单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 287 篇文献，本页显示第 161 - 180 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 161 | 2024-08-08 |
Coronary Artery Disease Risk Gene PRDM16 is Preferentially Expressed in Vascular Smooth Muscle Cells and a Potential Novel Regulator of Smooth Muscle Homeostasis
2023-Apr-04, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.04.03.535461
PMID:37066230
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研究论文 | 本研究通过分析增强子组蛋白标记H3K27ac ChIP-seq数据，发现冠状动脉疾病风险基因PRDM16在血管平滑肌细胞中优先表达，并可能作为平滑肌细胞稳态的新调控因子。 | 首次揭示了PRDM16在血管疾病进展中的未知功能，并证实其在血管平滑肌细胞中的优先表达及其对平滑肌细胞稳态的调控作用。 | 研究主要集中在体外实验和小鼠模型上，未来需要进一步研究PRDM16在病理条件如动脉粥样硬化中的作用。 | 通过筛选超级增强子调控的转录因子，识别血管平滑肌细胞稳态的新调控因子。 | 血管平滑肌细胞及其在冠状动脉疾病中的表型转换。 | 数字病理学 | 心血管疾病 | ChIP-seq, RNA-seq, qRT-PCR, 蛋白质印迹 | NA | 序列数据 | 包括多个动脉组织样本、Prdm16 SMC特异性敲除小鼠及主动脉组织样本。 |
| 162 | 2024-08-08 |
Pro-inflammatory macrophages impair skeletal muscle regeneration in ischemic-damaged limbs by inducing precocious differentiation of satellite cells
2023-Apr-03, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.04.01.535211
PMID:37066299
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组分析，探讨了慢性肢体威胁性缺血（CLTI）中骨骼肌再生失败的关键机制，发现缺血损伤组织中富含促炎性巨噬细胞，并揭示了肌肉卫星细胞（MuSCs）的过早分化及其与炎症微环境的细胞间信号交流缺陷。 | 首次提供了来自CLTI患者和鼠模型的骨骼肌单细胞转录组图谱，强调了巨噬细胞和炎症在调节CLTI中肌肉再生中的关键作用。 | NA | 探讨慢性肢体威胁性缺血中骨骼肌再生失败的关键机制。 | 来自CLTI患者和鼠模型的骨骼肌组织。 | NA | 外周动脉疾病 | 单细胞转录组分析 | NA | 转录组数据 | 来自相同CLTI患者的缺血和非缺血肌肉组织，以及鼠CLTI模型。 |
| 163 | 2024-08-08 |
Molecular Physiological Evidence for the Role of Na+-Cl- Co-Transporter in Branchial Na+ Uptake in Freshwater Teleosts
2023-Apr-01, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms24076597
PMID:37047570
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研究论文 | 本研究通过活体检测平台（扫描离子选择电极技术，SIET）揭示了淡水硬骨鱼鳃中Na-Cl共转运蛋白（Ncc）在Na吸收中的作用 | 首次通过单细胞转录组分析和免疫荧光技术鉴定了斑马鱼鳃中表达Ncc2的细胞为特定类型的离子细胞（NCC离子细胞），并证明了长期低Na淡水暴露下斑马鱼鳃中Ncc2表达和NCC离子细胞数量的增加及鳃Na吸收能力的增强 | 由于鳃功能测定的局限性，关于Ncc在鳃Na吸收中的作用仍缺乏令人信服的分子生理学证据 | 揭示鳃中Ncc在Na吸收中的作用 | 淡水硬骨鱼的鳃 | 生理学 | NA | 扫描离子选择电极技术（SIET） | NA | 单细胞转录组数据 | 斑马鱼 |
| 164 | 2024-08-08 |
Single cell transcriptomics reveals reduced stress response in stem cells manipulated using localized electric fields
2023-Apr, Materials today. Bio
DOI:10.1016/j.mtbio.2023.100601
PMID:37063248
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序研究了批量电穿孔和局部电穿孔对小鼠神经干细胞基因表达的影响 | 发现局部电穿孔不会导致广泛的细胞死亡或激活细胞应激反应途径，适合多日输送协议 | NA | 探讨批量电穿孔和局部电穿孔对敏感干细胞生理的影响 | 小鼠神经干细胞的基因表达 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA |
| 165 | 2024-08-08 |
A single-cell transcriptome atlas of the maturing zebrafish telencephalon
2023-04, Genome research
IF:6.2Q1
DOI:10.1101/gr.277278.122
PMID:37072188
