单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 287 篇文献，本页显示第 41 - 60 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 41 | 2024-08-05 |
An atlas of gene regulatory networks for memory CD4 + T cells in youth and old age
2023-Apr-03, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.03.07.531590
PMID:36945549
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研究论文 | 该文章整合了单细胞RNA测序、scATAC-seq和基因组规模建模，表征了年轻和老年小鼠的记忆CD4 T细胞的基因调控网络 | 文章中建立的基因调控网络为记忆T细胞中的预测调控机制提供了全面资源，并揭示了与年龄相关的CD4 TM的变化 | 研究中可能缺乏对其他免疫细胞类型的全面考察 | 研究旨在阐明衰老对记忆CD4 T细胞功能和调控机制的影响 | 研究对象为年轻和老年小鼠的记忆CD4 T细胞 | 数字病理学 | NA | RNA-seq, scATAC-seq | NA | 基因表达数据 | 年轻和老年小鼠的13个CD4 TM群体 |
| 42 | 2024-08-04 |
Epigenetic landscape reveals MECOM as an endothelial lineage regulator
2023-04-25, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-023-38002-w
PMID:37185814
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研究论文 | 这篇文章系统地研究了内皮细胞谱系的表观遗传图谱，并确定MECOM作为内皮细胞谱系调节因子 | 文章创新性地识别了MECOM作为内皮细胞谱系的主要调节因子，并揭示了其在细胞身份基因调控中的作用 | 文章未提及具体的限制因素 | 研究内皮细胞谱系特化的表观遗传机制以促进心血管再生医学的进展 | 研究对象为来源于诱导多能干细胞的内皮细胞 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序 (Single-cell RNA-Seq), Hi-C, DNase-Seq, ChIP-Seq, RNA-Seq | NA | 基因组数据 | 使用了来自诱导多能干细胞的内皮细胞群体 |
| 43 | 2024-08-05 |
Growth Hormone Accelerates Recovery From Acetaminophen-Induced Murine Liver Injury
2023-Apr-18, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.04.17.537197
PMID:37131727
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研究论文 | 本研究探讨了生长激素在乙酰氨基酚诱导的小鼠肝损伤中的治疗作用 | 首次提出使用生长激素作为治疗乙酰氨基酚肝毒性的替代疗法，并探讨了性别对肝脏修复的影响 | 研究的局限性在于只在小鼠模型中进行，尚未验证在人类中的有效性 | 旨在建立生长激素作为治疗乙酰氨基酚肝毒性的替代疗法 | 研究重点是乙酰氨基酚诱导的小鼠肝损伤 | 数字病理学 | 肝脏疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | NA | 涉及小鼠的实验，样本数量未具体说明 |
| 44 | 2024-08-05 |
Isolation of human cutaneous immune cells for single-cell RNA sequencing
2023-Apr-28, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2023.102239
PMID:37120815
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研究论文 | 本研究展示了一种从人类皮肤中分离高活性免疫细胞以进行单细胞RNA测序的方案 | 提出了一种新的方案来有效分离人类皮肤中的免疫细胞，以克服其屏障特性带来的挑战 | 该研究未提供关于该协议在其它类型皮肤或疾病背景下的验证 | 研究旨在开发从人类皮肤中分离可用于单细胞RNA测序的免疫细胞的技术 | 本研究的对象为人类皮肤的免疫细胞 | 数字病理学 | 炎症性疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | NA | 皮肤活检样本 |
| 45 | 2024-08-05 |
Dedifferentiation maintains melanocyte stem cells in a dynamic niche
2023-04, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-023-05960-6
PMID:37076619
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研究论文 | 该文章研究了黑色素干细胞在动态微环境中的去分化现象 | 文章提出黑色素干细胞在发育和成熟过程中在不同状态间转变的机制，挑战了现有理论 | 研究未详细探讨外部因素如何影响黑色素干细胞的迁移和去分化 | 探索黑色素干细胞如何在动态微环境中维持 | 黑色素干细胞及其在毛囊中的行为 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序，活体成像 | NA | NA | NA |
| 46 | 2024-08-04 |
Spatial mapping of the total transcriptome by in situ polyadenylation
2023-04, Nature biotechnology
IF:33.1Q1
DOI:10.1038/s41587-022-01517-6
PMID:36329320
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研究论文 | 本文展示了一种酶促原位多腺苷酸化RNA的方法，以便检测全范围的RNA。 | 文章首次扩展了基于测序的空间转录组学，能够捕获所有类型的RNA，包括编码RNA、非编码RNA和病毒RNA。 | NA | 研究空间转录组学方法，以捕捉全转录组信息。 | 本文应用空间总RNA测序方法研究骨骼肌再生和病毒诱导的心肌炎。 | 数字病理学 | NA | RNA测序 | NA | RNA | NA |
| 47 | 2024-08-04 |
Targeting of epigenetic co-dependencies enhances anti-AML efficacy of Menin inhibitor in AML with MLL1-r or mutant NPM1
2023-04-13, Blood cancer journal
IF:12.9Q1
DOI:10.1038/s41408-023-00826-6
PMID:37055414
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研究论文 | 本研究探讨了靶向表观遗传共依赖性增强Menin抑制剂在携带MLL1-r或突变NPM1的急性髓性白血病(AML)中的抗AML疗效 | 发现了新的基于MI的组合治疗，这些治疗可以防止AML干/前体细胞在MI单药治疗后逃逸，从而导致难治性AML复发 | 研究主要基于预临床数据，尚需临床试验验证 | 研究Menin抑制剂在急性髓性白血病中的疗效及其与表观遗传药物的联合作用 | 针对携带MLL1-r或突变NPM1的急性髓性白血病细胞 | 数字病理学 | 急性髓性白血病 | 单细胞RNA测序, ChiP-Seq, ATAC-Seq, RNA-Seq, RPPA, 质量细胞计数法 | NA | 基因表达数据 | NA |
| 48 | 2024-08-05 |
Reconstruction Set Test (RESET): a computationally efficient method for single sample gene set testing based on randomized reduced rank reconstruction error
2023-Apr-20, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.04.03.535366
PMID:37066315
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研究论文 | 本文介绍了一种名为重建集测试（RESET）的新型单样本基因集测试方法 | RESET在样本级和整个数据集的基因集重要性量化方面具有分析上的创新 | 现有技术在识别差异相关模式、检测竞争场景以及跨样本比较得分方面存在局限性 | 研究旨在提供一种更有效的单样本基因集测试方法 | 本文研究的对象为基因集及其在样本中的重要性体现 | 数字病理学 | NA | 随机降秩重建算法 | NA | 基因表达数据 | 使用了真实和模拟的单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据 |
| 49 | 2024-08-05 |
Monocyte depletion enhances neutrophil influx and proneural to mesenchymal transition in glioblastoma
2023-04-03, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-023-37361-8
PMID:37012245
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研究论文 | 本文探讨了单核细胞耗竭如何增强神经元至间充质转变和中性粒细胞的涌入。 | 研究揭示了单核细胞和中性粒细胞在不同肿瘤类型和基因型中的入侵和功能差异，并强调了同时靶向这两类细胞对癌症治疗的重要性 | 研究主要集中在小鼠模型上，可能限制了结果对人类癌症的直接应用 | 探讨单核细胞耗竭对胶质母细胞瘤中中性粒细胞行为的影响 | 利用CRISPR/Cas9基因编辑生成缺乏单核细胞趋化因子的小鼠模型 | 数字病理学 | 胶质母细胞瘤 | CRISPR/Cas9基因编辑 | 小鼠模型 | 单细胞RNA测序 | 使用了基因工程小鼠模型，包括PDGFB驱动的胶质母细胞瘤和肝细胞癌的多个样本 |
| 50 | 2024-08-04 |
Transcriptional activation of Jun and Fos members of the AP-1 complex is a conserved signature of immune aging that contributes to inflammaging
2023-04, Aging cell
IF:8.0Q1
DOI:10.1111/acel.13792
PMID:36840360
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研究论文 | 该文章研究了AP-1复合体中Jun和Fos成员的转录激活在免疫衰老中的作用 | 发现AP-1复合体的转录激活在不同小鼠品系和组织中是一个保守的衰老特征 | 研究主要集中在小鼠模型，可能对人类应用的普遍性有限 | 探索免疫衰老中的转录激活机制及其对慢性炎症的影响 | 长寿和短寿小鼠品系的免疫细胞转录组和表观基因组 | 数字病理学 | 老年疾病 | ATAC-seq、单细胞RNA-seq | NA | 基因表达数据 | 年轻和老年小鼠的免疫细胞样本 |
| 51 | 2024-08-04 |
Spatial epigenome-transcriptome co-profiling of mammalian tissues
2023-04, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-023-05795-1
PMID:36922587
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研究论文 | 本文介绍了对哺乳动物组织进行空间表观基因组和转录组联合分析的新技术 | 提出了通过共同测序表观基因组与转录组，实现了基因组范围内的空间分辨联合分析 | 当前方法主要关注于局部的组学信息，未能全面捕捉整体生物学机制 | 研究空间表观基因组如何控制转录表型和细胞动态 | 对小鼠胚胎、幼年大脑和成年人的大脑进行空间分辨的表观基因组和转录组分析 | 数字病理学 | NA | 共同测序技术 | NA | 组织切片 | 小鼠和人类大脑组织样本 |
| 52 | 2024-08-05 |
Pancreatic islet cell type-specific transcriptomic changes during pregnancy and postpartum
2023-Apr-21, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2023.106439
PMID:37020962
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研究论文 | 研究发现孕期及产后胰岛细胞特定的转录组变化 | 首次通过单细胞RNA测序揭示了β细胞及其他胰岛细胞在孕期和产后特有的转录特征 | 研究只针对小鼠模型，结果可能不适用于人类 | 理解在孕期和产后胰岛细胞转录变化的驱动因素 | 对处于不同生理阶段的小鼠胰岛细胞进行分析 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 从处女、小鼠孕晚期及早期产后小鼠的胰岛中获取样本 |
| 53 | 2024-08-05 |
Impaired Reorganization of Centrosome Structure Underlies Human Infantile Dilated Cardiomyopathy
2023-04-25, Circulation
IF:35.5Q1
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研究论文 | 本研究揭示了中心粒缺陷导致的人类婴儿扩张型心肌病的机制 | 首次将中心粒缺陷与非综合征型扩张型心肌病相关联，并发现RTTN在心脏发育中的新角色 | 该研究仅基于一名患者，可能无法广泛适用 | 探讨中心粒结构重组的障碍如何影响心肌细胞生物学及其与人类心脏疾病的关系 | 一名罕见的婴儿扩张型心肌病(I-DCM)患者 | 心血管疾病 | 扩张型心肌病 | CRISPR/Cas9基因敲除和校正、单细胞RNA测序 | 斑马鱼和果蝇 | 基因组数据、细胞数据 | 单个患者样本及其父母的全外显子组 |
| 54 | 2024-08-05 |
Potential Molecular Mechanisms of Alzheimer's Disease from Genetic Studies
2023-04-15, Biology
DOI:10.3390/biology12040602
PMID:37106802
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研究论文 | 本研究探讨了阿尔茨海默病的潜在分子机制 | 此文章通过单细胞测序和空间基因组学对阿尔茨海默病中分子机制进行了叙述性综述 | 研究基于已有文献，可能受限于数据的可得性和质量 | 识别阿尔茨海默病中分子失衡的共同原因及其潜在机制 | 集中在与阿尔茨海默病相关的分子机制 | 数字病理学 | 老年疾病 | 单细胞测序 (scRNA-seq) | NA | NA | NA |
| 55 | 2024-08-07 |
Comparative analysis of dimension reduction methods for cytometry by time-of-flight data
2023-04-01, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-023-37478-w
PMID:37005472
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研究论文 | 本文比较了21种降维方法在110个真实和425个合成CyTOF样本上的性能 | 发现了一些不太知名但表现优异的降维方法，如SAUCIE、SQuaD-MDS和scvis | 选择降维方法应取决于数据结构和分析需求 | 评估和发展适用于CyTOF数据的计算方法 | CyTOF数据的降维方法 | 生物信息学 | NA | CyTOF | NA | 数据 | 110个真实样本和425个合成样本 |
| 56 | 2024-08-07 |
Tet2- and Tet3- Mediated Cytosine Hydroxymethylation in Six2 Progenitor Cells in Mice Is Critical for Nephron Progenitor Differentiation and Nephron Endowment
2023-04-01, Journal of the American Society of Nephrology : JASN
IF:10.3Q1
DOI:10.1681/ASN.2022040460
PMID:36522157
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研究论文 | 本研究通过遗传删除小鼠肾元祖细胞中的Tet1、Tet2和Tet3基因，探讨了Tet2和Tet3介导的胞嘧啶羟甲基化在肾元祖细胞分化和肾元赋予中的关键作用。 | 首次揭示了Tet2和Tet3介导的胞嘧啶羟甲基化在肾元祖细胞分化和肾元赋予中的生理作用。 | 研究仅限于小鼠模型，尚未在人类中验证这些发现。 | 探讨表观遗传变化在肾元赋予和肾脏发育中的作用。 | 小鼠肾元祖细胞中的Tet1、Tet2和Tet3基因。 | NA | 肾脏疾病 | 全基因组亚硫酸氢盐测序、单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 小鼠模型 |
| 57 | 2024-08-07 |
Estradiol Augments Tumor-Induced Neutrophil Production to Promote Tumor Cell Actions in Lymphangioleiomyomatosis Models
2023-04-17, Endocrinology
IF:3.8Q2
DOI:10.1210/endocr/bqad061
PMID:37042477
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研究论文 | 本文研究了雌二醇在淋巴管平滑肌瘤病模型中通过促进中性粒细胞产生来增强肿瘤细胞作用的现象 | 首次报道了雌二醇通过促进中性粒细胞产生来间接促进肿瘤生长的机制 | NA | 探究雌二醇在淋巴管平滑肌瘤病中的作用机制 | 淋巴管平滑肌瘤病模型中的肿瘤细胞和中性粒细胞 | 数字病理学 | 淋巴管平滑肌瘤病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA序列 | 使用TSC2-null小鼠子宫肌细胞系和来自淋巴管平滑肌瘤病患者的单细胞RNA测序数据 |
| 58 | 2024-08-07 |
Repression of the aryl-hydrocarbon receptor prevents oxidative stress and ferroptosis of intestinal intraepithelial lymphocytes
2023-04-11, Immunity
IF:25.5Q1
DOI:10.1016/j.immuni.2023.01.023
PMID:36801011
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研究论文 | 研究揭示了芳基烃受体抑制剂（AHRR）对维持肠道上皮内淋巴细胞（IELs）的重要性，以及其缺乏导致的氧化应激和铁死亡 | 首次展示了AHRR在维持IELs中的关键作用，以及其缺乏如何导致氧化应激和铁死亡 | 研究主要集中在实验室模型和小鼠实验上，可能需要进一步的人体研究来验证结果 | 探讨AHRR在调节肠道免疫反应和防止氧化应激及铁死亡中的作用 | 肠道上皮内淋巴细胞（IELs）和芳基烃受体（AHR）及其抑制剂（AHRR） | NA | 炎症性肠病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 涉及小鼠模型和炎症性肠病患者的组织样本 |
| 59 | 2024-08-04 |
Cellular states are coupled to genomic and viral heterogeneity in HPV-related oropharyngeal carcinoma
2023-04, Nature genetics
IF:31.7Q1
DOI:10.1038/s41588-023-01357-3
PMID:37012457
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序分析HPV阳性和阴性口咽肿瘤，揭示肿瘤内外的细胞多样性。 | 首次揭示了口咽癌细胞状态与基因组和病毒异质性的关系 | 研究中未明确涉及样本的具体数量和来源 | 探索HPV相关的口咽癌细胞的多样性及其对预后影响 | HPV阳性和阴性口咽肿瘤 | 数字病理学 | 其他癌症 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA |
| 60 | 2024-08-04 |
Allograft tissue under the microscope: only the beginning
2023-04-01, Current opinion in organ transplantation
IF:1.8Q3
DOI:10.1097/MOT.0000000000001052
PMID:36787238
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review | 回顾了肾移植活检的新方法，以补充当前的Banff分类方案 | 引入了人工智能、机器学习和数字病理学等新方法来改进移植组织的检查 | 活检的内在抽样误差和没有自动形态测量分析限制了其在移植健康预后中的表现 | 探索可以改进肾移植组织活检分析的新方法 | 肾移植活检样本和相关组织研究 | 数字病理学 | NA | 空间转录组学 | AI和ML算法 | 组织样本 | NA |