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当前共找到 288 篇文献，本页显示第 1 - 20 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 2025-12-10 |
A mannitol-based buffer improves single-cell RNA sequencing of high-salt marine cells
2023-Apr-28, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.04.26.538465
PMID:37163054
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研究论文 | 本文提出了一种基于甘露醇的缓冲液（PBS-M），用于改善高盐度海洋生物细胞的单细胞RNA测序质量 | 开发了一种低盐度磷酸盐缓冲液，通过添加D-甘露醇来维持高盐度海洋细胞的活力，从而提高了scRNA-seq的数据质量和细胞代表性 | 研究主要针对海鞘血细胞，可能未广泛测试于其他海洋生物或细胞类型，且未详细探讨缓冲液对长期细胞保存或不同测序平台的影响 | 旨在优化单细胞RNA测序技术，以更好地应用于高盐度环境中的海洋生物研究 | 海鞘的血细胞 | 单细胞转录组学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA序列数据 | 未明确指定样本数量，但涉及海鞘血细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 2 | 2025-11-27 |
Spatially Resolved Transcriptomics Deconvolutes Prognostic Histological Subgroups in Patients with Colorectal Cancer and Synchronous Liver Metastases
2023-04-14, Cancer research
IF:12.5Q1
DOI:10.1158/0008-5472.CAN-22-2794
PMID:37057593
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研究论文 | 本研究通过空间转录组学技术解析结直肠癌肝转移患者预后相关的组织学亚群 | 首次将空间转录组学应用于同步切除的结直肠癌原发灶和肝转移灶，揭示了肿瘤内部和病灶间的异质性及驱动不同表型的转录组程序 | 样本量相对有限，需要更大规模研究验证 | 确定组织学评估在预测结直肠癌肝转移同步切除术后预后的实际应用价值，并探究驱动疾病进展的功能生物学机制 | 接受同步切除的原发性结直肠癌和肝转移患者样本 | 数字病理学 | 结直肠癌 | 组织学评估、基因组panel分析、bulk转录组、免疫组化、空间转录组学 | NA | 组织样本、转录组数据、空间转录组数据 | 接受同步切除的结直肠癌肝转移患者样本 | NanoString | 空间转录组学 | GeoMx | GeoMx空间转录组分析 |
| 3 | 2025-11-12 |
Structural and functional properties of mSWI/SNF chromatin remodeling complexes revealed through single-cell perturbation screens
2023-04-20, Molecular cell
IF:14.5Q1
DOI:10.1016/j.molcel.2023.03.013
PMID:37028419
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研究论文 | 通过单细胞扰动筛选揭示mSWI/SNF染色质重塑复合物的结构和功能特性 | 首次结合Perturb-seq、CRISPR-Cas9敲除和单细胞多组学技术系统解析mSWI/SNF亚基功能 | NA | 解析mSWI/SNF染色质重塑复合物各亚基对基因表达的贡献 | 哺乳动物SWI/SNF染色质重塑复合物亚基 | 表观遗传学 | 癌症 | Perturb-seq, CRISPR-Cas9敲除, 单细胞RNA-seq, SHARE-seq | NA | 单细胞转录组数据, 染色质可及性数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 单细胞多组学 | NA | NA |
| 4 | 2025-11-05 |
Early events marking lung fibroblast transition to profibrotic state in idiopathic pulmonary fibrosis
2023-Apr-21, Respiratory research
IF:4.7Q1
DOI:10.1186/s12931-023-02419-0
PMID:37085855
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组学识别了特发性肺纤维化中成纤维细胞向促纤维化状态转变的早期事件 | 首次发现核糖体蛋白全局下调和铜结合蛋白显著上调标志着IPF转变，并识别了新的过渡性成纤维细胞亚群 | 研究样本量有限，且主要关注成纤维细胞而忽略了其他细胞类型在疾病进展中的作用 | 探究特发性肺纤维化中成纤维细胞从正常向促纤维化状态转变的早期分子事件 | 健康对照和IPF患者肺组织中的成纤维细胞 | 单细胞生物学 | 特发性肺纤维化 | 单细胞转录组测序，免疫荧光检测 | NA | 单细胞RNA测序数据，免疫荧光图像 | 健康对照和IPF患者肺组织样本（上下肺叶） | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 5 | 2025-10-22 |
Universal recording of cell-cell contacts in vivo for interaction-based transcriptomics
2023-Apr-18, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.03.16.533003
PMID:36993443
