单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 288 篇文献，本页显示第 41 - 60 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 41 | 2024-08-18 |
MD-ALL: an Integrative Platform for Molecular Diagnosis of B-cell Acute Lymphoblastic Leukemia
2023-Apr-14, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-2798895/v1
PMID:37090504
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研究论文 | 介绍MD-ALL平台，该平台基于基因表达谱和关键遗传改变，提供敏感且准确的B-细胞急性淋巴母细胞白血病分类 | MD-ALL平台整合了关键遗传病变，包括序列突变、大规模拷贝数变异和基因重排，实现全面的B-ALL分类 | NA | 开发一个用户友好的平台，用于B-细胞急性淋巴母细胞白血病的综合、准确和全面分类 | B-细胞急性淋巴母细胞白血病的分类 | 数字病理学 | 白血病 | RNA测序 | 机器学习算法 | RNA测序数据 | 2,955个B-ALL RNA测序样本和974个验证样本 |
| 42 | 2024-08-16 |
Single-cell profiling reveals immune aberrations in progressive idiopathic pulmonary fibrosis
2023-Apr-29, medRxiv : the preprint server for health sciences
DOI:10.1101/2023.04.29.23289296
PMID:37163015
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序技术，详细描述了特发性肺纤维化患者外周血免疫系统的变化 | 首次在单细胞分辨率下详细描述了特发性肺纤维化患者外周血细胞群体的变化，并揭示了与疾病进展和生存率相关的免疫细胞亚群 | NA | 提供特发性肺纤维化稳定期和进展期外周免疫系统的变化图谱 | 特发性肺纤维化患者的外周血单个核细胞 | 数字病理学 | 肺纤维化 | 10x Chromium 5' 单细胞RNA测序 | NA | 细胞 | 38份外周血单个核细胞样本，来自25名特发性肺纤维化患者和13名匹配的对照 |
| 43 | 2024-08-05 |
Characterization of altered molecular mechanisms in Parkinson's disease through cell type-resolved multiomics analyses
2023-04-14, Science advances
IF:11.7Q1
DOI:10.1126/sciadv.abo2467
PMID:37058563
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研究论文 | 通过细胞类型解析的多组学分析，揭示帕金森病中改变的分子机制。 | 首次通过多组学数据整合提供了细胞类型特异性的cREs失调及其对帕金森病相关基因的转录影响。 | 未具体讨论其他神经退行性疾病的相关性及其影响。 | 研究帕金森病的细胞类型依赖性转录调控机制。 | 健康对照者和帕金森病患者的113,207个细胞核样本。 | 数字病理学 | 帕金森病 | 转录组学和表观基因组学 | NA | 单细胞转录组和表观基因组数据 | 113,207个细胞核 |
| 44 | 2024-08-04 |
Spatiotemporal mapping of immune and stem cell dysregulation after volumetric muscle loss
2023-04-10, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.162835
PMID:36821376
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研究论文 | 本研究探讨了体积肌肉损失后免疫细胞和干细胞失调的时空分布 | 创新点在于使用空间转录组学揭示了在VML反应中纤维化与炎性巨噬细胞与间充质来源细胞之间的细胞间相互作用 | 未提及具体的限制 | 研究体积肌肉损失后细胞间的通讯及其对肌肉修复的影响 | 以小鼠模型为对象，研究VML后的细胞行为 | 数字病理学 | NA | 空间转录组学 | 小鼠模型 | NA | NA |
| 45 | 2024-08-05 |
Single-cell RNA sequencing reveals unique monocyte-derived interstitial macrophage subsets during lipopolysaccharide-induced acute lung inflammation
2023-04-01, American journal of physiology. Lung cellular and molecular physiology
DOI:10.1152/ajplung.00223.2022
PMID:36852927
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研究论文 | 本研究揭示了在脂多糖诱导的急性肺炎症期间独特的单核细胞源间质巨噬细胞亚群 | 研究深入探讨了间质巨噬细胞的起源、亚群及转录组特征，并提出了其特定功能的可能性 | 缺乏对IMs在不同类型炎症中的作用的全面理解 | 特征化间质巨噬细胞在稳态和急性肺炎症中的起源及亚群 | 研究对象为小鼠肺中的间质巨噬细胞 | 数字病理学 | 肺炎 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因组数据 | 使用了小鼠模型及其肺组织样本 |
