单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1	2025-03-29	A mannitol-based buffer improves single-cell RNA sequencing of high-salt marine cells 2023-Apr-28, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.04.26.538465 PMID:37163054	研究论文	本文介绍了一种基于甘露醇的缓冲液（PBS-M），用于提高高盐海洋生物细胞的单细胞RNA测序（scRNA-seq）质量	提出了一种新型缓冲液PBS-M，显著减少细胞死亡和环境mRNA，从而揭示以往无法检测的细胞状态	研究仅针对海鞘血细胞进行了验证，未涉及其他海洋生物细胞	优化单细胞RNA测序技术，使其适用于高盐环境下的海洋生物细胞	海鞘血细胞	基因组学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	未明确说明样本数量，研究对象为海鞘血细胞
2	2025-03-28	Targeting of epigenetic co-dependencies enhances anti-AML efficacy of Menin inhibitor in AML with MLL1-r or mutant NPM1 2023-04-13, Blood cancer journal IF:12.9Q1 DOI:10.1038/s41408-023-00826-6 PMID:37055414	研究论文	该研究探讨了Menin抑制剂（MI）在治疗具有MLL1重排或NPM1突变的急性髓系白血病（AML）中的疗效，并发现通过靶向表观遗传共依赖性可以增强MI的抗AML效果	研究发现MI与BET、MOZ、LSD1或CBP/p300抑制剂联合使用可在体外和体内显著增强对AML细胞的杀伤效果，为克服MI单药治疗的耐药性提供了新策略	研究主要基于临床前模型，尚未在临床试验中验证这些联合治疗方案的疗效和安全性	探索增强Menin抑制剂在AML治疗中疗效的新方法	具有MLL1重排或NPM1突变的急性髓系白血病细胞	肿瘤学	急性髓系白血病	单细胞RNA测序、ChiP-Seq、ATAC-Seq、RNA测序、RPPA、质谱流式细胞术（CyTOF）、CRISPR-Cas9筛选	NA	基因组数据、转录组数据、蛋白质组数据	NA
3	2025-03-26	Potential Molecular Mechanisms of Alzheimer's Disease from Genetic Studies 2023-04-15, Biology DOI:10.3390/biology12040602 PMID:37106802	综述	本文综述了阿尔茨海默病（AD）的潜在分子机制，特别关注了遗传学研究中的发现	通过单细胞测序（scRNA-seq）和空间基因组学技术，将AD的分子机制差异归纳为四个关键类别，并探讨了与先前研究结果的对比	研究基于已有文献的叙述性综合，未进行新的实验验证	识别AD中分子失衡的共同原因及其潜在机制，为后续研究提供方向	阿尔茨海默病（AD）的分子机制	遗传学	阿尔茨海默病	scRNA-seq, 空间基因组学	NA	基因组数据	NA
4	2025-03-25	Spatial epigenome-transcriptome co-profiling of mammalian tissues 2023-04, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-023-05795-1 PMID:36922587	研究论文	本文介绍了两种空间表观基因组和转录组联合分析技术，用于在近单细胞分辨率下同时分析染色质可及性与基因表达，或组蛋白修饰与基因表达	首次实现了空间表观基因组和转录组的联合分析，揭示了表观遗传机制如何控制组织中的转录表型和细胞动态	技术尚未应用于更广泛的组织类型和疾病模型	探索表观遗传机制在组织中对转录表型和细胞动态的控制	小鼠胚胎和幼年脑组织以及成年人类脑组织	空间组学	NA	空间转录组学、空间表观组学	NA	表观基因组数据、转录组数据	小鼠胚胎和幼年脑组织、成年人类脑组织
5	2025-03-20	FRC transplantation restores lymph node conduit defects in laminin α4-deficient mice 2023-04-24, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.167816 PMID:37092548	研究论文	本研究揭示了细胞外基质Lama4在调节淋巴结导管中的特定作用，并探讨了FRC移植对Lama4缺陷小鼠淋巴结导管缺陷的修复作用	首次揭示了FRC衍生的Lama4在维持导管纤维完整性中的关键作用，并展示了通过FRC移植修复Lama4缺陷小鼠的淋巴结导管结构和功能的创新方法	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类中进行验证	探讨FRC衍生的Lama4在调节淋巴结导管结构和功能中的作用，并评估FRC移植对Lama4缺陷小鼠的修复效果	Lama4缺陷小鼠及其淋巴结导管	免疫学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	Lama4缺陷小鼠及其淋巴结组织
