单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
21	2024-10-27	Cloning a profibrotic stem cell variant in idiopathic pulmonary fibrosis 2023-04-26, Science translational medicine IF:15.8Q1 DOI:10.1126/scitranslmed.abp9528 PMID:37099633	研究论文	研究通过单细胞克隆技术在特发性肺纤维化患者中鉴定出一种促纤维化干细胞变异体	首次通过单细胞克隆技术鉴定出特发性肺纤维化中的一种主要干细胞变异体，并发现其在体外能将正常肺成纤维细胞转化为病理性肌成纤维细胞，在体内能激活和招募肌成纤维细胞	研究样本量较小，且仅限于特发性肺纤维化患者和对照组，未涵盖其他肺部疾病	探讨特发性肺纤维化中干细胞变异体的特征及其在疾病发展中的作用	特发性肺纤维化患者的远端肺部基底干细胞	数字病理学	特发性肺纤维化	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	16名特发性肺纤维化患者和10名对照组
22	2024-10-21	Single-cell and spatial transcriptomics identify a macrophage population associated with skeletal muscle fibrosis 2023-Apr-18, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.04.18.537253 PMID:37131694	研究论文	研究使用单细胞转录组学和空间转录组学技术，识别与骨骼肌纤维化相关的巨噬细胞群体	发现了六个新的巨噬细胞集群，这些集群与传统的M1或M2巨噬细胞激活定义不符，并揭示了spp1在肌营养不良中调节基质祖细胞和巨噬细胞相互作用的关键作用	研究主要集中在小鼠模型和人类肌肉活检样本上，可能无法完全代表所有肌肉退行性疾病的情况	探讨巨噬细胞在肌肉退行性疾病中的作用，特别是其在肌肉纤维化中的作用	骨骼肌中的巨噬细胞及其在肌肉退行性疾病中的分子特征	数字病理学	肌肉退行性疾病	单细胞转录组学和空间转录组学	NA	转录组数据	小鼠模型和人类肌肉活检样本
23	2024-10-09	Cross-Dataset Single-Cell Analysis Identifies Temporal Alterations in Cell Populations of Primary Pancreatic Tumor and Liver Metastasis 2023-Apr-21, Cancers IF:4.5Q1 DOI:10.3390/cancers15082396 PMID:37190324	研究论文	本研究通过跨数据集的单细胞RNA测序分析，揭示了原发性胰腺肿瘤和肝转移瘤中细胞群落的时空变化	首次系统比较了原发性胰腺癌和肝转移瘤的细胞群落组成和基因组特征，并识别出肝转移瘤中独特的癌细胞亚群和标记物	NA	探讨胰腺导管腺癌（PDAC）原发肿瘤和肝转移瘤中细胞群落的组成和基因组特征的差异	胰腺导管腺癌（PDAC）的原发肿瘤和肝转移瘤	数字病理学	胰腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因组数据	使用了转基因KPC小鼠模型及其自发PDAC和匹配的肝转移瘤的scRNA-seq数据集
24	2024-10-04	An optimized approach for multiplexing single-nuclear ATAC-seq using oligonucleotide-conjugated antibodies 2023-04-28, Epigenetics & chromatin IF:4.2Q1 DOI:10.1186/s13072-023-00486-7 PMID:37118773	研究论文	本文介绍了一种使用寡核苷酸偶联抗体进行单核ATAC-seq多重分析的优化方法	开发了一种简单的核哈希方法NuHash，使用寡核苷酸偶联抗体识别核孔复合体蛋白，用于snATAC-seq文库制备的多重分析	NA	研究单细胞分辨率下转录和染色质结构的分析技术	人类和鼠类细胞样本的snATAC-seq分析	基因组学	NA	单核ATAC-seq (snATAC-seq)	NA	基因组数据	9144个核（2-plex）和12,208个核（4-plex）
25	2024-10-01	Keystone pathobionts associated with colorectal cancer promote oncogenic reprograming 2023-Apr-03, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.04.03.535410 PMID:37066368	研究论文	研究了与结直肠癌相关的关键病原体如何促进致癌重编程	利用单细胞RNA测序技术揭示了Fn和ETBF在结直肠癌模型小鼠中的具体作用机制	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类中验证	探讨关键病原体在结直肠癌中的作用及其对上皮细胞和局部免疫细胞的影响	结直肠癌患者肠道微生物群中的Fn和ETBF	NA	结直肠癌	单细胞RNA测序	NA	RNA	野生型小鼠和结直肠癌模型小鼠
