单细胞与空转测序相关文章
本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得，供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ，每日自动更新（使用关键词“['single-cell sequencing', 'single-cell RNA sequencing', 'single-cell transcriptomics', 'single-cell RNA-seq', 'single-cell transcriptome', 'scRNA-seq', 'spatial transcriptomics']”过滤），已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理，可能存在错误或遗漏，请使用时务必注意核实！
如有建议或合作意向，欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布，欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错，还请不吝 给我打赏，你的支持是我继续创新的重要动力！
添加微信请说明来意
微信赞赏
除通过在线浏览外，为方便用户离线查阅，本站也提供 付费下载（定价19.9元）。之所以考虑收费，是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的，还请理解并多多支持。本站数据会持续更新，而仅需一次付费，未来就可以随时重新下载到最新版本数据。
当前共找到 286 篇文献，本页显示第 1 - 20 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 2026-07-03 |
Single-cell profiling reveals immune aberrations in progressive idiopathic pulmonary fibrosis
2023-Apr-29, medRxiv : the preprint server for health sciences
DOI:10.1101/2023.04.29.23289296
PMID:37163015
|
研究论文 | 该文章通过单细胞RNA测序揭示了特发性肺纤维化（IPF）患者在稳定期和进展期的外周免疫系统变化图谱 | 首次在单细胞分辨率下详细描述IPF患者外周血免疫细胞群的变化，特别是发现经典单核细胞和调节性T细胞（Tregs）增加与疾病进展和预后相关，并揭示了肺-血免疫招募轴 | 摘要未明确提及局限性，但可能包括样本量较小或验证队列有限 | 绘制IPF患者稳定期和进展期的外周免疫系统变化图谱 | 特发性肺纤维化（IPF）患者和对照组的外周血单核细胞（PBMCs） | 单细胞生物信息学 | 特发性肺纤维化（IPF） | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）, 流式细胞术 | NA | 单细胞转录组数据 | 25名IPF患者和13名匹配对照组，共38个PBMC样本，获得149,564个细胞 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | 10x Chromium | 10x Chromium 5' 单细胞RNA测序 |
| 2 | 2026-06-19 |
Transcriptomic landscapes of effective and failed liver regeneration in humans
2023-Apr, JHEP reports : innovation in hepatology
IF:9.5Q1
DOI:10.1016/j.jhepr.2023.100683
PMID:36950091
|
research paper | 探索人类肝脏再生过程中有效和失败时的转录组景观 | 首次利用人类生物样本库系统评估肝脏再生早期转录变化，并揭示功能失调再生中DUSP4降低与过度炎症反应的关系，挑战了现有动物模型概念 | 未提及具体限制，但可能包括样本量较小、临床风险因素的模拟模型与人类实际情况的差异 | 系统评估人类肝脏再生过程中的早期转录变化，并探究功能失调肝脏再生中这些过程的差异 | 接受肝切除手术患者的血液和组织样本 | machine learning | 肝脏疾病 | RNA-seq, 空间转录组学 | NA | 转录组数据, 空间转录组数据 | 154名患者的血液样本和46名患者的术中组织样本，其中21名患者用于RNA测序 | NA | bulk RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 3 | 2026-05-24 |
Cloning a profibrotic stem cell variant in idiopathic pulmonary fibrosis
2023-04-26, Science translational medicine
IF:15.8Q1
DOI:10.1126/scitranslmed.abp9528
PMID:37099633
|