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研究论文 | 本文通过综合分析约64,000个单细胞转录组数据，描绘了斑马鱼端脑从幼体到成体的九种主要神经细胞类型及其标记基因 | 发现了斑马鱼与小鼠神经细胞类型的保守性和缺失性，以及在成年前脑中显著扩张的几种细胞类型 | NA | 揭示斑马鱼端脑神经细胞类型的转录特征及其发育时间线 | 斑马鱼端脑的神经细胞类型及其发育过程 | 数字病理学 | NA | 单细胞转录组分析 | NA | 转录组数据 | 约64,000个细胞，来自6天、15天和成体的端脑 |
| 166 | 2024-08-08 |
Intratumoral tertiary lymphoid structure (TLS) maturation is influenced by draining lymph nodes of lung cancer
2023-04, Journal for immunotherapy of cancer
IF:10.3Q1
DOI:10.1136/jitc-2022-005539
PMID:37072348
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研究论文 | 研究探讨了肺肿瘤引流淋巴结（TDLN）对非小细胞肺癌（NSCLC）内肿瘤内三级淋巴结构（TLS）成熟的影响 | 首次研究了肿瘤引流淋巴结与肿瘤内三级淋巴结构成熟之间的关系 | 研究样本仅限于接受手术的616名患者，可能无法代表所有NSCLC患者的情况 | 探讨肿瘤引流淋巴结对肿瘤内三级淋巴结构成熟的影响及其机制 | 非小细胞肺癌患者的肿瘤组织和淋巴结 | 数字病理学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq），免疫组织化学，多重免疫荧光和流式细胞术 | Cox比例风险回归模型，逻辑回归模型 | 组织切片 | 616名接受手术的非小细胞肺癌患者 |
| 167 | 2024-08-08 |
Effects of Univariate Stiffness and Degradation of DNA Hydrogels on the Transcriptomics of Neural Progenitor Cells
2023-04-26, Journal of the American Chemical Society
IF:14.4Q1
DOI:10.1021/jacs.2c13373
PMID:37029734
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研究论文 | 研究使用DNA及其对映体制备的单一刚度调节水凝胶对神经前体细胞命运决策的影响 | 采用DNA及其对映体制备具有单一刚度调节的水凝胶，实现了对细胞微环境机械特性的精确操控 | 研究主要关注水凝胶的刚度和降解对细胞行为的影响，未涉及其他可能的机械信号调节因素 | 探究细胞外基质（ECM）模拟水凝胶的机械信号如何调节神经前体细胞的行为 | 神经前体细胞（NPCs）及其在三维环境中的命运决策 | 生物医学工程 | NA | 单细胞RNA测序技术 | NA | RNA | 一系列具有不同刚度的DNA水凝胶 |
| 168 | 2024-08-08 |
Nanoplastics Shape Adaptive Anticancer Immunity in the Colon in Mice
2023-04-26, Nano letters
IF:9.6Q1
DOI:10.1021/acs.nanolett.3c00644
PMID:37043775
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研究论文 | 本研究探讨了纳米塑料（NPs）对小鼠肠道微环境和结直肠癌发展的影响 | 首次揭示了口服聚乙烯纳米塑料通过破坏溶酶体引发IL-1β产生巨噬细胞的活化，进而影响结肠Treg和Th17细胞的分化，促进肿瘤生长 | 研究仅限于小鼠模型，需要进一步的人体研究来验证结果 | 探究纳米塑料摄入与结直肠癌发生之间的潜在联系 | 纳米塑料对肠道微环境和结直肠癌的影响 | NA | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 小鼠模型 |
| 169 | 2024-08-08 |
Nodal coordinates the anterior-posterior patterning of germ layers and induces head formation in zebrafish explants
2023-04-25, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2023.112351
PMID:37018074
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研究论文 | 本文展示了通过应用区域性Nodal梯度于斑马鱼动物极外植体，可以生成模拟原肠运动关键细胞运动的结构，并评估了该结构的细胞命运动态和模式化过程。 | 首次展示了通过区域性Nodal梯度诱导斑马鱼外植体形成前-后模式化的胚层和头部结构，并鉴定了具有轴诱导能力的Nodal靶基因。 | NA | 研究如何完全模拟原肠运动细胞运动和协调胚层模式化以诱导头部形成的方法。 | 斑马鱼动物极外植体及其细胞命运和模式化过程。 | 发育生物学 | NA | 单细胞转录组分析和原位杂交技术 | NA | 基因表达数据 | 105个Nodal靶基因中的14个具有轴诱导能力，其中5个在斑马鱼胚胎腹侧过表达时能诱导完整或部分头部结构。 |
| 170 | 2024-08-08 |
Elements of divergence in germline determination in closely related species
2023-Apr-21, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2023.106402
PMID:37020963
|