26	2024-09-30	Enabling Single-Cell Drug Response Annotations from Bulk RNA-Seq Using SCAD 2023-04, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202204113 PMID:36762572	研究论文	本文提出了一种转移学习模型，利用批量RNA测序数据推断单细胞水平的药物敏感性	本文首次提出了一种转移学习模型，通过学习大量公共数据集中的细胞系群体转录组谱和药物基因组信息，推断单细胞水平的药物疗效	本文的局限性在于依赖于预临床细胞系数据，可能无法完全反映临床实际情况	研究目的是通过单细胞水平的药物敏感性推断，理解抗癌反应异质性和药物抗性的机制	研究对象是单细胞和批量RNA测序数据中的药物敏感性	生物信息学	癌症	RNA测序	转移学习模型	基因表达数据	大量公共数据集中的细胞系群体
27	2024-09-25	Heterogeneity of Islet-Infiltrating IL-21+ CD4 T Cells in a Mouse Model of Type 1 Diabetes 2023-04-01, Journal of immunology (Baltimore, Md. : 1950) DOI:10.4049/jimmunol.2200712 PMID:36762954	研究论文	研究了在小鼠1型糖尿病模型中胰岛内IL-21+ CD4 T细胞的异质性	生成了一个新的IL-21报告NOD小鼠品系，以进一步表征IL-21+ CD4 T细胞在1型糖尿病中的作用	NA	探讨胰岛内IL-21+ CD4 T细胞的表型和分化状态	胰岛内IL-21+ CD4 T细胞	NA	糖尿病	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
28	2024-09-23	Single-cell transcriptomics of a dynamic cell behavior in murine airways 2023-04-21, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.76645 PMID:37083555	研究论文	本文介绍了一种将小鼠组织中细胞的生理行为与其深度分子分析相结合的方法	本文建立了一种新的分子特征，用于描述小鼠气道损伤后显著的细胞迁移行为	NA	研究细胞在其自然环境中的动态行为分子特征	小鼠气道中的细胞	单细胞组学	NA	单细胞转录组学	NA	转录组数据	小鼠样本
29	2024-09-23	CORE CONSERVED TRANSCRIPTIONAL REGULATORY NETWORKS DEFINE THE INVASIVE TROPHOBLAST CELL LINEAGE 2023-Apr-03, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.03.30.534962 PMID:37066272	研究论文	研究比较了鼠和人类侵袭性滋养层细胞系的保守转录调控网络	首次生成了鼠妊娠期15.5天和19.5天的单核ATAC-seq数据，并将其与单细胞RNA-seq数据整合，确定了侵袭性滋养层细胞的染色质可及性特征，并发现了保守的基因调控网络	对鼠和人类侵袭性滋养层细胞调控机制的相似性和差异性理解有限	研究鼠和人类侵袭性滋养层细胞系的保守转录调控网络	鼠和人类侵袭性滋养层细胞系	NA	NA	单核ATAC-seq, 单细胞RNA-seq	NA	基因组数据	鼠妊娠期15.5天和19.5天的子宫-胎盘界面组织
30	2024-09-20	Uncovering the spatial landscape of molecular interactions within the tumor microenvironment through latent spaces 2023-04-19, Cell systems IF:9.0Q1 DOI:10.1016/j.cels.2023.03.004 PMID:37080163	研究论文	本文介绍了一种名为SpaceMarkers的生物信息学算法，用于通过空间转录组数据的潜在空间分析推断细胞间相互作用引起的分子变化	SpaceMarkers算法通过空间转录组数据推断肿瘤微环境中细胞间相互作用引起的分子变化，并结合单细胞RNA测序数据进行迁移学习，进一步量化特定细胞类型中的分子变化	NA	研究肿瘤微环境中细胞间相互作用引起的分子变化	肿瘤微环境中的细胞间相互作用	生物信息学	NA	空间转录组学、单细胞RNA测序	潜在空间分析	空间转录组数据、单细胞RNA测序数据	NA