| 46 | 2024-08-05 |
Femtosecond laser microdissection for isolation of regenerating C. elegans neurons for single-cell RNA sequencing
2023-04, Nature methods
IF:36.1Q1
DOI:10.1038/s41592-023-01804-3
PMID:36928074
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研究论文 | 本文介绍了一种新的单细胞分离方法，以便对再生C. elegans神经元进行单细胞RNA测序 | 提出了飞秒激光微切割技术（fs-LM），可直接从活组织中分离特定再生表型的神经元 | 现有细胞分离技术无法满足特定再生表型神经元的分离需求 | 探讨神经再生的分子机制，以单神经元分辨率理解神经再生 | 再生的C. elegans神经元 | 数字病理学 | NA | 飞秒激光微切割（fs-LM） | NA | 基因表达数据 | NA |
| 47 | 2024-08-05 |
Identifying high-impact variants and genes in exomes of Ashkenazi Jewish inflammatory bowel disease patients
2023-04-20, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-023-37849-3
PMID:37080976
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研究论文 | 本文鉴定了犹太人在炎症性肠病（IBD）中高影响的变异和基因 | 识别出8个新型且合理的导致IBD的基因，展现了与早发IBD遗传学的显著重叠 | 遗传病因尚不完全清楚，未展示病例对照组的详细特征 | 研究Ashkenazi犹太人中IBD的遗传影响 | 4453名经过基因鉴定的Ashkenazi犹太人IBD患者及对照者 | 数字病理学 | 炎症性肠病 | 大规模和单细胞RNA测序 | NA | 基因组数据 | 4453名样本（1734名IBD患者和2719名对照者） |
| 48 | 2024-08-05 |
deMULTIplex2: robust sample demultiplexing for scRNA-seq
2023-Apr-12, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.04.11.536275
PMID:37090649
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研究论文 | 本文介绍了deMULTIplex2，这是一种针对scRNA-seq数据的强健样本去重技术 | deMULTIplex2引入了一种机制指导的分类算法，在各种具有挑战性的数据集上能够恢复更多的细胞 | 未提及特定的局限性 | 研究开发一种高效的样本去重算法以提高单细胞RNA测序的准确性 | 针对单细胞RNA测序的多重样本数据集 | 数字病理学 | NA | 随机化分位数残差 | 广义线性模型与期望最大化 | 数据集 | 使用了模拟和真实数据集进行基准分析 |
| 49 | 2024-08-04 |
Transcriptomic landscapes of effective and failed liver regeneration in humans
2023-Apr, JHEP reports : innovation in hepatology
IF:9.5Q1
DOI:10.1016/j.jhepr.2023.100683
PMID:36950091
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研究论文 | 本文系统评估了人类肝脏再生过程中的早期转录变化及其与功能障碍肝脏再生的差异 | 首次在人类中探索功能性与功能障碍性肝脏再生相关的转录组变化，揭示了DUSP4减少与肝内炎症反应之间的关系 | 研究主要集中于术后肝脏再生的早期阶段，未能覆盖全面的康复过程 | 旨在探讨人类肝脏再生过程中的转录组变化及相关机制 | 154名患者的血样和46名进行肝切除手术患者的组织样本 | 数字病理学 | 肝病 | RNA测序 | NA | 血液样本和组织样本 | 154名患者的血样和46名患者的组织样本 |
| 50 | 2024-08-05 |
An atlas of gene regulatory networks for memory CD4 + T cells in youth and old age
2023-Apr-03, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.03.07.531590
PMID:36945549
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研究论文 | 该文章整合了单细胞RNA测序、scATAC-seq和基因组规模建模，表征了年轻和老年小鼠的记忆CD4 T细胞的基因调控网络 | 文章中建立的基因调控网络为记忆T细胞中的预测调控机制提供了全面资源，并揭示了与年龄相关的CD4 TM的变化 | 研究中可能缺乏对其他免疫细胞类型的全面考察 | 研究旨在阐明衰老对记忆CD4 T细胞功能和调控机制的影响 | 研究对象为年轻和老年小鼠的记忆CD4 T细胞 | 数字病理学 | NA | RNA-seq, scATAC-seq | NA | 基因表达数据 | 年轻和老年小鼠的13个CD4 TM群体 |