6	2025-03-14	Osteosarcoma tumors maintain intra-tumoral transcriptional heterogeneity during bone and lung colonization 2023-04-27, BMC biology IF:4.4Q1 DOI:10.1186/s12915-023-01593-3 PMID:37106386	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术研究了骨肉瘤肿瘤在骨和肺转移过程中维持肿瘤内转录异质性的机制	揭示了骨肉瘤肿瘤在骨和肺转移过程中如何维持肿瘤内转录异质性，并发现葡萄糖代谢的异质性特征	研究主要基于细胞系和患者来源的异种移植模型，可能无法完全反映人体内肿瘤的复杂性	研究骨肉瘤肿瘤在骨和肺转移过程中维持肿瘤内转录异质性的机制	骨肉瘤肿瘤细胞	肿瘤生物学	骨肉瘤	单细胞RNA测序	细胞系和患者来源的异种移植模型	单细胞RNA测序数据	47,977个细胞
7	2025-02-19	Nanoparticle stereochemistry-dependent endocytic processing improves in vivo mRNA delivery 2023-04, Nature chemistry IF:19.2Q1 DOI:10.1038/s41557-023-01138-9 PMID:36864143	研究论文	本文研究了立体化学对多组分胶体（如脂质纳米颗粒）在体内mRNA递送中的影响	发现含有立体纯20α-羟基胆固醇的脂质纳米颗粒比含有20α-和20β-羟基胆固醇混合物的脂质纳米颗粒在肝脏细胞中递送mRNA的效率高出3倍	未明确提及具体局限性	探讨立体化学对脂质纳米颗粒在体内mRNA递送中的影响	脂质纳米颗粒（LNP）及其在肝脏细胞中的mRNA递送	生物医学工程	NA	单细胞RNA测序和成像	NA	RNA测序数据和成像数据	未明确提及具体样本数量
8	2025-02-13	Tissue-Resident Memory T Cells in Pancreatic Ductal Adenocarcinoma Coexpress PD-1 and TIGIT and Functional Inhibition Is Reversible by Dual Antibody Blockade 2023-04-03, Cancer immunology research IF:8.1Q1 DOI:10.1158/2326-6066.CIR-22-0121 PMID:36689623	研究论文	本文通过飞行时间细胞术（CyTOF）和单细胞RNA测序技术，对胰腺导管腺癌（PDAC）患者肿瘤浸润T细胞群进行了表征，发现大量CD8+组织驻留记忆T细胞（TRM）共表达PD-1和TIGIT，并证明双抗体阻断可逆转其功能抑制	首次详细描述了PDAC肿瘤免疫微环境中T细胞的特征，特别是TRM细胞的PD-1和TIGIT共表达现象，并验证了双抗体阻断策略的有效性	研究主要基于体外实验，未进行体内验证，且样本量有限	探究PDAC肿瘤免疫微环境中T细胞的特征及其对免疫检查点阻断的反应	胰腺导管腺癌（PDAC）患者的肿瘤浸润T细胞	肿瘤免疫学	胰腺癌	飞行时间细胞术（CyTOF）、单细胞RNA测序	NA	单细胞数据	PDAC患者的肿瘤样本
9	2025-02-09	M2 macrophages drive leukemic transformation by imposing resistance to phagocytosis and improving mitochondrial metabolism 2023-04-14, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.adf8522 PMID:37058562	研究论文	本文通过单细胞RNA测序、流式细胞术和免疫组织化学研究，揭示了急性髓性白血病（AML）患者骨髓中先天免疫区室向支持肿瘤的M2极化巨噬细胞景观转变，并探讨了这些巨噬细胞如何通过减少吞噬活性和增强线粒体代谢促进白血病转化	研究发现AML相关的M2极化巨噬细胞通过减少吞噬活性和增强线粒体代谢促进白血病转化，揭示了免疫景观在白血病发展中的作用	研究主要基于体外实验和动物模型，尚未在人体中进行验证	探讨急性髓性白血病（AML）患者骨髓中M2极化巨噬细胞在白血病转化中的作用	急性髓性白血病（AML）患者骨髓中的M2极化巨噬细胞和白血病原始细胞	肿瘤免疫学	急性髓性白血病	单细胞RNA测序、流式细胞术、免疫组织化学	NA	RNA测序数据、流式细胞数据、免疫组织化学数据	AML患者的骨髓样本