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研究论文 | 开发了一种通用型细胞间接触记录技术uLIPSTIC，用于在体监测免疫细胞间的瞬时相互作用 | 将LIPSTIC技术从特定CD40L-CD40通路扩展为不依赖特定受体-配体的通用型细胞相互作用记录平台 | 技术仍处于开发验证阶段，在更多生物系统中的适用性有待进一步验证 | 建立能够普遍记录体内细胞间物理相互作用的技术方法 | 免疫细胞（T细胞、树突状细胞、调节性T细胞、滤泡辅助T细胞）与肠道上皮细胞等 | 单细胞生物学 | NA | 酶标记技术、单细胞转录组测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 6 | 2025-10-05 |
CD34+ cell-derived fibroblast-macrophage cross-talk drives limb ischemia recovery through the OSM-ANGPTL signaling axis
2023-04-14, Science advances
IF:11.7Q1
DOI:10.1126/sciadv.add2632
PMID:37043578
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研究论文 | 本研究揭示了CD34+细胞通过OSM-ANGPTL信号轴促进肢体缺血恢复的细胞机制 | 首次结合单细胞RNA测序和遗传谱系追踪技术，提供了正常和缺血肢体组织的精确单细胞图谱，发现CD34+细胞作为成纤维细胞前体促进组织再生 | 未明确说明样本规模和技术重复次数 | 探究CD34+细胞在缺血肌肉微环境中的分化潜能和功能作用 | 人类和小鼠的正常及缺血肢体组织 | 单细胞生物学 | 肢体缺血 | 单细胞RNA测序, 遗传谱系追踪 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 7 | 2025-10-05 |
Uncovering the spatial landscape of molecular interactions within the tumor microenvironment through latent spaces
2023-04-19, Cell systems
IF:9.0Q1
DOI:10.1016/j.cels.2023.03.004
PMID:37080163
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研究论文 | 开发了一种名为SpaceMarkers的生物信息学算法，通过空间转录组数据的潜在空间分析推断细胞间相互作用的分子变化 | 提出首个通过潜在空间分析从空间转录组数据推断细胞间相互作用分子变化的算法 | 需要匹配的单细胞RNA-seq数据进行验证和进一步量化 | 揭示肿瘤微环境中分子相互作用的空间景观 | 转移性、浸润性和前体病变以及免疫治疗处理的组织样本 | 数字病理学 | 肿瘤 | 空间转录组学, 单细胞RNA-seq | 潜在空间分析, 迁移学习 | 空间转录组数据, 单细胞RNA-seq数据 | NA | 10x Genomics | 空间转录组学, 单细胞RNA-seq | Visium | Visium空间转录组学 |
| 8 | 2025-10-05 |
A spatially resolved single cell genomic atlas of the adult human breast
2023-Apr-25, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.04.22.537946
PMID:37163043
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研究论文 | 构建了首个成人正常乳腺组织的单细胞和空间分辨率综合图谱 | 首次在单细胞和空间分辨率层面系统揭示成人乳腺组织的细胞组成和空间分布特征，发现导管和小叶中丰富的组织驻留免疫细胞生态系统 | 样本数量相对有限（62名女性），主要关注正常组织，疾病状态研究较少 | 建立成人正常乳腺组织的综合细胞参考图谱 | 成人女性乳腺组织 | 单细胞基因组学 | 乳腺癌 | 单细胞转录组测序，空间转录组学 | NA | 单细胞RNA测序数据，空间转录组数据 | 535,941个细胞（来自62名女性），120,024个细胞核（来自20名女性） | NA | 单细胞RNA-seq，空间转录组学 | NA | 使用了三种空间定位技术 |
| 9 | 2025-10-06 |
deMULTIplex2: robust sample demultiplexing for scRNA-seq
2023-Apr-12, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.04.11.536275
PMID:37090649
|
研究论文 | 提出一种用于单细胞RNA测序数据的鲁棒样本解复用算法deMULTIplex2 | 基于标签交叉污染物理机制构建统计模型，使用广义线性模型和期望最大化算法概率推断细胞样本身份 | NA | 解决大规模、样本细胞数不平衡和噪声数据中的单细胞样本解复用问题 | 单细胞RNA测序数据中的细胞样本标签 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 广义线性模型, 期望最大化算法 | 单细胞测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 10 | 2025-10-06 |
Distinct mesenchymal cell states mediate prostate cancer progression
2023-Apr-01, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.03.29.534769
PMID:37034687
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析前列腺癌间质细胞状态及其在癌症进展中的作用 | 识别了8个转录和功能不同的基质细胞群体，建立了能预测前列腺癌转移进展的基因特征 | 研究主要基于基因工程小鼠模型，人类样本验证相对有限 | 探究前列腺癌进展中基质-上皮细胞相互作用的分子机制 | 基因工程小鼠模型和人类前列腺癌样本中的间质细胞 | 数字病理学 | 前列腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | 4种基因工程小鼠模型及其野生型对照，以及具有相似基因型的人类肿瘤 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 11 | 2025-10-06 |
