单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
21	2024-10-01	Keystone pathobionts associated with colorectal cancer promote oncogenic reprograming 2023-Apr-03, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.04.03.535410 PMID:37066368	研究论文	研究了与结直肠癌相关的关键病原体如何促进致癌重编程	利用单细胞RNA测序技术揭示了Fn和ETBF在结直肠癌模型小鼠中的具体作用机制	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类中验证	探讨关键病原体在结直肠癌中的作用及其对上皮细胞和局部免疫细胞的影响	结直肠癌患者肠道微生物群中的Fn和ETBF	NA	结直肠癌	单细胞RNA测序	NA	RNA	野生型小鼠和结直肠癌模型小鼠
22	2024-09-30	Enabling Single-Cell Drug Response Annotations from Bulk RNA-Seq Using SCAD 2023-04, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202204113 PMID:36762572	研究论文	本文提出了一种转移学习模型，利用批量RNA测序数据推断单细胞水平的药物敏感性	本文首次提出了一种转移学习模型，通过学习大量公共数据集中的细胞系群体转录组谱和药物基因组信息，推断单细胞水平的药物疗效	本文的局限性在于依赖于预临床细胞系数据，可能无法完全反映临床实际情况	研究目的是通过单细胞水平的药物敏感性推断，理解抗癌反应异质性和药物抗性的机制	研究对象是单细胞和批量RNA测序数据中的药物敏感性	生物信息学	癌症	RNA测序	转移学习模型	基因表达数据	大量公共数据集中的细胞系群体
23	2024-09-25	Heterogeneity of Islet-Infiltrating IL-21+ CD4 T Cells in a Mouse Model of Type 1 Diabetes 2023-04-01, Journal of immunology (Baltimore, Md. : 1950) DOI:10.4049/jimmunol.2200712 PMID:36762954	研究论文	研究了在小鼠1型糖尿病模型中胰岛内IL-21+ CD4 T细胞的异质性	生成了一个新的IL-21报告NOD小鼠品系，以进一步表征IL-21+ CD4 T细胞在1型糖尿病中的作用	NA	探讨胰岛内IL-21+ CD4 T细胞的表型和分化状态	胰岛内IL-21+ CD4 T细胞	NA	糖尿病	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
24	2024-09-23	Single-cell transcriptomics of a dynamic cell behavior in murine airways 2023-04-21, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.76645 PMID:37083555	研究论文	本文介绍了一种将小鼠组织中细胞的生理行为与其深度分子分析相结合的方法	本文建立了一种新的分子特征，用于描述小鼠气道损伤后显著的细胞迁移行为	NA	研究细胞在其自然环境中的动态行为分子特征	小鼠气道中的细胞	单细胞组学	NA	单细胞转录组学	NA	转录组数据	小鼠样本
25	2024-09-23	CORE CONSERVED TRANSCRIPTIONAL REGULATORY NETWORKS DEFINE THE INVASIVE TROPHOBLAST CELL LINEAGE 2023-Apr-03, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.03.30.534962 PMID:37066272	研究论文	研究比较了鼠和人类侵袭性滋养层细胞系的保守转录调控网络	首次生成了鼠妊娠期15.5天和19.5天的单核ATAC-seq数据，并将其与单细胞RNA-seq数据整合，确定了侵袭性滋养层细胞的染色质可及性特征，并发现了保守的基因调控网络	对鼠和人类侵袭性滋养层细胞调控机制的相似性和差异性理解有限	研究鼠和人类侵袭性滋养层细胞系的保守转录调控网络	鼠和人类侵袭性滋养层细胞系	NA	NA	单核ATAC-seq, 单细胞RNA-seq	NA	基因组数据	鼠妊娠期15.5天和19.5天的子宫-胎盘界面组织
