单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 287 篇文献，本页显示第 181 - 200 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 181 | 2024-08-08 |
N,N-Dimethyl-3β-hydroxycholenamide attenuates neuronal death and retinal inflammation in retinal ischemia/reperfusion injury by inhibiting Ninjurin 1
2023-Apr-07, Journal of neuroinflammation
IF:9.3Q1
DOI:10.1186/s12974-023-02754-5
PMID:37029422
|
研究论文 | 研究N,N-二甲基-3β-羟基胆甾胺（DMHCA）通过抑制Ninjurin 1减轻视网膜缺血/再灌注损伤中的神经元死亡和视网膜炎症 | 首次揭示了DMHCA通过抑制Ninjurin 1在视网膜缺血/再灌注损伤中的神经保护作用，并提供了单细胞RNA测序的新见解 | 文章未提及具体的局限性 | 探讨DMHCA在视网膜缺血/再灌注损伤中的效果及其分子机制 | DMHCA处理的小鼠视网膜缺血/再灌注损伤及DMHCA处理后的微胶质细胞 | NA | 视网膜疾病 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | RNA | 未具体说明样本数量 |
| 182 | 2024-08-08 |
Comprehensive analysis of cuproptosis-related immune biomarker signature to enhance prognostic accuracy in gastric cancer
2023-04-07, Aging
DOI:10.18632/aging.204646
PMID:37036489
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研究论文 | 本研究探讨了铜依赖性程序性细胞死亡机制——铜死亡相关免疫基因（CRIGs）在胃癌（GC）中的潜在功能及其作为生物标志物的价值 | 首次揭示了CRIGs在胃癌中的功能，并建立了一个有效的铜死亡相关免疫生物标志物签名，用于准确预测胃癌患者的长期生存 | NA | 挖掘铜死亡相关免疫基因在胃癌中的潜在功能及其作为生物标志物的价值 | 胃癌及其免疫微环境 | 数字病理学 | 胃癌 | scRNA-seq, 免疫组织化学 | Cox和LASSO分析 | 转录组数据, 临床信息 | 数据来自TCGA, GTEx, 和GEO数据库 |
| 183 | 2024-08-05 |
Identification of cell barcodes from long-read single-cell RNA-seq with BLAZE
2023-04-06, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-023-02907-y
PMID:37024980
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研究论文 | 文章介绍了BLAZE，这是一种用于仅依赖纳米孔长读长单细胞RNA测序数据识别细胞条形码的方法 | BLAZE准确高效地识别10x细胞条形码，而不依赖于匹配的短读数据 | NA | 旨在简化长读单细胞RNA测序并提高结果质量 | 长读单细胞RNA测序数据中的细胞条形码 | 数字病理学 | NA | RNA测序 | NA | 长读RNA测序数据 | NA |
| 184 | 2024-08-05 |
Prognostic values of tissue-resident CD8+T cells in human hepatocellular carcinoma and intrahepatic cholangiocarcinoma
2023-Apr-06, World journal of surgical oncology
IF:2.5Q1
DOI:10.1186/s12957-023-03009-6
PMID:37024870
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研究论文 | 该研究分析了组织驻留CD8+T细胞在肝细胞癌和肝内胆管癌中的预后价值 | 首次系统描述了肝细胞癌和肝内胆管癌中CD8+T细胞的表达及其预后相关性 | 本研究的样本量和单细胞RNA测序分析可能存在选择偏倚 | 探讨组织驻留CD8+T细胞在肝细胞癌和肝内胆管癌中的预后价值 | 人类肝细胞癌和肝内胆管癌中的组织驻留CD8+T细胞 | 数字病理学 | 肝细胞癌 | 多重免疫组化（mIHC）和成像分析 | NA | 组织样本 | 使用了肝细胞癌和肝内胆管癌的组织微阵列 |
| 185 | 2024-08-05 |
Single-Cell RNA Sequencing Reveals Microevolution of the Stickleback Immune System
2023-04-06, Genome biology and evolution
IF:3.2Q2
DOI:10.1093/gbe/evad053
PMID:37039516