An artificial neural network model to diagnose non-obstructive azoospermia based on RNA-binding protein-related genes
2023-04-24, Aging
DOI:10.18632/aging.204674
PMID:37116198
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研究论文 | 开发基于RNA结合蛋白相关基因的人工神经网络模型用于诊断非梗阻性无精子症 | 首次基于RNA结合蛋白DDX20和NCBP2构建人工神经网络诊断模型，并在多个独立队列中进行验证 | 样本量相对有限，需要在更大规模队列中进一步验证模型的泛化能力 | 研究RNA结合蛋白在非梗阻性无精子症中的功能及诊断价值 | 睾丸组织样本（包括对照和NOA患者） | 机器学习 | 男性不育症 | 生物信息学分析，单细胞RNA测序，机器学习算法 | 人工神经网络，逻辑回归，随机森林，LASSO，SVM-RFE，Boruta | 基因表达数据，转录组数据 | 训练队列58例（对照11，NOA47），验证队列包括3个公共数据集和44例本地医院样本 | NA | 单细胞RNA测序，bulk RNA-seq | NA | NA |
| 12 | 2025-10-06 |
Single-cell transcriptomic atlas of lung microvascular regeneration after targeted endothelial cell ablation
2023-04-20, eLife
IF:6.4Q1
DOI:10.7554/eLife.80900
PMID:37078698
|
研究论文 | 通过单细胞转录组分析揭示肺微血管再生机制 | 首次发现表达apelin的新型gCap内皮干细胞群在肺微血管再生中的关键作用 | 研究基于转基因小鼠模型，人类临床适用性需进一步验证 | 阐明肺微血管再生的分子机制 | 肺内皮细胞 | 单细胞生物学 | 急性肺损伤 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 转基因小鼠肺内皮细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 13 | 2025-10-06 |
Neutrophilic granulocyte-derived B-cell activating factor supports B cells in skin lesions in hidradenitis suppurativa
2023-04, The Journal of allergy and clinical immunology
IF:11.4Q1
DOI:10.1016/j.jaci.2022.10.034
PMID:36481267
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研究论文 | 本研究揭示了中性粒细胞来源的B细胞活化因子在化脓性汗腺炎皮肤病变中支持B/浆细胞存续的机制 | 首次发现中性粒细胞是HS病变中BAFF的主要生产者，并阐明G-CSF和细菌产物共同刺激BAFF分泌的机制 | 研究样本来源有限，机制研究主要基于体外实验 | 阐明HS病变中支持B/浆细胞存续的介质及其作用机制 | HS患者皮肤样本、血浆、培养的皮肤活检样本、角质形成细胞、真皮成纤维细胞、中性粒细胞、单核细胞和B细胞 | 免疫学 | 化脓性汗腺炎 | mRNA测序, 定量PCR, 流式细胞术, 免疫组织荧光, 系统生物学分析 | NA | RNA测序数据, 流式细胞数据, 免疫荧光图像 | 多个HS患者队列和对照队列的皮肤样本 | NA | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | NA | NA |
| 14 | 2025-10-06 |
A proteo-transcriptomic map of non-alcoholic fatty liver disease signatures
2023-04, Nature metabolism
IF:18.9Q1
DOI:10.1038/s42255-023-00775-1
PMID:37037945
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研究论文 | 本研究通过蛋白质组学和转录组学整合分析，绘制了非酒精性脂肪肝疾病进展的分子特征图谱 | 首次提供了NAFLD进展过程中蛋白质组与转录组整合的详细图谱，并通过单细胞RNA测序解析了肝脏细胞类型对蛋白质组变化的贡献 | 样本量相对有限（306例患者），且为多中心研究可能存在技术批次效应 | 揭示NAFLD向肝硬化进展过程中循环蛋白质的系统性变化机制 | 306例经组织学特征明确的NAFLD患者 | 生物医学 | 非酒精性脂肪肝 | 蛋白质组学, 转录组学, 单细胞RNA测序, 逻辑回归 | 逻辑回归 | 蛋白质组数据, 转录组数据 | 306例NAFLD患者 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 15 | 2025-10-06 |
Analysis of cardiac single-cell RNA-sequencing data can be improved by the use of artificial-intelligence-based tools
2023-04-26, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-023-32293-1
PMID:37100826
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研究论文 | 本研究开发了一种基于人工智能的单细胞RNA测序数据分析工具包，用于改善心肌再生研究中的细胞类型识别和信号通路分析 | 将三种AI技术（自动编码、稀疏建模和半监督学习）整合到scRNAseq数据分析中，相比传统方法能发现更多生物学差异 | 研究仅使用了来自公共数据库的三个数据集，需要更多独立验证 | 提高单细胞RNA测序数据分析的准确性和深度，以更好地理解心肌再生机制 | 小鼠和猪的心脏细胞，特别是心肌细胞亚群 | 生物信息学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序 | 自动编码器, 稀疏建模, 半监督学习 | 基因表达数据 | 三个来自GEO数据库的scRNAseq数据集（包含小鼠和猪心脏细胞） | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 16 | 2025-10-06 |