26	2024-09-20	Uncovering the spatial landscape of molecular interactions within the tumor microenvironment through latent spaces 2023-04-19, Cell systems IF:9.0Q1 DOI:10.1016/j.cels.2023.03.004 PMID:37080163	研究论文	本文介绍了一种名为SpaceMarkers的生物信息学算法，用于通过空间转录组数据的潜在空间分析推断细胞间相互作用引起的分子变化	SpaceMarkers算法通过空间转录组数据推断肿瘤微环境中细胞间相互作用引起的分子变化，并结合单细胞RNA测序数据进行迁移学习，进一步量化特定细胞类型中的分子变化	NA	研究肿瘤微环境中细胞间相互作用引起的分子变化	肿瘤微环境中的细胞间相互作用	生物信息学	NA	空间转录组学、单细胞RNA测序	潜在空间分析	空间转录组数据、单细胞RNA测序数据	NA
27	2024-09-19	Anti-Cancer Activity of Verteporfin in Cholangiocarcinoma 2023-Apr-25, Cancers IF:4.5Q1 DOI:10.3390/cancers15092454 PMID:37173920	研究论文	研究了verteporfin在胆管癌中的抗癌活性及其对YAP1/AKT通路的影响	首次探讨了verteporfin在胆管癌中的抗癌作用，并分析了其对免疫细胞和恶性细胞干性的影响	研究仅限于小鼠模型，尚未在人体中验证	探讨verteporfin在胆管癌中的抗癌机制	胆管癌中的YAP1/AKT通路及其对免疫细胞和恶性细胞干性的影响	NA	胆管癌	流式细胞术，单细胞RNA测序	NA	细胞	YAP1/AKT尾静脉注射的小鼠模型
28	2024-09-19	The covariance environment defines cellular niches for spatial inference 2023-Apr-20, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.04.18.537375 PMID:37131616	研究论文	本文开发了一种名为协方差环境（COVET）的表示方法，用于捕捉细胞微环境的丰富多变性，并通过环境变分推断（ENVI）模型将空间和单细胞RNA-seq数据联合嵌入到潜在空间中	提出了协方差环境（COVET）表示方法，能够捕捉细胞微环境中的基因-基因协变结构，并开发了基于最优传输的距离度量和计算高效的近似方法	未提及	开发新的计算方法以利用多重空间分析技术进行生物学发现	细胞微环境的特征表示和空间推断	生物信息学	NA	最优传输	条件变分自编码器	空间数据和单细胞RNA-seq数据	数百万个细胞
29	2024-09-17	Identification of genetic variants that impact gene co-expression relationships using large-scale single-cell data 2023-04-18, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-023-02897-x PMID:37072791	研究论文	本文通过大规模单细胞数据识别影响基因共表达关系的遗传变异	本文提出了一种新的过滤策略和基于排列的多重检验方法，用于跨四个scRNA-seq外周血单核细胞数据集的co-eQTL元分析	本文的研究主要基于外周血单核细胞数据，可能无法完全代表所有细胞类型的共表达关系	研究遗传变异如何影响基因共表达关系，并揭示其对疾病相关变异的调控网络的影响	基因共表达关系和影响这些关系的遗传变异	基因组学	自身免疫性疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	四个scRNA-seq外周血单核细胞数据集，涉及72个独立SNP和946个基因对
30	2024-09-17	A tumor microenvironment-based prognostic index for osteosarcoma 2023-Apr-13, Journal of biomedical science IF:9.0Q1 DOI:10.1186/s12929-023-00917-3 PMID:37055822	研究论文	本研究基于肿瘤微环境（TME）构建了一个针对骨肉瘤的预后指数（TMEindex），并验证了其在预测患者生存和免疫检查点抑制剂（ICI）治疗反应中的作用	首次基于肿瘤微环境构建了骨肉瘤的预后指数，并探讨了其与免疫治疗反应的关系	NA	建立一个基于肿瘤微环境的预后指数，用于预测骨肉瘤患者的生存和免疫检查点抑制剂治疗反应	骨肉瘤患者的肿瘤微环境及其与预后和免疫治疗反应的关系	数字病理学	骨肉瘤	scRNA-Seq分析	NA	基因表达数据	基于TARGET数据库的骨肉瘤样本，并在三个独立数据集中验证
31	2024-09-17	TREM2+ and interstitial-like macrophages orchestrate airway inflammation in SARS-CoV-2 infection in rhesus macaques 2023-04-06, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-023-37425-9 PMID:37024448	研究论文	研究利用恒河猴模型探讨SARS-CoV-2感染引起的气道炎症中免疫细胞的作用	首次在恒河猴模型中详细描述了SARS-CoV-2感染引起的气道炎症中巨噬细胞亚群的作用，并评估了JAK1/2抑制剂baricitinib的治疗效果	研究仅限于恒河猴模型，结果的普适性有待进一步验证	探讨SARS-CoV-2感染引起的严重COVID-19的免疫病理机制	SARS-CoV-2感染的恒河猴模型中的气道炎症和巨噬细胞亚群	免疫学	COVID-19	单细胞RNA测序	NA	单细胞RNA测序数据	恒河猴模型中的气道细胞
32	2024-09-17	Differentiation trajectories of the Hydra nervous system reveal transcriptional regulators of neuronal fate 2023-Apr-04, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.03.15.531610 PMID:36993575	研究论文	研究使用单细胞RNA测序和轨迹推断，全面描述了水螅神经系统在成年期的分子特征，包括神经元亚型的转录变化和基因调控网络的构建	首次详细描述了水螅成年神经系统中的神经元亚型及其转录变化，并发现了新的神经元特异性基因调控区域和神经元亚型间的转分化途径	NA	研究水螅神经系统发育和再生的分子机制	水螅的神经系统及其神经元亚型	NA	NA	单细胞RNA测序、ATAC-seq	NA	基因表达数据	NA
33	2024-09-17	Cellcano: supervised cell type identification for single cell ATAC-seq data 2023-04-03, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-023-37439-3 PMID:37012226	研究论文	开发了一种名为Cellcano的计算方法，用于单细胞ATAC-seq数据的细胞类型识别	提出了基于两轮监督学习算法的Cellcano方法，解决了参考数据与目标数据之间的分布偏移问题，提高了预测性能	未提及	开发适用于单细胞ATAC-seq数据的监督细胞类型识别方法	单细胞ATAC-seq数据中的细胞类型	生物信息学	NA	单细胞ATAC-seq	监督学习算法	单细胞ATAC-seq数据	50个精心设计的细胞类型识别任务
34	2024-09-17	STGRNS: an interpretable transformer-based method for inferring gene regulatory networks from single-cell transcriptomic data 2023-04-03, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btad165 PMID:37004161	研究论文	本文介绍了一种基于Transformer的可解释方法STGRNS，用于从单细胞转录组数据中推断基因调控网络	提出了基因表达基序技术，将基因对转换为连续子向量，作为Transformer编码器的输入，避免了网络中缺失的相位特异性调控，提高了不同类型单细胞转录组数据中基因调控网络推断的准确性	NA	解决从单细胞转录组数据中推断基因调控网络时面临的细胞异质性问题	单细胞转录组数据中的基因调控网络	机器学习	NA	单细胞RNA测序	Transformer	基因表达数据	21个静态和27个时间序列单细胞转录组数据集
35	2024-09-17	Single-cell RNA-seq reveals intratumoral heterogeneity in osteosarcoma patients: A review 2023-Apr, Journal of bone oncology IF:3.1Q2 DOI:10.1016/j.jbo.2023.100475 PMID:37034356	综述	本文综述了单细胞RNA测序在揭示骨肉瘤患者肿瘤内异质性方面的应用	利用单细胞RNA测序技术分析了18个不同阶段的骨肉瘤病变，揭示了肿瘤内存在的不同细胞群和基因特征	NA	探讨单细胞RNA测序在骨肉瘤治疗中的潜在应用	骨肉瘤患者的肿瘤内异质性	数字病理学	骨癌	单细胞RNA测序	NA	基因数据	150,000个细胞，来自18个病变