研究论文 | 通过单细胞克隆技术从特发性肺纤维化患者远端肺中鉴定出一种促纤维化干细胞变体，该变体能够转化正常肺成纤维细胞并激活肌成纤维细胞，其基因表达网络与器官纤维化相关 | 首次通过单细胞克隆技术鉴定出特发性肺纤维化中一种促纤维化干细胞变体，该变体在正常和胎儿肺中低量存在，但具有转化正常成纤维细胞为致病性肌成纤维细胞的能力，并筛选出表皮生长因子和雷帕霉素靶蛋白信号通路抑制剂作为潜在治疗靶点 | 未明确说明研究的局限性，但可能包括样本量有限、体外实验与体内微环境的差异、以及干细胞变体在疾病中的确切致病机制仍需进一步验证 | 揭示特发性肺纤维化中肺基底干细胞异质性的致病机制，鉴定促纤维化干细胞变体及其治疗靶点 | 16例特发性肺纤维化患者和10例对照者的远端肺基底干细胞 | 机器学习和数字病理学 | 特发性肺纤维化，慢性阻塞性肺疾病 | 单细胞RNA测序，单细胞克隆技术 | NA | 基因表达数据 | 16例特发性肺纤维化患者和10例对照者的远端肺样本 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞3'试剂盒 |
| 4 | 2026-05-07 |
Piezo inhibition prevents and rescues scarring by targeting the adipocyte to fibroblast transition
2023-Apr-04, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.04.03.535302
PMID:37066136
|
研究论文 | 本研究通过机械感应机制揭示脂肪细胞转化为瘢痕成纤维细胞的过程，并证明抑制Piezo可防止和逆转瘢痕形成 | 首次证实脂肪细胞在机械力感应下可转化为成纤维细胞驱动瘢痕形成，并发现Piezo抑制即使在已形成的瘢痕中也能诱导再生愈合 | 未明确说明局限性 | 探究脂肪细胞是否通过机械感应参与瘢痕纤维化，并评估Piezo抑制的治疗潜力 | 小鼠伤口模型和人源异种移植伤口模型中的脂肪细胞与成纤维细胞转化 | 数字病理学 | 瘢痕形成 | 单细胞RNA测序、空间转录组学Visium、CODEX多重成像 | NA | 基因表达数据、空间转录组数据、成像数据 | 小鼠伤口模型和人源异种移植伤口模型 | 10x Genomics, 其他未指定 | 单细胞RNA测序, 空间转录组学, 蛋白质组学成像 | 10x Chromium, 10x Visium, CODEX | 10x Chromium用于单细胞RNA测序，10x Visium用于空间转录组学，CODEX用于多重蛋白成像 |
| 5 | 2026-04-11 |
Universal recording of cell-cell contacts in vivo for interaction-based transcriptomics
2023-Apr-18, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.03.16.533003
PMID:36993443
|
研究论文 | 本文介绍了一种通用版本的LIPSTIC技术（uLIPSTIC），用于在体内记录细胞间物理相互作用，并结合单细胞转录组学分析免疫细胞与非免疫细胞间的互作网络 | 开发了不依赖于特定受体-配体对的通用细胞间接触记录技术，扩展了原LIPSTIC技术的应用范围 | 未明确说明技术灵敏度或可能存在的假阳性/假阴性问题 | 开发通用技术以研究免疫细胞与非免疫细胞间的瞬时物理相互作用 | 免疫细胞（CD8 T细胞、调节性T细胞、滤泡辅助T细胞）与肠道上皮细胞等非免疫细胞 | 单细胞组学 | NA | 单细胞转录组学 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 6 | 2026-03-13 |
[Evaluation of peripheral blood T-lymphocyte subpopulations features in patients with hepatitis B virus-related acute-on-chronic liver failure based on single-cell sequencing technology]
2023-Apr-20, Zhonghua gan zang bing za zhi = Zhonghua ganzangbing zazhi = Chinese journal of hepatology
|
研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术，评估了乙型肝炎病毒相关慢加急性肝衰竭患者外周血T淋巴细胞亚群的特征 | 首次在HBV-ACLF患者中，基于单细胞测序技术系统描绘了外周血T淋巴细胞的分化轨迹，并鉴定出具有高度耗竭特征的CD4(+)TIGIT(+)和CD8(+)LAG3(+)亚群 | 样本量较小（6例患者和3例健康对照），且为单中心研究，需要更大样本验证 | 探索HBV-ACLF患者外周血耗竭T淋巴细胞的特征，为ACLF免疫功能障碍寻找潜在的治疗靶点分子 | 乙型肝炎病毒相关慢加急性肝衰竭患者的外周血T淋巴细胞 | 单细胞组学 | 肝衰竭 | 单细胞RNA测序 | 拟时序分析 | 单细胞转录组数据 | 6例HBV-ACLF患者和3例健康对照 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 7 | 2026-03-06 |
RhoA GEF Mcf2lb regulates rosette integrity during collective cell migration
2023-Apr-27, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.04.19.537573
