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当前共找到 286 篇文献，本页显示第 41 - 60 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 41 | 2025-10-07 |
Modeling maternal cholesterol exposure reveals a reduction of neural progenitor proliferation using human cerebral organoids
2023-Apr, Life medicine
DOI:10.1093/lifemedi/lnac034
PMID:39872117
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研究论文 | 本研究利用人类多能干细胞衍生的脑类器官构建胆固醇暴露模型，揭示母体高胆固醇暴露导致神经祖细胞增殖减少的机制 | 首次使用人类脑类器官建立母体胆固醇暴露模型，并通过单细胞测序发现与自闭症谱系障碍的高度相关性 | 研究基于体外类器官模型，可能与体内真实生理环境存在差异 | 探究母体高胆固醇暴露对后代大脑发育缺陷的影响及其机制 | 人类多能干细胞衍生的脑类器官 | 发育神经生物学 | 自闭症谱系障碍 | 单细胞测序，类器官培养 | 脑类器官模型 | 转录组数据，单细胞测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 42 | 2025-10-07 |
Size matters: the impact of nucleus size on results from spatial transcriptomics
2023-04-21, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-023-04129-z
PMID:37081484
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研究论文 | 本研究探讨了连续切片数据整合方法对空间转录组学分析结果的影响 | 提出了连续切片数据整合方法，解决了细胞核尺寸超过组织切片厚度时对转录组数据捕获的负面影响 | 研究仅针对人类死后大脑组织，未验证在其他组织类型中的适用性 | 评估连续切片数据整合对空间转录组学spot聚类和解卷积准确性的影响 | 人类死后大脑组织切片 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学，单核RNA测序 | 无监督聚类 | 空间基因表达数据，组织学图像 | NA | 10x Genomics | 空间转录组学 | Visium | Visium Spatial Gene Expression |
| 43 | 2024-12-17 |
SPADE: Spatial Deconvolution for Domain Specific Cell-type Estimation
2023-Apr-17, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.04.14.536924
PMID:37131788
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研究论文 | 本文提出了一种名为SPADE的空间反卷积方法，用于在特定领域中估计细胞类型的比例 | SPADE通过结合单细胞RNA测序数据、空间位置信息和组织学信息，能够成功识别现有反卷积方法未能识别的细胞类型特定空间模式 | 本文仅展示了在合成数据和鸡心脏发育数据集上的应用，未来需要在更多不同类型的数据集上验证其有效性 | 开发一种能够准确估计异质组织中细胞类型空间分布的方法 | 细胞类型的空间分布及其在复杂生物系统中的变化 | 基因组学 | NA | 单细胞RNA测序 | 反卷积方法 | 基因表达数据 | 合成数据和鸡心脏发育数据集 | NA | NA | NA | NA |
| 44 | 2024-11-17 |
CIMLA: Interpretable AI for inference of differential causal networks
2023-Apr-25, ArXiv
PMID:37163135
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研究论文 | 本文介绍了一种名为CIMLA的新工具，用于发现条件依赖的因果关系变化，并展示了其在基因调控网络中的应用 | CIMLA工具在发现条件依赖的因果关系变化方面比现有方法更稳健和准确 | NA | 发现高维数据中的因果关系 | 基因调控网络在不同生物条件下的差异 | 生物信息学 | 阿尔茨海默病 | 单细胞RNA测序 | 特征归因模型 | 高维数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 45 | 2024-10-27 |
Cloning a profibrotic stem cell variant in idiopathic pulmonary fibrosis
2023-04-26, Science translational medicine
IF:15.8Q1
DOI:10.1126/scitranslmed.abp9528
PMID:37099633
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研究论文 | 研究通过单细胞克隆技术在特发性肺纤维化患者中鉴定出一种促纤维化干细胞变异体 | 首次通过单细胞克隆技术鉴定出特发性肺纤维化中的一种主要干细胞变异体，并发现其在体外能将正常肺成纤维细胞转化为病理性肌成纤维细胞，在体内能激活和招募肌成纤维细胞 | 研究样本量较小，且仅限于特发性肺纤维化患者和对照组，未涵盖其他肺部疾病 | 探讨特发性肺纤维化中干细胞变异体的特征及其在疾病发展中的作用 | 特发性肺纤维化患者的远端肺部基底干细胞 | 数字病理学 | 特发性肺纤维化 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 16名特发性肺纤维化患者和10名对照组 | NA | NA | NA | NA |