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研究论文 | 本研究揭示了三刺鱼免疫系统微进化的特征 | 首次创建了三刺鱼的综合免疫细胞图谱，并展示了免疫细胞类型之间显著的变异 | 研究的样本量相对较小，仅包含来自三个种群的九条鱼 | 探讨三刺鱼种群间免疫系统的微进化 | 三刺鱼（Gasterosteus aculeatus）和寄生虫感染相关免疫细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞转录组测序 | NA | 基因表达数据 | 九条鱼，来自三个不同的种群 |
| 186 | 2024-08-05 |
Cynomolgus monkey embryo model captures gastrulation and early pregnancy
2023-04-06, Cell stem cell
IF:19.8Q1
DOI:10.1016/j.stem.2023.03.009
PMID:37028403
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研究论文 | 构建了与人类胚胎形态和转录组相似的猕猴胚胎模型，观察其发育潜力 | 首次展示了猕猴胚胎在体外发生胃肠形成与体内早期妊娠的能力 | 未对比不同胚胎发展阶段的各种模型 | 探讨猕猴胚胎的发育潜力并在伦理上对人类胚胎研究进行替代 | 猕猴胚胎模型 | 数字病理学 | NA | 单细胞转录组学 | NA | 细胞、胚胎组织 | 使用猕猴胚胎模型进行的多次实验，具体样本量未说明 |
| 187 | 2024-08-08 |
FIPRESCI: droplet microfluidics based combinatorial indexing for massive-scale 5'-end single-cell RNA sequencing
2023-04-06, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-023-02893-1
PMID:37024957
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研究论文 | 本文介绍了一种基于液滴微流控技术的组合索引方法FIPRESCI，用于大规模5'端单细胞RNA测序 | FIPRESCI方法通过大规模样本复用，将液滴微流控系统的通量提高了十倍以上 | NA | 开发一种超高通量的5'端单细胞RNA测序方法 | 小鼠胚胎和12名癌症患者的外周血T细胞 | 数字病理学 | 癌症 | RNA测序 | NA | RNA | 约100,000个单细胞转录组 |
| 188 | 2024-08-08 |
Matters arising: Insufficient evidence that pancreatic β cells are derived from adult ductal Neurog3-expressing progenitors
2023-04-06, Cell stem cell
IF:19.8Q1
DOI:10.1016/j.stem.2023.03.003
PMID:37028408
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研究论文 | 本文对Gribben等人关于成年胰腺导管细胞作为内分泌前体的结论提出质疑，并通过实验数据支持成年胰腺β细胞并非源自导管细胞的观点 | 提出对现有胰腺β细胞起源理论的重新解释，挑战了传统的观点 | 依赖于特定的Cre线标记方法，可能存在标记错误和分类错误的问题 | 探讨胰腺β细胞的起源，对糖尿病再生疗法具有重要意义 | 胰腺β细胞及其可能的前体细胞 | NA | 糖尿病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA序列 | 未具体说明样本数量 |
| 189 | 2024-08-05 |
Localized nuclear reaction breaks boron drug capsules loaded with immune adjuvants for cancer immunotherapy
2023-04-05, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-023-37253-x
PMID:37019890
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研究论文 | 本文研究了一种通过局部核反应激活的硼胶囊与免疫佐剂联用的癌症免疫疗法 | 本研究工程化了一种中子激活的硼胶囊，能够增强BNCT和免疫佐剂的协同效果，以引发强效的抗肿瘤免疫反应 | 目前缺乏对其抗肿瘤效果的进一步临床研究 | 探讨硼中子捕获疗法的抗肿瘤免疫响应 | 采用女性小鼠肿瘤模型进行研究 | 数字病理学 | 癌症 | BNCT | NA | NA | 使用女性小鼠肿瘤模型进行观察 |
| 190 | 2024-08-05 |
clusterMaker2: a major update to clusterMaker, a multi-algorithm clustering app for Cytoscape
2023-Apr-05, BMC bioinformatics
IF:2.9Q1
DOI:10.1186/s12859-023-05225-z
PMID:37020209
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研究论文 | clusterMaker2是clusterMaker的重大更新，提供多种算法用于生物数据集的聚类分析 | 引入了新的算法类别，如节点排名和降维，增强了与Cytoscape的集成 | NA | 旨在提供易于使用的工具以分析和可视化现代生物数据集 | 对酵母热休克表达实验数据集进行重新分析 | 数字病理学 | NA | NA | NA | 数据集 | NA |