31	2024-09-19	Anti-Cancer Activity of Verteporfin in Cholangiocarcinoma 2023-Apr-25, Cancers IF:4.5Q1 DOI:10.3390/cancers15092454 PMID:37173920	研究论文	研究了verteporfin在胆管癌中的抗癌活性及其对YAP1/AKT通路的影响	首次探讨了verteporfin在胆管癌中的抗癌作用，并分析了其对免疫细胞和恶性细胞干性的影响	研究仅限于小鼠模型，尚未在人体中验证	探讨verteporfin在胆管癌中的抗癌机制	胆管癌中的YAP1/AKT通路及其对免疫细胞和恶性细胞干性的影响	NA	胆管癌	流式细胞术，单细胞RNA测序	NA	细胞	YAP1/AKT尾静脉注射的小鼠模型
32	2024-09-19	The covariance environment defines cellular niches for spatial inference 2023-Apr-20, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.04.18.537375 PMID:37131616	研究论文	本文开发了一种名为协方差环境（COVET）的表示方法，用于捕捉细胞微环境的丰富多变性，并通过环境变分推断（ENVI）模型将空间和单细胞RNA-seq数据联合嵌入到潜在空间中	提出了协方差环境（COVET）表示方法，能够捕捉细胞微环境中的基因-基因协变结构，并开发了基于最优传输的距离度量和计算高效的近似方法	未提及	开发新的计算方法以利用多重空间分析技术进行生物学发现	细胞微环境的特征表示和空间推断	生物信息学	NA	最优传输	条件变分自编码器	空间数据和单细胞RNA-seq数据	数百万个细胞
33	2024-09-17	Identification of genetic variants that impact gene co-expression relationships using large-scale single-cell data 2023-04-18, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-023-02897-x PMID:37072791	研究论文	本文通过大规模单细胞数据识别影响基因共表达关系的遗传变异	本文提出了一种新的过滤策略和基于排列的多重检验方法，用于跨四个scRNA-seq外周血单核细胞数据集的co-eQTL元分析	本文的研究主要基于外周血单核细胞数据，可能无法完全代表所有细胞类型的共表达关系	研究遗传变异如何影响基因共表达关系，并揭示其对疾病相关变异的调控网络的影响	基因共表达关系和影响这些关系的遗传变异	基因组学	自身免疫性疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	四个scRNA-seq外周血单核细胞数据集，涉及72个独立SNP和946个基因对
34	2024-09-17	A tumor microenvironment-based prognostic index for osteosarcoma 2023-Apr-13, Journal of biomedical science IF:9.0Q1 DOI:10.1186/s12929-023-00917-3 PMID:37055822	研究论文	本研究基于肿瘤微环境（TME）构建了一个针对骨肉瘤的预后指数（TMEindex），并验证了其在预测患者生存和免疫检查点抑制剂（ICI）治疗反应中的作用	首次基于肿瘤微环境构建了骨肉瘤的预后指数，并探讨了其与免疫治疗反应的关系	NA	建立一个基于肿瘤微环境的预后指数，用于预测骨肉瘤患者的生存和免疫检查点抑制剂治疗反应	骨肉瘤患者的肿瘤微环境及其与预后和免疫治疗反应的关系	数字病理学	骨肉瘤	scRNA-Seq分析	NA	基因表达数据	基于TARGET数据库的骨肉瘤样本，并在三个独立数据集中验证
35	2024-09-17	TREM2+ and interstitial-like macrophages orchestrate airway inflammation in SARS-CoV-2 infection in rhesus macaques 2023-04-06, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-023-37425-9 PMID:37024448	研究论文	研究利用恒河猴模型探讨SARS-CoV-2感染引起的气道炎症中免疫细胞的作用	首次在恒河猴模型中详细描述了SARS-CoV-2感染引起的气道炎症中巨噬细胞亚群的作用，并评估了JAK1/2抑制剂baricitinib的治疗效果	研究仅限于恒河猴模型，结果的普适性有待进一步验证	探讨SARS-CoV-2感染引起的严重COVID-19的免疫病理机制	SARS-CoV-2感染的恒河猴模型中的气道炎症和巨噬细胞亚群	免疫学	COVID-19	单细胞RNA测序	NA	单细胞RNA测序数据	恒河猴模型中的气道细胞