10	2025-02-09	Piezo inhibition prevents and rescues scarring by targeting the adipocyte to fibroblast transition 2023-Apr-04, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.04.03.535302 PMID:37066136	研究论文	本文研究了脂肪细胞在瘢痕形成中的作用，发现脂肪细胞通过机械感应转化为成纤维细胞，从而驱动伤口纤维化	首次揭示了脂肪细胞通过机械感应转化为成纤维细胞的机制，并提出了通过抑制Piezo来预防和修复瘢痕的新方法	研究主要基于小鼠模型和人类异种移植伤口模型，尚未在更广泛的人类临床环境中验证	探讨脂肪细胞在瘢痕形成中的作用，并寻找减少纤维化的治疗方法	脂肪细胞和成纤维细胞	生物医学	瘢痕形成	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、Visium、CODEX	小鼠伤口模型和人类异种移植伤口模型	基因表达数据、空间转录组数据	小鼠和人类异种移植伤口模型
11	2025-01-30	Modeling maternal cholesterol exposure reveals a reduction of neural progenitor proliferation using human cerebral organoids 2023-Apr, Life medicine DOI:10.1093/lifemedi/lnac034 PMID:39872117	研究论文	本文通过构建胆固醇暴露模型，利用人类多能干细胞衍生的脑类器官，揭示了母体高胆固醇暴露可能导致后代神经发育障碍的机制	首次使用人类多能干细胞衍生的脑类器官构建胆固醇暴露模型，揭示了高胆固醇对神经祖细胞增殖的抑制作用及其与自闭症谱系障碍（ASD）的潜在关联	研究主要基于体外模型，未涉及动物或人体实验，可能无法完全反映体内复杂环境	探讨母体高胆固醇暴露对后代神经发育的影响及其机制	人类多能干细胞衍生的脑类器官	神经发育生物学	自闭症谱系障碍（ASD）	单细胞测序	脑类器官模型	基因表达数据	NA
12	2025-01-14	Size matters: the impact of nucleus size on results from spatial transcriptomics 2023-04-21, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-023-04129-z PMID:37081484	研究论文	本文研究了连续切片数据整合（CSDI）对空间转录组学数据聚类和解卷积的影响，特别是在人类死后大脑中的应用	提出了连续切片数据整合（CSDI）方法，以提高空间转录组学数据的聚类和解卷积准确性	研究主要针对人类死后大脑，可能不适用于其他组织或活体样本	探讨连续切片数据整合（CSDI）对空间转录组学数据聚类和解卷积的影响	人类死后大脑	空间转录组学	NA	Visium Spatial Gene Expression (ST), 单核RNA-seq	NA	空间转录组学数据	人类死后大脑样本
13	2024-12-17	SPADE: Spatial Deconvolution for Domain Specific Cell-type Estimation 2023-Apr-17, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.04.14.536924 PMID:37131788	研究论文	本文提出了一种名为SPADE的空间反卷积方法，用于在特定领域中估计细胞类型的比例	SPADE通过结合单细胞RNA测序数据、空间位置信息和组织学信息，能够成功识别现有反卷积方法未能识别的细胞类型特定空间模式	本文仅展示了在合成数据和鸡心脏发育数据集上的应用，未来需要在更多不同类型的数据集上验证其有效性	开发一种能够准确估计异质组织中细胞类型空间分布的方法	细胞类型的空间分布及其在复杂生物系统中的变化	基因组学	NA	单细胞RNA测序	反卷积方法	基因表达数据	合成数据和鸡心脏发育数据集
14	2024-12-12	Novel Candidate Regulators and Developmental Trajectory of Pituitary Thyrotropes 2023-04-17, Endocrinology IF:3.8Q2 DOI:10.1210/endocr/bqad076 PMID:37183548	研究论文	研究使用单细胞RNA测序技术分析幼鼠垂体细胞，识别了调控甲状腺激素分泌细胞发育的新因子	首次通过单细胞RNA测序揭示了垂体甲状腺激素分泌细胞的发育轨迹，并发现了新的调控因子	研究仅限于幼鼠垂体细胞，未涉及其他物种或成年动物	揭示垂体甲状腺激素分泌细胞的发育机制及其调控因子	幼鼠垂体细胞中的甲状腺激素分泌细胞及其亚型	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	幼鼠P7垂体细胞
15	2024-11-17	CIMLA: Interpretable AI for inference of differential causal networks 2023-Apr-25, ArXiv PMID:37163135	研究论文	本文介绍了一种名为CIMLA的新工具，用于发现条件依赖的因果关系变化，并展示了其在基因调控网络中的应用	CIMLA工具在发现条件依赖的因果关系变化方面比现有方法更稳健和准确	NA	发现高维数据中的因果关系	基因调控网络在不同生物条件下的差异	生物信息学	阿尔茨海默病	单细胞RNA测序	特征归因模型	高维数据	NA
16	2024-11-04	SpaDecon: cell-type deconvolution in spatial transcriptomics with semi-supervised learning 2023-04-07, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-023-04761-x PMID:37029267	研究论文	本文介绍了一种名为SpaDecon的半监督学习方法，用于空间转录组学中的细胞类型反卷积	SpaDecon结合了基因表达、空间位置和组织学信息，显著提高了细胞类型反卷积的准确性	NA	旨在提高空间转录组学中细胞类型反卷积的准确性	空间转录组学数据中的细胞类型分布	数字病理学	NA	空间转录组学	半监督学习	基因表达数据	四个真实空间转录组学数据集和四个伪空间转录组学数据集
17	2024-10-27	Cloning a profibrotic stem cell variant in idiopathic pulmonary fibrosis 2023-04-26, Science translational medicine IF:15.8Q1 DOI:10.1126/scitranslmed.abp9528 PMID:37099633	研究论文	研究通过单细胞克隆技术在特发性肺纤维化患者中鉴定出一种促纤维化干细胞变异体	首次通过单细胞克隆技术鉴定出特发性肺纤维化中的一种主要干细胞变异体，并发现其在体外能将正常肺成纤维细胞转化为病理性肌成纤维细胞，在体内能激活和招募肌成纤维细胞	研究样本量较小，且仅限于特发性肺纤维化患者和对照组，未涵盖其他肺部疾病	探讨特发性肺纤维化中干细胞变异体的特征及其在疾病发展中的作用	特发性肺纤维化患者的远端肺部基底干细胞	数字病理学	特发性肺纤维化	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	16名特发性肺纤维化患者和10名对照组
18	2024-10-21	Single-cell and spatial transcriptomics identify a macrophage population associated with skeletal muscle fibrosis 2023-Apr-18, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.04.18.537253 PMID:37131694	研究论文	研究使用单细胞转录组学和空间转录组学技术，识别与骨骼肌纤维化相关的巨噬细胞群体	发现了六个新的巨噬细胞集群，这些集群与传统的M1或M2巨噬细胞激活定义不符，并揭示了spp1在肌营养不良中调节基质祖细胞和巨噬细胞相互作用的关键作用	研究主要集中在小鼠模型和人类肌肉活检样本上，可能无法完全代表所有肌肉退行性疾病的情况	探讨巨噬细胞在肌肉退行性疾病中的作用，特别是其在肌肉纤维化中的作用	骨骼肌中的巨噬细胞及其在肌肉退行性疾病中的分子特征	数字病理学	肌肉退行性疾病	单细胞转录组学和空间转录组学	NA	转录组数据	小鼠模型和人类肌肉活检样本
19	2024-10-09	Cross-Dataset Single-Cell Analysis Identifies Temporal Alterations in Cell Populations of Primary Pancreatic Tumor and Liver Metastasis 2023-Apr-21, Cancers IF:4.5Q1 DOI:10.3390/cancers15082396 PMID:37190324	研究论文	本研究通过跨数据集的单细胞RNA测序分析，揭示了原发性胰腺肿瘤和肝转移瘤中细胞群落的时空变化	首次系统比较了原发性胰腺癌和肝转移瘤的细胞群落组成和基因组特征，并识别出肝转移瘤中独特的癌细胞亚群和标记物	NA	探讨胰腺导管腺癌（PDAC）原发肿瘤和肝转移瘤中细胞群落的组成和基因组特征的差异	胰腺导管腺癌（PDAC）的原发肿瘤和肝转移瘤	数字病理学	胰腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因组数据	使用了转基因KPC小鼠模型及其自发PDAC和匹配的肝转移瘤的scRNA-seq数据集
20	2024-10-04	An optimized approach for multiplexing single-nuclear ATAC-seq using oligonucleotide-conjugated antibodies 2023-04-28, Epigenetics & chromatin IF:4.2Q1 DOI:10.1186/s13072-023-00486-7 PMID:37118773	研究论文	本文介绍了一种使用寡核苷酸偶联抗体进行单核ATAC-seq多重分析的优化方法	开发了一种简单的核哈希方法NuHash，使用寡核苷酸偶联抗体识别核孔复合体蛋白，用于snATAC-seq文库制备的多重分析	NA	研究单细胞分辨率下转录和染色质结构的分析技术	人类和鼠类细胞样本的snATAC-seq分析	基因组学	NA	单核ATAC-seq (snATAC-seq)	NA	基因组数据	9144个核（2-plex）和12,208个核（4-plex）