| 191 | 2024-08-08 |
Schwann Cells Are Key Regulators of Corneal Epithelial Renewal
2023-04-03, Investigative ophthalmology & visual science
IF:5.0Q1
DOI:10.1167/iovs.64.4.7
PMID:37036418
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研究论文 | 本研究探讨了施万细胞在维持和再生角膜上皮细胞更新中的关键作用 | 首次明确了角膜轴突包裹的施万细胞在角膜上皮细胞稳态和再生更新中的重要作用 | NA | 研究施万细胞在角膜上皮细胞更新中的作用 | 施万细胞和角膜上皮细胞 | NA | NA | 原位杂交、免疫组织化学、单细胞RNA测序 | NA | 细胞 | 使用了转基因小鼠和去神经化的大鼠角膜样本进行研究 |
| 192 | 2024-08-05 |
Universal recording of cell-cell contacts in vivo for interaction-based transcriptomics
2023-Apr-18, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.03.16.533003
PMID:36993443
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研究论文 | 本文报道了一种新的通用方法uLIPSTIC，用于记录细胞间的物理相互作用 | uLIPSTIC能够独立于受体和配体，记录免疫细胞与非免疫细胞间的相互作用 | 原有的LIPSTIC方法仅限于测量CD4助手T细胞与抗原呈递细胞之间的相互作用 | 研究细胞间相互作用对免疫功能的影响 | 研究细胞间接触的不同免疫细胞及其与非免疫细胞的相互作用 | 数字病理学 | NA | 酶转移标记技术 | NA | 单细胞转录组数据 | NA |
| 193 | 2024-08-08 |
An immunometabolism subtyping system identifies S100A9+ macrophage as an immune therapeutic target in colorectal cancer based on multiomics analysis
2023-04-18, Cell reports. Medicine
DOI:10.1016/j.xcrm.2023.100987
PMID:36990096
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研究论文 | 本研究通过免疫代谢分型系统，在结直肠癌中识别出S100A9+巨噬细胞作为免疫治疗的新靶点 | 开发了一种免疫代谢分型系统，并发现S100A9+巨噬细胞在免疫抑制的肿瘤微环境中起关键作用 | NA | 研究肿瘤微环境中的免疫代谢及其对结直肠癌免疫治疗反应的影响 | 结直肠癌患者及其肿瘤微环境中的免疫代谢特征 | 数字病理学 | 结直肠癌 | 多组学分析 | NA | 单细胞转录组 | 训练队列和验证队列的结直肠癌患者 |
| 194 | 2024-08-05 |
Temporal tracking of microglial and monocyte single-cell transcriptomics in lethal flavivirus infection
2023-04-04, Acta neuropathologica communications
IF:6.2Q1
DOI:10.1186/s40478-023-01547-4
PMID:37016414
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研究论文 | 本研究首次定义了小胶质细胞和单核细胞在致命黄病毒感染过程中单细胞转录组的响应 | 揭示了小胶质细胞和单核细胞在严重神经炎症中的时间特异性转录适应及其在抗病毒免疫反应中的作用 | 目前尚未明确定义小胶质细胞在此反应中的具体贡献 | 探讨小胶质细胞和单核细胞在西尼罗病毒脑炎中的免疫反应 | 研究小胶质细胞和单核细胞在神经炎症中的不同角色 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | 小鼠模型 | RNA序列数据 | NA |
| 195 | 2024-08-05 |
Structure-preserving visualization for single-cell RNA-Seq profiles using deep manifold transformation with batch-correction
2023-04-04, Communications biology
IF:5.2Q1
DOI:10.1038/s42003-023-04662-z
PMID:37016133
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研究论文 | 本文提出了一种通用的可视化方法，称为深度可视化（DV），用于处理单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据的降维和可视化 | 该方法能够在统一框架中同时处理数据的固有结构和批次效应，适用于不同应用领域和数据规模的多种数据集 | 尚未提及具体的限制 | 研究旨在提供一种能保持数据结构并处理批次效应的可视化方法 | 本文研究对象为不同应用场景的单细胞RNA测序数据集 | 数字病理学 | NA | 深度可视化（DV） | 结构图学习 | 数据集的2D或3D可视化 | 九个复杂组织数据集 |
