单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 287 篇文献，本页显示第 141 - 160 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 141 | 2024-08-05 |
Consequences and opportunities arising due to sparser single-cell RNA-seq datasets
2023-04-21, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-023-02933-w
PMID:37085823
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研究论文 | 本文探讨了稀疏单细胞RNA测序数据集的后续分析结果 | 提出了二进制基因表达分析与计数分析得到类似的结果，并能够处理更多细胞 | 未提及具体的局限性 | 研究稀疏单细胞RNA测序数据集在下游分析中的应用 | 单细胞RNA测序数据集 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 最多可分析约50倍更多细胞 |
| 142 | 2024-08-05 |
Contribution of LRP1 in Human Congenital Heart Disease Correlates with Its Roles in the Outflow Tract and Atrioventricular Cushion Development
2023-04-21, Genes
IF:2.8Q2
DOI:10.3390/genes14040947
PMID:37107705
|
研究论文 | 文章探讨了LRP1在先天性心脏病中的作用，及其与心脏发育的关系 | 通过整合人类和小鼠心脏的单细胞RNA测序和空间转录组数据，揭示了LRP1在心脏发育中的主要表达区域 | 研究主要基于过往的数据分析，对实验验证的依赖性不明确 | 更好地理解先天性心脏病的原因以及LRP1基因的影响 | 1922例先天性心脏病患者与2602个对照的基因组数据 | 数字病理学 | 先天性心脏病 | 全外显子组测序 | NA | 基因组数据 | 1922例先天性心脏病患者与2602个对照 |
| 143 | 2024-08-08 |
Immune cell dynamics deconvoluted by single-cell RNA sequencing in normothermic machine perfusion of the liver
2023-04-21, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-023-37674-8
PMID:37085477
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序技术研究了肝脏在常温机械灌注过程中的免疫细胞动态变化 | 首次全面描述了肝脏常温机械灌注过程中免疫细胞亚群、细胞迁移和细胞因子释放的特征 | NA | 旨在全面表征肝脏常温机械灌注过程中免疫细胞（亚）群、细胞迁移和细胞因子释放 | 人供体肝脏在常温机械灌注前、中、后的免疫细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组 | 多个供体肝脏样本 |
| 144 | 2024-08-08 |
Cortical glia in SOD1(G93A) mice are subtly affected by ALS-like pathology
2023-04-21, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-023-33608-y
PMID:37085528
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研究论文 | 本研究探讨了SOD1(G93A)小鼠模型皮质中胶质细胞在肌萎缩侧索硬化症（ALS）样病理中的变化 | 首次全面研究了SOD1(G93A)小鼠皮质中胶质细胞在疾病不同阶段的变化，并考虑了性别因素 | 研究结果表明SOD1(G93A)小鼠皮质未能完全再现人类ALS病理，建议使用其他模型进行进一步研究 | 研究胶质细胞在ALS样病理中的作用，特别是在大脑皮质中的变化 | SOD1(G93A)小鼠皮质中的星形胶质细胞、小胶质细胞和少突胶质细胞 | NA | 肌萎缩侧索硬化症 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）和免疫组织化学 | NA | 细胞 | 涉及四个疾病阶段的SOD1(G93A)小鼠皮质中的胶质细胞 |
| 145 | 2024-08-08 |
Effect of distance measures on confidences of t-SNE embeddings and its implications on clustering for scRNA-seq data
2023-04-21, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-023-32966-x
PMID:37085593
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研究论文 | 本文研究了距离度量对t-SNE嵌入置信度的影响及其对scRNA-seq数据聚类的意义。 | 提出了一种使用随机森林回归算法和多种距离度量来预测t-SNE嵌入的样本基置信分数的方法，并利用这些置信分数改进聚类算法。 | NA | 旨在找到预测t-SNE嵌入置信分数的最佳方法，并利用这些置信分数提高聚类算法的性能。 | t-SNE嵌入的置信分数及其对scRNA-seq数据聚类的影响。 | 机器学习 | NA | t-分布随机邻域嵌入(t-SNE) | 随机森林回归(RF) | 单细胞RNA测序数据(scRNA-seq) | 未具体说明 |
| 146 | 2024-08-08 |
A gene regulatory network inference model based on pseudo-siamese network
2023-Apr-21, BMC bioinformatics
IF:2.9Q1
DOI:10.1186/s12859-023-05253-9
PMID:37085776
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研究论文 | 本研究提出了一种基于伪孪生网络的基因调控网络（GRN）推断模型，称为伪孪生GRN（PSGRN），用于从时间序列表达数据集中推断大规模GRN | 本研究创新性地应用伪孪生网络和门控循环单元来捕捉转录因子（TF）及其目标矩阵的时间和空间特征，并通过sigmoid函数评估交互作用 | NA | 揭示生物系统中基因交互的潜在机制，并促进基因表达模式与表型特征之间关系的研究 | 基因调控网络（GRN）及其在生物生长发育中的作用 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | 伪孪生网络 | 时间序列表达数据 | 包括基因表达水平和GRN的两个玉米子数据集 |
| 147 | 2024-08-08 |
Publisher Correction: FIPRESCI: droplet microfluidics based combinatorial indexing for massive-scale 5'-end single-cell RNA sequencing
2023-Apr-21, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-023-02944-7
PMID:37085832
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 148 | 2024-08-08 |
Single-cell transcriptomic atlas of lung microvascular regeneration after targeted endothelial cell ablation
2023-04-20, eLife
IF:6.4Q1
DOI:10.7554/eLife.80900
PMID:37078698
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研究论文 | 研究通过单细胞RNA测序分析了在小鼠模型中选择性肺内皮细胞消融后肺微血管再生的机制 | 首次揭示了肺微血管再生过程中新出现的表达apelin的gCap内皮干细胞样细胞及其在肺微血管再生中的关键作用 | NA | 探究肺微血管再生在严重急性肺损伤模型中的机制 | 肺微血管再生及内皮细胞的再生过程 | 数字病理学 | 肺损伤 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 使用表达人白喉毒素受体的转基因小鼠进行实验，涉及多个时间点的细胞样本 |
| 149 | 2024-08-08 |
Anti-PD-1 therapy achieves favorable outcomes in HBV-positive non-liver cancer
2023-Apr-20, Oncogenesis
IF:5.9Q1
DOI:10.1038/s41389-023-00468-0
PMID:37080999
|
研究论文 | 本研究评估了抗PD-1疗法在HBV阳性非肝癌患者中的疗效 | 发现抗PD-1疗法在HBV阳性非肝癌患者中取得了比HBV阴性患者更好的治疗效果，并识别出与更好临床结果相关的CX3CR1 T细胞亚群 | NA | 分析抗PD-1疗法在HBV阳性癌症患者中的疗效 | HBV阳性非肝癌患者 | NA | 非肝癌 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 细胞数据 | 外周血单个核细胞（PBMCs）来自食管鳞状细胞癌（ESCC）患者 |
| 150 | 2024-08-08 |
Autophagy-prominent cell clusters among human lens epithelial cells: integrated single-cell RNA-sequencing analysis
2023-Apr-20, BMC ophthalmology
IF:1.7Q3
DOI:10.1186/s12886-023-02910-8
PMID:37081480
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析，探索了人晶状体上皮细胞中自噬显著的细胞簇的存在及其位置。 | 首次鉴定了人晶状体上皮细胞中自噬显著的细胞簇，并揭示了其在晶状体囊中央区的定位。 | NA | 探索人晶状体上皮细胞中自噬显著的细胞簇的存在。 | 人晶状体上皮细胞中的自噬显著细胞簇。 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | RNA | 18,120个细胞 |
| 151 | 2024-08-08 |
Human pluripotent stem cells-derived inner ear organoids recapitulate otic development in vitro
2023-Apr-12, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.04.11.536448
PMID:37090562
|
研究论文 | 本文通过比较人胚胎期的耳泡和由人诱导多能干细胞（iPSCs）衍生的内耳类器官（IEOs），利用多重免疫染色和单细胞RNA测序技术，详细描述了IEOs在三个关键发育阶段的特征 | 首次直接比较了人胚胎期的耳泡和人iPSC衍生的IEOs，提供了独特的耳前区、上皮、神经母细胞和感觉上皮的特征 | NA | 旨在通过iPSC衍生的IEOs来补充和细化我们对人耳分化及发育缺陷的理解 | 人胚胎期的耳泡和人iPSC衍生的内耳类器官（IEOs） | 干细胞研究 | NA | 多重免疫染色、单细胞RNA测序 | NA | 细胞 | 多个发育阶段的IEOs和人类胚胎样本 |
| 152 | 2024-08-08 |
SigPrimedNet: A Signaling-Informed Neural Network for scRNA-seq Annotation of Known and Unknown Cell Types
2023-Apr-10, Biology
DOI:10.3390/biology12040579
PMID:37106779
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研究论文 | 介绍了一种名为SigPrimedNet的神经网络方法，用于单细胞RNA测序数据的细胞类型注释，特别是对已知和未知细胞类型的识别 | SigPrimedNet通过引入稀疏诱导的信号传导电路信息层进行高效训练，并通过监督学习进行特征表示学习，以及通过异常检测方法识别未知细胞类型 | NA | 开发一种能够有效注释已知细胞类型并识别未知细胞类型的新方法 | 单细胞RNA测序数据中的细胞类型 | 机器学习 | NA | scRNA-seq | 神经网络 | 单细胞RNA测序数据 | 多个公开可用的数据集 |
| 153 | 2024-08-05 |
Integrating single-cell RNA sequencing with spatial transcriptomics reveals an immune landscape of human myometrium during labour
2023-04, Clinical and translational medicine
IF:7.9Q1
DOI:10.1002/ctm2.1234
PMID:37095651
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研究论文 | 该文章揭示了人类子宫肌层在分娩期间的免疫景观，并分析了炎症的特定细胞机制 | 综合了单细胞RNA测序与空间转录组学，首次全面描述了分娩期间子宫肌层中的免疫细胞及其转录特征 | 目前对人类分娩期间子宫肌层炎症的具体细胞机制尚不完全了解 | 研究人类分娩期间子宫肌层的免疫细胞变化及其与炎症的关系 | 分析分娩时和未分娩时的人类子宫肌层中的免疫细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序，时空转录组学 | NA | 转录组数据，细胞信号 | 人类分娩期间和非分娩期的子宫肌层样本 |
| 154 | 2024-08-08 |
Tumor and immune remodeling following radiotherapy in human renal cell carcinoma
2023-04, Journal for immunotherapy of cancer
IF:10.3Q1
DOI:10.1136/jitc-2022-006392
PMID:37080610
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研究论文 | 本研究探讨了放射治疗后人类肾细胞癌（RCC）肿瘤中免疫细胞的变化及其与癌细胞的相互作用 | 首次详细描述了放射治疗后RCC肿瘤中免疫细胞的蛋白质表达和转录变化，以及这些变化如何影响免疫细胞与癌细胞的相互作用 | 研究仅限于RCC患者，且样本量相对较小，可能限制了结果的普遍性 | 研究放射治疗如何重塑肾细胞癌患者的免疫细胞组成及其与癌细胞的相互作用 | 肾细胞癌患者的肿瘤样本 | 数字病理学 | 肾细胞癌 | 单细胞RNA测序（scRNAseq），光谱流式细胞术 | NA | 细胞 | 34,626个细胞 |
| 155 | 2024-08-05 |
Transient suppression of SUMOylation in embryonic stem cells generates embryo-like structures
2023-04-25, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2023.112380
PMID:37061916
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研究论文 | 研究表明，化学抑制SUMO化的鼠胚胎干细胞生成类胚胎结构 | 该研究通过暂时抑制SUMO化来探索胚胎发育的新策略，首次生成了具有胚胎特征的自组织结构 | 本研究未提及对长时间影响或体内实验的验证 | 探讨合成胚胎学在哺乳动物植入前发育中的应用 | 鼠胚胎干细胞及其生成的类胚胎结构 | 数字病理学 | NA | 化学抑制 | NA | 单细胞转录组数据 | NA |
| 156 | 2024-08-05 |
Lack of ethnic diversity in single-cell transcriptomics hinders cell type detection and precision medicine inclusivity
2023-04-14, Med (New York, N.Y.)
DOI:10.1016/j.medj.2023.03.002
PMID:37060896
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评论 | 这篇文章讨论了单细胞转录组学中缺乏民族多样性带来的挑战。 | 强调单细胞数据中民族表现不足对细胞类型检测和个性化医学包容性的影响 | 未能充分代表不同民族的单细胞数据限制了对稀有细胞类型的研究 | 探讨缺乏民族多样性对疾病研究和精准医学的影响 | 单细胞转录组学中的细胞类型及其标记 | 数字病理学 | NA | 单细胞转录组学 | NA | NA | NA |
| 157 | 2024-08-08 |
M2 macrophages drive leukemic transformation by imposing resistance to phagocytosis and improving mitochondrial metabolism
2023-04-14, Science advances
IF:11.7Q1
DOI:10.1126/sciadv.adf8522
PMID:37058562
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序、流式细胞术和免疫组织化学技术，探讨了急性髓系白血病（AML）患者骨髓中先天免疫组分的变化，特别是M2型巨噬细胞在促进白血病转化中的作用。 | 首次揭示了M2型巨噬细胞通过改变转录程序、增强脂肪酸氧化和NAD生成，以及减少吞噬活性，从而促进AML的发展。 | NA | 探讨免疫微环境在侵袭性白血病发展中的机制，并寻找针对肿瘤微环境的靶向策略。 | 急性髓系白血病患者的骨髓中的先天免疫组分，特别是M2型巨噬细胞。 | 数字病理学 | 白血病 | 单细胞RNA测序、流式细胞术、免疫组织化学 | NA | RNA | 急性髓系白血病患者 |
| 158 | 2024-08-08 |
PCSK9, a novel immune and ferroptosis related gene in abdominal aortic aneurysm neck
2023-04-13, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-023-33287-9
PMID:37055467
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研究论文 | 研究探讨了PCSK9基因在腹主动脉瘤颈部的作用及其与免疫检查点和铁死亡相关基因的关联 | 首次发现PCSK9在腹主动脉瘤颈部的高表达，并揭示了其与免疫检查点和铁死亡相关基因的相互作用 | 研究仅基于GSE47472和GSE164678两个数据集，样本量相对较小 | 探究PCSK9在腹主动脉瘤颈部的作用及其潜在机制 | PCSK9基因在腹主动脉瘤颈部的表达及其与免疫检查点和铁死亡相关基因的关系 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 基因表达数据 | 14名腹主动脉瘤患者和8名捐赠者的数据集，以及CaCl诱导的腹主动脉瘤样本的单细胞RNA测序数据 |
| 159 | 2024-08-08 |
Hpgd affects the progression of hypoxic pulmonary hypertension by regulating vascular remodeling
2023-Apr-13, BMC pulmonary medicine
IF:2.6Q2
DOI:10.1186/s12890-023-02401-y
PMID:37055764
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研究论文 | 本研究通过生物信息学分析，探讨Hpgd基因在低氧性肺动脉高压（HPH）中的调控作用及其对血管重塑的影响。 | 首次揭示Hpgd基因在HPH中的调控作用，并通过实验验证其对肺动脉内皮细胞增殖、凋亡、粘附和血管生成能力的影响。 | 研究主要集中在体外实验，未来需要进一步的动物模型实验来验证Hpgd在HPH中的作用。 | 探讨Hpgd基因在低氧性肺动脉高压中的作用及其对血管重塑的调控机制。 | Hpgd基因在低氧性肺动脉高压中的作用及其对肺动脉内皮细胞的影响。 | 数字病理学 | 肺动脉高压 | 单细胞测序（scRNA-seq）和批量RNA测序（RNA-seq） | NA | RNA | 523个关键基因通过单细胞测序数据识别，41个关键基因通过批量RNA测序数据识别 |
| 160 | 2024-08-08 |
Isolating peripheral blood mononuclear cells from HIV-infected patients for single-cell RNA sequencing and integration analysis
2023-Apr-13, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2023.102222
PMID:37060557
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序技术分析了HIV感染者外周血单个核细胞的转录变化 | 利用单细胞RNA测序技术深入解析了HIV感染对免疫细胞转录变化的影响 | NA | 研究HIV感染对免疫细胞转录变化的影响 | HIV感染者的外周血单个核细胞 | 数字病理学 | HIV感染 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 来自HIV感染者的外周血单个核细胞 |