| 51 | 2024-08-04 |
Epigenetic landscape reveals MECOM as an endothelial lineage regulator
2023-04-25, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-023-38002-w
PMID:37185814
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研究论文 | 这篇文章系统地研究了内皮细胞谱系的表观遗传图谱，并确定MECOM作为内皮细胞谱系调节因子 | 文章创新性地识别了MECOM作为内皮细胞谱系的主要调节因子，并揭示了其在细胞身份基因调控中的作用 | 文章未提及具体的限制因素 | 研究内皮细胞谱系特化的表观遗传机制以促进心血管再生医学的进展 | 研究对象为来源于诱导多能干细胞的内皮细胞 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序 (Single-cell RNA-Seq), Hi-C, DNase-Seq, ChIP-Seq, RNA-Seq | NA | 基因组数据 | 使用了来自诱导多能干细胞的内皮细胞群体 |
| 52 | 2024-08-05 |
Growth Hormone Accelerates Recovery From Acetaminophen-Induced Murine Liver Injury
2023-Apr-18, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.04.17.537197
PMID:37131727
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研究论文 | 本研究探讨了生长激素在乙酰氨基酚诱导的小鼠肝损伤中的治疗作用 | 首次提出使用生长激素作为治疗乙酰氨基酚肝毒性的替代疗法，并探讨了性别对肝脏修复的影响 | 研究的局限性在于只在小鼠模型中进行，尚未验证在人类中的有效性 | 旨在建立生长激素作为治疗乙酰氨基酚肝毒性的替代疗法 | 研究重点是乙酰氨基酚诱导的小鼠肝损伤 | 数字病理学 | 肝脏疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | NA | 涉及小鼠的实验，样本数量未具体说明 |
| 53 | 2024-08-05 |
Isolation of human cutaneous immune cells for single-cell RNA sequencing
2023-Apr-28, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2023.102239
PMID:37120815
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研究论文 | 本研究展示了一种从人类皮肤中分离高活性免疫细胞以进行单细胞RNA测序的方案 | 提出了一种新的方案来有效分离人类皮肤中的免疫细胞，以克服其屏障特性带来的挑战 | 该研究未提供关于该协议在其它类型皮肤或疾病背景下的验证 | 研究旨在开发从人类皮肤中分离可用于单细胞RNA测序的免疫细胞的技术 | 本研究的对象为人类皮肤的免疫细胞 | 数字病理学 | 炎症性疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | NA | 皮肤活检样本 |
| 54 | 2024-08-05 |
Dedifferentiation maintains melanocyte stem cells in a dynamic niche
2023-04, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-023-05960-6
PMID:37076619
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研究论文 | 该文章研究了黑色素干细胞在动态微环境中的去分化现象 | 文章提出黑色素干细胞在发育和成熟过程中在不同状态间转变的机制，挑战了现有理论 | 研究未详细探讨外部因素如何影响黑色素干细胞的迁移和去分化 | 探索黑色素干细胞如何在动态微环境中维持 | 黑色素干细胞及其在毛囊中的行为 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序，活体成像 | NA | NA | NA |
| 55 | 2024-08-04 |
Spatial mapping of the total transcriptome by in situ polyadenylation
2023-04, Nature biotechnology
IF:33.1Q1
DOI:10.1038/s41587-022-01517-6
PMID:36329320
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研究论文 | 本文展示了一种酶促原位多腺苷酸化RNA的方法，以便检测全范围的RNA。 | 文章首次扩展了基于测序的空间转录组学，能够捕获所有类型的RNA，包括编码RNA、非编码RNA和病毒RNA。 | NA | 研究空间转录组学方法，以捕捉全转录组信息。 | 本文应用空间总RNA测序方法研究骨骼肌再生和病毒诱导的心肌炎。 | 数字病理学 | NA | RNA测序 | NA | RNA | NA |
| 56 | 2024-08-05 |