An optimized approach for multiplexing single-nuclear ATAC-seq using oligonucleotide-conjugated antibodies
2023-04-28, Epigenetics & chromatin
IF:4.2Q1
DOI:10.1186/s13072-023-00486-7
PMID:37118773
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研究论文 | 开发了一种使用寡核苷酸偶联抗体的单核ATAC-seq多重分析方法 | 首次使用识别核孔复合体蛋白的寡核苷酸偶联抗体进行单核ATAC-seq多重分析 | 仅在2重和4重样本中验证了方法准确性 | 开发单核ATAC-seq样本多重分析技术 | 人和小鼠细胞样本的混合样本 | 单细胞测序技术 | NA | 单核ATAC-seq, 寡核苷酸偶联抗体技术 | NA | 基因组测序数据 | 2重样本9144个细胞核，4重样本12208个细胞核 | NA | 单核ATAC-seq, 批量ATAC-seq | NA | NA |
| 17 | 2025-10-06 |
A single-cell gene expression atlas of human follicular aspirates: Identification of leukocyte subpopulations and their paracrine factors
2023-04, FASEB journal : official publication of the Federation of American Societies for Experimental Biology
IF:4.4Q2
DOI:10.1096/fj.202201746RR
PMID:36934419
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序构建人类卵泡抽吸物基因表达图谱，鉴定白细胞亚群及其旁分泌因子 | 首次在人类排卵期卵泡中系统鉴定10个白细胞亚群，并揭示其通过分泌因子调控颗粒细胞功能的机制 | 样本量较小（仅4名IVF患者），需要在更大群体中验证 | 研究人类排卵期卵泡中白细胞亚群及其与卵泡细胞的相互作用机制 | 人类卵泡抽吸物中的细胞群体 | 单细胞生物学 | 生殖系统疾病 | 单细胞RNA测序 | RNA velocity分析 | 单细胞转录组数据 | 4名IVF患者的卵泡抽吸物 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 18 | 2025-10-06 |
SpaDecon: cell-type deconvolution in spatial transcriptomics with semi-supervised learning
2023-04-07, Communications biology
IF:5.2Q1
DOI:10.1038/s42003-023-04761-x
PMID:37029267
|
研究论文 | 开发了一种名为SpaDecon的半监督学习方法，用于空间转录组数据中的细胞类型反卷积 | 首次结合基因表达、空间位置和组织学信息进行细胞类型反卷积的半监督学习方法 | 仅使用四个真实SRT数据集和四个伪SRT数据集进行评估 | 解决空间条形码SRT技术缺乏单细胞分辨率的问题，推断细胞类型的空间分布 | 空间转录组数据中的细胞类型分布 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组技术 | 半监督学习 | 基因表达数据、空间位置数据、组织学图像 | 四个真实SRT数据集和四个伪SRT数据集 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 19 | 2025-10-06 |
Connexin 43-mediated neurovascular interactions regulate neurogenesis in the adult brain subventricular zone
2023-04-25, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2023.112371
PMID:37043357
|
研究论文 | 本研究揭示了连接蛋白43介导的神经干细胞与内皮细胞相互作用调控成年大脑脑室下区神经发生的机制 | 首次发现Cx43通过非通道依赖方式（借助胞质尾端和ERK激活）调控神经干细胞静息状态 | 具体信号通路细节仍需进一步阐明 | 探究成年大脑脑室下区神经干细胞与内皮细胞相互作用的调控机制 | 成年小鼠脑室下区的神经干细胞和内皮细胞 | 神经科学 | 神经退行性疾病 | 单细胞RNA测序, 体外实验 | 基因敲除模型 | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 20 | 2025-10-06 |
Anti-Cancer Activity of Verteporfin in Cholangiocarcinoma
2023-Apr-25, Cancers
IF:4.5Q1
DOI:10.3390/cancers15092454
PMID:37173920
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研究论文 | 本研究探讨了YAP1通路抑制剂维替泊芬在胆管癌小鼠模型中的抗肿瘤活性及其对免疫细胞和肿瘤干细胞的影响 | 首次在YAP1/AKT小鼠模型中验证维替泊芬通过调节肿瘤相关巨噬细胞极化和激活CD8 T细胞发挥抗胆管癌作用 | 研究仅限于小鼠模型，尚未在人体临床试验中验证 | 研究维替泊芬在胆管癌中的抗肿瘤机制 | YAP1/AKT水动力尾静脉注射小鼠模型 | 癌症研究 | 胆管癌 | 流式细胞术, 单细胞RNA测序 | 动物模型 | 基因表达数据, 细胞表型数据 | 小鼠模型分组比较 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |