单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
201	2024-08-05	IL-33-induced keratoconjunctivitis is mediated by group 2 innate lymphoid cells in mice 2023-Apr, Allergology international : official journal of the Japanese Society of Allergology IF:6.2Q1 DOI:10.1016/j.alit.2022.10.003 PMID:37010996	研究论文	本文研究了IL-33诱导的小鼠角结膜炎的免疫细胞机制	首次确认IL-33诱导的角结膜炎中，群体2先天淋巴细胞（ILC2）在疾病过程中发挥关键作用	研究主要基于小鼠模型，可能无法完全代表人类的病理过程	探究IL-33诱导的角结膜炎中哪些免疫细胞参与该疾病的机制	小鼠，特别是IL-33转基因小鼠和Rag2缺失小鼠	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	组织样本	多只小鼠，具体样本数未指明
202	2024-08-08	Multi-modal profiling of peripheral blood cells across the human lifespan reveals distinct immune cell signatures of aging and longevity 2023-Apr, EBioMedicine IF:9.7Q1 DOI:10.1016/j.ebiom.2023.104514 PMID:37005201	研究论文	研究分析了外周血单个核细胞（PBMCs）的单细胞数据，揭示了人类衰老和长寿中免疫细胞的特定特征	识别了与长寿相关的特定细胞类型特征，包括与年龄相关的基因表达变化和仅在百岁老人PBMCs中表达的基因	样本量相对较小，且主要集中在百岁老人群体	探索人类衰老和极端长寿中的免疫特异性模式	外周血单个核细胞（PBMCs）的单细胞数据	数字病理学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	单细胞数据	7名百岁老人（平均年龄106岁）和52名年轻至老年（20-89岁）的人
203	2024-08-08	The immune cell landscape and response of Marek's disease resistant and susceptible chickens infected with Marek's disease virus 2023-04-01, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-023-32308-x PMID:37005445	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术分析了马立克病抗性和易感鸡脾细胞的免疫细胞类型及其对马立克病病毒感染的反应	首次使用单细胞RNA测序技术详细分析了马立克病抗性和易感鸡的免疫细胞类型及其对病毒感染的反应	NA	旨在深入了解特定免疫细胞类型及其对马立克病病毒感染的反应，以改进马立克病的控制	马立克病抗性和易感鸡的脾细胞	NA	马立克病	单细胞RNA测序（scRNAseq）	NA	RNA	14,378个细胞
204	2024-08-08	SPI1-mediated autophagy of peripheral blood monocyte cells as a mechanism for sepsis based on single-cell RNA sequencing 2023-Apr, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2023.109909 PMID:37012859	研究论文	本研究基于单细胞RNA测序技术，分析了外周血单核细胞在脓毒症中的自噬机制	首次揭示了SPI1通过抑制ANXA1转录来增强单核细胞自噬，从而参与脓毒症的机制	NA	旨在分析外周血单核细胞在脓毒症中的自噬机制	外周血单核细胞（PBMCs）在脓毒症中的自噬机制	数字病理学	脓毒症	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA	来自脓毒症患者的PBMC样本
205	2024-08-08	Single-Cell RNA sequencing highlights the regulatory role of T cell marker genes Ctla4, Ccl5 and Tcf7 in corneal allograft rejection of mouse model 2023-Apr, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2023.109911 PMID:37012887	研究论文	本文通过单细胞RNA测序分析了小鼠角膜同种异体移植模型中的T细胞标记基因Ctla4、Ccl5和Tcf7的调控作用	首次揭示了Ctla4、Ccl5和Tcf7在小鼠角膜同种异体移植排斥反应中的关键作用	NA	探究小鼠角膜同种异体移植排斥反应中T细胞介导的机制	小鼠角膜同种异体移植模型中的T细胞和角膜组织	数字病理学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	多个小鼠角膜组织样本
206	2024-08-08	Temporal multimodal single-cell profiling of native hematopoiesis illuminates altered differentiation trajectories with age 2023-04-25, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2023.112304 PMID:36961818	研究论文	本文通过整合单细胞转录组和表位分析与造血干细胞（HSC）特异性谱系追踪的长期功能评估，揭示了年龄对原生造血分化轨迹的影响。	研究首次结合单细胞转录组和表位分析，揭示了HSC/前体细胞分化结构的定义，与仅基于单细胞RNA测序的近期研究结果不同。	研究主要集中在体外培养和功能评估，对体内动态变化的具体机制仍需进一步探索。	探讨年龄对造血功能的影响及其分子机制。	造血干细胞（HSC）及其分化轨迹。	数字病理学	血液细胞疾病	单细胞转录组分析	NA	单细胞数据	具体样本数量未在摘要中明确提及
207	2024-08-08	Stem cell-based modeling and single-cell multiomics reveal gene-regulatory mechanisms underlying human skeletal development 2023-04-25, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2023.112276 PMID:36965484	研究论文	本文通过结合体外诱导人类多能干细胞形成间质细胞和体内通过植入间质细胞于免疫缺陷小鼠肾囊下形成软骨内骨的方法，研究人类骨骼发育的基因调控机制	本文引入了综合方法来模拟人类骨骼发育，并通过单细胞多组学分析揭示了与多个转录因子相关的染色质可及性的动态变化	NA	阐明人类骨骼发育的分子机制	人类骨骼发育的基因调控网络	数字病理学	NA	scRNA-seq, 单细胞多组学	NA	单细胞数据	涉及人类多能干细胞和免疫缺陷小鼠
208	2024-08-05	Single-cell sequencing reveals peritoneal environment and insights into fibrosis in CAPD patients 2023-Apr-21, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2023.106336 PMID:36968085	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序揭示了CAPD患者腹膜环境及纤维化的见解	该研究首次识别了CAPD患者腹膜透析液中具有促进纤维化特性的免疫细胞和腹膜间皮细胞的新表型和功能特征	研究的样本量和特定的阶段可能限制了结果的普遍性和适用性	探讨长期腹膜透析患者中腹膜纤维化的机制	不同阶段CAPD患者的腹膜透析液中的细胞组成和转录组特征	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	细胞转录组数据	六种主要细胞群体样本，具体数量未提供
209	2024-08-08	Pseudotime dynamics of T cells in pancreatic ductal adenocarcinoma inform distinct functional states within the regulatory and cytotoxic T cells 2023-Apr-21, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2023.106324 PMID:36968070	研究论文	本研究通过基于RNA速度的伪时间分析，探索了胰腺导管腺癌（PDAC）中T细胞的功能动态，以期发现新的治疗策略。	研究揭示了PDAC微环境中T细胞轨迹的多种终端状态，并发现了一部分不向耗竭和衰老状态过渡的T细胞功能分支。	NA	理解PDAC微环境中T细胞的功能动态，以开发替代治疗策略。	胰腺导管腺癌（PDAC）中的T细胞。	数字病理学	胰腺癌	scRNA-seq	NA	RNA	来自手术切除的人类PDAC标本。
210	2024-08-08	Post-injury born oligodendrocytes incorporate into the glial scar and contribute to the inhibition of axon regeneration 2023-04-15, Development (Cambridge, England) DOI:10.1242/dev.201311 PMID:36971369	研究论文	研究探讨了新生成的少突胶质细胞在视神经损伤后是否整合到胶质瘢痕中，并分析了这些细胞对轴突再生的影响	首次通过单细胞RNA测序和免疫组织化学方法研究了损伤后生成的少突胶质细胞在胶质瘢痕中的整合情况，并探讨了去髓鞘饮食对这些细胞的影响及其对轴突再生的促进作用	实验主要集中在视神经损伤模型上，可能需要进一步的研究来验证这些发现是否适用于其他类型的神经损伤	探究损伤后生成的少突胶质细胞如何影响轴突再生	损伤后生成的少突胶质细胞及其在胶质瘢痕中的整合情况	神经科学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	具体样本数量未在摘要中明确提及
211	2024-08-08	Re-generation of cytotoxic γδT cells with distinctive signatures from human γδT-derived iPSCs 2023-04-11, Stem cell reports IF:5.9Q2 DOI:10.1016/j.stemcr.2023.02.010 PMID:36963392	研究论文	本文成功从人源γδT细胞衍生的诱导多能干细胞（iPSCs）中再生了具有独特特征的细胞毒性γδT细胞	iPSC衍生的γδT细胞（iγδTs）能够以主要组织相容性复合体（MHC）非限制性方式杀死多种癌症类型，为γδT细胞免疫治疗提供了一种新的无数量限制的来源	传统的外周血来源γδT细胞扩增困难，限制了其治疗效果	开发一种新的γδT细胞来源，以克服传统γδT细胞扩增的限制	γδT细胞衍生的iPSCs及其衍生的γδT细胞	细胞生物学	癌症	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	多种癌症类型
212	2024-08-05	The temporal and spatial signature of microglial transcriptome in neuropathic pain 2023-04-05, Neuroreport IF:1.6Q4 DOI:10.1097/WNR.0000000000001899 PMID:36966811	研究论文	本研究分析了神经损伤后小胶质细胞转录组的时间和空间特征。	研究揭示了小胶质细胞在神经损伤后疼痛进展中的时间和空间特异性。	本研究主要集中在大鼠模型中，可能无法完全代表人类神经性疼痛的特征。	本研究旨在探讨小胶质细胞在神经性疼痛中的转录组特征。	研究对象为接受神经损伤的12只大鼠神经性疼痛模型。	数字病理学	神经性疼痛	单细胞测序, 加权基因共表达网络分析	NA	基因表达数据	12只大鼠
213	2024-08-05	Urea cycle activation triggered by host-microbiota maladaptation driving colorectal tumorigenesis 2023-04-04, Cell metabolism IF:27.7Q1 DOI:10.1016/j.cmet.2023.03.003 PMID:36963394	研究论文	这篇文章探讨了宿主-微生物群代谢不适应如何影响结直肠癌的发生	首次描述了宿主的尿素循环代谢在结直肠肿瘤发生过程中的显著激活	缺乏大规模临床试验结果来确认发现	研究宿主-微生物群代谢不适应与结直肠癌之间的关系	通过临床分析和多种生物技术对结直肠腺瘤和癌症组织进行研究	数字病理学	结直肠癌	单细胞转录组学、微生物组分析、代谢组学	小鼠模型	组织样本	结直肠腺瘤和癌症组织的样本
214	2024-08-05	Con-AAE: contrastive cycle adversarial autoencoders for single-cell multi-omics alignment and integration 2023-04-03, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btad162 PMID:36975610	研究论文	本文提出了一种新型框架，通过对比循环对抗自编码器实现单细胞RNA-seq和ATAC-seq数据的对齐与整合	提出了对比循环对抗自编码器（Con-AAE），能够高效地处理高维且稀疏的单细胞多组学数据	实验环境的限制导致数据通常噪声很高	促进单细胞多组学研究，实现不同空间数据的对齐与整合	单细胞RNA-seq和单细胞ATAC-seq数据	计算机视觉	NA	NA	对抗自编码器	RNA-seq和ATAC-seq数据	多个数据集
215	2024-08-08	Integrative bulk and single-cell transcriptome profiling analysis reveals IFI27 as a novel interferon-stimulated gene in dengue 2023-04, Journal of medical virology IF:6.8Q1 DOI:10.1002/jmv.28706 PMID:36971141	研究论文	本研究通过综合分析大量和单细胞转录组数据，揭示了IFI27作为登革病毒感染中的新型干扰素刺激基因	首次发现IFI27是登革病毒感染中的关键干扰素刺激基因	需要进一步验证IFI27作为登革热诊断标志物和治疗靶点的潜力	确定登革病毒感染中的干扰素刺激基因	登革病毒感染患者的外周血单核细胞	数字病理学	登革热	单细胞RNA测序	支持向量机-递归特征消除算法	转录组数据	登革病毒感染患者和健康志愿者的外周血单核细胞
216	2024-08-08	A single-cell census of mouse limb development identifies complex spatiotemporal dynamics of skeleton formation 2023-04-10, Developmental cell IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.devcel.2023.02.013 PMID:36931270	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析了小鼠前肢发育过程中的细胞状态，揭示了骨骼形成的复杂时空动态模式	首次识别出一种原始的肢芽前体细胞，并展示了它们在三维空间中非连续的复杂分化模式	NA	探索小鼠肢体发育过程中骨骼形成的时空动态	小鼠前肢发育中的细胞分化过程	发育生物学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	多个发育中的小鼠前肢样本
217	2024-08-08	ROS Induction Targets Persister Cancer Cells with Low Metabolic Activity in NRAS-Mutated Melanoma 2023-04-04, Cancer research IF:12.5Q1 DOI:10.1158/0008-5472.CAN-22-1826 PMID:36946761	研究论文	本文通过多组学分析揭示了NRAS突变型黑色素瘤细胞通过采用间充质表型和静息代谢程序来抵抗MEK抑制剂诱导的细胞应激，并发现这些细胞对ROS诱导高度敏感，提出联合使用ROS诱导剂和MEK抑制剂可以有效抑制肿瘤生长和转移。	本文首次揭示了NRAS突变型黑色素素瘤细胞通过代谢适应抵抗MEK抑制剂，并发现ROS诱导剂可以作为新的治疗策略。	本文主要基于体外实验和异种移植模型，需要进一步的临床试验验证。	探索NRAS突变型黑色素瘤的治疗新策略。	NRAS突变型黑色素瘤细胞及其代谢适应性。	数字病理学	黑色素瘤	多组学分析	NA	RNA测序数据	62个人类转移性黑色素瘤样本和486个癌细胞系
218	2024-08-05	scMCs: a framework for single-cell multi-omics data integration and multiple clusterings 2023-04-03, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btad133 PMID:36929930	研究论文	提出了一种单细胞数据融合的多重聚类方法scMCs，能够同时建模单细胞转录组学和表观遗传学数据，并探索多种不同的聚类	scMCs通过挖掘特定于组学和跨组学一致的表示，并将其融合为共同嵌入表示，从而加强了聚类的多样性和质量	该方法的局限性在于当前尚未解决所有单细胞数据的噪音和稀疏性问题	该研究旨在整合单细胞多组学数据，以揭示不同细胞类型和状态的调控基础	研究对象为单细胞转录组学和表观遗传学数据	数字病理学	NA	NA	NA	单细胞数据	NA
219	2024-08-05	A comparative gene expression matrix in Apoe-deficient mice identifies unique and atherosclerotic disease stage-specific gene regulation patterns in monocytes and macrophages 2023-04, Atherosclerosis IF:4.9Q1 DOI:10.1016/j.atherosclerosis.2023.03.006 PMID:36940535	研究论文	本研究探讨了缺乏载脂蛋白E的小鼠中单核细胞和巨噬细胞在动脉粥样硬化过程中基因表达的变化	提供了特定病变和病程阶段的基因调控模式的比较目录，揭示了不同细胞类型的基因调控交汇程度意外地低	仅在小鼠模型中进行研究，且数据的广泛适用性尚待验证	描述动脉粥样硬化过程中巨噬细胞和单核细胞的基因表达变化	模型小鼠中的主动脉巨噬细胞、腹膜巨噬细胞和循环单核细胞	数字病理学	动脉粥样硬化	RNA测序	NA	基因表达数据	缺乏载脂蛋白E的小鼠样本和动脉粥样硬化斑块来自小鼠和人类
220	2024-08-08	A single-cell transcriptome atlas profiles early organogenesis in human embryos 2023-04, Nature cell biology IF:17.3Q1 DOI:10.1038/s41556-023-01108-w PMID:36928764	研究论文	本研究通过分析超过180,000个单细胞转录组，生成了一个包含313个集群的综合图谱，涵盖18个发育系统，并结合空间转录组数据，揭示了人类胚胎早期器官发生中未被充分认识的细胞类型及其分子和空间结构。	本研究首次生成了人类胚胎早期器官发生的单细胞转录组图谱，结合空间转录组数据，揭示了先前未被充分认识的细胞类型及其分子和空间结构。	NA	揭示人类胚胎早期器官发生的细胞多样性和分子结构。	4-6周的人类胚胎及其器官发生过程。	发育生物学	NA	单细胞转录组测序	NA	转录组数据	超过180,000个单细胞