36	2024-09-17	Cellcano: supervised cell type identification for single cell ATAC-seq data 2023-04-03, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-023-37439-3 PMID:37012226	研究论文	开发了一种名为Cellcano的计算方法，用于单细胞ATAC-seq数据的细胞类型识别	提出了基于两轮监督学习算法的Cellcano方法，解决了参考数据与目标数据之间的分布偏移问题，提高了预测性能	未提及	开发适用于单细胞ATAC-seq数据的监督细胞类型识别方法	单细胞ATAC-seq数据中的细胞类型	生物信息学	NA	单细胞ATAC-seq	监督学习算法	单细胞ATAC-seq数据	50个精心设计的细胞类型识别任务
37	2024-09-17	STGRNS: an interpretable transformer-based method for inferring gene regulatory networks from single-cell transcriptomic data 2023-04-03, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btad165 PMID:37004161	研究论文	本文介绍了一种基于Transformer的可解释方法STGRNS，用于从单细胞转录组数据中推断基因调控网络	提出了基因表达基序技术，将基因对转换为连续子向量，作为Transformer编码器的输入，避免了网络中缺失的相位特异性调控，提高了不同类型单细胞转录组数据中基因调控网络推断的准确性	NA	解决从单细胞转录组数据中推断基因调控网络时面临的细胞异质性问题	单细胞转录组数据中的基因调控网络	机器学习	NA	单细胞RNA测序	Transformer	基因表达数据	21个静态和27个时间序列单细胞转录组数据集
38	2024-09-17	Single-cell RNA-seq reveals intratumoral heterogeneity in osteosarcoma patients: A review 2023-Apr, Journal of bone oncology IF:3.1Q2 DOI:10.1016/j.jbo.2023.100475 PMID:37034356	综述	本文综述了单细胞RNA测序在揭示骨肉瘤患者肿瘤内异质性方面的应用	利用单细胞RNA测序技术分析了18个不同阶段的骨肉瘤病变，揭示了肿瘤内存在的不同细胞群和基因特征	NA	探讨单细胞RNA测序在骨肉瘤治疗中的潜在应用	骨肉瘤患者的肿瘤内异质性	数字病理学	骨癌	单细胞RNA测序	NA	基因数据	150,000个细胞，来自18个病变
39	2024-09-16	Age or lifestyle-induced accumulation of genotoxicity is associated with a length-dependent decrease in gene expression 2023-Apr-21, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2023.106368 PMID:37013186	研究论文	研究探讨了基因长度与基因表达在衰老过程中的关系	发现了基因长度依赖的基因表达下降与衰老相关的普遍现象，并揭示了紫外线辐射和吸烟暴露对基因表达的影响	研究主要基于小鼠和人类的数据，可能需要更多物种和数据来验证结论	探讨DNA损伤积累与基因表达变化在衰老中的作用	基因长度与基因表达的关系	基因组学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	小鼠和人类的多个组织和细胞类型
40	2024-09-16	Clinical, genetic, epidemiologic, evolutionary, and functional delineation of TSPEAR-related autosomal recessive ectodermal dysplasia 14 2023-04-13, HGG advances DOI:10.1016/j.xhgg.2023.100186 PMID:37009414	研究论文	本文详细描述了TSPEAR相关常染色体隐性外胚层发育不良14型的临床特征、遗传变异、流行病学、进化历史和功能机制	首次结合AlphaFold预测结构分析和单细胞RNA测序数据，揭示了TSPEAR蛋白在牙釉质结中的作用及其与wnt10a的相互作用	研究主要基于基因数据和模型动物，缺乏直接的人体功能验证	探讨TSPEAR在胚层发育中的作用及其相关疾病的机制	TSPEAR基因及其相关的外胚层发育不良14型	遗传学	外胚层发育不良	AlphaFold结构预测、单细胞RNA测序、基因组数据分析	NA	基因组数据、RNA测序数据	100000个基因组项目数据、多个群体的创始变异分析