| 46 | 2024-10-21 |
Single-cell and spatial transcriptomics identify a macrophage population associated with skeletal muscle fibrosis
2023-Apr-18, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.04.18.537253
PMID:37131694
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研究论文 | 研究使用单细胞转录组学和空间转录组学技术，识别与骨骼肌纤维化相关的巨噬细胞群体 | 发现了六个新的巨噬细胞集群，这些集群与传统的M1或M2巨噬细胞激活定义不符，并揭示了spp1在肌营养不良中调节基质祖细胞和巨噬细胞相互作用的关键作用 | 研究主要集中在小鼠模型和人类肌肉活检样本上，可能无法完全代表所有肌肉退行性疾病的情况 | 探讨巨噬细胞在肌肉退行性疾病中的作用，特别是其在肌肉纤维化中的作用 | 骨骼肌中的巨噬细胞及其在肌肉退行性疾病中的分子特征 | 数字病理学 | 肌肉退行性疾病 | 单细胞转录组学和空间转录组学 | NA | 转录组数据 | 小鼠模型和人类肌肉活检样本 | NA | NA | NA | NA |
| 47 | 2024-10-09 |
Cross-Dataset Single-Cell Analysis Identifies Temporal Alterations in Cell Populations of Primary Pancreatic Tumor and Liver Metastasis
2023-Apr-21, Cancers
IF:4.5Q1
DOI:10.3390/cancers15082396
PMID:37190324
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研究论文 | 本研究通过跨数据集的单细胞RNA测序分析，揭示了原发性胰腺肿瘤和肝转移瘤中细胞群落的时空变化 | 首次系统比较了原发性胰腺癌和肝转移瘤的细胞群落组成和基因组特征，并识别出肝转移瘤中独特的癌细胞亚群和标记物 | NA | 探讨胰腺导管腺癌（PDAC）原发肿瘤和肝转移瘤中细胞群落的组成和基因组特征的差异 | 胰腺导管腺癌（PDAC）的原发肿瘤和肝转移瘤 | 数字病理学 | 胰腺癌 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 基因组数据 | 使用了转基因KPC小鼠模型及其自发PDAC和匹配的肝转移瘤的scRNA-seq数据集 | NA | NA | NA | NA |
| 48 | 2024-10-01 |
Keystone pathobionts associated with colorectal cancer promote oncogenic reprograming
2023-Apr-03, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.04.03.535410
PMID:37066368
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研究论文 | 研究了与结直肠癌相关的关键病原体如何促进致癌重编程 | 利用单细胞RNA测序技术揭示了Fn和ETBF在结直肠癌模型小鼠中的具体作用机制 | 研究主要基于小鼠模型，尚未在人类中验证 | 探讨关键病原体在结直肠癌中的作用及其对上皮细胞和局部免疫细胞的影响 | 结直肠癌患者肠道微生物群中的Fn和ETBF | NA | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 野生型小鼠和结直肠癌模型小鼠 | NA | NA | NA | NA |
| 49 | 2024-09-30 |
Enabling Single-Cell Drug Response Annotations from Bulk RNA-Seq Using SCAD
2023-04, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202204113
PMID:36762572
|
研究论文 | 本文提出了一种转移学习模型，利用批量RNA测序数据推断单细胞水平的药物敏感性 | 本文首次提出了一种转移学习模型，通过学习大量公共数据集中的细胞系群体转录组谱和药物基因组信息，推断单细胞水平的药物疗效 | 本文的局限性在于依赖于预临床细胞系数据，可能无法完全反映临床实际情况 | 研究目的是通过单细胞水平的药物敏感性推断，理解抗癌反应异质性和药物抗性的机制 | 研究对象是单细胞和批量RNA测序数据中的药物敏感性 | 生物信息学 | 癌症 | RNA测序 | 转移学习模型 | 基因表达数据 | 大量公共数据集中的细胞系群体 | NA | NA | NA | NA |
| 50 | 2024-09-25 |
Heterogeneity of Islet-Infiltrating IL-21+ CD4 T Cells in a Mouse Model of Type 1 Diabetes
2023-04-01, Journal of immunology (Baltimore, Md. : 1950)
DOI:10.4049/jimmunol.2200712
PMID:36762954
|
研究论文 | 研究了在小鼠1型糖尿病模型中胰岛内IL-21+ CD4 T细胞的异质性 | 生成了一个新的IL-21报告NOD小鼠品系，以进一步表征IL-21+ CD4 T细胞在1型糖尿病中的作用 | NA | 探讨胰岛内IL-21+ CD4 T细胞的表型和分化状态 | 胰岛内IL-21+ CD4 T细胞 | NA | 糖尿病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 51 | 2024-09-23 |