36	2024-09-16	Age or lifestyle-induced accumulation of genotoxicity is associated with a length-dependent decrease in gene expression 2023-Apr-21, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2023.106368 PMID:37013186	研究论文	研究探讨了基因长度与基因表达在衰老过程中的关系	发现了基因长度依赖的基因表达下降与衰老相关的普遍现象，并揭示了紫外线辐射和吸烟暴露对基因表达的影响	研究主要基于小鼠和人类的数据，可能需要更多物种和数据来验证结论	探讨DNA损伤积累与基因表达变化在衰老中的作用	基因长度与基因表达的关系	基因组学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	小鼠和人类的多个组织和细胞类型
37	2024-09-16	Clinical, genetic, epidemiologic, evolutionary, and functional delineation of TSPEAR-related autosomal recessive ectodermal dysplasia 14 2023-04-13, HGG advances DOI:10.1016/j.xhgg.2023.100186 PMID:37009414	研究论文	本文详细描述了TSPEAR相关常染色体隐性外胚层发育不良14型的临床特征、遗传变异、流行病学、进化历史和功能机制	首次结合AlphaFold预测结构分析和单细胞RNA测序数据，揭示了TSPEAR蛋白在牙釉质结中的作用及其与wnt10a的相互作用	研究主要基于基因数据和模型动物，缺乏直接的人体功能验证	探讨TSPEAR在胚层发育中的作用及其相关疾病的机制	TSPEAR基因及其相关的外胚层发育不良14型	遗传学	外胚层发育不良	AlphaFold结构预测、单细胞RNA测序、基因组数据分析	NA	基因组数据、RNA测序数据	100000个基因组项目数据、多个群体的创始变异分析
38	2024-09-15	Single-cell RNA sequencing reveals maturation trajectory in human pluripotent stem cell-derived cardiomyocytes in engineered tissues 2023-Apr-21, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2023.106302 PMID:36950112	研究论文	研究了人类多能干细胞衍生的心肌细胞在不同工程化心脏组织配置中的成熟轨迹	首次通过单细胞RNA测序比较了不同工程化心脏组织中心肌细胞的基因表达和功能特征，揭示了心肌细胞成熟与组织复杂性之间的关系	研究仅限于特定的工程化心脏组织配置，未涵盖所有可能的组织类型	探讨人类多能干细胞衍生的心肌细胞在不同工程化心脏组织中的成熟过程	人类多能干细胞衍生的心肌细胞及其在不同工程化心脏组织中的成熟情况	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	三种工程化心脏组织配置和一种对照组
39	2024-09-15	Increased RTN3 phenocopies nonalcoholic fatty liver disease by inhibiting the AMPK-IDH2 pathway 2023-Apr, MedComm IF:10.7Q1 DOI:10.1002/mco2.226 PMID:36925557	研究论文	研究探讨了RTN3在非酒精性脂肪肝病（NAFLD）中的作用及其机制	首次描述了RTN3在肝脏组织中的作用，并揭示了其通过抑制AMPK-IDH2途径影响NAFLD的机制	研究主要基于公共数据集、患者样本和动物模型，缺乏大规模临床试验验证	探索RTN3在非酒精性脂肪肝病中的作用及其分子机制	RTN3在NAFLD患者、高脂饮食小鼠和氧化低密度脂蛋白处理的L02细胞中的表达及作用	NA	非酒精性脂肪肝病	单细胞RNA测序	NA	RNA	包括NAFLD患者、高脂饮食小鼠和L02细胞
40	2024-09-07	Remodeling of the osteoimmune microenvironment after biomaterials implantation in murine tibia: Single-cell transcriptome analysis 2023-Apr, Bioactive materials IF:18.0Q1 DOI:10.1016/j.bioactmat.2022.10.009 PMID:36311047	研究论文	研究了在小鼠胫骨中植入生物材料后骨免疫微环境的重组，通过单细胞转录组分析揭示了不同细胞群的异质性和动态变化	首次通过单细胞转录组分析揭示了植入材料对骨免疫微环境的影响，并探讨了中性粒细胞在骨整合中的作用	研究仅限于小鼠模型，且样本量相对较小	探讨生物材料植入后骨免疫微环境的重组及其对骨整合的影响	小鼠胫骨中植入不锈钢和钛合金生物材料后的骨免疫微环境	数字病理学	NA	单细胞转录组分析	NA	转录组数据	40043个细胞，分为五个不同组