PMID:37131612
|
研究论文 | 本研究利用斑马鱼后侧线原基作为模型系统，发现RhoA鸟嘌呤核苷酸交换因子Mcf2lb通过调控顶端收缩来维持集体细胞迁移过程中多细胞玫瑰花结结构的完整性 | 首次鉴定出Mcf2lb作为RhoA特异性GEF在调控多细胞玫瑰花结结构完整性中的关键作用，并揭示了其通过RhoA-Rock-2a-非肌肉肌球蛋白II信号轴调控顶端收缩的分子机制 | 研究主要基于斑马鱼模型系统，在哺乳动物系统中的保守性有待进一步验证；对Mcf2lb调控RhoA活性的具体生化机制尚未深入解析 | 探究多细胞玫瑰花结结构形成和维持的分子调控机制 | 斑马鱼后侧线原基中的多细胞玫瑰花结结构 | 发育生物学 | NA | 单细胞RNA测序，整体原位杂交，活体成像，3D分析 | NA | 基因表达数据，成像数据 | 斑马鱼后侧线原基细胞群（约150个细胞） | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 8 | 2026-03-06 |
Impaired Reorganization of Centrosome Structure Underlies Human Infantile Dilated Cardiomyopathy
2023-04-25, Circulation
IF:35.5Q1
|
研究论文 | 本研究首次揭示人类婴儿扩张型心肌病由中心体结构重组缺陷引起，并发现RTTN基因在围产期心脏发育中的新作用 | 首次将中心体缺陷与非综合征性扩张型心肌病联系起来，并发现RTTN基因在心脏发育中的关键作用 | 研究基于单一罕见病例，未来需要更多样本验证；动物模型与人类疾病存在差异 | 探究中心体重组过程在心肌细胞生物学中的作用及其缺陷与人类心脏疾病的关系 | 婴儿扩张型心肌病患者、诱导多能干细胞、斑马鱼、果蝇模型 | 心血管疾病研究 | 扩张型心肌病 | 全外显子组测序、CRISPR/Cas9基因编辑、单细胞RNA测序 | NA | 基因组数据、转录组数据、图像数据 | 1名iDCM患者及其父母 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 9 | 2026-03-02 |
Femtosecond laser microdissection for isolation of regenerating C. elegans neurons for single-cell RNA sequencing
2023-04, Nature methods
IF:36.1Q1
DOI:10.1038/s41592-023-01804-3
PMID:36928074
|
研究论文 | 本文介绍了一种利用飞秒激光显微切割技术从活体组织中分离特定神经元的方法，用于单细胞RNA测序，以研究线虫神经再生的分子机制 | 开发了飞秒激光显微切割技术，首次实现了从活体线虫组织中精确分离具有特定再生表型的神经元，避免了组织解离引起的转录伪影 | 方法可能受限于激光切割的精度和效率，且在线虫以外的模型中的应用尚未验证 | 研究神经再生的分子机制，实现表型到基因型的映射 | 秀丽隐杆线虫的再生神经元 | 单细胞测序 | 神经再生 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA序列数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 10 | 2026-01-07 |
A mannitol-based buffer improves single-cell RNA sequencing of high-salt marine cells
2023-Apr-28, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.04.26.538465
PMID:37163054
|
研究论文 | 本文介绍了一种基于甘露醇的缓冲液（PBS-M），用于改善高盐度海洋生物细胞的单细胞RNA测序质量 | 提出了一种低盐度磷酸盐缓冲液补充D-甘露醇（PBS-M）的方法，能减少细胞死亡和背景mRNA，提高海洋生物单细胞RNA测序的数据质量和细胞状态检测能力 | NA | 改善高盐度海洋生物细胞的单细胞RNA测序兼容性和数据质量 | 海鞘血细胞 | 单细胞测序 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 11 | 2025-11-27 |
Spatially Resolved Transcriptomics Deconvolutes Prognostic Histological Subgroups in Patients with Colorectal Cancer and Synchronous Liver Metastases
2023-04-14, Cancer research
IF:12.5Q1
DOI:10.1158/0008-5472.CAN-22-2794
PMID:37057593
|
研究论文 | 本研究通过空间转录组学技术解析结直肠癌肝转移患者预后相关的组织学亚群 | 首次将空间转录组学应用于同步切除的结直肠癌原发灶和肝转移灶，揭示了肿瘤内部和病灶间的异质性及驱动不同表型的转录组程序 | 样本量相对有限，需要更大规模研究验证 | 确定组织学评估在预测结直肠癌肝转移同步切除术后预后的实际应用价值，并探究驱动疾病进展的功能生物学机制 | 接受同步切除的原发性结直肠癌和肝转移患者样本 | 数字病理学 | 结直肠癌 | 组织学评估、基因组panel分析、bulk转录组、免疫组化、空间转录组学 | NA | 组织样本、转录组数据、空间转录组数据 | 接受同步切除的结直肠癌肝转移患者样本 | NanoString | 空间转录组学 | GeoMx | GeoMx空间转录组分析 |