Reconstruction Set Test (RESET): a computationally efficient method for single sample gene set testing based on randomized reduced rank reconstruction error
2023-Apr-20, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.04.03.535366
PMID:37066315
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研究论文 | 本文介绍了一种名为重建集测试（RESET）的新型单样本基因集测试方法 | RESET在样本级和整个数据集的基因集重要性量化方面具有分析上的创新 | 现有技术在识别差异相关模式、检测竞争场景以及跨样本比较得分方面存在局限性 | 研究旨在提供一种更有效的单样本基因集测试方法 | 本文研究的对象为基因集及其在样本中的重要性体现 | 数字病理学 | NA | 随机降秩重建算法 | NA | 基因表达数据 | 使用了真实和模拟的单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据 |
| 57 | 2024-08-05 |
Monocyte depletion enhances neutrophil influx and proneural to mesenchymal transition in glioblastoma
2023-04-03, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-023-37361-8
PMID:37012245
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研究论文 | 本文探讨了单核细胞耗竭如何增强神经元至间充质转变和中性粒细胞的涌入。 | 研究揭示了单核细胞和中性粒细胞在不同肿瘤类型和基因型中的入侵和功能差异，并强调了同时靶向这两类细胞对癌症治疗的重要性 | 研究主要集中在小鼠模型上，可能限制了结果对人类癌症的直接应用 | 探讨单核细胞耗竭对胶质母细胞瘤中中性粒细胞行为的影响 | 利用CRISPR/Cas9基因编辑生成缺乏单核细胞趋化因子的小鼠模型 | 数字病理学 | 胶质母细胞瘤 | CRISPR/Cas9基因编辑 | 小鼠模型 | 单细胞RNA测序 | 使用了基因工程小鼠模型，包括PDGFB驱动的胶质母细胞瘤和肝细胞癌的多个样本 |
| 58 | 2024-08-04 |
Transcriptional activation of Jun and Fos members of the AP-1 complex is a conserved signature of immune aging that contributes to inflammaging
2023-04, Aging cell
IF:8.0Q1
DOI:10.1111/acel.13792
PMID:36840360
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研究论文 | 该文章研究了AP-1复合体中Jun和Fos成员的转录激活在免疫衰老中的作用 | 发现AP-1复合体的转录激活在不同小鼠品系和组织中是一个保守的衰老特征 | 研究主要集中在小鼠模型，可能对人类应用的普遍性有限 | 探索免疫衰老中的转录激活机制及其对慢性炎症的影响 | 长寿和短寿小鼠品系的免疫细胞转录组和表观基因组 | 数字病理学 | 老年疾病 | ATAC-seq、单细胞RNA-seq | NA | 基因表达数据 | 年轻和老年小鼠的免疫细胞样本 |
| 59 | 2024-08-05 |
Pancreatic islet cell type-specific transcriptomic changes during pregnancy and postpartum
2023-Apr-21, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2023.106439
PMID:37020962
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研究论文 | 研究发现孕期及产后胰岛细胞特定的转录组变化 | 首次通过单细胞RNA测序揭示了β细胞及其他胰岛细胞在孕期和产后特有的转录特征 | 研究只针对小鼠模型，结果可能不适用于人类 | 理解在孕期和产后胰岛细胞转录变化的驱动因素 | 对处于不同生理阶段的小鼠胰岛细胞进行分析 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 从处女、小鼠孕晚期及早期产后小鼠的胰岛中获取样本 |
| 60 | 2024-08-05 |
Impaired Reorganization of Centrosome Structure Underlies Human Infantile Dilated Cardiomyopathy
2023-04-25, Circulation
IF:35.5Q1
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研究论文 | 本研究揭示了中心粒缺陷导致的人类婴儿扩张型心肌病的机制 | 首次将中心粒缺陷与非综合征型扩张型心肌病相关联，并发现RTTN在心脏发育中的新角色 | 该研究仅基于一名患者，可能无法广泛适用 | 探讨中心粒结构重组的障碍如何影响心肌细胞生物学及其与人类心脏疾病的关系 | 一名罕见的婴儿扩张型心肌病(I-DCM)患者 | 心血管疾病 | 扩张型心肌病 | CRISPR/Cas9基因敲除和校正、单细胞RNA测序 | 斑马鱼和果蝇 | 基因组数据、细胞数据 | 单个患者样本及其父母的全外显子组 |