Single-cell transcriptomics of a dynamic cell behavior in murine airways
2023-04-21, eLife
IF:6.4Q1
DOI:10.7554/eLife.76645
PMID:37083555
|
研究论文 | 本文介绍了一种将小鼠组织中细胞的生理行为与其深度分子分析相结合的方法 | 本文建立了一种新的分子特征，用于描述小鼠气道损伤后显著的细胞迁移行为 | NA | 研究细胞在其自然环境中的动态行为分子特征 | 小鼠气道中的细胞 | 单细胞组学 | NA | 单细胞转录组学 | NA | 转录组数据 | 小鼠样本 | NA | NA | NA | NA |
| 52 | 2024-09-23 |
CORE CONSERVED TRANSCRIPTIONAL REGULATORY NETWORKS DEFINE THE INVASIVE TROPHOBLAST CELL LINEAGE
2023-Apr-03, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.03.30.534962
PMID:37066272
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研究论文 | 研究比较了鼠和人类侵袭性滋养层细胞系的保守转录调控网络 | 首次生成了鼠妊娠期15.5天和19.5天的单核ATAC-seq数据，并将其与单细胞RNA-seq数据整合，确定了侵袭性滋养层细胞的染色质可及性特征，并发现了保守的基因调控网络 | 对鼠和人类侵袭性滋养层细胞调控机制的相似性和差异性理解有限 | 研究鼠和人类侵袭性滋养层细胞系的保守转录调控网络 | 鼠和人类侵袭性滋养层细胞系 | NA | NA | 单核ATAC-seq, 单细胞RNA-seq | NA | 基因组数据 | 鼠妊娠期15.5天和19.5天的子宫-胎盘界面组织 | NA | NA | NA | NA |
| 53 | 2024-09-17 |
Identification of genetic variants that impact gene co-expression relationships using large-scale single-cell data
2023-04-18, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-023-02897-x
PMID:37072791
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研究论文 | 本文通过大规模单细胞数据识别影响基因共表达关系的遗传变异 | 本文提出了一种新的过滤策略和基于排列的多重检验方法，用于跨四个scRNA-seq外周血单核细胞数据集的co-eQTL元分析 | 本文的研究主要基于外周血单核细胞数据，可能无法完全代表所有细胞类型的共表达关系 | 研究遗传变异如何影响基因共表达关系，并揭示其对疾病相关变异的调控网络的影响 | 基因共表达关系和影响这些关系的遗传变异 | 基因组学 | 自身免疫性疾病 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 基因表达数据 | 四个scRNA-seq外周血单核细胞数据集，涉及72个独立SNP和946个基因对 | NA | NA | NA | NA |
| 54 | 2024-09-17 |
A tumor microenvironment-based prognostic index for osteosarcoma
2023-Apr-13, Journal of biomedical science
IF:9.0Q1
DOI:10.1186/s12929-023-00917-3
PMID:37055822
|
研究论文 | 本研究基于肿瘤微环境（TME）构建了一个针对骨肉瘤的预后指数（TMEindex），并验证了其在预测患者生存和免疫检查点抑制剂（ICI）治疗反应中的作用 | 首次基于肿瘤微环境构建了骨肉瘤的预后指数，并探讨了其与免疫治疗反应的关系 | NA | 建立一个基于肿瘤微环境的预后指数，用于预测骨肉瘤患者的生存和免疫检查点抑制剂治疗反应 | 骨肉瘤患者的肿瘤微环境及其与预后和免疫治疗反应的关系 | 数字病理学 | 骨肉瘤 | scRNA-Seq分析 | NA | 基因表达数据 | 基于TARGET数据库的骨肉瘤样本，并在三个独立数据集中验证 | NA | NA | NA | NA |
| 55 | 2024-09-17 |
TREM2+ and interstitial-like macrophages orchestrate airway inflammation in SARS-CoV-2 infection in rhesus macaques
2023-04-06, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-023-37425-9
PMID:37024448
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研究论文 | 研究利用恒河猴模型探讨SARS-CoV-2感染引起的气道炎症中免疫细胞的作用 | 首次在恒河猴模型中详细描述了SARS-CoV-2感染引起的气道炎症中巨噬细胞亚群的作用，并评估了JAK1/2抑制剂baricitinib的治疗效果 | 研究仅限于恒河猴模型，结果的普适性有待进一步验证 | 探讨SARS-CoV-2感染引起的严重COVID-19的免疫病理机制 | SARS-CoV-2感染的恒河猴模型中的气道炎症和巨噬细胞亚群 | 免疫学 | COVID-19 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 恒河猴模型中的气道细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 56 | 2024-09-17 |
Cellcano: supervised cell type identification for single cell ATAC-seq data
2023-04-03, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-023-37439-3
PMID:37012226
|
研究论文 | 开发了一种名为Cellcano的计算方法，用于单细胞ATAC-seq数据的细胞类型识别 | 提出了基于两轮监督学习算法的Cellcano方法，解决了参考数据与目标数据之间的分布偏移问题，提高了预测性能 | 未提及 | 开发适用于单细胞ATAC-seq数据的监督细胞类型识别方法 | 单细胞ATAC-seq数据中的细胞类型 | 生物信息学 | NA | 单细胞ATAC-seq | 监督学习算法 | 单细胞ATAC-seq数据 | 50个精心设计的细胞类型识别任务 | NA | NA | NA | NA |
| 57 | 2024-09-17 |
STGRNS: an interpretable transformer-based method for inferring gene regulatory networks from single-cell transcriptomic data
2023-04-03, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btad165
PMID:37004161
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研究论文 | 本文介绍了一种基于Transformer的可解释方法STGRNS，用于从单细胞转录组数据中推断基因调控网络 | 提出了基因表达基序技术，将基因对转换为连续子向量，作为Transformer编码器的输入，避免了网络中缺失的相位特异性调控，提高了不同类型单细胞转录组数据中基因调控网络推断的准确性 | NA | 解决从单细胞转录组数据中推断基因调控网络时面临的细胞异质性问题 | 单细胞转录组数据中的基因调控网络 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | Transformer | 基因表达数据 | 21个静态和27个时间序列单细胞转录组数据集 | NA | NA | NA | NA |
| 58 | 2024-09-17 |
Single-cell RNA-seq reveals intratumoral heterogeneity in osteosarcoma patients: A review
2023-Apr, Journal of bone oncology
IF:3.1Q2
DOI:10.1016/j.jbo.2023.100475
PMID:37034356
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综述 | 本文综述了单细胞RNA测序在揭示骨肉瘤患者肿瘤内异质性方面的应用 | 利用单细胞RNA测序技术分析了18个不同阶段的骨肉瘤病变，揭示了肿瘤内存在的不同细胞群和基因特征 | NA | 探讨单细胞RNA测序在骨肉瘤治疗中的潜在应用 | 骨肉瘤患者的肿瘤内异质性 | 数字病理学 | 骨癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因数据 | 150,000个细胞，来自18个病变 | NA | NA | NA | NA |
| 59 | 2024-09-16 |
Age or lifestyle-induced accumulation of genotoxicity is associated with a length-dependent decrease in gene expression
2023-Apr-21, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2023.106368
PMID:37013186
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研究论文 | 研究探讨了基因长度与基因表达在衰老过程中的关系 | 发现了基因长度依赖的基因表达下降与衰老相关的普遍现象，并揭示了紫外线辐射和吸烟暴露对基因表达的影响 | 研究主要基于小鼠和人类的数据，可能需要更多物种和数据来验证结论 | 探讨DNA损伤积累与基因表达变化在衰老中的作用 | 基因长度与基因表达的关系 | 基因组学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 小鼠和人类的多个组织和细胞类型 | NA | NA | NA | NA |
| 60 | 2024-09-16 |
Clinical, genetic, epidemiologic, evolutionary, and functional delineation of TSPEAR-related autosomal recessive ectodermal dysplasia 14
2023-04-13, HGG advances
DOI:10.1016/j.xhgg.2023.100186
PMID:37009414
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研究论文 | 本文详细描述了TSPEAR相关常染色体隐性外胚层发育不良14型的临床特征、遗传变异、流行病学、进化历史和功能机制 | 首次结合AlphaFold预测结构分析和单细胞RNA测序数据，揭示了TSPEAR蛋白在牙釉质结中的作用及其与wnt10a的相互作用 | 研究主要基于基因数据和模型动物，缺乏直接的人体功能验证 | 探讨TSPEAR在胚层发育中的作用及其相关疾病的机制 | TSPEAR基因及其相关的外胚层发育不良14型 | 遗传学 | 外胚层发育不良 | AlphaFold结构预测、单细胞RNA测序、基因组数据分析 | NA | 基因组数据、RNA测序数据 | 100000个基因组项目数据、多个群体的创始变异分析 | NA | NA | NA | NA |