| 12 | 2025-11-12 |
Structural and functional properties of mSWI/SNF chromatin remodeling complexes revealed through single-cell perturbation screens
2023-04-20, Molecular cell
IF:14.5Q1
DOI:10.1016/j.molcel.2023.03.013
PMID:37028419
|
研究论文 | 通过单细胞扰动筛选揭示mSWI/SNF染色质重塑复合物的结构和功能特性 | 首次结合Perturb-seq、CRISPR-Cas9敲除和单细胞多组学技术系统解析mSWI/SNF亚基功能 | NA | 解析mSWI/SNF染色质重塑复合物各亚基对基因表达的贡献 | 哺乳动物SWI/SNF染色质重塑复合物亚基 | 表观遗传学 | 癌症 | Perturb-seq, CRISPR-Cas9敲除, 单细胞RNA-seq, SHARE-seq | NA | 单细胞转录组数据, 染色质可及性数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 单细胞多组学 | NA | NA |
| 13 | 2025-11-05 |
Early events marking lung fibroblast transition to profibrotic state in idiopathic pulmonary fibrosis
2023-Apr-21, Respiratory research
IF:4.7Q1
DOI:10.1186/s12931-023-02419-0
PMID:37085855
|
研究论文 | 本研究通过单细胞转录组学识别了特发性肺纤维化中成纤维细胞向促纤维化状态转变的早期事件 | 首次发现核糖体蛋白全局下调和铜结合蛋白显著上调标志着IPF转变，并识别了新的过渡性成纤维细胞亚群 | 研究样本量有限，且主要关注成纤维细胞而忽略了其他细胞类型在疾病进展中的作用 | 探究特发性肺纤维化中成纤维细胞从正常向促纤维化状态转变的早期分子事件 | 健康对照和IPF患者肺组织中的成纤维细胞 | 单细胞生物学 | 特发性肺纤维化 | 单细胞转录组测序，免疫荧光检测 | NA | 单细胞RNA测序数据，免疫荧光图像 | 健康对照和IPF患者肺组织样本（上下肺叶） | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 14 | 2025-10-05 |
CD34+ cell-derived fibroblast-macrophage cross-talk drives limb ischemia recovery through the OSM-ANGPTL signaling axis
2023-04-14, Science advances
IF:11.7Q1
DOI:10.1126/sciadv.add2632
PMID:37043578
|
研究论文 | 本研究揭示了CD34+细胞通过OSM-ANGPTL信号轴促进肢体缺血恢复的细胞机制 | 首次结合单细胞RNA测序和遗传谱系追踪技术，提供了正常和缺血肢体组织的精确单细胞图谱，发现CD34+细胞作为成纤维细胞前体促进组织再生 | 未明确说明样本规模和技术重复次数 | 探究CD34+细胞在缺血肌肉微环境中的分化潜能和功能作用 | 人类和小鼠的正常及缺血肢体组织 | 单细胞生物学 | 肢体缺血 | 单细胞RNA测序, 遗传谱系追踪 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 15 | 2025-10-05 |
Uncovering the spatial landscape of molecular interactions within the tumor microenvironment through latent spaces
2023-04-19, Cell systems
IF:9.0Q1
DOI:10.1016/j.cels.2023.03.004
PMID:37080163
|
研究论文 | 开发了一种名为SpaceMarkers的生物信息学算法，通过空间转录组数据的潜在空间分析推断细胞间相互作用的分子变化 | 提出首个通过潜在空间分析从空间转录组数据推断细胞间相互作用分子变化的算法 | 需要匹配的单细胞RNA-seq数据进行验证和进一步量化 | 揭示肿瘤微环境中分子相互作用的空间景观 | 转移性、浸润性和前体病变以及免疫治疗处理的组织样本 | 数字病理学 | 肿瘤 | 空间转录组学, 单细胞RNA-seq | 潜在空间分析, 迁移学习 | 空间转录组数据, 单细胞RNA-seq数据 | NA | 10x Genomics | 空间转录组学, 单细胞RNA-seq | Visium | Visium空间转录组学 |
| 16 | 2025-10-05 |
A spatially resolved single cell genomic atlas of the adult human breast