研究论文 | 本研究通过阶段匹配的单细胞RNA测序数据集，比较了两种近缘海胆物种的原始生殖细胞（PGCs）中的基因表达差异 | 揭示了两种海胆物种在生殖细胞基因表达上的多种差异，并发现了一种3'UTR元件在限制关键基因产物转录后调控中的作用 | NA | 探讨近缘物种间生殖细胞决定过程中的差异 | 两种海胆物种的原始生殖细胞（PGCs） | 发育生物学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | RNA序列 | 两种海胆物种的原始生殖细胞（PGCs） |
| 171 | 2024-08-05 |
Structural and functional properties of mSWI/SNF chromatin remodeling complexes revealed through single-cell perturbation screens
2023-04-20, Molecular cell
IF:14.5Q1
DOI:10.1016/j.molcel.2023.03.013
PMID:37028419
|
研究论文 | 本文揭示了mSWI/SNF染色质重塑复合体的结构和功能特性 | 通过单细胞干扰筛选，首次明确了mSWI/SNF亚单位在基因表达中的独特贡献 | 对于某些亚单位的特定功能和与疾病的关联尚未完全定义 | 研究mSWI/SNF复合体的组成亚单位对基因调控和病理的影响 | 针对mSWI/SNF亚单位的个体及组合进行CRISPR-Cas9敲除筛选 | 数字病理学 | 癌症 | CRISPR-Cas9, 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 人类肿瘤样本的表达谱 |
| 172 | 2024-08-08 |
Identification of a broadly fibrogenic macrophage subset induced by type 3 inflammation
2023-04-14, Science immunology
IF:17.6Q1
DOI:10.1126/sciimmunol.add8945
PMID:37027478
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研究论文 | 本研究利用人类肝脏和肺部的单细胞RNA测序数据，识别出一种在III型炎症诱导下产生的新型广泛纤维化巨噬细胞亚群 | 首次识别出一种高度特异性的巨噬细胞群体，并赋予其在跨物种和组织中的促纤维化作用 | NA | 旨在识别人类纤维化组织中的关键巨噬细胞群体，以开发新的纤维化治疗方法 | 人类和鼠类的肝脏及肺部纤维化中的巨噬细胞 | NA | 纤维化 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 涉及人类和鼠类的肝脏及肺部样本 |
| 173 | 2024-08-08 |
CD34+ cell-derived fibroblast-macrophage cross-talk drives limb ischemia recovery through the OSM-ANGPTL signaling axis
2023-04-14, Science advances
IF:11.7Q1
DOI:10.1126/sciadv.add2632
PMID:37043578
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序和遗传谱系追踪技术，研究了CD34+细胞在缺血肢体恢复中的作用及其与巨噬细胞的相互作用。 | 首次提供了人类和小鼠正常及缺血肢体组织的精确单细胞图谱，并揭示了骨髓来源的巨噬细胞在缺血部位的迁移及其在组织再生中的作用。 | NA | 探讨CD34+细胞在缺血肌肉微环境中的分化潜力和功能角色。 | CD34+细胞及其在缺血肢体恢复中的作用。 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 人类和小鼠的正常及缺血肢体组织 |
| 174 | 2024-08-08 |
Single-cell RNA sequencing highlights intratumor heterogeneity and intercellular network featured in adamantinomatous craniopharyngioma
2023-04-14, Science advances
IF:11.7Q1
DOI:10.1126/sciadv.adc8933
PMID:37043580
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研究论文 | 本研究通过整合分析44,038个单细胞转录组数据，揭示了 adamantinomatous craniopharyngioma（ACP）中的肿瘤内异质性和肿瘤微环境（TME）特征 | 本研究首次定义了四种主要的肿瘤细胞状态，揭示了ACP的组织病理学特征和未知的细胞图谱，并识别出与免疫浸润和神经损伤相关的独特少突胶质细胞谱系 | NA | 揭示adamantinomatous craniopharyngioma（ACP）的肿瘤内异质性和肿瘤微环境特征，以改善临床诊断和治疗策略 | adamantinomatous craniopharyngioma（ACP）的细胞图谱和生物学特征 | 数字病理学 | 颅咽管瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组 | 44,038个单细胞 |
| 175 | 2024-08-05 |
Single-cell transcriptomics in ovarian cancer identify a metastasis-associated cell cluster overexpressed RAB13
2023-04-12, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-023-04094-7
PMID:37046345
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组学研究卵巢癌中的转移相关细胞群体，并识别出其过表达的RAB13 | 本研究首次发现C4细胞亚群与卵巢癌转移及预后不良密切相关，并确认RAB13为其关键标记基因 | 研究的样本数量较少，可能对结果的泛化能力产生影响 | 研究卵巢癌的转移机制及找到新的治疗靶点 | 卵巢癌患者的肿瘤细胞 | 数字病理学 | 卵巢癌 | 单细胞转录组测序 | NA | 细胞数据 | 12个样本 |
| 176 | 2024-08-05 |
Predictive and robust gene selection for spatial transcriptomics
2023-04-12, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-023-37392-1
PMID:37045821
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研究论文 | 本文介绍了一种灵活的深度学习框架PERSIST，用于为空间转录组学研究挑选信息丰富的基因目标 | 本文的创新点在于提出了PERSIST框架，能够通过参考scRNA-seq数据优化选择小型基因面板 | 没有提到具体的限制因素 | 研究空间转录组学中如何优化基因选择 | 包含不同脑区、物种和scRNA-seq技术的数据集 | 数字病理学 | NA | 深度学习 | PERSIST | 基因表达数据 | 涉及不同脑区和物种的多组数据集 |
| 177 | 2024-08-05 |
PUREE: accurate pan-cancer tumor purity estimation from gene expression data
2023-04-11, Communications biology
IF:5.2Q1
DOI:10.1038/s42003-023-04764-8
PMID:37041233
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研究论文 | 本文开发了PUREE，一个从肿瘤基因表达数据中推断肿瘤纯度的工具 | PUREE采用弱监督学习方法，能够对未见肿瘤类型和群体的肿瘤样本进行泛化预测 | NA | 研究肿瘤纯度及其对肿瘤异质性的影响 | 7864个固体肿瘤样本的基因表达数据 | 数字病理学 | NA | RNA-seq | 弱监督学习 | 基因表达数据 | 7864个固体肿瘤样本 |
| 178 | 2024-08-08 |
Single-cell analysis reveals novel clonally expanded monocytes associated with IL1β-IL1R2 pair in acute inflammatory demyelinating polyneuropathy
2023-04-11, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-023-32427-5
PMID:37041166
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析了急性炎症性脱髓鞘多发性神经病（AIDP）患者的外周血单个核细胞（PBMCs），揭示了一种新的克隆扩增的CD14+ CD163+单核细胞亚型及其与IL1β-IL1R2细胞间通讯的关系。 | 首次在AIDP患者中发现了一种新的克隆扩增的CD14+ CD163+单核细胞亚型，并观察到IL1β-IL1R2细胞间通讯的增加。 | 本研究为单中心前瞻性研究，样本量较小，需要进一步的多中心研究来验证结果。 | 通过分析AIDP患者PBMCs的单细胞图谱，加深对吉兰-巴雷综合征（GBS）患者外周免疫细胞组成的理解，并为未来研究提供理论基础。 | 急性炎症性脱髓鞘多发性神经病（AIDP）患者和健康对照的外周血单个核细胞（PBMCs）。 | 数字病理学 | 神经疾病 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 细胞 | 5名AIDP患者和3名健康对照 |
| 179 | 2024-08-05 |
A single-cell, time-resolved profiling of Xenopus mucociliary epithelium reveals nonhierarchical model of development
2023-04-07, Science advances
IF:11.7Q1
DOI:10.1126/sciadv.add5745
PMID:37027470
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研究论文 | 这篇文章揭示了蛙类粘液纤毛上皮的发育模式及其细胞类型的形成 | 揭示了粘液纤毛上皮的非等级性发育模式和多能早期上皮祖细胞的功能 | 未深入探讨粘液纤毛上皮发育的所有分子机制 | 研究粘液纤毛上皮的发育过程及其细胞命运获取机制 | 研究从多能状态到成熟阶段的粘液纤毛上皮细胞 | 数字病理 | 慢性呼吸系统疾病 | 单细胞转录组学 | NA | 单细胞RNA成像 | 多能早期上皮祖细胞到成熟细胞的多阶段样本 |
| 180 | 2024-08-05 |
Ancient ubiquitous protein 1 (AUP1) is a prognostic biomarker connected with TP53 mutation and the inflamed microenvironments in glioma
2023-Apr-07, Cancer cell international
IF:5.3Q1
DOI:10.1186/s12935-023-02912-y
PMID:37029364
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研究论文 | 这篇文章研究了古老普遍蛋白1 (AUP1) 在胶质瘤中的预后作用及其与TP53突变和炎性微环境的关系 | 发现AUP1与TP53状态、肿瘤突变负担以及肿瘤增殖相关并首次评估其在胶质瘤中的角色 | 未能发现AUP1抑制与自噬活性改变之间的直接联系，可能需要进一步研究 | 探讨AUP1在胶质瘤中的作用及其作为预后生物标记的潜力 | 主要研究胶质瘤及其相关临床标志物 | 数字病理学 | 胶质瘤 | mRNA测序、蛋白质组学、全外显子组测序和免疫组化染色 | U87MG细胞系 | mRNA、蛋白质、临床案例 | 78个临床案例和多个数据集的单细胞测序数据 |