| 196 | 2024-08-08 |
Kernelized multiview signed graph learning for single-cell RNA sequencing data
2023-Apr-04, BMC bioinformatics
IF:2.9Q1
DOI:10.1186/s12859-023-05250-y
PMID:37016281
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研究论文 | 本文提出了一种基于多视角带符号图学习的联合估计多个基因调控网络的方法，用于单细胞RNA测序数据 | 本文创新性地采用了图信号处理（GSP）和核化方法，通过优化基因表达的总变化并确保学习到的网络之间的相似性，提高了基因调控网络恢复的性能 | NA | 旨在更好地描述在不同但相关条件下单细胞基因调控网络 | 单细胞基因调控网络 | 系统生物学 | NA | 单细胞RNA测序 | 带符号图学习 | 基因表达数据 | NA |
| 197 | 2024-08-05 |
Retinoic acid signaling modulation guides in vitro specification of human heart field-specific progenitor pools
2023-04-03, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-023-36764-x
PMID:37012244
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研究论文 | 本文研究了视黄酸信号调节如何指导人类心脏领域特异性前体细胞的体外特化 | 揭示了视黄酸信号调节如何指导人类多能干细胞形成具有不同命运潜力的心脏领域特异性前体细胞 | 未提及 | 提高对人类心脏发育与先天性心脏畸形的理解 | 研究了来自患有左心发育不全综合征患者的前体细胞的转录调控失调 | 数字病理学 | 先天性心脏病 | 基因标记、单细胞转录组学、外源性人鼠胚胎嵌合体 | NA | 细胞数据 | NA |
| 198 | 2024-08-05 |
Single-cell RNA-seq of heart reveals intercellular communication drivers of myocardial fibrosis in diabetic cardiomyopathy
2023-04-03, eLife
IF:6.4Q1
DOI:10.7554/eLife.80479
PMID:37010266
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研究论文 | 本文研究了糖尿病心肌病中心肌纤维化的细胞间通信驱动因素 | 首次在单细胞分辨率下识别了促纤维化微环境中的关键配体-受体相互作用，提出了新的治疗靶点 | 研究主要基于小鼠模型，可能不完全适用于人类疾病的情况 | 探讨糖尿病心肌纤维化的发病机制及治疗靶点 | 糖尿病小鼠心脏中的纤维母细胞和巨噬细胞等细胞类型 | 数字病理学 | 糖尿病心肌病 | 单细胞RNA测序 | NA | NA | 糖尿病小鼠的心脏细胞样本 |
| 199 | 2024-08-08 |
Lung development and regeneration: newly defined cell types and progenitor status
2023-Apr-03, Cell regeneration (London, England)
DOI:10.1186/s13619-022-00149-0
PMID:37009950
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综述 | 本文综述了肺发育和再生的当前理解，特别强调了多组学方法和单细胞转录组学在解析细胞参与者和分子信号方面的作用 | 本文引入了多组学方法和单细胞转录组学来深入解析肺发育和再生过程中的细胞和分子机制 | NA | 探讨肺发育过程和再生能力的当前理解 | 肺发育和再生的细胞和分子过程 | NA | NA | 多组学方法，单细胞转录组学 | NA | 转录组 | NA |
| 200 | 2024-08-08 |
Integrated analysis of single-cell and bulk RNA sequencing identifies a signature based on macrophage marker genes involved in prostate cancer prognosis and treatment responsiveness
2023-Apr-03, Functional & integrative genomics
IF:3.9Q1
DOI:10.1007/s10142-023-01037-9
PMID:37010617
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研究论文 | 本研究通过整合单细胞和批量RNA测序数据，构建了一个基于巨噬细胞标记基因的签名，用于预测前列腺癌患者的预后和治疗反应性 | 首次开发并验证了一个新的巨噬细胞相关签名（MRS），能够准确预测患者生存结果，评估免疫特征，推断治疗益处，并为个性化治疗提供辅助工具 | NA | 构建一个基于巨噬细胞标记基因的签名，用于预测前列腺癌患者的预后和治疗反应性 | 前列腺癌患者 | 数字病理学 | 前列腺癌 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | 机器学习 | RNA-Seq数据 | 1056名前列腺癌患者 |