调控关系 | scTIE通过迭代最优传输将单细胞时间点嵌入到共同空间，提取可解释信息以预测细胞轨迹，优于现有方法，特别是在批次效应和噪声存在时 | 本文未提及具体的局限性 | 本研究旨在提升基因调控机制的解析能力，特别是在时间动态的背景下 | 使用合成和真实的时间多模态数据集进行分析 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）和单细胞ATAC测序（scATAC-seq） | 自动编码器 | 时间序列数据 | 使用多种合成和真实的时间多模态数据集 |
| 17 | 2024-09-28 |
The potential crosstalk between tumor and plasma cells and its association with clinical outcome and immunotherapy response in bladder cancer
2023-05-03, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-023-04151-1
PMID:37138324
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研究论文 | 研究膀胱癌中肿瘤细胞与浆细胞之间的潜在交叉对话及其与临床结果和免疫治疗反应的关联 | 首次探讨了浆细胞与膀胱癌肿瘤细胞之间的异质性和潜在交叉对话模式，并构建了基于配体/受体的风险模型来预测患者生存和免疫治疗反应 | 研究样本量较小，可能影响结果的普适性 | 探索浆细胞与膀胱癌肿瘤细胞之间的交叉对话模式及其对临床结果和免疫治疗反应的影响 | 膀胱癌患者中的浆细胞和肿瘤细胞 | 数字病理学 | 膀胱癌 | RNA测序 | 风险模型 | RNA数据 | 728个批量RNA测序样本和8个单细胞RNA测序样本（共41,894个过滤细胞） |
| 18 | 2024-09-28 |
TissUUmaps 3: Improvements in interactive visualization, exploration, and quality assessment of large-scale spatial omics data
2023-May, Heliyon
IF:3.4Q1
DOI:10.1016/j.heliyon.2023.e15306
PMID:37131430
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研究论文 | 本文介绍了TissUUmaps 3在交互式可视化、探索和大规模空间组学数据质量评估方面的改进 | TissUUmaps 3通过优化减少了交互数据探索的时间和成本，显著提高了对大规模多重数据集的处理能力 | NA | 改进大规模空间组学数据的交互式可视化和探索工具 | 空间转录组学数据 | 生物信息学 | NA | 空间转录组学 | NA | 图像 | NA |
| 19 | 2024-09-28 |
Comparison of transformations for single-cell RNA-seq data
2023-05, Nature methods
IF:36.1Q1
DOI:10.1038/s41592-023-01814-1
PMID:37037999
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研究论文 | 本文比较了四种用于单细胞RNA测序数据转换的方法，并评估了它们在模拟和真实数据上的表现 | 本文提出了四种基于不同理论基础的数据转换方法，并发现简单的对数变换结合伪计数和主成分分析在实际应用中表现最佳 | 目前的理论分析在实际性能基准测试中存在局限性 | 比较不同数据转换方法在单细胞RNA测序数据分析中的效果 | 单细胞RNA测序数据的转换方法 | 生物信息学 | NA | RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 模拟数据和真实世界数据 |
| 20 | 2024-09-23 |
Cell type deconvolution of bulk blood RNA-Seq to reveal biological insights of neuropsychiatric disorders
2023-May-25, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.05.24.542156
PMID:37293101
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研究论文 | 本研究通过计算方法从大量血液RNA-Seq数据中推断细胞类型比例，揭示神经精神疾病的生物学机制 | 本研究首次在非脑组织的大规模RNA-Seq数据中应用计算方法，识别与精神疾病和药物相关的细胞类型特异性生物学机制 | 本研究主要依赖于计算推断的细胞类型比例，可能存在一定的误差 | 揭示神经精神疾病的遗传变异与疾病风险之间的因果机制 | 双相情感障碍和精神分裂症患者的血液样本 | 基因组学 | 神经精神疾病 | RNA-Seq | NA | RNA序列 | 1730个样本 |