2023-Apr-25, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.04.22.537946
PMID:37163043
|
研究论文 | 构建了首个成人正常乳腺组织的单细胞和空间分辨率综合图谱 | 首次在单细胞和空间分辨率层面系统揭示成人乳腺组织的细胞组成和空间分布特征，发现导管和小叶中丰富的组织驻留免疫细胞生态系统 | 样本数量相对有限（62名女性），主要关注正常组织，疾病状态研究较少 | 建立成人正常乳腺组织的综合细胞参考图谱 | 成人女性乳腺组织 | 单细胞基因组学 | 乳腺癌 | 单细胞转录组测序，空间转录组学 | NA | 单细胞RNA测序数据，空间转录组数据 | 535,941个细胞（来自62名女性），120,024个细胞核（来自20名女性） | NA | 单细胞RNA-seq，空间转录组学 | NA | 使用了三种空间定位技术 |
| 17 | 2025-10-06 |
deMULTIplex2: robust sample demultiplexing for scRNA-seq
2023-Apr-12, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.04.11.536275
PMID:37090649
|
研究论文 | 提出一种用于单细胞RNA测序数据的鲁棒样本解复用算法deMULTIplex2 | 基于标签交叉污染物理机制构建统计模型，使用广义线性模型和期望最大化算法概率推断细胞样本身份 | NA | 解决大规模、样本细胞数不平衡和噪声数据中的单细胞样本解复用问题 | 单细胞RNA测序数据中的细胞样本标签 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 广义线性模型, 期望最大化算法 | 单细胞测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 18 | 2025-10-06 |
Distinct mesenchymal cell states mediate prostate cancer progression
2023-Apr-01, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.03.29.534769
PMID:37034687
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析前列腺癌间质细胞状态及其在癌症进展中的作用 | 识别了8个转录和功能不同的基质细胞群体，建立了能预测前列腺癌转移进展的基因特征 | 研究主要基于基因工程小鼠模型，人类样本验证相对有限 | 探究前列腺癌进展中基质-上皮细胞相互作用的分子机制 | 基因工程小鼠模型和人类前列腺癌样本中的间质细胞 | 数字病理学 | 前列腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | 4种基因工程小鼠模型及其野生型对照，以及具有相似基因型的人类肿瘤 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 19 | 2025-10-06 |
An artificial neural network model to diagnose non-obstructive azoospermia based on RNA-binding protein-related genes
2023-04-24, Aging
DOI:10.18632/aging.204674
PMID:37116198
|
研究论文 | 开发基于RNA结合蛋白相关基因的人工神经网络模型用于诊断非梗阻性无精子症 | 首次基于RNA结合蛋白DDX20和NCBP2构建人工神经网络诊断模型，并在多个独立队列中进行验证 | 样本量相对有限，需要在更大规模队列中进一步验证模型的泛化能力 | 研究RNA结合蛋白在非梗阻性无精子症中的功能及诊断价值 | 睾丸组织样本（包括对照和NOA患者） | 机器学习 | 男性不育症 | 生物信息学分析，单细胞RNA测序，机器学习算法 | 人工神经网络，逻辑回归，随机森林，LASSO，SVM-RFE，Boruta | 基因表达数据，转录组数据 | 训练队列58例（对照11，NOA47），验证队列包括3个公共数据集和44例本地医院样本 | NA | 单细胞RNA测序，bulk RNA-seq | NA | NA |
| 20 | 2025-10-06 |
Single-cell transcriptomic atlas of lung microvascular regeneration after targeted endothelial cell ablation
2023-04-20, eLife
IF:6.4Q1
DOI:10.7554/eLife.80900
PMID:37078698
|
研究论文 | 通过单细胞转录组分析揭示肺微血管再生机制 | 首次发现表达apelin的新型gCap内皮干细胞群在肺微血管再生中的关键作用 | 研究基于转基因小鼠模型，人类临床适用性需进一步验证 | 阐明肺微血管再生的分子机制 | 肺内皮细胞 | 单细胞生物学 | 急性肺损伤 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 转基因小鼠肺内皮细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |